1er Paper - Organization Mitotic Chroms - En.es

NIH Acceso Público
autor Manuscrito
Ciencia. Autor manuscrito; PMC disponible en junio de 2014 02.
Publicado en forma editada final como:

NIH-PA Autor Manuscrito
Ciencia. 2013 22 de noviembre; 342 (6161): 948-953. doi: 10.1126 / science.1236083 .
Organización del cromosoma mitótico
Natalia Naumova 1, *, Maxim Imakaev 2, *, Geoffrey Fudenberg 2,3, *, ye Zhan 1, Bryan R. Lajoie 1,
Leonid A. Mirny 2, #, y Job Dekker 1, #
1 Programa de Biología de Sistemas, Departamento de Bioquímica y Farmacología Molecular, Universidad de Massachusetts
Medical School, 368 Plantación Street, Worcester, MA, 01605 a 0103, EE.UU.
2 Instituto de Ingeniería Médica y Ciencia y el Departamento de Física, Instituto de Tecnología de Massachusetts,
Cambridge, MA 02139, EE.UU.
3 La Universidad de Harvard, Programa de Biofísica, Boston, MA 02115, EE.UU.

Abstracto
cromosomas mitóticos son algunas de las estructuras más reconocibles en la célula, sin embargo, desde hace más de un siglo
de su organización interna sigue siendo en gran medida sin resolverse. Se aplicaron métodos de captura de conformación de
cromosomas, 5C y Hi-C, a través del ciclo celular y reveló dos estados plegamiento tridimensional alternativas del genoma
humano. Se demuestra que la organización muy compartimentada y de tipo celular específico se describe previamente para
células no síncronos está restringido a la interfase. En la metafase, identificamos un estado plegado homogénea, que es
locus-independiente, común a todos los cromosomas, y consistente entre los tipos de células, lo que sugiere un principio
general de organización de los cromosomas en metafase. Usando simulaciones de polímeros, nos encontramos con que la
metafase Hi-C de datos es incompatible con los modelos jerárquicos clásicos,
Introducción
La organización tridimensional de los genomas juega un papel crítico en la regulación de procesos cromosómicas, incluyendo la
regulación de genes, la replicación del ADN, y la estabilidad del genoma (1-4). Durante el ciclo celular, los cromosomas de transición
entre dos estados de plegado distintas: la interfase y en metafase. cromosomas en interfase están relativamente decondensed y
adquieren una organización espacial de células de tipo específico. En preparación para la división celular, los cromosomas se
someten a una amplia reorganización espacial y finalmente cerraron la mayoría de transcripción. Este proceso culmina en un estado
cromosoma en metafase altamente condensada y morfológicamente reproducible.
captura Cromosoma conformación (3C) basado en métodos extienden caracterizaciones previas de los cromosomas en
interfase mediante la detección de frecuencias contacto físico entre pares de loci genómico (2, 5, 6). Durante la interfase, los
cromosomas ocupan territorios individuales y son compartimentada en varios niveles jerárquicos: A- gran activo de múltiples
Mb y B- inactiva
#
A quién debe dirigirse la correspondencia. Job.Dekker@umassmed.edu; Leonid@MIT.edu.
* contribuido por igual
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compartimentos (7), y pequeñas sub-Mb Topologically Asociar dominios (TAD) (8-10). En ~ 100Kb escalas cromatina bucle
interacciones conectan genes a elementos reguladores distales, mediando la regulación de genes de largo alcance (11).
La organización interna de los cromosomas mitóticos sigue siendo enigmática (12-15). Sobre la base de estudios que utilizan
microscopía óptica, microscopía electrónica, la tomografía, y las mediciones mecánicas, se han propuesto varios modelos de
cromosomas mitóticos. Estos modelos se pueden subdividir en tres grupos (16, 17): Bucles-on-a-andamio modelos (15, 18, 19),
modelos jerárquicos de fibras cada vez más gruesas enrollados o bucle (20, 21), y los modelos de red, que describir los
cromosomas mitóticos como geles altamente entrecruzados (22, 23), así como modelos que combinan estas características
diferentes (24).
Aquí hemos aplicado 5C (25) y Hi-C (7) para estudiar la organización espacial de los cromosomas humanos durante el ciclo celular,
revelando dos estados de plegado alternados. Usando simulaciones de polímero, evaluamos nuevos modelos de organización de
los cromosomas en metafase existente y y proponer que la organización metafase puede surgir a través de un proceso de dos
etapas: la compactación lineal por los bucles de cromatina consecutivos, potencialmente generados por complejos SMC, seguido de
compresión axial.
resultados
Los cambios en la organización de los cromosomas durante el ciclo celular
Para nuestros estudios iniciales se utilizaron células HeLa S3 porque las poblaciones grandes y homogéneas de estas células en
las diversas etapas del ciclo celular se pueden obtener de forma relativamente fácil y eficiente (Figura S1). El cariotipo HeLa S3 es
complejo, pero estable. Nos centramos análisis en los datos intracromosomal de seis cromosomas que parecen normales, a juzgar
por SKY / M-FISH y Hi-C (Figuras S2, S3). Además, nuestros análisis utilizan ICE (26), que corrige los sesgos en la cobertura de
secuenciación que puedan surgir debido al número de copia alteraciones.
Utilizamos la tecnología 5C para estudiar la organización de las pequeñas y-un cromosoma reordenado Chr. 21 en diferentes puntos
de tiempo a lo largo del ciclo celular (Figura 1). Hemos interrogado interacciones de largo alcance usando un grupo de cebadores 5C,
que cubren la longitud del cromosoma 21 con una separación media de 25kb ( Métodos). Se estudiaron las células temprana G1 y
mediados de G1, células en fase S temprana de timidina-detenido y prometaphase-nocodazole detenido ( “mitosis”) culturas (Figuras
1, S1, S4, Métodos). Encontramos que el tratamiento nocodazol hasta 12 horas conduce a algún acortamiento gradual de
cromosomas mitóticos pero Hi-C analiza durante 3, 7, y 12 horas de incubación el rendimiento resultados en general muy similares
(Figura S5). brazos de cromátidas hermanas están separados y ya no entrelazados en las células-nocodazole detenido (Figura 1A).
Los patrones de interacción para G1 temprana, mediados G1 y fase S están altamente correlacionadas entre sí y con el
patrón obtenido con las células no sincrónicos (Spearman r > . 67, P <<
10 -10, La Figura 1A, Métodos). Por estas fases del ciclo celular, los mapas de interacción muestran patrones a cuadros similares de
enriquecimiento o el agotamiento de las interacciones de largo alcance regional (Figura
1). Un patrón de cuadros similar se observó previamente para las células no síncronos, que son principalmente (97%) en la
interfase y se ha interpretado para reflejar la separación espacial de los cromosomas en compartimentos A / B (véase más
adelante, y (7)).

