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GLOSARIO la energía (ATP) derivado de luz o productos

químicos.
agar Una gelatina de verduras de diversos tipos
de algas o algas. Se utiliza como un agente Las bacterias Uno de los tres troncos
gelificante en medios de cultivo sólido para principales (dominios) en el árbol de la vida
aislar y cultivar microorgan-ismos. basada en la subunidad pequeña rRNA
filogenia.
placa de agar Una placa de agar es una placa
de Petri estéril que contiene agar más Medios bacterias Un término genérico que se refiere a
de cultivo, y se utiliza para cultivar las formas de vida procariotas (bacterias y
microorganismos. arqueas). El uso del término “bacteria” es
bagaje histórico de la incapacidad primeros
algas, eucariotas plantas Principalmente microbiólogos para distinguir entre bacterias
acuáticos unicelulares o multicelulares sin y arqueas. En la biología contemporánea, el
verdadera tallos, raíces, o las hojas, que son término es inherentemente imprecisa y, a
típicamente autótrofa, fotosintética, y menudo se considera obsoleta. Dado que las
clorofila con-tain. bacterias y las arqueas son muy diferentes
(filogenéticamente y fenotípicamente), en
alóctono Transportados en de otra parte; referencia a estos dos dominios con un solo
materiales que se encuentran en un lugar término puede causar pensamiento erróneo.
distinto de donde ellos y sus constituyentes
se formaron. basalto El tipo más común de lava solidificada;
una densa, de color gris oscuro, de grano fino
ameba Cualquiera de los diversos protozoos roca ígnea que se compone principalmente
acuáticos o parasitarias unicelulares, que no de plagioclasa, feldespato, piroxeno y
tiene forma definida y que consiste en una
minerales.
masa de protoplasma que contiene uno o más
núcleos rodeados por una membrana exterior biomarcador A las sustancias bioquímicas
flexible. Las amebas movimiento por medio cuya presencia y estructura sirve como una
de seudópodos. señal de vida. Ejemplos de biomarcadores
incluyen 16S rRNA, lípidos de membrana, y
anabolismo reacciones metabólicas que
clorofila.
construyen constituyentes celulares, el
consumo de energía (ATP) en el proceso. catabolismo La descomposición metabólica de
moléculas grandes en los organismos vivos,
arqueas Uno de los tres troncos principales
(dominios) en el árbol de la vida basada en la la liberación de energía que acompaña,
subunidad pequeña rRNA filogenia. capturado como ATP.

asimilación, asimilatorio Fisiología. La quimiosíntesis, quimiosintéticas Generación


conversión de los nutrientes en el tejido vivo de ATP por reacciones que oxidan sustancias
a través de reacciones metabólicas orgánicas y / o inorgánicas.
biosintéticas.
cromatina ADN cromosómico condensada.
autóctono Originario o formado en el lugar
donde se encontró. cromosoma Major depósito de la información
genética en una célula; células haploides
ATP El trifosfato de adenosina, la moneda de tener una sola copia de su cromosoma,
energía del metabolismo celular. mientras que las células diploides tienen dos
copias.
Catabolismo genera ATP, el anabolismo lo
consume. ciliados, protozoos ciliados Cualquiera de los
diversos protozoos de la clase Ciliatas, char-
autótrofo Un autotroph (o productor primario) terizado por un exterior cubierto con
es un organismo que utiliza CO2 como fuente numerosos apéndices cortos, como látigos,
de carbono. CO2 la fijación es accionado por llamados cilios (ver flagelo).
clado Un grupo de organismos, tales como un la vida endolíticas Literalmente, “dentro de la
género, cuyos miembros comparten roca”. Los microorganismos que han
características homolo-Gous derivados de un colonizado y viven dentro del espacio poroso
ancestro común. En un árbol filogenético, un de las formaciones geológicas, desde la
clado es un conjunto coherente de secuencias Antártida hasta el fondo del océano.
relacionadas.
endospora Una pequeña espora asexual,
conjugación transferencia genética de ADN de producido dentro de una célula, que sirve
plásmido entre las células; Se requiere el como una etapa de resistir-ant reposo en
contacto célula a célula. algunos procariotas.

cultivables (Adj.) Capaz de ser cultivada. Un cultivo de enriquecimiento Un medio de


