ESTRUCTURA DE MACROMOLÉCULAS

1. La secuencia Glu-Asn Ile –Glu- Val- Ile formará probablemente cadena β .

2. La presencia de cationes polivalentes o divalentes impide la formación de
triplexes.
3. La presencia de metil-citosinas estabilizan la triple hélice con tripletes d(G-
C-C)
4. Al añadir iones K+ se produce una pérdida de estructura de triple hélice en
segmentos polyd(G) al favorecerse la formación de hélices de cuatro
cadenas.
5. Las penetratinas son péptidos que son útiles para transportar
oligonucleótidos al interior de la célula.
6. Las regiones donde el RNA eucariota no forma reconocimientos de puente
de hidrogeno intracatenarios se denominan loops.
7. A pH ácidos el RNA forma una estructura denominada A’RNA que s
caracteriza por guaninas en conformación syn y 12 pares de bases por vuelta.
8. En caso q una estructura tenga alta propensión a dar hoja β y hélice a, dará
probablemente hélice α .
9. La parte Ctal de la glicoforina esta en la parte exterior de la célula.
10. la cristalografía de rayos X permite resolver la estructura de proteínas a
partir de cristales bidimensionales.
11. La bomba de Na/K es un ejemplo de transporte activo primario.
12. La metilación de citosinas facilita la transición a la forma Z del DNA.
13. En el G-DNA encontramos siempre tétradas de guaninas en las cuales 2 de
ellas están en conformación syn y las otras 2 en conformación anti.
14. En un RNA el puckering de las ribosas es típicamente C3’ endo.
15. La familia B del DNA comprende los tipos: B, C, D y H del DNA.
16. El twist es un movimiento de rotación respecto al eje z de un pb respecto a
su vecino.
17. Para realizar 5 mutaciones simultáneamente en un fragmento de 20 residuos
escogerás la muta génesis en plásmidos de cadena sencilla.
18. Esta claro que la estructura secundaria se forma justo antes de la formación
del “molten globule”.
19. Un oligo con fosforotioatos (un O del fosfato es substituido por un S) es
resistente a la acción de la RNAase H cuando se une al RNAm eucariota.
20. Los mecanismos de corte del RNA por parte de los ribozimas son dos:
hidrólisis ácida y transferencia aldólica.
21. El magnesio juega un papel fundamental en la estabilidad de los ribozimas.
22. El grupo hidroxilo en 2’ es esencial para la catálisis en los ribozimas.
23. La isomerasa de puentes disulfuro mejora el proceso de plegamiento a
impedir que se formen puentes disulfuro incorrectos de manera transitoria.
24. El proceso de funcionamiento de chaperonas moleculares como el complejo
CROEL-GROES implica el consumo de ATP.
25. La forma normal (no patológica) de la proteína priónica responsable de la
encefalopatía espongiforme (PRPc) es insoluble y tiende de manera
espontánea a agregar.
26. Las inmunoglobulinas D son proteínas responsables de la inmunidad de las
mucosas.
27. Una vez sintetizada una IgG suele durar toda la vida de un organismo
eucariota.
28. En las IgG hay puentes disulfuro intercatenarios, pero no intracatenarios.
29. En un campo de fuerzas clásico la barrera de torsión del enlace C-C del
eteno es superior a 5 kcal/mol.
30. La formula de la ecuación I daría el potencial de torsión asignado a una
torsión de un enlace simple como el C-C del CH3CH3 (V3 va en kcal/mol y
el ángulo φ en grados).
31. Para una torsión que deba de ser representada por medio de 2 términos de
Fourier (de periodicidad 1 y 2), la barrera máxima de rotación máxima será
igual V1 + V2.
32. El ángulo de fase de las 2’deoxyribosas del DNA es cercano a 40 grados.
33. La interacción entre dos moléculas de argón vendrá denominada por
interacciones de tipo dispersión-repulsión.
34. El molten globule es como una estructura nativa desordenada, con los
elementos fundamentales de empaquetamiento ya definidos.
