Desarrollos en microbiología del suelo desde mediados de los años

sesenta.
Heribert Insam)
Instituto de Microbiología, Universidad de Innsbruck, Technikerstrab e 25,
A-6020 Innsbruck, Austria
Recibido el 10 de enero de 2001; recibido en forma revisada el 19 de
febrero de 2001; aceptado el 22 de febrero de 2001

Resumen

Desde la década de 1960, la microbiología del suelo experimentó

cambios importantes en los métodos y enfoques, y esta revisión se
centra en los desarrollos en algunos aspectos seleccionados de la
microbiología del suelo. La investigación en el número de células de
grupos específicos de bacterias y hongos se reemplazó por un enfoque
en los procesos bioquímicos, incluidas las actividades enzimáticas del
suelo y las mediciones de flujo de carbono y nutrientes. Los ecólogos se
centraron en los grupos de microbios del suelo, mientras que la biomasa
microbiana del suelo como fuente importante y sumidero de nutrientes
fue reconocida en la agricultura. Los microbiólogos del suelo comenzaron
a usar componentes estructurales como los ácidos grasos fosfolípidos
para la cuantificación de grupos microbianos específicos sin la necesidad
de cultivarlos. En la última década, los enfoques moleculares permitieron
nuevas perspectivas a través del análisis del ADN del extracto del suelo
que muestra una diversidad inesperada de genomas en el suelo. Al final
de la revisión, se ofrece una breve perspectiva sobre el futuro de la
microbiología del suelo, que abarca desde la identificación in situ de
bacterias hasta los análisis de rutina de comunidades microbianas
mediante tecnología de microarrays. q 2001 Elsevier Science B.V. Todos
los derechos reservados.

Palabras clave: microbiología del suelo; Revisión; Enzimas; Biomasa

microbiana; Volumen de negocios de N Ecología molecular

1. Introducción

La ecología microbiana, y más específica, la microbiología del suelo es

una subdisciplina dinámica y en crecimiento de la ciencia del suelo. Hay
una serie de nuevas revistas en este campo, pero también las revistas
tradicionales de ciencias del suelo atraen cada vez más los documentos
microbiológicos del suelo.
En 1967 se publicó el primer número de Geoderma. Treinta y cuatro años
es un período de tiempo prolongado en la mayoría de los campos
científicos y durante estos años, la microbiología del suelo se ha
desarrollado desde un campo de juego de científicos del suelo,
microbiólogos y químicos del suelo hasta una subdisciplina propia. Esta
revisión sobre microbiología del suelo con motivo de 100 volúmenes de
Geoderma tiene como objetivo presentar a los científicos del suelo la
importancia de los aspectos microbiológicos del suelo y la nueva
perspectiva que ofrecen las nuevas técnicas. Ofrece una breve
descripción histórica de los desarrollos dentro de la microbiología del
suelo y algunas reflexiones sobre las perspectivas futuras.

2. Impulsado por métodos.

El suelo es muy complejo con diversos nichos que se ofrecen a los

microorganismos del suelo. Teniendo que lidiar con fases sólidas, líquidas
y gaseosas, los microbiólogos del suelo necesitaban métodos adecuados
para estudiar su tema desde los inicios de este campo. La 'ecología de
los microorganismos del suelo' ŽParkinson et al., 1971. fue la referencia
estándar para los microbiólogos del suelo hace 30 años y era un folleto
relativamente delgado con 116 páginas. Hoy en día, abundan los libros
de métodos en microbiología del suelo y generalmente superan las 500
páginas Že.g., Weaver et al., 1994; Alef y Nannipieri, 1995; Schinner et
al., 1996; Van Elsas et al., 1997; Hurst et al., 1997 .. Se están abriendo
nuevas ventanas en la caja negra ŽFig. 1. En microbiología del suelo, se
observó que la simple extracción de suelos y el recuento de
microorganismos no es suficiente para caracterizar la microbiota del
suelo y su importancia para el funcionamiento de los suelos Že.g.,
Macura, 1974. Los métodos predominantes de enumeración celular
explican una fracción muy pequeña del número total de microbios, y no
revela información sobre la actividad del organismo contado. Ambos
métodos de extracción y enumeración están sujetos a sesgos y las
diferencias pueden ser tan grandes como tres órdenes de
Fig. 1. El suelo como una caja negra. Los microbiólogos del suelo abren
nuevas ventanas para investigar los microbios del suelo
comunidades, su composición y funciones ácidos grasos fosfolípidos;
detalles ver texto ...

tabla 1
Ža. Efecto del método de extracción en el recuento total de microbios
ŽSmith y Stribley, 1994.

Método de extracción Números bacterianos por gramo de materia

inorgánica.
Control de suelo dispersado. 8.5 = 108
Centrifugación repetida y resuspensión 1.5 = 109
ŽHopkins et al., 1991.
Partición acuosa de dos fases 1.3 = 1010
ŽSmith and Stribley, 1994.

Žb. Bacterias de suelo totales, viables y cultivables de un suelo de

campo de cebada ŽWinding et al., 1994. Extracción simple.
Método de conteo de números bacterianos del suelo gy1.

Recuento directo de naranja de acridina ŽAODC. Žtotal bacterias.

Bacterias reductoras de CTC Ž bacterias metabólicamente activas.
Unidades formadoras de microcolonia Žmicro-CFU.
Las bacterias que son capaces de realizar algunas, pero no más
divisiones celulares en agar.
Bacterias viables pero no cultivables.

1 = 109
3.5 = 107
2.5 = 107

Unidades formadoras de colonias ŽCFU. en placas de agar 7 = 106

Bacterias cultivables.
a Las incubaciones más largas, hasta 64 días, aumentaron el número de
UFC.

magnitud Ž Tabla 1 ..

