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Coronaviridae

Ce sont des virus importants en pathologie humaine mais beaucoup plus en pathologie vétérinaire.

C’est une famille qui comporte des coronavirus et les torovirus

Coro : au microscope électronique, ils ont une forme de couronne.

Cette famille virale comporte un très grand nombre de virus, on a des virus qui infectent les carnivores,
oiseaux, les bovins, les ovins, la famille des canidés et une famille très importante actuellement ce sont les
virus qui infectent les chauves-souris.

Il y’a une restriction d’hôte : en général, ce sont des virus qui sont spécifiques d’espèces. Généralement une
espèce ne peut pas contaminer une autre espèce ou l’homme, mais il y a des exceptions, il y’a une adaptation
du virus parfois.

Le franchissement de la barrière d’espèces existe et est à l’origine de phénomène d’émergence.

Pour l’homme, il y a 6 virus qui infectent l’homme : HCoV-NL63, HCoV-229 E, HCoV-HKU1, HCoV-OC43, SARS-
CoV

Les Sars-CoV : trouve leur origine de la civette et l’origine principale c’est le Bat-CoV donc le virus a franchi la
barrière d’espèce de la chauve-souris à la civette et le contact entre civette homme car en chine on consomme
beaucoup cet animal donc le virus s’est finalement adapté à l’homme et a donné beaucoup de mortalité.

Le CoV-OC43 : d’après des études moléculaires de génétique, le virus trouve son origines des bovins, il
ressemble beaucoup au groupe des BCoV-like.

Il faut garder en tête que le franchissement de la barrière d’espèce est rare mais il existe, il faut qu’il y’ait un
assemblage de facteurs favorisants.

Ce sont des pathogènes importants en médecine vétérinaire, ils sont en effet responsables de maladies graves
chez plusieurs espèces d'élevage et donc ils entrainent des pertes économiques importantes.

Chez l’homme, c’est principalement des infections respiratoires. Ça peut aller d’une infection banale (rhume) à
l’infection plus grave comme les pneumonies graves avec une mortalité de 30 à 40% des cas.

Qui dit coronavirus = infection respiratoire

Classification :

Ordre: Nidovirales

Famille: Coronaviridae

Il y a deux genres qui nous intéressent, le genre Coronavirus et le genre torovirus. Mais ce qui nous intéresse le
plus c’est le coronavirus.

Il y a deux groupes antigéniques dans les coronavirus qui contaminent l’homme : groupe 1 et groupe 2.

Mers-CoV: Middle East Respiratory Syndrome

Il a été découvert en 2012 en Jordanie, c’est un virus qui donne des infections respiratoires du moyen orient.

Structure:

Ce sont des particules sphériques et ils ont un aspect en couronne.

Leur taille va jusqu’à 150 Nm.

Ils sont enveloppés et leur enveloppe trouve leur origine dans la membrane cytoplasmique des cellules
infectées.

Au niveau des protéines on retrouve 4 protéines.


Leur spécule c’est la glycoprotéine S et c’est ce qui leur donne l’aspect. Elle a un rôle dans la fixation dans la
cellule cible et joue un rôle dans la pénétration dans la cellule.

La seconde protéine est la protéine M qui est une protéine de membrane transmembranaire, donc en contact
avec la nucléocapside.

Protéine E : protéine d’enveloppe

La protéine HE : Hémagglutinine Estérase, uniquement chez les corona de groupe 2, c’est une hémagglutinine
estérase. Comme la S participe à la fixation et à la pénétration.

On a 3 protéines chez tous les coronavirus et une protéine spécifique aux coronavirus du groupe 2, son rôle
est comme la protéine S.

Le deuxième élément c’est la nucléocapside : la capside est formée principalement de la phosphoprotéine N.

Association entre acides nucléique + capside : nucléocapside

La nucléocapside est tubulaire, hélicoïdale.

Le génome : c’est une ARN monocaténaire de polarité +  donc directement infectant lorsqu’il entre dans la
cellule cible.

Le génome a une taille pouvant aller jusqu’à 32 kb.

Organisation génomique des coronavirus : la partie proximale de la région 5’, ce sont les protéines non
structurales autrement dit les enzymes qui participent à l’étape de multiplication virale. La plus importante,
c’est l’ARN polymérase ARN dépendante qui est codée l’ORF 1a.

