ENZIMAS

Y CINÉTICA ENZIMÁTICA
 Sitios y/o procesos nutricionales dónde
ALIMENTOS tenemos actividad enzimática
CO2 O2
ORINA
AGUA

HECES

½ O2 BIOMOLÉCULAS 2 (COHN)
BIOMOLÉCULAS 1 (COHN) NAD F
ATP E
SÍNTESIS · LECHE
· FETO
B D
fosforilación · TEJIDOS
catabolismo oxidativa I
A CORPORALES
C G
H
CO2 NADH+H H2O ADP+P

AGUA TRABAJO
Los procesos nutricionales están constituidos por una
gran variedad de reacciones bioquímicas, casi todas
mediadas por un tipo especial de proteínas que actúan
como catalizadores biológicos conocidos como enzimas.

Clase Tipo de Reacción

OXIDASAS Reacciones de óxido reducción
Transferencia de grupos funcionales (amino,
TRANSFERASAS
carboxilo, metilo)
HIDROLASAS Reacciones de hidrólisis

LIASAS Formación de enlaces covalentes

ISOMERASAS Isómerización

LIGASAS Formación de enlaces covalentes con hidrólisis de ATP

 C. The enzyme classes

Clase
Class Tipo de reacción
Reaction type Important subclasses

= Reduction equivalent
Equivalente de reducción

1 Oxidoreductases
Reacciones de óxido-
Dehydrogenases
Oxidases, peroxidases
1. Oxidasas + Reductases
+ reducción
Monooxygenases
A red B ox A ox B red Dioxygenases

Transferencia de grupos
C1-Transferases
Glycosyltransferases
2 2. Transferasas
Transferases +
+ funcionales (amino,
Aminotransferases
Phosphotransferases
A–B C A B–C carboxilo, metilo)
Esterases
3 Hydrolases Glycosidases
3. Hidrolasas +
Reacciones de hidrólisis
Peptidases
Amidases
A–B H2 O A–H B–OH

C-C-Lyases
4 Lyases
4. Liasas + +
Formación de enlaces
C-O-Lyases
C-N-Lyases
(“synthases”)
A B A–B
covalentes
C-S-Lyases

Epimerases
cis trans Isomerases
5 Isomerases
5. Isomerasas Isomerización
Intramolecular
transferases
A Iso-A

B X =A,G,U, C XDP Formación de enlaces

C-C-Ligases
6 Ligases C-O-Ligases
covalentes con hidrólisis de
X X
6. Ligasas + P P P + P P C-N-Ligases
(“synthetases”) C-S-Ligases
XTP
ATP
P
A
A–B
Adaptado de Koolman & Roehm (2005)
Koolman, Color Atlas of Biochemistry, 2nd edition © 2005 Thieme
 ¿Cómo actúan?
Casi todas las reacciones bioquímicas que catalizan las
enzimas pueden ocurrir espontáneamente, sin la
participación de una enzima, pero lo hacen a
VELOCIDADES MUY BAJAS

[A + B P +Q]
sutratos productos

Reacción espontánea => velocidad muy baja

 Las enzimas (E)
1) Aumentan la velocidad de las reacciones bioquímicas

E
[A + B C +D] * 106 (1012)

La reacción catalizada por una enzima es, incluso, mucho

más rápida, y con condiciones de pH y temperatura
menos extremas, que la misma reacción catalizada por
un catalizador químico.
 [A + B P +Q]
[A + B X+ P +Q]
(b)
Energía Libre de los compuestos (G)

X‡

ENERGÍA de
ACTIVACIÓN ΔG‡

G
A+B
ΔGreaction

HC
P+Q

Reaction coordinate
Tiempo de reacción
Voet, Voet & Pratt (2016)
on. activation, the difference in free energy between the reactants and the
ctures. transition state, X‡. (b) Transition state diagram for the reaction A + B
 [A + B P +Q]
[A + B + E EX+ P +Q + E]
(b)
Energía Libre de los compuestos (G)

