INVESTIGACIÓN ARTÍCULO
de organismos individuales, informes recientes de Venter
Análisis metagenomático del microbioma del intestino
distal del humano
Steven R. Gill, 1 * ‡ Mihai Pop, 1 † Robert T. DeBoy, 1 Paul B. Eckburg, 2,3,4
Peter J. Turnbaugh, 5 S. Buck Samuel, 5 Jeffrey I. Gordon, 5 David A. Relman, 2,3,4
Claire M. Fraser-Liggett, 1,6 Karen E. Nelson 1
La microbiota intestinal humano está compuesto de 10 13 a 10 14 microorganismos cuyo genoma colectiva ( '' microbioma '') contiene al
menos 100 veces más genes como nuestro propio genoma. Analizamos MI 78 millones de pares de bases de secuencia de ADN única y
2,062 cadena de la polimerasa reacción-amplificó 16 S secuencias de ADN ribosomal obtenidos a partir de los ADN fecales de dos
adultos sanos. Uso de la función metabólica análisis de los genes identificados, se compararon nuestro genoma humano con el
contenido medio de genomas microbianos previamente secuenciados. Nuestra microbioma ha enriquecido significativamente el
metabolismo de glicanos, aminoácidos, y xenobióticos; metanogénesis; y 2-metil- RE- biosíntesis de vitaminas y isoprenoides eritritol
4phosphate vía mediada. Por lo tanto, los seres humanos son superorganismos cuyo metabolismo representa una amalgama de
microbiana y atributos humanos.
O
supera ur
nuestras
bial comunidades cuyos miembros agregada
células
superficies somáticas
corporales son el yhogar
germinales
de micro-humanas por
lo menos un orden de magnitud. La gran mayoría de estos
microbios (10 a 100 billones de dólares) habitan en el tracto
gastrointestinal, con el mayor número que residen en el
intestino distal, donde se sintetizan aminoácidos y vitaminas
esenciales y componentes de proceso de las contribuciones
de otro modo no digeribles a nuestra dieta tales como
polisacáridos de plantas ( 1). La más completa 16 S ribosomal
DNA (rDNA) basada en la secuencia de enumeración del
intestino distal y microbiota fecal publicado hasta la fecha
subraya su naturaleza altamente seleccionado. Entre las 70
divisiones (profundos linajes evolutivos) de bacterias y
arqueas de 13 divisiones descritas hasta la fecha, el intestino
distal y la microbiota fecal de los tres adultos sanos
estudiados fue dominado por sólo dos divisiones bacterianas,
la bacteroidetes y la Firmicutes, que compone 9 99% de los
tipos filogenéticas identificadas (filotipos), y por uno archaeon
metanogénicas prominente,
Methanobrevibacter smithii (2). Se estima que el microbioma
intestinal distal humana para contener
1 El Instituto de Investigación Genómica, 9712 Medical Center Drive, Rockville,
MD 20850, EE.UU.. 2 Departamento de Medicina, Escuela de Medicina de la
Universidad de Stanford, Stanford, CA
94305, EE.UU.. 3 Departamento de Microbiología e Inmunología, 299 Campus
Drive, Universidad de Stanford, Stanford, CA
94305, EE.UU.. 4 Sistema de Asuntos de Veteranos de Palo Alto Health Care, Palo
Alto, CA 94304, EE.UU.. 5 Centro de Ciencias del Genoma de la Escuela de
Medicina de St. Louis, MO 63108, EE.UU. Universidad de Washington. 6 Departamentoscómo nuestros ecosistemas microbianos contribuyen a la salud y la
de Farmacología y Fisiología y Microbiología y Enfermedades Tropicales, George
Escuela de Medicina de la Universidad de Washington, Washington, DC 20037,
EE.UU..
* Dirección actual: Departamento de Biología Oral de la Universidad Estatal de
Nueva York en Buffalo, Buffalo, NY 14214, EE.UU.. † Dirección actual: Centro
de Bioinformática y Biología Computacional de la Universidad de Maryland,
College Park, MD
20742, EE.UU..
‡ A quién debe dirigirse la correspondencia. E-mail:
srgill@buffalo.edu
www.sciencemag.org CIENCIA VOL 312 2 JUNE 2006
Q 100 veces tantos genes como nuestro par 2,85 mil millones de
bases (pb) del genoma humano ( 1). Por lo tanto, una visión
superorganismal de nuestro paisaje genético debe incluir genes
incorporados en nuestro genoma humano y los genes de nuestro
microbioma afiliada, mientras que una visión completa de nuestra
metaboloma abarcaría las redes metabólicas basadas en
nuestras comunidades microbianas.
Los progresos realizados con 16 S enumeraciones basadas en
ADNr ha revelado diferencias significativas en la pertenencia a una
comunidad entre adultos sanos ( 2, 3), diferencias que pueden
contribuir a las variaciones en la fisiología normal entre individuos o
que pueden predisponer a la enfermedad. Por ejemplo, los estudios
en humanos y modelos de ratones gnotobióticos indican que
nuestras relaciones mutualistas con la microbiota intestinal influencia
maduración del sistema inmunitario ( 4), modular las respuestas a la
lesión de células epiteliales ( 5), afectar el equilibrio de energía ( 6),
y biotransformaciones de apoyo que estamos illequipped a cabo por
nuestra cuenta, incluyendo el procesamiento de los xenobióticos ( 7). Sin
embargo, estamos limitados por nuestra continua incapacidad para
cultivar la mayoría de nuestros miembros de la comunidad microbiana
indígenas, sesgos introducidos por reacción en cadena de la
polimerasa preferencial (PCR) de amplificación de 16 S
rDNA genes y por nuestra capacidad limitada para inferir la función del
organismo a partir de estas secuencias de genes.
Al igual que con el suelo ( 8) y al océano ( 9), análisis de
metagenómica de comunidades complejas ofrece la oportunidad de
examinar de manera exhaustiva cómo los ecosistemas responden a
las perturbaciones ambientales, y en el caso de los seres humanos,
enfermedad. En el estudio actual, se utiliza un enfoque de
