Texto Complementario

25/10/2017 Texto complementario: Materiales y métodos Cultivo in vitro y expansión de células CD3high de pati deficientes en CD247 y CD3γ
Página 1
Texto suplementario:
Materiales y métodos
El cultivo in vitro y expansión de células T CD3 alta de CD247- y CD3 γ-deficiente
pacientes
Las PBMC se purificaron por centrifugación en Ficoll-Hypaque y se cultivaron en
Medio RPMI-1640 (Lonza) suplementado con 10% de SFB, 10% de AB masculino negativo
suero humano (la primera semana, y luego con 5% de SFB, 5% de suero humano), 4 mM de L-
glutamina, 0.1 mM aminoácidos no esenciales, 1 mM piruvato sódico, 100U / ml
penicilina, 100 U / ml de estreptomicina, Hepes 10 mM, β-mercaptoetanol 50 mM (Biowest).
Las células se estimularon mediante cultivo en placas de 24 pocillos recubiertas con anti-CD3.
(5ug / ml) y mAbs anti-CD28 (10ug / ml) o en presencia de células alimentadoras irradiadas
(PBMC autólogas, líneas de células B Daudi y RPMI-8866) y PHA (0,5 μg / ml). En ambos
En los casos, los cultivos se complementaron con la adición de 50 U / ml de IL-2 recombinante
(Peprotech).
El estudio se realizó de acuerdo con los principios expresados en
Declaración de Helsinki y aprobada por la Institutional Research Ethics
Comités de los diversos hospitales involucrados. Todos los participantes, o sus tutores,
proporcionó el consentimiento informado para la recolección de muestras y análisis posteriores.
La clonación y secuenciación de la γ CD247, CD3, CD16 y Fc ε genes gamma RI

El ARN total se aisló de cultivos de linfocitos del paciente y un
control relativo saludable con el RNeasy Mini Kit (Qiagen). la síntesis de cDNA fue
llevado a cabo utilizando cebadores hexámeros aleatorios y Superíndice II (Ciencias de la vida).
Las transcripciones de cada gen se amplificaron mediante PCR utilizando la plantilla desplegable Long
Sistema de PCR (una mezcla de la prueba de lectura de polimerasa Pwo y Taq Polymerase,
Roche) y cebadores específicos (Tabla 1) y se purificaron utilizando la QIAgen QIAquick PCR
kit de purificación Los productos de PCR purificados se clonaron en pJET 1.2 (PCR CloneJET
Cloning Kit) y se transformó en la cepa de E. coli DH5a. Colonias que contienen
plásmidos recombinantes, identificados por digestión de restricción, fueron secuenciados (Parque
Científico de Madrid y GATC Biotech).
Generación de construcción CD247

Los clones seleccionados de la molécula CD247 de tipo salvaje de longitud completa y el mutante con
un péptido señal alargado se subclonó a partir del vector de secuenciación pJET en el
lentiviral vector pHR-SIN 1 para la evaluación funcional después de la transducción lentiviral en
la murino T de hibridoma de células Ma5.8 CD247 deficientes 2.
https://translate.googleusercontent.com/translate_f 1/13
Página 2
Líneas celulares
Todas las líneas celulares se mantuvieron a 37ºC y 5% de CO2 en una incubadora humidificada
y dividir según sea necesario. Células Ma5.8 (regalo de los doctores Hisse M. van Santen y Balbino
Alarcón, CBMSO, Madrid) se mantuvieron en medio RPMI con 5% de ternero fetal
suero (FCS). La línea celular de empaquetamiento 293T se cultivó en Dulbecco's Modified
Medio Eagle (DMEM) con 10% FCS. Todos los medios fueron complementados con 2mM L-
Glutamina, aminoácidos no esenciales 0,1 mM, HEPES 10 mM, piruvato de sodio 1 mM,
Penicilina 100 U / ml, estreptomicina 100 U / ml, β-mercaptoetanol 50 μM.
Generación de Lentivirus y transducción de células Ma5.8