microorganismo es cultivable si un líquido composición conocida, proporcionando
adecuado o medio sólido, el apoyo de condiciones específicas PHY-siological para
propagación, se ha ideado. cultivaron (adj.) favorecer el crecimiento de un tipo particular
Un microorganismo que puede ser y ha sido de microorganismo.
cultivada bajo definida, condiciones
controladas. Domesticado. La microscopía de epifluorescencia Una
técnica microscópica en la que las que
cultivado Ver culto. inciden causas luz de onda corta se dirigen a
moléculas fluorescentes que emiten luz de
cianobacterias organismos procariotas de vida longitud de onda más larga de nuevo al
libre sin cloro-plastos organizados pero tener espectador.
la clorofila a y la fotosíntesis evolución de
oxígeno; capaz de fijar nitrógeno en Eukarya Uno de los tres troncos principales
heterocistos. Que ocurre en líquenes y otros (dominios) en el árbol de la vida basada en la
rela-tionships simbióticas. Comúnmente subunidad pequeña rRNA filogenia. Eukarya
llamado “algas azul-verde”. incluyen formas de vida nucleadas complejos
tales como protozoos, plantas y animales.
detrito materia desintegrada o erosionados: los
restos de la vida antes “el detri-tus del eutróficas Un tipo fisiológico del
pasado”. microorganismo que es adecuado para el
crecimiento en Nutri-entos a alta
dissimilation, disimilatoria Fisiología. La concentración.
participación en procesos celulares sin
incorporación en biomasa. aceptores de eutróficos (Adj.) Un hábitat con aguas ricas en
electrones finales son esenciales para las nutrientes minerales y orgánicos que
reacciones fisiológicas pero sus formas promueven una proliferación de
reducidas son productos de desecho (por microorganismos. Si grandes floraciones de
ejemplo, H2OH2S, CH4) Que no son algas photosyn-tético ocurren en agua
asimilados. eutróficos, su decadencia por procariontes
heterotróficos puede agotar el oxígeno en el
microscopio de electrones Cualquiera de una agua.
clase de procedimientos microscópicos que
utilizan elec-trones en lugar de luz visible facultativo Versátil; capaz de funcionar bajo
para producir imágenes aumentadas. diferentes con-diciones ambientales. El
término se aplica a menudo a los
enriquecimiento electiva Un método de microorganismos que pueden vivir con o con
aislamiento de microorganismos capaces de de salida de oxígeno (anaerobio facultativo).
utilizar un sustrato específico mediante la
incubación de un inóculo en un medio que protozoos flagelados Cualquiera de un gran
contiene el sustrato. El medio puede contener grupo de organismos unicelulares,
sustancias o tienen características que microscópico, eucariotas tienen uno o más
inhiben el crecimiento de microorganismos grandes apéndices de látigo, conocido como
no deseados. flagelos (ver flagelo)
por reacciones de síntesis secundaria de
suelos. El término se utiliza en un sentido
flagelo En procariotas, un apéndice de la genérico para describir el material coloreado
motilidad de látigo presente en el sur-cara de o sus frac-ciones obtenido sobre la base de
algunas especies. Los flagelos están características de solubilidad. Estos
compuestos de una proteína llamada materiales son dis-distintivo a ambientes de
flagelina. Los procariotas pueden tener un suelos en que son diferentes a los
solo flagelo, un mechón en un polo o biopolímeros de microorganismos y plantas
múltiples flagelos que cubre toda la superiores (incluyendo lignina).
superficie. En eucariotas, flagelos son
extensiones protoplásmicas filiformes humus Una sustancia orgánica de color marrón
utilizados para propulsar flagelados. Los o negro que consiste de la materia vegetal o
flagelos tienen la misma estructura básica animal en descomposición parcial o
que los cilios, pero son más largos en totalmente que proporciona nutrientes para
proporción a la célula que lleva ellos y las plantas y aumenta la capacidad del suelo
presente en cantidades mucho más pequeñas. para retener el agua (ver sustancias húmicas).

hongos Major grupo de heterótrofa, eucariota, hifa, hifas estructuras tubulares que
unicelular, multinucleadas, o los organismos constituyen la unidad celular básica de la
multicelulares, incluyendo levaduras, mohos mayoría de los hongos.
y hongos.
hipoxia Una condición ambiental que ofrece la
genotipo Composición genética, a diferencia concentración de oxígeno reducida.
de los rasgos físicos y bioquímicos, de un
organismo o un grupo de organismos. El ígneo Geología. Como resultado de, o
genotipo es un conjunto de características producidos por la acción del fuego. Lavas y
genéticas fijos, mientras que el fenotipo es el basaltos son rocas ígneas.
subconjunto de características expresadas.
biorremediación intrínseca Eliminación de
(Contraste con el fenotipo).
contaminantes en un sitio determinado por
granito Un, roca ígnea dura común, de grano las poblaciones microbianas de origen
grueso, de color claro y consiste natural que funcionan en los químicos, y las
principalmente de cuarzo, ortoclasa o condiciones geológicas biológicos de origen
microclino, y mica, y se presentan como natural. También conocido como attenu-
formaciones geológicas masivas, ación natural, cuando dominado por procesos
especialmente en las cordilleras. biológicos.

genoma El conjunto completo de ADN llevado Los postulados de Koch Un conjunto de


por un organismo. En procariotas, esto criterios, ideado por Robert Koch en 1884, a
significa cromosómica más plásmido de estab-lish causalidad entre un
ADN. microorganismo patógeno y su impacto en
un huésped enfermo.
heterótrofo Organismo que requiere una forma
orgánica de carbono como fuente de carbono. la transferencia de genes lateral Ver
Heterótrofos no fijan CO2. transferencia horizontal de genes.

transferencia horizontal de genes la ligando Un ión, una molécula, o un grupo


transferencia génica horizontal es cualquier molecular que se une a otra entidad chem-
proceso en el que un organismo transfiere ical para formar un complejo más grande.
material genético (es decir, ADN) a otra
litótrofos Fisiología. Término utilizado en
célula que reside en otra rama del árbol
referencia a la fuente de energía de un
evolutivo (líneas de descendencia).
organismo (donante de electrones); un
sustancias húmicas Una serie de peso organismo que utiliza un sustrato inorgánico
molecular relativamente alto, amarillo-a (como munición-nia, de hidrógeno) como un
sustancias orgánicas de color negro formadas donador de electrones en el metabolismo
energético. Literalmente, lithothroph procesos tales como la degradación biológica
significa “comedor de la roca”. o química, sorción, y otros.