35. Al realizar un experimento de desnaturalización y representar luego la curva
del grado de desplegamiento (eje y ) versus concentración de urea (eje x) te
esperas encontrar en la mayota de los casos un solo punto de inflexión.
36. Crees que el Rvw del átomo de O será más pequeño que el del átomo H.
37. Dado que el agua es un medio casi-infinito puedes suponer que su energía
libre no cambia sustancialmente durante el proceso de plegamiento.
38. La adenina tiene un grupo exoamino en posición 6 que actúa de dador de
puente de hidrogeno tanto en apareamientos hoogsten como wc.
39. La amplitud de puckering no varía excesivamente durante el movimiento
pseudorotacional de la ribosa.
40. Un ángulo de fase de 25 grados es uno de los propios del puckering c3’ exo.
41. c3’exo es lo mismo que 3(súper)T.
42. La conformación anti de los nucleósidos purinicos se estabilizan por puentes
de hidrogeno entre los grupos OH, básicamente entre el O5’H del azucar y
del grupo N3 de la purina.
43. El grupo CH2OH de la figura 2 esta en conformacion gt respecto la ribosa.
44. En un puente de hidrogeno wc a-t hay 2 pH: entre el N6H de ka adenosina y
el 04 de la timina y entre el N3 de la timina y el N1 de la adenina.
45. Para que se de n puente de hidrogeno hoogsteen entre C y G es necesario que
la C este protonada.
46. La unión por puente de hidrogeno de 2 bases nitrogenadas es muy favorable
en vacío o medios apolares, pero por contre en agua puede ser incluso
desfavorable.
47. El apilamiento GC es mas estable que el AT.
48. La espina de hidratación es especialmente estable en zonas alternas GC.
49. El B DNA es mas estilizado que el ADN A y por lo tanto tiene un residuo
mas por vuelta.
50. En el A DNA las bases están fuertemente inclinadas respecto al eje de la
hélice.
51. El surco estrecho de un Z DNA es muy estrecho (menos 3A) pero muy
profundo (mas de 10A).
52. Si eres una molécula que viaja contenta y alegro por el DNA y te encuentras
con un grupo exoamino de guanina, es señal de que posiblemete te estas
metiendo en un surco estrecho de B DNA.
53. El A DNA puede tener un papel clave en la formación de telomeros.
54. Nunca se ha detectado RNA con uniones fosfodiester 5’-2’.
55. En el DNA triple helice tenemos 2 cadenas de T, una y una de A. Las 2 de T
sn paralelas entre si y antiparalelas con la cadena central de la adenina.
56. Una droga que reconoce el surco estrecho no produce tanta distorsion local
en el DNA como un intercalador.
57. El RNA de transferencia carga por su extremo 5’ un aa.
58. El triplete del RNA, que une los aa es siempre el CCA.
59. La transición de formas B a Z del DNA en secuencias poli dGC se facilita a
altas concentraciones de sal.
60. Se forman duplex DNA- RNA durante la replicación del DNA
61. El radical hidroxilo es muy dañino para el DNA, ya que actúa como
cleavager (rompedor de la cadena del DNA). La rotura se da típicamente a
nivel de los fosfatos.
62. Las nucleasas son ejemplos de proteínas que interactuan de un modo
inespecifico con el DNA.
63. El nucleosoma esta formado por 2 ¾ de vuelta de DNA sobre un cilindro de
proteína.
64. Al tratar con nucleasa micrococal (condiciones suaves) un DNA estructurado
en nucleosomas y realizar una ulterior electroforesis aparecen bandas con
periodicidad de 10pb.
65. Las histonas H1 son las más exteriores del nucleosoma.
66. En caso de que una droga pueda intercalarse o ser minor groove binder, la
droga típicamente se intercalara.
67. El psoralen es un ejemplo clásico de intercalador que se utiliza para
estabilizar la formación e triples hélices con fines terapéuticos.
68. típicamente existe correlación lineal entre el número de cargas que soporta
un intercalador y su afinidad por el DNA (mayor carga positiva, mayor
afinidad por el DNA).