metagenómica para revelar la diversidad genética y genómica
microbiana y para identificar algunos de los atributos funcionales
distintivos codificados en nuestro microbioma intestinal distal.
La secuenciación del microbioma. Aunque escopeta
secuenciación de todo el genoma y montaje históricamente
se han aplicado al estudio
et al. (9) y Baker et al. (10) han demostrado la utilidad de este
enfoque para el estudio de las comunidades microbianas mixtas. Las
variaciones en la abundancia relativa de cada miembro de la
comunidad microbiana y sus respectivos tamaños del genoma
determinar la profundidad final de cobertura de secuencia para
cualquier organismo en un nivel particular de secuenciación. Esto
significa que las secuencias del genoma de especies abundantes
estarán bien representados en un conjunto de lee, mientras que las
especies de abundancia inferiores pueden ser representados por un
pequeño número de secuencias de escopeta aleatorio. De hecho, el
tamaño y la profundidad de la cobertura (calculado como la relación
entre la longitud total de las lecturas colocado en contigs y el tamaño
total de los contigs) de genoma asambleas generados a partir de un
proyecto metagenómica puede proporcionar información sobre la
abundancia relativa de las especies.
Un total de 65.059 y 74.462 secuencia de alta calidad lee
se generaron a partir de bibliotecas de ADN al azar creados
descargado de
con muestras fecales de dos seres humanos sanos (sujetos 7
y 8). Estos dos sujetos, edades 28 y 37, mujeres y hombres,
respectivamente, no habían utilizado antibióticos u otros
medicamentos durante el año antes de la recogida de
muestras ( 11). El intestino distal secuenciado combinado ''
microbioma '' de sujetos 7 y 8 consistía en 17,668 contigs que
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ensamblan en
14.572 andamios, por un total de 33.753.108 pb. Los andamios
variaron en tamaño de 1.000 a 57.894 pb y los contigs de 92 a
44 747 pb. La profundidad media de cobertura de secuencia en
contigs era 2,13 veces. El cuarenta por ciento de la lee (56.292
total) no pudo ser montados en contigs, muy probablemente
debido a una combinación de baja profundidad de la cobertura y
la baja abundancia de algunos organismos dentro de los
especímenes. En conjunto, estas personas solas representaron
un adicional
el 9 de mayo 2019
45078063 pb de ADN. Un total de 50,164 marcos de lectura
abierta (ORFs) se predijo a partir del conjunto de datos (25.077
para sujetos 7 y 25087 para sujetos 8). Estos ORFs
corresponden a 19.866 coincidencias únicas bases de datos
(13,293 para sujetos 7; 12273 para sujetos 8; 5700 que
estaban presentes en ambos). alineaciones ORFbased contra
bases de datos públicas identificaron 259 contigs en sujetos 7
y 8 330 en sujetos que pueda asignarse a los miembros de
arqueas, más de 5992 contigs sujeta 7 y 8 sujetos de 7138
asignable a los miembros de las bacterias (Tabla S1). El
contigs restantes no ha producido ningún ORF que se sabe o
se asignaron de forma ambigua.
La comprensión de la diversidad dentro de nuestras muestras se
obtuvo mediante la comparación de un subconjunto de la escopeta
lee a la secuencia completa de Bifidobacterium longum, un miembro
de las bacterias del ácido láctico presentes en el intestino distal de
seres humanos sanos ( 12). Un total de 1965 lee de los datos
combinados establecidos a partir de sujetos 7 y 8 podrían estar
alineados con la secuencia del genoma de
B. longum. Estas lecturas representadas un total de
1.617.706 pb de la secuencia de ADN, que corres-
1355
 ARTÍCULO DE INVESTIGACIÓN
ponde a MI la cobertura de 0,7 veces de la B. longum
genoma. Había una gran cantidad de heterogeneidad en la
secuencia de nucleótidos en el 1965 lee que alineado con el B.
longum secuencia del genoma (80 a 100% de identidad) con
el 52% de las lecturas alineado en la identidad de menos de
95% (Fig. 1A). Estos datos sugieren que estas lecturas no se
derivan de una única cepa discreta de
B. longum en sujetos 7 y 8, pero en cambio, reflejar la
presencia de múltiples cepas, así como otros filotipos
Bifidobacterium en la microbiota intestinal distal.
Trabajo previo ( 2) ha demostrado que las especies archaeal,
en particular M. smithii, también son actores importantes en el
ecosistema intestinal distal humana. M. smithii estuvo representada
en nuestro conjunto de datos en MI cobertura 3.5fold, como se
indica por el 7955 escopeta lee que emparejado este proyecto de
montaje (Fig. 1B). La presencia de M. smithii también está apoyado
por la identificación de ocho partiallength 16 S secuencias de ADNr
con 99.65 a 100% de identidad a M. smithii. diferente a B. longum,
la mayoría (89%) de las alineaciones de M. smithii
tenía 95% o mejor identidad de secuencia con el proyecto de
montaje, lo que indica baja divergencia entre
Methanobrevibacter cepas presentes en nuestras muestras. Más de
la mitad de los contigs de arqueas en nuestro conjunto de datos
tenía una similitud significativa con M. smithii: 145 de 259 contigs
archaeal en sujetos 7 y 174 de 330 contigs archaeal desde sujeto 8
tenían partidos Q 100 bases, y Q 80% de identidad con un proyecto
de montaje profunda de este genoma ( 13),
coherentes con los informes anteriores sobre la abundancia de esta
especie en el intestino humano.
La identificación de filotipos. Exploramos la diversidad
bacteriana en las dos muestras de heces con el análisis de los
16 S secuencias de ADNr de los conjuntos de escopeta al azar y
de bibliotecas de clonado, amplificado por PCR 16 S ADNr.