Los lentivirus se generaron por transfección de la línea celular 293T con una
mezcla de los plásmidos pCMVdR8.74, pMD2G y pHR-SIN 1 que contiene una específica
inserte, usando Lipofectamine Plus (Invitrogen) y Optimen (Gibco). Cultura
los sobrenadantes que contienen partículas lentivirales se recuperaron después de 48 h, se filtraron
(0.22 μm) y almacenado a -80ºC. Para la transducción de las células Ma5.8, 0,5x10 6 células fueron
peletizado, resuspendido en un sobrenadante que contenga 0,5 ml de virus con polibreno (Sigma)
a 8 μg / ml y sembrado en un pocillo de una placa de 24 pocillos. Esta placa se centrifugó durante 90 minutos
a 800 rpm a temperatura ambiente, transferido a una incubadora y cultivado durante 4 a 6 horas a 37ºC,
5% de CO2. Después de este tiempo, se eliminaron 0,5 ml de medio y se reemplazaron con 0,5 ml de medio fresco
medio (RPMI 5% FCS). La eficiencia de transducción fue probada por citometría de flujo
ensayo de fluorescencia en el canal FL-1 (tinción intracelular CD247-FITC).
CD247 Inmunoblotting
Las células se recogieron, se lavaron una vez con PBS y se lisaron en tampón de lisis RIPA
(1% de Triton X-100, 1% de DOC, 0,1% de SDS, 50 mM de Tris HCl pH 7,5, 150 mM de NaCl,
inhibidores de la fosfatasa (1 mM Navo 3 y NaF, 2 mM de EDTA) con inhibidores de la proteasa
(Pepstatina A 1 μM, leupeptina 1 μM) y yodoacetamida 0,5 mM durante 30 minutos en hielo. los
los lisados se centrifugaron durante 5 minutos a 13,000 rpm para sedimentar material insoluble y luego
la concentración de proteína se determinó mediante Bradford Assay. 30 μg de cada lisado
se separaron en electroforesis en gel de poliacrilamida reductora de SDS al 12% seguido de
transferencia a PVDF (Immovilon-P, Millipore). Las membranas se bloquearon en un 5% secado
leche desnatada (1h, 25ºC), lavada tres veces en Tween / TBS al 0.05% e incubada
(overnight, 4ºC) con conejo policlonal anti-CD247 (regalo del Prof. B Alarcon) para visualizar
CD247. Las membranas se despojaron usando Restore Western Blot Stripping
tampón (Thermo Scientific), vuelto a bloquear y desarrollado utilizando anticuerpos monoclonales de ratón
β-actina (1: 15000, Sigma) en Tween / TBS al 0,05%.
Página 3
Citometría de flujo
Las PBMC recién aisladas o cultivadas se tiñeron con etiqueta directamente
anticuerpos específicos para CD3, CD56, CD4, CD8 (todos de Biolegend) y TCRαβ (BD
Pharmingen). Las células Ma5.8 se tiñeron con mAb marcado con PE específico para Vβ3
(Pharmingen). Para la tinción, las células se lavaron e incubaron en PBS / 0,5% (p / v)
Albúmina de suero bovino / 1% (v / v) de suero bovino fetal / 0.1% de tampón de azida sódica (PBA)
buffer) con anticuerpos específicos. Toda la tinción se realizó en hielo, y el
las células marcadas se mantuvieron en hielo hasta el análisis. Para la tinción de CD247 intracelular,
las células se tiñeron primero en hielo, si era necesario, y luego se lavaron con PBA y se fijaron
usando para-formaldehído al 2% (PFA). Después de la fijación, las células se lavaron dos veces con PBA,
y resuspendido en 0,2% de saponina / PBA (tampón de permeabilización) durante 15 minutos en hielo en
la oscuridad. Después de la permeabilización, las células se lavaron una vez en tampón de permeabilización
e incubado con anticuerpo CD247-FITC (eBiosciences) en la oscuridad durante 30 minutos en
hielo, lavado y resuspendido en PBA para su análisis. Las células se analizaron usando cualquiera
un citómetro FACSCalibur (BD Biosciences) o Gallios (Beckman Coulter). Los datos fueron
analizado con Kaluza Flow Cytometry Analysis.
Análisis de variación génica