69. La técnica de predicción de estructura secundaria desarrollada por Chou y
pasman es con frecuencia aplicada para determinar de modo cualitativo la
preferencia de a o 310 de hélices de tamaño medio, mas de 6 residuos.
70. La rotación respecto al enlace C=C en CH2CH2 tiene una periodicidad de 3.
71. En sus trabajos en la década de los 80D Beveridge reporto abertura de las
bases (rotura de puentes de H intercatenarios, esto es breathing) en
simulaciones de dinámica molecular en un sistema con: un dodecámero de
DNA y 4000 moléculas de agua. Teniendo en cuenta que el breathing del
DNA suele ocurrir en escalas de tiempo entre nano o milisegundos,
consideras correcto o falso el resultado reportado por Beveridge?
72. Dos moléculas de agua se encuentran separadas por una distancia de 4A en
el vacío. La interacción más importante entre estas dos moléculas será la
electrostática.
73. En proteínas que tienen una vida extracelular, y por lo tanto deben soportar
condiciones externas, como venenos, te esperarías encontrar un porcentaje
elevado de Cys.
74. En general, puedes esperar encontrar frecuentemente las Phe agrupadas en el
interior de las proteínas, pero Leu e Ile suelen estar hacia el exterior.
75. Al plegarse una proteína se produce un aumento muy significativo en el
desorden del agua que rodea dicha molécula.
76. Un ácido nucleico se escribe de 3’ a 5’.
77. En un missmatching d(GT) te esperas que el bucle u el propeller twist sean
mas grandes que en un par canonico d(GC).
78. En la nomenclatura aceptada del DNA el mayor groove define la dirección
positiva del eje X.
79. El N7 de la guanina apunta hacia el surco ancho en un B DNA pero hacia el
surco estrecho de un A DNA.
80. El rendimiento teorico maximo de la tecnica de mutagenesis en casete es del
50%.
81. La interaccion de stacking purina-purina es en general mas fuerte que la de
pirimidina-purina.
82. Las formas A de los ac nucleicos son en general mas rigidas que las B.
83. Un fragmento polipetidico esta constituido por 4glu 3ala 3leu. Es una helice
α.
84. en general cuando tienes muchos aminoácidos apolares, con cadenas
laterales voluminosas (Val Ile) la hoja β suele ser as estable que la helice
α.
85. La rotacion del enlace C-O en el CH3-CH3 tienen una periodicidad de 3.
86. Las tecnicas de dinamica molecular deben emplear etapas de integración
pequeñas. En la practica, la mayoria de los autores emplean etapas del orden
de nanosegundo, lo que permite realizar dinamicas moleculares en el rango
del milisegundo.
87. Los puentes de hidrogeno son una de las interacciones mas importantes para
mantener la estructura secundaria de las proteinas.
88. Un puente salino tipico es el que se establece entre la glutamina y el acido
aspartartico.
89. La variación del termino entropico del agua durante el plegamiento de una
proteina es negativo.
90. De todos los posibles modelos de plegamiento de proteinas: 2 estados,
plegamiento lento, plegamiento en núcleos, solo el primero y el segundo son
capaces de explicar las medidas obtenidas por calorimetria diferencial.
91. En una proteina mitocondrial que debe realizar una compleja accion
enzimatica, esperrias un porcentaje muy elevado de puentes disulfuro.
92. Una Ala esta formando puentes de hidrogeno por su … tamaño. Por medio
de mutagenesis dirigida tradicional sobre la proteina puedes llegar a
determinar la contribución de ese puente de hidrogeno a la estabilidad de la
interaccion proteina-substrato
93. Desnaturalizmaos una proteina que posee puentes disulfuro añadiendo
primero bmercaptoetanol y después cloruro de guanidinio. Posteriormente
eliminaremos por etapas: primero el bmercaptoetanol y después el cloruro de
guanidino. La proteina se repliega correctamente, conserando al menos un
50% de su actividad.