evaluaciones filogenético de las censo comunidad microbiana
locales proporcionan un punto de referencia para la
interpretación de las predicciones funcionales a partir de datos
metagenomic. De los 237 de longitud bacteriana parcial 16 S secuencias
un pseudomolecule formada mediante la
de ADNr identificados en los conjuntos de escopeta, se
seleccionaron 132 secuencias bacterianas para su posterior
análisis ( 2, 11). El uso de una definición pairwise similitud mínimo
97%, se identificaron 72 filotipos bacterianas. Sólo se identificó
un filotipo archaeal (es decir, M. smithii). Dieciséis filotipos
bacterianas (22,2%) fueron novela, y 60 (83,3%) representados
especies no cultivadas. Los filotipos bacterianas fueron
asignados a sólo dos divisiones, la (Firmicutes 62 filotipos, 105
secuencias) y la actinobacteria
(10 filotipos, 27 secuencias). Sesenta de la
Firmicute filotipos pertenecía a la clase
clostridios, incluso clostridios XIV clúster y
Faecalibacteria. Análisis de 2062 casi de longitud completa
amplificó por PCR 16 S secuencias de ADNr (1024 de sujeto
7 y 1038 de sujeto 8) revelaron una distribución similar
filogenética entre taxones de orden superior, pero una
población más diversa a nivel de especie. Usando un Q 97%
umbral de similitud filotipo, se identificaron 151 filotipos
(23% novela; 150 Firmicutes; 1
1356 2 JUNE 2006 VOL 312 CIENCIA www.sciencemag.org
Actinobacteria) ( higo. S1 A). Análisis similares basadas en una Q detectado con la continuación de la secuenciación a partir de estas muestras
se proporcionan 99% umbral de similitud ( 11). de heces (fig. S1, B a D).
análisis funcional comparativo de la microbioma intestinal
Aunque no hubo Bacteroidetes dieciséis S distal. Para delinear cómo el microbioma intestinal distal humana
secuencias de ADNr identificados en los conjuntos aleatorios y nos dota de propiedades fisiológicas que no hemos tenido que
bibliotecas de clones, amplificación con especificidad de evolucionar por nuestra cuenta, hemos explorado el potencial
especie 16 S cebadores de ADNr produjeron secuencias de Bacteroides
metabólico de la microbiota en temas 7 y 8 utilizando KEGG
fragilis y Bacteroides uniformis. Esta relativa escasez de Bacteroidetes
(Kyoto Enciclopedia de genes y genomas, la versión 37) vías y
secuencias está en conflicto con datos de otros estudios ( 2, 3). Estade los dientes (agrupaciones de Orthologous grupos) ( 15, dieciséis).
discrepancia puede haber sido causado por los sesgos Ambos esquemas de anotación contienen categorías de
conocidos asociados con los métodos de lisis y extracción de funciones metabólicas organizados en varios niveles jerárquicos:
ADN fecales utilizados en el estudio actual con respecto a Bacteroides
enzimas mapas análisis KEGG en vías metabólicas conocidas;
spp. ( 14); aunque menos probable, también es posible que los análisis COG utiliza relaciones evolutivas (ortólogos) al grupo
miembros de la genes relacionados funcionalmente. La odds ratio se usan para
clasificar el enriquecimiento relativo o subrepresentación de
COG y KEGG categorías. Un odds ratio de uno indica que la
Bacteroidetes división son menos abundantes en las heces de los comunidad de ADN tiene la misma proporción de los accesos a
sujetos 7 y 8. Además, con respecto a la PCR amplificado 16 S datos una categoría dada como el conjunto de comparación de datos;
de la secuencia de ADNr, puede haber sesgos asociados con los un odds ratio mayor que uno indica el enriquecimiento (más
cebadores o condiciones de reacción de PCR. Argumentos similares visitas a una determinada categoría de lo esperado), mientras
se aplican a otros grupos taxonómicos insuficientemente que un odds ratio inferior a uno indica underrepresen-
representados, así como el actinobacteria y proteobacterias
descargado de
filos. Las estimaciones de la diversidad indican que al menos
300 filotipos bacterianas únicas serían
Figura 1. Comparación de UNA
http://science.sciencemag.org/
metagenoma azar lee con
genoma completo de
100
Bifidobacterium longum
y Methanobrevibacter smithii. ( UNA) El
95
porcentaje de identidad gráfica (PIP) de
El porcentaje de identidad
alineaciones de escopeta lee a lo largo del
90
genoma de B. longum cepa NCC2705. los X
eje Y representa la coordenada a lo largo 85
del genoma, y ​el y eje y representa el
porcentaje de identidad del partido. ( SEGUNDO) 80
El porcentaje de identidad gráfica (PIP) de
el 9 de mayo 2019
la alineación de la escopeta lee a lo largo 75
del proyecto genoma de M. smithii. los X eje
Y representa la coordenada a lo largo de 70
concatenación de todos los contigs en el M. 0 500000 1000000 1500000 2000000
smithii proyecto de montaje. los y
Bifidobacterium longum NCC2705
segundo
100
eje y representa el porcentaje de
identidad del partido. La variación en el
95
porcentaje de identidad de los partidos
entre la escopeta lee a partir de sujetos
El porcentaje de identidad
90
7 y 8 en comparación con las
secuencias del genoma de B. longum NCC2705 85
sugiere una considerable diversidad
entre los organismos de Bifidobacterium 80
similar dentro de nuestras muestras.
Alineaciones de las lecturas del 75
proyecto de genoma de M. smithii exhiben
una gama mucho más estrecha de 70
porcentaje de identidad (89% de las
alineaciones se 0 500000 1000000 1500000
Methanobrevibacter smithii
en 95% o mejor identidad en comparación con 48% para B. longum), consistentes con los niveles más bajos de diversidad entre los miembros
archaeal del tracto gastrointestinal.
 ARTÍCULO DE INVESTIGACIÓN

