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INVESTIGACIÓN ARTÍCULO

de organismos individuales, informes recientes de Venter

et al. (9) y Baker et al. (10) han demostrado la utilidad de este


enfoque para el estudio de las comunidades microbianas mixtas. Las

Análisis metagenomático del microbioma del intestino variaciones en la abundancia relativa de cada miembro de la
comunidad microbiana y sus respectivos tamaños del genoma

distal del humano determinar la profundidad final de cobertura de secuencia para


cualquier organismo en un nivel particular de secuenciación. Esto
significa que las secuencias del genoma de especies abundantes
Steven R. Gill, 1 * ‡ Mihai Pop, 1 † Robert T. DeBoy, 1 Paul B. Eckburg, 2,3,4
estarán bien representados en un conjunto de lee, mientras que las
Peter J. Turnbaugh, 5 S. Buck Samuel, 5 Jeffrey I. Gordon, 5 David A. Relman, 2,3,4
especies de abundancia inferiores pueden ser representados por un
Claire M. Fraser-Liggett, 1,6 Karen E. Nelson 1
pequeño número de secuencias de escopeta aleatorio. De hecho, el
tamaño y la profundidad de la cobertura (calculado como la relación
La microbiota intestinal humano está compuesto de 10 13 a 10 14 microorganismos cuyo genoma colectiva ( '' microbioma '') contiene al
entre la longitud total de las lecturas colocado en contigs y el tamaño
menos 100 veces más genes como nuestro propio genoma. Analizamos MI 78 millones de pares de bases de secuencia de ADN única y
total de los contigs) de genoma asambleas generados a partir de un
2,062 cadena de la polimerasa reacción-amplificó 16 S secuencias de ADN ribosomal obtenidos a partir de los ADN fecales de dos
proyecto metagenómica puede proporcionar información sobre la
adultos sanos. Uso de la función metabólica análisis de los genes identificados, se compararon nuestro genoma humano con el
abundancia relativa de las especies.
contenido medio de genomas microbianos previamente secuenciados. Nuestra microbioma ha enriquecido significativamente el
metabolismo de glicanos, aminoácidos, y xenobióticos; metanogénesis; y 2-metil- RE- biosíntesis de vitaminas y isoprenoides eritritol
4phosphate vía mediada. Por lo tanto, los seres humanos son superorganismos cuyo metabolismo representa una amalgama de
microbiana y atributos humanos.
Un total de 65.059 y 74.462 secuencia de alta calidad lee
se generaron a partir de bibliotecas de ADN al azar creados

descargado de
con muestras fecales de dos seres humanos sanos (sujetos 7
Q 100 veces tantos genes como nuestro par 2,85 mil millones de y 8). Estos dos sujetos, edades 28 y 37, mujeres y hombres,

O
supera ur
nuestras
bial comunidades cuyos miembros agregada
células
superficies somáticas
corporales son el yhogar
germinales
de micro-humanas por
lo menos un orden de magnitud. La gran mayoría de estos
bases (pb) del genoma humano ( 1). Por lo tanto, una visión
superorganismal de nuestro paisaje genético debe incluir genes
incorporados en nuestro genoma humano y los genes de nuestro
respectivamente, no habían utilizado antibióticos u otros
medicamentos durante el año antes de la recogida de
muestras ( 11). El intestino distal secuenciado combinado ''
microbios (10 a 100 billones de dólares) habitan en el tracto microbioma afiliada, mientras que una visión completa de nuestra microbioma '' de sujetos 7 y 8 consistía en 17,668 contigs que

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gastrointestinal, con el mayor número que residen en el metaboloma abarcaría las redes metabólicas basadas en ensamblan en
intestino distal, donde se sintetizan aminoácidos y vitaminas nuestras comunidades microbianas.
esenciales y componentes de proceso de las contribuciones 14.572 andamios, por un total de 33.753.108 pb. Los andamios
de otro modo no digeribles a nuestra dieta tales como Los progresos realizados con 16 S enumeraciones basadas en variaron en tamaño de 1.000 a 57.894 pb y los contigs de 92 a
polisacáridos de plantas ( 1). La más completa 16 S ribosomal ADNr ha revelado diferencias significativas en la pertenencia a una 44 747 pb. La profundidad media de cobertura de secuencia en
DNA (rDNA) basada en la secuencia de enumeración del comunidad entre adultos sanos ( 2, 3), diferencias que pueden contigs era 2,13 veces. El cuarenta por ciento de la lee (56.292
intestino distal y microbiota fecal publicado hasta la fecha contribuir a las variaciones en la fisiología normal entre individuos o total) no pudo ser montados en contigs, muy probablemente
subraya su naturaleza altamente seleccionado. Entre las 70 que pueden predisponer a la enfermedad. Por ejemplo, los estudios debido a una combinación de baja profundidad de la cobertura y
divisiones (profundos linajes evolutivos) de bacterias y en humanos y modelos de ratones gnotobióticos indican que la baja abundancia de algunos organismos dentro de los
arqueas de 13 divisiones descritas hasta la fecha, el intestino nuestras relaciones mutualistas con la microbiota intestinal influencia especímenes. En conjunto, estas personas solas representaron
distal y la microbiota fecal de los tres adultos sanos maduración del sistema inmunitario ( 4), modular las respuestas a la un adicional