lisis Para romper una célula. obligar La capacidad de vivir en solamente un


parámetro conjunto de condiciones; por
ejemplo, un anaerobio obligado sólo puede
sobrevivir en ausencia de oxígeno.
lysogeny La condición de una bacteria huésped
que ha incorporado un virus en su propio oligocarbophile Capaz de crecer sólo en
material genético. Cuando un virus infecta a sustratos de carbono altamente diluidas (ver
una bacteria que puede o bien destruir su host oligotróficas).
(ciclo lítico) o ser incorporado en el genoma
del huésped en un estado de lysogeny. oligotróficas Un tipo fisiológico del
microorganismo (o fase en la vida de
metabolismo La integración de las reacciones microorganismos marinos) que es adecuado
bioquímicas celulares; menudo subdividido para el crecimiento de los nutrientes a baja
en catabolismo (generación de energía en concentración.
forma de ATP) y el anabolismo (REAC-
ciones biosintéticas que construyen y oligotróficas (Adj) Un bajo hábitat en
mantienen células nuevas a expensas de nutrientes minerales y orgánicos. Nutrición
ATP).
organotrofia Nutrición microbiana depende de
metamórfica Geología. Perteneciente a, los compuestos orgánicos.
producido por, o que exhiben ciertos cambios
que minerales o rocas pueden haber sido osmotrofia Un organismo que obtiene
sometidos ya que su original de depo-sición; nutrientes a través de la captación activa de
especialmente aplicados a la recristalización materiales solubles a través de la membrana
de que las rocas sedimentarias se han celular. Esta clase de organismo, que incluye
sometido a la influencia de calor y presión, los procariotas y los hongos, no se puede
después de lo cual se les llama rocas utilizar directamente el material particulado
metamórficas. como nutrientes. (Contraste con fagótrofo.)

micrones (𝝁) Una unidad de longitud igual a OTU unidad taxonómica Operacional; esto a
una millonésima (10-6) De un metro. menudo se refiere a secuencias de 16S rRNA
Conversión de la mineralización de las genes distintivos recuperados de muestras
sustancias orgánicas a los inorgánicos. por ambientales. OTU es la terminología segura
ejem-amplio, la producción de 𝐶𝑂2 o 𝑁𝑂− 3 en microbiología ambiental debido a que
de materia orgánica en descomposición. evita la utilización del término “especie”
(que es muy difícil de definir).
ARNm: ARN mensajero, el intermediario
clave en la expresión genética. ARNm sirve la fosforilación oxidativa El uso de transporte
como plantilla para la traducción del código de electrones para producir ATP, a través de
genético en cadenas de aminoácidos que fuerza motriz de protones.
constituyen las proteínas.
el estrés oxidativo Un estado de desequilibrio
micelio, micelios biomasa fúngica, una red de metabólico causado por el aumento de los
hifas. niveles de radicales libres y otras moléculas
de oxidación promotoras que pueden resultar
atenuación natural Generalmente se refiere a en daño de la membrana celular, la muerte
los procesos biológicos físicos, químicos, o celular, y el daño al material genético.
que, en condiciones favorables, conducen a
la reducción de la masa, la toxicidad, la PCR Reacción en cadena de la polimerasa; una
movilidad, el volumen o la concentración de técnica para la amplificación de ADN, por lo
orgánico y / o inorgánicos contaminantes en que es EAS-IER para aislar, clonar y
el suelo, sedimentos y / o aguas subterráneas. secuencia.
La reducción tiene lugar como resultado de
placa de Petri Un vaso poco profundo o un procariotas Un organismo unicelular que
plato cilíndrico de plástico que carece de una membrana nuclear, un núcleo
microbiólogos utilizan para los discreto, y otros compartimentos
microorganismos de cultivo. Se nombró por especializados dentro de la célula. Las
el bacteriólogo alemán Julius Richard Petri bacterias y arqueas son procariotas. El uso
(1852-1921) que lo inventó en 1877 cuando del término “procariota” es bagaje histórico
se trabaja como ayuda-ant a Robert Koch. de la incapacidad primeros microbiólogos
para distinguir entre bacterias y arqueas. En
fago Los virus que infectan a los procariotas. la biología contemporánea, el término es
inherentemente imprecisa y, a menudo se
phagotroph Un organismo que envuelve a los
considera obsoleta. Dado que las bacterias y
alimentos. (Contraste con osmotrofia.)
las arqueas son muy diferentes (phylogen-
Fenotipo Las características físicas o éticamente y fenotípicamente), en referencia
bioquímicas observables de un organismo, a estos dos dominios con un solo término
como se determina por tanto la composición puede causar pensamiento erróneo.
genética y las influencias ambientales.
fuerza motriz de protones Generados por el
(Contraste con el genotipo.)
transporte de electrones, esto es la separación
fotosíntesis Un proceso bioquímico en el cual de H + y OH-iconos través de las membranas
las plantas, algas y algunos procariotas biológicas; utilizado por la enzima ATP
aprovechar la energía de la luz. Las sintasa para generar ATP.
“reacciones de luz” generan ATP y el poder
la detección de quórum La capacidad de las
reductor; las reacciones oscuras fijan CO2 en
poblaciones de procariotas para comunicarse
biomasa.
y coordinar el comportamiento a través de
filogenia Filogenia documenta la relación moléculas de señalización.
evolutiva entre los órganos-ismos. La
16S rRNA y 18S rRNA La designación “1S”
filogenia de un organismo en particular
se refiere a “unidades Svedberg”, que son
refleja su ascendencia, sus propios
coeficientes de sedimentación derivados de
desarrollos evolucionaros.
los medios físicos de separación de los
phylum, filos Se utiliza en la clasificación y componentes de los ribosomas uno del otro.
taxonomía. A phylum es un amplio grupo de Los procariotas tienen 16S, mientras que los
microorganismos relacionados y contiene eucariotas tienen 18S subunidades de ARN
una o más clases. Un grupo de filos similares ribosómico. (Ver ARNr; pequeña subunidad
forma un dominio. rRNA).

