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Chap.

1: L'eau, élément fondamental

3. BIOLOGIE DE L'EAU
3.1.
L'EAU ET
utilisables à n'importe quel moment,
LE MÉTABOLISME constituant ainsi une énergie potentielle.
CELLULAIRE Les cellules hétérotrophes, au contraire,
sont incapables de faire la synthèse de tous
C'est dans le milieu extérieur où elle vit que les facteurs de croissance et utilisent des
la cellule va chercher les substances substances nutritives qu'elles dédoublent et
indispensables, appelées encore métabolites "oxydent" exothermiquement en ma tériaux
essentiels, nécessaires au maintien du plus simples: l'énergie libérée (énergie
rythme de ses activités. cinétique) au cours de ces réactions
Certaines cellules sont capables d'en chimiques servira aux besoins de la cellule
effectuer la synthèse à partir d'éléments (croissance, locomotion, reproduction).
minéraux; elles transforment l'eau, le gaz On désigne par métabolisme l'ensemble des
carbonique et les sels minéraux en leur diverses réactions énergétiques, en
propre substance d'une grande complexité réservant le nom d'anabolisme lorsqu'il y a
moléculaire. Ce sont les cellules autotrophes gain d'énergie potentielle (réaction
qui prennent l'énergie nécessaire dans le endothermique) donc synthèse de matière
milieu extérieur (énergie lumineuse ou vivante, et de catabolisme lorsqu'il y a gain
énergie chimique provenant de la d'énergie cinétique (réaction exothermique)
transformation de certains radicaux minéraux) donc dégradation de la matière nutritive.
et synthétisent des réserves

L'étude des sources d'énergie peut donc phénomènes d'oxydose réduction dans
se ramener à l'analyse de la les fermentations.
photosynthèse et à celle des
3. Biologie de l'eau

. Anabolisme . Catabolisme. Processus de fermentation


a) Photosynthèse Le processus de dégradation des aliments
C'est le cas typique de la fabrication des cellulaires, ou catabolisme, implique la
glucid es par les végétaux à partir du CO2 de formation d'eau ou l'intervention des
l'atmosphère et de l'eau de la sève brute avec molécules d'eau dans des réactions d'oxydo-
intervention de l'énergie solaire et en réduction organiques au cours desquelles est
présence de chlorophylle qui peut se résumer utilisée l'énergie chimique que comporte toute
par la relation globale substance nutritive.
Les termes aérobie et anaérobie caractérisent
le type de dégradation qui est, en fait, une
déshydrogénation au sein de la cellule
Ce processus biologique est quantitativement hétérotrophe. Si l'hydrogène se combine à
le plus important dans la nature. l'oxygène moléculaire, le processus est dit
aérobie. Si le processus implique, au
b) Oxydo-réduction minérale contraire, le transfert de l'hydrogène du
composé déshydrogéné à un accepteur
D'autres organismes autotrophes ne peuvent
d'hydrogène autre que l'oxygène moléculaire,
utiliser, faute de pigments fixateurs, l'énergie
il est anaérobie. D'où les notions de bactéries
solaire; ils trouvent dans les phénomènes
aérobies strictes, anaérobies strictes et
d'oxydo-réduction de corps minéraux
anaérobies facultatives.
l'énergie nécessaire à leur existence. On citera
les bactéries du genre Nitrosomonas qui La décomposition (aérobie ou anaérobie) des
oxydent l'ammoniaque en nitrites, celles du substances organiques est assurée par des
genre Nitrobacter qui transforment les nitrites enzymes sécrétées par les organismes. Ce
en nitrates, les bactéries ferrugineuses et sont des protéines complexes possédant un
manganifères qui oxydent les bicarbonates arrangement spatial précis et auxquelles les
ferreux et manganeux en hydroxydes molécules organiques ou substrat peuvent
ferriques et manganiques, les bactéries venir se fixer.
sulfureuses qui transforment l'hydrogène La spécificité des enzymes est liée à leur
structure spatiale.
sulfuré en soufre colloïdal, les bactéries
sulfato-réductrices qui réduisent les sulfates Le processus de dégradation biologique
en H2 S et les thiobacilles qui oxydent ce conduit, selon que l'on se place en aérobiose
ou en anaérobiose, à des produits de
dernier en acide sulfurique.
dégradation ultime différents (voir page 286).

présents dans l'eau. Ceux qui sont


3.2. L'EAU, SIÈGE DE VIE responsables de maladies pathogènes sont très
MICROBIENNE peu nombreux par rapport à la population
La science médicale et biologique a reconnu microbienne totale. D'autres sont utilisés à des
le rôle joué par l'eau dans l'apparition et la fins de production (métabolites...). Dans l'eau,
transmission de certaines maladies. Ceci a les bactéries jouent un rôle particulièrement
conduit à la découverte et à l'identification important
d'un ensemble d'organismes unicellulaires
Chap.1: L'eau, élément fondamental

