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Actividad Colaborativa
Angela Fernanda Pérez Abril
1057591006
Angela María Barrera Niño
1057591284
Xiomara Huertas Meche
1049630352
Alba Luz Fuentes Fuentes
1056994622
Rosa Angélica Limas
Tutor:
Raul Alberto Cuervo Mulet
Abril 2019
Introducción
La bioquímica es una rama de la ciencia que estudia la composición química de los seres vivos,
especialmente las proteínas, carbohidratos, lípidos y ácidos nucleicos, además de otras pequeñas
moléculas presentes en las células y las reacciones químicas que sufren estos compuestos
(metabolismo) que les permiten obtener energía (catabolismo) y generar biomoléculas propias
(anabolismo). La bioquímica se basa en el concepto de que todo ser vivo contiene carbono y en
general las moléculas biológicas están compuestas principalmente de carbono, hidrógeno,
oxígeno, nitrógeno, fósforo y azufre.
Las biomoléculas son las moléculas constituyentes de los seres vivos. Los seis elementos
químicos o bioelementos más abundantes en los organismos son el carbono, hidrógeno, oxígeno,
nitrógeno, fósforo y azufre (cuyos símbolos químicos son, respectivamente: C, H, O, N, P y S),
los cuales constituyen las biomoléculas (aminoácidos, glúcidos, lípidos, proteínas, vitaminas,
ácidos nucleicos).
En la siguiente actividad identificaremos la función y estructura de las enzimas a partir de la
asociación de los conceptos teóricos de enzimología y bioenergetica.
1. Ejercicio 1. Enzimología.
A partir de las referencias estudiadas en la unidad 2
Las enzimas están involucradas en una variedad de reacciones químicas en los sistemas
alimentarios y biotecnológicos. Actúan como catalizadores (sustancias que aceleran una reacción
química pero no se modifican por la reacción) que descomponen o acumulan compuestos
biológicos.
1. ¿Cómo se clasifican las enzimas de acuerdo al tipo de sustrato sobre el que actúa?
1.1 Óxidorreductasa: Catalizan reacciones de oxidación transfiriendo hidrogeno o
electrones intervienen en procesos de respiración y fermentación.
1.2 Transferasas: llevan a cabo la transferencia de un grupo químico de un sustrato a otro
transfiriendo grupos metilo, aldehído, glicosil, sulfato, sulfúrico entre otros.
1.3 Hidrolasas: catalizan reacciones de hidrolisis actúan normalmente sobre moléculas como
el glucógeno, las grasas y las proteínas.
1.4 Liasas: Participa en el rompimiento de grupos químicos de los sustratos originando un
doble enlace estas enzimas rompen enlaces entre atomos de carbono, carbono oxígeno,
carbono nitrógeno y carbono azufre. Estas enzimas no hacen hidrolisis.
1.5 Isomerasas: Realizan reordenamiento intermoleculares del sustrato, se dividen en
racemasas y epimerasas actuando en la racemización de los aminoácidos y epimerización
de los azucares.
1.6 Ligasas: Llevan a cabo reacciones en las que se forman enlaces entre dos moléculas con
hidrolisis de ATP y cualquier otro compuesto rico en energía. A este grupo pertence los
aminoácidos ARNT
2. Describa las funciones los mecanismos de acción, los sustratos sobre los que actúan, y
reacción que catalizan, las siguientes enzimas:
2.1 Lipasa: Es una glicoproteína que hidroliza los enlaces de Ester de las grasas para producir
alcoholes y ácidos grasos, cataliza la hidrolisis parcial de triglicéridos de la dieta en el intestino
al intermediario 2-monoglicérido con producción de ácidos grasos de cadena larga. La lipasa
pancreática con la ayuda de sales biliares realiza una hidrolisis en todos los grupos acilos de un
triglicérido el resultado es que la mayor parte de los productos de la digestión son aniones de
ácidos grasos de cadena larga y 2-monoglicérido.
Los triglicéridos que contienen ácidos grasos con 10 o menos átomos de carbono se pueden
hidrolizar sin la ayuda de sales biliares.
O O
R R
1
HO
R O OH
Lipasa O
O
O
+ 3 H2O R
1
+
HO
OH
O HO
O 2
2 R
R
OH
O
Una imagen generada por computadora de un tipo de lipasa pancreática (PLRP2) del conejillo de
Indias.PDB 1GPL
2.2 Proteasa: las proteasas o peptídasas hidrolizan las uniones peptídicas de los poli péptidos
creando oligo péptidos y raramente aminoácidos. Su mecanismo de acción consiste en hidrolizar
enlaces peptídicos utilizando como molécula nucleó fila a los aminoácidos serina, cisteína y
treonina o una molécula de agua la cual ataca al grupo carbonilo del enlace peptídico de la
proteína blanco. Estas proteínas cumplen funciones fisiológicas como digestión, coagulación
sanguínea y vías de apoptosis.