tación (menor número de visitas a una determinada categoría de lo
esperado). odds ratio para la vía KEGG implicada en la biosíntesis de
peptidoglicano (tabla S3), un componente principal de la pared celular
bacteriana, son consistentes con las expectativas: El microbioma
intestino humano es altamente enriquecido en relación con el genoma
humano (77,88), similar a todos secuenciado bacterias (1,83), y
moderadamente enriquecido en relación con Archaea todo
Anfitrión moco proporciona un depósito coherente de microbiota intestinal han indicado que una- vinculado fucosa terminal
glucanos de la microbiota y por lo tanto, en principio, puede servir en glicanos anfitrión es una fuente atractiva y accesible de la
para mitigar los efectos de los cambios marcados en la energía para los miembros de la microbiota tales como los
disponibilidad de polisacáridos dietéticos ( 1). modelos gnotobióticos Bacteroidetes ( 1, 6). Varios responsables de la utilización de los COG
ratón de la humana son fucosa
2.5

secuenciado (7,06).

Debido a que no hemos obtenido de saturación (ver a continuación),

que no podemos estar seguros de que un COG dado o componente de la

vía KEGG no está presente en el microbioma intestinal distal humano. Por *

*

Odds ratio (muestra / microbios secuenciados)

lo tanto, nos hemos centrado nuestro análisis en categorías funcionales

identificados que están enriquecidos en relación con los genomas

1.5 2
*
previamente secuenciados.