A pesar de esta deficiencia, los métodos de enumeración celular han sido

durante mucho tiempo la opción principal para que los microbiólogos del
suelo obtengan datos cuantitativos. Los métodos de conteo tienen virtud
en los casos en que se estudia un organismo específico, pero es
recomendable verificar las cifras de los números microbianos en relación
con la aplicabilidad del método analítico.
Los datos en la Tabla 1 muestran que con los métodos de cultivo
tradicionales en placas de agar solo se tiene en cuenta un pequeño
porcentaje de la microflora total, y para el 99% restante falta información
fisiológica y taxonómica. Para la mayoría de los microbiólogos del suelo,
estos datos no fueron satisfactorios para comprender el funcionamiento
del suelo y la consecuencia fue intentar medir procesos como las
actividades enzimáticas o la fijación de N y la nitrificación, o procesos
más inespecíficos como la evolución del CO2 o la generación de calor.

3. Las enzimas del suelo.

Las enzimas en el suelo pueden ser extra o intracelulares. Las enzimas

extracelulares son necesarias para la descomposición de
macromoléculas orgánicas, como la celulosa, las hemicelulosas o la
lignina, mientras que las enzimas intracelulares son responsables de la
descomposición de moléculas más pequeñas como los azúcares o los
aminoácidos. Las enzimas del suelo son predominantemente de origen
microbiano y están estrechamente relacionadas con la abundancia
microbiana y la actividad de la degradación. Las herramientas
bioquímicas que permitieron la medición rápida de las actividades
enzimáticas del suelo hicieron que la enzimología del suelo se pusiera de
moda a fines de la década de 1960, y esas herramientas se siguieron
utilizando durante 20 años. Se han probado numerosas enzimas en
cuanto a su idoneidad para las investigaciones de suelos; la elección del
método será en gran parte depende del ciclo geoquímico Že.g., C, N, P o
S. bajo investigación. Utilizando

Bases de datos del Instituto de Información Científica ŽISI. se ha

intentado cuantificar qué pruebas de enzimas se usan con más
frecuencia hoy en día y estas son ureasas ŽTabatabai y Bremner, 1972.,
fosfatasa ŽHoffmann, 1967. y deshidrogenasa ŽTrevors, 1984., que
indica la aceptación de los métodos en la comunidad científica. Una
debilidad importante de las pruebas de enzimas es que la actividad
microbiana real de un suelo no se refleja bien. Además, las pruebas
muestran características "históricas" de enzimas ligadas a la materia
orgánica del suelo o minerales arcillosos. Por lo tanto, Visser y Parkinson
Ž1992. cuestionó la idoneidad de los ensayos enzimáticos para las
evaluaciones de la actividad microbiana y la calidad del suelo, con la
excepción de la deshidrogenasa, ya que sus propiedades biológicas
hacen que sea poco probable Presente en el suelo en un estado
extracelular ŽSkujins, 1978 .. Para superar los problemas de
interpretación de las pruebas de enzimas individuales, Beck Ž1984.
propuso un índice microbiológico del suelo calculado a partir de
actividades de biomasa microbiana, reductasa e hidrolasa. Este índice,
sin embargo, nunca se hizo popular. En otro intento por proponer dicho
índice, Trasar-Cepeda et al. Ž1998. encontraron una relación muy
cercana de N total con una combinación lineal de biomasa C del suelo
microbiana, N mineralizada, fosfomonoesterasa, b-glucosidasa y
actividad de ureasa. Este conjunto de pruebas se propuso como un
índice de calidad del suelo estrechamente relacionado con la
sostenibilidad del suelo. El problema con ambos Ž1984 de Beck. y Ž1998
de Trasar-Cepeda et al. El enfoque es que la utilidad de las pruebas de
enzimas utilizadas como componentes de sus índices está en disputa, y
aún faltan pruebas de enzimas aceptadas universalmente

El uso de sustratos fluorogénicos se ha propuesto recientemente para

estudiar las actividades microbianas. Miller et al. Ž1998. usó 4-
metilumbeliferil N-acetil-b-D-glucosaminida, que, cuando se hidroliza,
libera 4-metilumbeliferona, que tiene fluorescencia y puede ser
detectado en concentraciones nanomolares. Esta prueba determina
específicamente las actividades quininolíticas fúngicas. Los ensayos que
usan sustratos marcados prueban directamente la degradación del
sustrato y pueden realizarse en microplacas, necesitan tamaños de
muestra más pequeños que las pruebas enzimáticas tradicionales y
permiten la medición de muchos paralelos en un ensayo.
El perfil fisiológico a nivel comunitario ŽCLPP., Que es otro tipo de
'enzima'
", ha sido propuesto por Garland y Mills Ž1991 .. Con este método, la
capacidad de las comunidades microbianas para degradar un conjunto
de hasta 95 sustratos diferentes se prueba en un solo ensayo. Un
indicador redox en las placas de microtitulación Biologw indica si el
sustrato específico se utiliza como fuente de energía. Los CLPP han
demostrado ser indicadores muy sensibles de perturbaciones Že.g., Mayr
et al., 1999; Yan et al., 2000. y microplacas ŽEcoPlates. Especialmente
diseñado para aplicaciones ambientales ŽInsam, 1997. ya está
disponible.
En resumen, los ensayos de enzimas del suelo, incluidos los CLPP, nunca
son parámetros independientes. Son herramientas de monitoreo rápido,
pero no pueden dar respuestas sobre la funcionalidad. Para caracterizar
el suelo, o para entender las diferencias entre los suelos, se pueden
utilizar métodos adicionales para dirigir las piscinas y los flujos. son
necesarios.