planetisemal Astronomía. Cualquiera de ADNr secuencias de ADN que codifican el


pequeños cuerpos innumerables cree que han rRNA.
puesto en órbita el Sol durante la formación
ARNr El ARN ribosómico; principal
de los planetas.
componente estructural de los ribosomas.
plásmido ADN extracromosómico que se Los ribosomas son el sitio de la síntesis de
replica independientemente del cromosoma. proteínas en la vida celular. (Véase la
Las funciones metabólicas codificadas por pequeña subunidad rRNA).
ADN de plásmido típicamente son
gen regulador Una secuencia de ADN cuya
periféricos (Por ejemplo, el catabolismo de
codificada proteína (después de la
compuestos de carbono inusuales), y no es
transcripción y la traducción) controla la
esencial para la función celular.
expresión de otros genes. (Contraste con el
platos Microbiología. Las placas se refieren a gen STRUC-tural.)
cajas de Petri que contienen un medio de
recurso Un activo metabólico, presente en el
crecimiento microbiano, por lo general
hábitat de un microorganismo, que puede ser
solidificado con agar.
utilizado en las reacciones bioquímicas para
generar ATP y / o ser utilizados como transcripción y traducción) tiene un papel
bloques de construcción celular para crear catalítico o estructural definida en el
nuevas células. metabolismo celular. (Contraste con gen
regulador).
respiración acoplamiento basados en
membranas de flujo de electrones entre una Sulfatara Un área o abertura volcánica,
fuente de energía reducida (orgánico o caracterizado por la alta temperatura, los
inorgánico) y un terminal de electrones vapores de azufre, y vapor.
oxidado accep-tor (por ejemplo, oxígeno,
nitrato) para producir ATP. taxonomía La ciencia de la identificación,
clasificación y nomenclatura.
microscopía electrónica de barrido (SEM)
Cualquiera de una clase de procedimientos talo biomasa fúngica, una red de micelio.
microscópicos que utilizan electrones en
tomografía Cualquiera de varias técnicas para
lugar de luz visible para producir imágenes
hacer detalladas rayos X de un plano de
ampliadas, espe-cialmente de objetos que
sección prede-termined de un objeto sólido
tienen dimensiones menores que las
mientras difuminar las imágenes de otros
longitudes de onda de la luz visible, con un
planos. Múltiples imágenes planas pueden
aumento lineal de acercarse o superarun
ensamblarse.
millón (106).
transducción La transferencia de ADN
sedimentario Rocas forman a partir de
microbiano por virus de un microorganismo
material, incluyendo los residuos de origen
infectada a otra.
orgánico, depositado como sedimento por el
agua, el viento o hielo y luego comprimido y transformación Un proceso por el cual el
cementado juntos por la presión. material genético transportado por una célula
microbiana indi-viduo se ve alterado por la
senectud Rechazar o la degeneración de la
incorporación de ADN exógeno en su
función celular, como con la maduración, la
genoma. La fuente de ADN tomado por la
edad, o el estrés de la enfermedad.
célula receptora está libre de cualquier vector
moho de fango Cualquiera de los diversos (sin virus, sin plásmido).
eucariotas unicelulares que crecen en el
microscopía electrónica de transmisión
estiércol y la vegetación decaimiento-ing y
(TEM) Procedimiento que utiliza un haz de
tienen un ciclo de vida que se caracteriza por
electrones de alta energía para examinar
una etapa ameboide limo-como y una etapa
objetos muy de cerca, en una escala fina. El
reproductiva multicelular.
micro-alcance brilla un haz de electrones a
subunidad pequeña rRNA ARN ribosómico través de un objeto y el resultado transmitida
de la subunidad 30S ribosomal de procariotas se proyecta sobre una pantalla de fósforo.
o la subunidad 40S ribosomal de los
árbol de la vida Presentación gráfica de las
eucariotas. Subunidad pequeña rRNA celular
relaciones evolutivas entre las formas del
juega un papel crucial en la traducción de
pasado y presente de la vida. El paradigma
ARNm en una proteína. Se utiliza en la
dominante actual de la evolución se basa en
filogenia molecular para establecer los tres
el análisis filogenético de los genes que
dominios de la vida. (Ver ARNr).
codifican la subunidad pequeña rRNA.
espora Un cuerpo pequeño, normalmente
ARNt moléculas de ARN de cadena corta
unicelulares, reproductivo que es altamente
presentes en la célula (en al menos 20
resistente a la desecación y el calor y es capaz
variedades, cada variedad capaz de
de crecer en un nuevo organismo, producido
combinarse con un aminoácido específico)
especialmente por ciertos procariotas,
que sujetan el aminoácido correcto a la
hongos, algas y plantas sin flores.
cadena de proteína que se está sintetizado por
gen estructural Una secuencia de ADN cuya el ribo-algunos de la célula.
codificada proteína (después de la
la luz ultravioleta (UV) Las ondas de luz que
tienen una longitud de onda más corta que la
luz visible, pero de longitud de onda más
larga que los rayos X.