el 9 de mayo 2019
estudiados fue dominado por sólo dos divisiones bacterianas, lesión de células epiteliales ( 5), afectar el equilibrio de energía ( 6),
la bacteroidetes y la Firmicutes, que compone 9 99% de los 45078063 pb de ADN. Un total de 50,164 marcos de lectura
tipos filogenéticas identificadas (filotipos), y por uno archaeon abierta (ORFs) se predijo a partir del conjunto de datos (25.077
metanogénicas prominente, y biotransformaciones de apoyo que estamos illequipped a cabo por para sujetos 7 y 25087 para sujetos 8). Estos ORFs
nuestra cuenta, incluyendo el procesamiento de los xenobióticos ( 7). Sin corresponden a 19.866 coincidencias únicas bases de datos
embargo, estamos limitados por nuestra continua incapacidad para (13,293 para sujetos 7; 12273 para sujetos 8; 5700 que
cultivar la mayoría de nuestros miembros de la comunidad microbiana estaban presentes en ambos). alineaciones ORFbased contra
Methanobrevibacter smithii (2). Se estima que el microbioma indígenas, sesgos introducidos por reacción en cadena de la bases de datos públicas identificaron 259 contigs en sujetos 7
intestinal distal humana para contener polimerasa preferencial (PCR) de amplificación de 16 S y 8 330 en sujetos que pueda asignarse a los miembros de
arqueas, más de 5992 contigs sujeta 7 y 8 sujetos de 7138
1 El Instituto de Investigación Genómica, 9712 Medical Center Drive, Rockville, rDNA genes y por nuestra capacidad limitada para inferir la función del asignable a los miembros de las bacterias (Tabla S1). El
MD 20850, EE.UU.. 2 Departamento de Medicina, Escuela de Medicina de la organismo a partir de estas secuencias de genes. contigs restantes no ha producido ningún ORF que se sabe o
Universidad de Stanford, Stanford, CA
Al igual que con el suelo ( 8) y al océano ( 9), análisis de se asignaron de forma ambigua.
94305, EE.UU.. 3 Departamento de Microbiología e Inmunología, 299 Campus
metagenómica de comunidades complejas ofrece la oportunidad de
Drive, Universidad de Stanford, Stanford, CA
94305, EE.UU.. 4 Sistema de Asuntos de Veteranos de Palo Alto Health Care, Palo examinar de manera exhaustiva cómo los ecosistemas responden a
Alto, CA 94304, EE.UU.. 5 Centro de Ciencias del Genoma de la Escuela de las perturbaciones ambientales, y en el caso de los seres humanos,
Medicina de St. Louis, MO 63108, EE.UU. Universidad de Washington. 6 Departamentoscómo nuestros ecosistemas microbianos contribuyen a la salud y la La comprensión de la diversidad dentro de nuestras muestras se
de Farmacología y Fisiología y Microbiología y Enfermedades Tropicales, George
enfermedad. En el estudio actual, se utiliza un enfoque de obtuvo mediante la comparación de un subconjunto de la escopeta
Escuela de Medicina de la Universidad de Washington, Washington, DC 20037,
EE.UU..
metagenómica para revelar la diversidad genética y genómica lee a la secuencia completa de Bifidobacterium longum, un miembro
microbiana y para identificar algunos de los atributos funcionales de las bacterias del ácido láctico presentes en el intestino distal de

* Dirección actual: Departamento de Biología Oral de la Universidad Estatal de distintivos codificados en nuestro microbioma intestinal distal. seres humanos sanos ( 12). Un total de 1965 lee de los datos
Nueva York en Buffalo, Buffalo, NY 14214, EE.UU.. † Dirección actual: Centro combinados establecidos a partir de sujetos 7 y 8 podrían estar
de Bioinformática y Biología Computacional de la Universidad de Maryland,
alineados con la secuencia del genoma de
College Park, MD
La secuenciación del microbioma. Aunque escopeta
20742, EE.UU..