4. Flujos

Las pruebas de enzimas no pueden usarse para estimar flujos de materia

in situ, ya que son una estimación del potencial para usar un
determinado sustrato en condiciones optimizadas. En ecología, la Obra
de Odum Ž1969. Ha sido muy influyente. Los grupos y flujos se midieron
y calcularon para cuencas y ecosistemas enteros, lo que hizo que las
mediciones de flujo directo se volvieran importantes para los
microbiólogos del suelo. En las décadas de 1970 y 1980, la evolución del
CO2 respiratorio era indispensable para el trabajo microbiológico del
suelo en la investigación de ecosistemas. La evolución del dióxido de
carbono, un método tradicional desde los primeros días de la
microbiología del suelo, sigue siendo el mejor índice de la actividad
metabólica bruta de las poblaciones microbianas mixtas ŽStotzky,
1997 .. Aunque las determinaciones in situ son preferibles para los
estudios de ecosistemas, las pruebas in vitro han demostrado ser
suficientes para otros fines como estudios de descomposición o
caracterización más general del suelo.
Preocupaciones sobre la acidificación del suelo causada por entradas
atmosféricas de N, NO3, movimientos del suelo al agua subterránea y la
contribución de los gases N Že.g., N2 O y NO. El cambio climático y la
destrucción del ozono han provocado una investigación detallada sobre
la transformación de N en los suelos ŽMyrold, 1997 .. Se ha considerado
la fijación biológica de nitrógeno.
como un factor para aumentar la producción agrícola y para mitigar el
hambre en el mundo. Tanto la fijación de nitrógeno simbiótica como la no
simbiótica se han estudiado intensamente desde la década de 1970, y la
importancia de la fijación de nitrógeno para el rendimiento de varios
cultivos y para la sostenibilidad de los sistemas agrícolas se ha
enfatizado repetidamente Že.g., Paul y Clark, 1996. Los microbiólogos
del suelo trabajan en plantas de ingeniería genética y en
microorganismos para mejorar aún más los beneficios de la fijación
biológica de nitrógeno.
Las mediciones del recambio de nitrógeno son esenciales para
comprender la dinámica de los ecosistemas y la productividad agrícola,
porque el N se produce en los suelos, los océanos y la atmósfera, y su
ciclo tiene implicaciones globales. El nitrógeno también es a menudo el
factor limitante para la actividad microbiana. Muchos métodos
tradicionales, como N pruebas de mineralización, potencial
La nitrificación, o el método de inhibición del acetileno para la
desnitrificación todavía se usan ampliamente. Al igual que con los
estudios de volumen de negocios de C, el uso de un trazador de isótopos
Ž15 N. puede dar una idea detallada
en la asignación de N dentro del suelo, o incluso dentro de la comunidad
microbiana del suelo. Sin embargo, está más allá del alcance de esta
revisión abordar los diferentes métodos para medir las tasas de
transformaciones del ciclo N que se pueden encontrar en Weaver et al.
Ž1994. o Alef y Nannipieri Ž1995 ..
La mayoría de las mediciones de flujo de nutrientes no se realizan en el
campo sino en el laboratorio. El problema de las pruebas in vitro y las
investigaciones de parcelas es la extrapolación de los valores medidos.
La heterogeneidad espacial es un problema considerable en la
microbiología del suelo, pero
hay disponibles herramientas geoestadísticas para hacer frente a este
problema ŽGoovaerts, 1998 ..
Bruckner et al. Ž1999. estudió los parámetros fisicoquímicos y biológicos
del suelo Žrespira- Nación, biomasa microbiana y N-mineralización. y
detectó tres escalas diferentes de Variabilidad espacial en un bosque de
coníferas templado: Ž1. un patrón de escala fina - 1m debido a La
descomposición retardada de Picea abies Žspruce. camada, y carente de
bioturbación por Lombrices de tierra, Ž2. un patrón de mesoescala Ž1.0–
1.5 m., que refleja la influencia de árboles individuales, y Ž3. tendencias
inexplicables a largo plazo de Nmin y contenido de agua que exceden la
longitud del transecto del estudio. Los procesos específicos de
facturación ocurren en nichos específicos, por ejemplo, solo en ciertas
clases de tamaño agregado ŽStemmer et al., 1999 .. Rasiah y Kay Ž1999
encontró que los cambios en la compactación inducidos por el manejo,
las características texturales espacialmente variables y la materia
orgánica del suelo tuvieron una fuerte influencia en la biomasa
microbiana N. Este efecto fue más fuerte en los suelos enmendados con
biomasa de brotes de trébol rojo que en los suelos no modificados.
Stenberg et al. Ž1998. mostró que la variabilidad de la mayoría de Los
parámetros físicos dentro de un solo campo agrícola eran tan grandes
como para un conjunto de 26 suelos suecos diferentes.

5. piscinas

Biomasa Že.g., biomasa de raíces de plantas y brotes, biomasa de fauna.