Datos sobre genes afectados en inmunodeficiencias primarias en los que la reversión
eventos han sido o no han sido descritos, así como la variación de nucleótidos en el control
la información de los genes se extrajo de los datos de los proyectos de 1000 genomas disponibles públicamente
(http://browser.1000genomes.org), con fecha 21/09/15. Información seleccionada sobre
missense, sinónimos y variación de codificación para cada gen, así como también la variación
la información referida a las regiones 5'UTR y 3'UTR también se extrajo. Por missense
y la comparación sinónimo, los números de variación de la base de datos se relativizaron a
cada secuencia de codificación del gen de longitud y representada como variantes descritas por 1000 base
pares para cada gene Por otro lado, el análisis de la región se llevó a cabo normalizando
variantes encontradas en cada región a la longitud de 5'UTR, secuencia de codificación o 3'UTR de
cada gene La significación estadística se calculó usando la prueba de ANOVA de una vía para
tasas de variación sinónimas y sin sentido y ANOVA de dos vías para variación vs.
análisis de la región del gen que compara los tres grupos diferentes de genes (*, P <0.05; **,
P <0.01; ***, P <0,001; ns no significativo, P> 0.05). Los valores de GDI se extrajeron para el
indicado genes utilizando el GDI servidor y software
(lab.rockefeller.edu/casanova/GDI) 3. La presencia o ausencia de dinucleótidos CpG
en la vecindad de los genes indicados se determinó usando el buscador de genes UCSC.
Página 4
1. Demaison C, Parsley K, Brouns G, y col. Transducción de alto nivel y gen

expresión en células repobladoras hematopoyéticas utilizando una inmunodeficiencia humana
vector lentiviral basado en virus tipo 1 que contiene un virus que forma el foco interno del bazo
promotor. Hum Gene Ther. 2002; 13 (7): 803-813.
2. Sussman JJ, Bonifacino JS, Lippincott SJ, y col. Fracaso para sintetizar la célula T
Cadena CD3-zeta: estructura y función de un complejo receptor de células T parcial. Celular.
1988; 52 (1): 85 - 95.
3. Itan Y, Shang L, Boisson B, y col. El índice de daño genético humano como gen
enfoque de nivel para priorizar variantes de exoma. Proc Natl Acad Sci EE.UU..
2015; 112 (44): 13615-13620.
Página 5
Tabla suplementaria 1: secuencias de los cebadores utilizados para la amplificación de CD247, CD3γ, CD16 y FcεRIγ, así como para la secuenciación.
Primers utilizados para PCR y secuenciación
Gene Cebador directo Reverso imprimación
CD247
GGAGATCTCCACAGTCCTCCACTTCCTG GATCGCGGCCGCATAGGAAGGCTTTAGCATGCC
cDNA
CD247
ACACCCCAAACCCTCAAACCTC AGGAGGGCAGGATTTGAAGGAG
Exon1
CD247
GGTCAGTCAGTCCTAGTGCCA CCTTGCTTTGCTCCTGGATAC
Exon2
CD247
GTTAGTTGCCAAGGAGCGGAG CCTAAACCCAAGACTCTGGCG
Exon3
CD247
CTGTCATGTTAAGGCGTGTTCTC TGGGTCTCCATCTCTTCTCTTG
Exon4
CD247
AGGTTTGGAGCCTTGATTGTG ATTTGCAGCTGGGATGAGAAG
Exon6
CD3γ
AGTCTAGCTGCTGCACAGGCT CCCCAAATTTGCTCTGATGGC
cDNA
CD16A
GGGGATCCGCCACCATGTGGCAGCTGCTCCTCCC GCGCGGCCGCTCATTTGTCTTGAGGGTCCTTTCTC
cDNA
FcεRIγ
GGGGATCCAGAACGGCCGATCTCCAG GATCGCGGCCGCGAGTCCAGTCCATGGCAGTT
cDNA
Cebadores de secuenciación utilizados para vectores pJET1.2 y pBlueScript
pJET1.2 CGACTCACTATAGGGAGAGCGGC AAGAACATCGATTTTCCATGGCAG
M13 GTAAAACGACGGCCAGT GCGGATAACAATTTCACACAGG
Página 6
Tabla complementaria 2: Resumen de los varios parámetros para cada CD247

variante genética encontrada en clones de cDNA secuenciados a partir de CD247 deficiente
paciente, un paciente deficiente en CD16A y controles sanos. Posición genética

corresponde al número de base de nucleótidos en CD247 de longitud completa. CDS denota
región de secuencia de codificación.
Paciente deficiente en CD247
Gene Gene Codon