‡ A quién debe dirigirse la correspondencia. E-mail: secuenciación de todo el genoma y montaje históricamente B. longum. Estas lecturas representadas un total de
srgill@buffalo.edu se han aplicado al estudio 1.617.706 pb de la secuencia de ADN, que corres-

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ponde a MI la cobertura de 0,7 veces de la B. longum Actinobacteria) ( higo. S1 A). Análisis similares basadas en una Q detectado con la continuación de la secuenciación a partir de estas muestras
genoma. Había una gran cantidad de heterogeneidad en la se proporcionan 99% umbral de similitud ( 11). de heces (fig. S1, B a D).

secuencia de nucleótidos en el 1965 lee que alineado con el B. análisis funcional comparativo de la microbioma intestinal
longum secuencia del genoma (80 a 100% de identidad) con Aunque no hubo Bacteroidetes dieciséis S distal. Para delinear cómo el microbioma intestinal distal humana
el 52% de las lecturas alineado en la identidad de menos de secuencias de ADNr identificados en los conjuntos aleatorios y nos dota de propiedades fisiológicas que no hemos tenido que
95% (Fig. 1A). Estos datos sugieren que estas lecturas no se bibliotecas de clones, amplificación con especificidad de evolucionar por nuestra cuenta, hemos explorado el potencial
derivan de una única cepa discreta de especie 16 S cebadores de ADNr produjeron secuencias de Bacteroides
metabólico de la microbiota en temas 7 y 8 utilizando KEGG
fragilis y Bacteroides uniformis. Esta relativa escasez de Bacteroidetes
(Kyoto Enciclopedia de genes y genomas, la versión 37) vías y
B. longum en sujetos 7 y 8, pero en cambio, reflejar la secuencias está en conflicto con datos de otros estudios ( 2, 3). Estade los dientes (agrupaciones de Orthologous grupos) ( 15, dieciséis).
presencia de múltiples cepas, así como otros filotipos discrepancia puede haber sido causado por los sesgos Ambos esquemas de anotación contienen categorías de
Bifidobacterium en la microbiota intestinal distal. conocidos asociados con los métodos de lisis y extracción de funciones metabólicas organizados en varios niveles jerárquicos:
ADN fecales utilizados en el estudio actual con respecto a Bacteroides
enzimas mapas análisis KEGG en vías metabólicas conocidas;
Trabajo previo ( 2) ha demostrado que las especies archaeal, spp. ( 14); aunque menos probable, también es posible que los análisis COG utiliza relaciones evolutivas (ortólogos) al grupo
en particular M. smithii, también son actores importantes en el miembros de la genes relacionados funcionalmente. La odds ratio se usan para
ecosistema intestinal distal humana. M. smithii estuvo representada clasificar el enriquecimiento relativo o subrepresentación de
en nuestro conjunto de datos en MI cobertura 3.5fold, como se COG y KEGG categorías. Un odds ratio de uno indica que la
indica por el 7955 escopeta lee que emparejado este proyecto de Bacteroidetes división son menos abundantes en las heces de los comunidad de ADN tiene la misma proporción de los accesos a
montaje (Fig. 1B). La presencia de M. smithii también está apoyado sujetos 7 y 8. Además, con respecto a la PCR amplificado 16 S datos una categoría dada como el conjunto de comparación de datos;
por la identificación de ocho partiallength 16 S secuencias de ADNr de la secuencia de ADNr, puede haber sesgos asociados con los un odds ratio mayor que uno indica el enriquecimiento (más
con 99.65 a 100% de identidad a M. smithii. diferente a B. longum, cebadores o condiciones de reacción de PCR. Argumentos similares visitas a una determinada categoría de lo esperado), mientras
se aplican a otros grupos taxonómicos insuficientemente que un odds ratio inferior a uno indica underrepresen-
representados, así como el actinobacteria y proteobacterias

descargado de
la mayoría (89%) de las alineaciones de M. smithii
tenía 95% o mejor identidad de secuencia con el proyecto de filos. Las estimaciones de la diversidad indican que al menos
montaje, lo que indica baja divergencia entre 300 filotipos bacterianas únicas serían
Methanobrevibacter cepas presentes en nuestras muestras. Más de
la mitad de los contigs de arqueas en nuestro conjunto de datos
tenía una similitud significativa con M. smithii: 145 de 259 contigs Figura 1. Comparación de UNA

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archaeal en sujetos 7 y 174 de 330 contigs archaeal desde sujeto 8 metagenoma azar lee con
tenían partidos Q 100 bases, y Q 80% de identidad con un proyecto genoma completo de
100
de montaje profunda de este genoma ( 13),
Bifidobacterium longum
y Methanobrevibacter smithii. ( UNA) El
95
porcentaje de identidad gráfica (PIP) de
coherentes con los informes anteriores sobre la abundancia de esta
El porcentaje de identidad

alineaciones de escopeta lee a lo largo del


especie en el intestino humano. 90
genoma de B. longum cepa NCC2705. los X
La identificación de filotipos. Exploramos la diversidad
eje Y representa la coordenada a lo largo 85
bacteriana en las dos muestras de heces con el análisis de los
del genoma, y ​el y eje y representa el
16 S secuencias de ADNr de los conjuntos de escopeta al azar y
porcentaje de identidad del partido. ( SEGUNDO) 80
de bibliotecas de clonado, amplificado por PCR 16 S ADNr.
El porcentaje de identidad gráfica (PIP) de
evaluaciones filogenético de las censo comunidad microbiana