+
H3N
1 H
R H
+ O
O H3N
O 1 2
OH
R NH R
N H O
-
2 O
H R Proteasa H
O
O H
H N
H
+ O
1 H3N
R 1 OH
2
R NH R
O O
-
O O
N H H
2
H R
OH
O
2.3 Lactasa: Es una enzima producida en el intestino delgado con la función de romper la
lactosa en sus dos componentes básicos glucosa y galactosa si los niveles de lactasa son bajos
aparece dificultad para digerir la lactosa (Intolerancia a la lactosa). El mecanismo de acción
hidroliza la molécula de lactosa en glucosa libre B-galactosidasa-galactosa la enzima transfiere
galactosil para un receptor el cual contiene un grupo hidroxilo siendo el agua este receptor.
OH OH
OH OH
HO HO O
HO O
O O Lactasa
OH
O
OH
OH OH + OH OH
OH
OH OH
OH OH
OH
O
2.6 Sacarasa: La sacarosa el metabolismo de las levaduras rompe la sacarosa en glucosa y
fructosa. Residuos ácidos presentes en la enzima mediante hidrolisis son los responsables de las
rupturas glucocidicas en la levadura un aspartato unido a un terminal N actúa como nucleofilo y
un glutamato actúa como un ácido base.
OH OH
HO
HO HO O O
O O Sacarasa HO
OH HO OH OH +
HO OH
HO O OH HO
OH HO OH
b. En el segundo paso, las levaduras consumen azúcares simples para producir alcohol
y dióxido de carbono. ¿Cómo es el mecanismo enzimático para llevar a cabo estas
reacciones?
R/
La glucosa se fosforila dos veces utilizando ATP la molecula que se produce es
altamente inestable que se esciende dando dos moléculas de fosfato de triosa. Estos
aceptan fosfato inorgánico y almacenan energía suficiente para liberar ATP y
producir fosfo enolpiruvato. El fosoenolpiruvato en condiciones anaerobias produce
etanol y dióxido de carbono el mecanismo enzimático para llevar a cabo las
reacciones nombradas utiliza exoquinasa, fosfoglucosa isomerasa,
fosfofructoquinasa, aldolasa gliceraldehido tresfosfato, deshidrogensa,
fosfogliceratoquinasa, fosofoglicerato mutasa, piruatoquinasa. Estas enzimas
realizan mecanismos de rompimiento por hidrolisis principalmente aunque también
encontramos el cambio de grupos funcionales como en el caso de la fosoglucosa
isomerasa en la cual se convierte en la glucosa 6 fosfato a la fructosa 6 fosfato con
el cambio del enlace del oxígeno del carbono 1 al carbono 2.
4. Los hongos de pudrición blanca como el C. versicolor son los únicos organismos
capaces de degradar completamente todos los componentes de los materiales
lignocelulósicos gracias a las enzimas lignocelulolíticas que producen La unión de un
sustrato con una enzima es una interacción muy específica.
Efecto de la temperatura.
Al igual que ocurre con la mayoría de las reacciones químicas, la velocidad de las
reacciones catalizadas por enzimas se incrementa con la temperatura. La variación
de la actividad enzimática con la temperatura es diferente de unos enzimas a otros en
función de la barrera de energía de activación de la reacción catalizada. Sin embargo,
a diferencia de lo que ocurre en otras reacciones químicas, en las reacciones
catalizadas por enzimas se produce un brusco descenso de la actividad cuando se
alcanza una temperatura crítica. Este efecto no es más que un reflejo de la
desnaturalización térmica del enzima cuando se alcanza dicha temperatura. Si
representamos gráficamente la variación de la actividad de los enzimas en función de
la temperatura (ver Figura) da la impresión de que existe una temperatura "óptima"
análoga al pH óptimo estudiado anteriormente; hay que resaltar que esa aparente
temperatura óptima no es más que el resultado de dos procesos contrapuestos: 1) el
incremento habitual de la velocidad de reacción con la temperatura y 2) la
desnaturalización térmica del enzima.
c. ¿Qué estructura enzimática se conoce como sitio activo?
d. ¿Cuáles son las condiciones de pH ideales para la cinética enzimática en las enzimas
lignocelulolíticas?
R/ Dado las características de óxido reducción de esta enzima que utiliza ion
hidrogeno para la catálisis de la degradación de la lignina es necesario un pH acido
en específico 4.8.
