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TIPE 2014

SIMULATION DE MECANISMES DE
COMMUNICATION MOLECULAIRE DANS UN
NANORESEAUX

NOUBIR NACER
SOMMAIRE

• INTRODUCTION
• COMMUNICATION MOLECULAIRE
• MECANISME DE DETECTION DE QUORUM
• APPLICATIONS:NANOCAPTEURS
• SIMULATIONS
• CONCLUSIONS
INTRODUCTION 1
• Convergence à l'échelle manométrique de la biologie
synthétique, microelectronique et nanotechnologies
• Les lois de la physique macroscopique ne sont plus
valables(effet tunnel, antennes, énergie....)
• Approche Descendante (top-down) a atteint ses
limites
• Pour écrire une page avec un nanoscope comme
(IBM) il nous faudrait des années.
• Besoins d'un nouvelle approche ascendante
développant des modes particuliers d’assemblage de
nanosystèmes complexes, issus de la biologie
moléculaire.
• La solution est l'utilisation des supports
informationnels propres aux systèmes vivants
comme le codage par des acides nucléiques), ainsi
que de leurs capacités d’auto-réplication et d’auto-
assemblage(ribosome).
• La plupart des processus biologique se font en phase
liquide, la maîtrise de la communication moléculaire
dans un fluide est la pierre angulaire de cet édifice.
COMMUNICATION MOLECULAIRE
• Nanomachines : dispositifs a d'échelle
manométrique(100 nm) avec des capacités de
calcul limités, qui peuvent détecter et compter
des molécules, les absorber et les émettre
• La communication se fait par libération de jet de
molécules(impulsion) a très faible concentration
et qui diffusent librement dans le fluide dans les
condition d'application de la loi de Fick ce qui
permet de caractériser le canal de transmission.

Q −r 2/ 4Dt
Loi deFick →c (r , t)= (4 Π Dt ) e
r2 EM MOL
Retard de l' impulsion :t d = Retard de l'impulsion
6D Θ(r2) Θ(r2)

Amplitude del ' impulsion :cmax=( 2 3Π e )3 /2 Qr 3


Amplitude de l'impulsion Θ(1/r2) Θ(1/r3)
Largeurde l'impulsion Θ(1) Θ(r2)
0.4501 2
Largeur de l ' impulsion : t w =t 2−t 1= D r
En prenant D=1nm2/ns ( coefficient de diffusion de l'ion calcium dans le
cytoplasme) on peut estimer le débit théorique du canal à partir de la courbe
de réponse normalisée. Cette courbe montre qu'on peut détecter un signal à
des portées micrométriques à condition d'émettre un nombre suffisant de
molécules ce qui est un problème à l'échelle manométrique d'où la recherche
de solution d'amplification basées sur l'émission collective.
MECANISME DE DETECTION DE QUORUM
• La communication moléculaire ne peut atteindre des distances
micrométriques qu'à condition d'augmenter le nombre de
molécules émises ce qui difficile à réaliser vu la dimension des
nanomachines d'où le besoin de s'inspirer du mécanisme de
détection de quorum pour amplifier le signal.
• La détection de quorum est un mécanisme de signalisation
chimique utilisé par les bactéries pour communiquer et
orchestrer leur comportements de groupe tel que la
bioluminescence marine en synthétisant, libérant et détectant
un signal moléculaire appelé auto-inducteur(AIS). Plusieurs
boucles de rétroaction existent dans le circuit de détection de
quorum du modèle de la bactérie Vibrio harveyi qui lui
permettent de contrôler simultanément l'intégration du signal
de détection et d'assurer la fidélité de sa transmission.
• Un tel système a deux états stable : faible densité(LCD) et Modèle simplifie du mécanisme et cascades des réactions qui le gouvernent
haute densité(HCD). À de fortes densités cellulaires, les AIS
s'accumulent, se lient à leurs récepteurs et les convertissent
de l'état kinase a l'état phosphatase qui drainent le phosphate
de Luxu et LuxO. Par conséquent, les small ARN QRR ne sont
pas produites et l'ARN messager de luxR est traduit. La
protéine LuxR contrôle plus de 100 gènes qui sous-tendent les
comportements collectifs, y compris bioluminescence et la
formation de biofilm
• Le phénomène remarquable est que ce mécanisme est
contrôlé par de très faibles concentrations des AIS(nanomole)