y otras piscinas orgánicas Žlitter, materia orgánica del suelo. Son
componentes importantes para el funcionamiento de un ecosistema.
Debido a la falta de métodos adecuados y suficientemente
estandarizados en microbiología del suelo, el conjunto de biomasa
microbiana fue descuidado o estimado durante mucho tiempo en función
de los conteos microbianos. Esto cambió en gran medida a través del
trabajo de Jenkinson Ž1976., Quien propuso un método para la
determinación indirecta de la biomasa microbiana que abarca el
pensamiento ecológico y microbiológico. La idea era matar y lisar células
microbianas en una muestra de suelo mediante fumigación con
cloroformo. Después de la reinoculación con el suelo, la respiración se
mide durante unos 10 días. En comparación con un control no fumigado
la muestra fumigada.
muestra una mayor producción de CO2 que se atribuye a los muertos y
posteriormente
biomasa microbiana descompuesta C. El método se denominó
fumigación-incubación ŽFI. método. Anderson y Domsch Ž1978
propusieron otro enfoque fisiológico, el denominado ŽSIR de respiración
inducida por sustrato. método. La idea se derivó de los estudios de
cultura pura. Los microorganismos responden al suministro con un
sustrato fácilmente disponible, es decir, glucosa, con una respuesta
inmediata en la respiración que se suponía que estaba correlacionada
linealmente con la biomasa C
Tanto los métodos FI como SIR tienen inconvenientes. El método FI toma
10 días y generalmente no es adecuado para suelos ácidos. SIR
originalmente ha sido calibrado contra FI y
Se han propuesto varios factores de calibración diferentes. El cálculo de
la biomasa C microbiana a partir de los datos de SIR por lo tanto es a
menudo discutido Že.g., Sparling, 1995
Una forma más directa de estimar la biomasa microbiana P y N ha sido
propuesta por Brookes et al. Ž1982, 1985 .. Después de la fumigación
con cloroformo, se extraen muestras del suelo Žfumigación-extracción
ŽFE. método. y la biomasa P o N se miden directamente. El método
también se ha adaptado para las mediciones de biomasa C ŽVance et al.,
1987., y se ha convertido en el método más utilizado para la
determinación de biomasa microbiana. El método FE requiere factores de
corrección para diferentes suelos y para los diferentes elementos
analizados. La determinación de estos factores de corrección es laboriosa
para los análisis de rutina. Los diferentes métodos para estimar la
biomasa microbiana se utilizan con frecuencia según lo revelado por
una encuesta de publicaciones recientes ŽFig. 2. Aparte de su uso en
estudios científicos,
La fumigación-extracción y SIR también han sido adoptadas por las
autoridades nacionales Že.g., en Alemania. para estudios rutinarios de
suelos. Las ventajas y desventajas de los métodos se resumen en la
Tabla 2.

Uno de los conceptos principales de la teoría de Odum sobre el desarrollo

de los ecosistemas fue la Optimización energética durante la sucesión
ŽOdum, 1969 .. Según Odum, la La relación entre la respiración del
ecosistema y la biomasa disminuye durante la maduración de un
ecosistema. Dado que toda la C de la producción primaria
eventualmente llega al grupo de C del suelo, este concepto se adoptó
para el compartimiento de suelo de un ecosistema ´Anderson y Domsch,
1986; Insam y Haselwandter, 1989 .. Para muchos estudios ambientales,
los llamados metabólicos

Fig. 2. Número de citas de SCI de los documentos originales ŽJenkinson y

Poulsen, 1976; Anderson y Domsch, 1978; Vance et al., 1987; Brookes et
al., 1982, 1985. sobre determinación de biomasa microbiana durante los
últimos 3 años. Esto proporciona una estimación aproximada de la
frecuencia relativa de uso de los cuatro métodos seleccionados de
determinación de biomasa

cociente Žmg CO2 –C respiró gy1 Cmic hy1. ŽAnderson and Domsch,
1986. ha demostrado ser más sensible que la medición de la biomasa
microbiana o la respiración sola.
Los tamaños de las piscinas microbianas han demostrado ser indicadores
confiables de la calidad del suelo y contribuyen a la comprensión de la
dinámica de los nutrientes, tanto a largo plazo como de temporada en
temporada. La biomasa microbiana es un parámetro robusto que puede
determinarse rápida y reproduciblemente. Permite comparaciones brutas
de los suelos y refleja los cambios en el manejo del suelo o el impacto de
la contaminación. Sin embargo, si solo se ven afectadas ciertas
funciones o microorganismos específicos, la biomasa microbiana no es
un parámetro suficientemente sensible. En ese caso, los flujos o la
composición de la comunidad deben investigarse con más detalle.

Tabla 2
Ventajas y desventajas de los métodos más utilizados para la
determinación de biomasa microbiana en suelos.
Método Ventajas Desventajas
Fumigación – incubación directa, medición biológica, larga duración Ž10
días.
no se necesitan productos químicos tóxicos No es adecuado para el ácido
ŽpH-6.0. suelos
Sustrato inducido
Respiración Buena reproducibilidad Calibración con otro método.
es necesario estimar Žindirect.
No se necesitan productos químicos tóxicos No es adecuado para los
suelos que recibieron
Rápido Ž-8 h. enmiendas orgánicas frescas
Fumigación-extracción Buena reproducibilidad La medición de C requiere
costosos
Rápido Ž-24 h. equipo

6. Desarrollos recientes

A pesar de todos los intentos de medir los flujos y las grandes reservas
de microbios, el suelo y su microbiota seguían siendo una caja negra,
con solo unas pocas ventanas pequeñas abiertas para los organismos
que estaban aislados, cultivados e identificados. Los actores que
determinaban la masa y los flujos de nutrientes eran desconocidos. El
cambio en los enfoques para estudiar la microbiota del suelo se refleja
en el cambio de las palabras clave encontradas en los títulos de las
publicaciones ŽFig. 3 .. Mientras que 'enzima' y 'biomasa microbiana' se
encuentran en las bases de datos ISI desde 1991 hasta 2000 en
frecuencia constante, 'respiración' y, en primer lugar, 'comunidad
microbiana' ocurren cada vez más desde hace unos años.
Los intentos iniciales en la década de 1970 para abrir la caja negra
fueron la separación de biomasa bacteriana y fúngica, por ejemplo,
mediante la técnica de inhibición selectiva Anderson y Domsch, 1975. En
este método, el crecimiento fúngico o bacteriano fue inhibido por la
adición de antibióticos específicos y la proporción bactericida se
calcularon a partir del grado de inhibición. Más exitosa fue la
determinación de ergosterol ŽWest et al., 1987. en suelos, que todavía
se utiliza para cuantificar la biomasa fúngica. El ergosterol es el principal
esterol de la mayoría de los ascomicetos, basidiomicetos y hongos
imperfectos y, por lo tanto, un indicador de la biomasa fúngica. Esto fue
discutido recientemente por Ruzicka et al. Ž2000 .. Encontraron que un
factor de conversión universal del contenido de ergosterol en biomasa
fúngica sigue siendo esquivo y problemático y no es una medida de la
biomasa fúngica, sino un indicador de la extensión de las membranas
fúngicas en los suelos. Aún así, el ergosterol puede dar una estimación
de la extensión de la colonización fúngica de un suelo
El ácido murámico, en contraste con el ergosterol, solo se encuentra en
procariotas y se ha sugerido como un indicador de la biomasa bacteriana
y de cianofitos ŽMillar y Cassida, 1970. pero el método no ha tenido una
gran aceptación debido a que la extracción determina la concentración

