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ROYAUME DU MAROC

Faculté des Sciences Semlalia


____________________________________________________________________________
LICENCE PROFESSIONNELLE
SCIENCES ET TECHNOLOGIES DE
L’ASSAINISSEMENT DES DECHETS
LIQUIDES ET SOLIDES
LP-STADLS

MODULE : CHIMIE ET

MICROBIOLOGIE DES EAUX « CME »

Cours de Microbiologie Générale


et Appliquée

Par Prof. Boujamaa IMZILN

Année Universitaire : 2015-16


-1-
CHAPITRE I : MICROBIOLOGIE GENERALE

INTRODUCTION A LA SYSTEMATIQUE
DES PROCARYOTES (BACTERIES)

Introduction
La systématique a pour but de classer les êtres vivants de manière rationnelle et de leur attribuer un nom.
Elle repose sur trois disciplines, la taxonomie (ou taxinomie), la nomenclature et l’identification. La
taxonomie est la science qui permet de classer les organismes en groupes d'affinité ou taxons et la
nomenclature est un ensemble de règles gouvernant l'attribution d'un nom à un taxon.
La principale application de la systématique est l'identification qui consiste à étudier les caractères d'un
organisme afin de pouvoir le placer dans un taxon préalablement décrit.

Il n'existe pas de classification officielle des procaryotes pour trois raisons principales :
(i) Une classification est faite pour le bactériologiste et non pour les bactéries. C'est dire qu'une
classification n'est pas obligatoirement élaborée sur la base des seuls critères scientifiques. La taxonomie
poursuit des buts pratiques et plusieurs classifications peuvent coexister. Par exemple, on peut classer les
bactéries en fonction de leur degré de pathogénicité pour les plantes, les animaux et l'homme. De même,
pour des raisons pratiques et/ou didactiques, on peut classer les bactéries d'intérêt médical ou vétérinaire
selon leurs caractères phénotypiques. Ces deux classifications sont différentes de celle adoptée par la
deuxième édition du "Bergey's Manual of Systematic Bacteriology", mais elles ne peuvent être considérées
comme fausses ou désuètes ; elles ont simplement un objectif qui n'est pas celui du "Bergey's Manual of
Systematic Bacteriology".
(ii) La taxonomie est une science dynamique et elle est sujette à de nombreux changements en fonction
des données disponibles. De plus, les opinions des bactériologistes sont divergentes. Dans le passé, la
taxonomie reposait principalement sur des caractères phénotypiques. Actuellement, la classification fait
souvent appel à des critères génétiques (hybridation ADN-ADN, séquençage des ADNr 16S, séquençage de
divers gènes...).
(iii) L'absence de définition précise des rangs hiérarchiques est un obstacle majeur à une taxonomie
universelle.

I - Les différents rangs hiérarchiques


Le monde des procaryotes est divisé en deux domaines (ou empires) : les Archaea (ou Archaeobacteria) et
les Bacteria (ou Eubacteria).

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En théorie, au sein de chacun de ces domaines, on reconnaît les groupes hiérarchiques suivants : phylums
(ou divisions), classes, sous-classes, ordres, sous-ordres, familles, sous-familles, tribus, sous-tribus, genres,
sous-genres, espèces et sous-espèces. Des rangs hiérarchiques inférieurs à la sous-espèce sont également
reconnus pour certaines espèces bactériennes.
A titre d'exemples, les classifications de Arcanobacterium pyogenes et de Salmonella enterica sous-espèce
enterica sérovar Typhimurium sont données ci-dessous (selon la classification du "Bergey's Manual of
Systematic Bacteriology") :

Salmonella enterica sous-espèce


Arcanobacterium pyogenes
enterica sérovar Typhimurium
Domaine ou empire "Bacteria" "Bacteria"
Phylum ou division "Actinobacteria" "Proteobacteria"
Classe Actinobacteria Gammaproteobacteria
Sous-classe Actinobacteridae
Ordre Actinomycetales "Enterobacteriales"
Sous-ordre Actinomycineae Aucun
Famille Actinomycetaceae Enterobacteriaceae
Sous-famille Aucune Aucune
Tribu Aucune Aucune
Sous-tribu Aucune Aucune
Genre Arcanobacterium Salmonella
Sous-genre Aucun Aucun
Espèce Arcanobacterium pyogenes Salmonella enterica
Salmonella enterica sous-espèce
Sous-espèce Aucune
enterica
Rang hiérarchique inférieur à la
Aucun sérovar typhimurium
sous-espèce

* : Quelques bactéries, comme certaines espèces du genre Borrelia ont un chromosome linéaire.
** : Des fibrilles intracellulaires ressemblant à des microtubules ont été mises en évidence chez les
Spiroplasma sp., chez certains tréponèmes, chez quelques cyanobactéries ("Anabaena" sp.) et chez des
formes L.
*** : Les membranes de la plupart des mycoplasmes contiennent des stérols.
Au sein du règne des Procaryotae, N.E. Gibbons et R.G.E. Murray distinguaient quatre divisions :

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- La division des "Gracilicutes" regroupant les bactéries dont la paroi a la structure des bactéries à
Gram négatif.
- La division des "Firmicutes" regroupant les bactéries dont la paroi a la structure des bactéries à
Gram positif.
- La division des "Tenericutes" rassemblant les bactéries dépourvues de paroi.
- La division des "Mendosicutes" correspondant aux archaebactéries.

MORPHOLOGIE ET STRUCTURE GENERALE


DES BACTERIES (PROCARYOTES)

Morphologie
L'étude de la morphologie bactérienne est le premier acte effectué par un laboratoire de diagnostic et elle est
réalisée plusieurs fois au cours de l'identification d'une bactérie. En effet, elle est suffisamment spécifique
pour permettre une orientation préliminaire du diagnostic et elle permet de vérifier la pureté d'une souche,
préalable obligatoire à une identification. Les morphologies les plus typiques sont observées dans des
cultures jeunes effectuées en milieu liquide.
Trois critères sont pris en compte : la taille, la forme et le mode d'assemblage.
La taille s'exprime le plus souvent en micromètres (µm) et elle est excessivement variable au sein du monde
bactérien.
. Les plus petites bactéries ont une taille de 0,1 à 0,2 µm (Chlamydiales, Haemobartonella, certains
mycoplasmes, certains tréponèmes...) alors que les Achromatium sp. et les Macromonas sp. ont un diamètre
supérieur à 10 µm.
. Thiomargarita namibiensis (la perle de souffre de Namibie) est la plus grosse bactérie jamais décrite. Les
cellules ont une forme sphérique et leur diamètre moyen varie de 0,1 à 0,3 mm. Toutefois, certaines cellules
ont un diamètre pouvant atteindre 0,75 mm si bien que Thiomargarita namibiensis est visible à l'oeil nu. Le
cytoplasme de cette bactérie est réduit à une couche étroite entourant une vacuole centrale contenant des
nitrates.
. "Epulopiscium fishelsonii", vivant dans l'intestin des acanthures bruns (Acanthurus nigrofuscus) de la mer
rouge, est une autre bactérie de grande taille puisque son diamètre peut atteindre 80 µm et sa longueur 600
µm. Son volume est un million de fois supérieur au volume d'une bactérie classique telle que Escherichia
coli. Cette espèce présente également la particularité de se multiplier en donnant deux cellules filles d'abord
incluses dans la cellule mère.
La forme est également extrêmement diverse au sein du monde bactérien. Si on excepte les bactéries
dépourvues de paroi et qui peuvent être très polymorphes, la diversité est relativement restreinte pour les

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bactéries d'intérêt médical et vétérinaire. Parmi ces dernières, on distingue principalement des formes
sphériques, cylindriques et spiralées (voir schéma 1).
. Une morphologie sphérique caractérise les coques (nom masculin dérivé du nom grec kokkos = un grain)
qui peuvent être parfaitement sphériques (Staphylococcus spp.) ou présenter une face aplatie (Neisseria
gonorrhoeae) ou légèrement ovoïdes (Enterococcus spp.), voire effilés en flamme de bougie (Streptococcus
pneumoniae).
. Une morphologie cylindrique permet de définir des bacilles (du nom masculin latin bacillus = une
baguette) qui peuvent être droits ou incurvés ou ramifiés.
Les bacilles rectilignes sont retrouvés dans de nombreux genres bactériens. Ils peuvent avoir des extrémités
arrondies (Enterobacteriaceae) ou être rectangulaires (Bacillus spp.) ou posséder une extrémité renflée
(Corynebacterium spp.) ou posséder deux extrémités effilées (Fusobacterium spp.).
Les bacilles incurvés caractérisent certains genres comme les genres Vibrio, Campylobacter ou Arcobacter.
Les bacilles ramifiés (dont les ramifications peuvent être extrêmement discrètes et visibles uniquement à
certains stades de la croissance) sont nombreux au sein de l'ordre des Actinomycetales.
. Les formes spiralées caractérisent les Spirochaetales mais aussi d'autres genres comme les genres
Helicobacter, Spirillum, Aquaspirillum...
Le mode de groupement, à condition de l'apprécier sur une culture jeune effectuée en milieu liquide et à
condition de tenir compte de l'aspect prédominant, est également un élément important pour orienter le
diagnostic. Les streptocoques, les entérocoques et les lactocoques forment typiquement des chaînes, les
staphylocoques des amas asymétriques (grappes), les sarcines des amas cubiques réguliers, les
corynébactéries des palissades ou des paquets d'épingles, les listéries des palissades ou des groupement en V
ou en L, etc.
La morphologie bactérienne semble correspondre à une adaptation des bactéries à leur niche écologique.
Les bactéries sphériques dont le rapport surface/volume est petit seraient avantagées dans des milieux riches
en nutriments. Inversement, les bacilles, dont le rapport surface/volume est plus grand seraient mieux
adaptés à une vie dans des milieux pauvres.
La forme pourrait aussi traduire la capacité des bactéries à se déplacer. D'une manière générale, les bactéries
mobiles sont rarement des coques, les bactéries flagellées ou mobiles par glissement sont principalement des
bacilles et une morphologie spiralée serait adaptée à un déplacement dans un environnement visqueux.

