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La famille des Retroviridae :

Elle est caractérisée par la présence de deux molécules d’acide nucléique (ARN) qui sont pareilles et
auxquelles sont associés deux molécules de Revers Transcriptase ou transcriptase inverse : On appelle cette
famille Retroviridae grâce à cette transcriptase inverse. En effet celle-ci fait une rétrotranscription de l’ARN
vers l’ADN. Elle fait donc le travail à l’envers et cela car l’ARN va devoir se fixer à l’ADN de l’hôte et pour cela
il va devoir se transformer en ADN lui aussi et ensuite aller vers l’ADN de la cellule et s’y intégrer.

Elle est particulière mais elle n’est pas l’apanage des Rétrovirus (ceux de l’hépatite aussi la possède mais elle
ne les caractérise pas comme elle caractérise le VIH).

Quand l’ARN transformé en ADN s’intègre dans l’ADN cellulaire, on l’appelle provirus (c’est le génome viral
fixé à l’ADN cellulaire que l’on appellera provirus).

Le provirus se comporte comme gène de la cellule et est transmis aux cellules filles à chaque mitose jusqu’à
ce qu’il (sous l’influence de facteurs cellulaires, viraux) va s’exprimer : il va y avoir un cycle de multiplication
virale et il va ainsi donner naissance à de nouvelles particules virales infectantes.

Classification :

C’est une grande famille qui héberge beaucoup de virus, humains ou animaux et il y a plus de virus animaux
que de virus humains.

La classification se fait selon la pathogénie et les divergence génétique.

Les 3 classes ou sous famille : Oncovirus ou Oncovirinae, les Lentivirus, les Spumavirus.

Les Oncovirus ou Oncornavirus : ce sont des oncogènes, ils vont être responsables de tumeurs.

Ils induisent des leucémies, des lymphomes et des sarcomes. Ils vont immortaliser des cellules et ils ne
possèdent pas d’effet cytopathogène.

Lentivirus : Les lentivirus sont le contraire : ils ne sont pas oncogènes et n’immortalisent pas la cellule. Ils
sont responsables de maladies à pathogénicité lente et ils ont un effet cytopathogène.

C’est des virus à évolution lente. Ils causent des Pneumonies, désordres neurologiques. Ils sont
cytopathogène et responsables d’effet cytopathique : lyse de la cellule, désordre de la cellule. Ils n’ont pas de
pouvoir transformant mais sont lytiques. Les VIH font partie de cette sous famille.

Spumavirus : qui existent mais qui ne font rien du tout. Jusqu’à ce jour, aucune pathologie n’a été associée à
cette famille. Ils ont été identifiés chez de nombreux mammifères. On dit Spumavirus car ils donnent un effet
spumeux (comme de la mousse).

Ce qu’il faut retenir c’est ça : la différence entre les 3 sous famille c’est la pathogénicité et la génétique : par
exemple les Oncovirus sont responsables de tumeurs et immortalisent la cellule et ne provoquent pas d’effet
cytopathogénique.

Le virus de l’immunodéficience humaine VIH :

C’est un virus enveloppé.

C’est un virus à ARN : deux molécules d’ARN identiques. Le génome est un ARN monocaténaire linéaire et à
polarité positive. On dit polarité positive, normalement dans la multiplication, ce sera directement la
traduction. Quand on revient à la symétrie, ce n’est pas une symétrie icosaédrique, ici c’est une symétrie
complexe.
Il possède une symétrie sphérique, globulaire : en microscopie électronique on voit des virus globuleux, ce
n‘est pas hélicoïdale, ni icosaédrique, ni « complexe » mais sphérique, ça leur est propre.

Ce ne sont pas de grands virus mais ne sont pas non plus de très petits virus. Deux souches : VIH 1 et Vih2 (le
1 est de répartition mondiale le 2 est restreint à l’Afrique de l’ouest même si on le trouve bien plus dans le
monde de nos jours).

Les virus enveloppés il y a toujours des spicules et qui sont des glycoprotéines qui jouent un rôle dans la
pathogénie etc. (dans les virus enveloppés, il y a toujours des spicules qui jouent toujours un rôle dans la
l’immunité et la pathogénicité).

Le VIH possède des spicules.