de HCl en el tiempo. necesitan ser optimizados para cada suelo, y debido

a la

Fig. 3. Frecuencia de las publicaciones que tienen la palabra suelo y,

además, algunas otras palabras clave Ž términos de búsqueda. en su
titulo. Estos pocos ejemplos muestran una constancia en los documentos
sobre la biomasa microbiana y las enzimas, y un claro aumento en los
estudios sobre comunidades microbianas durante los últimos 10 años.
Desafortunadamente, el índice de citas de ciencia no se remonta más
allá de 1991.

Tabla 3
Los ácidos grasos fosfolípidos pueden usarse para determinar la
composición de la comunidad de la microbiota del suelo ŽZelles y Alef,
1995. Esta tabla muestra un resumen de los ácidos grasos fosfolípidos
característicos más importantes.
Grupo microbiano Fosfolípidos, firmas de ácidos grasos

Archaebacteria Los residuos grasos están unidos por éter al glicerol.

Bacterias anaeróbicas Contienen esfingolípidos que están muy ausentes
en los aerobios Bacterias, en general Ácidos grasos saturados o
monoinsaturados unidos a glicerol Bacterias gramnegativas Contienen
más ácidos grasos hidroxilados
Las bacterias grampositivas contienen más ácidos grasos ramificados

Cianobacterias Ž y eucariotas.

Lípidos que contienen ácidos grasos poliinsaturados

Hongos Un PLFA específico, 18: 2 v6 ŽFrostegard y Ba˚a˚th, 1996

sospecha de que el ácido murámico podría estar presente
principalmente en el material de células muertas ŽZelles y Alef, 1995 ..
Para el microbiólogo, una diferenciación entre bacterias y hongos no es
suficiente porque dentro de estos dos grupos existen muchos subgrupos
taxonómicos y funcionales que merecen una atención especial. Ciertas
funciones, como la nitrificación, pueden verse afectadas por alguna
medida de manejo como el uso de fertilizantes nitrogenados, herbicidas
o pesticidas, mientras que la biomasa bacteriana o fúngica total no se ve
afectada.
Un avance en el uso de biomarcadores para la caracterización de la
comunidad fueron los ácidos grasos fosfolípidos ŽPLFA., Que se
encuentran en las membranas de todas las células vivas y se pueden
usar para la determinación de la composición de la comunidad ŽZelles et
al., 1992; Guckert y White, 1986; Petersen et al., 1997 .. Los grupos
bacterianos y los hongos se pueden caracterizar de acuerdo con su
composición lipídica ŽTable 3 ..
Todos los biomarcadores tienen en común el problema de la capacidad
de extracción y la estabilidad desconocida en el suelo. Por lo tanto, no es
fácil juzgar si los datos derivados de biomarcadores están relacionados
solo con células vivas, o si también incluyen material de células muertas.
La estabilidad de los biomarcadores en el suelo depende en gran medida
de la temperatura, la humedad y otras condiciones directamente
relacionadas con los procesos de degradación. Además, el estado
fisiológico de los microorganismos a menudo determina el contenido de
diferentes componentes. En resumen, los biomarcadores fueron una
herramienta aceptable siempre que no existieran mejores alternativas,
pero en un futuro próximo, los biomarcadores para la caracterización de
la comunidad probablemente serán reemplazados por enfoques
moleculares.