En las células mitóticas, sin embargo, la interacción de ruta cambia dramáticamente, y el patrón a cuadros desaparece. El patrón de
interacción mitótico muestra una baja correlación con las de todas las demás fases del ciclo celular (Spearman r <. 27, P << 10 -10, Figura
1b). De este modo, se identifican dos cromosomas plegable estados distintos en el ciclo celular.
La pérdida de compartimentos cromosómicas y las ETA en metafase
A continuación, utilizamos Hi-C (7) para realizar un análisis de todo el genoma de la mitótico y estados mediados de G1, ya que estos
representan los dos estados más distintas (Figura 2, S6). A continuación, utiliza tanto los datos de 5C y de HIC para estudiar las
características de organización de los cromosomas en los diferentes niveles: compartimentos en la escala cromosoma, y TADs en la
escala sub-megabase. El uso de vectores propios de descomposición, el ICE (26), se obtuvieron perfiles de compartimentos. En G1, se
observan un perfil compartimento alterna y las interacciones preferenciales entre las regiones dentro del mismo tipo de compartimento
(Figura S7) (Figura 2B), que está de acuerdo con estudios anteriores sobre las células no sincronizadas (7, 27). perfiles Compartimiento
extraen de 5C de acuerdo con Hi-C en Chr21 (Figura S8), y están altamente correlacionados en G1 temprana, mediados células en fase
S G1 y (Spearman r > 0,85, P <<
10 -10).
En las células de la mitosis, la compartimentación desaparece en todo el genoma (Figuras 1, 2), como vector propio
descomposición no detecta un perfil de compartimento que alterna a lo largo de la longitud de un brazo cromosómico.
Consistentemente, las interacciones preferenciales entre compartimentos extraídos de datos G1 Hi-C, o entre regiones con
contenido de GC similar o marcas de la cromatina en interfase similares, se pierden en la mitosis (Figura S7).
En una escala sub-megabase, se han encontrado cromosomas estar compuesto de TADs (9, 10). A TAD es una región
cromosómica contigua que interactúa en gran medida con sí mismo y está relativamente aislado de sus vecinos directos
genómicas. TADs se han identificado por su patrón de preferenciales interacciones anteriores o posteriores: en gran parte de aguas
abajo en el inicio de un TAD, y en gran parte de aguas arriba en el extremo (9). Estamos cuantificar la señal TAD por la relación de
log2 de aguas arriba a las interacciones aguas abajo de cada región genómica. En la interfase, la señal TAD es prominente a lo
largo de todos los cromosomas (Figura 1, 2c), consistente entre Hi-C y 5C en Chr21 (r = 0,73, P <10 -10) y es más prominente en las
células mediados de G1 que en G1 temprana y S fases.
En las células de la mitosis, la amplitud de la señal TAD está fuertemente reducido en todos los cromosomas; esto es confirmado
por 5C en el cromosoma 21. La variación residual en la señal TAD en células mitóticas se puede explicar por la presencia de
células no mitóticas alrededor de 15% en cultivos-nocodazole detenido (Figura S9). Una alta sincronía (98%) de datos mitótico
muestra la pérdida adicional de TADs (Fig S10). Hi-C realizó a 4 veces menor concentración de formaldehído (0,25%) mostraron
resultados similares, lo que indica que la pérdida de compartimentos y TADs no es debido a la sobre entrecruzamiento de
cromosomas condensados (Figuras S11, S12). Llegamos a la conclusión de que la presencia de los compartimentos de gran
escala y sub Mb-TAD se pierde la mayoría en metafase.
Repetimos el análisis de interfase y metafase cromosoma conformación en dos tipos de células adicionales: células
eritroides K562 y humanos fibroblastos primarios de prepucio (HFF1) (Figura 2D, S13, S14). En la interfase, los tres tipos
de células muestran compartimentos A / B, pero su