X‡

EX+
ΔG‡

G
A+B
ΔGreaction
ENERGÍA de
HC ACTIVACIÓN
P+Q

Reaction coordinate
Tiempo de reacción
Voet, Voet & Pratt (2016)
on. activation, the difference in free energy between the reactants and the
ctures. transition state, X‡. (b) Transition state diagram for the reaction A + B
 over, the amino acid residues that form the binding site arehydrolysis
arranged to specifitwo names a
cally
attract the substrate (electronic complementarity, Fig. 11-1). Molecules thatname dif- is con
name. Its sys
fer in shape or functional group distribution from the substrate cannot productively
2) Actúan sobre sustratos específicos name of its s
bind to the enzyme. X-Ray studies indicate that the substrate-binding sites of reaction
most the
ex. The enzymes are largely preformed but undergo some conformational
Substrate
change onexample,
sub- the
tarity
nd on
strate binding (a phenomenon called induced fit). The complementarity between has the syste
Sitio catalítico o de unión del sustrato
enzymes and their substrates is the basis of the “lock-and-key”
h _
O 4.2.1.3 (“EC
model of enzyme
are subclass, sub
d function first proposed by Emil Fischer in 1894. As Nwe will see,
h
such specific bind-
class). For ou
H
Un complejo enzima-sustrato. La
ing is necessary but not sufficient for efficient catalysis. However, EC
complementariedad geométrica y accessible d
electrónica entre la enzima y el numbers can
sustrato depende de fuerzas no-
covaelentes. Los grupos B Enzymes
hidrofóbicos se representan por
The noncova
una “h” en un círculo marrón, las
enzymes are
líneas discontinuas representan proteins them
puentes de hidrógeno h _
O
hydrogen bo
h
N HO site consists
H + h
complementa
h h over, the ami
O
Enzyme attract the su
fer in shape o
bind to the en
Voet, Voet & Pratt (2016)
FIG. 11-1 An enzyme–substrate complex. The enzymes are
geometric and the electronic complementarity
between the enzyme and substrate depend on
strate bindin
 La catálisis de la hidrólisis del enlace peptídico por una serina proteasa (qui-
motripsina, en este ejemplo), se produce como se indica en la Figura 11.13. En
primer lugar, la cadena polipeptídica que se rompe se une a la superficie enzi-
FIGURA 11.13
Es una proteasa secretada por el páncreas que actúa en la luz del
Catálisis de la hidrólisis del enlace
mática (paso 1). La mayoría de los polipéptidos se unen de manera inespecífi-
ca, pero la cadena lateral del residuo del lado N-terminal del enlace peptídico
intenstino delgado durante la digestión de las proteínas.
Quimotripsina
peptídico por la quimotripsina. En esta
figura se muestran los pasos que se siguen en que se va a romper debe ajustarse al bolsillo del lugar activo. Este bolsillo defi-

la ruptura de una cadena polipeptídica ne no sólo la posición del corte, sino también la estereoespecificidad de las seri-
Corta el enlace peptídico en el lado carboxílico de los residuos de
catalizada por la quimotripsina. La zona na proteasas. Si hubiera un aminoácido D en esta posición, la cadena lateral se
indicada en marrón corresponde a la enzima.
aminoácidos hidrófobos, como la fenilalanina.
La figura es muy esquemática y no representa
la disposición espacial real de los átomos.

Bolsillo
hidrófobo
CH2 (N-terminal) CH2 CH2
(N) (N)
O −O O
Ser CH Ser CH Ser CH
C C C
195 CH2 O Sustrato 195 CH2 O Lugar de 195 CH2 O Péptido
NH NH ruptura HNH
H polipeptídico libre
H
N N N
+ His
His N His N N
57 H 57 H 57 H
(C-terminal) (C) (C)
O− O O− O O− O
C C C
Asp 102 Asp 102 Asp 102
COMPLEJO PRIMER ESTADO INTERMEDIARIO
ENZIMA-SUSTRATO DE TRANSICIÓN ACILO-ENZIMA
1 El sustrato polipeptídico se une de forma 2 Se transfiere H+ desde Ser a His. 3 Se transfiere H+ al fragmento C-terminal,
no covalente con las cadenas laterales El sustrato forma un estado de que se libera por la ruptura del enlace
del bolsillo hidrófobo. transición tetraédrico con la enzima. C—N. El péptido N-terminal está unido
a través de un enlace acilo a la serina.

CH2 CH2 (N)

(N)
−O
O Mathews, van Holde & Ahern (2006)
Ser CH Ser CH Ser
C C
195 CH2 O 195 CH2 O 195 CH2 O CH2 (N)
O H
O H
 O− O O− O O− O
C C C
Asp 102 Asp 102 Asp 102
COMPLEJO PRIMER ESTADO INTERMEDIARIO
ENZIMA-SUSTRATO DE TRANSICIÓN ACILO-ENZIMA
1 El sustrato polipeptídico se une de forma 2 Se transfiere H+ desde Ser a His. 3 Se transfiere H+ al fragmento C-terminal,
no covalente con las cadenas laterales El sustrato forma un estado de que se libera por la ruptura del enlace
del bolsillo hidrófobo. transición tetraédrico con la enzima. C—N. El péptido N-terminal está unido
a través de un enlace acilo a la serina.

