Alineamientos de secuencias evolutivas del gen 12sRNA

mitocondrial para hacer relaciones filogenéticas de 19 especies

de mamíferos

Alejandro Vargas Peraza

Facultad de ciencias naturales, Universidad Jorge Tadeo Lozano, Bogotá, Colombia.

Hectora.vargasp@utadeo.edu.co
Introducción.
El ADN mitocondrial ( ADNmt ) al igual que los bacterianos, es una molecul circular, cerrada y de
doble cadena. En los seres humanos tiene un tamaño aproximado de 16569 pares de bases mientras
que en levaduras contiene cerca de 80000 pares de bases y en plantas varía entre 100 y 2000 kb. La
secuencia completa y la organización del ADN mitocondrial humano fue publicada por primera vez
en 1981 por Anderson et al. y posteriormente revisada por Andrews et al en 1999.

Metodología

La práctica se realizó en las instalaciones de la Universidad Jorge Tadeo Lozano en la sala de

computo 305 del módulo debido a que se necesita acceso a internet.

Se utilizó la base de datos de la National center for biotechnology informatión (NCBI) para obtener
las secuencias nucleotídicas del gene 12sRNA de las 19 especies (tabla1), luego se acciono la
herramienta bioinformática FASTA con el fin de obtener la secuencia de bases nitrogenadas del
gen mitocondrial 12s para cada uno de los organismos descritos en la tabla 1.

Tabla 1. Códigos de acceso en GENEBANK para buscar el 12sRNA.

Nombre Ciéntifico Código de Acceso al gen 12sRNA

1 Homo sapiens NC_012920.1:648-1601

2 Canis familiaris NC_002008.4:70-1023

3 Balaenoptera physalus NC_001321.1:496-1471

4 Halichoerus grypus NC_001602.1:976-1935

5 Eqqus asinus NC_001788.1:72-1045

6 Rhinoceros unicornis NC_001779.1:70-1040

7 Felis catus NC_001700.1:936-1895

 8 Didelphis virginiana NC_001610.1:72-1022

9 Bos taurus NC_006853.1:431-1385

10 Balaenoptera musculus NC_001601.1:496-1467

11 Physeter catodon NC_002503.2:73-1042

12 Cerathoterium simum X86942.1

13 Oryctolagus cuniculus NC_001913.1:70-1026

14 Pan paniscus NC_001644.1:72-1021

15 Pan troglodytes NC_001643.1:72-1020

16 Gorilla gorilla NC_001645.1:72-1020

17 Pongo pygmaeus NC_001646.1:72-1024

18 Rattus novergicus NC_001665.2:68-1025

19 Sus scofra NC_000845.1:1246-2205

Una vez se finalizó la búsqueda de todas las secuencias de ARN en la base de datos NCBI, se
prosiguió a realizar un alineamiento múltiple de todos los genes usando el programa Clustal W,
teniendo en cuenta de dejar un espacio entre ellas. El cuál tiene como propósito brindar
información de las similitudes y discrepancias entre las secuencias ingresadas y en base a esto, la
construcción de varios árboles filogenéticos con los individuos de la tabla 1.

Resultados

Nombre Ciéntifico Código de Acceso al gen 12sRNA

1 Homo sapiens
 2 Canis familiaris

3 Balaenoptera physalus

4 Halichoerus grypus

5 Eqqus asinus

6 Rhinoceros unicornis

7 Felis catus
 8 Didelphis virginiana

9 Bos taurus

10 Balaenoptera musculus

11 Physeter catodon

12 Cerathoterium simum

13 Oryctolagus cuniculus
 14 Pan paniscus

15 Pan troglodytes

16 Gorilla gorilla
 17 Pongo pygmaeus

18 Rattus novergicus

19 Sus scofra

Luego de haber realizado un alineamiento múltiple de las secuencias del gen 12s de los
organismos presentes en la tabla 1, se realizó un árbol filogenético
Arboles filogenéticos
Primers para cada una de las especies con rangos y tallas del producto de 400 - 500
Definiciones:

Start posición inicial

Len (Longitud Oligo)

Tm (Temperatura de fusión)

Gc%: (El porcentaje de bases G o C en el cebador o oligo).

any (auto complementariedad)

3 '(auto complementariedad)

Horquilla (Primer o Oligo horquilla)

Seq (Secuencia de cebador, 5 'a 3')

Homo sapiens
OLIGO start len tm gc% any_th 3'_th hairpin seq

LEFT PRIMER 269 20 58.98 55.00 21.89 21.89 0.00 CCAAGTCAATAGAAGCCGGC

RIGHT PRIMER 770 20 59.11 50.00 9.73 0.00 0.00 TACGTGGGTACTTGCGCTTA

>UNKNOWN pos=269-670 length=402 for=CCAAGTCAATAGAAGCCGGC

rev=TAAGCGCAAGTACCCACGTA(rev comp)

CCAAGTCAATAGAAGCCGGCGTAAAGAGTGTTTTAGATCACCCCCTCCCCAATAAAGCTA

AAACTCACCTGAGTTGTAAAAAACTCCAGTTGACACAAAATAGACTACGAAAGTGGCTTT

AACATATCTGAACACACAATAGCTAAGACCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTT

AGCCCTAAACCTCAACAGTTAAATCAACAAAACTGCTCGCCAGAACACTACGAGCCACAG

CTTAAAACTCAAAGGACCTGGCGGTGCTTCATATCCCTCTAGAGGAGCCTGTTCTGTAAT

CGATAAACCCCGATCAACCTCACCACCTCTTGCTCAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCA

AACCCTGATGAAGGCTACAAAGTAAGCGCAAGTACCCACGTA