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Ouro Branco
Novembro de 2017
INTRODUÇÃO
A extração dos ácidos nucléicos (DNA e RNA) é o primeiro passo para a realização da
maioria das metodologias de biologia molecular. Pode-se obter DNA a partir de inúmeros
tipos de tecidos e células, e existe uma infinidade de protocolos para a realização de tal
procedimento (BARTLETT, 2003).
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relação A260nm / A280nm, e se os valores estiverem entre 1,4 e 2,0 indicam pureza adequada
das extrações de DNA (NONOHAY, 2017). Por fim, a PCR (“Polymerase Chain Reaction”)
amplifica-se o DNA presente na amostra que depois é analisado por eletroforese para
identificar se havia contaminação, por exemplo com RNA, bem como se a sequência alvo foi
amplificada juntamente com sequências indesejáveis e se o DNA extraído estava ou não
degradado (ANTONINI et al., 2004).
Portanto, neste relatório, o objetivo é aplicar o conteúdo das aulas teóricas de biologia
molecular, extraindo o DNA genômico e plasmidial da bactéria E. coli e analisá-los em gel de
eletroforese, espectrofotometria e PCR.
2. MATERIAIS E MÉTODOS
2.1 Extração de DNA Genômico de células de Escherichia coli
A cultura de células de Escherichia coli foi centrifugada por 5 min, a 12.000 rpm. O
pellet bacteriano obtido foi ressuspendido em 750 µL de solução salina-EDTA [150 mM de
NaCl; 100 mM EDTA]. Em seguida adicionou-se 60 µL de dodecil sulfato de sódio (SDS)
20% agitando-se suavemente a preparação que foi incubada a 65°C por 5 minutos.
A cultura de células de Escherichia coli foi inoculada com 5mL de meio LB contendo
o antibiótico ampicilina após ser incubada a 37ºC em agitação (200 rpm) durante 16 horas,
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após esse procedimento retirou-se 1,5mL e centrifugou-se a 12000 rpm por 5 minutos a 4ºC,
foi feito o descarte do sobrenadante em hipoclorito e centrifugou novamente sob as mesmas
condições. Ressuspendeu-se o pellet com 100µL de solução A, tampão GTE contendo glicose
50mM, Tris HCl 25mM, pH 8 e EDTA 10mM e foi feita a agitação por meio do vórtex para
posteriormente deixar incubado, por 5 minutos, no gelo. Em seguida adicionou-se 200µL de
solução B contendo NaOH 5M e SDS 1%, agitou-se o microtubo por inversão cinco vezes,
incubou-se no gelo por cinco minutos, em seguida adicionou-se 150µL de solução C contendo
acetato de potássio 3M e pH ajustado para 4,8 com ácido acético, agitou-se o microtubo por
inversão três vezes, incubou-se no gelo por cinco minutos. Passados os cinco minutos
centrifugou-se a 12000 rpm por 5 minutos à 4ºC. Transferiu-se o sobrenadante em um outro
microtubo e nele adicionou-se 500µL de isopropanol, para então ser incubado por 15 minutos
a -20ºC. Após incubação, centrifugou-se a 12000 rpm por 10 minutos a 4ºC, para descartar-se
o sobrenadante e adicionando-se 1 mL de etanol 70% gelado no sedimento. Sendo
centrifugado novamente a 12000 rpm por 10 minutos a 4ºC, para descartar-se o sobrenadante
e deixar o microtubo secar. Dissolvendo-se o DNA em 50µL de água Mili-Q estéril e
armazenando-o a -20ºC.
2.3 Eletroforese
O gel de agarose 0,7% utilizado nesta prática foi preparado pesando-se 0,7 g de
agarose e adicionando-se 100 mL de tampão TBE 0,5X [Tris base 54g; ácido bórico 27,5g;
EDTA 0,5M (pH 8,0), 20mL; água ultra-pura q.s.p 1000mL]. Em seguida aqueceu-se a
mistura em micro-ondas até a completa dissolução da agarose. Após a solubilização, a solução
de agarose foi resfriada, até atingir aproximadamente 40ºC. Verteu-se a agarose na forma até
uma altura de aproximadamente 5mm e o pente para formação das canaletas foi inserido. A
gelificação do gel ocorreu à temperatura ambiente. Retirou-se o pente lentamente para não
danificar os poços e transferiu-se o gel para a cuba, posicionando os poços no lado do eletrodo
negativo. Adicionou-se tampão TBE 0,5X a cuba de modo a cobrir o gel.