Structure générale
La structure fine des bactéries a été mise en évidence grâce à la microscopie électronique sur coupes
ultrafines. Il est classique de distinguer des structures obligatoires, présentes chez toutes les bactéries et des
structures dont la présence est facultative et caractérise des groupes bactériens (schéma 2).

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Les composants obligatoires sont constitués par le cytoplasme qui a généralement une structure homogène
et renferme essentiellement des ribosomes et parfois des éléments supplémentaires comme les substances de
réserve ou les magnétosomes. Dans le cytoplasme, l'appareil nucléaire ("chromosome") a un aspect
fibrillaire, il occupe une place importante et il n'est pas entouré par une membrane. La membrane
cytoplasmique entoure le cytoplasme et possède la structure classique avec deux feuillets phospholipidiques
contenant des protéines. À l'extérieur de la membrane cytoplasmique on trouve très généralement la paroi
dont la structure est variable selon les groupes de bactéries et qui forme une enveloppe rigide.
Les composant facultatifs sont des polymères de surface comme la capsule, des structures protéiques
externes comme la couche S, des appendices comme les flagelles, les pili et les fimbriae ou des structures
génétiques comme les molécules d'ADN extrachromosomiques appelées plasmides et les éléments
génétiques transposables (en fait de très nombreuses bactéries possèdent des plasmides et des éléments
génétiques transposables). On peut également considérer comme une structure facultative les endospores qui
caractérisent quelques genres bactériens et qui ne sont élaborées que lorsque les conditions de vie sont
défavorables.

Schéma 1 : Différentes formes bactériennes

I - Etude de la cellule bactérienne


Les bactéries sont des procaryotes. Leurs cellules ne possèdent pas de noyau limité par une membrane :
l'ADN se trouve dans une ou plusieurs régions diffus dans la cytoplasme. Ces êtres primitifs ne possèdent ni
réticulum, ni mitochondries, ni plastes.

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A - l'ultrastructure de la cellule bactérienne
Schéma 2 : Structure de la cellule bactérienne.

* Le mésosome joue un rôle dans la division de la bactérie, c'est un repli de la membrane plasmique
souvent en rapport étroit avec l'ADN bactérien.
Comme toutes les cellules, la bactérie contient un message héréditaire porté par une molécule d'ADN
circulaire et des outils (ribosomes, enzymes) capable d'en faire une entité autonome qui peut avoir un
métabolisme, croître et se reproduire.
* Mais en plus de ces éléments la bactérie possède une paroi
* Certaines bactéries peuvent également posséder une capsule.
Si la paroi est un élément obligatoire de la cellule bactérienne, la capsule, elle est un élément facultatif : la
plupart des espèces bactériennes n'en possèdent pas.
* Présence de vésicules à pigments photosynthétiques chez certaines espèces de bactéries
* Enfin certaines bactéries peuvent posséder des cils ou des flagelles (leur structure n'a rien de commun
avec les cils et flagelles des eucaryotes). Certaines peuvent aussi former des spores de résistance (organes
facultatifs).
B- Le rôle de la paroi
* la paroi donne la forme à la bactérie
* elle a un rôle de protection
* elle permet la différenciation de deux grands types de bactéries.

a) Constitution chimique de la paroi


Toutes les parois bactériennes sont constituées d'un muco-complexe (la muréine). c'est un hétéropolymère
constitué de glucosamine acétylée d'acide muramique et d'un acide aminé caractéristique des bactéries :
l'acide diaminopimélique.

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La muréine existe chez toutes les bactéries. Par contre certaines autres molécules (protéines, lipides) ne sont
présentes que dans la paroi de certaines espèces.

Muréine Protéine Lipides Bactérie type

+ - - GRAM +

+ + + GRAM -

On différencie ainsi les bactéries dites Gram + d'autres dites Gram -.


Pourquoi Gram +, pourquoi Gram - ?
Il s'agit ici d'une coloration différentielle des parois bactériennes dite de Gram.

Schématiquement :
* on étale et on fixe la bactérie sur une lame (frottis)
* on colore au violet de gentiane (ou cristal) phéniqué environ 1 minute
* puis on fait agir le liquide de lugol environ 1 minute
* on élimine le reste du lugol et l'on décolore à l'alcool

Après le traitement à l’alcool nous avons deux possibilités :


* l'alcool ne décolore pas les bactéries ; elles sont violettes : Gram +
* l'alcool décolore les bactéries (elles sont donc incolores) pour les voir on applique alors la coloration à la
Fuchsine phéniquée ou à la Safranine pendant 30 secondes ; elles sont roses : Gram-.

Conclusion : La constitution chimique de la paroi permet, grâce à la réaction de gram, de mettre en


évidence 2 grands groupes de bactéries : les Gram + et les Gram -

b) La paroi peut être l'agent de la pathogénicité -

C - Rôle de la capsule (lorsqu'elle existe)

a) De nombreuses bactéries sont pourvues d'une capsule (pneumocoque, bacille du charbon)

La constitution de celle-ci est variable ce qui permet de classer une espèce, par exemple pneumocoque, en
différents types :

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* La capsule du pneumocoque contient des polysaccharides variés suivant les types. Par exemple le type III
contient de l'acide glycuronique + glucose
* d'autres types contiennent du galactose ; d'autres encore du mannose. On a ainsi pu déterminer 33 types
différents présentant du point de vue immunologique des réactions différentes.

b) La capsule peut être l'agent de la pathogénicité

Exemple. : le pneumocoque mis en culture édifie sa capsule ; il est alors pathogène. C’est la forme S
(Smooth = lisse), appelée ainsi en raison de l'aspect des colonies qui se développent sur le milieu de culture
(schéma du haut).

La colonie vieillissant, et après un certain nombre de repiquages la bactérie perd sa pathogénicité. Elle est
du type R (Rought - rugueux). La bactérie a muté la capsule n'est plus fabriquée. (variation brusque et
héréditaire provoquée par divers agents mutagènes naturels (schéma en haut).

Conclusion : la capsule n'est pas indispensable à la vie du pneumocoque mais lui confère pathogénicité
et protection.

D - La reproduction des bactéries

* La multiplication par bipartition est la plus courante chez les bactéries : le chromosone circulaire (ADN)
se dédouble et la cellule se divise en deux : c'est la reproduction conforme (voir ci-dessous).
* Notion de croissance exponentielle y = 2x avec x = nombre de génération.

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Division d'une bactérie. Le chromosome circulaire de la bactérie est sans doute attaché à une invagination de la membrane
plasmique ou mésosome (1). Après duplication du chromosome (2), la bactérie s'allonge dans sa partie centrale et les
chromosomes-fils, s'écartent l'un de l'autre (3). Enfin un étranglement médian sépare les deux cellules filles (4) (d'après J.-P.
Changeux, 1965).

NUTRITION ET CROISSANCE DES BACTERIES (PROCARYOTES)

Introduction
Selon les conditions environnementales, une bactérie existe sous deux états principaux : (i) l'état végétatif
durant lequel sont assurées des biosynthèses équilibrées permettant une croissance plus ou moins rapide et
(ii) l'état de repos caractérisé par un minimum d'échange avec le milieu extérieur et par une survie sans
multiplication.

Chez les bactéries la croissance peut se traduire par une augmentation de volume des cellules, mais elle
conduit principalement à une augmentation du nombre de cellules.

L'état de repos est un état précaire qui nécessite l'absence de conditions létales et la présence d'un minimum
de substrats assimilables afin d'assurer le métabolisme de base de la cellule. Dans une population au repos, il
existe toujours un taux de mortalité dont l'importance dépend des conditions ambiantes. Dans les conditions
de conservation optimale (lyophilisation ou congélation à - 70 °C) le taux de mortalité est faible mais il n'est
pas nul.

Pour assurer sa croissance ou sa survie, une bactérie doit trouver dans son environnement de quoi satisfaire
ses besoins nutritifs : substances énergétiques permettant à la cellule de réaliser la synthèse de ses
constituants et substances élémentaires ou matériaux constitutifs de la cellule.

Nutrition

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Toutes les bactéries ont besoin d'eau, d'une source d'énergie, d'une source de carbone, d'une source d'azote
et d'éléments minéraux. Ces besoins élémentaires sont suffisants pour permettre la nutrition des bactéries
qualifiées de prototrophes. Certaines bactéries qualifiées d'auxotrophes nécessitent, en plus des besoins
élémentaires, la présence de facteurs de croissance.

Eau
L'eau représente 80 à 90 p. cent du poids cellulaire. Elle joue un rôle fondamental en solubilisant les
nutriments, en assurant leur transport et en assurant les réactions d'hydrolyse. Un paramètre appelé Aw
(activity of water, activité de l'eau) quantifie la disponibilité de l'eau. Dans un nutriment, une partie de l'eau
est plus ou moins liée aux composants (sels, protéines) et elle n'est pas disponible pour les micro-
organismes qui ont besoin d'eau libre pour se développer. L'activité de l'eau se définit comme le rapport de
la pression de vapeur saturante du milieu à la pression de vapeur saturante de l'eau pure à la même
température. Ce rapport, inférieur ou égal à 1, peut être assimilé à l'humidité relative du milieu. Les
bactéries exigent un certain seuil d'humidité et pour des Aw faibles, leur croissance est ralentie.