ORF 1a : Open Reading frame, cadre ouvert de lecture (l’explication n’est pas très importante, c’est de la
génétique)

Dans la partie distale du coté 3’ : c’est surtout les protéines structurales (HE, S, E, M et N)  on va les
retrouver dans la particule virale mature une fois elle sort de la cellule contrairement aux protéines non
structurales qui sont absentes.

Processus de multiplication :

Animaux sensibles :

Les coronavirus ont un spectre d’hôte spécifique

Cependant, la transmission inter espèce des souches virales est possible (animal -> homme)  franchissement
la barrière d’espèce responsable de l’émergence de nouveaux coronavirus humain : SRAS, MERS-CoV.

Le virus Mers-CoV infecte les chauves-souris mais il a pu pour certaines raisons infecter l’homme et cela cause
des pneumonies graves.

Culture cellulaire difficile en laboratoire donc la culture cellulaire ne peut être utilisé comme outil de
diagnostic puisque elle est difficile et elle prend du temps (au mieux 7 jours-10 jours).

Certains de ces virus, on arrive à les cultiver : OC43 et 229 E sur des MRC5

LLC-MK2 (épithélium de rein de singe rhésus) : OC43, NL63

VERO E6 (épithélium de rein de singe vert) : OC63, SRAS

Font partie des virus qui n’entrainent pas de cytolyse, ne sont pas cytopathiques.

Cycle :

On les retrouve principalement dans les voies respiratoires, c’est là où l’on trouve les cellules cibles.
1er partie : fixation au niveau des cellules cibles. Grâce à leurs protéines, principalement la S et pour ceux du
groupe 2, il y a aussi le HE. Les récepteurs on ne les connait pas jusqu’au jour d’aujourd’hui, mais on sait que les
protéines S et HE joue un rôle dans la reconnaissance des récepteurs cellulaires.

2ème étape : la pénétration, il y aura fusion entre la membrane cellulaire et la membrane virale et endocytose
puis libération de la capside sans l’enveloppe au niveau du cytoplasme.

3eme étape : décapsidation, les phosphoprotéines vont être lysées et l’ARN va se retrouver dans le cytoplasme.
La décapsidation est médiée par des enzymes cellulaires  enzymes lysosomales

4ème étape : traduction de l’ARN mais pour la traduction (particularité) : il n’y aura pas traduction de tous les
gènes : uniquement la partie 5’ car c’est la partie qui contient les protéines non structurales (surtout la
protéine importante ARN polymérase ARN dépendante et aussi d’autres protéines non structurales).

Ensuite, l’ARN polymérase ARN dépendante va transcrire l’ARN + en ARN – (intermédiaire de réplication) et ce
brin négatif va servir de matrice pour la synthèse des messagers des différents gènes structuraux des virus. On
aura transcription discontinue. Chaque gène va être transcris séparément. Transcription du messager du gène
HE, gène M, gène E et cela jusqu’à avoir les différents messagers des différents gènes de l’ARN viral.

Les transcrits vont subir une traduction pour avoir la protéine structurale : M, HE, E…

Et en parallèle l’ARN polymérase ARN dépendante va répliquer le génome (l’ARN+).

A certains moments du cycle, on aura une quantité importante de protéines structurale et d’ARN génomique, la
prochaine étape, c’est l’assemblage de toutes ces protéines structurales et le génome.

5ème étape : assemblage, se fait principalement au niveau de l’appareil de golgi. A ce niveau, il y aura des étapes
de glycosylation et de phosphorylation, pour les protéines pour pouvoir les assembler aux génomes.

Ensuite ce virus va sortir en emportant un bout de l’enveloppe cytoplasmiques (qui est déjà entourée par les
protéines virales). La sortie se fera sans lyse cellulaire.

Par rapport à la traduction ce qui la distingue : transcription est discontinue, chaque gène est transcrit
séparément du gène adjacent. C’est un cycle de multiplication entièrement intra-cytoplasmique.

Propriétés physico-chimiques:

Très important de connaitre ça pour déterminer la résistance et le mode de contamination.

Ils sont enveloppés donc ils sont plus fragiles. Ils sont inactivés par la plupart des détergents et les
désinfectants usuels.

On peut les inactiver par la chaleur (56°)  pour le diagnostic, pour éviter que le personnel du laboratoire
s’infecte, on désactive le virus à 56°. Cependant, à température ambiante, la particule virale peut persister
jusqu’à 1 semaine et jusqu’à 2 semaines en milieu humide. Donc si une personne malade, il suffit qu’elle
tousse, donc le virus va rester dans les surfaces et c’est ce qui va cause des endémies. Cette notion de
résistance à des températures ambiantes est importante dans la transmission.

