Projeto de Gradu

Universidade do Estado do Rio Grande do Norte
Campus de Natal
Curso de Ciência da Computação
PAULO HENRIQUE LOPES CARLOS

ANDRESSA SILVA DE SOUZA
SISTEMA WEB INTEGRADO PARA PROPORCIONAR SUPORTE A PESQUISA

EM DOENÇAS NEUROLÓGICAS
Nata/RN
2018
PAULO HENRIQUE LOPES CARLOS
ANDRESSA SILVA DE SOUZA
SISTEMA WEB INTEGRADO PARA PROPORCIONAR SUPORTE A PESQUISA

EM DOENÇAS NEUROLÓGICAS
Relatório apresentado ao Curso de

Ciência da Computação como requisito
para a disciplina Projeto de Graduação.
Orientador: Prof. Bruno Cruz.
Nata/RN
2018
SUMÁRIO
1 INTRODUÇÃO ............................................................................................................. 4
2 JUSTIFICATIVA ............................................................................................................ 4
3 OBJETIVOS .................................................................................................................. 4
3.1 OBJETIVO GERAL ............................................................................................................. 4
3.2 OBJETIVOS ESPECÍFICOS .................................................................................................. 5
4 METODOLOGIA ........................................................................................................... 5
4.1 LEVANTAMENTO DE REQUISITOS E MODELAGEM DO SISTEMA ........................................ 5
4.2 FERRAMENTAS UTILIZADAS ............................................................................................. 8
4.3 DESCRIÇÃO DOS REQUISITOS........................................................................................... 8
4.3.1 REQUISITOS FUNCIONAIS ............................................................................................. 9
4.3.2 REQUISITOS NÃO-FUNCIONAIS ................................................................................... 17
5 APRESENTAÇÃO DO SISTEMA.................................................................................... 19
6 CONCLUSÕES ............................................................................................................ 19
7 TRABALHOS FUTUROS .............................................................................................. 19
8 REFERÊNCIAS ............................................................................................................ 19
1 INTRODUÇÃO
O número de casos de doenças neurológicas e autoimunes está cada vez maior, em
contrapartida, sistemas que estudam esses dados são escassos. Além disso, são raros os
casos em que médicos e/ou pesquisadores da área fazem uso de algum meio digital para
analisar a grande quantidade de dados gerados nas pesquisas dessas doenças. Estes dados,
maiormente provindos de diferentes fontes (clínica, genética, eletrofisiológica entre
outros), são tratados de forma individual sem analisar qualquer correlação entre eles.
Tendo isso em mente, este projeto visa desenvolver um sistema computacional online
integrado a um banco de dados relacional para dar suporte a pesquisas de doenças
neurológicas e autoimunes de modo a facilitar o gerenciamento de dados clínicos,
bioquímicos e experimentais.
2 JUSTIFICATIVA
A importância da construção deste sistema para web está baseada em 3 itens:
(1) A criação de uma interface capaz de gerenciar facilmente dados clínicos,
genéticos e eletrofisiológicos;
(2) O desenvolvimento de uma ferramenta inovadora para integrar e vincular os
dados entre si;
(3) A capacidade de explorar preliminarmente os dados (principalmente os
eletrofisiológicos e genéticos);
Sendo que este último item, fornecerá um suporte inicial para a futura analise,
diagnóstico e prognóstico destas doenças.
3 OBJETIVOS
3.1 OBJETIVO GERAL
Desenvolver um sistema computacional online integrado a um banco de dados

relacional para dar suporte a pesquisas de doenças neurológicas e autoimunes de modo a
facilitar o gerenciamento de dados clínicos, bioquímicos e experimentais, assim como sua
exploração preliminar.
3.2 OBJETIVOS ESPECÍFICOS