Certains germes ne se développent que pour une valeur de l'Aw supérieure à 0,97. C'est le cas des
Acinetobacter spp. (Aw > 0,99) ou de Clostridium botulinum (Aw > 0,97). Les Salmonella spp. ou
Escherichia coli commencent à se multiplier pour une valeur de l'Aw supérieure à 0,95. Staphylococcus
aureus se multiplie à partir de 0,85 mais la production éventuelle de toxines n'est possible que pour des
valeurs supérieures à 0,97. Listeria monocytogenes peut supporter une valeur de l'Aw de 0,83 et les
bactéries halophiles une valeur de 0,75.

Les endospores peuvent survivre dans un environnement dépourvu d'eau libre.

Le degré d'humidité des aliments a une influence sur leur conservation et leur séchage est un procédé de
conservation fondé en partie sur la diminution de l'Aw.

Source d'énergie
Selon la source d'énergie, les bactéries se divisent en phototrophes et chimiotrophes.

La source d'énergie des bactéries phototrophes est la lumière. Si la source d'électrons est minérale, les
bactéries sont qualifiées de photolithotrophes et si la source d'électrons est organique, les bactéries sont
photo-organotrophes.

Les bactéries chimiotrophes puisent leur énergie à partir de composés minéraux ou organiques. Si le
donneur d'électrons est minéral, les bactéries sont chimiolithotrophes et si le donneur d'électrons est
organique, les bactéries sont chimio-organotrophes.

Source de carbone
Le carbone est l'élément constitutif le plus abondant chez les bactéries.

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Les bactéries phototrophes et la plupart des bactéries chimiolithotrophes peuvent utiliser le dioxyde de
carbone (CO2) comme unique source de carbone et elles sont dites autotrophes. Pour les autres bactéries la
source de carbone assimilable doit être un substrat organique et ces bactéries sont qualifiées de
hétérotrophes.

Le dioxyde de carbone seul ne permet pas la survie des hétérotrophes, mais il joue cependant un rôle
important chez ces bactéries. En effet, la croissance de nombreuses espèces bactériennes hétérotrophes est
impossible en l'absence de dioxyde de carbone et une atmosphère enrichie en dioxyde de carbone favorise la
croissance de certaines espèces comme les Brucella spp., Capnocytophaga spp., Neisseria spp.,
Campylobacter spp., Haemophilus spp., Taylorella spp. ...

Les bactéries hétérotrophes peuvent dégrader de nombreuses substances hydrocarbonées : alcools, acides
organiques, sucres ou polyholosides. La liste des substrats carbonés utilisables par une souche bactérienne
comme unique source de carbone et d'énergie constitue l'auxanogramme de la souche. Les techniques
auxanographiques, généralement réalisées en milieu liquide et en utilisant des microméthodes (systèmes
API, BioLogue, ...), sont utilisées pour l'identification des souches et pour des enquêtes épidémiologiques.
La bactérie à étudier est placée dans un milieu dépourvu de toute source de carbone autre que celle apportée
par le nutriment dont on veut étudier l'assimilation. Selon que la bactérie est capable ou non d'assimiler le
nutriment qui lui est proposé, on observera une culture (présence d'un trouble) ou une absence de culture (le
milieu reste limpide).

Source d'azote
La synthèse des protéines nécessite des substances azotées.

L'azote moléculaire est fixé par quelques bactéries vivant en symbiose avec des légumineuses ou des
champignons ou par des bactéries jouant un rôle dans la fertilisation des sols.

Pour la majorité des bactéries la source d'azote est constituée par d'autres composés inorganiques
(ammoniac, sels d'ammonium, nitrites, nitrates) ou par des sources organiques (groupements amines des
composés organiques).

Éléments minéraux
Le souffre et le phosphore sont particulièrement importants.

. Le souffre est présent dans certains acides aminés (groupement thiol) et il est le plus souvent incorporé
sous forme de sulfate ou de composés souffrés inorganiques. Pour certaines bactéries, le souffre doit être
apporté sous forme organique (méthiononine, cystéine, biotine, thiamine) qui se confond avec le besoin en
facteurs de croissance.

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. Le phosphore fait partie des acides nucléiques, de nombreuses coenzymes et de l'ATP. Il est incorporé sous
forme de phosphate inorganique.

Le sodium, le potassium, le magnésium et le chlore jouent un rôle dans l'équilibre physico-chimique de la


cellule.

D'autres éléments comme le fer, le manganèse, le molybdène, le calcium, le vanadium ou le cobalt sont des
oligoéléments nécessaires à des concentrations très faibles.

Dans l'organisme, le fer est lié à la transferrine ou à la lactoferrine et il n'est pas directement disponible pour
les bactéries. Aussi, pour assurer leur multiplication, les bactéries pathogènes ont développé des
mécanismes leur permettant de capter le fer chélaté à la transferrine et à la lactoferrine.

Facteurs de croissance
En présence d'eau, d'une source d'énergie, d'une source de carbone, d'une source azote et d'éléments
minéraux, de nombreuses bactéries sont capables de croître et elles sont qualifiées de prototrophes. Les
bactéries auxotrophes nécessitent, en plus, un ou plusieurs facteurs de croissance qu'elles sont incapables de
synthétiser.

Un facteur de croissance ne doit pas être confondu avec un métabolite essentiel. Les facteurs de croissance
et les métabolites essentiels sont des composés organiques strictement nécessaires à la nutrition. Toutefois,
un métabolite essentiel peut être synthétisé par une bactérie alors qu'un facteur de croissance doit être
présent dans l'environnement car la bactérie est incapable de le synthétiser. Dans un milieu contenant du
glucose, une source d'azote et des sels minéraux une bactérie telle que Escherichia coli est capable de se
multiplier alors que ce n'est pas le cas pour Proteus vulgaris. La croissance de Proteus vulgaris exige
l'adjonction supplémentaire de nicotinamide. La nicotinamide est indispensable pour la croissance de ces
deux espèces, mais contrairement à Proteus vulgaris, Escherichia coli est capable d'en assurer la synthèse.
La nicotinamide est un métabolite essentiel pour ces deux espèces, mais elle n'est un facteur de croissance
que pour Proteus vulgaris.

La notion de facteur de croissance est relative à un genre, à une espèce voire même à une souche.

Les facteurs de croissance sont des bases puriques ou pyrimidiques, des acides gras, des acides aminés, des
vitamines (coenzymes, précurseurs de coenzymes, groupements prosthétiques de diverses enzymes) ou
diverses composés comme l'hème et ses dérivés.

Les besoins quantitatifs en facteurs de croissance sont de l'ordre de 10 µg/mL pour les bases puriques ou
pyrimidiques, les acides gras ou les acides aminés et de l'ordre de moins de 1 µg/mL pour les vitamines. En
ce qui concerne le facteur X, selon les espèces et les souches, les exigences des Haemophilus spp. varient de
0,1 à 200 µg/mL et les exigences en facteur V sont comprises entre 0,2 et 25 µg/mL.

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La croissance d'une bactérie auxotrophe peut être proportionnelle, dans certaines limites, à la concentration
d'un facteur de croissance ce qui permet un dosage des facteurs de croissance par voie microbiologique. Un
exemple classique est le dosage microbiologique de la vitamine B12 en utilisant une souche de
Lactobacillus leichmannii ou la souche Escherichia coli 113, auxotrophes pour la vitamine B12.

Un anti-métabolite est un analogue structural d'un facteur de croissance, capable d'entrer en compétition
avec ce dernier et d'inhiber la croissance d'une souche auxotrophe. Ainsi, le para-aminobenzène
sulfanylamide (ou PAS) est une molécule proche de l'acide para-aminobenzoïque (ou PAB) et il peut jouer
le rôle d'un anti-métabolite empêchant la croissance des bactéries auxotrophes pour le PAB.

Les besoins en facteur de croissance peuvent parfois être satisfaits par la présence d'une autre bactérie. Ce
mécanisme d'interaction métabolique, qualifié de syntrophie, se traduit sur un milieu solide par la présence
de colonies satellites (bactérie auxotrophe) se développant au voisinage de la bactérie productrice du facteur
de croissance.

Les différents types nutritionnels ou trophiques


Les différents types trophiques sont résumés dans le tableau ci-dessous.

Classe du besoin Nature du besoin Type trophique


Rayonnement lumineux Phototrophe
Source d'énergie Oxydation de composés Chimiotrophe
organiques ou inorganiques
Minéral Lithotrophe
Donneur d'électrons
Organique Organotrophe
Composé minéral Autotrophe
Source de carbone
Composé organique Hétérotrophe
Non nécessaires Prototrophe
Facteurs de croissance
Nécessaires Auxotrophe

Les bactéries d'intérêt vétérinaire et médical sont principalement des bactéries chimio-organotrophes. Elles
sont généralement hétérotrophes et elles peuvent être prototrophes ou auxotrophes.

Les bactéries appartenant à la classe des Chlamydiae et à l'ordre des Rickettsiales tirent leur énergie des
cellules qu'elles parasitent et elles sont qualifiées de paratrophes.

Facteurs physico-chimiques intervenant dans la croissance bactérienne

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L'utilisation des nutriments par les bactéries dépend des conditions d'environnement susceptibles d'inhiber
ou de favoriser le développement bactérien.

Température
La température influence la multiplication et le métabolisme. Selon leur température optimale de croissance,
on distingue schématiquement diverses catégories de bactéries.

. Les bactéries mésophiles préfèrent une température moyenne comprise entre 20 et 40 °C.