7. Microbiología del suelo y ADN.

En su artículo seminal, Torsvik Ž1980. fue capaz de obtener ADN del

suelo lo suficientemente puro como para permitir las técnicas de
hibridación, y en 1990 mostraron por hibridación de ADNrDNA que 1 g de
suelo contenía más de 4000 genomas diferentes de las bacterias
ŽTorsvik et al., 1990 .. La mayor parte de la diversidad se encontró en la
fracción que no se puede aislar y cultivar mediante técnicas de
enchapado estándar y sofisticadas.
Para obtener ADN puro del suelo, se pueden seguir dos procedimientos:
Ž1. inicialmente, las células se extraen mediante pasos repetidos de
suspensión-centrifugación y luego las células se lisado para la
recuperación del ADN; Ž2. El ADN se extrae directamente del suelo
después de la lisis de las células. La ventaja del primer procedimiento es
que el ADN es más puro, mientras que en el segundo procedimiento se
obtiene una extracción más completa que es más probable que
represente a la comunidad total. Actualmente, la mayoría de los
investigadores extraen el ADN directamente del suelo porque existen
procedimientos de purificación mejorados que evitan la inhibición de la
reacción en cadena de la polimerasa ŽPCR. De ácidos húmicos
Hoy en día se utilizan varios métodos para estudiar el ADN o el ARN del
suelo. Los ecólogos moleculares del suelo utilizan la característica única
del ADNr procariota 16S que contiene regiones conservadas y variables.
El 16S rDNA es una cadena de aproximadamente 1500 pb de longitud.
Las regiones conservadas se desvían solo entre grupos
taxonómicamente distantes, mientras que las regiones variables pueden
mostrar diferencias incluso entre diferentes cepas de una sola especie. El
ADN extraído es purificado y amplificado por la reacción en cadena de la
polimerasa ŽPCR. Los cebadores determinan la región que se amplifica,
de modo que un análisis puede proporcionar una visión general o una
visión detallada de un grupo específico. Los productos de amplificación
son analizados por electroforesis en gel. Uno de los enfoques es la
electroforesis en gel de gradiente desnaturalizante ŽMuyzer et al., 1993.
que permite la separación de amplificados de acuerdo con su contenido
de GqC. En un gel de gradiente desnaturalizante de formamida ŽDGGE.
O, alternativamente, un gel de gradiente de temperatura, TGGE. Los
genes con un contenido de Gq C más bajo se desnaturalizan antes y no
viajan lejos. Genes con diferentes contenidos de Gq C producen bandas
distintas. El patrón de las bandas es diferente en diferentes
comunidades. Si se requiere información más detallada, las bandas se
pueden extirpar, clonar, secuenciar y comparar con organismos
conocidos en bases de datos. Los resultados de tales investigaciones
mostraron que muchas de las secuencias detectadas no se
correspondían con ningún aislado conocido y representan nuevas
especies no cultivadas. Schwieger y Tebbe Ž1998 propusieron un
enfoque similar, utilizando un método llamado polimorfismo
conformacional monocatenario, que es superior cuando las secuencias
son diferentes pero los contenidos de Gq C son similares entre las
especies. Estos métodos son, sin embargo, cualitativos. Los métodos de
PCR cuantitativos son tediosos y aún deben mejorarse para aplicaciones
ambientales ŽOgram, 2000 ..
Publicaciones recientes han demostrado que la ciencia del suelo y la
ecología molecular están íntimamente relacionadas. Un ejemplo es la
creciente preocupación por el medio ambiente y la salud.
Efectos de cultivos genéticamente modificados, particularmente en
Europa occidental. Saxena y Stotzky Ž2000. y Saxena et al. Ž1999.
demostrado que la toxina insecticida en la raiz
Los exudados de las plantas de maíz modificadas genéticamente están
fuertemente ligados a los minerales arcillosos del suelo y pueden
persistir durante mucho tiempo. La liberación impredecible de la toxina
puede constituir un peligro para los organismos no objetivo. Parece que
el ADN que codifica esta toxina puede unirse a minerales arcillosos
expandibles como montmorillonita ŽStotzky, comunicación personal, y,
al expandirse, el ADN se vuelve susceptible a la absorción por parte de
las bacterias competentes. No se resuelve si estos genes, después de
una nueva absorción, pueden hacer que las malas hierbas sean
resistentes.

8. Perspectiva de futuro

Las perspectivas para los microbiólogos del suelo son brillantes porque
las nuevas técnicas, principalmente moleculares, ofrecen una nueva
perspectiva de la caja negra del suelo para que la comunidad microbiana
La composición y las actividades microbianas pueden investigarse, e
incluso localizarse en una microescala. La hibridación in situ es capaz de
mostrar dónde existen bacterias y hongos Že.g., Lu¨beck et al., 2000., e
incluso donde están activos. De particular interés para el en el futuro se
estudian los puntos calientes microbianos, ya que ocurren en las
entrañas de la microfauna del suelo o alrededor de las superficies de las
raíces. Se asume que en los hotspots la mayoría de se realizan procesos
de rotación y se forman bucles microbianos ŽClarholm, 1994 ..
Los bucles microbianos son conocidos desde hace mucho tiempo en las
aguas marinas. Para los suelos, el bucle microbiano se ha descrito como
la flora de la rizosfera, donde las bacterias que utilizan el carbono
derivado de la raíz, se unen a los nutrientes inorgánicos transportados a
las raíces Žby el flujo y la difusión de masa. Las bacterias son
pastoreadas por protozoos, que luego liberan un tercio de la bacteria N
como amonio disponible para la absorción de la planta, mientras que dos
tercios forman biomasa protozoaria o son egested en formas orgánicas
CClarholm, 1994., y por lo tanto se vuelve inaccesible para la planta
consumo.
La tecnología de microrayos pronto nos permitirá evaluar la diversidad
de la comunidad en los suelos al exponer e hibridar directamente los
oligonucleótidos fijados en las membranas ŽGuschin et al., 1997; Ogram,
2000. Otro objetivo será relacionar la estructura de la comunidad con la
función de la comunidad mediante el uso de ARN mensajero. Debido a la
corta vida media del ARNm, esto no es posible actualmente, pero tiene
varias ventajas. Si se combina con la amplificación por PCR, será más
sensible que cualquier prueba enzimática, proporciona información sobre
el estado metabólico en el momento de la prueba y, si se combina con el
análisis de ADNr, se puede obtener información muy detallada sobre la
participación de ciertas poblaciones en una actividad metabólica
particular ŽGottschal et al., 1997 .. Los tamaños de muestra muy
pequeños Ž en el rango de unos pocos miligramos. Permite una
resolución espacial a muy pequeña escala. El suelo ya no será una caja
negra, pero podremos ver dónde viven los microbios, cuál es su papel en
los procesos del suelo y cómo su abundancia y actividad están
influenciadas por las propiedades físicas y químicas del suelo. Por lo
tanto, hoy en día, en las preguntas de microbiología del suelo, como
quién está activo y dónde están ubicadas las actividades ubicadas, se
han respondido preguntas que se hicieron hace muchos años. El manejo
del suelo puede tener como objetivo establecer con éxito las poblaciones
microbianas deseadas. Dichos microorganismos pueden ser
degradadores de xenobióticos, fijadores de nitrógeno o antagonistas de
patógenos. En el futuro no tan lejano, una sola clave Žbiológica. El
jugador en el suelo puede ser alterado de una manera deseada,
alterando así las funciones del suelo de una manera beneficiosa para el
hombre. Se espera que esto aumente la sostenibilidad de los sistemas
agrícolas a largo plazo y también nos permita remediar con éxito los
suelos contaminados y proteger los ecosistemas naturales.

Alef, K., Nannipieri, P. ŽEds.., 1995. Methods in Applied Soil Microbiology and Biochemistry. Academic
Press, London, 576 pp.

Anderson, J.P.E., Domsch, K.H., 1975. Measurement of bacterial and fungal contributions to respiration of
selected agricultural and forest soils. Can. J. Microbiol. 21, 314–322.