CH2 CH2 (N)

(N)
O −O

Ser CH Ser CH Ser

C C
195 CH2 O 195 CH2 O 195 CH2 O CH2 (N)
O H
O H
H H H O CH
N N N C
+
His N His N His N HO
57 H 57 H 57 H
O− O O− O O− O
C C C
Asp 102 Asp 102 Asp 102
COMPLEJO SEGUNDO ESTADO ENZIMA
ACILO-ENZIMA – H2 O DE TRANSICIÓN LIBRE
4 Una molécula de agua se une 5 La molécula de agua transfiere su 6 Se libera el segundo fragmento peptídico:
a la enzima en lugar del polipéptido protón a His 57 y su —OH al fragmento se rompe el enlace acilo, el protón se
separado. de sustrato restante. De nuevo se forma transfiere de nuevo desde His a Ser, y la
un estado de transición tetraédrico. enzima vuelve a su estado inicial.

Mathews, van Holde & Ahern (2006)

3) Algunas enzimas requieren cofactores para su función
COFACTORES: grupo de compuestos inorgánicos u orgánicos que se asocian al
sitio activo de la enzima durante la reacción

COFACTORES

IONES METÁLICOS CO-ENZIMAS

Fe, Cu, Zn
CO-SUSTRATOS GRUPOS PROSTÉTICOS

Aceptores de H+ NAD+, NADP+ (Nicotinamida) Grupos Hemo (Fe)

en reacciones de FAD (Riboflavina, Vit B2)
óxido-reduccón Coenzima A (pantoténico)
Fosfato de Piridoxal (Piridoxina)
Biotina (Biotina)
Tetrahidrofolato (Ácido Fólico)
Adenosil Cobalamina (Vit B12)
Tiamina pirofosfato (Vit B1)

 Rol de las coenzimas NAD+ y FAD en el
metabolismo de los tejidos

BIOMOLÉCULAS 2
BIOMOLÉCULAS 1 (COHN)
½ O2
(COHN)
NAD+ ATP
FAD SÍNTESIS
fosforilación
catabolismo oxidativa

CO2 NADH+H ADP+P

FADH2
N H2O
TRABAJO
 CINÉTICA ENZIMÁTICA

Estudia la forma en que la velocidad de las reacciones enzimáticas

depende de las condiciones de la reacción (Ejemplo: pH, temperatura,
fuerza iónica, cantidad de enzima, concentración de sustratos,
inhibidores)
VELOCIDAD DE REACCIÓN
μmoles (o mmoles) de sustrato utilizado (o de producto producido) / unidad de tiempo

Es importante para:

1)  entender los mecanismos que regulan la utilización de los
nutrientes
2)  entender los mecanismos que participan en las
enfermedades metabólicas y las intoxicaciones causadas por
agentes que interfieren con las actividades de diversas
enzimas
3)  diseñar de fármacos y tratamientos específicos para estos
trastornos.
 Efecto de la concentración de la enzima

Velocidad de reacción

Concentración de Enzima (mM)

 from tho
8. Calculate the rate enhancement that could be accomplished by an en- 25. Lyso
zyme forming one low-barrier hydrogen bond with its transition state catalysis
at 25°C. Efecto de la temperatura
Glu 35 a
9. Explain why enzyme activity varies with temperature, as shown here. not signi
reduces
26. Pred
and Asp
Velocidad de reacción 27. Und
tide bond
chymotr
28. Why
Rate

in vivo?
29. Tofu
such a w
Explain
30. Man
where th
these enz
20 40 destructi
Temperature (°C) lysosom
Temperatura (Cº) Voet, Voet & Pratt (2016)
31. A ge
10. The covalent catalytic mechanism of an enzyme depends on a single disease c
reaction catalyzed by fumarase (Section 17-3G) produces the following several p
curve: ronment
Efecto del pH proximity
than othe
on an en
than prot

Velocidad de reacción
replacem
comparis
able app
binding o
Rate

In add
and salt c
shaped a
(the peak
environm
tion has fi
0
5 6 7 8 9
[Figure a
pH
pH
p. 647, W
Voet, Voet & Pratt (2016)
reaction catalyzed by fumarase (Section 17-3G) produces the following several p
curve: ronment
Efecto del pH proximity
than othe
on an en
than prot