ubicaciones son diferentes (Figura S15). En contraste, los datos Hi-C para los cromosomas mitóticos son sorprendentemente similares
para los tres tipos de células, que muestra la pérdida de compartimentos y TADs, leaqding a los mapas de interacción homogéneos
virtualmente idénticos para todos los cromosomas. Por lo tanto, durante el ciclo celular cromosomas alternan entre organizaciones
interfase específicos de tipo celular y un tipo de célula y de tipo cromosoma conformación mitótico invariante universal.
Dos niveles de organización de los cromosomas mitóticos
Como los cromosomas pueden ser entendidas como polímeros largos, examinamos cómo la probabilidad de contacto PD) derivado
de mapas Hi-C depende de la distancia genómico, s, entre un par de loci en cada brazo cromosómico (Figura 3). Esta dependencia
es informativo del estado polímero subyacente (28-30). PD) para interfase y cromosomas mitóticos son notablemente diferentes,
mientras que siendo muy consistentes entre los tipos de células (Figura 3A). En contraste con la interfase, cromosomas mitóticos
muestran una disminución lenta en la probabilidad de contacto P (s) ~ s -0.5
de 100 Kb a 10 Mb, seguido de una rápida caída de a ~ 10 Mb. Estas características se observan para todos los cromosomas
independientemente de sus longitudes (Figura 3B), y son robustos a los detalles de un experimento de Hi-C y los métodos utilizados para
calcular P (s) ( Figuras S16).
Los dos regímenes en metafase PD) sugieren que la cromatina se organiza de manera diferente encima y por debajo de 10 Mb. Regiones
separadas por más de 10 Mb rara vez en contacto entre sí y por lo tanto ocupan posiciones espaciales distintas; esto es consistente con
la organización lineal conocida de cromosomas mitóticos, donde las regiones consecutivas ocupan posiciones longitudinales
consecutivos (abajo). En contraste, los loci dentro de cualquier región de 10Mb continua con frecuencia en contacto entre sí. De este
modo los cromosomas mitóticos pueden ser considerados como una estructura lineal ordenado anteriormente 10Mb consiste en capas
espacialmente mixtos de ~ 10 Mb (Figura 3B).
Para entender organización de los cromosomas mitótico dentro de una capa de 10 Mb se compararon los observamos PD) con la
del glóbulo de equilibrio y los estados de polímero glóbulo fractal. Un estado de glóbulo fractal tiene P (s) ~ s -1 y se caracteriza por la
segregación espacial de diferentes regiones (Figura 3C). Por el contrario, el estado de equilibrio glóbulo exhibe una meseta en P (s)
( es decir
P (s) ~ s 0), y se caracteriza por un alto grado de mezcla entre las diferentes regiones del polímero. el observado P (s) ~ s -0.5 en
la metafase cae en el medio PD) para estos dos estados que indica un nivel intermedio de la mezcla espacial. Por lo tanto,
mientras que el trabajo previo encontró que el estado de glóbulo fractal fue consistente con la interfase PD) de 500kb a 7Mb
(7), se necesita un modelo de polímero diferente para dar cuenta de la muy diferente PD) para los cromosomas mitóticos.
modelado de polímero de la organización de los cromosomas mitótico
A continuación desarrollado y probado modelos de polímero de la estado final plegada de un cromosoma mitótico. Desde detalles de
la vía de plegamiento y conformaciones iniciales son desconocidos, se estudiaron los modelos de polímero de equilibrio ( Métodos). Para
cada modelo, hemos generado un conjunto de conformaciones, experimentos simulados Hi-C de este conjunto, y se evaluó su
capacidad de reproducir las características principales de los datos Hi-C: lo observado P (s) ( La Figura 3B) y un mapa homogénea
conjunto de la media interacción (Figura 1, 2, S17). Tenemos, además, se requiere que los modelos tienen la conocida geometría
cromosoma cilíndrica, la densidad de la cromatina embalaje (~ 70Mb por 1um de cromátida (31)) y la organización lineal de las
cromátidas mitóticas (32). Hemos modelado 77MB de la cromatina (por ejemplo Chr17: 1um largo y 0.5um de diámetro) como una