el 9 de mayo 2019
la alineación de la escopeta lee a lo largo 75

locales proporcionan un punto de referencia para la del proyecto genoma de M. smithii. los X eje
interpretación de las predicciones funcionales a partir de datos Y representa la coordenada a lo largo de 70

metagenomic. De los 237 de longitud bacteriana parcial 16 S secuencias


un pseudomolecule formada mediante la
de ADNr identificados en los conjuntos de escopeta, se concatenación de todos los contigs en el M. 0 500000 1000000 1500000 2000000
seleccionaron 132 secuencias bacterianas para su posterior smithii proyecto de montaje. los y
Bifidobacterium longum NCC2705
análisis ( 2, 11). El uso de una definición pairwise similitud mínimo
97%, se identificaron 72 filotipos bacterianas. Sólo se identificó segundo

un filotipo archaeal (es decir, M. smithii). Dieciséis filotipos


bacterianas (22,2%) fueron novela, y 60 (83,3%) representados
100
especies no cultivadas. Los filotipos bacterianas fueron eje y representa el porcentaje de

asignados a sólo dos divisiones, la (Firmicutes 62 filotipos, 105 identidad del partido. La variación en el
95
porcentaje de identidad de los partidos
secuencias) y la actinobacteria
entre la escopeta lee a partir de sujetos
El porcentaje de identidad

90
7 y 8 en comparación con las
secuencias del genoma de B. longum NCC2705 85
sugiere una considerable diversidad
(10 filotipos, 27 secuencias). Sesenta de la
entre los organismos de Bifidobacterium 80
Firmicute filotipos pertenecía a la clase
similar dentro de nuestras muestras.
clostridios, incluso clostridios XIV clúster y
Alineaciones de las lecturas del 75
Faecalibacteria. Análisis de 2062 casi de longitud completa
proyecto de genoma de M. smithii exhiben
amplificó por PCR 16 S secuencias de ADNr (1024 de sujeto una gama mucho más estrecha de 70

7 y 1038 de sujeto 8) revelaron una distribución similar porcentaje de identidad (89% de las
filogenética entre taxones de orden superior, pero una alineaciones se 0 500000 1000000 1500000
población más diversa a nivel de especie. Usando un Q 97%
Methanobrevibacter smithii
umbral de similitud filotipo, se identificaron 151 filotipos
(23% novela; 150 Firmicutes; 1 en 95% o mejor identidad en comparación con 48% para B. longum), consistentes con los niveles más bajos de diversidad entre los miembros
archaeal del tracto gastrointestinal.

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tación (menor número de visitas a una determinada categoría de lo Anfitrión moco proporciona un depósito coherente de microbiota intestinal han indicado que una- vinculado fucosa terminal
esperado). odds ratio para la vía KEGG implicada en la biosíntesis de glucanos de la microbiota y por lo tanto, en principio, puede servir en glicanos anfitrión es una fuente atractiva y accesible de la
peptidoglicano (tabla S3), un componente principal de la pared celular para mitigar los efectos de los cambios marcados en la energía para los miembros de la microbiota tales como los
bacteriana, son consistentes con las expectativas: El microbioma disponibilidad de polisacáridos dietéticos ( 1). modelos gnotobióticos Bacteroidetes ( 1, 6). Varios responsables de la utilización de los COG
intestino humano es altamente enriquecido en relación con el genoma ratón de la humana son fucosa
humano (77,88), similar a todos secuenciado bacterias (1,83), y
moderadamente enriquecido en relación con Archaea todo 2.5

secuenciado (7,06).

Debido a que no hemos obtenido de saturación (ver a continuación),

que no podemos estar seguros de que un COG dado o componente de la

vía KEGG no está presente en el microbioma intestinal distal humano. Por *


*

Odds ratio (muestra / microbios secuenciados)


lo tanto, nos hemos centrado nuestro análisis en categorías funcionales

identificados que están enriquecidos en relación con los genomas


1.5 2
*
previamente secuenciados.

BLAST comparaciones de todas las secuencias produjeron *


62,036 accesos a la base de datos COG, correspondiente a
2407 COG únicas. estimaciones de la ECA y Chao1 de riqueza
de la comunidad fueron 2558 y 2553 COG, respectivamente.
Este grado observado de diversidad COG comunidad es mayor
0.5 1
que el descrito para un drenaje ácido de minas (1824 COG),
*

descargado de
pero menos que la descrita para la caída de ballenas (3332), el
suelo (3394), y las muestras Mar de los Sargazos (3714) ( 17). El
número de KEGG vías y términos COG enriquecido en el
0
microbiomas tracto digestivo distal humanos de sujetos 7 y 8 La producción de transporte transporte de ácido transporte [F] de [H] el transporte y el [I] el transporte transporte de iones [Q] biosíntesis de
[G] metabolismo [E] amino y el metabolitos
aparece en la Tabla S2. KEGG mapas y asignaciones del COG energía [C] nucleótidos y el metabolismo de la de lípidos y el [P] Inorganic

y la de carbohidratos y metabolismo metabolismo coenzima metabolismo y el secundarios, y el


se puede encontrar en ( 11, 18, 19). conversión metabolismo transporte y el

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catabolismo

Figura 2. análisis COG revela funciones metabólicas que están enriquecidos o insuficientemente representados en el microbioma intestinal distal humano (en

relación con todos los microbios secuenciados). Código de color: negro, sujeta 7; gris, sujetas 8. bares por encima de ambas líneas de trazos indican el