1) Realizar o levantamento dos requisitos do sistema;
2) Desenvolver um Projeto de Banco de dados (BD) relacional de armazenamento
dos dados clínicos dos pacientes e dos dados de transcriptomas;
3) Desenvolver uma aplicação "front-end" para web que realize a integração e
gerenciamento (criação, atualização, consulta e remoção) das informações do BD;
4) Desenvolver modulo para visualizar e explorar os dados genéticos e
eletrofisiológicos. 
4 METODOLOGIA
4.1 LEVANTAMENTO DE REQUISITOS E MODELAGEM DO SISTEMA
O projeto foi desenvolvido em 4 etapas abrangendo os objetivos específicos

supracitados.
Na etapa 1, foi realizado levantamento de requisitos. Para levantar os requisitos
necessários para o sistema, houve reuniões com médicos, programadores e pesquisadores
para descriminar as funcionalidades que serão implementadas pelo sistema.
Os dados que serão armazenados e processados pela plataforma, são basicamente
de três tipos: Informações Clínicas: As Informações clínicas são divididas em duas partes:
Informações do prontuário de cada paciente (dados únicos e pessoais como: sexo, idade,
código do paciente) e os dados de exames bioquímicos laboratoriais (ex.: glicemia, níveis de
colesterol, dosagem de imunoglobinas, etc.). Genéticos: Os dados genéticos serão
compostos pelas sequências dos genes obtidos na amostragem e dos dados de expressão
gênica por técnicas de transcriptoma (Microarrays e RNA-Seq). Estes são provenientes de
projetos em andamento nos institutos ou serão obtidos a partir de bancos de dados
públicos. Eletroneuromiografias: São dados provindos a partir de eletroneuromiografias,
que juntamente com os demais dados, serão integrados ao sistema e permitirá o
estabelecimento de futuras correlações e consequentemente realizar predições que
auxiliem no diagnóstico ou prognóstico das doenças estudadas.
Ao que se refere a etapa 2, Projeto de Banco de Dados. A construção do banco de
dados seguiu os passos mais comuns no meio académico e profissional. Uma vez levantados
os requisitos funcionais e entendendo melhor o domínio de nosso sistema (Etapa 1),
confeccionamos o Modelo Conceitual, através do DER (Diagrama Entidade
Relacionamento), Modelo Logico e finalmente o Modelo físico que definiu nossa
estrutura/esquema do Banco de Dados.
Na etapa 3, Modelar e desenvolver uma aplicação "front-end" para web, a interação
dos usuários com o sistema foi representada através de diversos diagramas de casos de uso.
Para descrever os diferentes processos/funções contempladas pelo sistema, diagramas de
classes e de sequencias foram elaborados para descreve-los. Baseados nos diagramas
elaborados, foi desenvolvida a interfase web (“front-end”) e seus módulos de acesso com o
Banco de Dados.
Por fim, a etapa 4, Explorar os dados. Uma vez que toda a plataforma esteja pronta
e funcional, desenvolvemos algoritmos para calcular métricas estatísticas básicas para fazer
uma exploração preliminar e conhecer melhor a natureza dos dados. Serão calculadas
métricas estatísticas (maiormente dos dados eletrofisiológicos) tais como: media, mediana,
variância, moda etc. Para apoiar esta exploração, também mostraremos gráficos básicos
tais como: de linha, de distribuição, de caixa (Boxplot). Esta etapa servirá como apoio para
futuros projetos, estudo de possíveis correlações e associações dos dados que ajudarão no
diagnóstico e tratamento das doenças.
Figura 1. DER do Sistema
A tabela Clinical mantem os dados gerais de cada paciente como: código do