transferencia vertical de genes la


transferencia de genes Vertical se produce
cuando un organismo recibe material
genético de su antepasado (por ejemplo, su
controladora o una especie de la que se
desarrolló).

el conteo de placas viables Una manera de


contar microorganismos cultivables en
muestras ambientales, en medio de agar
sólido. El número de colonias microbianas
que crecen en placas de agar es inversamente
proporcional al grado se diluyó la muestra
ambiental.

virus Partícula pequeña, que contiene ADN o


ARN, que infecta las células. Los virus son
obligados parásitos intracelulares. Solo que
pueden reproducirse únicamente por
invadiendo y tomado control de otras células
que carecen de la maquinaria celular para la
auto-reproducción.

ÍNDICE

Los números de página en cursiva se refieren a


las cifras; números de página en negrita se
refieren a las tablas

Acanthamoeba 363

acetogénesis 93, 316


convivencia con la metanogénesis 93 anammoxysome 325

definición 93 anoxigénica fotosíntesis 25, 30,317

energética 90, 93 evolución temprana 42-43


drenaje ácido de minas 5, 248, 254, 374 Iron resistencia a los antibióticos 241
Mountain 446
evolución 428
acidez
fórmula para el desarrollo 432
extrema alta 142
difusión gen 429-31, 430 piscina gen 432
extremo bajo 142
amenaza importante para la salud pública
mecanismos de adaptación microbianas 141-145
431-433
aerosoles en la atmósfera 290, 319, 338
mecanismos 427
Alexander, M. 8, 9, 212 selectiva presión 429
Algas definición 173, 174 línea de tiempo 426
fósiles principios de 25, 38, 39 antibióticos

rasgos 173, 175, 176 descubrimiento 249, 423-424

amensalismo 348, 349 el crecimiento del uso y abuso 432-433, 434

amonificación, definida 299, 318, 320, 322 impacto en la salud pública 424-425

Anabaena 54, 359 modo de acción 426

anabolismo 95, 459 áfido-Buchnera endosimbiosis 357, 361-362

la oxidación de metano anaerobio (AMO) la hábitats acuáticos, características


comparativo 114
bioquímica 334
ver también lagos; océanos; ríos; hábitats
en el ciclo C, 317
subsuperficiales
descubrimiento 332-335
Archaea
ecología y la actividad in situ 263
definición 36, 169-173, 186-187
reacciones 100
filogenia 35, 36, 154, 189, 193
anaerobios principios fisiológicos 77, 78, 85-95, rasgos de 45, 46, 186, 187-189
99-101
diversidad no cultivada 189, 192-194
anammox (anaerobia de amonio oxidación) la
bioquímica 325, 334

descubrimiento de 329, 331, 332 arsénico

residuos de ingeniería industrial Biorremediación 389, 397


tratamiento 383, 384
biogeoquímica 5, 325-328
en el océano 266, 325 de reacción 5, 299
toxicidad humana 325-326
en el tratamiento de aguas residuales
383-385
Atlantis, Ciudad Perdida, hidrotermal vías bioquímicas anaeróbico y metano
comunidad de ventilación 126-128 oxidación 333-335

ATP sintasa 29, 78, 96, 459 anammox 331-332

determinación de 99, 251-255, 329, 331-335


ATP síntesis 1, 91, 95, 96, 97,324
influencia de la cinética 91
la fosforilación nivel 324 sustrato 77-78
relevancia para la biogeoquímica 329-331
atrazina, evolución de la ruta catabólica
406, 407, 408 biodegradación 373-399

Atta, Hormiga-hongo simbiosis 352, 353 evolución de las vías catabólicas 403-409
autotrofia
glosario de términos 374-375
mecanismos bioquímicos de CO2 la fijación
316 objetivos, definición 373-377

definición 62, 62 sistemas modelo 375-376


tratamiento clave en simbiosis 350 compuestos de origen natural 306
categoría fisiológica 62-64 resistencia a la 306
axila 369
estrategias para probar, en los sitios de campo
Azolla simbiosis 355, 359 380

Azotobacter 321, 419 encuesta de compuestos orgánicos y su


susceptibilidad al ataque 385-395
bacilo turingiensico (Bt) plantas de cultivo
resistentes 417 biopelículas 399-403

Bacterias ocurrencia y propiedades 400, el desarrollo 401


específico de la especie, los genes 402, 403
definición 36, 45, 46, 183-184, 459
estructura 400, 402
medidas de diversidad 162-168
modelos biogeoquímicos 286-293, 295 del
filogenia 35, 36, 164-173
presupuesto
rasgos de filos clave 183-186
global de 336 C
diversidad no cultivada 189-191
presupuesto global de 339 N
Bacteriodetes 372
presupuesto global de S 337
Bacteriófago 194
biogeoquímica y procesos biogeoquímicos 3, 4,
formaciones de hierro en bandas 43 5, 6, 281, 282

