SIMULATION DE MECANISMES DE COMMUNICATION MOLECULAIRE DANS UN NANORESEAUX
NOUBIR NACER SOMMAIRE
• INTRODUCTION • COMMUNICATION MOLECULAIRE • MECANISME DE DETECTION DE QUORUM • APPLICATIONS:NANOCAPTEURS • SIMULATIONS • CONCLUSIONS INTRODUCTION 1 • Convergence à l'échelle manométrique de la biologie synthétique, microelectronique et nanotechnologies • Les lois de la physique macroscopique ne sont plus valables(effet tunnel, antennes, énergie....) • Approche Descendante (top-down) a atteint ses limites • Pour écrire une page avec un nanoscope comme (IBM) il nous faudrait des années. • Besoins d'un nouvelle approche ascendante développant des modes particuliers d’assemblage de nanosystèmes complexes, issus de la biologie moléculaire. • La solution est l'utilisation des supports informationnels propres aux systèmes vivants comme le codage par des acides nucléiques), ainsi que de leurs capacités d’auto-réplication et d’auto- assemblage(ribosome). • La plupart des processus biologique se font en phase liquide, la maîtrise de la communication moléculaire dans un fluide est la pierre angulaire de cet édifice. COMMUNICATION MOLECULAIRE • Nanomachines : dispositifs a d'échelle manométrique(100 nm) avec des capacités de calcul limités, qui peuvent détecter et compter des molécules, les absorber et les émettre • La communication se fait par libération de jet de molécules(impulsion) a très faible concentration et qui diffusent librement dans le fluide dans les condition d'application de la loi de Fick ce qui permet de caractériser le canal de transmission.
Q −r 2/ 4Dt Loi deFick →c (r , t)= (4 Π Dt ) e r2 EM MOL Retard de l' impulsion :t d = Retard de l'impulsion 6D Θ(r2) Θ(r2)
Amplitude del ' impulsion :cmax=( 2 3Π e )3 /2 Qr 3
Amplitude de l'impulsion Θ(1/r2) Θ(1/r3) Largeurde l'impulsion Θ(1) Θ(r2) 0.4501 2 Largeur de l ' impulsion : t w =t 2−t 1= D r En prenant D=1nm2/ns ( coefficient de diffusion de l'ion calcium dans le cytoplasme) on peut estimer le débit théorique du canal à partir de la courbe de réponse normalisée. Cette courbe montre qu'on peut détecter un signal à des portées micrométriques à condition d'émettre un nombre suffisant de molécules ce qui est un problème à l'échelle manométrique d'où la recherche de solution d'amplification basées sur l'émission collective. MECANISME DE DETECTION DE QUORUM • La communication moléculaire ne peut atteindre des distances micrométriques qu'à condition d'augmenter le nombre de molécules émises ce qui difficile à réaliser vu la dimension des nanomachines d'où le besoin de s'inspirer du mécanisme de détection de quorum pour amplifier le signal. • La détection de quorum est un mécanisme de signalisation chimique utilisé par les bactéries pour communiquer et orchestrer leur comportements de groupe tel que la bioluminescence marine en synthétisant, libérant et détectant un signal moléculaire appelé auto-inducteur(AIS). Plusieurs boucles de rétroaction existent dans le circuit de détection de quorum du modèle de la bactérie Vibrio harveyi qui lui permettent de contrôler simultanément l'intégration du signal de détection et d'assurer la fidélité de sa transmission. • Un tel système a deux états stable : faible densité(LCD) et Modèle simplifie du mécanisme et cascades des réactions qui le gouvernent haute densité(HCD). À de fortes densités cellulaires, les AIS s'accumulent, se lient à leurs récepteurs et les convertissent de l'état kinase a l'état phosphatase qui drainent le phosphate de Luxu et LuxO. Par conséquent, les small ARN QRR ne sont pas produites et l'ARN messager de luxR est traduit. La protéine LuxR contrôle plus de 100 gènes qui sous-tendent les comportements collectifs, y compris bioluminescence et la formation de biofilm • Le phénomène remarquable est que ce mécanisme est contrôlé par de très faibles concentrations des AIS(nanomole) • APPLICATION : NANOBIOCAPTEURS • Les différentes techniques de détection actuelles sont limités par la barrière de diffusion(probabilité de contact/temps) et du seuil de sensibilité due à toute sorte de bruit. • Pour de nombreux biomarqueurs le niveau de
signification du diagnostique se situe entre le
picomolaire et le nanomolaire • le défi des nouveaux biocapteurs est de parvenir
à cette sensibilité tout en réalisant un temps
d'analyse plus court
• L'utilisation d'un réseaux de capteur autonome(Nanomachine) de dimension
manométrique briserait toute les limitations actuelles. • Leurs Comportement comme une particule brownienne ayant la dimension