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polímero de 128.000 monómeros, cada uno representando 3 nucleosomas (alrededor de 600 pb), con un diámetro de 10 nm y una longitud
de persistencia de 4 monómeros (10-12 nucleosomas) (33). Elegimos estos parámetros para representar mejor una fibra de 10 nm ( Métodos),
como la capacidad de penetración de la fibra de 30 nm in vivo se ha convertido cada vez más controvertida (22, 34, 35). Otras simulaciones
han demostrado que nuestros principales resultados se mantienen para una fibra de 30 nm, así como para una fibra de 10 nm más flexible
(Figura S18), y nuestros resultados son relativamente insensibles a la estructura local de la fibra de cromatina. modelos de polímeros se
simularon utilizando la dinámica de Langevin con interacciones y las limitaciones específicas para cada modelo. Cuenta para la actividad de
la topoisomerasa II (36, 37) permitiendo fibras de cromatina pasen a través de uno al otro y por lo tanto cambian el estado topológico de un
cromosoma ( Métodos, ( 38)); esto se logra mediante el establecimiento de un coste de energía finita por dos monómeros para ocupar el
mismo volumen.
En primer lugar, hemos probado si un modelo de equilibrio con una combinación de geometría cilíndrica y organización lineal es
suficiente para reproducir la observada P (s) ( La figura 4A, S19). Este modelo impone organización lineal al restringir monómeros
tener posiciones longitudinales medias reproducibles con una desviación estándar de 120 nm a lo largo del eje del cromosoma,
como se observa mediante microscopía (32). Las simulaciones de este modelo generan una conformación cromosoma en capas,
donde la caída de la probabilidad de contacto PD) naturalmente emerge a aproximadamente 10 MB, lo que demuestra que la
organización lineal y una caída de la probabilidad de contacto están conectados (también Figura S19, Película M1). Sin embargo, en
contraste con los datos Hi-C, los modelos limitados únicamente por la geometría cilíndrica y productos organización lineal PD) con
una meseta de 200kb a 10 Mb (Figura 4A), y son altamente mezclado dentro de una capa, similar a un glóbulo de equilibrio (Figura
3C, S20).
Se evaluaron dos clases principales de modelos para los cromosomas mitóticos: modelos jerárquicos (20, 21) y los bucles /
modelos de andamio (15, 18, 19). En modelos jerárquicos, la fibra de cromatina se pliega sucesivamente en una fibra más
gruesa en cada nivel jerárquico. Los modelos con tanto torsión bucle y solenoidal en cada nivel se llevaron a cabo por las
limitaciones en las distancias y ángulos entre subconjuntos de monómeros (Figura 4B, S21, S22). Encontramos que aunque
plegable jerárquica puede producir cromosomas con la geometría correcta y organización lineal, la probabilidad de contacto
para estos modelos disminuyó mucho más pronunciada que la observada en Hi-C (Figura 4B, S22). Esto indica que los modelos
jerárquicos excesivamente limitan la fibra de cromatina, como la mayoría de los contactos se producen localmente, dentro de las
fibras-primer y segundo nivel.

Para el estudio de modelos con bucles que emanan de un andamio (17, 18), que indujo la formación de bucles consecutivos, atraídos
sus bases a un andamio central, e impuesta ordenación lineal y geometría cilíndrica (Figura 4C, Película M2). Para formar los bucles
consecutivos elegimos un subconjunto aleatorio de las posiciones genómicas como bases de los bucles; a continuación, cada base de
bucle fue conectado por enlaces armónicos a inmediatamente anterior y bases de los bucles subsiguientes a lo largo del cromosoma
(Métodos). Este proceso forma una serie de bucles no solapados consecutivos con una distribución exponencial de longitudes de bucle.
Para cada longitud media del bucle, se equilibró el sistema (Figura S23) y encontramos que los modelos cromosoma con tamaño de
bucle promedio 80kb estrechamente reproducen experimental P (s) ( Figura 4C, S18), y el rendimiento de organización de la cromatina se
mezcla moderadamente dentro de las capas (Figura S20, Película M3, Película M4). Sorprendentemente, un modelo libre de andamio
con 120Kb consecutiva bucles todavía logra buen acuerdo con