Anderson, J.P.E., Domsch, K.H., 1978. A physiological method for the quantitative measurement of microbial
biomass in soils. Soil Biol. Biochem. 10, 215–221.

Anderson, T.H., Domsch, K.H., 1986. Carbon assimilation and microbial activity in soil. Z. Pflanzenernaehr.

Bodenkd. 149, 457–46

Beck, T., 1984. Mikrobiologische und biochemische Charakterisierung landwirtschaftlich genutzter Bo¨ den: I.
Mit. Die Ermittlung der Bodenmikrobiologischen Kennzahl. Z. Pflanzenernaehr. Bodenkd. 147, 456–466.
Brookes, P.C., Powlson, D.S., Jenkinson, D.S., 1982. Measurement of microbial biomass phosphorus in soil.

Soil Biol. Biochem. 14, 319–329.

Brookes, P.C., Landman, A., Pruden, G., Jenkinson, D.S., 1985. Chloroform fumigation and the release of soil
nitrogen: a rapid direct extraction method to measure microbial biomass nitrogen in soil. Soil Biol.
Biochem. 17, 837–842.

Bruckner, A., Kandeler, E., Kampichler, C., 1999. Plot–scale spatial patterns of soil water content, pH, substrate-
induced respiration and N mineralization in a temperate coniferous forest. Geoderma 93, 207–223.

Clarholm, M., 1994. The microbial loop in soil. In: Ritz, K., Dighton, J., Giller, K.E. ŽEds.., Beyond the

Biomass. Wiley, New York, pp. 221–230.

Frostegard, A˚ ., Ba˚ a˚ th, E., 1996. The use of phospholipid fatty acid analysis to estimate bacterial and
fungal

biomass in soil. Biol. Fertil. Soils 22, 59–65.

Garland, J.L., Mills, A.L., 1991. Classification and characterisation of heterotrophic microbial communities on
the basis of patterns of community-level sole-carbon-source utilisation. Appl. Environ. Microbiol. 57, 2351–
2359.

Goovaerts, P., 1998. Geostatistical tools for characterizing the spatial variability of microbiological and physico-
chemical soil properties. Biol. Fertil. Soils 27, 315–334.

Gottschal, J.C., Meijer, W.G., Oda, Y., 1997. Use of molecular probing to assess microbial activities in natural

ecosystems. In: Insam, H., Rangger, A. ŽEds.., Microbial Communities. Springer, Heidelberg, pp. 10–18.
Guckert, J.B., White, D.C., 1986. Phospholipid, esther-linked fatty acid analysis in microbial ecology. In:
Megusar, F., Gantar, G. ŽEds.., Perspectives in Microbial Ecology. Proceedings of the 4th International

Symposium on Microbial Ecology, Ljubljana, Slovenia, pp. 455–459.

Guschin, D.Y., Mobarry, B.K., Proudnikov, D., Stahl, D.A., Rittmann, B.E., Mirzabekov, A.D., 1997.
Oligonucleotide microchips as genosensors for determinative and environmental studies in microbiology.
Appl. Env. Microbiol. 63, 2397–2402.

Hoffmann, 1967. Eine photometrische Methode zur Bestimmung der Phosphatase-Aktivit¨at in Bo¨ den.
Z. Pflanzenernaehr. Bodenkd. 118, 193–198.

Hopkins, D.W., Macnaughton, S.J., O’Donnell, A.G., 1991. A dispersion and differential centrifugation technique
for representatively sampling microorganisms from soil. Soil Biol. Biochem. 23, 217–225.

Hurst, C.J., Knudsen, G.R., McInerney, M.J., Stetzenbach, L.D., Walter, M.V. ŽEds.., 1997. Manual of

Environmental Microbiology. ASM Press, Washington, 894 pp.

Insam, H., 1997. A new set of substrates proposed for community characterization in environmental samples.

In: Insam, H., Rangger, A. ŽEds.., Microbial Communities. Springer, Heidelberg, pp. 259–260.

Insam, H., Haselwandter, K., 1989. Metabolic quotient of the soil microflora in relation to plant succession.

Oecologia 79, 174–178.

Jenkinson, D.S., 1976. The effects of biocidal treatments on metabolism in soil: IV. The decomposition of
fumigated organisms in soil. Soil Biol. Biochem. 8, 203–208.
Lu¨ beck, P.S., Hansen, M., Sorensen, J., 2000. Simultaneous detection of the establishment of seed-inoculated
Pseudomonas fluorescens strain DR54 and native soil bacteria on sugar beet root surfaces using
fluorescence antibody and in situ hybridization techniques. FEMS Microbiol. Ecol. 33, 11–19.

Macura, J., 1974. Trends and advances in soil microbiology from 1924 to 1974. Geoderma 12, 311–329. Mayr,
C., Miller, M., Insam, H., 1999. Elevated CO2 alters microbial communities in alpine grassland. J.

Microbiol. Methods 36, 35–43.

Millar, W.N., Cassida, L.E., 1970. Evidence for muramic acid in the soil. Can. J. Microbiol. 18, 299–304.

Miller, M., Paloja¨ rvi, A., Rangger, A., Reeslev, M., Kjoller, A., 1998. The use of fluorogenic substrates
to measure fungal presence and activity in soil. Appl. Env. Microbiol. 64, 613–617.

Muyzer, G., de Wall, E., Uitterlinden, A., 1993. Profiling of complex microbial populations by DGGE of PCR-
amplified genes coding for 16S rRNA. Appl. Env. Microbiol. 59, 695–700.

Myrold, D.D., 1997. Quantification of nitrogen transformations. In: Hurst, C.J., Knudsen, G.R., McInerney,

M.J., Stetzenbach, L.D., Walter, M.V. ŽEds.., Manual of Environmental Microbiology. ASM Press,
Washington, pp. 445–451.
Odum, E.P., 1969. The strategy of ecosystem development. Science 164, 262–270.