Ils sont résistants à +4.

Ils résistent au pH acide lors du passage de la barrière gastrique. C’est pour ça qu’on retrouve (surtout dans le
domaine véto) que ces virus donnent des gastro-entérites.

Physiopathologie :

Les organes cibles sont principalement l’appareil respiratoire, mais rarement on peut le retrouver au niveau de
l’appareil digestif ou le SNC.
Certains virus ont un tropisme large et ils déterminent des infections systémiques graves (Sars et Mers). (Mais
garder en tête que principalement c’est les infections respiratoires).

Epidémiologie :

Mode de transmission : aérien ! et cela de manière direct ou indirect.

Interhumaine directe ou indirecte par des surfaces contaminées par des projections salivaires des personnes
infectées.

Voie oro-fécale aussi.

On peut classer les coronavirus en 3 groupes :

1. Les coronavirus humains classiques (HCovs : 229E, NL63, OC43, HKU1)

Ils sont ubiquitaire et de distribution mondiale.

Ils sont responsables d’épidémies hivernales survenant principalement dans de petites communautés
(internats, écoles, familles…)

Exposition aux coronavirus classiques ce fait durant la petite enfance

Chez l’immunocompétent, l’infection n’est pas aussi grave

Sras-CoV :

Syndrome respiratoire aigu sévère.

C’est un virus épidémique qui a émergé en chine en 2002 et qui a donné une forte épidémie mais cette
épidémie a été rapidement maitrisée en 2003.

La 1ere apparition était en Chine et la diffusion mondiale rapide favorisée par les voyages internationaux

L’origine du virus est la chauve-souris avec les rongeurs comme hôte intermédiaire (civette)

Il s’est retrouvé aux USA, Afrique du sud, Hong Kong, Vietnam…

C’est un virus qui a existé chez les chauves-souris et en Chine ils ont l’habitude de consommer les civettes (hôte
intermédiaires) donc elles se retrouvent dans le marché. Elle a contaminé d’autres civettes dans le marché et
avec la consommation et la manipulation de ces rongeurs l’homme a été retrouvé infecté.

Pour qu’il y ait franchissement de la barrière d’espèce il faut que le corps s’adapte à ce virus, il faut qu’il y’ait
contact permanent pendant 3 à 4 ans derrière avec le virus et celui-là s’adapte à l’homme petit à petit.

Les coronavirus sont une famille très importante car elle renferme des virus qui émergent chez l’homme.

Mers-cov :

Emergé en 2012 et qui continue toujours actuellement à sévir.

Il a émergé en Jordanie.

Le plus gros foyer c’est l’Arabie Saoudite.

Jusqu’à décembre 2017, on comptabilise plus de 2000 cas.

En Algérie on a diagnostiqué 2 cas en 2016.

On pense que les réservoirs de ce virus sont les dromadaires ?

Tous les cas qui ont été diagnostiqué ont une origine d’Arabie Saoudite.

Il y’a des cas de transmission interhumaine : une personne en Corée a pu infecter 50 personnes.
Le risque d’infection par le Mers-CoV est associé au voyage au Moyen Orient surtout l’Arabie Saoudite.

Pouvoir pathogène :

Il y a des coronavirus avec un pouvoir pathogène classique et ils déterminent des pathologies infections
respiratoires banales (comme le rhume banal). Chez les personnes immunocompétentes.

Mais chez les immunodéprimés, l’infection peut migrer et faire des infections basses.

Par contre, les deux autres virus :

Virus Sras (qui ne circule plus), il cause des pneumonies atypiques sévères avec une mortalité et morbidité
élevée (détresse respiratoire entre 20-30% et mortalité 10-15%)

Le Mers-CoV nous intéresse car circule toujours : infection respiratoire aigüe et sévère avec incubation >10j.

Il faut savoir que la personne n’est pas infectante pendant la période d’incubation, donc pas avant l’apparition
des signes cliniques (il faut que les signes cliniques apparaissent pour infecter d’autres personnes). A la
différence de la grippe où on est infectant au moins 24h avant l’apparition des signes cliniques.