Posición Incidencia
Mutación región Cambio
Original T> C 147 CDS Met> Thr 18/20

mutación
Revertido C> T 147 CDS Detener> Cumplido 2/20

mutación
Compensatorio
A> T 138 CDS No aa> Met 6/20
mutación
Variación 1 C> T 174 CDS Ala> Val 1/20
Variación 2 C> A 224 CDS Leu> Met 1/20
Variación 3 G> C 280 CDS Ile> Ile 1/20
Variación 4 A> G 342 CDS Gln> Arg 1/20
Variación 5 C> T 346 CDS Gly> Gly 1/20
Variación 6 A> G 488 CDS Arg> Gly 1/20
Variación 7 C> T 617 CDS Gln> Stop 1/20
Variación 8 T> A 921 3'UTR - 1/20
Variación 9 A> G 1291 3'UTR - 1/20
Variación 10 C> A 1338 3'UTR - 1/20
Variación 12 T> C 1450 3'UTR - 1/20
Variación 14 A> T 1481 3'UTR 20/20
Variación 15 C> T 1527 3'UTR - 1/20
Página 7
Paciente deficiente en CD16A
Gene Gene Codon

Variación 1 A> - 155 CDS Cambio de marco 1/27
Variación 2 C> T 174 CDS Ala> Val 2/27
Variación 3 T> C 237 CDS Leu> Pro 3/27
Variación 4 T> C 303 CDS Val> Ala 3/27
Variación 5 A> G 356 CDS Arg> Arg 1/27
Variación 6 T> C 369 CDS Val> Pro 3/27
Variación 7 G> T 378 CDS Gly> Val 1/27
Variación 8 G> T 389 CDS Glu> Stop 2/27
Variación 9 A> G 498 CDS Lys> Met 1/27
Variación 11 A> G 605 CDS Asp> Gly 1/27
Variación 12 C> T 617 CDS Su> Su 1/27
Variación 13 C> T 620 CDS Gln> Stop 1/27
Variación 20 T> G 871 3'UTR - 1/16
Variación 21 G> A 881 3'UTR - 1/16
Página 8
Variación 30 C> G 1256 3'UTR - 4/16
Variación 36 A> T 1481 3'UTR - 16/16
Página 9
Control saludable 1
Gene Gene Codon

Variación 3 C> T 419 CDS Arg> Trp 1/9
Variación 4 A> G 492 CDS Lys> Arg 1/9
Variación 13 A> T 1481 3'UTR - 9/9
Página 10
Control saludable 2
Gene Gene Codon

Variación 2 G> T 62 5'UTR - 1/10
Variación 5 T> C 239 CDS Leu> Pro 1/10
Variación 6 A> C 314 CDS Cys> Arg 1/10
Variación 7 C> T 394 CDS Arg> Arg 3/10
Variación 8 C> G 634 CDS Arg> Gly 1/10
Variación 9 A> - 660 3'UTR - 2/10
Variación 10 A> - 673 3'UTR - 1/10
Variación 11 -> C 714 3'UTR - 1/10
Variación 17 C> T 1245 3'UTR - 1/10
Variación 22 A> T 1481 3'UTR - 9/10
Página 11
Cuadro complementario 3: Resumen del número de variantes encontrado por alguna

exones específicos de CD247 en clones amplificados a partir de ADN genómico aislado de
células que expresan polimorfonucleares (PMN) que no son CD247.
Genómico Pacientes Reversión de