experimental P (s) ( Figura 4C, S18). Esto se debe a la proximidad espacial de bucles consecutivos vecinos, y explica cómo las
interacciones de corto alcance (~ 100 Kb) pueden aumentar las probabilidades de contacto durante mucho más tiempo rangos (~ 5 Mb)
(Figura S24). Loop tamaños para nuestros mejores-ajuste de los modelos de cerca están de acuerdo con las mediciones anteriores: 80Kb
(39); 30-90Kb (18), 83 +/- 29Kb (40).
Los modelos con única atracción a un andamio (Figura S19), o con bucles no consecutivos (Figura 4D), son incompatibles con
experimental PD). Además, se requiere la variabilidad de célula a célula en posiciones de bucle y tamaños para reproducir los
mapas Hi-C de población promediada homogéneos (Figura S17). En su conjunto, las matrices estocásticas de bucles consecutivos,
ya sea dentro o fuera del andamio, son esenciales para el acuerdo con los datos de Hi-C.
Un proceso de dos pasos para el plegado cromosoma mitótico
En nuestros modelos de polímero, organización de los cromosomas mitótico se describe por dos características principales: matrices de
bucles 80-120kb consecutivos y ordenación lineal de loci separados por más de 10 Mb. bucles consecutivos se podrían formar por
compactación lineal de la fibra de cromatina (41) por el bucle-extrusión de SMC que contienen complejos en la profase temprana, por
ejemplo, tal como se propone por Alipour y Marko (42). También se han propuesto Arrays de bucles para mitótico y organización de los
cromosomas meióticos en base a consideraciones citológicas y moleculares (43). bucles consecutivos se asemejan a un modelo
bottlebrush polímero (Fig 5, S24), que previamente se ha sugerido como un modelo para cromosomas condensados (33). La segunda
característica, ordenación lineal por encima de 10 MB, se impuso en nuestros modelos de bucle consecutivos del estado plegado final
(Figura 4C), pero podría surgir naturalmente de la compresión axial de los cromosomas profase larga, por ejemplo (19, 37, 41, 43). La
compresión no se puede lograr mediante aumento de la afinidad de la cromatina-cromatina solo, ya que esto llevaría a la condensación en
una geometría globular (17, 33, 42). Sin embargo, los mecanismos que comprimen localmente la columna vertebral formada por bases de
bucle permiten, naturalmente, para la compresión anisotrópico activo en un cromosoma más corto y más grueso, con la misma anchura
independientemente de la longitud del cromosoma (14). Además, las diferencias en la duración o la eficiencia de la primera y segunda
etapas de condensación cromosómica proporcionan un mecanismo natural para proteínas relacionadas con la condensación de afectar
separado longitud cromosoma mitótico y la anchura (23). ya que esto llevaría a la condensación en una geometría globular (17, 33, 42). Sin
embargo, los mecanismos que comprimen localmente la columna vertebral formada por bases de bucle permiten, naturalmente, para la
compresión anisotrópico activo en un cromosoma más corto y más grueso, con la misma anchura independientemente de la longitud del
cromosoma (14). Además, las diferencias en la duración o la eficiencia de la primera y segunda etapas de condensación cromosómica
proporcionan un mecanismo natural para proteínas relacionadas con la condensación de afectar separado longitud cromosoma mitótico y la anchura (23). ya que esto llevaría
Estas consideraciones nos llevaron a proponer un modelo donde los cromosomas mitóticos se forman por un proceso de dos
etapas (Figura 5): primero, un cromosoma interfase se compacta linealmente en una serie de bucles consecutivos, formando una
cromátida profase-como de ~ 5 um de longitud y ~ 1um de diámetro. En segundo lugar, este cromátida se somete a compresión
axial homogéneo ( Métodos).
Hemos simulado el primer estado mediante la creación de una serie de bucles consecutivos, es decir, sin modelar explícitamente
extrusión bucle (véase más arriba). Para simular la segunda etapa, se impuso interacciones entre bases de los bucles cercanos, y los
bucles de forma concomitante condensados usando condiciones de mal disolvente. conformaciones resultantes adquieren
naturalmente geometría cromosómico cilíndrica, ordenación lineal y demuestran buen acuerdo con los datos de microscopía
experimental Hi-C y (Figura 5, S20, Película M5, M6).