Velocidad de reacción
replacem
comparis
able app
binding o
Rate

In add
and salt c
shaped a
(the peak
environm
tion has fi
0
5 6 7 8 9
[Figure a
Pepsina pH
pH Tripsina
p. 647, W
Quimotripsina
Carboxipeptidasas
 422 CAPÍTULO 11 ENZIMAS: CATALIZADOR
Efecto de la concentración de sustrato
La ecuación (11.24
Vmax constante de Mich
zimática, Leonor M
nificado de KM; po
Velocidad, V

En primer lugar,
para una determin
Vmax /2 ca de esa reacción
trato dado tiene u
puede verse que K
[S] = KM
Consideremos
11.15. A concentra
0 la reacción se apro
Concentración de sustrato, [S] culas de enzima es
Mathews, van Holde & Ahern (2006)

con el sustrato y e
 422 CAPÍTULO 11 ENZIMAS: CATALIZADOR
Efecto de la concentración de sustrato
La ecuación (11.24
Vmax Vmáx = VELOCIDAD MÁXIMA DEL SISTEMA ENZIMÁTICO
constante de Mich
zimática, Leonor M
nificado de KM; po
Velocidad, V

MITAD DE LA En primer lugar,

VELOCIDAD MÁXIMA
DEL SISTEMA para una determin
ENZIMÁTICO
Vmax /2 ca de esa reacción
trato dado tiene u
M puede verse que K
K = CONCENTRACIÓN DE SUSTRATO A LA QUE
SE ALCANZA LA MITAD DE LA VELOCIDAD
MÁXIMA DEL SISTEMA ENZIMATICO Consideremos
[S] = KM
11.15. A concentra
0 la reacción se apro
Concentración de sustrato, [S] culas de enzima es
Mathews, van Holde & Ahern (2006)

con el sustrato y e
 422 CAPÍTULO 11 ENZIMAS: CATALIZADOR
Efecto de la concentración de sustrato
La ecuación (11.24
Vmax Vmáx = VELOCIDAD MÁXIMA DEL SISTEMA ENZIMÁTICO
constante de Mich
zimática, Leonor M
DEFINE LA
CAPACIDAD
nificado de KM; po
CATALÍTICA MÁXIMA
Velocidad, V

QUE TIENE UNA

MITAD DE LA En primer lugar,
ENZIMA
VELOCIDAD MÁXIMA
DEL SISTEMA para una determin
ENZIMÁTICO
Vmax /2 ca de esa reacción
trato dado tiene u
M puede verse que K
K = CONCENTRACIÓN DE SUSTRATO A LA QUE
SE ALCANZA LA MITAD DE LA VELOCIDAD
MÁXIMA DEL SISTEMA ENZIMATICO Consideremos
[S] = KM
11.15. A concentra
DEFINE LA
AFINIDAD DE LA
0 laENZIMA POR EL
reacción se apro
SUSTRATO
culas de enzima es
Concentración de sustrato, [S] Mathews, van Holde & Ahern (2006)
con el sustrato y e
 422 CAPÍTULO 11
Vmáx = k2[E]t
ENZIMAS: CATAL

Efecto de la concentración de sustrato

La ecuación
demos expresar Vmaxk [E] en la ecuación
2 t (11.24)
constante de
ecuación de Michaelis-Menten de la zimática,
Velocidad, V
forma
nificado de K
Le

En primer l
Vmáx[S] para una det
Vmax /2
V = ## ca de esa rea
KM ! [S]
trato dado t
ECUACIÓN DE
MICHAELIS MENTEN
puede verse
rma en que más la utilizaremos.
[S] = KM
Consider
11.15. A con
0 la reacción
Mathews, van Holde & Ahern (2006)
s
DE LAS VELOCIDADES DE
Concentración de REACCIÓN
sustrato, [S] culas de enz
FIGURA 11.15
con el sustra
 422 CAPÍTULO 11
Efecto de la concentración de sustrato
ENZIMAS: CATALIZADO

La ecuación (11.
Vmax constante de Mic
zimática, Leonor
nificado de KM;
Velocidad, V