Si on prend le schéma du VIH, on a deux molécules d’ARN auxquelles sont associées 2 molécules de revers
transcriptase. Deux molécules d’ARN auxquelles sont associées deux molécules de revers transcriptase.

A l’intérieur, on a des protéines, et la protéine qui entoure, c’est la P25 qui est très importante pour le VIH.
Tout ce qui tapisse le cercle, c’est des protéines, donc qui constituent la capside et on termine par une
enveloppe qui est de nature cellulaire et bilipidique et dans laquelle on retrouve deux types de GP.

La GP120, c’est la spicule externe. Et ce qui est ancré à l’intérieur de l’enveloppe virale, c’est la GP41. Quand
on dit GP120 et GP41, c’est le VIH1. Pour ce qui est du VIH2, on parle de GP125 et GP36. Donc deux GP très
importantes dans l’immunité et la pathogénie et la multiplication virale et donc c’est la GP120 qui est
externe et la GP41 qui est ancrée dans l’enveloppe.

Propriétés physico chimiques

C’est un virus enveloppé donc il est fragile aux solvants des lipides (tels que l’alcool et l’éther, aux
détergents), il est aussi inactivé par la chaleur à 56° pendant 30mn, comme tous les virus enveloppés. Et
sensible aux désinfectants comme l’eau de javel. Il est aussi inactivé par les rayons de l’ultraviolet. Mais il
peut rester viable jusqu’à 2 semaines à température ambiante et en solution aqueuse.

Organisation génomique

Il est flanqué de chaque extrémité par des régions « long terminal repeat » LTR. C’est-à-dire des séquences
terminales répétées.

La majeure partie du génome correspond à 3 gènes principaux :

 Le gène GAG qui veut dire groupe AG (code pour la synthèse de protéine structurales, les protéines
internes P17, P14, P7)
 POL (pour les protéines non structurales enzymatique : transcriptase inverse, intégrase, protéase)
 ENV (les glycoprotéines d’enveloppe G120, 125 et 36…).

R!:

Dans le VIH on donne l’organisation génomique de l’ADN et non pas de l’ARN. Parce que sa particularité
c’est que quand il y a une transcription inverse, il va avoir en plus les LTR (un à l’extrémité 3’ et l’autre à
l’extrémité 5’). Cette particularité n’existe pas dans l’ARN, c’est après la rétrotranscription qu’il acquière
les LTR et du coup l’ADN est plus lourd que l’ARN.

C’est au niveau des LTR qu’il y a tous les promoteurs, c’est donc très important dans la multiplication
virale.
Mais il faut savoir également : il y a des gènes auxiliaires ou des gènes régulateurs qui jouent un rôle très
important dans la régulation de la multiplication virale : pas de gènes régulateurs, pas de multiplication
virales.

Outre ces 3 principaux gènes communs à tous les virus, elle comprends 7 autres gènes (Vif, vpr, tat, rev, vpu,
nef et vpx). Seulement il y en a 5 communs aux deux virus et 2 qui sont différents. 5 Sont communs et un
pour le VIH1 et l’autre pour le VIH2. Ceux qui sont communs c’est le Vif, vpr, tat, rev et nef. VPU pour le
VIH1 et VPX pour le VIH2.

Cycle réplicatif :

Il se subdivise en deux. La première est une étape non productive : car jusqu’au moment où l’ADN va
s’intégrer à l’ADN cellulaire c’est non productif. A partir du moment où il y a un cycle de réplication, c’est une
étape productive.

L’étape non productive commence par la fixation ou adsorption et l’adsorption se fera via la GP120 qui va
reconnaitre les CD4 (donc les cellules qui possèdent ce récepteur). Mais cela ne suffit pas car il faut qu’il y ait
reconnaissance des CCR5 qui sont des chimiokines qui ont un rôle dans le VIH qui est un rôle de Co-
récepteur.

Le récepteur c’était le CD4 et il faut absolument qu’il y ait reconnaissance d’un Co-récepteur qui est soit le
CCR5 pour ce qui est du macrophage, monocytes etc. Soit le CXCR4 quand il s’agit de cellules
lymphocytaires.

