Práctica 1 “Visualización Molecular”

Benemérita Universidad Autónoma de Puebla

Sabrina Marin Cabrera, Dra. Norma Angélica Caballero Concha
Bioinformática Verano 2018

Ejercicio 1

1. Ingresa a una base de datos biológica y realiza la búsqueda de la enzima succinato deshidrogenasa del
organismo Rhodococcus jostii, descarga el PDB.
2. Ubica el archivo descargado, selecciona File/Open y abre el fichero.
3. Por defecto aparecerá el formato de presentación "wireframe", así como el conjunto de colores CPK - el
carbón es rojo, el oxígeno gris y el nitrógeno azul.
4. Rota la molécula en la pantalla manteniendo el botón de ratón izquierdo y moviendo el cursor sobre la
ventana que muestra la estructura describa su observación.
Al abrir el archivo .PDB, esta es la manera en que el programa nos muestra la enzima por
default en un diagrama de cintas. Al rotar con el mouse, puede observarse desde diferentes
ángulos. A cada lado de la molécula, pueden observarse algunas estructuras cíclicas
(señaladas con flechas).
5. Experimenta con las distintas formas de visualización de la molécula y reporta cada una.

Nombre Imagen Observaciones

Es un diagrama
de líneas que
representa los
enlaces entre
átomos, es útil
Alambre
para localizar
residuos
específicos en
una estructura
de proteína.

En esta forma
de visualización
se muestra la
cadena principal
del polipéptido
como una serie
Esquelet
de enlaces que
o
conectan los
carbonos alfa
adyacentes de
cada
aminoácido en
una cadena.
 Esta
visualización
muestra lo
mismo que la de
Bastones
alambre, pero
los enlaces se
muestran como
cilindros.

En esta
representación
se muestra cada
átomo como
Espacio
una esfera cuyo
completo
radio
corresponde a
su radio de Van
del Waals.
 Esta
visualización
representa a los
Bolas y átomos y sus
bastones enlaces como
esferas y líneas,
respectivamente
.

Esta
representación
usa listones en
forma de espiral
para representar
las hélices- α y
flechas planas
para representar
las hebras- β,
Cintas permite
identificar
fácilmente las
estructuras
secundarias.
Ofrece también
una vista
general de toda
la topología de
la estructura.
 Esta
visualización
muestra casi lo
Hebras mismo que las
cintas, pero con
una textura
diferente.

En esta
visualización se
muestra a la
Dibujo proteína como
dibujos
animados estilo
MolScript.
 Esta
visualización
Superfici muestra a la
e proteína igual
molecula que la
r visualización de
espacio
completo.

6. Utilizando los comandos necesarios, selecciona los átomos 23, 58, 96, 112, 25 y represéntelos en forma
de superficie molecular y cambie el color a amarillo. Del átomo numero 23 cambie el tamaño a 600,
etiquételo y modifique el color a rojo.
Para seleccionar algunos átomos en específico, se hizo uso del siguiente comando:
Select atomno=X; donde X es el número del átomo que deseamos seleccionar, hay que tomar
en cuenta que este número no es el de la numeración química, sino el número que ese átomo
tiene asignado de forma arbitraria dentro de esa molécula.

Entonces para seleccionar específicamente los átomos 23, 58, 96, 112, 25; el comando quedó
de la siguiente manera:

Una vez que se hizo la selección de los átomos, los comandos que se introduzcan y las
opciones que se seleccionen actuarán únicamente sobre el átomo seleccionado.
En la pestaña Mostrar, se seleccionó la opción Superficie Molecular, para que los átomos
seleccionados se visualizaran se esta manera.

Para cambiar el color a amarillo se hizo uso del siguiente comando:

 Para cambiar el átomo 23 a un tamaño 600, se empleó el siguiente comando:
Spacefill “número entero entre 75 y 750”

El comando se introdujo de la siguiente manera:

Para etiquetar el átomo 23 y cambiarlo a color rojo, se introdujeron los siguientes comandos:

• Color “nombre del color en inglés”

• Label “texto de la etiqueta”
• Color label “color del texto de la
etiqueta”

Los comandos se introdujeron de la

siguiente manera:
Ejercicio 2 Utilización de comandos

1. Ingresa de nuevo a la base de datos y busque la enzima fumarato hidratasa del organismo Sinorhizobium
meliloti, descargue su PDB.

2. Escriba la orden structure en la línea de comandos.

a) Cuantos giros y hélices tiene la enzima?

3.Utilizando el comando correcto identifique por cuantas cadenas está compuesta la enzima.

El comando Show info nos muestra toda la información sobre la molécula que estamos visualizando y
nos muestra el siguiente resultado:

Según la información dada, la enzima está compuesta por 5 cadenas.

3.1 Selecciona todos los átomos que pertenecen al aminoácido en posición 50 de la enzima. Si hay varias
cadenas de la proteína, selecciona los residuos en posición de todas ellas; para una mejor visualización cambie el
color a azul use la representación de superficie molecular y modifique el tamaño a 750.

El comando Select resno= “número del aminoácido” selecciona todos los átomos que pertenecen al
aminoácido en la posición de la proteína que nosotros indiquemos.

b) Cuantos átomos fueron seleccionados?

Fueron seleccionados 37 átomos.

4.Selecciona la cadena A y B utilizando comandos, cámbielas de forma y color.

El comando Select: “letra de la cadena (a, b, c, etc)”

Se insertó el anterior comando de la siguiente manera:
4.1 Selecciona toda la molécula y represéntela en forma de alambre y color monocromo, posteriormente
seleccione las cadenas laterales de la cadena polipeptídica y represéntala en bastones con color acorde al grupo.