En primer lugar
para una determ
Vmax /2 ca de esa reacció
trato dado tiene
puede verse que
[S] = KM
Consideremo
11.15. A concent
0 la reacción se ap
Concentración de sustrato, [S] culas de enzima
FIGURA 11.15
con el sustrato y
Mathews, van Holde & Ahern (2006)

matemáticamen
 Efecto de inhibidores

INHIBICIÓN COMPETITIVA

INHIBICIÓN NO COMPETITIVA
rse, al
sos, la
iones INHIBICIÓN COMPETITIVA
Lugar
a a la activo Tanto el sustrato
orma Sustrato
de la como el inhibidor se
ble se enzima unen al sitio activo. El
Inhibidor
de los sustrato puede ser
ágina procesado por la
su ac- enzima, mientras que
los. el inhibidor no.
Si aumentamos la
Productos El sustrato y
concentración de
el inhibidor
pueden sustrato, podemos
no co- El inhibidor unirse al lugar desplazar al inhibidor
r me- impide activo del sitio activo de las
ectan la unión moléculas de enzima
del sustrato inhibidas y recuperar
la actividad de esas
Mathews, van Holde & Ahern (2006) moléculas.
FIGURA 11.19
e una Inhibición competitiva. Tanto el sustrato
sas moléculas de sustrato harán que no compita el inhibidor. El efecto de la
bición competitiva en una gráfica de V frente a [S] se muestra en la Figura 1
INHIBICIÓN COMPETITIVA

Vmax sin inhibidor

Velocidad de reacción

−I +I con inhibidor
V

0
Mathews, van Holde & Ahern (2006)
KM KMap
[S]
(a)
AUMENTA EL KM DISMINUYE LA AFINIDAD POR EL SUSTRATO
432 CAPÍTULO 11 ENZIMAS: CATALIZADORES BIOLÓGICOS
INHIBICIÓN NO COMPETITIVA
Lugar La unión del El análisis matemático proporciona:
activo inhibidor El inhibidor (rojo) se une a
distorsiona un lugar de la superficie {kcat/(1 " [I]/KI)}[E]
la enzima V = !!!
enzimática distinto del lugar KM " [S]

Lugar del sustrato (verde).

Este resultado es exactamente el que cabía
del El inhibidor no interfiere en
fluenciada por el inhibidor, pero la kcat ap
inhibidor
la unión del sustrato, pero
[I]/K I]), disminuye al aumentar [I]. En co
modifica la configuración
caso (Figura 11.23a) puesto que a un valo
molecular de la enzima e
El sustrato inhibe el fenómeno V ap ap
V máx = kcat[
y el inhibidor
En ausencia pueden unirse catalítico.
del inhibidor, simultáneamente ElLa actividad de las moléculas
efecto de la inhibición no competitiva
se forman
los productos de enzima inhibidas no
weaver-Burk se muestra en la Figura 11.2
La presencia del
inhibidor hace puede recuperarse
tanto de kcat como de KI mediante el gr
que la formación 11.23c). Se encuentra un ejemplo en la inh
aumentando la
de producto sea seconcentración de sustrato.
el Capítulo 21) por las aminas terciaria
más lenta la enzima en sus diversas formas, pero el
Mathews, van Holde & Ahern (2006)
FIGURA 11.22 puede descomponerse en la enzima más e
Inhibición no competitiva. El inhibidor En realidad, la situación suele ser más
sí tanto kcat como KM. A este último caso se le denomina, por razones obvia
el hibición mixta. En estas circunstancias, las ecuaciones cinéticas pasan
más complicadas y no se considerarán aquí.
INHIBICIÓN NO COMPETITIVA

Vmáx(−I) sin inhibidor

Velocidad de reacción

V ap
máx

−I con inhibidor
+I
V

DISMINUYE LA Vmáx
KM

0
(a) [S]

SE REDUCE LA CAPACIDAD CATALÍTICA

Mathews, van Holde & Ahern (2006) DEL SISTEMA
va
 REACCIÓN ENZIMÁTICA SIN INHIBIDORES
B. Enzyme-catalyzed reaction