BLAST comparaciones de todas las secuencias produjeron *

62,036 accesos a la base de datos COG, correspondiente a
2407 COG únicas. estimaciones de la ECA y Chao1 de riqueza
de la comunidad fueron 2558 y 2553 COG, respectivamente.
Este grado observado de diversidad COG comunidad es mayor
0.5 1
que el descrito para un drenaje ácido de minas (1824 COG),
*

descargado de
pero menos que la descrita para la caída de ballenas (3332), el
suelo (3394), y las muestras Mar de los Sargazos (3714) ( 17). El
número de KEGG vías y términos COG enriquecido en el
0
microbiomas tracto digestivo distal humanos de sujetos 7 y 8 La producción de transporte transporte de ácido transporte [F] de [H] el transporte y el [I] el transporte transporte de iones [Q] biosíntesis de
[G] metabolismo [E] amino y el metabolitos
aparece en la Tabla S2. KEGG mapas y asignaciones del COG energía [C] nucleótidos y el metabolismo de la de lípidos y el [P] Inorganic

y la de carbohidratos y metabolismo metabolismo coenzima metabolismo y el secundarios, y el

se puede encontrar en ( 11, 18, 19). conversión metabolismo transporte y el

http://science.sciencemag.org/
catabolismo

Figura 2. análisis COG revela funciones metabólicas que están enriquecidos o insuficientemente representados en el microbioma intestinal distal humano (en

relación con todos los microbios secuenciados). Código de color: negro, sujeta 7; gris, sujetas 8. bares por encima de ambas líneas de trazos indican el

El metaboloma de la microbiota intestinal distal humano. Ambos enriquecimiento, y las barras por debajo de ambas líneas indican subrepresentación ( PAG sol 0,05). Los asteriscos indican las categorías que son
sujetos humanos mostraron patrones similares de significativamente diferentes entre los dos sujetos ( PAG sol 0,05). la biosíntesis de metabolitos secundarios incluye antibióticos, pigmentos, y péptidos no

enriquecimiento para cada COG (Fig. 2) y KEGG (Fig. 3) ribosómicos. el transporte de iones inorgánicos y el metabolismo incluyen fosfato, sulfato, y varios transportadores de cationes.

categoría implicado en el metabolismo. Sin embargo, en

comparación con sujetos 7, sujeto 8 se enriqueció para la
producción de energía y la conversión; transporte y metabolismo
de los carbohidratos; el transporte de aminoácidos y el 7

metabolismo; transporte coenzima y el metabolismo; y

el 9 de mayo 2019
metabolitos secundarios biosíntesis, transporte, y el catabolismo
6
* *
(Microbioma intestino humano / genomas de referencia)

(Fig. 2). En este momento, no está claro si estas diferencias 5

reflejan una cobertura limitada de sus microbioma u otros

*
factores como la dieta de acogida, el genotipo y el estilo de vida.
4
*
odds ratio

*
El análisis se presenta a continuación combina los genes 3

* *
identificados en los microbiotas fecales de ambos sujetos para *
2 *
crear un agregado '' microbioma intestinal distal humano ''.
* * **
1 * * * *
* * * * * *
* * *
0
*
Los polisacáridos de plantas que comúnmente
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consumimos son ricos en xylan-, pectina, y estructuras de

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carbohidratos que contienen arabinosa. El genoma humano

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carece de la mayoría de las enzimas necesarias para degradar

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M

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estos glicanos ( 20). Sin embargo, el microbioma intestinal distal

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M

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ye
M

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nos proporciona esta capacidad ( 1) ( La Fig. 3 y las tablas de

m

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Bi
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S3 y S4). El microbioma intestino humano está enriquecida

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M

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bio

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Po

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os
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para genes implicados en almidón y metabolismo de la

M

Bi

sacarosa (fig. S2) más el metabolismo de la glucosa,

galactosa, fructosa, arabinosa, manosa, y xilosa (tabla S4). Al
menos 81 familias de glucósido hidrolasa diferentes están
representados en el microbioma, muchos de los cuales no
están presentes en la '' glycobiome '' (S5 tabla) humano.
Fig. 3. KEGG reconstrucciones vía revelan funciones metabólicas que están enriquecidos o insuficientemente representados en el microbioma
intestinal distal humana de la siguiente manera: Ambas muestras en comparación con todos los genomas secuenciados bacterianas en KEGG
(azul), el genoma humano (rojo), y todos los genomas archaeal secuenciados en KEGG (amarillo ). Los asteriscos indican enriquecimiento (odds
ratio 9 1, PAG sol 0,05) o subrepresentación (odds ratio sol 1, PAG sol 0,05). La categoría KEGG '', el metabolismo de otros aminoácidos '', incluye
los aminoácidos que no se incorporan en las proteínas, tales como segundo- alanina, taurina y glutatión. odds ratios son una medida de contenido de
genes relativo basado en el número de accesos independientes a enzimas presentes en una categoría KEGG dado.