Clones Total Longitud CD247 Variantes por somático pacientes
Gene Exon analizado variantes amplificado (bp) Lectura de 1000 pb
mutación mutación
CD247 1 15 12 405 1,97 1 Informar de un presente
2 10 2 401 0,49 1 Sí 1
3 7 8 263 4,34 - -
4 10 dieciséis 425 3,76 1 No analizada 2
6 10 0 302 0 - -
Página 12
Tabla Suplementaria 4
Genes de inmunodeficiencia primaria donde se han descrito revertentes
Gene
Gene Sinónimo Missense 5'UTR 3'UTR 5'UTR CDS 3'UTR Dañar
ID de transcripción ID de nucleótido
Nombre variantes variantes variantes variantes longitud longitud longitud Índice - G
Phred
IL2RG ENST00000374202 NM_000206 25 223 1 4 93 1109 358 0.26766
CD247 ENST00000392122 NM_000734 17 48 14 44 146 491 1050 N/A
ADA ENST00000372874 NM_000022 48 152 3 20 129 1091 346 5.60704
ESTABA ENST00000376701 NM_000377 30 352 2 1 58 1508 278 1.13817
DOCK8 ENST00000432829 NM_203447 250 543 31 45 113 6299 1058 18.28926
TGFBR1 ENST00000374994 NM_004612 52 120 6 421 118 1411 4887 0.58837
IKBKG ENST00000369606 NM_001099857 6 117 1 0 415 1259 605 0.09337
NEMO ENST00000407008 NM_016231 51 75 27 47 213 1583 1759 N/A
SH2D1A ENST00000371139 NM_001114937 9 95 7 20 362 377 1775 0.04688
CD18 ENST00000355153 NM_001127491 125 219 18 27 224 2309 430 N/A
FANCA ENST00000389301 NM_000135 158 605 3 120 43 4367 1050 7.80511
FANCC ENST00000289081 NM_000136 34 149 9 130 263 1676 2673 3.37227
RAG1 ENST00000299440 NM_000448 83 405 2 97 125 3131 3451 8.76351
Página 13
Genes de inmunodeficiencia primaria sin reversores descritos

Gene
ID de transcripción ID de nucleótido
Nombre variantes variantes variantes variantes longitud longitud longitud Índice
GDI Ph
RFX5 ENST00000290524 NM_000449 41 105 3 42 222 1850 1546 4.54115

IKBA ENST00000216797 NM_020529 30 51 dieciséis 42 111 953 515 N/A
IRAK4 ENST00000431837 NM_001145256 19 92 32 93 357 1010 2838 5.19884
ICOS ENST00000316386 NM_012092 17 24 4 61 68 599 1985 1.51225
CD19 ENST00000538922 NM_001178098 50 100 4 20 63 1673 233 2.6141
TNFRSF13B ENST00000261652 NM_012452 32 123 0 30 14 881 482 5.1455
RETOCAR ENST00000293825 NM_003809 23 42 11 18 97 749 561 N/A
TYK2 ENST00000525621 NM_003331 110 257 24 dieciséis 379 3563 320 7.4170
WIPF1 ENST00000392547 NM_003387 54 110 9 95 101 1511 2988 0.96977
STAT3 ENST00000264657 NM_003150 85 185 8 88 219 2309 2425 1.52170
CD3G ENST00000532917 NM_000073 13 45 18 103 81 548 682 10.802
TNFSF5 ENST00000370629 NM_000074 22 231 1 22 73 785 976 N/A
RHOH ENST00000381799 NM_001278363 18 36 41 99 737 575 802 0.6834
Lck ENST00000336890 NM_005356 55 114 6 15 139 1529 451 N/A
OX40 ENST00000379236 NM_003327 37 39 1 17 42 833 245 N/A
IL7RA ENST00000303115 NM_002185 67 216 13 144 104 1379 3134 NA
Página 14
CD3D ENST00000300692 NM_000732 18 49 15 13 138 515 118 0.5901

CD3E ENST00000309424 NM_012099 48 79 24 74 489 1532 1265 1.24983
TRAF3 ENST00000367025 NM_025228 40 104 21 7 438 1655 191 8.8172
TICAM1 ENST00000248244 NM_182919 58 122 dieciséis dieciséis 269 2138 320 6.8893
CD16a ENST00000367969 NM_000569 30 78 13 45 185 872 1349 NA

