DINAMICA MOLECULAR

Protein-ligand docking

• Predicts...
• The pose of the molecule in
the binding site
• The binding affinity or a
score representing the
strength of binding
AMINOACIDOS

Son las unidades estructurales que constituyen las proteínas

átomo carbono α
H
grupo carboxilo
grupo amino NH2 C COOH
R
grupo cadena lateral

H
+ NH3 C COO 
R
AMINOACIDOS
Enlace peptídico
Cristalografía de rayos X
PDB file.txt
1
2
3

4
5
 Dinámica Molecular (NAMD)

 Un archivo pdb (Protein Data Bank), el cual contiene los átomos y las
coordenadas de la proteína en estudio. www.pdb.org

 Un archivo psf (Protein Structure), el cual contiene información estructural

de la proteína, donde se incluyen: tipos de átomos, cargas y conectividad de
los átomos.

 Un archivo de configuración namd, el cual especifica las opciones que

NAMD utilizará al correr la Simulación.
 PASO 1: Proteína a estudiar
- Abrir una consola de VMD
- Cagar la proteína: File New Molecule  Browse Load

Importante:
- No se incluyen los hidrógenos
- Contiene moléculas de agua
- En Graphics Representations es
posible cambiar el Display de la Proteína
 Paso 2: Generar un PSF
- Abrir una consola TK: Extensions  Tk Console
- Eliminar las moléculas de agua, tipeando:

- Eliminar todo, tipiando: mol delete all

- Cargar la proteína sin las aguas (ubqp.pdb): mol
load pdb ubqp.pdb
- Ejecutar el script que crea el PSF, tipeando: play
nombre_script. Es importante tener el archivo de
topología.
Se generan los H

Nota: top_all27_prot_lipid.inp es un archivo que

contiene la topología necesaria par la construcción
del PSF.
 Paso 3: Solvatar la proteína
- Ejecutar el script que crea una caja de agua: play nombre_script. Se generan unos
archivo (combine*) que no son necesarios (corresponden a pasos intermedios).

Nota: se pretende representar un ambiente biológico lo más cercano a la realidad

- Es necesario obtener además: los valores máximos y mínimos de las coordenadas y el

centro del sistema, usando:
set everyone [atomselect top all]
measure minmax $everyone  Maximo y Mínimo
measure center $everyone  centro

Estos parámetros se necesitarán para un posterior archivo de configuración

Paso 4: Construyendo el archivo de
configuración

Nombre del archivo final psf

Nombre del archivo final pdb
Crea una variable llamada “temperatura” en la
cual se almacena el valor de la temperatura
inicial del sistema. 310ºK = 37ºC
Genera una variable “outputname” en la cual se
almacena un nombre genérico para los
archivos de salida
Setea el valor numérico del primer time step de
la simulación. Se usa comúnmente para
reinicializar un calculo, por ejemplo si se desea
continuar un calculo que termino en el time step
552, el valor firsttimestep sería 553.
Paso 4: Construyendo el archivo de
configuración

Indica si el archivo de parámetros esta en el

formato usado por el campo de fuerza CHARMM
Llama al archivo de parámetros (con el Campo de
Fuerza)
Setea la temperatura inicial del sistema en ºKelvin

Especifica cuales interacciones atómicas son excluidas,

en este caso se permitirán interacciones 1-2 y 1-3,
pero no 1-4.
Las interacciones 1-4 realmente no se inactivan
sino que se debilitan, para lo cual se establece un grado de
interacción entre 0 y 1.
Indica la distancia (en Ángstrom) a la cual las interacciones Van Der
Waals y Electrostáticas son suprimidas.
Determina si funciones de Switching son usadas para no tener
interacciones Van Der Waals y Electrostáticas en 0 a cierta distancia
del cutoff.
Indica la distancia a la cual comienzan a actuar las funciones de
Switching.
Se especifica una distancia total que utilizará NAMD para establecer
todo tipo de interacciones. Solo se harán búsquedas dentro de esta
distancia.
 Paso 4: Construyendo el archivo de
configuración
Indica el tamaño de los time step usados en la
Nota: 1000fs=1ps simulación. Para este caso 2 Femtosegundos.

