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Estructura y función
2° clase
2009
- Replicación
- Regulación de la expresión génica y epigenética
REPLICACIÓN
En el sitio de replicación la fibra de 30 nm se
desorganiza.
Inmediatamente después de la replicación el
ADN se asocia a nucleosomas.
Nuevos nucleosomas : 3 posibilidades
1) Cores de histonas completamente nuevos
2) Cores “viejos” se mantienen
3) Cores viejos se desarman y sus histonas + nuevas
histonas forman nuevos cores
B) gradiente de
A) dos densidades densidades
B)
PARCIALMENTE
correcta
• FIGURA 7.41 DEL WATSON
H1 se une después,
+ ADN probablemente durante
formación de fibras de
orden superior
In vivo el ensamblaje de los nucleosomas no es un proceso
espontáneo :
Se requieren chaperonas histónicas:
- identificadas por experimentos de ensamblado en cc
salinas fisiológicas con extractos de células que replican el
ADN de SV40
- Evitan interacciones indeseables de histonas
desensambladas con ADN
RCAF 1 H3-H4 NO
NAP-I 1 H2A-H2B NO
¿Cómo dirigen las chaperonas el armado de los nucleosomas
en sitios de replicación?
* POSICIONAMIENTO ROTACIONAL
¿CONSECUENCIAS FUNCIONALES?
NUCLEOSMAS POSICIONADOS EN PROMOTORES
(A) pol II
transcripción
(B)
TFIID pol II
HSTF
interacción
¿Cómo se puede ver el posicionamiento de los
nucleosomas en determinada región del genoma?
“MARCADO INDIRECTO DEL EXTREMO”
NUCLEOSOMAS POSICIONADOS
Southern
NUCLEOSOMAS NO POSICIONADOS
Southern
Ej.: Promotor de niiA-niaD de A. nidulans
I R
nfr
Muro-Pastor et al.
SITIOS HIPERSENSIBLES A LA ADNasa
nirA- nirA+
niiA I R
acnA
nfr
Muro-Pastor et al.
PERO....
¿Cómo se remodela la cromatina?
1) MODIFICACIONES POST-TRADUCCIONALES
DE LAS HISTONAS
1) COMPLEJOS REMODELADORES DE LA
CROMATINA ATP-dependientes
MODIFICACIONES POST-TRADUCCIONALES
DE HISTONAS
Kouzarides, 2007 Cell 128: 693
-Grandes complejos
Complejo Organismoproteicos donde una subunidad
Homólogos
es una ATPasa
SWI/SNF S. cerevisiae hbrm H. sapiens
- Mutaciones SIN (“SWI –independientes”):
brm localizan
D. melanogaster
en histonasD. melanogaster
o en proteínas HMG o impiden
NURF
desposicionamiento de nucleosomas en promotor
de SUC2
CHRAC D. melanogaster
ACF D. melanogaster
Todos presentan subunidad catalítica con actividad
translocasa ATP-dependiente
Los complejos remodeladores pueden causar el desplazamiento,
expulsión o reestructura de los nucleosomas
Modos de accion:
- Variantes de histonas
- Chaperonas de histonas
ELONGACIÓN DE LA TRANSCRIPCIÓN
3° clase
2009
The a-information at HMR is flanked by the HMR-E and the HMR-I silencers.
Rap1 and Abf1 are regulatory proteins that function as transcriptional activators in
other positions in the genome beside their role in silencing.
ORC, Rap1 and Abf1 serve as a platform for binding of the Sir-proteins to HMR-E.
Deletion of Sir1 only causes a weak silencing defect, whereas deletion of SIR2-4
leads to complete derepression. Through the interaction with ORC, Sir1 facilitates
the binding of Sir2, Sir3 and Sir4 to the silencer. Hereby, Sir3 and Sir4 interact
directly with Rap 1 and the N-termini of histone H3 and H4. Sir2 further improves
efficient spreading of the Sir-proteins throughout HMR via its NAD+-dependent
deacetylation activity.
¿Cómo se establece el silenciamiento?
Ej: telómeros
Ej: centrómeros
-Otras modificaciones de histonas – metilación de determinados residuos de las
histonas (H3K9me; H3K27me; H4K20me); sumoilación
1) Rap1 se une a
telómeros
2) Rap1 recluta Sirs
3)Interacción con
histonas hipoacetiladas
4) Sirs se agregan
Bühler & Moazed, 2007-
Nat. Struct. Mol. Biol. 11: 1017
-H3K9me
-Localización de Swi6 (HP1)
-Silenciamiento en
centrómeros
e1 G3
e2
G1
e3
G2
IP IP'
IP IP'
Kamakaka & Biggins, 2005- Cell 19: 295
Modificaciones post- Complejos
traduccionales de remodeladores ATP-
histonas dependientes
Activación de la expresión en
el contexto de la cromatina