paciente, idade e gênero. As tabelas guillian_barre e zica herdam essas características e
possuem suas próprias informações. Na tabela guillian_barre temos dados únicos no estudo
dessa doença, como: o número do experimento (e_number), a etapa em que o experimento
se encontra (f_number), os dias que o paciente levou para voltar a andar (days_walk), o
nome da etapa (f_name), o grau de maior comprometimento da consciência e cognição
motora (nadir), o subtipo (subtype), o resultados de exames anti-gangliosídeos, a
determinação da gravidade do paciente nos dois estágios (hughes1 e hughes2) e a
gravidade do paciente (severity). A tabela Zica está vazia pois ainda não foi proposto
campos específicos.
As tabelas Stage e Sample fazem referencia ao estágio da doença e o tipo de tecido
analisado respectivamente. Ambas possuem um campo para fazer anotações (description)
e na tabela Sample possui um campo para adicionar a data da coleta (date_sample).
A tabela Gene é o conjuto d
A tabela Trans é designada para os Transcriptomas e é o relacionamento de três
registros: um paciente (fk_clinicl), um estágio (fk_stage) e um tecido (fk_sample). Além
disso, possui os campos para a data de coleta (date_collection) e uma descrição
(tr_description). Um registro desta tabela permite um relacionamento com outro registro
da mesma tabela e por isso existe um campo para guardar com qual registro
4.2 FERRAMENTAS UTILIZADAS
Para elaborar o DER (Diagrama Entidade-Relacionamento) (Figura 1) utilizamos a

ferramenta online Draw.io (https://www.draw.io/). O módulo web foi desenvolvido usando
a arquitetura MVC (Model, View, Controller) (Sweat, 2003) e tecnologias gratuitas do
mercado, tais como: Sistema Gerenciador de Bando de Dados (SGBD) MySql (Gilmore,
2008), linguagem Back-end Php (Sweat, 2003), Html, CSS e Javascript (Hickson e Hyatt,
2011). Os arquivos com os dados eletrofisiológicos se encontram em formato .CSV (column
separated by comma). Para a visualização dos dados/sinal eletrofisiológicos na interface
WEB usamos a biblioteca gráfica Rickshaw (http://code.shutterstock.com/rickshaw/)
desenvolvida em JavaScript. Para edição do código fonte do sistema usamos o Sublime Text
(https://www.sublimetext.com/).
4.3 DESCRIÇÃO DOS REQUISITOS
Para uma melhor compreensão dos requisitos funcionais e não-funcionais definidos

neste projeto, nós apresentamos um conjunto de siglas e significados utilizados durante
esta Seção.
SIGLA SIGNIFICADO
RF Requisito Funcional
RNF Requisito Não-Funcional
N/A Não se aplica
CRUD Criar, Ler, Atualizar e Deletar um registro
(Create, Read, Update e Delete)
4.3.1 REQUISITOS FUNCIONAIS
O requisito funcional representa o que o software faz, em termos de tarefas e