El metaboloma de la microbiota intestinal distal humano. Ambos enriquecimiento, y las barras por debajo de ambas líneas indican subrepresentación ( PAG sol 0,05). Los asteriscos indican las categorías que son
sujetos humanos mostraron patrones similares de significativamente diferentes entre los dos sujetos ( PAG sol 0,05). la biosíntesis de metabolitos secundarios incluye antibióticos, pigmentos, y péptidos no

enriquecimiento para cada COG (Fig. 2) y KEGG (Fig. 3) ribosómicos. el transporte de iones inorgánicos y el metabolismo incluyen fosfato, sulfato, y varios transportadores de cationes.

categoría implicado en el metabolismo. Sin embargo, en


comparación con sujetos 7, sujeto 8 se enriqueció para la
producción de energía y la conversión; transporte y metabolismo
de los carbohidratos; el transporte de aminoácidos y el 7

metabolismo; transporte coenzima y el metabolismo; y

el 9 de mayo 2019
metabolitos secundarios biosíntesis, transporte, y el catabolismo
6
* *
(Microbioma intestino humano / genomas de referencia)

(Fig. 2). En este momento, no está claro si estas diferencias 5

reflejan una cobertura limitada de sus microbioma u otros


*
factores como la dieta de acogida, el genotipo y el estilo de vida.
4
*
odds ratio

*
El análisis se presenta a continuación combina los genes 3

* *
identificados en los microbiotas fecales de ambos sujetos para *
2 *
crear un agregado '' microbioma intestinal distal humano ''.
* * **
1 * * * *
* * * * * *
* * *
0
*
Los polisacáridos de plantas que comúnmente
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consumimos son ricos en xylan-, pectina, y estructuras de


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carbohidratos que contienen arabinosa. El genoma humano


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carece de la mayoría de las enzimas necesarias para degradar


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estos glicanos ( 20). Sin embargo, el microbioma intestinal distal


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M

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M

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ye
M

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nos proporciona esta capacidad ( 1) ( La Fig. 3 y las tablas de


m

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Bi
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S3 y S4). El microbioma intestino humano está enriquecida


é

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M

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Po

ín
et

os
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para genes implicados en almidón y metabolismo de la


M

Bi

sacarosa (fig. S2) más el metabolismo de la glucosa,


Fig. 3. KEGG reconstrucciones vía revelan funciones metabólicas que están enriquecidos o insuficientemente representados en el microbioma
galactosa, fructosa, arabinosa, manosa, y xilosa (tabla S4). Al
intestinal distal humana de la siguiente manera: Ambas muestras en comparación con todos los genomas secuenciados bacterianas en KEGG
menos 81 familias de glucósido hidrolasa diferentes están (azul), el genoma humano (rojo), y todos los genomas archaeal secuenciados en KEGG (amarillo ). Los asteriscos indican enriquecimiento (odds
representados en el microbioma, muchos de los cuales no ratio 9 1, PAG sol 0,05) o subrepresentación (odds ratio sol 1, PAG sol 0,05). La categoría KEGG '', el metabolismo de otros aminoácidos '', incluye
están presentes en la '' glycobiome '' (S5 tabla) humano. los aminoácidos que no se incorporan en las proteínas, tales como segundo- alanina, taurina y glutatión. odds ratios son una medida de contenido de
genes relativo basado en el número de accesos independientes a enzimas presentes en una categoría KEGG dado.