5. Las reacciones catalizadas por enzimas se describen utilizando la ecuación de Michaelis-
Menten, la cual se muestra en una curva, dificultando los cálculos cinéticos. Para
determinar la actividad cinética, la ecuación de Michaelis-Menten y la curva resultante
de los cálculos de la velocidad, se transforma en una línea a través de recíprocos dobles,
método establecido por Lineweaver-Burk.
a. ¿Qué es la cinética enzimática de Michaelis-Menten?
d. Determine la velocidad máxima y el km, para los siguientes datos a través del
método de Método de Lineweaver –Burk. Para esta actividad realice el cálculo de
los valores que se presenta, por el método de Lineweaver – Burk - Calcule los
recíprocos de la actividad enzimática y concentración de sustrato y grafique 1/v
como función de 1/ [S].
[S] (mM) Vo (mM/min) 1/Vo 1/[S]
50 10 1/50
100 19
160 29
190 33
290 46
400 58
800 83
1000 90
[S] concentración del sustrato y Vo es la velocidad inicial.
Vo
[S] (mM) 1/Vo 1/(s)
(mM/min)
50 10 0,0200 0,1000
100 19 0,0100 0,0526
160 29 0,0063 0,0345
190 33 0,0053 0,0303
290 46 0,0034 0,0217
400 58 0,0025 0,0172
800 83 0,0013 0,0120
1000 90 0,0010 0,0111
Lineweaver-Burk
0.0250
y = 0.2129x - 0.0012
0.0200
R² = 0.9998
0.0150
1/V
0.0100
0.0050
0.0000
0.0000 0.0200 0.0400 0.0600 0.0800 0.1000 0.1200
1/[S]
1 𝐾𝑚 1 1
= ∗( )+
𝑉 𝑉𝑚𝑎𝑥 [𝑆] 𝑉𝑚𝑎𝑥
Velocidad máxima
1
=𝐴
𝑉𝑚𝑎𝑥
1
= 0,0012
𝑉𝑚𝑎𝑥
𝑚𝑀
𝑉𝑚𝑎𝑥 = 833,34
𝑚𝑖𝑛
Determinando Km
𝐾𝑚
=𝑚
𝑉𝑚𝑎𝑥
𝐾𝑚
= 0,212 𝑚𝑖𝑛
𝑉𝑚𝑎𝑥
𝐾𝑚 = 0,212 𝑚𝑖𝑛 ∗ 𝑉𝑚𝑎𝑥
𝑚𝑀
𝐾𝑚 = 0,212 𝑚𝑖𝑛 ∗ 833,34
𝑚𝑖𝑛
𝐾𝑚 = 176,67 𝑚𝑀
Las vitaminas son cofactores necesarios para que las enzimas realicen su actividad
catalítica estas se unen a la enzima de forma covalente o no covalente por ejemplo la
mayoría de las carboxílisas se unen con la biotina por un enlace amida en un residuo de
lisina.
Las enzimas pueden ser reguladas por moléculas que aumentan o disminuyan su
actividad, principalmente las vitaminas son moléculas activadoras ya que su presencia
en las enzimas ayuda a que se lleven a cabo los procesos catalíticos como la formación y
mantenimiento de tejidos conversión de carbohidratos en energía o procesos de
coagulación en la sangre.
7. Las enzimas son muy sensibles a las variaciones de temperatura y pH.
a. En el gráfico 1, indique ¿Qué sucede con la enzima cuando la temperatura está en el
punto A?
R/ la temperatura es uno de los factores que afectan principalmente la actividad de
una enzima de acuerdo a esta se puede aumentar la velocidad o disminuirla. En el
caso de la gráfica se observa que el punto A indica que a esta temperatura la enzima
tiene su actividad catalítica máxima y que luego de que esta temperatura la
temperatura enzimática decae probablemente a un proceso de desnaturalización
provocado por el mismo efecto de la temperatura.
2 Ejercicio 2. Bioenergética
Durante la descomposición de las moléculas de los alimentos, estas funcionan como donantes de
electrones durante la oxidación. El producto de la energía obtenida es más bajo que el de la
molécula donante. De otra parte, la energía es almacenada para su uso posterior. Teniendo en
cuenta lo anterior, responda las siguientes preguntas:
1. El potencial de reducción se da para ganar electrones y la oxidación para perder
electrones. Las moléculas bioquímicas varían su actividad para ganar o perder
electrones.