94. La timina es una base primidinica que posee entre otros grupos funcionales
un grupo metilo en posicion 6 y un grupo keto en posición 2.
95. Watson i Crack basaron su modelo de reconocimiento entre pares de bases
en la afortunada suposición de que la forma tautomerica keto y amino eran
las mayoritarias.
96. La espina de hidratación de ha localizado del minor groove del B DNA,
tanto en estudios teoricos como en datos de cristal. Sin embargo, parece que
zonas ricas en guanina hacen que esta espina sea menos stable.
97. El RNA doble hebra suele adoptar una conformación similar a la del B
DNA.
98. EL extremo 3’ de un RNA de transferencia no está fosforilado.
99. El anticodon loop del RNA de transferencia contiene un triplete de bases que
reconocen al codon del RNAm. No obstante, en algunos casos parece que el
reconocimiento a la tercera base no es muy estricto.
100. En la estructura de un RNA de transferencia suelen encontrarse una o
varias bases diferentes a AUCC.
101. La histona H1 se encuentra empaquetada entre la H2A y la H2B
formando el corte del nucleosoma.
102. Las histonas suelen contener un numero muy elevado de residuos
básicos.
103. El DNA doble hebra da casi 3 vueltas sobre el núcleo proteico del
nucleosoma.
104. Se ha establecido que los genes activos contienen un porcentaje de
nucleosoma similar al de los genes inactivos.
105. El reconocimiento especifico del DNA por una droga del tipo groove
binder o proteina, precisa que la proteina o droga formen puentes de
hidrogeno con las bases. Para ello es preciso que los pares de bases se abran,
breathing.
106. Esperarias que una proteina que interacciona con el DNA lo haga
especialmente por el mayor groove.
107. Un intercalador introduce unas importantes distorsiones en la estructura
de la doble hebra de DNA. Entre ellas son especialmente relevantes las
modificaciones en el rise y en el twist en el lugar de intercalación.
108. La daunomycin o la elsamicin A son ejemplos de fármacos que cuentan
con una parte plana y un grupo voluminoso en uno de sus extremos.
Esperarias que el grupo voluminoso (en general un(os) azucar(es) cargado(s)
positivamente) se disponga a lo largo del minor groove.
109. Muchas de las estrategias para diseñar fármacos especificos que tengan el
DNA tumoral como diana se basan en que dicho DNA esta mucho más
activo que el de una celula normal.
110. En general crees que es una buena idea que una droga que interacciona
con el DNA tenga una muy elevada flexibilidad conformacional?
111. Un metodo que se suele emplear para predecir regiones susceptibles de
sulfatacion es el de seguir las regiones PEST expuestas en el exterior de
proteinas . (lo correcto seria decir que PEST se encarga de la degradacion
proteolitica).
112. BLAST es un ejemplo de programa bioinformatico que permite
determinar la similitud entre dos secuencias globales de proteinas. Esta
información puede servir para encontrar homologos conocidos de una
proteina problema.
113. Los perfiles PROSITE permiten determinar la funcion de nuevas
secuencias a partir del mantenimiento de la disposición tridimensional de
grupos de residuos claves.
114. Se dice que dos secuencias son homologas cuando tienen la misma
longitud y composición.
115. El limite de identidad entre secuencias que define la “Twilight Zone” es
entorno al 90% (Respuesta correcta: por debajo del 30%).
116. Los metodos de prediccion como el de Chou-Fasman asumen que la
propensión de una aminoácido a estar en una determinada estructura
secundaria depende de los 4 o 5 vecinos mas inmediatos.
117. Una de las reglas del metodo de Chou-Fasman es que tetrapeptidos con
<P(α )>< 0,9 y <P(turn)>><P(α )> son posiblemente giros.
118. PFAM es una base de datos de alineamientos que pueden utilizarse para
determinar familias de dominios homologos.
119. MODELLER es un ejemplo de programa de modelizacion de proteinas por
tecnicas de Threading.
120. El DNA de triple hebra no puede formarse en una secuencia poly(A).poly(T) si
se metila la posición N7 de las adeninas.
