Durante el proceso de privatización de la empresa, dirigido por Gonzalo Sánchez de Lozada
a partir de 1996, YPFB es literalmente desmembrada en empresas de capitales privados (Andina, Chaco, Petrobras y Transredes, capitalizada por la quebrada norteamericana Enron), que le pagan al país un 18% en concepto de regalías. Esta situación, que inicialmente es disimulada por el ingreso de importantes montos de inversión extranjera, provoca luego un creciente malestar social que finalmente explota durante el segundo gobierno de Sánchez de Lozada en los sucesos sangrientos de febrero y octubre de 2003, donde el pueblo sale a las calles a protestar y es duramente reprimido. La muerte de más de 70 personas en esas jornadas trágicas marcan su renuncia e inmediata fuga a los Estados Unidos.
En 2004, el presidente Carlos Mesa convoca a un referéndum vinculante cuyo contenido
hace referencia específica a la propiedad de los hidrocarburos, a la derogación de la Ley de Hidrocarburos promulgada por Sánchez de Lozada, y a la refundación de YPFB. El referéndum es aprobado por una mayoría aplastante. El Congreso aprueba una nueva Ley de Hidrocarburos gravando la producción con 32% de impuestos, pero manteniendo las regalías en 18%. Mesa se niega a ratificar la Ley y los movimientos sociales exigen la nacionalización total de los hidrocarburos. La crisis política desatada termina por provocar la renuncia del presidente a su cargo. Luego de un Gobierno de transición encabezado por Eduardo Rodríguez Veltzé, Evo Morales Ayma asume la Presidencia de la Nación luego de una victoria inédita en elecciones generales, apoyado por más del 54% de los votos.
El 1 de mayo de 2006, el presidente Evo Morales nacionaliza los hidrocarburos
recuperando su propiedad para los bolivianos. YPFB renace y el 29 de octubre se firman nuevos contratos con las compañías petroleras privadas estableciendo hasta el 82% de regalías en favor del Estado boliviano, en la mejor negociación lograda jamás para el país.
Programa de Inversiones 2010
YPFB Casa Matriz cuenta con un portafolio de 12 proyectos del Programa de Inversiones 2010, a ser ejecutados por sí misma y los mismos ascienden a $US 305,6 MM. De este total, el monto orientado a las plantas de separación e industrialización, es de $US 88 MM y $US 60 MM, respectivamente, proyectos que tienen el objetivo de sustituir importaciones, generar valor agregado y excedentes económicos. También se encuentra la Expansión de Redes de Gas con un monto de $US 121,1 MM inversión que está destinado principalmente al cambio de la matriz energética a través de la ampliación en la cobertura de las redes primarias y secundarias de gas natural y el proyecto de diseño de una estrategia de instalación de planta de licuefacción, transporte criogénico y re-gasificación, ambos dirigidos a incrementar el consumo de gas natural en las categorías domiciliario, comercial e industrial. Asimismo, en exploración la casa matriz ha previsto invertir $US 14,5 MM para relanzar las actividades prospectivas, por último, se prevé invertir $US 18 MM en comercialización para mejorar el servicio y abastecimiento del mercado a través de la implementación de estaciones de servicios en diferentes regiones del país. En tanto, las inversiones que serán ejecutadas por YPFB en la gestión 2010 a través de sus empresas subsidiarias ascienden a $US 550,7 MM, inversión que será destinada en más de un 50% a las actividades de exploración y explotación, y el resto se dividirá en actividades de transporte, refinación y almacenaje.
El Programa de Inversiones 2010 de YPFB Corporación comprende 105 proyectos de la
Casa Matriz, YPFB Chaco, YPFB Andina, YPFB Petroandina, YPFB Refinación, YPFB Transporte, Gas Transboliviano (GTB), YPFB Logística y YPFB Aviación, con una inversión total de $US 856.3 MM. Adicionalmente, si se incorporan los Programas de Trabajo y Presupuestos (PTP’s), la inversión a ser administrada por YPFB para la gestión 2010 es de $US 1,415.7 MM.