. Les psychrotrophes ont une température optimale de multiplication de 20 à 25 °C, mais elles peuvent
également cultiver à 0 °C.

. Les bactéries psychrophiles ont une température optimale de croissance située aux environs de 10 °C, mais
elles peuvent cultiver à 0 °C.

. Les cryophiles peuvent se développer à des températures négatives. Par exemple, Trichococcus
patagoniensis, isolé en Patagonie des fèces de pingouins, cultive à - 5 °C.

. Les thermotrophes se développent à 50 °C, mais leur température optimale de croissance est comprise
entre 30 et 40 °C.

. Les thermophiles se multiplient préférentiellement entre 45 et 55 °C.

. Les hyperthermophiles ont une température optimale de croissance supérieure ou égale à 70 °C.
Methanothermus sociabilis cultive à 97 °C, Pyrobaculum islandicum cultive à 100 °C, Pyrococcus furiosus
a une température optimale de croissance de 100 °C, Pyrodictium occultum a une température optimale de
croissance de 105 °C, Methanopyrus kandleri cultive à 110 °C et le record semble être détenu par Pyrolobus
fumarii apte à se multiplier à 113 °C.

Les bactéries constituant les flores bactériennes des mammifères ainsi que les bactéries pathogènes pour les
mammifères et les oiseaux sont des bactéries mésophiles. Les bactéries psychrotrophes et psychrophiles
jouent un rôle important car elles peuvent contaminer et altérer des produits biologiques (sang et dérivés du
sang) ainsi que des aliments conservés à basse température.

pH
La majorité des bactéries se multiplient préférentiellement à des pH voisins de la neutralité (6,5 à 7,5), mais
elles sont capables de croître dans une large gamme de pH. Par exemple, Escherichia coli peut se multiplier
pour des pH compris entre 4,4 et 9,0.

Certaines bactéries qualifiées de acidophiles préfèrent un pH acide. C'est le cas des lactobacilles dont le pH
optimal est de 6. Parmi les bactéries n'ayant pas d'intérêt en biologie vétérinaire, on peut citer

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Thermoplasma acidophilum dont le pH optimal est compris entre 0,8 et 3 et Thiobacillus thiooxidans dont le
pH optimal de croissance est de 2 et qui peut se multiplier à un pH de 0.
Inversement, les bactéries basophiles (ou alcalophiles) préfèrent des pH alcalins. Ainsi, le pH optimal est de
9 pour la multiplication de Vibrio cholerae, il est compris entre 8,5 et 9,5 pour Exiguobacterium
aurantiacum et Alkaliphilus transvaalensis est capable de croître à un pH de 12,5.

Au cours des cultures, le métabolisme bactérien engendre des composés acides ou basiques qui seraient
susceptibles d'entraver la multiplication bactérienne. Pour éviter ces variations de pH, les milieux de culture
sont tamponnés, le plus souvent en utilisant des tampons phosphates.

Pression osmotique
Les bactéries, à l'exception des Mycoplasmatales, sont peu sensibles aux variations de pression osmotique
car elles sont protégées par leur paroi. Toutefois, certaines espèces marines sont adaptées à des milieux
contenant environ 35 g de NaCl par litre.

Selon leur sensibilité à la pression osmotique, on distingue trois groupes de bactéries.


. Les bactéries non-halophiles capables de croître dans des milieux dont la concentration en NaCl est
inférieure à 0,2 M.

. Les espèces halophiles ne pouvant croître que dans des milieux contenant des concentrations en NaCl
supérieures à 0,2 M pour les moins halophiles (Cobetia marina) à 5,2 M pour les plus halophiles
(Halococcus morrhuae, Halobacterium salinarum, Halorubrum sodomense).
. Les espèces halotolérantes comme les Staphylococcus spp., les Listeria spp. ou les Lactobacillus spp.
La conservation des aliments comme Lguedid, les salaisons ou les confitures fait appel à une augmentation
de la pression osmotique. Ces procédés ancestraux de conservation ont recours à l'addition de sel ou de
sucre qui limitent la croissance de nombreuses bactéries. Seules les bactéries osmophiles se multiplient en
présence de fortes concentrations de sucre et seules les bactéries halophiles se multiplient en présence de
fortes concentrations de sel.

Oxygène
C'est vis-à-vis de l'oxygène que les exigences gazeuses des bactéries sont précises.
. Lors de leur métabolisme énergétique certaines bactéries utilisent l'oxygène moléculaire comme accepteur
final d'électrons. Ces bactéries ont obligatoirement besoin d'oxygène libre et elles sont qualifiées d'aérobies.
. Au contraire, les bactéries anaérobies ne peuvent se multiplier et survivre qu'en l'absence d'oxygène. Ce
sont des bactéries qui ne possèdent ni catalase ni peroxydase ni superoxyde dismutase et qui sont donc
incapables de détoxifier les composés formés lors de réactions d'oxydation (comme l'eau oxygénée ou l'ion
superoxyde).
. Les bactéries aéro-anaérobies peuvent croître aussi bien en présence qu'en absence d'oxygène.

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. Les bactéries anaérobies-aérotolérantes tolèrent l'oxygène mais leur croissance est meilleure en
anaérobiose.
. Les bactéries micro-aérophiles ont besoin d'oxygène, mais elles ne supportent pas une tension en oxygène
équivalente à celle de l'air et elles ne peuvent se multiplier qu'en présence d'une faible tension d'oxygène.
La mise en évidence du type respiratoire est schématisée dans la figure ci-dessous.

Schéma 3 : Mise en évidence du type respiratoire des bactéries

La culture des bactéries aérobies ou aéro-anaérobies ou anaérobies-aérotolérantes ne présente pas de


difficultés particulières car l'incubation peut être réalisée dans l'atmosphère ambiante. En revanche la culture
des bactéries anaérobies et micro-aérophiles nécessitent une incubation dans une atmosphère dépourvue
d'oxygène (bactéries anaérobies) ou appauvrie en oxygène (bactéries micro-aérophiles).

Milieux de culture
De très nombreux milieux de culture sont utilisés en bactériologie et ils peuvent être classés selon de
nombreux critères, mais toutes les classifications se recoupent. Seules les classifications basées sur la
consistance, sur la composition et sur l'utilisation seront brièvement envisagées ci-dessous.

Classification selon la consistance


D'après leur consistance on distingue les milieux liquides ou bouillons et les milieux solides.

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Les milieux solides ont permis un progrès décisif en bactériologie car ils permettent la croissance des
bactéries en colonies isolées et donc leur séparation et leur purification. En 1881 Koch utilisa la gélatine
pour solidifier les milieux. La gélatine présentait cependant deux inconvénients : elle fond aux alentours de
25 °C et elle est liquéfiée par de nombreuses bactéries. Ultérieurement Hesse proposa de remplacer la
gélatine par la gélose ou agar-agar. La gélose, extraite d'algues, est un polyoside qui possède la propriété de
fixer une grande quantité d'eau (jusqu'à 500 fois son poids). Elle est soluble dans l'eau à 100 °C et elle reste
en surfusion jusqu'à 40 °C, température à laquelle elle se gélifie. Une fois gélifiée, il faudra la chauffer à
nouveau à 100 °C pour obtenir sa liquéfaction. Cela signifie qu'au cours d'une incubation, généralement
effectuée à des températures variant de 20 à 45 °C pour les bactéries d'intérêt vétérinaires, la gélose restera
solide. Lorsque la gélose est en surfusion, par exemple aux alentours de 45 °C, on peut lui ajouter des
produits biologiques comme du sang, du sérum ou du lait, sans que ces produits biologiques soient altérés
par la chaleur. Enfin la gélose présente deux autres avantages : elle n'est que rarement attaquée par les
bactéries d'intérêt vétérinaire et elle est transparente ce qui permet une observation aisée des colonies.

Classification selon la composition


Les milieux de culture doivent contenir quantitativement et qualitativement les nutriments exigés pour la
croissance et l'entretien des bactéries. Leur pH est généralement compris entre 7 et 7,6, leur isotonie
correspond généralement à une solution de NaCl à 9 p. 1000 et leur taux d'humidité doit être suffisant pour
permettre la croissance de la grande majorité des bactéries.

a) Les milieux naturels ou empiriques,

Ils sont très utilisés et sont préparés à partir de constituants d'origine animale (macérations ou décoctions de
tissus, peptones, œuf, gélatine, lait, ...) ou d'origine végétale (pomme de terre, levure, soja, ...). Leur
composition n'est pas parfaitement définie et, pour un même milieu, elle peut varier d'un lot à un autre.

. Les macérations et les décoctions sont obtenues en laissant séjourner dans l'eau des tissus tels que du
muscle, du foie ou de la cervelle. Au bout de quelques heures on récupère une solution riche en sels
minéraux, en vitamines hydrosolubles, en protéines peu dégradées et en glucides. L'extraction aqueuse peut
s'effectuer à froid et on parle de macération ou s'effectuer à chaud (100 °C) et on parle de décoction. Ces
macérations et décoctions sont commercialisées sous le nom d'extraits de viande.

. Les peptones occupent une place très importante dans la préparation des milieux de culture. Ce sont des
mélanges de composés solubles dans l'eau et résultant de l'action d'enzymes protéolytiques sur diverses
protéines. Leur classification repose sur la nature de l'enzyme protéolytique (peptones pepsiques,
pancréatiques, trypsiques, papaïniques, etc.) et sur l'origine des protéines (peptones de viande, de caséine, de
gélatine, de soja, etc.). Pour désigner une peptone il faut donc indiquer le nom de l'enzyme et celui de la
protéine. Par exemple, on parlera de peptone pancréatique de viande, de peptone trypsique de cœur, etc. La

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composition des peptones est très variable. Ainsi, les peptones pepsiques contiennent des polypeptides
complexes dépourvus d'acides aminés libres et ce sont donc des produits très peu dégradés. Inversement les
peptones pancréatiques renferment des polypeptides simples avec une forte proportion d'acides aminés
libres.