Donc si on dit quelles sont les cellules cibles du VIH : ce sont les cellules qui possèdent les récepteurs CD4
et qui possèdent soit le co-récepteur CCR5 (cellules macrophagiques, monocytes, microgliales,
dendritiques…etc.) ou bien CXCR4 qui sont les cellules lymphocytaires.

Ces co-récepteurs sont des récepteurs pour les chimiokines mais ce sont les co-récepteurs pour le VIH. S’il
n’y a pas ces co-récepteurs, il n’y aura pas de pénétration du VIH.

La deuxième phase ou l’étape productive : Tout simplement, sous l’influence d’un facteur cellulaire ou d’un
facteur viral, l’ADN viral intégré dans l’ADN cellulaire va être transcris par une ADN polymérase de la cellule
qui est une transcriptase normale. Celle-ci va transcrire l’ADN en ARN messager, puis traduction sur les
ribosomes puis synthèse de protéines, néanmoins la synthèse de ces protéines va donner lieu à des grosses
protéines : une protéines GAG-POL et une protéine ENV. ce sont des protéines inactives et il faut des
protéases d’origine cellulaire et des protéases d’origine virale qui vont travailler ensemble : ils vont scinder et
cliver les deux grosses protéines : la GAG-POL va donner naissance aux protéines GAG et aux protéines POL
et la grosse protéine ENV va donner les protéines de l’enveloppe. Pour l’une, ce sont des protéases d’origine
virale qui vont agir et qui vont cliver et donner les différentes protéines et pour l’autre ce sont des protéases
d’origine cellulaire.

Et cette voie est une autre voie pour la chimiothérapie antirétrovirale. Et c’est comme ça qu’on a utilisé
depuis bien longtemps des anti-protéases qui agissent sur les protéases d’origine virale. Ils vont empêcher le
clivage de la grosse protéine GAG-POL et donc le cycle de multiplication s’arrête.

Une fois que les protéases ont travaillé, elles ont abouti à la synthèse de protéines active et donc il y aura
assemblage. On a la GP120 qui va venir tapisser la membrane cellulaire et la capside va venir vers la
membrane cellulaire et ensuite la capside va sortir enveloppée par la membrane cellulaire qui va devenir la
membrane virale. C’est ça qui va causer l’effet cytopathogène.
Effet cytopathogène :

On a insisté sur la GP120. Mais maintenant, il y a une autre façon de faire : Il y a des virus qui quand la GP120
tapisse la membrane cytoplasmique et qu’on a la capside prête à sortir, la GP120 a déjà reconnu le CD4 et le
CCR5 d’une autre cellule avoisinante et le virus sort d’une cellule pour rentrer dans une autre cellule  effet
cytopathogène. Et on va retrouver de grandes cellules multinucléés, c’est des syncytium (un syncytia, des
syncytium).

Ce syncytia c’est le résultat du virus qui en sortant de la cellule est déjà rentré dans la cellule car c’est cette
GP120 qui tapisse la membrane de la cellule qui a reconnu les récepteurs des cellules avoisinantes te donc il
sort d’une cellule pour rentrer dans une autre cellule.

Et ça c’est de mauvais pronostic. C’est-à-dire que les virus SI (Syncytia inducing) : ce sont des virus qui
provoquent la formation de syncytia et c’est de mauvais pronostic car des lymphocytes CD4 et s’il n’est pas
sorti d’une cellule quand il est dans une autre cellule, ça va créer un déficit immunitaire rapidement.

Par contre les VIH NSI (non syncytia inducing) qui prennent leur temps de sortir de la cellule, vont aller dans
la circulation sanguine et voir d’autre cellules et les infecter etc. Et là, elles recrutent moins de cellules dans
ce cas et le pronostic est meilleur.

Les cellules cibles du VIH :

C’est les cellules qui possèdent le récepteur CD4 et le co-récepteur le CXCR4, c’est le lymphocyte CD4 du
sang périphérique.

Et les cellules qui présentent le CCR5 ce sont :

- Des cellules présentatrices des ag, tel que la lignée monocytaire, macrophage monocyte.
- Les cellules microgliales du cerveau et c’est pour ça qu’il y a les encéphalopathies liées au VIH.
- On a les cellules dendritiques :
 C’est les cellules folliculaires dendritiques au niveau du ganglion.
 Et on a aussi les cellules de Langerhans au niveau de la peau et des muqueuses. Et quand on a
une transmission sexuelle, c’est les premières cellules qui sont contaminées (les cellules de
Langerhans de la muqueuse génitale) et c’est ces cellules qui vont véhiculer le virus vers la
transmission sanguine.