121. La ecuación que se muestra mas abajo seria util para reproducir el perfil
de rotacion del enlace C-C en el propanol.

Etor = 0,5 sum sum V3 (1+cos3φ )

122. Un tiempo normalmente usado para la integración de las ecuaciones de

Newton en la dinamica molecular es de 2ps ( si se restringen las vibraciones
de los enlaces).
123. La dirección positiva del eje de las ( en el sistema de referencia
helicoidal ideal de los acidos nucleicos) viene dada por el surco mayor.
124. Para una torsión que deba de ser representada por medio de 2 terminos de
Fourier (de periodicidad 1y 3), la barrera ,maxima de rotacion maxima sera
igual V1+V3.
125. Al realizar un experimento de desnaturalizacion y representar luego la
curva del grado de desplegamiento (eje y) versus concentración de urea (eje
x) te esperas encontrar en la mayoria de los casos un solo punto de inflexión.
126. Las rotamasas mejorarn el proceso de plegamiento al forzar el cambio
Prolinas cis a trans.
127. En el experimeto de Anfinsen el autor trató ribonucleasa con urea y b-
mercaptoetanol, desnaturalizandola totalmente. Después hizo dos alícuotas,
en la primera quito el b-mercaptoetanol primero y después la urea. En la
segunda alícuota quito primero la urea y después el b-mercaptoetanol.
Anfinsen encontro plegamiento correcto ( en cantidades apreciables) solo en
la segunda alícuota.
128. La entropía de la cadena polipeptidica permanece inalterada en el
proceso de plegamiento de una proteina.
129. El angulo de fase de las 2’deoxribosas del DNA es cercano a 40 grados.
130. La etapa limitante del plegamiento de una proteina que tiene puentes
disulfuros suele ser la isomeria de los mismos.
131. Los enzimas de restricción cortan acidos nucleicos normalmente a nivel
de enlace glicosidico.
132. La tecnica del Southern blotting implica el uso de sondas de DNA de
cadena sencilla.
133. En el metodo de Maxam & Gilbert se trata el DNA monohebra con
polinucleotido quinasa que lo marca en el etremo 5’ con fosforo radioactivo.
134. La conformacion C3’ endo de la deoxiribosa es siempre más estable que
la O1 exo.
135. La temperatura optima para el funcionamiento de la polimerasa que se
emplea en la PCR es 95 grados.
136. El stacking es en general mas favorable que la formación de puentes de
hidrogeno en un medio polar como el agua.
137. El Shift es un movimiento de traslación de un par de bases respecto al eje
de la helice.
138. La mutación G-C > G-T es un ejemplo de “transversion”
139. Los codones “sin sentido” son aquellos que proporcionan información
redundante.
140. El surco ancho de un DNA fisiologico es mas profundo que el surco
ancho de un RNA fisiologico.
141. En el fondo del surco ancho de un DNA fisiologico podemos encontrar el
N7 de la adenina.
142. En la familia B del DNA encontramos hélices que presentan entre 8 y 10
pb por vuelta.
143. Cuando una superhelice gira a la derecha decimos que el supercoling es
negativo.
144. Según la teoria topologica del DNA superhelicoidal Lk = Wr + Tw.
145. En el DNA de tipo Z econtramos nucleotidos en conformacion anti.
146. La bromacion de citosinas favorece la forma Z del DNA.
147. El G-DNA se encuentra en una region concreta del cromosoma llamada
cromatocentro
148. El duplex DNA-RNA adopta una estructura del tipo A, aun en
condiciones de hidratación elevadas.
149. La unica forma de variar el Twist number de un DNA circular es
rompiendo el esqueleto covalente. (Respuesta correcta si en vez de twist
fuera Linking number).
150. La histona H1 es una proteina externa al nucleosoma que especialmente
rica en Arg, con un porcentaje superior al 25%. (Respuesta correcta: Lys en
vez de Arg).
151. Al aumentar el roll en un fragmento consecutivo de un duplex se produce
curvatura del DNA.