Discusión
La interfase y mitosis estados representan dos organizaciones tridimensionales funcionalmente distintas del genoma. Nos encontramos
con que los cromosomas mitóticos conservan pocas o ninguna de las características estructurales que definen los cromosomas en
interfase. Sorprendentemente, encontramos que los cromosomas en metafase adquieren una organización similar en diferentes tipos de
células. Esto plantea la importante cuestión de cómo la información epigenética se hereda a través de la mitosis, cuando la transcripción
cesa en gran medida, y muchas proteínas, incluyendo la ARN polimerasa, se disocian de los cromosomas. Los modelos actuales de
memoria epigenética implican la retención de factores de transcripción clave y proteínas de arquitectura de la cromatina en loci específicos
( “marcadores” (44)), pero también se han propuesto funciones de orden superior plegable de la cromatina (45). En los cromosomas
mitóticos, no sólo encontramos que la segregación espacial a gran escala en compartimentos A / B específicos del tipo celular se pierde,
sino que las ETA plegados a nivel local y conservadores entre los tipos de células también están en gran medida ausentes. Además, los
mapas de interacción mitótico homogéneos muestran ninguna evidencia de la aparición de nuevos compartimentos, como la falta de
interacciones preferenciales dentro de bandas cromosómicas. Estas observaciones implican que las estructuras de la cromatina de orden
superior tienen que formar de novo en G1 temprana y no a sí mismos llevan memoria epigenética. Es posible que su re-emergencia en G1
temprana es impulsado por las marcas de histonas, la metilación del ADN, y complejos de proteínas que permanecen en el ADN a través
de la mitosis, por ejemplo, en los límites de TAD (46), o en elementos clave de genes reguladores (47).
Nuestro modelo propuesto de un cromosoma en metafase como una matriz de comprimido de bucles consecutivos (Fig 4C) está soportado
por varias características estructurales descritas anteriormente. Los estudios de imagen han demostrado que loci individuales no ocupan
posiciones axiales reproducibles (32). Además, regiones cromosómicas contiguos de <1Mb no llenan una sección transversal completa
radial del cromosoma mientras que las regiones de varios Mb hacer (48). Reproducido por nuestro modelo, estas características son
consistentes con una mezcla incompleta dentro de una capa de 10 Mb (Figura S20). Las longitudes medias de bucle de 80-120Kb, que
mejor reproduce experimental PD) en nuestros modelos, de acuerdo con estimaciones anteriores de longitudes de bucle (18, 39, 40).
Seguimos siendo agnóstico sobre el papel de un andamio, como los modelos con compacta y difusa, o ningún andamio de acuerdo
igualmente bien con los datos de Hi-C (Figura S26). Además, los bucles en nuestros modelos son irregulares y formarían una densidad
'fusión' uniforme, consistente con estudios recientes EM y SAXS (22, 49) (Figura S20).
Un aspecto importante que hace que nuestro modelo propuesto del cromosoma mitótico diferente de las propuestas anteriores. Varios
modelos clásicos asumieron una muy estructurado plegable con solenoides regulares, bucles de longitud fija, o niveles jerárquicos
distintos. Nuestro modelo logra acuerdo con los experimentos anteriores y nuestros datos Hi-C mediante la incorporación de la
variabilidad en todos los niveles de montaje: diferencias célula-a célula en posiciones de bucle y longitudes, y la mezcla sustancial
dentro de una capa de 10 Mb. Además, los modelos clásicos de plegado solenoidal y jerárquica requerirían maquinaria capaz de
manipular la cromatina en la micra y la escala multimegabase; Del mismo modo, un modelo de polímero propuesto recientemente (50)
implica un mecanismo para controlar la formación de bucles de largo alcance. Nuestro modelo, por el contrario, propone la formación de
bucle en gran parte locales seguido de una compresión lineal de la columna vertebral resultante de bases de bucle, permitiendo que el
resto de la fibra de cromatina de alojarse en un conjunto en gran medida desordenada. El uso de mecanismos de plegado locales y la
falta de un control estricto de secuencia de guiado hace que este mecanismo de plegado de dos etapas robusto con respecto a los
tamaños de cromosomas, composiciones y

reordenamientos genómicos. Observamos que la resolución actual de nuestros datos no descarta el uso de diferentes subconjuntos de
elementos de secuencias específicas como bases de los bucles en diferentes células.

Futuros estudios realizados en una resolución más alta, por ejemplo a través de la secuenciación más profunda de bibliotecas Hi-C, de
una sola célula Hi-C y en múltiples puntos de tiempo a través de la profase y G1 telofase-temprano, puede conducir a conocimientos
sobre la organización más fina escala de los cromosomas y la intrincada vías que conectan a la interfase y cromosomas mitóticos
estructuras plegables.
Material suplementario
Consulte la versión web en PubMed Central para el material complementario.
Expresiones de gratitud
serán puestos a disposición del público todos los datos a través de ArrayExpress. Con el apoyo de subvenciones del Instituto Nacional del Cáncer
(Ciencias-Oncología físicas Centro del MIT U54CA143874 a LAM) y el Instituto Nacional de Investigación del Genoma Humano (HG003143 a JD), el Human
Frontier Science Program (JD), y una Fundación WM Keck distinguen joven especialista en beca de investigación médica (JD). Agradecemos a JA
Stamatoyannopoulos y R. Humbert para el diseño de parte de los cebadores 5C, Corey Smith y Anita Hawkins para la ayuda técnica, Jennifer Benanti para
proporcionar HFF-1 celular stock y discusión, M. Walhout, laboratorio Dekker y los miembros del laboratorio Mirny para discusiones, el núcleo secuenciación
profunda UMMS para 5C secuenciación y bibliotecas Hi-C.
referencias y notas
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Figura 1. Organización del cromosoma 21 a través del ciclo celular