Beijerinck, M. 6, 7 complejidad de los procesos de paisaje 10-18,


210

definiciones 10, 11
Manual de Bergey sistemática Bacteriología
154, 183, 186 beta-oxidación, la biodegradación elementos reaccionan para formar compuestos
de alcanos 309 313

global de 78-79, 82-85, 335-339


biomarcadores 151, 156, 162 BTEX 386, 387, 389

definición 27, 157, 158, 244, 228, 460 Definición 373

de la actividad metabólica 243-245,246 Buchnera 54, 357, 361, 362

ácidos nucleicos 157-158, 228,231-239, 244 explosión cámbrica de eucariota la diversidad


25, 30
ácidos grasos de fosfolípidos 228-230,244
Candida 368
utilizar en la caja de herramientas microbiología
ambiental 156 ciclo del carbono 315-316

biomas, terrestre, definido por vegetación tipo presupuesto de balance de masa anual global
107-109 336

biopolímeros, almidón, celulosa hemicelulosa, en sustratos, la producción y utilización 296


lignina, quitina, peptidoglicano 301
terrestre 293
biorremediación 373-399
fijación de carbono, bioquímica mecanismo 316
eficacia de petróleo del Exxon Valdez
derramarse 380 fuente de carbono, categoría fisiológica de tipos
nutricionales 62-65
ingeniería 377, 381
sulfuro de carbonilo, carbonilo, disulfuro, gases
tratamiento de aguas residuales de ingeniería atmosféricos 338
381
vías catabólicas para ambientales
ex situ 376, 386 contaminantes, evolución 403-409

glosario de términos 374, 375 catabolismo 95, 308, 460

metas, definiciones 373-377 enzimas celulasa 302-305 ausencia en vida


superior formas 352
in situ 376, 385, 386
celulosa bioquímica del hidrólisis de 302 a 304
intrínseca 376, 377, 380

atenuación natural 387

fracaso percibido 380

estrategias 377

encuesta de compuestos inorgánicos y su


susceptibilidad al tratamiento 388, 389, 395-399

biosfera, como mezclas complejas en 77-85

desequilibrio biotecnología, la definición y el


alcance 410-411

olor corporal y microorganismos 368, 369

efectos de botella 216

Brock, TD 8, 76, 262


182……………186 de grupos fisiológicos 64

cadenas de alimentación prorrateo de genes según

anaeróbico 87-89, 97-101 estilo de vida 63, 64

interacciones tróficas 313-314 contenido de genes y categorías 57-61,

registro fósil 25, 37-38, 39 58

hongos procedimientos para permitir el genoma

definición 172, 174, 175, 177 251–255, 443

roles en líquenes, micorrizas 354, isla genómica 161, 409, 447,

358 448

rasgos 175, 177, 178 humanos 367

Papeles en el ciclismo C 296, 301-305 listado de bacterias y archaeles

54–55

Gallionella 6 genoma modelo de Pseudomonas

tracto gastrointestinal (GI) putida KT244 57, 58,

anatomía humana 370 60, 61

habitantes microbianos 370-373 tamaños 53-56, 199, 200

metagenómica de la microflora humana Geobacterias, reducción in situ de uranio

371–373 265, 268

estudio de la biomasa microbiana en 134, genoma 54

367 geomicrobiología 6, 8

chips genéticos 254 enfriamiento global

ingeniería genética, antecedentes papel de los aerosoles 290, 319, 338

410 papel de la DMS y de la marina

genoma(s) 54 microorganismos 298, 319

como registros evolutivos 2, 53, 63, calentamiento global 198, 286-290

448 causas 288-292

plantilla bioinformática 60 cambio climático, mega-modelo 293,

grupo de grupos ortólogos 295

(COGs) 58 gluconeogénesis 316

Análisis COG glicólisis 96, 97

de la microflora intestinal 373 glifosato (herbicida), genéticamente


plantas de cultivo resistentes a la ingeniería 219

417 definición 215

gran anomalía de conteo de platos 151, hemicelulosa 301

153–155 heterotrofia

efecto invernadero definición 62, 62

definición 286-293 categoría fisiológica 62-64

incertidumbres en las causas 292 jerarquía de aceptación de electrones

gases de efecto invernadero procesos 83, 85-95

concentraciones, historia en historia de la microbiología ambiental

atmósfera 290 6–10, 202, 211, 212

Presupuesto de radiación de la Tierra 288, 290, Hobbie, J.E. 7, 212

291 transferencia horizontal de genes 45, 161, 461

aguas subterráneas fuerza en la resistencia a los antibióticos 429,

composición 131 430

definición 129-131 fuerza en evolución 199, 201

tasas de crecimiento de los microorganismos en microbioma humano 367

naturaleza 75-77, 76 tracto gastrointestinal 370-373

Piel 367-370

hábitats sustancias húmicas, ácido húmico

como mezclas complejas de materiales definición 306, 461

78 ocurrencia en el ciclo C 294, 296,

como sistemas abiertos complejos 213-214 306, 337

como presiones selectivas por el recurso origen, nuevo paradigma para el 306

explotación y evolución 53, estructura 306-307

106 Hutchinson, G.E. 449

diversidad en la biosfera 106-145 enzima 282 hidratasa

compuestos orgánicos halogenados gas hidrógeno

87–89, 387, 388, 393–395 ciclismo 300

Principio de incertidumbre de Heisenberg donador de electrones en la metanogénesis

aplicación al medio ambiente 5, 90, 316

microbiología 215-217, ingeniería genética del hidrógeno


producción a través de la fotosíntesis intestino (humano)