A B

X Y X Y

Z Z

.A-complex
2. EComplejo E·A .A.B-complex
3. EComplejo E·A·B
X Y X Y

Z Active site
Sitio Activo Z

Enzima libre E
1. Freeenzyme Transición E
4.Transition +
state E

X Y X Y

Z Z

D .D-complex
6. EComplejo E·D C .C.D-complex
5. EComplejo E·C·D

C. Principles of enzyme catalysis Adaptado de Koolman & Roehm (2005)

a Approximation and orientation

 I
En ausencia KM(1 ! [I]/KI) ! pueden
[S] Competitive
unirse 1. Uninhibited Noncompeti
del inhibidor, simultáneamente
que puede formularse también El efecto de la inhibición no competitiva sobre una representación de Lin
se forman de la siguiente forma
los productos weaver-Burk se muestra en la Figura 11.23b. Puede determinarseI el valor re
kcat[E]t[S] VmaxLa[S]
presencia del ap
Efecto de inhibidores
K ! [S] K
V = "" ap = "" UNIÓN DE LOS C
ap inhibidor hace
! [S] I
tanto de kcat como de KI mediante
C (11.37b) C el gráfico
C
de 1/V máx frente a [I] (Figu
C
M M 11.23c). Se encuentra un ejemplo en la inhibición de la acetilcolinesterasa (vé
que la formaciónSUSTRATOS AL
de producto sea
Esta expresión se asemeja a la ecuación de Michaelis-Menten, se eluna
con Capítulo
K 21) por las aminas terciarias (R3N). Estos compuestos se unen
“apa-
rente” dada por K Map más lenta SITIO ACTIVO SIN
la enzima
= KM (1 + [I]/KI). Como se preveía, el aumento
M
en pro-
de [I] sus diversas formas, pero el complejo acil-intermedio-amina
C C C
FIGURA 11.22
duce un aumento de la KM aparente. Obsérvese queala velocidad INHIBIDORES
puede descomponerse en la enzima más el producto.
máxima no cam-
Inhibición no competitiva. El inhibidor En realidad, la situación suele ser más compleja que este caso sencillo q
bia, puesto que cuando (rojo)
[S] llega
se unea aser
unmuy grande,
lugar de V se aproxima
la superficie
hemosmáx
, al igualAsí por
a V descrito. C: grupos funcionales del sitio activo
ejemplo, el complejo ESI puede ser 4. Modifying reag
capaz de sufrir
que en ausencia de inhibición, y Vmáx = kcat[E]t. Físicamente, esto
enzimática distinto del lugar del sustrato significa
proceso sim- de manera lenta, o laEnzymes
catalítico unión del inhibidor97puede modific
Enzymes
no interfiere en la unión del sustrato, pero INHIBICIÓN (I)
(verde). En este ejemplo sencillo, el inhibidor
plemente que si hacemos [S] muy grande para un valor dado sí
detanto
[I], las
kcatnumero-
como KM. A este último caso se le denomina, por razones obvias, i
sas moléculas de sustrato harán que no catalítico.
compitaElelinhibidor
inhibidor. Allosteric
yCel El hibición
efectoCdemixta.
la inhi-En estas circunstancias,
A. Types
bición competitiva en una COMPETITIVA
inhibe
of
el fenómeno
inhibitor
gráfica
sustrato A.deTypes
pueden V ofmanera
frente
unirse de ainhibitor
[S] se muestra enmás
I
complicadasNO COMPETITIVA
la Figura 11.20a. y no se considerarán aquí.
C pasan a s
las ecuaciones cinéticas
I
independiente.

C Vmáx(−I) C
Vmax b Noncompetitive a
Competitive 1.
Competitive Uninhibited
1. Uninhibited Noncompetitive
ap
2. Substrate analogsV máx I
ΔVmáx
−I +I −I I I
+I
C C V C C
I C C I C C C C C C
V

C I C v C
inhibidor
inhibidor I

C
C C C C KM
C C C
a a b
0 0 [A]
3. Transition state 6. 4. Modifying
4. Modifying reagent reagentsubstr
5. “Suicide
KM KMap (a) [S]
[S] analog

Δ KM
(a)
Allosteric Allosteric
REVERSIBLE
FIGURA 11.23
to CEfectos de C C
I la inhibición I C
no competitiva C C C C
B. Kinetics
sobre la cinética enzimática. (a) Efecto
of inhibition I 1
____ I
+I
de un+Iinhibidor no competitivo (I) sobre la −I ap
V máx 1
Pendiente = ______
−I
KMap

UNIÓN DE LOS INHIBIDORES A LA ENZIMA MEDIANTE ENLACES NO COVALENTES

Pendiente
1
__
KM
velocidad de reacción a diferentes
= ___ 1
____ 1
____
VmáxK
C
concentraciones de sustrato. C
En este ejemplo KI V ap C C
áx.
sencillo, KMb
b V Vmáx
no se afecta, mientras que Vmáx máx
aCompetitive a
__
V

KM
1

1
____ disminuye debido a que la enzima no es Maximal
inhibition: 0
ver-
maxSubstrate
V2. 2. Substrate
analogs
catalíticamente analogs
tan eficaz en presencia1 00 del I I ____
1 V unchanged velocity V [I]
a). [I]
 REACCIÓN ENZIMÁTICA SIN INHIBIDORES
B. Enzyme-catalyzed reaction