Comme toutes les cellules vivantes, la composition du complexe enzymatique


cellule bactérienne comprend un noyau sécrété par la bactérie. Des variations
comportant principalement les importantes dans les caractéristiques du
chromosomes rassemblés dans la milieu peuvent entraîner une sélection des
chromatine et constitués par l'acide espèces.
désoxyribonucléique (ADN). Le noyau
commande la reproduction, conserve le
patrimoine génétique de la cellule sous
forme codée et pilote au moyen d'ARN
(acide ribonucléique) la synthèse des
protéines et particulièrement des enzymes
(celle-ci se produit dans le cytoplasme,
gelée comportant des grains d'ARN, des
ribosomes, ainsi que des organites divers:
mitochondries, lysosomes, etc. au rôle
bien défini.) La cellule est entourée d'une
membrane rigide qui donne sa forme à la
bactérie. Des cils ou flagelles existent
dans le cas des espèces mobiles (fig. 5).
Les bactéries, selon la température optimale
Le rapport surface/volume est plus élevé
pour leurs enzymes, peuvent être classées
que chez les autres organismes. Or, le
en thermophiles (température supérieure à
taux de métabolisme s'élève avec ce
40 °C), en mésophiles (température voisine
rapport une bactérie est plus active que les
de 30 °C), en psychrophiles (de 0 à 15 °C)
organismes plus ordonnancés. La vitesse
et en cryophiles (de - 5 à 0 °C),
de reproduction est fonction de la
Certain es espèces bactériennes peuvent
concentration en matières nutritives du
présenter une forme particulière par
milieu. Dans les meilleurs cas, on a pu
sporulation : les spores qu'elles engendrent
observer une division cellulaire en 15 à 30
sont des cellules de vie ralentie d'une
minutes; parfois, elle nécessite plusieurs
constitution telle qu'elles résistent
jours. Cette vitesse dépend de la
beaucoup mieux à la chaleur, à la
température.
sécheresse, par exemple. Lorsque les
Les bactéries ne vivent que dans des
conditions redeviennent normales, les
milieux répondant à certaines
spores germent et redonnent des bactéries
caractéristiques: teneur en eau, pH,
actives.
salinité, potentiel d'oxydo-réduction,
Une culture bactérienne complexe peut
température. Le potentiel d'oxydo-
s'adapter par sélection et mutation â des
réduction favorable est assez variable
changements lents de la composition du
suivant que les bactéries travaille nt en
substrat dont elle se nourrit.
aérobiose ou en anaérobiose. Ces
conditions sont en relation étroite avec la

Pour les organismes hétérotrophes, les


3.3. principaux substrats nutritifs sont les
SUBSTANCES NUTRITIVES protides, les glucides et les lipides.
Les protides, constituants les plus
3.3.1. Substrats carbonés importants de la matière vivante, sont à
3. Biologie de l'eau

la base de la matière protoplasmique et Dans certaines conditions, les organismes


cytoplasmique. Ils sont constitués par un hétérotrophes peuvent s'adapter à la
assemblage de corps simples: les acides consommation d'autres substrats
aminés. Un acide aminé est une substance organiques tels que alcools, phénols,
présentant dans sa molécule un ou plusieurs aldéhydes, hydrocarbures, etc.
groupements acides COOH et un ou Les organismes autotrophes peuvent
plusieurs groupements aminés NH2 liés au synthétiser leur propre substance à partir
même atome de C d'une source de carbone pouvant être du
gaz carbonique, d u méthane, etc.

3.3.2. Azote, Phosphore et Oligo-éléments

Outre les substances nutritives mentionnées


précédemment, la croissance des
Les protides se comportent comme des organismes bactériens (autotrophes ou
acides ou des bases suivant le pH du milieu hétérotrophes) nécessite la présence
dans lequel ils se trouvent placés. Les d'éléments minéraux indispensables,
fonctions acides et amines peuvent se fixer certains à l'état de traces.
les unes sur les autres et former des L'azote et le phosphore représentent un
macromolécules à longue chaire dont la pourcentage non négligeable de la masse
masse molaire peut atteindre des valeurs bactérienne. Les valeurs moyennes
élevées (50 000 et plus). Selon cette masse, suivantes peuvent être indiquées :
on distingue les peptides, les protéines N : 7 à 10% P : 2 à 3%
simples et les protéines conjuguées. Leurs rôles sont multiples dans la cellule
Les glucides étaient désignés autrefois sous (structure, métabolisme) mais le phosphore
le nom de sucres, en raison de la saveur du intervient principalement dans les
plus simple d'entre eux ou sous le nom mécanismes de stockage ou de libération
d'hydrates de carbone parce qu'ils d'énergie. Cette réserve énergétique se situe
répondent à la formule générale Cm (H2 0)n . dans les liaisons P - P existant dans des
Par leur abondance dans les tissus molécules particulières: les Adenosine
végétaux, ce sont les aliments usuels des mono, di et triphosphates (AMP, ADP,
organismes hétérotrophes. ATP).
Ils existent sous forme non hydrolysable La libération d'énergie se fait par rupture de
(oses, tels que le glucose) ou hydrolysable la liaison P - P conduisant ainsi de l'ATP à
(osides, tels que l'amidon, la cellulose et le l'ADP et à l'AMP. Le potentiel énergétique
glycogène). par molécule est le suivant
Les lipides, simples ou complexes, sont des
esters d'acides gras et d'alcools plus ou
moins complexes. Ils s ont généralement
insolubles et peuvent s'émulsionner dans
Les oligo-éléments proprement dits sont
l'eau. Ils constituent chez les végétaux
principalement des cations ou des anio ns.
comme chez les animaux un important
Des concentrations de l'ordre du
matériel de réserve pour couvrir leurs
microgramme par litre dans les milieux de
besoins énergétiques.
croissance sont amplement suffisantes
Chap. 1: L'eau, élément fondamental

pour répondre aux besoins cellulaires. Ces Le besoin en ces éléments est commun à
éléments deviennent rapidement toxiques à tous les groupes bactériens mais certains
des teneurs plus élevées. Ils contrôlent de sont très spécifiques de telle ou telle famille
nombreux phénomènes dans la cellule bactérienne. Ainsi le nickel est
comme le gradient ionique spécifiquement lié aux enzymes contrôlant
transmenbranaire (Na +), ils interviennent la méthylation de l'acétate chez les bactéries
aussi pour structurer certaines macro - méthanogènes et donc indispensable au bon
molécules associés à des complexes fonctionnement de la fermentation
enzymatiques. méthanique.