Le virus a un fort pouvoir pathogène, tout le parenchyme respiratoire est infecté : pneumonie sévère,
insuffisance rénale et défaillance multi viscérale.

Formes graves chez les personnes avec diabète, insuffisance rénale, affection pulmonaire chronique ou
immunodéprimés.

Mortalité dans 30% des cas.

Diagnostique au laboratoire

On ne fait pas de Dg pour le rhume banal, le Dg se fait pour les cas sévères, pour les épidémies, pour
diagnostiquer les cas qui peuvent arriver et transmettre la maladie. Donc principalement pour :

Infections respiratoires basses de pronostic sévère.

-Suspicion d’une infection respiratoire aigüe à MERS-CoV.

-Enquêtes épidémiologiques pour infections respiratoires haute et basse.

Prélèvement : il nous faut un bon prélèvement

Le virus est retrouvé uniquement chez la personne contaminé, il faut faire le prélèvement dès l’apparition des
signes cliniques sinon la sensibilité des tests est diminuée après.

Liquide de lavage broncho-alvéolaire (LBA) dans un tube stérile

A défaut on peut faire une aspiration naso-pharyngé dans un milieu de transport pour virus

Sinon on fait un Ecouvillonnage naso ou oro-pharyngé (NP ou OP) dans un milieu de transport pour virus.

N.B : Le meilleur prélèvement pour le diagnostic des infections respiratoires à coronavirus est le LBA. Si LBA est
impossible à réaliser, faire un prélèvement des voies respiratoires hautes (NP ou OP).

Transport

Les prélèvements doivent être acheminés immédiatement au laboratoire dans une glacière (à défaut, garder
au max 48 heures à +04 C°).

Chaque prélèvement doit être accompagné d’une fiche de renseignement (âge, sexe, hôpital, clinique, notion
de voyage….)
Techniques de diagnostiques :

Il y’a des études de Dg directs et indirects.

On privilégie les études de dg directs car on n’a pas le temps d’attendre les AC

Le Dg indirect ne retrouve pas sa place pour le dg des infections respiratoires généralement.

Parmi les outils de dg direct, la culture cellulaire ne retrouve pas sa place, elle est utilisée surtout dans les
laboratoires de recherches.

Il nous reste la PCR et les antigènes.

PCR : Technique d’amplification des gènes.

RT-PCR : revers transcriptase, ici on démarre de l’ARN (contrairement à la PCR qui démarre de l’ADN). Donc elle
est adaptée aux virus ARN. L’ARN on le transforme en ADN puis appliquer la PCR.

Principalement c’est la PCR qui est utilisée dans el diagnostic des infections en coronavirus.

En routine, la technique utilisée est la RT-PCR : on détecte uniquement le coronavirus (simplex)

Les techniques de PCR multiplex trouve leur importances dans le cas où plusieurs virus circulent en même
temps et ils ont un même tableau clinique respiratoire  on fait une approche syndromique, sur le même tube
on détecte plusieurs virus à la fois et c’est ce qui est appelée PCR multiplex

Détection d’Ag : on n’a pas de réactifs commercialisés, on fait soit l’ELISA soit l’immunofluorescence. Pour les
coronavirus qui sont à multiplication cytoplasmique, la fluorescence sera localisée au niveau du cytoplasme.

Donc garder à l’esprit que le Dg c’est principalement PCR simplex, multiplex, classique, temps réel

Traitement et prévention :

Il n’existe pas de traitement ni vaccins

Prévention :

Mesures d’hygiène respiratoire : lavage des mains.

Quand on est malades : papiers mouchoirs individuels, quand on tousse éviter de propager ça dans
l’environnement

Pour le MERS-CoV :

En cas de suspicion d’une infection respiratoire à MERS-CoV, la prise en charge du patient est réalisée dans un
service de soins intensifs. La prévention est basée sur :

-Isolement des cas suspects

-Mesures individuelles d’hygiène respiratoire (masque respiratoire)

-Port obligatoire des lunettes de protection, gants, blouses.

En cas de voyage en zone d’endémie pour MERS-COV (Arabie Saoudite,...etc.), les mesures suivantes sont
recommandées:

-Mesures individuelles d’hygiène respiratoire : lavage fréquents des mains avec des solutions hydro-
alcooliques, port de masque respiratoire

-Mesures d’hygiène alimentaire : éviter lait cru et viande insuffisamment cuite du chameau (surtout sujet avec
diabète, IR, ID…).