152. El DNA se curva sobre el core proteico del nucleosoma de una manera
radual y uniforme.
153. El DNA entorno al core proteico del nucleosoma forma una superhelice
dextrogira.
154. En una triple helice del tipo antiparalelo el N3 de la putina Watson-Crick
sta accesible al solvente.
155. El twist tipico de B DNA es de 3,4 Amstrong
156. La forma cruciforme se puede formar en DNA con 2 cadenas
complementarias que tienen inverse repeat.
157. Los pseudo-nudos (pseudo-knots) se forman en RNA de transferencia.
158. Las regiones con capacidad de formar triples helices estan sobre-
expresadas en el genoma humano.
159. En una triada d(T-A-T) presente en un triplez pralelo al O2 de la timina
Hoogsteen apunta hacia la parte menor del surco mayor.
160. El tallo aceptor de un RNA(t) es una doble helice que tiene entre 9 y 12
pares de bases y acaba en un segmento desapareado CAA.
161. Al incubar con nucleasa micrococal cromatina eucariota y realizar una
electroforesis se encuentra una pauta de retardo de 10pb.
162. Los nucleosomas tienen aproximadamente el doble de masa de proteina
(contando la histona H1) que de DNA.
163. El termino cavitacion (para una molécula apolar) es mayor en el vacio
que en agua.
164. Al plegarse una proteina el numero de puentes de hidrogeno totales que
involucra a la proteina permanece aproximadamente constante.
165. La etapa limitante del plegamiento de una proteina parece ser la
formación del “molten globule”.
166. La etapa de integración maxima qe se emplea en calculos de dinamica
molecular donde se restringen grados de libertad es de 0,5fts.
167. La guanosina es uno de los nucleosidos que podemos encontrar con
relativa frecuencia en la conformacion sin respecto al enlace glicosidico.
168. La amplitud de puckering de las ribosas del RNA es en promedio de 15
grados.
169. La interacción entre dos moléculas de argon vendra determinada por
interacciones de tipo dispersión-repulsion.
170. Las enzimas de restricción reconocen secuencias palindromicas.
171. Disminuir el pH ayuda a aumentar la estabilidad de las triples helices
formadas por secuencias de poliadeninas y politiminas.
172. Se especula que existen proteinas que reconocen el Z DNA de manera
específica.
173. Un nucleosoma esta formado por ¾ partes de Ac Nucleico y ¼ de
proteina.
174. Se ha especulado que el Z DNA podria servir ara mantener los
nucleosomas en fase
175. El A DNA se da fundamentalmente en secuencias ricas en A y T.
176. En ua ribosa, la conformación cuya proteccion de Newman a lo largo del
enlace C4’C5’ nos permite ver el O5’ entre el O4’ y el H4’ la denominamos
trans gauche.
177. La conformación 1 (subíndice) E corresponde a la conformación C1’
endo.
178. La conformación C3’endo-C4’exo se encentra en la region Norte de ciclo
pseudorotacional.
179. En general parece que la conformacion GG del enlace exociclico es la
mas abundante tanto en purinas como en pirimidinas.
180. El extremo 5’ de un RNA de transferencia siempre acaba en 5’ACC3’.
181. El threathing es una tecnica que permite inferir modelos de estructuras
tridimensionales de proteinas a partir del conocimiento de la secuencia.
182. Los enzimas de restricción reconocen secuencias palindrómicas de 4 a 8
pares de bases.
183. Es fácil encontrar Pro en partes exteriores de las proteinas.
184. Es difícil encontrar una Pro en el medio de una helice alfa.
185. La elsamicina es una droga que intercala su fragmento disacárido en
pasos d(G-C).
186. Al analizar las bases de datos 3D se debe ver que L está más veces en el
core de la proteina que K.
187. Las técnicas de alineamientos multiples se emplean para la prediccion de
la estructura de proteinas por metodos de homologia.
188. No se conocen proteinas capaces de interaccionar con DNA monohebra.
189. La formación de estructuras tipo Hollyday Junction puede estar
involucrada en la estabilización de la union entre cromatidas.