Variabilité génétique :

Le VIH est un virus qui est HYPERVARIABLE et c’est pour cela que jusqu’à aujourd’hui, il n y a pas de vaccin. Et
cela ça veut dire qu’il y a une hypervariabilité génétique.

Chez un même sujet, toutes les souches qu’il a dans son organisme sont différentes. C’est toujours le même
virus, mais il y a des différences minimes dues à des variabilités génétiques. Comment cela se fait ? A chaque
multiplication virale, il y a une mutation. Dans une cellule eucaryote, il y a à peu près sur 100 000 cycles de
multiplication, il y a une mutation. Pour le VIH, pour chaque cycle, il y a une mutation. Donc chez un même
individu, toutes les souches virales sont différentes par un petit truc même si ça reste la même souche, le
même virus.

Au fur et à mesure des recherches avec les études phylogénétiques, on a découvert des virus qui étaient
différents : c’est du VIH1, mais il y a un groupe qui ne ressemble pas à un autre groupe et c’est comme ça
qu’est né la variabilité génétique. Et le VIH1 est divisé en 4 groupes :

Le groupe M, O, N et P. ces groupes sont différents, bien que ça reste du VIH 1 (au niveau diagnostic), mais
quand on fait une étude phylogénétique, on différencie ces 4 groupes.
Le groupe M veut dire majoritaire et c’est le groupe qui est réparti à l’échelle mondiale. Mais ce groupe est
lui-même subdivisé en sous types : On a identifié 10 sous types (A - J). Ensuite, il y a des CRF (Circulating
Recombinant Forms) : ce sont des recombinaisons de sous types entre eux. Tous ces sous-types ne causent
pas de problème d’un point de vu diagnostic.

Le groupe O (outlier) a eu des répercussions sur le diagnostic car quand on faisait le Dc avec le western blot
(qui diagnostiquait les sous types du groupe M), on n’arrivait pas à diagnostiquer les personnes qui avaient le
virus du groupe O. Ce virus n’était pas reconnu. C’était 14 patients en France qui venaient du Cameroun ou
du Gabon. C’est un autre groupe totalement différent du groupe M, ça reste le VIH, mais il y a répercussion
d’un point de vue DC.

C’est pour ça que dans les nouvelles trousses de DC, on voit écrit HIV 102 : en fait, cela veut dire qu’on
diagnostique l’HIV1, l’HIV1 du groupe O et l’HIV2.

Ensuite, il y a eu un nouveau groupe qui est le groupe N : Non M, Non O, ou New. Il a été retrouvé
principalement au Cameroun et il n’y a pas de répercussions sur le plan DC.

Et en 2010, il y a le groupe P et il n’y a que 3 souches qui existent.

Cette variabilité génétique est dues aux mutations et au fait que les virus à ARN comme le VIH sont des virus
qui ne possèdent pas d’enzymes correctrices. Les virus à ADN ont des enzymes correctrices qui viennent
corriger les mutations, mais les virus à ARN sont peu fidèles et ne possèdent pas d’enzymes correctrices et
donc quand il y a une mutation, elle n’est pas corrigée.

Cette variabilité génétique se situe au niveau de la GP120. (TOUJOURS, dans les virus enveloppés, quand il y
a une variabilité, c’est toujours dû aux spicules externes). Et c’est pour ça que l’on ne peut pas avoir de
vaccins

Epidémiologie :

VIH1 est de répartition mondiale.

Le VIH2 a une répartition restreinte à l’Afrique de l’ouest bien qu’on le retrouve un peu partout dans le
même (même si on le retrouve surtout chez les personnes originaires de l’Afrique de l’ouest.

Mode de transmission :

Sexuelle, sanguine, fœto-maternelle ou mère-enfant.

Le principal mode de transmission est la voie sexuelle (hétéro ou homosexuelle).