www.sciencemag.org CIENCIA VOL 312 2 JUNE 2006 1357

 ARTÍCULO DE INVESTIGACIÓN

enriquecido en el microbioma intestinal humano en relación con todos los
genomas microbianos (Tabla S4).
La fermentación de la fibra dietética o glicanos derivados del
huésped requiere la cooperación de grupos de microorganismos
enlaces en una cadena trófica. fermentadores proceso primario
glicanos a ácidos grasos de cadena corta (AGCC), principalmente
acetato, propionato, y butirato, además de gases (es decir, H 2 y
compañía 2). La mayor parte de AGCC son absorbidos por el anfitrión:
Juntos, representan MI 10% de las calorías extraídas de una dieta
occidental cada día (ya 21). Los análisis de COG demostró
enriquecimiento de los genes clave implicados en la generación de
acetato, butirato, lactato, y succinato en el microbioma intestinal en
comparación con todos los genomas microbianos en la base de
datos COG (tabla S6). El COG más enriquecido estaba relacionado
con butirato de quinasa (odds ratio de 9,30), una enzima que facilita
la formación de butyrylcoenzyme A mediante la fosforilación de
butirato. Este enriquecimiento subraya el importante compromiso de
la microbiota intestinal distal a la generación de este biológicamente
significativa SCFA, que sirve como la fuente de energía principal
para los colonocitos y puede fortalecer la barrera de la mucosa
intestinal mediante la estimulación de su crecimiento ( 22).
vías como alternativos. se han observado Mejora de las tasas de
crecimiento bacteriano, la fermentación de polisacáridos, y la
producción de SCFA cuando las bacterias (por ejemplo, Fibrobacter
succinogenes
y Ruminococcus flavefaciens) se cocultivaron con una Methanobrevibacter
especies ( 24). El microbioma intestinal distal se enriquece para
muchas ruedas dentadas que representa genes clave en la vía
metanogénicas (Fig. 4, C y D), en consonancia con la importancia
de H 2 eliminación del ecosistema intestinal distal a través de la
metanogénesis.
El microbioma intestinal distal se enriquece para una
variedad de engranajes implicados en la síntesis de los
aminoácidos esenciales y vitaminas (tablas S7 y S8). Ruedas
dentadas que representa enzimas en el MEP (2-metil- RE- eritritol microbioma intestinal distal humana se enriquece para segundo- glucosidasa
4-fosfato) y la vía, que se utiliza para la biosíntesis de
desoxixilulosa 5-fosfato (DXP) y isopenteryl pirofosfato (IPP),
están enriquecido notablemente ( PAG sol
0,0001; en relación con todos los microbios secuenciados) (Fig. 4,
A y B). DXP es un precursor en la biosíntesis de vitaminas
esenciales para la salud humana, includingB 1 ( tiamina) y B 6 ( forma
debido a que algunas bacterias patógenas utilizan la vía MEP en
lugar de la vía de mevanolate para la biosíntesis de IPP ( 29). Sin
embargo, nuestro estudio metagenómica indica que este enfoque
puede ser perjudicial para themicrobiota y, a su vez, el anfitrión.
Detoxificación de xenobióticos podría afectar el anfitrión en una
variedad de formas, que van desde la susceptibilidad al cáncer a la
eficiencia del metabolismo de los fármacos. efectos fenólicos
derivados de plantas dietéticos, tales como flavonoides y cinamatos,
se haya pronunciado sobre las células de mamíferos ( 30-32).
La hidrólisis de glicosídicos o éster vínculos fenólicos se produce en el
intestino distal por microbiana segundo-
glucosidasas, segundo- rhamnosidases, y esterasas ( 33). El
(COG1472, COG2723 en la Tabla S4; PAG sol 0,0005; glicosidasa
familias GH3 y GH9 en el cuadro S5). conjugados glucurónidos de
xenobióticos y sales biliares inducir microbiana segundo- actividad
glucuronidasa ( 34). El microbioma se enriquece en esta actividad
enzimática (es decir, COG3250; tabla S4). análisis KEGG también
indica enriquecimiento para vías de señalización implicadas en la
degradación de tetracloroeteno, dicloroetano, caprolactama, y

La acumulación de H 2, un producto final de fermentación
descargado de
de piridoxal) ( 25). IPP se encuentra en todas las células ​benzoato de (tabla S3).
procarióticas y eucarióticas conocidas y puede dar lugar a al
menos
25.000 derivados conocidos, incluyendo lípidos de membrana Conclusión. Este análisis metagenómica comienza a definir el

bacteriana, reduce la eficiencia del procesamiento de archaeal ( 26), carotenoides ( 27), y colesterol ( 28). En conjunto, contenido de genes y atributos funcionales codificados de la microbioma

polisacáridos dietéticos ( 23). estos resultados indican que la vía MEP es mucho mejor intestinal en los seres humanos sanos. Futuros estudios son necesarios

http://science.sciencemag.org/
La producción de metano por archaeons metanogénicas mesófilas representado en el microbioma intestinal humana distal que se para proporcionar una cobertura más profunda de la microbioma y para

es una vía importante para la eliminación de H 2 desde el intestino conocía anteriormente. La vía MEP se ha propuesto como un evaluar los efectos de la edad, la dieta y estados patológicos (por

distal humana ( 23), Aunque la reducción de sulfato y objetivo para el desarrollo de nuevos antibióticos, ejemplo, enfermedades inflamatorias del intestino, obe-

homoacetogenesis sirven

UNA segundo odds ratio

0 5 10 15
gliceraldehído piruvato
3-fosfato
COG1154 DXP (1-desoxi-D-xilulosa 5-fosfato) sintasa (dxs)