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enriquecido en el microbioma intestinal humano en relación con todos los vías como alternativos. se han observado Mejora de las tasas de debido a que algunas bacterias patógenas utilizan la vía MEP en
genomas microbianos (Tabla S4). crecimiento bacteriano, la fermentación de polisacáridos, y la lugar de la vía de mevanolate para la biosíntesis de IPP ( 29). Sin
La fermentación de la fibra dietética o glicanos derivados del producción de SCFA cuando las bacterias (por ejemplo, Fibrobacter embargo, nuestro estudio metagenómica indica que este enfoque
huésped requiere la cooperación de grupos de microorganismos succinogenes puede ser perjudicial para themicrobiota y, a su vez, el anfitrión.
enlaces en una cadena trófica. fermentadores proceso primario y Ruminococcus flavefaciens) se cocultivaron con una Methanobrevibacter
glicanos a ácidos grasos de cadena corta (AGCC), principalmente especies ( 24). El microbioma intestinal distal se enriquece para Detoxificación de xenobióticos podría afectar el anfitrión en una
acetato, propionato, y butirato, además de gases (es decir, H 2 y muchas ruedas dentadas que representa genes clave en la vía variedad de formas, que van desde la susceptibilidad al cáncer a la
compañía 2). La mayor parte de AGCC son absorbidos por el anfitrión: metanogénicas (Fig. 4, C y D), en consonancia con la importancia eficiencia del metabolismo de los fármacos. efectos fenólicos
Juntos, representan MI 10% de las calorías extraídas de una dieta de H 2 eliminación del ecosistema intestinal distal a través de la derivados de plantas dietéticos, tales como flavonoides y cinamatos,
occidental cada día (ya 21). Los análisis de COG demostró metanogénesis. se haya pronunciado sobre las células de mamíferos ( 30-32).
enriquecimiento de los genes clave implicados en la generación de
acetato, butirato, lactato, y succinato en el microbioma intestinal en El microbioma intestinal distal se enriquece para una La hidrólisis de glicosídicos o éster vínculos fenólicos se produce en el
comparación con todos los genomas microbianos en la base de variedad de engranajes implicados en la síntesis de los intestino distal por microbiana segundo-
datos COG (tabla S6). El COG más enriquecido estaba relacionado aminoácidos esenciales y vitaminas (tablas S7 y S8). Ruedas glucosidasas, segundo- rhamnosidases, y esterasas ( 33). El
con butirato de quinasa (odds ratio de 9,30), una enzima que facilita dentadas que representa enzimas en el MEP (2-metil- RE- eritritol microbioma intestinal distal humana se enriquece para segundo- glucosidasa
la formación de butyrylcoenzyme A mediante la fosforilación de 4-fosfato) y la vía, que se utiliza para la biosíntesis de (COG1472, COG2723 en la Tabla S4; PAG sol 0,0005; glicosidasa
butirato. Este enriquecimiento subraya el importante compromiso de desoxixilulosa 5-fosfato (DXP) y isopenteryl pirofosfato (IPP), familias GH3 y GH9 en el cuadro S5). conjugados glucurónidos de
la microbiota intestinal distal a la generación de este biológicamente están enriquecido notablemente ( PAG sol xenobióticos y sales biliares inducir microbiana segundo- actividad
significativa SCFA, que sirve como la fuente de energía principal glucuronidasa ( 34). El microbioma se enriquece en esta actividad
para los colonocitos y puede fortalecer la barrera de la mucosa 0,0001; en relación con todos los microbios secuenciados) (Fig. 4, enzimática (es decir, COG3250; tabla S4). análisis KEGG también
intestinal mediante la estimulación de su crecimiento ( 22). A y B). DXP es un precursor en la biosíntesis de vitaminas indica enriquecimiento para vías de señalización implicadas en la
esenciales para la salud humana, includingB 1 ( tiamina) y B 6 ( forma degradación de tetracloroeteno, dicloroetano, caprolactama, y

descargado de
de piridoxal) ( 25). IPP se encuentra en todas las células ​benzoato de (tabla S3).
procarióticas y eucarióticas conocidas y puede dar lugar a al
menos
La acumulación de H 2, un producto final de fermentación 25.000 derivados conocidos, incluyendo lípidos de membrana Conclusión. Este análisis metagenómica comienza a definir el

bacteriana, reduce la eficiencia del procesamiento de archaeal ( 26), carotenoides ( 27), y colesterol ( 28). En conjunto, contenido de genes y atributos funcionales codificados de la microbioma

polisacáridos dietéticos ( 23). estos resultados indican que la vía MEP es mucho mejor intestinal en los seres humanos sanos. Futuros estudios son necesarios

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La producción de metano por archaeons metanogénicas mesófilas representado en el microbioma intestinal humana distal que se para proporcionar una cobertura más profunda de la microbioma y para

es una vía importante para la eliminación de H 2 desde el intestino conocía anteriormente. La vía MEP se ha propuesto como un evaluar los efectos de la edad, la dieta y estados patológicos (por

distal humana ( 23), Aunque la reducción de sulfato y objetivo para el desarrollo de nuevos antibióticos, ejemplo, enfermedades inflamatorias del intestino, obe-

homoacetogenesis sirven

UNA segundo odds ratio


0 5 10 15
gliceraldehído piruvato
3-fosfato
COG1154 DXP (1-desoxi-D-xilulosa 5-fosfato) sintasa (dxs)

DXP tiamina reductoisomerasa DXP (DXR)


COG0743

el 9 de mayo 2019
MEP COG1211 4-diphosphocytidyl-2-metil-D-erithritol sintasa (ISPD)
(2-metil-D-eritritol 4-fosfato)
COG1947 4-diphosphocytidyl-2C-metil-D-eritritol sintasa 2-fosfato (ISPE) 2C-metil-D-eritritol sintasa

COG0245 2,4-ciclodifosfato (ISPF)

COG0821 1-hidroxi-2-metil-2- (E) butenil 4-difosfato sintasa (ISPG) 1-hidroxi-2-metil-2- (E) butenil