Ogram, A., 2000. Soil molecular microbial ecology at age 20: methodological challenges for the future. Soil
Biol. Biochem. 32, 1499–1504.

Parkinson, D., Gray, T.R.G., Williams, S.T., 1971. Ecology of Soil Microorganisms. Blackwell, Oxford, p.

116.

Paul, E.A., Clark, F.E., 1996. Soil Microbiology and Biochemistry. Academic Press, San Diego, CA, p. 340.
Petersen, S.O., Debosz, K., Schjonning, P., Christensen, B.T., Elmholt, S., 1997. Phospholipid fatty acid profiles
and C availability in wet-stable macro-aggregates from conventionally and organically farmed

soils. Geoderma 78, 181–196.

Rasiah, V., Kay, B.D., 1999. Temporal dynamics of microbial biomass- and mineral-N in legume amended soils
from a spatially variable landscape. Geoderma 92, 239–256.

Ruzicka, S., Edgerton, D., Norman, M., Hill, T., 2000. The utility of ergosterol as a bioindicator of fungi in
temperature soils. Soil Biol. Biochem. 32, 989–1006.

Saxena, D., Stotzky, G., 2000. Insecticidal toxin from Bacillus thuringiensis is released from roots of transgenic
Bt corn in vitro and in situ. FEMS Microbiol. Ecol. 33, 35–39.

Saxena, D., Flores, S., Stotzky, G., 1999. Transgenic plants-insecticidal toxin in root exudates from Bt corn.

Nature 402, 480.

Schinner, F., O¨ hlinger, R., Kandeler, E., Magesin, R. ŽEds.., 1996. Methods in Soil Biology. Springer, Berlin, 426
pp.

Schwieger, F., Tebbe, C.C., 1998. A new approach to utilize PCR-single strand-conformation polymorphism for
16s rRNA based microbial community analysis. Appl. Env. Microbiol. 64, 4870–4876.

Skujins, J., 1978. History of abiotic soil enzyme research. In: Burns, R.G. ŽEd.., Soil Enzymes. Academic

Press, New York, pp. 1–49.

Smith, N.C., Stribley, D.P., 1994. A new approach to direct extraction of microorganisms from soil. In: Ritz, K.,
Dighton, J., Giller, K.E. ŽEds.., Beyond the Biomass. Wiley, New York, pp. 49–55.

Sparling, G.P., 1995. The substrate induced respiration method. In: Alef, K., Nannipieri, P. ŽEds.., Methods in
Applied Soil Microbiology and Biochemistry. Academic Press, London, pp. 397–404.

Stemmer, M., von Lu¨ tzow, M., Kandeler, E., Pichlmayer, F., Gerzabek, M.H., 1999. The effect of maize straw
placement on mineralization of C and N in soil particle size fractions. Eur. J. Soil Sci. 50, 73–85.

Stenberg, B., Pell, M., Torstensson, L., 1998. Integrated evaluation of variation in biological, chemical and
physical soil properties. Ambio 27, 9–15.

Stotzky, G., 1997. Quantifying the metabolic activity of microbes in soil. In: Hurst ŽEd.., Manual of

Environmental Microbiology. American Society for Microbiology, Washington, pp. 453–458.

Tabatabai, M.A., Bremner, J.M. et al., 1972. Assay of urease activity in soil. Soil Biol. Biochem. 4, 479–487.
Torsvik, V.L., 1980. Isolation of bacterial DNA from soil. Soil Biol. Biochem. 12, 15–21.

Torsvik, V.L., Goksoyr, J., Daae, F.L., 1990. High diversity in DNA of soil bacteria. Appl. Env. Microb. 56, 782–787.

Trasar-Cepeda, C., Leiros, C., Gilsotres, F., Seoane, S., 1998. Towards a biochemical quality index for soils—an
expression relating several biological and biochemical properties. Biol. Fertil. Soils 26, 100–106.
Trevors, J., 1984. Dehydrogenase activity in soil: a comparison between the INT and TTC assay. Soil Biol.

Biochem. 16, 673–674.

Van Elsas, J.D., Trevors, J.T., Wellington, E.M.H. ŽEds.., 1997. Modern Soil Microbiology. Marcel Dekker, New
York, 683 pp.

Vance, E.D., Brookes, P.C., Jenkinson, D.S., 1987. An extraction method for measuring soil microbial biomass
C. Soil Biol. Biochem. 19, 703–707.

Visser, S., Parkinson, D., 1992. Soil biological criteria as indicators of soil quality: soil microorganisms. Am.

J. Altern. Agric. 7, 33–37.

Weaver, R.W., Angle, J.S., Bottomley, P.S. ŽEds.., 1994. Methods of Soil Analysis: Part 2. Microbiological and
Biochemical Properties. SSSA, Madison, 1121 pp.

West, A.W., Grant, W.D., Sparling, G.P., 1987. Use of ergosterol, diaminopimelic acid and glucosamine content
of soils to monitor changes in microbial populations. Soil Biol. Biochem. 19, 607–612.

Winding, A., Binnerup, S.J., So¨ rensen, J., 1994. Viability of indigenous soil bacteria assayed by
respiratory activity and growth. Appl. Env. Microbiol. 60, 2869–2875.
Yan, F., McBratney, A.B., Copeland, L., 2000. Functional substrate biodiversity of cultivated and uncultivated A horizons of vertisols in NW New South Wales.
Geoderma 96, 321–343.

Zelles, L., Alef, K., 1995. Biomarkers. In: Alef, K., Nannipieri, P. ŽEds.., Methods in Applied Soil

Microbiology and Biochemistry. Academic Press, London, pp. 422–439.

Zelles, L., Bai, Q.Y., Beck, T., Beese, F., 1992. Signature fatty acids in phospholipids and lipopolysaccharides as indicators of microbial biomass and community
structure in agricultural soils. Soil Biol. Biochem. 24, 317–323.