DXP tiamina reductoisomerasa DXP (DXR)

COG0743

el 9 de mayo 2019
MEP COG1211 4-diphosphocytidyl-2-metil-D-erithritol sintasa (ISPD)
(2-metil-D-eritritol 4-fosfato)
COG1947 4-diphosphocytidyl-2C-metil-D-eritritol sintasa 2-fosfato (ISPE) 2C-metil-D-eritritol sintasa

COG0245 2,4-ciclodifosfato (ISPF)

COG0821 1-hidroxi-2-metil-2- (E) butenil 4-difosfato sintasa (ISPG) 1-hidroxi-2-metil-2- (E) butenil

COG0761 reductasa 4-difosfato (ISPH)

IPP
(Pirofosfato de isopentenilo)

CO 2
do re Odds

0 5 10 15 20 25
F420 coenzima

COG1152 CO deshidrogenasa, subunidad alfa

reducida F420 coenzima metileno-H 4 MPT

COG1614 CO deshidrogenasa, subunidad beta

acetil-CoA
COG4059 H 4 MPT S-metiltransferasa, E subunidad
5-metil-H 4 MPT
5-metil-H 4 SPT COG1908 F420-reducción de hidrogenasa, subunidad delta

metil-com
COG1148 reductasa heterodisulfide, subunidad relación A

CdM -SS mazorca COG4056 coenzima Metil M reductasa, subunidad C

CdM Mazorca METANO

Fig. 4. la biosíntesis de isoprenoides través de la vía MEP y metanogénesis son altamente enriquecido en el necesario convertir DXP para IPP y tiamina están enriquecidos ( PAG sol 0,0001 en relación con todos los
microbioma intestinal distal. ( UNA) vía MEP para la biosíntesis de isoprenoides. ( SEGUNDO) Odds ratio para microbios secuenciados). ( DO) Localización y función de las enzimas clave en la metanogénesis. ( RE) Odds ratio
cada COG en la vía MEP. todas las enzimas para cada COG resaltado en (C).