R/
R/ La coenzima, se encuentra en dos formas en las células: NAD+ y NADH. El NAD+, que es
un agente oxidante, acepta electrones de otras moléculas y pasa a ser reducido, formándose
NADH, que puede ser utilizado entonces como agente reductor para donar electrones. Estas
reacciones de transferencia de electrones son la principal función del NAD+. Sin embargo,
también es utilizado en otros procesos celulares, en especial como sustrato de las enzimas que
añaden o eliminan grupos químicos de las proteínas, en modificaciones post-traduccionales.
R/
Las moléculas de gliceraldehido fosfato son oxidadas por acción del FAD, este toma átomos de
hidrógeno del gliceraldehido y reduce el FAD a FADH
R/
En el metabolismo, el compuesto acepta o cede electrones en reacciones redox. Tales reacciones
(resumidas en la fórmula de abajo) implican la extracción de dos átomos de hidrógeno desde el
reactivo (R), en la forma de un ion hidruro (H-), y un protón (H+)
El protón se libera en la solución, mientras el reductor RH2 se oxida y el NAD+ se reduce a
NADH debido a la transferencia del hidruro a los anillos de nicotinamida RH
2 + NAD+→ NADH + H+ + R
Desde el par de electrones de hidruro se transfiere un electrón al nitrógeno con carga positiva
del anillo de nicotinamida del NAD+
, y el segundo átomo de hidrógeno se transfiere al átomo de carbono C4 opuesto a dicho
nitrógeno. El potencial del punto medio del par de reacciones redox entre el NAD+ y el NADH
es -0.32 voltios, lo cual hace al NADH un fuerte agente reductor.16 La reacción es fácilmente
reversible cuando el NADH reduce otra molécula y es re-oxidada a NAD+. Esto significa que
esta coenzima puede permanecer continuamente en un ciclo entre sus formas de NAD+ y
NADH sin ser consumida
Una gran cantidad de los procesos metabólicos que ocurren requieren la remoción de hidrógeno
(-); estas reacciones a menudo implican una deshidrogenasa. NAD + se utiliza a menudo para
eliminar esta hidrógeno.
NAD + gana un átomo de hidrógeno en forma de un ion hidruro. Esto significa que en lugar de
un átomo de hidrógeno neutro, o un átomo de hidrógeno que ha perdido su electrón (ganando
una carga positiva), un ion hidruro es un átomo de hidrógeno que ha ganado un electrón -, es un
ión de hidrógeno negativo, H - . Al añadir esto al NAD +, el grupo que contiene nitrógeno se
convierte en neutral, formando NADH.
Todos los seres vivos necesitan un aporte continuo de materia y energía, aunque existen grandes
diferencias en la forma de obtenerlas y de su utilización. Los vegetales son seres autótrofos,
utilizan la energía solar como fuente de energía y como materia usan el agua, el dióxido de
carbono (CO2) y los iones orgánicos. En la fotosíntesis los cloroplastos captan la energía solar y
tienen la maquinaria para convertirla en energía química (ATP); además extraen los iones de
hidrógeno del agua para convertirlos en equivalentes de reducción (NADPH + H). Como
producto de esta reacción se libera oxígeno molecular.
Con el ATP, los NAPDH + H y el CO2 en un proceso cíclico forman la glucosa y a partir de
esta, con fuentes inorgánicas de nitrógeno, los vegetales tiene la capacidad de sintetizar todas las
biomoléculas orgánicas (azúcares, lípidos, proteínas y ácidos nucleicos).
El hombre y los animales, seres heterótrofos utilizan como fuente de energía y materia las
biomoléculas sintetizadas por los vegetales, ingeridas en los alimentos directamente. Las
biomoléculas ingeridas por el hombre se degradan metabólicamente hasta convertirse en CO2 y
H2O, y derivados nitrogenados, que liberan energía química (ATP). Esta energía se utiliza para
la realización de trabajo y la síntesis proteica.
La materia sufre una serie de transformaciones cíclicas, pues pasa de los vegetales al hombre y
de estos a través del suelo y la atmósfera de nuevo a los primeros. El flujo de energía solar es
unidireccional: se inicia como energia solar y se degrada como energía térmica (calor) pero sin
destruirse1.
Los alimentos ingeridos en la dieta son macromoléculas de almidón, proteínas y triglicéridos que
en la digestión se hidrolizan a monómeros, como monosacáridos, aminoácidos, ácidos grasos y
glicerol. Estos monómeros en las células se absorben y se incorporan o entran para ser oxidados
con producción de energía o se derivan a la biosíntesis de nuevo material celular con consumo de
energía.
Figura 1. Ciclo de Krebs. Producción de acetil CoA, a partir de los diversos sustratos
energéticos, oxidación del acetil CoA en el ciclo de Krebs, con producción de dos moléculas de
CO2, 3 NADH y 1 FADH y un GTP.