APPLICATION : NANOBIOCAPTEURS
• Les différentes techniques de détection actuelles
sont limités par la barrière de diffusion(probabilité
de contact/temps) et du seuil de sensibilité due à
toute sorte de bruit.
• Pour de nombreux biomarqueurs le niveau de

signification du diagnostique se situe entre le


picomolaire et le nanomolaire
• le défi des nouveaux biocapteurs est de parvenir

à cette sensibilité tout en réalisant un temps


d'analyse plus court

• L'utilisation d'un réseaux de capteur autonome(Nanomachine) de dimension


manométrique briserait toute les limitations actuelles.
• Leurs Comportement comme une particule brownienne ayant la dimension

d'une surface améliore la probabilité de contact d'où la réduction


révolutionnaire du temps de détection de plus a l'échelle manométrique le
rapport surface/volume est très grand.
• Sa dimension manométrique ramène le seuil de sensibilité a une molécule.,

a l'échelle macroscopique même si le transducteur est sensible le signal de


sortie est noyé dans le bruit.
• Si une nanomachine détecte un biomarqueur elle informe un

noeud(machine maître) éloignée de quelques centaines de manomètres a


travers le canal moléculaire. Le nœuds utilise une technique inspirée du
mécanisme biologique de détection de quorum pour amplifier le signal et
communiquer avec l'échelle macroscopique.
SIMULATIONS-1/2
• N3Sim, est un environnement de simulation sous la forme
d'un paquet Java qui émule la diffusion de particules en (2D)
et (3D) Il évalue la concentration moléculaire mesurée par
chaque récepteur en fonction du temps dans un espace infini.
La diffusion des particules est modélisée cpar un mouvement
brownien. Le processus de réception s'effectue par comptage
des particules situées dans une zone proche du récepteur
chaque pas de temps. N3Sim peut également modeliser les
phénomènes de propagation en prenant en compte les
finteractions électrostatiques, l'inertie et les collisions entre
particules.
• Pour valider l'aspect theorique decrit j'ai refaits les simulations
déjà effectués par Ingnacio Liaster et publiés dans l'article :
Diffusion based chanel characterization in molecular
Nanonetworks.
• J'ai effectués quelques simulations de transmission d'un
signale rectangulaire
• J'ai essayé d'effectuer des simulation de transmission avec
plusieurs émetteurs pour valider l'amplification linéaire du
signal et en mesurer la porté
• J'ai essayé de modéliser le mécanisme de détection de
quorum par des équations différentielles et mettre en
évidence le contrôle du changement comportement des
bactéries par une très faible variation de concentration de
l'auto-inducer avec scilab.
MECANISME DE DETECTION DE QUORUM
• La communication moléculaire ne peut atteindre des distances
micrométriques qu'à condition d'augmenter le nombre de
molécules émises ce qui difficile à réaliser vu la dimension des
nanomachines d'où le besoin de s'inspirer du mécanisme de
détection de quorum pour amplifier le signal.
• La détection de quorum est un mécanisme de signalisation
chimique utilisé par les bactéries pour communiquer et
orchestrer leur comportements de groupe tel que la
bioluminescence marine en synthétisant, libérant et détectant
un signal moléculaire appelé auto-inducteur(AIS). Plusieurs
boucles de rétroaction existent dans le circuit de détection de
quorum du modèle de la bactérie Vibrio harveyi qui lui
permettent de contrôler simultanément l'intégration du signal
de détection et d'assurer la fidélité de sa transmission.
• Un tel système a deux états stable : faible densité(LCD) et Modele simplifie du mecanisme et cascades de reactions qui le gouvernent
haute densité(HCD). À de fortes densités cellulaires, les AIS
s'accumulent, se lient à leurs récepteurs et les convertissent
de l'état kinase a l'état phosphatase qui drainent le phosphate
de Luxu et LuxO. Par conséquent, les small ARN QRR ne sont
pas produites et l'ARN messager de luxR est traduit. La
protéine LuxR contrôle plus de 100 gènes qui sous-tendent les
comportements collectifs, y compris bioluminescence et la
formation de biofilm
• Le phénomène remarquable est que ce mécanisme est
contrôlé par de très faibles concentrations des AIS(nanomole)

SIMULATIONS 2/2
Résultat d'une simulation(24H) de transmission d'un signale carré de
période 1O microsecondes correspondant à 5 jets de 100000 molécules
libérées par l'émetteur toutes les microsecondes.
CONCLUSIONS
• Les simulations réalisées confirment la validité du canal de
transmission moléculaire.
• Le débit de transmission dépendra du codage qu'il faudrait
inventer et adapter à ce contexte très bruité.
• Le besoin d'un système d'amplification pour permettre la
communication avec le niveau macroscopique.
• La plupart des recherche confirment la validité de l'amplification
linéaire du signal par plusieurs émetteurs repartis spatialement
qui émettent au même instant. Mais aucune solution n'est
envisagée pour simuler simplement la lourde mécanique
biochimique qui est mise en œuvre par détection de
quorum(plusieurs réactions en cascades).
• La résonance stochastique d'un système bistable paraît tres
prometteuse pour synchroniser efficacement les nanomachines.