Los romanos construyeron un puente sobre el río Rin alrededor del año 10 a. C.

cerca de
un lugar llamado Bonna. Se cree que dicho lugar pudo ser creado con anterioridad por
los celtas en cuya lengua bonna significa ciudad. Después de la batalla del bosque de
Teutoburgo en 9 a. C. fue transformada en un fuerte que albergaba 7.000 legionarios. El
asentamiento romano de Castra Bonnensia -importante en la defensa limítrofe del
imperio- dio origen a la ciudad.
Durante el Imperio carolingio Bonn se convirtió en un centro religioso. Desde el siglo
XIII hasta fines del XVIII perteneció al territorio de los príncipes electores arzobispos
de Colonia, que establecieron allí su residencia. La herencia de aquella época de
grandeza ha quedado en sus edificios de estilo barroco, como la sede principal de
la universidad y el palacio de Poppelsdorf, y en las casonas de finales del siglo XIX y
las de estilo art nouveau. El padre del compositor Ludwig van Beethoven (1770-1827)
fue organista del último de los príncipes electores. En el siglo XIX, después de la
derrota de Napoleón, la ciudad pasó a pertenecer al reino de Prusia.
Después de la Primera Guerra Mundial y hasta 1926, Bonn fue ocupada sucesivamente
por tropas canadienses, británicas y francesas. Durante la Segunda Guerra Mundial,
unas 1000 personas, principalmente judíos, fueron víctimas del nazismo. Otras 8000
fueron deportadas a campos de concentración o forzadas al exilio. En 1945, la ciudad
fue ocupada por tropas británicas.
La destrucción de Berlín y la división de Alemania tras el final de la guerra llevó a la
elección de Bonn como nueva capital en detrimento de las también candidatas Fráncfort
del Meno, Kassel y Stuttgart, dado que Konrad Adenauer, el primer canciller, se educó
allí, entre otras cosas. Fue capital de la RFA desde 1949 y hasta 1990, cuando como
consecuencia de la reunificación de la RFA con la RDA se declaró a Berlín ciudad
capital de Alemania. El traslado del gobierno tuvo lugar en 1999.
A pesar de no ser capital del Estado, Bonn conserva su personalidad política y
diplomática. En la actualidad es sede de estamentos de la ONU; es más, en 1999 —
durante la presidencia alemana del Consejo de la Unión Europea—, Bonn acogió tres
importantes cumbres de la Unión Europea (UE) que trataron sobre las relaciones
políticas y comerciales con Japón, Canadá y Estados Unidos.