( UN). perfiles de FACS y microscopía de imágenes poblaciones de células analizadas en este estudio. Las imágenes muestran ADN
DAPI-manchado (azul) y alfa-tubulina (verde), barras de escala son una micra. Imagen bajo M muestra las células detenidas en la metafase
(12 horas nocodazole); El recuadro superior izquierda muestra células con husillo intacta; la mitad derecha muestra los cromosomas en
metafase nocodazole arrestado con husillos interrumpidas; inserción inferior muestra los cromosomas teñidos para SMC2 detenido,
mostrando cromátidas hermanas separadas. ( Derecha) población no síncrono consiste en una mezcla de todas las fases del ciclo celular.
Diagrama circular muestra del ciclo celular, con marcadores de color rojo que indican muestras de sincronización estudiados. En el interior
de círculo del ciclo celular: matriz de correlación entre 5C patrones de interacción de ambas células no síncronos y todas las etapas
estudiadas del ciclo celular ( Métodos). (SEGUNDO). matrices 5C corregido del cromosoma 21 para estas poblaciones de células; datos en
bruto 5C se binned a 250 Kb con una ventana deslizante 50 Kb, y se corrigen usando ICE. regiones grises no son interrogados en este
estudio. ( DO). perfil compartimento A / B para cada conjunto de datos. ( RE). señal TAD para cada conjunto de datos.

Figura 2. Análisis de Hi-C de organización de los cromosomas en las células G1 y mitóticas
( UN) Hi-C Mapas contacto probabilidad relativa para el cromosoma 17 y una igualmente de tamaño 82 Mb región del cromosoma 4, a
una resolución de 1 MB. detención de la fase M: 12 horas nocodazol. ( SEGUNDO) perfil compartimento A / B para estas regiones. ( DO) Zoom-in
de 4Mb subregiones. ( Parte superior) Región de un mapa de contactos a una resolución de 40Kb. ( Fondo) señal TAD para esta región. ( RE)
Hi-C Mapas de contactos de probabilidad para una región del cromosoma 14 en interfase y en metafase. Mostradas están HeLaS3-G1,
HFF1-NS (no síncrono), y publicado K562-NS (7) conjuntos de datos ( izquierda) y HeLaS3-M, HFF1-M, y K562-M conjuntos de datos ( derecho).

Naumova et al. Pagina 12
Figura 3. Contacto probabilidad como una función de la distancia genómico
Para comparar los experimentos con diferente número de lecturas, aquí y en todo PD) parcelas están normalizados para integrar a uno. ( UN).
Contacto de probabilidad para interfase y células mitóticas como promedio durante todos los cromosomas; conjuntos de datos como en la
figura 2D. Las flechas indican factor de cambio de interfase a la metafase. ( SEGUNDO). Contacto de probabilidad para los cromosomas
mitóticos individuales HeLa S3, en comparación con P (s) ~ s -0.5. Diagramas de la derecha ilustran que loci separados por menos de 10 Mb
ocupan posiciones longitudinales superpuestos, mientras loci separados por más de 10 Mb rara vez solaparse. ( DO). mitótico PD) por
debajo de 10 Mb representa frente esquemática

PD) para los estados de glóbulos de fractales y de equilibrio. El recuadro muestra la organización espacial de fibras de polímero
simuladas para cada estado, donde las fibras (aquí y más adelante) se colorean de azul a rojo a lo largo de sus longitudes. Observado PD)
para los cromosomas mitóticos cae en-entre la de un glóbulo de equilibrio, donde regiones del polímero son altamente mezclados, y un
glóbulo fractal, donde las diferentes regiones son espacialmente segregado.


Figura 4. modelos de polímero de organización de los cromosomas mitótico (izquierda) y sus correspondientes
P (s) ( derecho)
Experimental PD) en la metafase (área gris) está delimitada por mínimo y máximo
PD) calculado a partir de seis conjuntos de datos Hi-C independientes (tres líneas celulares). ( UN) Linear modelo de organización: cada
monómero está obligado a tener posiciones longitudinales medias reproducibles con desviación estándar de 120 nm (ilustrado en el
diagrama, al lado de un ejemplo de una conformación de polímero para este modelo). ( SEGUNDO) modelo jerárquico formada
plegando sucesivamente la fibra en un próximo fibra nivel, aquí usando bucles con longitud media de

9kb, 240KB y 4.8Mb; conformación de color de azul a rojo en cada nivel de aumento (Figuras S13, S14). ( DO) Los modelos
con bucles consecutivos, geometría cilíndrica, y la organización lineal. Bases de los bucles (rojo) son gratuitos ( izquierda) o
atraídos a un andamio central ( medio). Para tamaños de bucle óptimas, PD) curvas para estos modelos de enfoque
experimental PD).
( RE) Los modelos con bucles no consecutivos, geometría cilíndrica y la organización lineal, ya sea libre ( izquierda) o atraídos a un
andamio central ( medio). bucles no consecutivos se obtienen mediante la aleatorización de las posiciones de bases de bucle
consecutivos, mientras que el mantenimiento de longitudes de bucle. Los modelos con bucles no consecutivos tienen peor acuerdo con
la metafase PD) que los modelos con bucles consecutivos (Figura S15).