Deux exemples de milieux naturels sont donnés ci-dessous.

. Gélose nutritive : macération de viande (1 litre), peptone trypsique (15 g), NaCl (5 g), agar-agar (15 à 20
g).

. Gélose trypticase-soja : peptone trypsique de caséine (15 g/L), peptone papaïnique de soja (5 g/L), NaCl (5
g/L), gélose (15 g/L).

b. Les milieux synthétiques

Ils ont une composition parfaitement définie. Ils sont constitués de corps purs chimiquement définis et
dissous dans de l'eau distillée en proportions déterminées. C'est le cas par exemple du milieu urée-indole
dont la composition est la suivante : L-tryptophane (0,3 g), KH2PO4 (0,1 g), K2HPO4 (0,1 g), NaCl (0,5 g),
urée (2 g), alcool à 95 (1 mL), rouge de phénol à 1 p. cent (0,25 mL), eau distillée (100 mL).

c. Les milieux semi-synthétiques

Ils contiennent des substances chimiques pures en proportions déterminées et des produits d'origine
naturelle. La plupart des milieux actuellement commercialisés sont des milieux semi-synthétiques. Par
exemple, la gélose lactosée au bromocrésol pourpre (BCP) contient (en grammes par litre d'eau distillée) 5 g
de peptone, 3 g d'extraits de viande, 10 g de lactose, 15 g d'agar-agar et 0,025 g de pourpre de bromocrésol.

Classification selon l'utilisation


La classification d'après l'utilisation permet de distinguer quatre grands types de milieux.

a) Les milieux usuels ou de base

Ils sont d'un emploi aussi général que possible. Il convient cependant de remarquer qu'aucun milieu n'est
apte à assurer la croissance de toutes les bactéries.

Les milieux d'isolement qui peuvent être des milieux usuels, des milieux enrichis (avec du sang, du sérum,
...), des milieux électifs ou d'enrichissement permettant la culture abondante et rapide de certaines bactéries
alors que la majorité des espèces s'y développent lentement et des milieux sélectifs permettant la croissance
d'une ou de quelques espèces alors que la multiplication de la majorité des autres espèces est entravée. Un
effet sélectif est obtenu en jouant sur les facteurs physico-chimiques (pH, pression osmotique) ou par
l'utilisation d'agents bactériostatiques ou bactéricides (colorants, antibiotiques).

b) Les milieux d'enrichissement et les milieux sélectifs

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Ils sont actuellement très nombreux et ils permettent d'isoler une ou quelques espèces bactériennes même au
sein d'une flore complexe.

c) Les milieux d'identification

Ces milieux permettent la mise en évidence des caractères biochimiques des bactéries et de résoudre les
problèmes d'identification différentielle.

d) Les milieux de conservation

Ce sont des milieux pauvres au sein desquels les bactéries survivent dans un état de vie ralentie.

Conclusion
L'étude de la nutrition et de la croissance bactérienne est riche d'applications :

Elle permet de définir les paramètres assurant une culture optimale des bactéries (atmosphère gazeuse,
température, pression, etc.).

Elle permet la confection de milieux servant à cultiver, à isoler et à identifier les bactéries ainsi qu'à étudier
leur sensibilité aux antibiotiques.

Dans l'industrie, elle permet de fabriquer des denrées alimentaires (vinaigres, yaourts, laits fermentés,
choucroutes, ...), d'obtenir des substances d'origine bactérienne (toxines, certains antibiotiques, certains
insecticides, protéines recombinantes) et d'obtenir des cellules bactériennes en grand nombre en vue de la
préparation de vaccins ou de réactifs (antigènes utilisables dans le diagnostic).

Elle permet de réaliser des contrôles de stérilité (mesure de l'inactivation des bactéries après stérilisation) ou
de densité bactérienne (contrôles de la qualité de l'air, contrôles des surfaces) ou le contrôle des denrées
alimentaires et des eaux de boisson (recherche de bactéries responsables de toxi-infections alimentaires,
recherche de bactéries responsables d'altérations, recherche de bactéries signant une contamination fécale).

Elle permet la mise au point de méthodes permettant de limiter la croissance bactérienne dans les aliments
ou diverses substances biologiques (action du froid, de la chaleur, de l'acidité, de la salinité, de l'atmosphère
gazeuse, etc.).

Chapitre II : Contaminations bactérienne et virale des eaux.

I- Microorganismes pathogènes et incidence sur la santé :


L’eau, élément vital, chargé de symboles, de culture et des spiritualités, n’est jamais, par le passé, été traitée
comme une marchandise banale. Par son caractère essentiel et indispensable à la vie humaine, l’eau doit être

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considérée comme un trésor naturel qui mérite une attention particulière. Dans ce contexte, l’accès à une eau
de boisson saine doit être un droit économique et social de tout être vivant. Malheureusement, ce n’est pas le
cas actuel puisque des populations humaines très importantes en sont privées.
Les eaux de surface contiennent de nombreux microorganismes comme des bactéries, des virus, des
protozoaires, des algues,… Certains de ces microorganismes sont des résidants naturels de ces eaux ; ils sont
appelés des autochtones. Ces microorganismes autochtones jouent un rôle considérable dans les cycles bio-
géochimiques de divers éléments constitutifs de la matière vivante comme le carbone, l’oxygène, l’azote ou
le soufre. D’autres microorganismes, au contraire, sont induits accidentellement dans les eaux de surface ;
ce sont des allochtones. La majorité des microorganismes allochtones des eaux de surface sont d’origine
fécale. Parmi les microorganismes allochtones susceptibles d’être présents dans les milieux aquatiques
naturels, certains sont responsables de diverses maladies chez l’homme. Très souvent véhiculés par les eaux
usées, les bactéries et les virus d’origine fécale sont les principaux microorganismes qui altèrent la qualité
sanitaire des eaux de surface.

I. 1. Pouvoir pathogène

Le pouvoir pathogène peut être défini comme étant la propriété que possèdent certains germes de provoquer
une maladie sur ou dans un hôte. Ainsi, on peut partager les microorganismes en deux groupes :
- des microorganismes pathogènes
- des microorganismes saprophytes ou non pathogènes
Bien qu’il soit bien difficile d’opposer bactéries pathogènes et bactéries saprophytes, dans la mesure ou le
pouvoir pathogène n’est que la résultante complexe de l’action d’un microorganisme et de la réceptivité
d’un hôte. Ainsi, on peut distinguer des bactéries pathogènes ou pathogènes spécifiques pour évoquer le
pouvoir de certaines espèces bactériennes comme Salmonella typhi, Shigella dysentriae, Clostridium
botulinum, ou de certaines pathotypes comme les Escherichia coli ETEC, de provoquer des troubles
spécifiques (une fièvre typhoïde, une dysenterie, le botulisme, une gastro-entérite) chez l’homme bien
portant, et de bactéries pathogènes opportunistes pour faire référence à celles qui engendrent des troubles
non spécifiques (ex : une septicémie) chez un sujet réceptif, immunodéprimé, aux défenses amoindries.
La bactérie pathogène est celle qui a le pouvoir de s’implanter, de se multiplier chez l’hôte et de produire
des troubles. Pour étudier et comprendre le pouvoir pathogène de la bactérie, on essaie d’identifier les
différents constituants qui interviennent puis d’analyser leur structure et leur mode d’action. La
pathogénicité dépend de plusieurs facteurs ou composants bactériens qui ont une succession d’activités ou
des activités complémentaires ou intercurrentes.

I. 2. Transmission hydrique
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Les maladies d’origine hydrique sont des infections, qui sont dues à un agent infectieux, bactérie, virus,
protozoaire, ou parasite. Pendant plusieurs siècles, les maladies bactériennes d’origine hydrique ont été
responsables de vastes épidémies de dysenterie, fièvre typhoïde, choléra… Les infections hydriques
représentent une des causes les plus importantes de maladie dans les pays en voie de développement. Ces
maladies hydriques sont la principale cause de mortalité infantile de nombreux pays du tiers-monde. La
mise en évidence, au 19 siècle, du caractère hydrique de ces épidémies couplée aux progrès de l’hygiène
collective et individuelle, de la nutrition, de l’antibiothérapie, des vaccinations et des techniques de
production d’eau potable et d’épuration des eaux usées ont permis aujourd’hui l’éradication relative tout au
moins dans le monde occidental des plus graves de ces maladies. L’introduction des contrôles
bactériologiques des eaux de surface et des eaux destinées à la consommation humaine a également
contribué, dans les pays développés, à la régression de ces épidémies qui constituent, par contre, encore un
fléau dans la plupart des pays en voie de développement. Ainsi, l’organisation mondiale de la santé (OMS)
considère qu’aujourd’hui la mauvaise qualité microbiologique des eaux consommées reste la première cause
de problèmes de santé.
Certains microorganismes responsables d’infections chez l’homme :

Bactéries Virus Protozoaires Parasites

Homme

I. 3. Quelques exemples d’infections bactériennes

Le tableau I reprend quelques bactéries pathogènes responsables d’infections d’origine hydrique. Parmi ces
bactéries, les plus connues sont les espèces du genre Salmonella qui sont presque toutes pathogènes
(responsables de fièvres typhoïdes et paratyphoïdes ainsi que de gastroentérites) et les Escherichia coli dont
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certaines souches sont responsables de gastro-entérites et diarrhées. Ces bactéries pathogènes, qui sont
principalement amenées vers les eaux de surface par les rejets d’eaux usées domestiques et les rejets
d’élevage, peuvent contaminer l’homme soit par consommation directe d’eau, soit lors d’un bain ou d’un
contact avec des eaux à usage récréatif, soit par consommation d’aliments contaminés par l’eau.