190. La velocidad de digestión del DNA por la DNAasa I es la misma
independientemente a la secuencia.
191. La metilación de citosinas facilita la transición a la forma Z del DNA.
192. La histona H1 es exterior al core proteico del nucleosoma.
193. La relacion de aminoácidos basicos/acidos es mayor para la histona H1
que para la H2A.
194. El cilindro central de un nucleosoma tiene un diámetro aproximado de
100nm.
195. Está claro que la estructura secundaria se forma justo antes de la
formación del “molten globule”.
196. La rotacion de los enlaces peptidicos de las prolinas es a menudo
catalizada por las proteinas disulfide isomerases.
197. El puente disulfuro es una interaccion no covalente muy fuerte.
198. En un campo de fuerzas clasico la barrera de torsión del enlace C-C es
más grade en eteno que en etano.
199. O4’ endo de una ribosa es mas estable que O4’ exo.
200. En la primera etapa de un ciclo de PCR se procede a calentar
rapidamente la muestra hasta 70ºC para desnaturalizar el duplex.
201. El northern es una tecnica en la que normalmente se transfieren las
bandas de DNA obtenidas por electroforesis a un filtro de nitrocelulosa,
donde se hibridan con otros fragmentos de DNA.
202. Las formas tautomericas minoritarias de algunas bases como la timina
parecen estar involucradas en fenómenos de mutagenesis espontanea.
203. La tecnica de mutagenesis dirigida tradicional implica trabjar con DNA
monocatenario y tiene un rendimiento teorico maximo del 50%.
204. El surco estrecho de un A RNA es muy profundo.
205. La longitud del extra loop varia mucho de un RNA T a otro.
206. Añadir alcohol favorece la transición de la forma Z a la forma B del
DNA.
207. Una distancia tipica de puente de hidrogeno en sistemas bq es 3-3’5.
208. Normalmente la etapa de integración que se emplea en calculos de
dinamica molecular (cuando se eliminan las vibraciones de enlaces quimicos
es de 2ps).
209. Parece que la preponderancia de la forma de union Watson i crack in
vivo en el DNA viene determinada por la regularidad que le da a la doble
hebra más que por mayor estabilidad intrinseca de este tipo de apareamiento
respecto a otros.
210. Las formas superhelicoidales son a menudo las formas activas del DNA.
211. El bucle es un movimiento que implica una rotacion que rompe la
planaridad de los pares de bases del DNA.
212. El twist es un ejemplo de parámetro conformacional de rotacion de una
base con respecto a otra.
213. El B DNA posee una cadena de aguas altamente ordenada que se conoce
como spine y se une fundamentalmente a los N6 de las adeninas y O4 de las
timinas.
214. El roll es un movimiento de rotacion de un par de bases respecto al eje Z.
215. Parece que en un DNA fisiologico los azucares estan en una
conformacion en la region norte.
216. La superhelicidad negativa quiere decir que el DNA esta formando una
superhelice dextrogira.
217. Parece que en el G DNA se encuentran iones monovalentes (Cl-
fundamentalmente) en el canal central definido por los grupos aminos (en 2-)
de las guaninas.
218. Según la estructura 3D del nucleosoma resuelta por difracción de rayos X
en cristal, se ve que la curvatura del DNA entorno al core proteicos es
regular en toda la secuencia.
219. Al añadir un intercalador a un DNA circular hacemos de hecho variar su
linking number.
220. En un A RNA las bases se encuentran con una fuerte inclinación.
221. El duplex RNA-DNA es en general mas estable que el DNA-DNA
222. Añadir alcohol favorece la transición de la forma B a la forma A del
DNA.
223. Se ha descrito que la acetilacion de ciertos residuos de la
fosforilacion/desfofforilacion de residuos de las histonas puede tener un
papel funcional en la estructuracion/desestructuracion de los nucleosomas.
224. La quiralidad de los azucares de un arabino y un ribo derivados es
diferente.