A B

X Y X Y

Z Z

.A-complex
2. EComplejo E·A .A.B-complex
3. EComplejo E·A·B
X Y X Y

Z Active site
Sitio Activo Z

Enzima libre E
1. Freeenzyme Transición E
4.Transition +
state E

X Y X Y

Z Z

D .D-complex
6. EComplejo E·D C .C.D-complex
5. EComplejo E·C·D

C. Principles of enzyme catalysis Adaptado de Koolman & Roehm (2005)

 CH2OH

A Hexokinase Uses the First ATP

H O H hexokinase H
m H Mg
2+

OH H + ATP
INHIBICIÓN COMPETITIVA HO OH HO

Reaction 1 of glycolysis is the transfer of a phosphoryl group from ATP to glu- H OH

cose to form glucose-6-phosphate (G6P)(a)in a reaction catalyzed by hexokinase.

Glucose Gluc

A kinase is an enzyme that transfers

CH2OH CH2OPO23– and a metabolite (Section 14-2C).
phosphoryl group acceptor is indica
H O H hexokinase H O H Hexokinase is a ubiquitous, relativel
H 2+ H the phosphorylation of hexoses suc
482 Mg
D-fructose.+Liver cells also contain
OH
Chapter 15 Glucose CatabolismH +A Hexokinase
ATP Uses the First ATP OH H + +
ADP catalyzesHthe same reaction but whic
HO OH Reaction 1 of glycolysis is the transfer of HO OH
a phosphoryl group from ATP to glu- ing blood glucose levels (Section 22
cose to form glucose-6-phosphate (G6P) in a reaction catalyzed by hexokinase. The second substrate for hexo
H OH H OH Mg2+–ATP complex. In fact, unco
CH2OH CH2OPO23– tive inhibitor of hexokinase. Altho
Glucose
Glucosa
H
H
O H hexokinase
Mg
2+ Glucosa-6- fosfato
H O H
Glucose-6-phosphate
H
mention the participation of Mg2+, it i
+ Mg2+ shields the negative charges of t
HO
OH H
OH
+ ATP
HO (G6P)+ ADP + H
OH H
OH γ-phosphate oxygen atoms, making the γ-
H OH H OH
for nucleophilic attack by the C6-OH group o

A kinase is an enzyme that transfers phosphoryl groups between ATP

Glucose Glucose-6-phosphate
.–. .
M

a)
(a)
and a metabolite (Section b)
14-2C). The
(G6P)

metabolite
(b)
A kinase is an enzyme that transfers phosphoryl groups between ATP that serves as the
Adenosine O P O P O
O
– O

phosphoryl group acceptor is indicated in the prefix of the kinase name.

and a metabolite (Section 14-2C). The metabolite that serves as the
phosphoryl group acceptor is indicated in the prefix of the kinase name.
O O