CD16b ENST00000294800 NM_001244753 23 74 32 60 261 809 1324 NA
FCER1G ENST00000289902 NM_004106 6 13 3 11 26 260 305 0.9066
CXCR4 ENST00000409817 NM_001008540 34 sesenta y cinco13 20 305 1070 537 0.2880
RPSA ENST00000301821 NM_002295 13 28 13 4 110 887 1076 0.15368
C1QA ENST00000374642 NM_015991 20 42 5 14 86 737 275 0.3101
FCN3 ENST00000270879 NM_003665 26 sesenta y cinco0 4 7 899 253 3.0178
STAT5B ENST00000293328 NM_012448 60 105 3 106 170 2363 2638 1.31577

JAK3 ENST00000458235 NM_000215 186 395 6 131 101 3374 1974 3.69742
ZAP70 ENST00000264972 NM_001079 100 170 21 39 208 1859 383 1.4699
Página 15
Genes de control
Gene
Transcripción ID de nucleótido
Nombre variantes variantes variantes variantes longitud longitud longitud Índice - G
Phred
ACTO ENST00000331789 NM_001101 60 58 13 43 85 1127 640 N/A
ARPC ENST00000259477 NM_030978 15 13 7 40 87 461 493 N/A
ADRA1A ENST00000380586 NM_033303 128 271 dieciséis 25 437 1427 440 5.12161
APOA4 ENST00000357780 NM_000482 59 116 2 14 105 1190 165 3.38677
ABHD2 ENST00000352732 NM_152924 43 74 18 308 521 1277 6963 1.24066
CDHR1 ENST00000372117 NM_033100 91 231 5 108 127 2579 4082 5.36670
CCT6A ENST00000275603 NM_001762 39 74 14 30 165 1595 922 3.94523
COL9A1 ENST00000357250 NM_001851 109 270 10 71 160 2765 880 17.93014
CYP1A1 ENST00000395048 NM_000499 36 151 3 42 123 1538 947 8.23125
DHX8 ENST00000262415 NM_004941 79 131 7 57 122 3662 485 1.39801
DCTN1 ENST00000361874 NM_004082 98 254 11 17 319 3836 363 4.54937
E2F1 ENST00000343380 NM_005225 39 66 3 38 141 1313 1268 2.63160
ANGPTL1 ENST00000234816 NM_004673 40 94 17 51 477 1475 1603 1.77414
KDELC2 ENST00000323468 NM_153705 28 75 4 72 67 1523 2721 3.29002
Página 16
HSP90AA1 ENST00000334701 NM_001017963 90 142 dieciséis 45 346 2564 977 2.04609
HCAR1 ENST00000432564 NM_032554 36 64 4 77 244 1040 1693 3.33717

IFNAR2 ENST00000382241 NM_207585 46 102 18 61 360 1547 1013 4.30687
LTBP1 ENST00000418533 NM_001166264 146 348 4 47 142 4061 979 5.77162
DUSP1 ENST00000239223 NM_004417 27 45 13 26 249 1103 688 3.19307
ACAD9 ENST00000308982 NM_014049 53 102 11 28 203 1865 540 2.84303
MYO15A ENST00000205890 NM_016239 279 620 dieciséis 26 339 10592 945 16.09179
NFATC1 ENST00000253506 NM_001278669 149 188 dieciséis 98 454 2831 1746 8.00523
OTUB1 ENST00000538426 NM_017670 24 25 2 46 605 815 890 2.06462
PRDX1 ENST00000262746 NM_002574 15 41 20 15 342 599 322 0.75000
PSMA1 ENST00000396394 NM_002786 27 24 18 6 147 791 343 0.79430
TYRO3 ENST00000263798 NM_006293 96 181 1 31 237 2672 1092 7.27014

RYR1 ENST00000355481 NM_001042723 675 1785 10 7 131 15101 144 8.51518
ANKS1A ENST00000360359 NM_015245 110 200 10 104 143 3404 2808 5.26551
TSPAN1 ENST00000372003 NM_005727 16 46 13 19 475 725 439 1.21738
VAMP1 ENST00000396308 NM_014231 6 10 22 21 369 356 2245 0.16428

Texto Complementario

Transféré par

Informations du document

Titre original

Copyright

Formats disponibles

Partager ce document

Partager ou intégrer le document

Options de partage

Avez-vous trouvé ce document utile ?