d'une surface améliore la probabilité de contact d'où la réduction
révolutionnaire du temps de détection de plus a l'échelle manométrique le rapport surface/volume est très grand. • Sa dimension manométrique ramène le seuil de sensibilité a une molécule.,
a l'échelle macroscopique même si le transducteur est sensible le signal de
sortie est noyé dans le bruit. • Si une nanomachine détecte un biomarqueur elle informe un
noeud(machine maître) éloignée de quelques centaines de manomètres a
travers le canal moléculaire. Le nœuds utilise une technique inspirée du mécanisme biologique de détection de quorum pour amplifier le signal et communiquer avec l'échelle macroscopique. SIMULATIONS-1/2 • N3Sim, est un environnement de simulation sous la forme d'un paquet Java qui émule la diffusion de particules en (2D) et (3D) Il évalue la concentration moléculaire mesurée par chaque récepteur en fonction du temps dans un espace infini. La diffusion des particules est modélisée cpar un mouvement brownien. Le processus de réception s'effectue par comptage des particules situées dans une zone proche du récepteur chaque pas de temps. N3Sim peut également modeliser les phénomènes de propagation en prenant en compte les finteractions électrostatiques, l'inertie et les collisions entre particules. • Pour valider l'aspect theorique decrit j'ai refaits les simulations déjà effectués par Ingnacio Liaster et publiés dans l'article : Diffusion based chanel characterization in molecular Nanonetworks. • J'ai effectués quelques simulations de transmission d'un signale rectangulaire • J'ai essayé d'effectuer des simulation de transmission avec plusieurs émetteurs pour valider l'amplification linéaire du signal et en mesurer la porté • J'ai essayé de modéliser le mécanisme de détection de quorum par des équations différentielles et mettre en évidence le contrôle du changement comportement des bactéries par une très faible variation de concentration de l'auto-inducer avec scilab. MECANISME DE DETECTION DE QUORUM • La communication moléculaire ne peut atteindre des distances micrométriques qu'à condition d'augmenter le nombre de molécules émises ce qui difficile à réaliser vu la dimension des nanomachines d'où le besoin de s'inspirer du mécanisme de détection de quorum pour amplifier le signal. • La détection de quorum est un mécanisme de signalisation chimique utilisé par les bactéries pour communiquer et orchestrer leur comportements de groupe tel que la bioluminescence marine en synthétisant, libérant et détectant un signal moléculaire appelé auto-inducteur(AIS). Plusieurs boucles de rétroaction existent dans le circuit de détection de quorum du modèle de la bactérie Vibrio harveyi qui lui permettent de contrôler simultanément l'intégration du signal de détection et d'assurer la fidélité de sa transmission. • Un tel système a deux états stable : faible densité(LCD) et Modele simplifie du mecanisme et cascades de reactions qui le gouvernent haute densité(HCD). À de fortes densités cellulaires, les AIS s'accumulent, se lient à leurs récepteurs et les convertissent de l'état kinase a l'état phosphatase qui drainent le phosphate de Luxu et LuxO. Par conséquent, les small ARN QRR ne sont pas produites et l'ARN messager de luxR est traduit. La protéine LuxR contrôle plus de 100 gènes qui sous-tendent les comportements collectifs, y compris bioluminescence et la formation de biofilm • Le phénomène remarquable est que ce mécanisme est contrôlé par de très faibles concentrations des AIS(nanomole) • SIMULATIONS 2/2 Résultat d'une simulation(24H) de transmission d'un signale carré de période 1O microsecondes correspondant à 5 jets de 100000 molécules libérées par l'émetteur toutes les microsecondes. CONCLUSIONS • Les simulations réalisées confirment la validité du canal de transmission moléculaire. • Le débit de transmission dépendra du codage qu'il faudrait inventer et adapter à ce contexte très bruité. • Le besoin d'un système d'amplification pour permettre la communication avec le niveau macroscopique. • La plupart des recherche confirment la validité de l'amplification linéaire du signal par plusieurs émetteurs repartis spatialement qui émettent au même instant. Mais aucune solution n'est envisagée pour simuler simplement la lourde mécanique biochimique qui est mise en œuvre par détection de quorum(plusieurs réactions en cascades). • La résonance stochastique d'un système bistable paraît tres prometteuse pour synchroniser efficacement les nanomachines.