COG0761 reductasa 4-difosfato (ISPH)


IPP
(Pirofosfato de isopentenilo)

CO 2
do re Odds

0 5 10 15 20 25
F420 coenzima

COG1152 CO deshidrogenasa, subunidad alfa


reducida F420 coenzima metileno-H 4 MPT

COG1614 CO deshidrogenasa, subunidad beta

acetil-CoA
COG4059 H 4 MPT S-metiltransferasa, E subunidad
5-metil-H 4 MPT
5-metil-H 4 SPT COG1908 F420-reducción de hidrogenasa, subunidad delta

metil-com
COG1148 reductasa heterodisulfide, subunidad relación A

CdM -SS mazorca COG4056 coenzima Metil M reductasa, subunidad C

CdM Mazorca METANO

Fig. 4. la biosíntesis de isoprenoides través de la vía MEP y metanogénesis son altamente enriquecido en el necesario convertir DXP para IPP y tiamina están enriquecidos ( PAG sol 0,0001 en relación con todos los
microbioma intestinal distal. ( UNA) vía MEP para la biosíntesis de isoprenoides. ( SEGUNDO) Odds ratio para microbios secuenciados). ( DO) Localización y función de las enzimas clave en la metanogénesis. ( RE) Odds ratio
cada COG en la vía MEP. todas las enzimas para cada COG resaltado en (C).

1358 2 JUNE 2006 VOL 312 CIENCIA www.sciencemag.org


sidad y cáncer) en el microbioma intestinal distal de los seres 9. JC Venter et al., Science 304, 66 (2004). 32. G. Williamson, GW Plumb, Y. Uda, KR precio, MJ Rodas,
10. GW Tyson et al., Nature 428, 25 (2004). carcinogénesis 17, 2385 (1996).
humanos que viven en diferentes entornos. muestreo periódico del
11. Materiales y métodos están disponibles como material de apoyo en Ciencia 33. H. Schneider, A. Schwiertz, MD Collins, M. Blaut, Arco.
microbioma intestinal distal (y de las otras comunidades microbianas)
En línea. Microbiol. 171, 81 (1999).
puede proporcionar información sobre los efectos del cambio 12. MA Schell et al., Proc. Natl. Acad. Sci. Estados Unidos 99, 34. AK Mallett, CA Bearne, IR Rowland, Appl. Reinar.
ambiental en nuestro '' microevolución. '' Los resultados deben 14422 (2002). Microbiol. 46, 591 (1983).
13. (http://gordonlab.wustl.edu/supplemental/Gill/Msmithii/ draftgenome /). 35. Agradecemos W. Nelson y I. Hance (El Instituto de Investigación Genómica), L.
proporcionar una visión más amplia de la biología humana, incluyendo
y E. Dethlefsen Bik (Stanford), y D. Leip (Universidad de Washington) por su
nuevos biomarcadores para la definición de nuestra salud ; nuevas
14. AL McOrist, M. Jackson, AR Bird, J. Microbiol. métodos valiosa ayuda. Este trabajo fue apoyado por la Defensa Agencia de
formas para optimizar nuestra nutrición personal; nuevas formas para 50, 131 (2002). Proyectos de Investigación Avanzada (DARPA) y la Oficina de Investigación
predecir la biodisponibilidad de los fármacos administrados por vía 15. M. Kanehisa, S. Goto, S. Kawashima, Y. Okuno, M. Hattori, Naval subvención no. ONR-N00014-02-1-1002 (SRG,

oral; y las nuevas formas de pronosticar nuestras predisposiciones Nucleic Acids Res. 32, D277 (2004).
16. RL Tatusov et al., Bioinformática BMC 4, 41 (2003). KEN), la WM Keck Foundation (JIG), la Fundación Médica Ellison (DAR,
individuales y sociales a trastornos tales como infecciones con
17. SG Tringe et al., Science 308, 554 (2005). JIG), y subvenciones NIH AI51259 (DAR) y DK70977 (JIG). BSS es un
patógenos, la obesidad y respuestas inmunitarias del huésped mal 18. (http://gordonlab.wustl.edu/supplemental/Gill). receptor de una beca de investigación graduado de la NSF
dirigidas o mal adaptados del intestino. 19. Base de datos disponible como material de apoyo en Ciencia (DGE-0202737). Este proyecto escopeta de todo el genoma ha sido
En línea. depositada en el Banco de ADN de datos de Japón (DDBJ), Laboratorio
20. URL (http://afmb.cnrs-mrs.fr/CAZY/). Europeo de Biología Molecular (EMBL), y GenBank bajo el
21. NI McNeil, A.m. J. Clin. Nutr. 39, 338 (1984). AAQK00000000 adhesión proyecto (sujeto 7) y AAQL00000000 (sujeto 8).
22. DL Topping, PM Clifton, Physiol. Rdo. 81, 1031 La versión descrita en este documento es la primera versión,

referencias y notas (2001). AAQK01000000 y AAQL01000000. Todo casi de longitud completa 16 S secuencias