𝐴260∗𝐹𝐷∗50
[DNA]( μg/ μL )=
1000
Onde FD = fator de diluição
2.5 PCR
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preparado para quatro reações, no qual o volume final para cada reação foi 50µL, conforme
tabela 1.
Distribuiu-se, então, 48µL de mix de PCR com 2µL de DNA, este obtido nas práticas
anteriores, em cada tubo, com exceção do tubo controle. Levou-se ao termociclador conforme
descrito na Tabela 02. Foram utilizados primers universais, correspondentes ao gene que
codifica o RNA ribossomal 16s, o Forward Primer 968 F e o Reverse Primer 1492R.
Após o ciclo de PCR, realizou-se eletroforese para análise dos 5 µL dos produtos
obtidos (amplicons) em gel de agarose 1,2%. Corou-se com brometo de etídeo e visualizou-se
em transiluminador de luz UV. Os tamanhos dos fragmentos amplificados foram analisados
por comparação com padrão de massa molecular.
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3. RESULTADOS E DISCUSSÕES
3.1 Extração de DNA Genômico de células de Escherichia coli
3.3 Eletroforese
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tamanhos conhecidos, gerados a partir da digestão de plasmídeos (tipo de DNA circular
presente em bactérias) com enzimas de restrição (LEE et al., 2012).
Um fator de grande importância no qual também deve ser levado em conta para a
análise dos resultados é a voltagem utilizada, nesse experimento, foi utilizado uma voltagem
de 100V, estando dentro da faixa normalmente utilizada, pois voltagens excessivas ou muito
baixas interferem na mobilidade do DNA e causam distorções na migração (GOUVEIA E
REGITANO, 2007).
Após a corrida de eletroforese, o gel foi corado com brometo de etídeo, possibilitando
detectar uma quantidade igual ou maior que 10 nanogramas de DNA, sendo a intensidade de
fluorescência emitida proporcional à concentração de DNA presente na amostra (MOREIRA,
2003). Na figura 1, pode-se observar o resultado da eletroforese de extração de DNA
genômico e plasmidial dos quatro grupos. No pólo negativo do gel sendo a parte superior da
fotografia, tem-se DNA genômico e plasmidial e no pólo positivo sendo parte inferior da
fotografia tem-se RNA. Nota-se que houve corrida em todas as bandas correspondendo a uma
boa eletroforese, havendo apenas uma discrepância de fluorescência nas bandas dos Grupos 1
e 2 evidenciando uma concentração de DNA plasmidial maior que dos outros grupos, tanto no
DNA gnômico quanto no DNA plasmidial.
Figura 1: Gel de agarose 0,7%, contém 5 μl da amostra de DNA plasmidial e genômico extraídos de E. coli.
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3.4 Quantificação e Determinação do Grau de Pureza dos Ácidos Nucleicos
Ao analisar a Tabela 3 (abaixo), observa-se que a pureza do DNA genômico não foi
satisfatória, devido às relações de A260/A280, que não estão dentro do intervalo de 1,8 e 2, o
qual, segundo Sambrook (1998), a razão que se encontra entre 1,8 e 2 é considerada
satisfatória.
Sendo assim, pelo fato de o DNA genômico ter razão A260/A280 menor que 1,8 (Tabela
3) há indicativo que houve contaminação por proteínas ou lipídios, uma vez que a medição da
amostra a 280 nm é para determinar a quantidade desses componentes presentes, ou seja, o
processo de purificação não foi realizado corretamente (BROWN, 2010). Já a razão A260/A280
sendo maior que 2, segundo o manual da Thermo Scientific, há indicativo de que houve
medição do branco usando uma cubeta suja ou o branco utilizado foi impróprio, pois este
deve possuir pH e força iônica semelhante ao usada nas amostras, acredita-se que o último
caso é mais provável, uma vez que se usou água ultrapura esterilizada para medir o branco.
Além disso, observa-se pela Tabela 3, que as razões A260/A230 não estão dentro do que
Sambrook (1998) considera como satisfatório, os quais deveriam estar entre 2 e 2,2. Segundo
o manual da Thermo Scientific, razões de A260/A230 maiores que 2,2 não são indicativos de
problemas, porém essa relação foi menor que 2, indicando que houve contaminação por fenol
ou reagentes usados na extração, portanto, o processo de eliminação desses componentes não
foi realizado corretamente, levando a contaminação.
Tabela 3: Quantificação e análise do grau de pureza das preparações de DNA genômico obtidas pelos grupos
1,2,3 e 4.