serviços (Roman, 1985). O requisito define uma função que o software precisa realizar
dentro daquilo que foi proposto.
Identificador RF – 01
Nome Cadastrar Paciente
Módulo CRUD
Data de Criação 22 de nov. de 2018
Versão 1.0
Autor Paulo H. Lopes
Descrição
Permite que o médico/pesquisador possa cadastrar um paciente. O cadastro é realizado
de forma simples num formulário onde algumas informações são necessárias tais como
número do paciente, sexo e idade.
Prioridade Essencial
Nome Visualizar registro do Paciente
Módulo CRUD
Versão 1.0
Descrição
Permite que o médico/pesquisador possa visualizar as informações cadastradas de um
paciente.
Nome Editar registro do Paciente
Módulo CRUD
Versão 1.0
Descrição
Permite que o médico/pesquisador possa editar um cadastro de um paciente.
Nome Excluir registro do Paciente
Módulo CRUD
Versão 1.0
Descrição
Permite que o médico/pesquisador possa excluir um cadastro de um paciente.
Nome Cadastrar Paciente com Guillain Barre
Módulo CRUD
Versão 1.0
Descrição
Permite que o médico/pesquisador possa cadastrar um paciente com a doença Guillain
Barre. O cadastro é realizado de forma simples num formulário onde algumas
informações específicas da doença são necessárias tais como número do experimento,
grau de severidade, dias para andar após o tratamento, entre outros.
Nome Visualizar registro do Paciente com
Guillain Barre
Módulo CRUD
Versão 1.0
Descrição
paciente com Guillain Barre.
Nome Editar registro do Paciente com Guillain
Barre
Módulo CRUD
Versão 1.0
Descrição
Permite que o médico/pesquisador possa editar um cadastro de um paciente com
Guillain Barre.
Nome Excluir registro do Paciente com Guillain
Barre
Módulo CRUD
Versão 1.0
Descrição
Permite que o médico/pesquisador possa excluir um cadastro de um paciente com
Guillain Barre.
Nome Cadastrar Paciente com Zica
Módulo CRUD
Versão 1.0
Descrição
Permite que o médico/pesquisador possa cadastrar um paciente com a doença Zica. O
cadastro é realizado de forma simples num formulário onde algumas informações
específicas da doença são necessárias.
Nome Visualizar registro do Paciente com Zica
Módulo CRUD
Versão 1.0
Descrição
paciente com Zica.
Nome Editar registro do Paciente com Zica
Módulo CRUD
Versão 1.0
Descrição
Permite que o médico/pesquisador possa editar um cadastro de um paciente com Zica.
Nome Excluir registro do Paciente com Zica
Módulo CRUD
Versão 1.0
Descrição
Permite que o médico/pesquisador possa excluir um cadastro de um paciente com Zica.
Nome Cadastrar Stage
Módulo CRUD
Versão 1.0
Descrição
Permite que o médico/pesquisador possa cadastrar um Stage. O cadastro é realizado de
forma simples num formulário.
Nome Visualizar registro de Stage
Módulo CRUD
Versão 1.0
Descrição
Permite que o médico/pesquisador possa visualizar as informações cadastradas em
Stage.
Nome Editar registro de Stage
Módulo CRUD
Versão 1.0
Descrição
Permite que o médico/pesquisador possa editar um cadastro de um Stage.
Nome Excluir registro de Stage
Módulo CRUD
Versão 1.0
Descrição
Permite que o médico/pesquisador possa excluir um cadastro de Stage .
Nome Cadastrar Sample
Módulo CRUD
Versão 1.0
Descrição
Permite que o médico/pesquisador possa cadastrar um Sample. O cadastro é realizado
de forma simples num formulário onde ele necessita da descrição do sample e da data
da coleta.
Nome Visualizar registro de Sample
Módulo CRUD
Versão 1.0
Descrição
Sample.
Nome Editar registro de Sample
Módulo CRUD
Versão 1.0
Descrição
Permite que o médico/pesquisador possa editar um cadastro de um Sample.
Nome Excluir registro de Sample
Módulo CRUD
Versão 1.0
Descrição
Permite que o médico/pesquisador possa excluir um cadastro de Sample.
Nome Cadastrar Transcriptoma
Módulo CRUD
Versão 1.0
Descrição
Permite que o médico/pesquisador possa cadastrar um Transcriptoma. O cadastro é
realizado de forma simples num formulário onde ele necessita de três registros: Paciente,
Sample e Stage. Além disso ele inclui informações do próprio transcriptoma como data
da coleta e uma descrição.
Nome Visualizar registro de Transcriptoma
Módulo CRUD
Versão 1.0
Descrição
Transcriptoma.
Nome Editar registro de Transcriptoma
Módulo CRUD
Versão 1.0
Descrição
Permite que o médico/pesquisador possa editar um cadastro de um Transcriptoma.
Nome Excluir registro de Transcriptoma
Módulo CRUD
Versão 1.0
Descrição
Permite que o médico/pesquisador possa excluir um cadastro de Transcriptoma.
Nome Cadastrar Genes
Módulo CRUD
Versão 1.0
Descrição
Permite que o médico/pesquisador possa cadastrar um Gene. O cadastro é realizado de
forma simples num formulário.
Nome Visualizar registro de Genes
Módulo CRUD
Versão 1.0
Descrição
Genes.
Nome Editar registro de Genes
Módulo CRUD
Versão 1.0
Descrição
Permite que o médico/pesquisador possa editar um cadastro de um Genes.
Nome Excluir registro de Genes
Módulo CRUD
Versão 1.0
Descrição
Permite que o médico/pesquisador possa excluir um cadastro de Genes.
Nome Cadastrar Genes Humanos
Módulo CRUD
Versão 1.0
Descrição
Permite que o médico/pesquisador possa cadastrar um Gene Humano. O cadastro é
realizado de forma simples num formulário.
Nome Visualizar registro de Genes Humanos
Módulo CRUD
Versão 1.0
Descrição
Genes Humano.
Nome Editar registro de Genes Humanos
Módulo CRUD
Versão 1.0
Descrição
Permite que o médico/pesquisador possa editar um cadastro de um Genes Humano.
Nome Excluir registro de Genes Humanos
Módulo CRUD
Versão 1.0
Descrição
Permite que o médico/pesquisador possa excluir um cadastro de Genes Humano.
4.3.2 REQUISITOS NÃO-FUNCIONAIS
Requisitos não-funcionais são os requisitos relacionados ao uso da aplicação em