• Sexuelle : fidélité conjugale, préservatif

• Sanguine :

 Personnel de santé :

 Port de gants, blouses, surblouses, lunettes (selon l’acte auquel il est procédé)

 Lavage des mains


 Utiliser les conteneurs pour récupérer le matériel piquant et tranchant

 Protéger les blessures

 Ne pas recapuchonner les seringues…Etc.

• Toxicomanes : seringues à usage unique

 Transfusion sanguine : sécurité transfusionnelle


 Dépistage du VIH VHB VHC et syphilis

• Mère-enfant :

Traitement antirétroviral chez la mère et l’enfant.

Césarienne (certains cas).

Diagnostic biologique :

C’est un Dc sérologique. Il est basé sur la détection d’anticorps (Ac) synthétisés par l’organisme contre les
antigènes (Ag) ou protéines de structure du VIH.

Il faut connaitre la courbe de la cinétique des marqueur viraux et sérologiques.

Il faut savoir que les Ac apparaissent à J21j avec les tests les moins performants.

Avant la 3eme semaine, le premier marqueur qui est dépisté (en rouge) c’est l’ARN viral à partir du 10ème
/12ème jour.

Ensuite, au bout de la 3ème semaine, les Ac vont commencer à apparaitre et à être synthétiser et ils vont
commencer à augmenter. Et ensuite, il y a la phase de séropositivité, ils vont rester à l’état stable. Puis vers le
stade SIDA : on a l’ARN qui remonte et les Ac qui vont baisser.

Donc si on parle de Dc : Lors d’une primo infection, avant 15j : on peut rechercher l’ARN viral par test de
Biomol (PCR) à partir du 10ème/12ème jour. On peut aussi rechercher l’Ag à partir du 14ème/15ème jour. Sinon,
après les 15j, on recherche les Ac à partir de la 3ème semaine après la contamination.

Et donc le Dc est surtout sérologique car les gens ne viennent pas lors de la primo-infection (car ils viennent
surtout pour le dépistage). Donc à partir de la 3ème semaine. Mais la primo-infection est dépistée avant la 3ème
semaine.

En dehors de ça, quand on fait le DC du VIH est un Dc sérologique et cela se fait par 2 étapes :

- Une étape de dépistage (on va dire présence ou absence d’Ac anti VIH1 et/ou VIH2) : recherche d’Ac
par tests ELISA, tests rapide, d’agglutinations…etc. Quand c’est négatif, il n’y a pas de problème. Si
c’est positif, il faut convoquer le malade et faire un deuxième prélèvement et là, il faut faire un test
de confirmation qui est le western blot
- Test de confirmation : c’est un test ELISA qui se fait sur bandelette et la différence avec le test de
dépistage c’est que sur la bandelette il y a toutes les protéines du virus et donc les Ac spécifiques de
chaque protéine vont se fixer avec l’Ag et quand on fait la révélation avec le substrat, on va avoir des
bandes qui vont se colorer et là on va dire il y a présence d’Ac anti GP120, anti GP41, antiP25, anti
P34..etc.
donc la différence c’est que le test de dépistage nous donne positif et négatif et le test de
confirmation nous dit si c’est négatif, si c’est indéterminé et si c’est positif, il nous donne les Ac
présents. Et c’est pour ça que pour le Western blot, il y a des critères d’interprétations :
Pour dire que c’est positif : il faut avoir deux types d’AC dirigés contre deux protéines de
l’enveloppe : c’est-à-dire anti GP120, anti GP41 ou anti GP125, anti GP36. Plus ou moins un Ac contre
protéine GAG, plus ou moins des Ac dirigés contre les protéines POL.
Négatif : il n y a rien ou il y a une anti P18 qui n’est pas très spécifique.
tout ce qui est en dehors du négatif et du positif : c’est indéterminé (par exemple un seul Ac dirigé
contre une protéine d’enveloppe) et là il faut re-convoquer le patient et suivre la sérologie.
Généralement ça va se positiver dans le temps mais ça peut ne pas être le cas.

Pour le nouveau-né, on fait le Dc sérologique après 18 mois. Mais avant 18 mois, on recherche l’ARN par
PCR.

Algorithme de diagnostic : quand c’est négatif, c’est un test. Quand c’est positif, c’est plusieurs tests et là on
va utiliser plusieurs techniques et là on doit faire plusieurs prélèvements etc.