Especifica cuales enlaces que involucran hidrógenos

son considerados rígidos (non-vibrating). En este
caso all (todos).
Determina cada cuantos time step las
interacciones nonbonded (no-enlazantes)
deberían ser calculadas.
Determina cada cuantos time step las
interacciones electrostáticas deberían ser
calculadas.
Cada cierto tiempo el pairlist de los átomos es
reasignado. Este comando especifica cada
cuanto tiempo será hecha la reasignación, lo
quel corresponde a un ciclo.

Setea el valor del Langevin Dynamics puede Indica si se aplicará

Indica si se utilizará
Langeving coupling ser aplicado a todos los Langevin Dynamics a los
Langevin Dynamics en la
coefficient, el cual cuantifica átomos o solo a aquellos átomos de hidrógenos
Simulación. Langevin
la fricción aplicada al que no sean hidrógenos. presentes en la Simulación.
Dynamics quiere decir
Sistema, la energía Este comando especifica la
controlar la energía cinética
removida , el “frenado” de temperatura a la cual se
del sistema considerando la
los átomos, etc. Este es mantendrán estos átomos.
temperatura y la presión.
especificado en
Picosegundos.
 Paso 4: Construyendo el archivo de
configuración

Se generan tres vectores para formar una celda

periódica. Cada vector representa al eje x, y, z
respectivamente. Estos datos son tomados de
los valores de minmax y center calculados con
anterioridad. Los valores están en Å.
CellBasisVector* corresponde a los valores x, y
y z. CellOrigin es el centro.

Este comando es usado para evitar que algún átomo se escape

de la caja periódica. Actúa como espejo si el átomo sale por un
lado entra por el otro.

PME (Particle Mesh Ewald) es el método utilizado para tratar interacciones

electrostáticas cuando se usan condiciones periódicas de borde;
corresponde a una grilla 3-D sobre la cual la carga del sistema es
distribuida para el calculo de potenciales y fuerzas entre los átomos.
Determina si se usara este método (yes or no)

Corresponde a los valores x, y , z de los vectores CellBasisVectorX,

CellBasisVectorY, CellBasisVectorZ respectivamente.

Nota: Siempre dar 1 o 2 Å más a la caja para asegurar que todos los átomos queden dentro de ella.
Paso 4: Construyendo el archivo de
configuración
NAMD calcula la presión del sistema basándose en las fuerzas entre los
átomos y sus energías cinéticas. Este comando especifica si las
interacciones que involucran hidrógenos deben ser consideradas para
todos los átomos de hidrógenos o simplemente entre grupos de átomos
de hidrógenos. Se debe poner “yes” si se seteo rigidBonds.

Especifica si se desea
permitir que la celda
periódica 3D varíe
independientemente
Permitir que se mantenga constante la sección de área
que atraviesa el eje x-y, mientras varia la dimensión z
Es un método usado para calcular la presión. Incluye un algoritmo de
Simulación de Dinámica Molecular con Presión Constante.
Se especifica en unidades
Setea el tiempo de oscilación constante de bar la presión a la cual
en fs para Langevin Piston. Langevin Piston intentara
mantenerse (1 atom=1.013)
Setea el tiempo de damping
(amortiguación) constante en fs para
Langevin Piston.
Setea la temperatura a la cual actúa
Langevin Piston.
 Paso 4: Construyendo el archivo de
configuración
Este comando especifica el prefijo de los
nombres de los archivos de salida.

Se indica cada cuantos time step se escribirá información

en los archivos de salida. (500step=1000fs=1ps)
Nota: Se retorna un archivo pdb que contiene las coordenadas finales de
los átomos del sistema (*.coor) y otro archivo pdb que contiene las
velocidades finales de todos los átomos (*.vel).
Además, archivos: *.old (con información para reinicializar el calculo),
*.dcd (video de la trayectoria), *.log (información de las energías y
presión), *.xst (incluye información específica de la celda periódica)

Setea el numero de iteraciones mediante las cuales los átomos cambian de

posición para buscar un mínimo local en el potencial.
La minimización es realizada en el sistema después que todas las velocidades
atómicas han sido seteadas a 0. Este comando resetea las velocidades
atómicas reasignado la temperatura específica (310ºK)
Setea el numero de time step mediante los cuales se correrá el MD equilibration. En este caso
2500 fs=5ps

Paso 5: Corriendo la Simulación

Para correr el calculo: namd2 nombre_arch_conf > nombre_arch_salida &
H-bond vs Frame output

RMSD vs Frame