I. 4. Quelques exemples d’infections virales

Les virus sont des entités particulières qui se situent entre les êtres vivants et les macromolécules. Ils ont
une organisation beaucoup plus simple qu’une cellule. Ils sont incapables de se multiplier par eux mêmes et
se comportent comme des parasites obligatoires des cellules vivantes dont ils détournent le fonctionnement.
Les virus sont constitués par un génome entouré ou protégé par une coque protéique, la capside. Le génome
peut être une molécule ADN ou ARN. La présence et la possible transmission de virus dans l’eau ont été
initialement démontrées vers 1950 par la détection de poliovirus chez des singes traités par des échantillons
de l’environnement. Depuis là, les découvertes de nouveaux virus, le diagnostic de gastroentérites non
bactériennes et la reconnaissance d’épisodes épidémiques pouvant être causées par la transmission de virus
entériques dans l’environnement (exemple hépatite A) ont entraîné le développement de la virologie des
milieux hydriques.
Le tableau II montre certains des principaux virus pathogènes pour l’homme.

II- Les normes et le contrôle de la qualité microbiologique de l’eau


L’eau peut ainsi être un facteur de dissémination des microorganismes pathogènes. Le suivi et le contrôle de
la qualité microbiologique de l’eau sont donc un élément majeur dans la préservation de la santé publique. A
l’heure actuelle, les contrôles sanitaires des eaux de surface sont généralisés pour les eaux de baignade et
celles utilisées pour la production d’eau potable. La potabilité de l’eau a pour premier critère l’absence de
danger microbien. Les microbiologistes en ont fait au départ la traduction suivante : absence de tout germe
pathogène. Bien que l’absence de danger ne soit pas toujours synonyme de l’absence de tout germe
pathogène, l’exigence d’absence de pathogène ne peut apporter qu’un surcroît de sécurité.
Malgré son apparente simplicité, ce critère microbiologique de salubrité de l’eau manque d’opérationnalité.
Il est d’abord irréaliste de vouloir vérifier l’absence de tous les microorganismes pathogènes ayant des effets
de santé significatifs dans la population. Ensuite, pour un pathogène choisi, la recherche directe dans l’eau
brute pose un problème majeur : sa présence dans l’eau est irrégulière. Elle dépend de l’état sanitaire de la
population productrice des matières fécales polluantes. Il faudrait pratiquer sa recherche avec une très
grande fréquence, voire en permanence. Enfin, les techniques d’analyse sont difficiles et les délais
d’obtention des résultats sont longs.

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Ainsi, lorsqu’un pathogène est détecté dans l’eau, les consommateurs ont généralement été déjà contaminés
et il est tard pour agir.
Les hygiénistes ont remplacé le critère « absence de tout germe pathogène », signal négatif irréaliste, par
le critère « possibilité de présence de germe pathogène » signal positif très commode.
Les agents pathogènes transmissibles par l’eau (connus à l’époque) étant tous des bactéries d’origine fécale.
Les hygiénistes ont proposé d’utiliser des bactéries fécales banales, traceurs d’une contamination fécale de
l’eau, comme indicateurs d’une présence possible de pathogènes dans cette eau.
Ainsi, dans la plupart des cas, le contrôle microbiologique de l’eau repose principalement sur la recherche et
le dénombrement de certaines espèces ou groupes de bactéries, les plus représentatives d’une contamination
fécale. Ces bactéries, dont la présence ne constitue pas un risque pour la santé, sont appelées des indicateurs
de contamination fécale.
Ainsi, E. coli est un indicateur de contamination fécale ; sa présence laisse planer un risque, celui de la
présence de bactéries ou de virus pathogènes d’origine fécale (Salmonella, Shigella, entérovirus, etc.)
Les normes représentent l’ensemble des régles et des mesures à entreprendre pour définir la qualité d’une
eau. Ces normes définissent, pour divers types de populations bactérienne et virale, à la fois une norme
impérative à ne pas dépasser et une norme guide. Les normes de qualité définissent, en plus des niveaux de
contaminations acceptables, les méthodes d’analyse.

II. 1. Les Indicateurs :


Les microorganismes aérobies revivifiables :
C’est la flore microbienne totale. Cette flore regroupe deux catégories de germes bactériens : les germes
saprophytes et autochtones, qui se développent à des températures relativement basses (20°C), et des germes
allochtones, qui se multiplient à 37°C. A 37°C, (température du corps humain) on sélectionne les
microorganismes provenant de l’homme ou des animaux à sang chaud, de leurs sécrétions, de leurs flores
naturelles et en particulier des matières fécales.
Ce partage peut être remis en cause car de nombreux germes, considérés généralement comme des
saprophytes, sont capables de se développer à 37°C.
La recherche et le dénombrement de ces bactéries est souvent considérée comme accessoire,
comparativement aux autres tests. Il est en effet illusoire de vouloir définir le degré de pureté d’une eau, sur
la base de son contenu en bactéries totales. Chaque type d’eau est souvent caractérisée par une charge
bactérienne spécifique (ex : eau souterraine, eau de rivière de haute montagne, lacs de barrage…). La
signification du nombre de bactéries dans un échantillon doit être interprétée différemment, selon qu’il
s’agit d’une eau de captage, d’une distribution, d’une eau au cours de son traitement, ou encore d’une eau
minérale.

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Les Coliformes
Les coliformes sont des bacilles à Gram négatif, non sporulés, oxydase négative, aérobies ou anaérobies
facultatifs, capables de se multiplier en présence de sels biliaires ou d’autres agents de surface ayant des
propriètés équivalentes et capables de fermenter le lactose, avec production d’acide et de gaz en 48h à une
température de 35-37°C. Le terme coliformes thermotolérants se rapporte aux coliformes ayant les mêmes
propriétés à 44°C. Le groupe comprend en général quatre type de germes E. coli, Klebsiella, Citrobacter et
Enterobacter.
La majorité des espèces constituant le groupe des coliformes fécaux ont comme habitat naturel l’intestin des
animaux à sang chaud. Ce ci souligne le rôle de ces germes en tant qu’indicateurs de la contamination
d’origine fécale.

Les streptocoques Fécaux


La classification générale des streptocoques a été considérablement modifiée, durant ces dernières années.
Le genre Streptococcus regroupe des germes qui sont tous des chimiohétérotrophes qui ferment les sucres
avec comme produit majeur de l’acide lactique mais pas de gaz ; ils réalisent donc une fermentation
homolactique. Quelques espèces du groupe sont anaérobies plutôt que facultatives.
Il s’agit d’un genre vaste et divers et il est difficile de classifier ces bactéries de façon satisfaisante. Selon
Bergey’s Manual, Les 29 espèces du genre sont subdivisées en 5 groupes principaux :
Les streptocoques pyogènes hémolytiques
Les streptocoques oraux
Les entérocoques
Les streptocoques lactiques
Les streptocoques anaérobies
Grâce aux techniques d’hybridation et de séquençage, le genre unique original est maintenant séparé en trois
genres différents : Streptococcus, Enterococcus et Lactococcus.
Les membres de ces trois genres ont une importance pratique considérable. Des streptocoques pyogènes
sont généralement pathogènes et associés à la formation de pus. Le groupe des entérocoques qui rassemble
des espèces d’origine intestinale et quelques espèces du genre streptococcus sont recherchés en tant
qu’indicateur de la contamination fécale.

Bactéries anaérobies sulfito-réductrices, Clostridium


La recherche des bactéries anaérobies sulfito-réductrices, ou Clostridium sulfito-réducteurs est
habituellement prise en compte dans les réglementations destinées à garantir la qualité des eaux
d’alimentation. Tous ces germes ont un point commun, celui de réduire le sulfite de sodium en sulfure. Cette
propriété est mise à profit, dans des milieux de culture solides préparés à cet effet ; en présence de sels de

- 25 -
fer, les bactéries qui réduisent le sulfite de sodium, produiront des colonies entourées d’un halo noir dû à la
formation de sulfure de fer. Ce ne sont pas les formes végétatives qui sont recherchées, mais les formes
sporulées ; le chauffage permet d’éliminer toute la flore non sporulée qui est abondante, en particulier celle
des entérobactéries qui peuvent former de l’H2S à partir de composés soufrés organiques ou minéraux.
Malheuresement, d’autres bactéries sporulées, les Bacillus, qui sont aérobies, peuvent aussi réduire le sulfite
et introduire une importante cause d’erreur. La recherche des spores de Clostridium perfringens, indicateur
de contamination fécale, pourrait être confrontée aux problèmes de confusion avec les autres types de
Clostridium qui ne sont pas forcément indicateurs de contamination fécale. Grâce à la combinaison des
milieux sélectifs et les conditions de culture (incubation à 48°C) on augmente les chances d’isoler C.
perfringens.