415, 416 función de los microorganismos 373

intermedio en alimentos anaeróbicos estructura 371

cadenas 88, 93, 98, 98, 98, 99 relación simbiótica con

la presión parcial indica un distintivo microbiota 373

procesos anaeróbicos 222, 223 biorremediación intrínseca 377-80, 462

producción por fermentación planchar

biotecnología 413-414 oxidación 300

hidrogenasa 91, 415, 416 reducción 90, 91, 94, 396

hidrología, ciclo hidrológico 128-131 biogeoquímica cíclica 300

sistemas de flujo 130-131 termodinámica 86, 90

en hábitats subterráneos 130, 131 de hierro/azufre, sitio reactivo en

vientos hidrotermales enzimas 282, 283

presencia mundial, mapa 122 mundo de hierro/azufre 33, 34, 283

características del hábitat 121-122 definición del fraccionamiento isotópico,


utilizado
Ciudad Perdida en la Atlántida masiva
como prueba de autotrofia 28
126–128
K-selección 68, 69
como lugar de evolución de los primeros años
de vida queratina, en la piel 368, 369

33–36 kerógeno 294, 296, 306, 336

hipodermis 368 cinética de las reacciones, influencia sobre

identificación de microorganismos bioquímica 91

responsable de la gestión Kluyver, A.J. 6, 7, 99

Procesos 255-270 Koch, R., los postulados de Koch son 255-261,

endosimbiontes de insectos (Buchnera) 357, 462

361, 362 Kuenenia stuttgartiensis, in situ

insulina, genéticamente modificada 412 oxidación del amoníaco 266, 331

integrones, resistencia a medicamentos móviles lagos

elementos genéticos 429, 430 composición del agua dulce 117

transferencia de hidrógeno interespecies 88, 92, biomasa microbiana 132

98, 99 encuesta de tamaños, volúmenes 113-117


Lago Vostok 76, 128, 260 microbiología marina 252-253, 499

último antepasado común universal ventajas, biología de sistemas

(LUCA) 35-36, 204 446–449

transferencia lateral de genes 36, 45, 161, historia 6, 7

199–201, 429, 430 Marte y la vida marciana 26, 29, 31, 32

ver también transferencia horizontal de genes microbiología médica

simbiosis del liquen 175, 354 comparación con el medio ambiente

lignina microbiología 258, 259, 451,

bioquímica de la degradación 305 452

biosíntesis 302 bases genéticas de la aptitud en patógenos

en el presupuesto global C 336 450, 451

metabolismo por hongos 175 melamina, evolución de los catabólicos

ocurrencia en el ciclo C 315 senda 406, 408

producción y consumo 296 mercurio

estructura 303 biorremediación 346, 389

ligninasa, ligninolisis, bioquímica ciclo 41, 300

ataque de lignina 305 genes de desintoxicación 207, 418

que relaciona la identidad de los desintoxicación vía planta


microorganismos con la
biotecnología 417-419
procesos ecológicos 255-270
metilación 300
línea de descenso 45, 179, 193, 194
microorganismos, que transforman 300
biomarcadores de lípidos, definición y uso
reducción del ión mercúrico 300
228–230
metabolismo, un equilibrio de anabolismo
reacciones litotróficas llevadas a cabo por
y catabolismo 95, 462
microorganismos 100-101, 462
metaboloma 17, 256, 443

metagenómica
categoría fisiológica 62-64
de drenaje ácido minero 248
lisogenia 196, 197, 462
definición 245-246
manganeso, oxidación/reducción
del intestino humano 371-373
reacciones 90, 91, 94, 396
métodos 247, 248
Zanja de las Marianas 117
virus oceánicos 248
de los océanos 248, 249, 440, 447, 449 263, 317