1358 2 JUNE 2006 VOL 312 CIENCIA www.sciencemag.org

sidad y cáncer) en el microbioma intestinal distal de los seres
humanos que viven en diferentes entornos. muestreo periódico del
microbioma intestinal distal (y de las otras comunidades microbianas)
puede proporcionar información sobre los efectos del cambio
ambiental en nuestro '' microevolución. '' Los resultados deben
proporcionar una visión más amplia de la biología humana, incluyendo
nuevos biomarcadores para la definición de nuestra salud ; nuevas
formas para optimizar nuestra nutrición personal; nuevas formas para
predecir la biodisponibilidad de los fármacos administrados por vía
oral; y las nuevas formas de pronosticar nuestras predisposiciones
individuales y sociales a trastornos tales como infecciones con
patógenos, la obesidad y respuestas inmunitarias del huésped mal
dirigidas o mal adaptados del intestino.
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La cuantificación de la conductancia en una meseta de
medio entero en un alambre simétrica GaAs Quantum
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Se presentan los datos de un arseniuro de galio inducida (GaAs) cable cuántico que exhibe una meseta conductancia adicional en 0,5 (2 mi 2
/ h), dónde mi es la carga de un electrón y h es la constante de Planck, en el campo magnético cero. La meseta fue más pronunciada
cuando el paisaje potencial fue sintonizado para ser simétrica mediante el uso de técnicas de barrido con sonda de baja temperatura.
espectroscopia de energía de la Fuente-drenaje y respuesta de la temperatura apoyan la hipótesis de que el origen de la meseta es la
espontánea spin-polarización de los electrones de transporte: una fase ferromagnética. Tales dispositivos pueden tener aplicaciones en el
campo de la espintrónica a cualquiera de generar o detectar una corriente de espín polarizado sin las complicaciones asociadas con
campos magnéticos externos o materiales magnéticos.
T múltiplos de 2 mi 2 / h (1, 2) es la firma de una sola
dimensión (1D) dedetransporte
que la cuantización balístico
la conductancia enentero
en número un cable
cuántico ( 3). El factor 2 es una consecuencia de la
degeneración del giro
Cavendish Laboratory, Thomson Avenida 19 JJ, Cambridge CB3 0HE, Reino Unido.
* A quién debe dirigirse la correspondencia. E-mail:
rc230@cam.ac.uk
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electrones de transporte. Si se levanta la degeneración, los
electrones se convierten en spin-polarizada y una meseta de la
conductancia adicional se observa en
0,5 (2 mi 2 / h). Esto ocurre en un campo magnético externo grande,
típicamente mayor que 5 T, pero también puede ocurrir en el campo
magnético cero si las interacciones de intercambio favorecen un
paralelo-spin ordenó estado fundamental, es decir, una fase
ferromagnética 1D. Los estudios teóricos utilizando un modelo 1D
Hubbard ( 4-7), un teorema funcional de la densidad ( 8-10), o una
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35. Agradecemos W. Nelson y I. Hance (El Instituto de Investigación Genómica), L.
y E. Dethlefsen Bik (Stanford), y D. Leip (Universidad de Washington) por su
valiosa ayuda. Este trabajo fue apoyado por la Defensa Agencia de
Proyectos de Investigación Avanzada (DARPA) y la Oficina de Investigación
Naval subvención no. ONR-N00014-02-1-1002 (SRG,
KEN), la WM Keck Foundation (JIG), la Fundación Médica Ellison (DAR,
JIG), y subvenciones NIH AI51259 (DAR) y DK70977 (JIG). BSS es un
receptor de una beca de investigación graduado de la NSF
(DGE-0202737). Este proyecto escopeta de todo el genoma ha sido
depositada en el Banco de ADN de datos de Japón (DDBJ), Laboratorio
Europeo de Biología Molecular (EMBL), y GenBank bajo el
AAQK00000000 adhesión proyecto (sujeto 7) y AAQL00000000 (sujeto 8).
La versión descrita en este documento es la primera versión,
AAQK01000000 y AAQL01000000. Todo casi de longitud completa 16 S secuencias
de ADNr se depositaron en DDBJ / EMBL / GenBank bajo el adhesiones
DQ325545 a DQ327606.
descargado de
Material de apoyo en línea
Materiales y Métodos
www.sciencemag.org/cgi/content/full/312/5778/1355/DC1 Figs. S1 y S2
las Tablas S1 a S8 Referencias
http://science.sciencemag.org/
22 de diciembre de 2005; aceptadas 5 de mayo de de 2006
10.1126 / science.1124234
INFORMES
modelo fenomenológico ( 11, 12) predicen que el estado fundamental
puede de hecho ser ferromagnético en un amplio intervalo de
densidad de electrones. Sin embargo, una meseta conductancia de
el 9 de mayo 2019
campo cero en 0,5 (2 mi 2 / h) rara vez se informó en hilos cuánticos
de GaAs, lo que indica que spinpolarization completa y espontánea
no es un robusto propiedad en este sistema de material.
Presentamos la observación de una meseta de la conductancia
pronunciada a 0,5 (2 mi 2 / h),
que nos referimos como la meseta 0,5, en un nuevo tipo de
GaAs cable cuántico en campo magnético cero.
Una estructura de la conductancia cerca de 0,7 (2 mi 2 / h)
se observa rutinariamente en hilos cuánticos de GaAs. Hay
varias teorías sobre el origen de esta
0.7 estructura, y una de las más convincente es un estado
activado térmicamente de electrones spinpolarized
espontáneas y un estado fundamental con una conductancia de
2 mi 2 / h (13). Esta teoría se basa en la evolución suave
observado de la estructura 0,7 en campo magnético cero en la
meseta spinpolarized en 0,5 (2 mi 2 / h) en campos magnéticos
paralelos altas ( 14). En el campo magnético cero, el
0.7 estructura ha sido observado para acercarse
0,5 (2 mi 2 / h) tanto con la disminución de ( 15, dieciséis) y aumentar ( 17) densidad
de electrones o el aumento de longitud ( 17). En el mismo trabajo ( 15), una
meseta a
0,5 (2 mi 2 / h) apareciendo por bajas densidades de electrones se
informó, y el trastorno inducida espontánea
1359
Análisis metagenomático del microbioma del intestino distal del humano
Steven R. Gill, Mihai Pop, Robert T. DeBoy, Paul B. Eckburg, Peter J. Turnbaugh, Samuel S. Buck, Jeffrey I. Gordon, David A.
Relman, Claire M. Fraser-Liggett y Karen E. Nelson

Ciencia 312 (5778), 1355-1359.

DOI: 10.1126 / science.1124234

descargado de
Artículo herramientas
http://science.sciencemag.org/content/312/5778/1355

complementarios http://science.sciencemag.org/content/suppl/2006/06/01/312.5778.1355.DC1

http://science.sciencemag.org/
materiales

Referencias Este artículo cita 29 artículos, 12 de los cuales se puede acceder de forma gratuita
http://science.sciencemag.org/content/312/5778/1355#BIBL

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el 9 de mayo 2019

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