termos de desempenho, usabilidade, confiabilidade, segurança, disponibilidade,
manutenção e tecnologias envolvidas (VAZQUEZ, 2016). Os requisitos não-funcionais não
são obrigatórios, mas garante uma melhor usabilidade do sistema.
Identificador RNF – 01
Nome Portabilidade
Módulo N/A
Versão 1.0
Descrição
O sistema deve rodar em todos os navegadores.
Nome Tempo de Busca
Módulo N/A
Versão 1.0
Descrição
Nenhuma visualização das buscas no Banco de Dados deve ser superior a cinco segundos.
Nome Usabilidade
Módulo N/A
Versão 1.0
Descrição
Todas as interfaces do sistema devem ser fáceis e intuitivas.
Nome Documentação
Módulo N/A
Versão 1.0
Descrição
Os códigos devem estar bem documentados e organizados para facilitar a manutenção e
incremento do sistema.
5 APRESENTAÇÃO DO SISTEMA
6 CONCLUSÕES
7 TRABALHOS FUTUROS
8 REFERÊNCIAS
GILMORE, W. J. Dominando PHP e MySQL: do iniciante ao profissional. Altabooks, v. 2008,
p. 769, 2008.
HICKSON, I.; HYATT, D. HTML5: A vocabulary and associated APIs for HTML and XHTML.
W3C Working Draft edition, 2011.
SWEAT, J. E. An Introduction to MVC using PHP. PHP Architect–www. phparch. com, May
2003, 2003.
ROMAN, G.-C. A taxonomy of current issues in requirements engineering. Computer, n. 4,
p. 14-23, 1985.
VAZQUEZ, Carlos Eduardo; SIMÕES, Guilherme Siqueira. Engenharia de Requisitos:

software orientado ao negócio. Brasport, 2016.

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3.2 OBJETIVOS ESPECÍFICOS

O projeto foi desenvolvido em 4 etapas abrangendo os objetivos específicos

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4.2 FERRAMENTAS UTILIZADAS

Para elaborar o DER (Diagrama Entidade-Relacionamento) (Figura 1) utilizamos a

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Para uma melhor compreensão dos requisitos funcionais e não-funcionais definidos

O requisito funcional representa o que o software faz, em termos de tarefas e

4.3.2 REQUISITOS NÃO-FUNCIONAIS

Requisitos não-funcionais são os requisitos relacionados ao uso da aplicação em

VAZQUEZ, Carlos Eduardo; SIMÕES, Guilherme Siqueira. Engenharia de Requisitos:

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