Figura 5. Un proceso de dos etapas de plegado cromosoma mitótico
( UN). Etapa I: compactación lineal mediante la formación de bucles cromosómicas consecutivos conduce a la formación de una
fibra de bases de bucle. Etapa II: compresión axial homogénea de la columna vertebral de la fibra conduce a la formación de un
cromosoma denso. Este proceso de dos etapas produce un cromosoma con la geometría cilíndrica apropiada y organización
lineal (posición genómica se indica por el colorante de azul a rojo). ( SEGUNDO) Contacto probabilidad PD) Para el

proceso de dos etapas en comparación con observado P (s) ( gris área sombreada como en la Figura 4). (DO). contactar mapa
media de cromosomas cruzados por un proceso de dos etapas.


1er Paper - Organization Mitotic Chroms - En.es

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Publicado en forma editada final como:

Ciencia. 2013 22 de noviembre; 342 (6161): 948-953. doi: 10.1126 / science.1236083 .

Organización del cromosoma mitótico

2 Instituto de Ingeniería Médica y Ciencia y el Departamento de Física, Instituto de Tecnología de Massachusetts,

Cambridge, MA 02139, EE.UU.

3 La Universidad de Harvard, Programa de Biofísica, Boston, MA 02115, EE.UU.

cromosoma en metafase altamente condensada y morfológicamente reproducible.

Los cambios en la organización de los cromosomas durante el ciclo celular

secuenciación que puedan surgir debido al número de copia alteraciones.

enriquecimiento o el agotamiento de las interacciones de largo alcance regional (Figura

Ciencia. Autor manuscrito; PMC disponible en junio de 2014 02.

La pérdida de compartimentos cromosómicas y las ETA en metafase

S G1 y (Spearman r > 0,85, P <<

células mediados de G1 que en G1 temprana y S fases.

escala y sub Mb-TAD se pierde la mayoría en metafase.

de células muestran compartimentos A / B, pero su

Ciencia. Autor manuscrito; PMC disponible en junio de 2014 02.

Dos niveles de organización de los cromosomas mitóticos

muestran una disminución lenta en la probabilidad de contacto P (s) ~ s -0.5

calcular P (s) ( Figuras S16).

espacialmente mixtos de ~ 10 Mb (Figura 3B).

modelado de polímero de la organización de los cromosomas mitótico

Ciencia. Autor manuscrito; PMC disponible en junio de 2014 02.

fibras-primer y segundo nivel.

con 120Kb consecutiva bucles todavía logra buen acuerdo con

Ciencia. Autor manuscrito; PMC disponible en junio de 2014 02.

(39); 30-90Kb (18), 83 +/- 29Kb (40).

Un proceso de dos pasos para el plegado cromosoma mitótico

axial homogéneo ( Métodos).

experimental Hi-C y (Figura 5, S20, Película M5, M6).

Ciencia. Autor manuscrito; PMC disponible en junio de 2014 02.

tamaños de cromosomas, composiciones y

Ciencia. Autor manuscrito; PMC disponible en junio de 2014 02.

elementos de secuencias específicas como bases de los bucles en diferentes células.

Consulte la versión web en PubMed Central para el material complementario.

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Figura 1. Organización del cromosoma 21 a través del ciclo celular

Ciencia. Autor manuscrito; PMC disponible en junio de 2014 02.

Figura 2. Análisis de Hi-C de organización de los cromosomas en las células G1 y mitóticas

Ciencia. Autor manuscrito; PMC disponible en junio de 2014 02.

Figura 3. Contacto probabilidad como una función de la distancia genómico

debajo de 10 Mb representa frente esquemática

glóbulo fractal, donde las diferentes regiones son espacialmente segregado.

Ciencia. Autor manuscrito; PMC disponible en junio de 2014 02.

Ciencia. Autor manuscrito; PMC disponible en junio de 2014 02.

Ciencia. Autor manuscrito; PMC disponible en junio de 2014 02.

Figura 5. Un proceso de dos etapas de plegado cromosoma mitótico

Ciencia. Autor manuscrito; PMC disponible en junio de 2014 02.

media de cromosomas cruzados por un proceso de dos etapas.

Ciencia. Autor manuscrito; PMC disponible en junio de 2014 02.

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