Ce contenu est-il inapproprié ?

Droits d'auteur :

Formats disponibles

Texto Complementario

Transféré par

Droits d'auteur :

Formats disponibles

25/10/2017 Texto complementario: Materiales y métodos Cultivo in vitro y expansión de células CD3high de pati deficientes en CD247 y CD3γ

La clonación y secuenciación de la γ CD247, CD3, CD16 y Fc ε genes gamma RI

Generación de construcción CD247

Generación de Lentivirus y transducción de células Ma5.8

Análisis de variación génica

1. Demaison C, Parsley K, Brouns G, y col. Transducción de alto nivel y gen

Primers utilizados para PCR y secuenciación

Gene Cebador directo Reverso imprimación

Tabla complementaria 2: Resumen de los varios parámetros para cada CD247

paciente, un paciente deficiente en CD16A y controles sanos. Posición genética

Paciente deficiente en CD247

Gene Gene Codon

Original T> C 147 CDS Met> Thr 18/20

Revertido C> T 147 CDS Detener> Cumplido 2/20

Variación 1 C> T 174 CDS Ala> Val 1/20

Variación 2 C> A 224 CDS Leu> Met 1/20

Variación 3 G> C 280 CDS Ile> Ile 1/20

Variación 4 A> G 342 CDS Gln> Arg 1/20

Variación 5 C> T 346 CDS Gly> Gly 1/20

Variación 6 A> G 488 CDS Arg> Gly 1/20

Variación 7 C> T 617 CDS Gln> Stop 1/20

Variación 8 T> A 921 3'UTR - 1/20

Variación 9 A> G 1291 3'UTR - 1/20

Variación 10 C> A 1338 3'UTR - 1/20

Variación 11 A> G 1444 3'UTR - 1/20

Variación 12 T> C 1450 3'UTR - 1/20

Variación 13 A> G 1466 3'UTR - 1/20

Variación 14 A> T 1481 3'UTR 20/20

Variación 15 C> T 1527 3'UTR - 1/20

Paciente deficiente en CD16A

Gene Gene Codon

Variación 1 A> - 155 CDS Cambio de marco 1/27

Variación 2 C> T 174 CDS Ala> Val 2/27

Variación 3 T> C 237 CDS Leu> Pro 3/27

Variación 4 T> C 303 CDS Val> Ala 3/27

Variación 5 A> G 356 CDS Arg> Arg 1/27

Variación 6 T> C 369 CDS Val> Pro 3/27

Variación 7 G> T 378 CDS Gly> Val 1/27

Variación 8 G> T 389 CDS Glu> Stop 2/27

Variación 9 A> G 498 CDS Lys> Met 1/27

Variación 10 A> G 573 CDS Gln> Arg 1/27

Variación 11 A> G 605 CDS Asp> Gly 1/27

Variación 12 C> T 617 CDS Su> Su 1/27

Variación 13 C> T 620 CDS Gln> Stop 1/27

Variación 14 A> G 704 3'UTR - 1/16

Variación 15 T> C 725 3'UTR - 1/16

Variación 16 A> G 740 3'UTR - 1/16

Variación 17 T> C 804 3'UTR - 1/16

Variación 18 A> G 824 3'UTR - 1/16

Variación 19 T> A 835 3'UTR - 1/16

Variación 20 T> G 871 3'UTR - 1/16

Variación 21 G> A 881 3'UTR - 1/16

Variación 22 T> C 882 3'UTR - 1/16

Variación 23 T> A 912 3'UTR - 1/16

Variación 24 A> G 997 3'UTR - 2/16

Variación 25 T> C 1005 3'UTR - 1/16

Variación 26 T> C 1010 3'UTR - 1/16

Variación 27 G> A 1039 3'UTR - 2/16

Variación 28 G> A 1160 3'UTR - 1/16

Variación 31 G> A 1265 3'UTR - 1/16

Variación 32 C> G 1333 3'UTR - 1/16

Variación 33 T> C 1369 3'UTR - 1/16

Variación 34 G> A 1425 3'UTR - 1/16