El comando Select sidechain

selecciona las cadenas laterales de
la cadena polipeptídica

b) ¿Cuántos aminoácidos hidrofílicos e hidrofóbicos tiene la enzima?

La enzima tiene 6185 átomos hidrofóbicos y 6699 átomos polares, pero con esta información no
puede saberse cuantos residuos son hidrofóbicos o cuantos son polares. Según la imagen, los átomos
hidrofóbicos se encuentran al centro de la molécula y los átomos polares se encuentran en la
superficie de esta.
Ejercicio 3 Selección y visualización de sitios activos

1. Descarga y abre el PDB 1AHT.

2. Desde la línea de comandos podemos seleccionar un subconjunto de átomos. Seleccionaremos algunos

residuos importantes del sitio activo H57, D102 y S195.

3. Activa la línea de comandos

3.1 Entre la orden select 57H,102H,195H en la línea de comandos. Los números se refieren a la posición de los
residuos en una de las cadenas que forman la proteína. Esta proteína consta de tres cadenas y los tres residuos
seleccionados aparecen en tres posiciones represéntelos distintas sobre ella.

3.2 Selecciona el modo sticks y cambie el color a verde, verá como se muestran los residuos de sitio activo.
Como puede ver, aunque estos residuos se encuentren separados en la secuencia de AA, se encuentran cerca en
el espacio 3D.

3. Realiza la búsqueda para el fichero 1D66, descárgalo en PDB, posteriormente busca los sitios de unión,
utilizando los comandos correctos selecciona cada uno de estos y represéntalos en sticks y color rosa.
5. De cada visualización toma foto y escribe un encabezado, así como una pequeña descripción en la parte
inferior de cada una.

Cuestionario
1. Defina RASMOL
Es un software de computadora desarrollado por Roger Sayle a principios de los años noventa. Es
usado principalmente para visualizar tridimensionalmente y explorar estructuras de macromoléculas
biológicas, como las que pueden encontrarse en el Banco de Datos de Proteínas (PDB).
2. ¿Qué tipo de biomoléculas se pueden visualizar en RASMOL?
Permite la visualización de proteínas, ácidos nucleicos y básicamente cualquier tipo de biomolécula,
pero los comandos son más útiles para las moléculas antes mencionadas.
3. Menciona tres comandos que se utilizan en RASMOL y escriba cuál es su función.
SELECT :a  Este comando selecciona únicamente la cadena A de la proteína que estemos
visualizando. La letra puede cambiarse a cualquier letra de cadena que deseemos seleccionar, incluso
un grupo de cadenas.
SHOW SEQUENCE  Muestra en la ventana de comandos la secuencia de bases de un polinucleótido.
HBONDS ON  Representa los puentes de hidrógeno de la molécula. Se borran con HBONDS OFF.

4. Investiga otros programas de visualización molecular, descríbalos brevemente.

• Jmol. Es Un programa para visualización de moléculas que está escrito en java y por esto
puede funcionar en cualquier plataforma (Windows, Linux, Mac, ...)
• Molecular Workbench. Es otro programa escrito en java, multiplataforma, para la
manipulación tanto como la visualización de estructuras moleculares y sus interacciones
• Molegro Molecular Viewer. Permite una visualización de moléculas en un programa más
moderno y más completo que RasMol, pero de fácil manejo, lo que lo hace igualmente
recomendable para un uso ocasional o limitado.
 5. El esquema de color de RasMol CPK se basa en los colores de los populares modelos de bolas
desarrollados por Corey, Pauling y más tarde mejorado por Kultun; según este esquema los átomos son
coloreados por tipo, esquema convencionalmente usado por los químicos. Dada esta afirmación con que
otros colores se identifican a los demás átomos.

Las asignciones típicas de colores CPK incluyen:

• Hidrogeno (H) – Blanco

• Carbono (C) – Negro
• Nitrogeno (N) – Azul oscuro
• Oxigeno (O) – Rojo
• Fluor (F), Cloro (Cl) – Verde
• Bromo (Br) – Rojo oscuro
• Yodo (I) – Violeta oscuro
• Gases nobles (He, Ne, Ar, Xe, Kr) – Turquesa
• Fosforo (P) – Anaranjado
• Azufre (S) – Amarillo
• Boro (B) y la mayoría de los metales de transición – Color durazno y salmón
• Metales alcalinos (Li, Na, K, Rb, Cs) – Violeta
• Metales alcalinotérreos (Be, Mg, Ca, Sr, Ba Ra) – Verde oscuro
• Titanio (Ti) – Gris
• Hiero (Fe) – Anaranjado
• Otros elementos – Rosado

Referencias

• Herbert J. Bernstein, "Recent changes to RasMol, recombining the variants, Trends in Biochemical
Sciences (TIBS), September 2000, Vol. 25, No. 9, pp. 453-455.
• Sayle, R. (1995). RASMOL: biomolecular graphics for all. Trends In Biochemical Sciences, 20(9), 374-376.
doi: 10.1016/s0968-0004(00)89080-5.
• Robert B. Corey and Linus Pauling (1953): Molecular Models of Amino Acids, Peptides, and Proteins.
Review of Scientific Instruments, Volume 24, Issue 8, pp. 621-627. doi 10.1063/1.1770803.
• Walter L. Koltun (1965), Space filling atomic units and connectors for molecular models. U. S. Patent
3170246.