absorción de fosfonatos 255 anaeróbico, in situ por consorcio

proteorhodopsin 252-253 263, 317

cofactores metálicos para enzimas 283, 285 termodinámica 90, 93, 100

metales métodos en materia de medio ambiente

contaminación ambiental, microbiología

biorremediación 388, 389, efectos botella 216

395–399 muestreo de campo 217-223

cofactores enzimáticos 283 enfoques multidisciplinarios 16-18,

roles en los procesos de la vida 282-286 223–226, 255–270

toxicidad y desintoxicación 284, riesgos de los artefactos metodológicos

286, 287 215–217

metano caja de herramientas 156, 219

atmosférico 288, 290, 291 ver también incertidumbre de Heisenberg

hidratos (clatratos) en el océano principio; biología molecular

sedimentos 333, 336, 337 métodos; procedimientos de muestreo

producción microbiana 28 Metilomonas 263, 317

ver también metanogénesis análisis de microarrays 251, 253, 254

oxidación ver metano anaeróbico comunidades microbianas

oxidación; metanotrófica métodos de análisis

producción y consumo 297 ARISA 236-237

producción termogénica (geológica) DGGE 236, 237, 238, 242

28 TGGE 236, 237, 239, 242

metanogénesis 5, 72, 85, 88, 89, 90, T-RFLP 236, 237

91–95, 98, 99, 101 poblaciones complejas 156, 162-168,

mecanismo bioquímico 316 366

co-ocurrencia con la acetogénesis 93 ocurrencia en la naturaleza 211, 212,

Methanobrevibacter smithii 371 237, 239

Methanosarcina 126, 187 diversidad microbiana

metanotrofia 5 rango de tamaño de celda 201-203

aeróbico, in situ por Methylomonas métodos de estimación 158-168


rango de tamaño del genoma 53-56, 199, 295

200 métodos de biología molecular 233-237

analogía de la pila de aguja en el heno 269 análisis del ADN ambiental

recuento de taxones cultos 154 228–232, 245

celdas de combustible microbianas 412-413, expresión génica 450-453


414
ver también omics
rastreo de fuentes microbianas 240-243
cronómetro molecular 169, 170
micronutrientes, funciones fisiológicas
filogenia molecular 169-172
285
Morita, R.Y. 7, 67, 72, 77
microorganismos
Monte Everest 79
cultivados/no cultivados 151-153
análisis de ARNm, percepciones de
definición 48
genes expresados 450-453, 462
impacto ecológico en la biosfera 2-6
4. MTBE (metil-terc-butil éter) 5. MTBE
composición elemental 285 (metil-terc-butil éter)

biomasa mundial 131-135 386, 387, 393

métodos de estudio 48, 49 simbiosis micorrícica 35, 177, 351,

Micrococos 368 354, 358

rasgos 3, 47, 48, 172-189

microscopía atenuación natural 387, 462

detección de las celdas 152, 153, 156, ver también biorremediación intrínseca

226–228, 236, 237 neutralismo 348, 349

Tinción de ADN 151, 152 nitrato

imagen epifluorescente del suelo biorremediación 398

microbios 152 contaminación de las aguas subterráneas 398

superficies minerales, emplazamientos para la óxido nítrico

evolución 33, 34 consumo 299

minerales, papel en los procesos de la vida 33, producción 299


34,
papel en el cambio climático 322-324
282, 283, 284, 285, 286, 286, 282, 283,
nitrificación 224, 299, 322-324
293, 294, 295
bioquímica, ocurrencia,
mega-modelo de cambio climático 293,
producción de gases de efecto invernadero
299, 322–324 244

en N ciclo 320 nutricional

compuestos nitro aromáticos, flujos en los ecosistemas 64-69

biodegradación 388, 394, 395 limitaciones en los ecosistemas 65, 67,

Nitrobacter 55, 64, 261, 322 68, 69

nitrobenceno 406 ciclos de nutrientes 311, 313

ciclo del nitrógeno 318, 319, 320-325 carbono 4, 296, 297

oxidación anaeróbica de metano hierro 300

332–335 hidrógeno 300

anammox 320-335 mercurio 300

desnitrificación 299, 322-324 nitrógeno 4, 13, 292-293, 298, 299, 299

presupuesto global anual de balance de masas otros elementos 4

339 fósforo 299

desequilibrio en el presupuesto global 338 azufre 4, 297, 298

lista de procesos enzimáticos clave 330 ciclo de nutrientes 13, 281, 296-300,

terrestre 13, 292, 293 311–313

fijación del nitrógeno 5, 299 ver también cosas de la vida

bioquímica 320, 321 nutrición, categorías fundamentales de

en el presupuesto global N 338 cómo ganarse la vida 62-63

rasgo clave en la simbiosis 350 Oceanospirillales 356

nitrogenasa 320-321, 415, 416 océanos

Nitrosomonas 64, 322 características del hábitat 113, 114,

Nitrosopumilus maritimus 192 117–121

óxido de nitrógeno composición 119

consumo 299 corrientes 118, 119

roducción 299 zonas de profundidad 121

papel en el cambio climático 322-324 temperatura 117

procedimientos no basados en el cultivo 157 biomasa microbiana 132

análisis a base de ácido nucleico de producción primaria, mapa mundial 120

comunidades microbianas oligotrófico 463

157–158, 228, 231, 232–239, hábitats 66-69


forma de vida 66-69 enzimas oxigenasas 282, 307-308,

ómicos 406

definido 251-255, 443, 444 fotosíntesis oxigenada 38-43

en microbiología ambiental 17, bioquímica 41, 42

163, 251–255, 256, 443, 445, evolución 42

446, 447, 448, 454 impacto 43-45

optimismo 210 ozono

compuesto orgánico, definición 306 en la estratosfera

organomercurio liasa 418 destrucción 324, 338

Simbiosis del gusano de Osedax (caída de formación del escudo 25, 44, 30
ballenas)
clave para la evolución 36, 43
356, 360
en la troposfera
OTU (unidad taxonómica operativa)
formación a través de NO 322, 324
159, 463
288, 289, 290,
estado de oxidación de los elementos 80
291
predicción de reactividad 311-312
panspermia 26, 29
oxianiones, biorremediación 389, 398
parasitismo 348, 349
véase también la biorremediación con cloro;
islas de patogenicidad 161
nitrato; perclorato
PCB (bifenilos policlorados)
biorremediación
388, 394, 406
oxígeno, atmosférico
pE
como aceptador final de electrones 85, 86,
definición 84
89, 90, 91–97, 96
índice de estado redox de los hábitats 91
pruebas en el registro sedimentario
turba 294, 295, 306, 337
37–38
pedogénesis 128
evolución de la oxigenación
Pelagibacter 253, 319, 446
fotosíntesis 38-43
antibiótico de penicilina, introducción
impacto evolutivo 43-45
425
adaptaciones fisiológicas a reactivos
pentaclorofenol 394, 406
especies de oxígeno 43-45

fuente en la biosfera 36, 43