1. F. Backhed, RE Ley, JL Sonnenburg, DA Peterson, 23. AJ Stams, Anton van Leeuwenhoek 66, 271 (1994). de ADNr se depositaron en DDBJ / EMBL / GenBank bajo el adhesiones

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INFORMES

modelo fenomenológico ( 11, 12) predicen que el estado fundamental


La cuantificación de la conductancia en una meseta de puede de hecho ser ferromagnético en un amplio intervalo de
densidad de electrones. Sin embargo, una meseta conductancia de

el 9 de mayo 2019
medio entero en un alambre simétrica GaAs Quantum campo cero en 0,5 (2 mi 2 / h) rara vez se informó en hilos cuánticos
de GaAs, lo que indica que spinpolarization completa y espontánea
no es un robusto propiedad en este sistema de material.
Presentamos la observación de una meseta de la conductancia
pronunciada a 0,5 (2 mi 2 / h),
R. Crook, * J. Prance, KJ Thomas, SJ Chorley, I. Farrer, DA Ritchie, M. Pepper, CG Smith

que nos referimos como la meseta 0,5, en un nuevo tipo de


Se presentan los datos de un arseniuro de galio inducida (GaAs) cable cuántico que exhibe una meseta conductancia adicional en 0,5 (2 mi 2
GaAs cable cuántico en campo magnético cero.
/ h), dónde mi es la carga de un electrón y h es la constante de Planck, en el campo magnético cero. La meseta fue más pronunciada
cuando el paisaje potencial fue sintonizado para ser simétrica mediante el uso de técnicas de barrido con sonda de baja temperatura.
Una estructura de la conductancia cerca de 0,7 (2 mi 2 / h)
espectroscopia de energía de la Fuente-drenaje y respuesta de la temperatura apoyan la hipótesis de que el origen de la meseta es la
se observa rutinariamente en hilos cuánticos de GaAs. Hay
espontánea spin-polarización de los electrones de transporte: una fase ferromagnética. Tales dispositivos pueden tener aplicaciones en el
varias teorías sobre el origen de esta
campo de la espintrónica a cualquiera de generar o detectar una corriente de espín polarizado sin las complicaciones asociadas con
0.7 estructura, y una de las más convincente es un estado
campos magnéticos externos o materiales magnéticos.
activado térmicamente de electrones spinpolarized
espontáneas y un estado fundamental con una conductancia de
2 mi 2 / h (13). Esta teoría se basa en la evolución suave
electrones de transporte. Si se levanta la degeneración, los observado de la estructura 0,7 en campo magnético cero en la

T múltiplos de 2 mi 2 / h (1, 2) es la firma de una sola


dimensión (1D) dedetransporte
que la cuantización balístico
la conductancia enentero
en número un cable
cuántico ( 3). El factor 2 es una consecuencia de la
electrones se convierten en spin-polarizada y una meseta de la
conductancia adicional se observa en
0,5 (2 mi 2 / h). Esto ocurre en un campo magnético externo grande,
meseta spinpolarized en 0,5 (2 mi 2 / h) en campos magnéticos
paralelos altas ( 14). En el campo magnético cero, el

degeneración del giro típicamente mayor que 5 T, pero también puede ocurrir en el campo 0.7 estructura ha sido observado para acercarse
magnético cero si las interacciones de intercambio favorecen un 0,5 (2 mi 2 / h) tanto con la disminución de ( 15, dieciséis) y aumentar ( 17) densidad
paralelo-spin ordenó estado fundamental, es decir, una fase de electrones o el aumento de longitud ( 17). En el mismo trabajo ( 15), una
Cavendish Laboratory, Thomson Avenida 19 JJ, Cambridge CB3 0HE, Reino Unido.
ferromagnética 1D. Los estudios teóricos utilizando un modelo 1D meseta a

* A quién debe dirigirse la correspondencia. E-mail: Hubbard ( 4-7), un teorema funcional de la densidad ( 8-10), o una 0,5 (2 mi 2 / h) apareciendo por bajas densidades de electrones se
rc230@cam.ac.uk informó, y el trastorno inducida espontánea

www.sciencemag.org CIENCIA VOL 312 2 JUNE 2006 1359


Análisis metagenomático del microbioma del intestino distal del humano
Steven R. Gill, Mihai Pop, Robert T. DeBoy, Paul B. Eckburg, Peter J. Turnbaugh, Samuel S. Buck, Jeffrey I. Gordon, David A.
Relman, Claire M. Fraser-Liggett y Karen E. Nelson

Ciencia 312 (5778), 1355-1359.


DOI: 10.1126 / science.1124234

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Artículo herramientas
http://science.sciencemag.org/content/312/5778/1355

complementarios http://science.sciencemag.org/content/suppl/2006/06/01/312.5778.1355.DC1

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materiales

Referencias Este artículo cita 29 artículos, 12 de los cuales se puede acceder de forma gratuita
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