Amostra A260 A280 A230[DNA] A260/A280 A260/A230
(µg/µL)
Grupo 1 -0,256 -0,301 -0,186 1,28 0,850 1,376
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3.5 PCR
Após o ciclo de PCR, realizou-se eletroforese para análise dos produtos obtidos
(amplicons) em gel de agarose 1,2%. Corou-se com brometo de etídeo e visualizou-se em
transluminador de luz UV. Comparou-se o tamanho dos fragmentos com um padrão
obtendo-se o peso molecular, esperando-se amplicons na ordem de 450pb. As amostras
foram colocadas à partir do 4º slot, ficando (G1, P1, G2, P2, G3, P3, G4, P4) e na primeira
corrida tem-se o marcador molecular de 100pb. Ao analisar a Figura 2, observa-se que as
bandas formadas pelo padrão molecular possuem bandas com pesos maiores e menores,
indicando diferentes pesos moleculares. Na primeira canaleta há o Branco 1 usado pelo
Grupo 1, no qual observa-se um arraste. O DNA das amostras não deve migrar no gel, se
fragmentos de DNA ocorrerem ao longo da linha da canaleta, o DNA está degradado
(COSTA, 2001) Também demonstra-se uma contaminação com RNA durante o
experimento, sendo necessário repetir a PCR e descobrir a causa desta contaminação,
sendo o principal fator a má manipulação da amostra (MOREIRA, 2017). Dando
continuidade, nos slots 2 e 3, nos quais foram colocados os brancos do grupo 2 e 3, não
houve formação de banda nem arraste, logo o resultado é esperado e positivo,
demonstrando que não houve contaminação no preparo para os Grupos 2 e 3 (ANTONINI
et al., 2004).
Para os Grupos 1 e 3 pode-se visualizar uma formação consistente das bandas,
demonstrando tanto para a amostra de DNA plasmidial quanto a do DNA genômico, um
bom e esperado resultado da extração, pois não houve ausência de bandas, formação de
arraste, várias bandas duplas e/ou inespecíficas ou dímeros no final da corrida
(MOREIRA, 2017). Nas amostras dos Grupos 2 e 4, também foi visualizado a formação
de bandas de mesmo tamanho molecular dos grupos anteriores, mas para estes dois grupos
a banda do DNA plasmidial ficou menos nítidas ou fracas, ou seja, possivelmente a
concentração de amplicons polimerizados foram baixas, decorrentes do processo de
extração ou também se houve uma degradação mais rápida da molécula de DNA antes da
análise por meio da eletroforese (MOREIRA, 2003).
Como dito anteriormente esperava-se amplicons da ordem de 450pb, mas como não
foi possível observar no gel o padrão de peso molecular, devido à baixa resolução, não foi
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possível confirmar com exatidão se as bandas estão próximas de 450 pb, mas pela posição
semelhante às bandas 1 e 3 provavelmente elas também têm esse peso molecular.
Assim, conclui-se que o resultado da PCR visualizado no gel de agarose não foi
satisfatório para o Grupo 1, principalmente pois houve contaminação no branco, para o
Grupo 2 e 4, pois as bandas do DNA plasmidial ficaram pouco nítidas, porém o único
grupo que obteve boa resolução, ficando bem visíveis, e não houve arraste no branco, foi
o Grupo 3. Certamente, o motivo dos erros pode ser pela má manipulação dos materiais e
amostras, como erros de pipetagem e contaminação do local e/ou instrumentos ou pela
baixa estringência dos primers universais usados para o domínio bactéria, correspondentes
ao gene que codifica o RNA ribossomal 16S: Forward Primer: 968F: 5’
AACGCAAGAACCTTAC 3’ e Reverse Primer: 1493R: 5’ ACGGGCGGTGTGTAC 3’.
Uma das possibilidades, seria em aumentar as concentrações de MgCl2 ou da Taq,
resultando melhores resoluções, uma vez que concentrações incorretas de reagentes
resultam numa baixa eficiência da amplificação ou na produção de produtos não
específicos. Na fase de anelamento a temperatura pode aumentar de 5 a 10° C, para ter
uma maior especificidade dos iniciadores (ANTONINI et al., 2004).
Figura 2: Gel de agarose 1,2%, contém 5 μl da amostra de DNA plasmidial e genômico extraídos de E.
coli. No qual Branco 1, 2 e 3 representa o branco para os Grupos 1, 2 e 3 respectivamente e Padrão é o
padrão de peso molecular.
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4 CONCLUSÃO
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5 REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS
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