Les bactériophages et entérovirus


Comme pour le cas des bactéries d’origine fécale, les virus entériques et certains bactériophages
(coliphages…) sont drainés par les eaux usées. Par ailleurs, des études ont rapporté de fortes charges en ces
particules au niveau des eaux usées domestiques. Par conséquent, ils sont considérés comme de bons
indicateurs de contamination fécale. Plusieurs auteurs ont noté une très bonne corrélation entre les
coliphages et les entérovirus. Suite à leur temps de survie très important dans les milieux aquatiques les
coliphages sont de bons indicateurs de la contamination fécale, même très ancienne. Ils sont souvent utilisés
comme des indicateurs d’efficacité de traitement.
Les bactériophages sont souvent recherchés pour substituer les entérovirus.
Explication du schéma de recherche de bactériophage (ex : coliphages).
Les indicateurs bactériens : usages et limites
Souvent, les indicateurs sont considérés comme indices d’une contamination possible de l’eau. Ces
indicateurs doivent répondreà un certain nombre de critères :
La bactérie indicatrice doit convenir pour une analyse de tous les types d’eau : alimentaire, fluviale,
souterraine, conservée, à usage récréatif, estuarienne, marine, usée.
La bactérie indicatrice doit être présente chaque fois que des agents pathogènes entériques sont présents.
La bactérie indicatrice doit survivre plus longtemps que le germe pathogène entérique le plus résistant.
La bactérie indicatrice ne doit pas se multiplier dans l’eau contaminée et présenter ainsi une valeur
exagérée.
La technique de détermination de l’indicateur doit avoir une grande spécificité. En d’autres mots, les autres
bactéries ne devraient pas donner de résultats positifs. De plus, la technique devrait avoir une grande
sensibilité et détecter de faibles quantités de l’indicateur.
La méthode de mesure doit être facile à utiliser.
L’indicateur doit être sans danger pour les êtres humains.

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La concentration de la bactérie indicatrice doit refléter de façon directe le niveau de pollution fécale dans
l’eau contaminée.
Dans les pays industrialisés où les mesures d’hygiène se sont développées, les grandes épidémies
historiques (choléra, dysenterie bacillaire, fièvres typhoïdes et paratyphoïdes) ont régressé, puis disparu. En
effet, il faut connaître les dangers et les risques pour mieux les combattre. Le contrôle bactériologique, basé
sur la recherche des indicateurs de contamination fécale, a été le complément indispensable des traitements
de filtration et stérilisation qui ont permis de detruire les agents infectieux et d’éradiquer les infections.
Les limites des indicateurs bactériens :
 survie ou cultuvabilité
 représentativité (faible teneurs)
 Remèdes : développement de nouvelles techniques : recherche d’enzymes spécifiques, techniques
moléculaires PCR

Chapitre III : Méthodologie du contrôle bactériologique des eaux :


Choix des stations de prélèvement sur le site d’étude
Le choix des stations de prélèvement est dicté par la nature des objectifs attendus. Ainsi, une station de
prélèvement doit être choisie de telle sorte qu’elle reflètera et donnera la représentation la plus évidente
possible du milieu étudié.
Exemple : cas d’une rivière, d’un lac de barrage, d’une daya…
Echantillonnage, prélèvement, conservation et transport des échantillons
Les analyses qui seront effectuées dans une station doivent correspondre à l’état réel des variables
recherchées dans cette station. Vue l’inopérationnellité d’analyse de toute l’eau d’une station pour la
détermination des variables recherchées, le recours au traitement de fractions statistiquement
représentatives demeure la solution la plus plausible. Ainsi, un nombre d’échantillons sera prélevé à partir
ce chaque station.
Choix et stérilisation des récipients :
Le récipient, dans lequel le prélèvement sera réalisé, doit être propre mené d’un bouchon pour assurer une
protection totale contre toute contamination, préalablement nettoyer et stériliser.
Prélèvements : Ils doivent être effectués d’une façon aseptique afin d’éviter toute contamination éventuelle.
Après la collecte des échantillons, ces derniers seront conservés dans de la glace fondante (entre 1 et 4°C)
pour éviter toute évolution éventuelle des populations bactériennes. Le délai maximum entre le prélèvement
et le début de l’analyse ne doit pas excéder 24 heures, l’échantillon étant maintenu à moins de +4°C et qu’il
est préférable de raccourcir ce délai lorsque l’eau présumée très polluée.

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Les échantillons non utilisés doivent être conservés au réfrigérateur pour un éventuel examen de contrôle ou
cas ou les premières analyses ont donné des résultats inattendus. Le second examen n’aura qu’une valeur
indicative.
Analyse des échantillons
Traitement des échantillons :
Dans le milieu aquatique, la majorité des bactéries vivent agrégées les unes autres ou en formant des flocs
bactériens. Par conséquent, la dissociation et la dispersion de ces agrégats et flocs bactériens demeurent
indispensables avant toute tentative de dénombrement. Il existe différentes techniques de dispersion telles
que : l’agitation mécanique (manuelle ou automatique), la sonification, l’action de certaines substances
chimiques (tween 8O, pyrophosphate de sodium, KOH, …).
Méthodes générales de dénombrement après concentration
In situ par adsorption sur de la gaze hydrophile
Ces types de prélèvements sont utilisés pour rechercher une espèce bactérienne qui risque de ne se trouver
qu’en faible quantité dans l’eau à analyser. C’est le cas par exemple des recherches de bactéries pathogènes
comme les Salomnella dans les rivières ou les eaux de distribution publique. La concentration est obtenue
par des dispositifs qui captent les bactéries contenues dans un très grand volume d’eau et permettent de les
isoler de ce milieu liquide.
Le principe de la technique est d’obtenir un échantillon enrichi en bactéries en utilisant le liquide
d’expression d’un tampon de gaze hydrophile immergé dans un courant de l’eau à étudier, pendant un temps
donné, en moyenne équivalent à 24 heures.
au laboratoire par filtration sur membranes
C’est la technique de concentration la plus utilisée au laboratoire. Le plus généralement, on procède à une
filtration sur membranes en esters de cellulose, de porosité 0,22m ou 0,45m, susceptibles de retenir les
bactéries. Schéma classique de filtration sur membranes.
Méthodes générales de dénombrement direct par numération des colonies après
ensemencement sur/ou dans une gélose nutritive
Dans ce type de techniques, les bactéries maintenues dispersées dans un milieu solide (ou à sa surface)
donnent naissance, dans des conditions favorables, à des colonies isolées les unes des autres qui peuvent être
dénombrées aisément. Connaissant le volume de l’inoculum (échantillon ou ses dilutions), il est possible
d’exprimer le résultat final du dénombrement en fonction d’un volume d’eau pris comme unité : x colonies
pour 1 ml, ou y colonies pour 100 ml. Dans le cas ou les échantillons sont collectés d’un site riche en
bactéries et afin d’éviter les phénomènes de confluence et de compétition, il est indispensable de diluer les
prélèvements selon une technique logique appropriée. Plusieurs diluants peuvent être utilisés : eau distillée
stérile, eau physiologique stérile, tampon phosphate, eau peptonnée…

Une fois les séries de dilutions sont établies, l’ensemencement peut être effectué soit par :

- 28 -
- la méthode d’incorporation
Cette méthode consiste à mélanger dans une boite de Pétri de 90 à 100 mm de diamètre, 1ml d’échantillon
ou ses dilutions et 15 ml de milieu de culture gélosé, fondu et ramené à une température de 45°C environ.

- la méthode par étalement en surface


Un faible volume de l’échantillon est réparti avec un étaloir stérile (pipette Pasteur repliée « en râteau » sur
la surface d’une gélose en boîte de Pétri. Pour une boîte de 90 à 100 mm de diamètre, ce volume ne peut
guère excéder 0,2 ml.
Méthode générale de dénombrement en milieu liquide par détermination du nombre le plus
probable (NPP ou MPN)
Cette méthode est une estimation statistique du nombre de microorganismes supposés distribués dans l’eau
de manière parfaitement aléatoire. Dans ce type de méthode, les bactéries se multiplient librement dans le
milieu liquide. En cas de présence, l’ensemble du milieu liquide inoculé vire à la « positivité » (trouble ou
virage de l’indicateur). Un jugement quantitatif est possible en jouant sur les volumes de la prise d’essai. La
précision s’accroît avec le nombre de replicats par dilution. Cette méthode permet, en fonction du nombre
de tubes ou puits « positifs » dans chaque série, d’indiquer la valeur statistiquement la plus probable :
nombre le plus probable (NPP).
Méthodologie : En pratique, on ensemence des dilutions successives de l’eau à analyser (par exemple : 100,
10-1, 10-2) à raison de 3 à 5 tubes de milieu de culture liquide par dilution. Après incubation, on notera le
nombre de tubes inoculés présentant une culture visible indiquant la présence d’au moins un
microorganisme (tubes positifs).
Systèmes d’ensemencement : Les cinq systèmes les plus utilisés sont les suivants :
1. Trois tubes sont ensemencés avec chacun 10 ml d’eau, trois autres avec chacun 1 ml d’eau, trois
autres avec 0,1 ml d’eau.
2. Système analogue au précédent ; mais l’ensemencement porte sur cinq tubes par série au lieu de
trois.
3. Utilisation des 96 puits d’une microplaque pour différentes dilutions.

Détermination du nombre caractéristique, ensuite lire sur la table le nombre NPP correspondant.
Avantages et inconvénients des dénombrements sur milieux liquides :
Avantages : La sensibilité de cette méthode est excellente.
Inconvénients :
- Difficulté de mettre en évidence, dans un milieu liquide une bactérie, minoritaire par rapport à d’autres,
qui risque si le milieu n’est suffisamment sélectif en sa faveur, de disparaître du fait de la compétition
bactérienne.
- L’impossibilité d’isoler une bactérie de son milieu
- La lourdeur des manipulations. La technique impose des repiquages pour confirmer la positivité des
tubes d’inoculation.

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Dénombrement des germes totaux par épifluorescence
La méthode par épifluorescence microscopique donne directement le nombre total de germes. Elle est
relativement plus rapide et sensible. Elle ne permet pas la différenciation des bactéries selon des critères
taxonomiques, d’activité métabolique ou de viabilité. La différenciation entre cellules bactériennes et débris
nécessite un technicien expérimenté. La méthode comprend une fixation permettant la conservation, une
coloration avec un composé fluorescent, une filtration sous vide sur membrane en polycarbonate non
fluorescente et une numération avec un microscope à épifluorescence.
Expression des résultats :
Nombre de carrés Facteur
Nombre de Nombre moyen du filtre x de dilution
germes totaux = de germes par x
par ml carré Volume d’échantillon (en ml)

Recherche et dénombrement des indicateurs de contamination


a. Coliformes
Au total, trois types d’examens colimétriques peuvent être distingués :
- La recherche et le dénombrement de l’ensemble des coliformes (coliformes totaux)
- La recherche et le dénombrement des coliformes fécaux
- La recherche et le dénombrement des seuls Escherichia coli.

Milieux de culture
Géloses lactosées :
Géloses lactosées au TTC et Tergitol 7 :
Solution A : 5g
Extrait d e viande
Peptone 10 g
Extrait de levure 6g
Lactose 20 g
Bleu de bromothymol 0,05 g
Agar 20 g
Eau distillée 1 litre
Chauffer jusqu’à parfaite dissolution, ensuite répartir dans des flacons à raison de 100 ml par flacon de 150
ml. La stérilisation est faite à 120 °C pendant 20 min. Après mettre au bain marie à 45°C.
Solution B :
Dissoudre 0,05 g de chlorure de 2, 3,5-triphényltétrazolium (TTC) (le TTC est rapidement réduit par
presque tous les coliformes, sauf E. coli et Enterobacter aerogenes, en un produit coloré en rouge) dans 100
ml d’eau distillée. Filtrer ou stériliser à l’autoclave à 120°C.
Solution C :

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Dissoudre 0,20 g de Tergitol 7 (l’heptadécylsulfate de sodium qui permet l’inhibition de la flore secondaire
indésirable) dans 100 ml d’eau distillée. Stérilisation par filtration ou autoclavage.
A chaque flacon de milieu de culture, ajouter 5 ml de la solution B et 5 ml de la solution C. Homogénéiser
et répartir en boites de Pétri.
Il existe d’autres milieux de culture autres que la gélose lactosée au tergitol 7 et TTC, à savoir :
Gélose lactosée au lauryl sulfate de sodium avec le rouge de phénol comme indicateur de pH.
Gélose de Mac conkey, sels biliaires, cristal violet, lactose, rouge neutre …
Pour le NPP, le milieu de culture utilisé est Bouillon lactosé au lauryl sulfate pour le test présomptif et le
bouillon lactosé bilié au vert brillant pour la confirmation.
Techniques de recherche : Membranes de filtration,

Type d’examen Technique de Type du Température Durée Lecture des Nécessité de test
colimétrique recherche milieu de d’incubation d’incubation résultats de confirmation
culture
- Membranes de Gélosé 37°C 24 H Comptage de Non
filtration colonies
- Etalement en caractéristiques
Recherche des surface de
coliformes milieux sélectifs Gélosé 37°C 24 H “
totaux - NPP

Liquide 37°C 24 H Table M.G. “


- Membranes de Gélosé 44,5°C 24 H Comptage de Non
filtration colonies
- Etalement en caractéristiques
Recherche des surface de Gélosé 44,5°C 24 H
coliformes milieux sélectifs
fécaux - NPP

Liquide 44,5°C 24 H Table de M.G.


Recherche des E. - NPP Liquide 44,5°C 24 H Table de M.G. Oui
coli

b. Streptocoques fécaux et Enterococcus


Sous la dénomination générale de « streptocoques fécaux », il faut entendre l’ensemble des streptocoques
possédant la substance (acide teichoïque) antigénique caractéristique du groupe D de Lancefield ; il s’agit
essentiellement E. faecalis, E. faecium, E. durans, E. hirae, S. bovis, S. suis et S. equinus. Les méthodes de
recherche et de dénombrement sont analogues à celles des coliformes et seuls les milieux de culture qui
diffèrent.

Ensemencement de milieux gélosés : Par membranes de filtration, ou par incorporation


Milieux de culture :
Milieu de Slanetz et Bartly (g / litre)
Peptone 20 g
Extrait de levure 5g
Glucose 2g

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Monohydrogénophosphate de sodium 4g
Azide de sodium (NaN3) 0,4 g
Agar 10 g
Chauffer jusqu’à dissolution complète sans dépasser 100°C. Ramener à 50°C et ajouter 10 ml d’une solution
à 1% de TTC.
Milieu « Bile Esculine Agar » (Milieu BEA)
Milieu de base additionné de bile de bœuf, azide de sodium, esculine, citrate ferrique ammoniacal. Les
streptocoques du groupe D de Lancefield hydrolysent le glucoside d’esculine en glucose et esculétine.
L’esculétine forme avec les ions ferriques un complexe vert olive à noir, ce qui donne un aspect noir aux
colonies de streptocoques fécaux.
Ensemencement de milieu liquide :
Milieu de Rothe normal
Peptone 20 g
Chlorure de sodium 5g
Glucose 5g
Monohydrogénophosphate de potassium 2,7 g
Dihydrogénophosphate de potassium 2,7 g
Azide de sodium (NaN3) 0,2 g

Stérilisation à 121°C pendant 20 min.


Confirmation par ensemencement du milieu de Litsky.
Peptone 20 g
Chlorure de sodium 5g
Glucose 5g
Monohydrogénophosphate de potassium 2,7 g
Dihydrogénophosphate de potassium 2,7 g
Azide de sodium (NaN3) 0,3 g
Solution d’éthyl violet 5 ml

A partir des tubes présumptifs, on ensemence le milieu de Litsky par 3 öses bouclées. L’incubation à 37 °C
pendant 24-48H. L’apparition de trouble microbien confirme la présence de streptocoques fécaux.
c. Flore mésophile hétérotrophe revivifiable
Après dilution des échantillons, des volumes précis sont étalés à la surface ou dans de la gélose nutritive en
boites de Pétri. L’incubation est réalisée à 25°C pendant une semaine.
Les résultats sont exprimés en UFC/ml.
d. Les Clostridium et leurs spores
La recherche des spores de Clostridium s’effectue selon la technique suivante :
Les formes végétatives, en général, sont tuées par chauffage du matériel à analyser à 80°C pendant 10 min.
Les clostridies se révèlent par réduction de sulfite (Na2SO3) en sulfure (H2S) qui réagit avec le sel de fer
pour donner le sulfure de fer noir.

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La recherche des spores de C. perfringens est la plus intéressante. Cependant, il est difficile, de sélectionner
ces spores des autres sans agir au niveau du milieu et des conditions de culture.
Milieu de culture : Gélose viande-foie + sulfite de sodium + sulfate de fer et de potassium +1 ml de D-
cyclosérine à 4% par 100 ml de milieu de culture. L’incubation habituelle est réalisée à 37 °C. Pour
amplifier les conditions de sélection des spores de C. perfringens, l’incubation pourrait être réalisée à 48°C.
Lecture des résultats : les colonies noires correspondent au germe recherché.

Méthodes de recherche de quelques bactéries spécifiques :


a. Salmonella
Principe :
Un très grand nombre de méthodes de recherche sur divers types de milieux sont disponibles. La recherche
dans l’eau doit habituellement inclure une phase de pré-enrichissement, de sélection puis de confirmation.
A cause de leur nombre faible, de difficultés de survie, compétition. Ceci implique la nécessité d’utilisation
de milieux d’enrichissements sélectifs.
Milieu de pré-enrichissement : eau peptonée tamponnée 37°C pendant 16 H
Milieu d’enrichissement : Vert malachite-chlorure de magnésium, Bouillon cystine-sélénite, Bouillon au
tetrathionate = milieu de base + solution de thiosulfate de sodium + solution d’iode + solution de vert
brillant + solution de bile de bœuf. 37°C pdt 48 H
Milieu d’isolement :
Gélose Salmonella-Shigella. Gélose lactosée au vert brillant et rouge de phénol, Gélose Hektoen.
Confirmation :
Recherche de la fermentation du glucose +
Recherche de l’utilisation du lactose -
Recherche de la production d’hydrogène sulfuré +
Recherche de l’uréase -
Recherche de la tryptophane désaminase -
Recherche de l’indol -
Recherche de la LDC +
Recherche de la mobilité +

Etudes sérologiques pour définir les sérotypes des souches de salmonelles.


b- Vibrio cholerae
Enrichissement dans l’eau peptonée alcaline et saline, isolement sur TCBS.
Dénombrement par la technique NPP
Sérotypage pour savoir s’il s’agit de souches pathogènes O1 ou O139.
c- Aeromonas
Isolement sur gélose PADE. Dénombrement par la technique dilutions-étalements. Identification pour
détermination du genre et des espèces bactériennes.

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Méthodes de recherche de bactériophages :
Principe :
Les bactériophages fécaux sont détectés par addition d’une bactérie indicatrice choisie, E. coli pour les
coliphages ou Salmonella typhimurium pour les phages spécifiques aux salmonelles. Après réplication des
phages dans la culture bactérienne en milieu gélosé sur boite de Pétri, on dénombre les plages de lyse.
Recherche, dénombrement et expression des résultats.

Origine de la contamination fécale :

Selon le rapport Coliformes Fécaux / Streptocoques Fécaux (CF/SF), l’origine de la contamination fécale
peut être définie.
- Origine humaine ; CF/SF > 4
- Origine mixte ; 0,7 < CF/SF < 4
- Origine animale ; CF/SF < 0,7

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