Glucosa Hexokinase is the a ubiquitous,

Hexokinase relatively
is a ubiquitous, relatively nonspecifinonspecifi
c enzyme that
phosphorylation of hexoses such as D-glucose, D-mannose, and
ccatalyzes
enzyme that catalyzes
the phosphorylationD-fructose. of
Liver hexoses
cells also contain such -glucose,
as Dglucokinase,
the isozyme which D-mannose, and ATP
catalyzes the same reaction but which is primarily involved in maintain-
D-fructose. Liver cells
ing blood glucosealso contain
levels (Section 22-1D). the isozyme glucokinase,cose–hexokinase which
Comparison of the X-ray struct
complex indicates
catalyzes the same reaction but which is primarily
The second substrate for hexokinase, as for other kinases, is an
2+
Mg –ATP complex. In fact, uncomplexed ATP is a potent competi- involved in maintain-
mational change in hexokinase (Fig
active site cleft swing together by up t
ing blood glucose levels (Section 22-1D).
tive inhibitor of hexokinase. Although we do not always explicitly
2+
mention the participation of Mg , it is essential for kinase activity. The ner that suggests the closing of jaws. This m
—C6H OH group of glucose and excludes w
The γ-phosphate
second
Mg shieldssubstrate 2+
for
the negative charges hexokinase,
of the ATP’s α- and as β- for
or β-otherand kinases,
proximity eff is 2
ects; an
Section 11-3D). If the cata
2+ for nucleophilicoxygen atoms, making the γ-phosphorus atom more accessible
Mg –ATP complex. attack byIn fact, group
the C6-OH uncomplexed
of glucose: ATP is a potent proper
competi-
position for reaction while the enzyme w
ATP hydrolysis (i.e., phosphoryl group transfer t
tive inhibitor of hexokinase. –
Although
.–
. .Mg. . . –
H
we doconformational
O 15-2 O Substrate-induced
FIG.
2+
not always favored;explicitly
Fig. 14-7a) would almost certainly be th
Clearly, the substrate-induced conformationa
O
2+
(b)
mention the participation
HEXOQUINASA of Mg ,
changes
Adenosine O P O represented it is
in essential
yeast hexokinase. Thefor
– H
P O Pby aOtransparent
O CH
enzyme
∶
kinase
O H surface
molecular
2
is foractivity.
the enzyme’s The
specifi city. In addition, the active
of water, thereby facilitating the nucleophilic re
Mg2+ shields the negative charges O Oof theO ATP’s
with its backbone shown as
OH H α-
ribbon. (a) Free hexokinase. Note its prominent
and
H a purple or yellow
β-
deeply or
cleftedβ- and
structure as hexokinase and underg
their substrates (e.g., protein kinase A, Fig. 13-21
γ-phosphate oxygen atoms, making the bilobal appearance.HO
γ-phosphorus
with glucose drawn in space-fi
H lling
OH
atom
(b) Hexokinase inOH
form
complex
with more accessible
m A Hexokinase Uses the First ATP
INHIBICIÓN COMPETITIVA
Reaction 1 of glycolysis is the transfer of a phosphoryl group from ATP to glu-

CH2OH
-
cose to form glucose-6-phosphate (G6P) in a reaction catalyzed by hexokinase.
CH2OPO23–
H O H hexokinase H O H
H 2+ H
482 Mg
+
OH H + ATP
Chapter 15 Glucose Catabolism OH UsesHthe First ATP+ ADP + H
A Hexokinase
HO OH HO 1 of glycolysis is theOH
Reaction transfer of a phosphoryl group from ATP to glu-
cose to form glucose-6-phosphate (G6P) in a reaction catalyzed by hexokinase.
H OH CH2OH
H OH CH2OPO23–

Glucose
Glucosa
H
Glucosa-6- fosfato
O H hexokinase
Glucose-6-phosphate
H Mg
2+
H
H
O H

+ ATP + ADP + H+
HO
OH
(G6P)
H
OH HO
OH H
OH
H OH H OH

A kinase is an enzyme that transfers phosphoryl groups between ATP

Glucose Glucose-6-phosphate

and aa)
(G6P)

metabolite (Section 14-2C). The

(a)
A kinasemetabolite
is an enzyme thatthat
transfers serves
phosphorylas thebetween ATP
groups
phosphoryl group acceptor is indicatedand ina the prefix of the kinase name.
metabolite (Section 14-2C). The metabolite that serves as the
phosphoryl group acceptor is indicated in the prefix of the kinase name.
Hexokinase
Glucosa is a ubiquitous, relatively the nonspecifi c enzyme
Hexokinase is a ubiquitous, relatively that catalyzes
nonspecific enzyme that catalyzes
phosphorylation of hexoses such as D-glucose, D-mannose, and
the phosphorylation of hexoses suchD-fructose. as D-glucose, D-mannose,
Liver cells also contain and which
the isozyme glucokinase,
catalyzes the same reaction but which is primarily involved in maintain-
D-fructose. Liver cells also contain the isozyme
ing blood glucokinase,
glucose levels (Section 22-1D). which
catalyzes the same reaction but which isMgprimarily –ATP complex. involved
2+ in maintain-
The second substrate for hexokinase, as for other kinases, is an
In fact, uncomplexed ATP is a potent competi-
ing blood glucose levels (Section 22-1D). tive inhibitor of hexokinase. Although we do not always explicitly
2+
mention the participation of Mg , it is essential for kinase activity. The
The second substrate for hexokinase,
Mg shields theas for charges
2+
negative otherof kinases,the ATP’s α- is andan
γ-phosphate oxygen atoms, making the γ-phosphorus atom more accessible
β- or β- and

Mg2+–ATP complex. In fact, uncomplexed

for nucleophilic attack ATP is agroup
by the C6-OH potent competi-
of glucose:

tive inhibitor of hexokinase. Although we do not –

always
.–. . . . . – explicitly
Mg H 2+

of Mg2+, it is essential
O O O
mention the
(b)
participation
HEXOQUINASA for kinase activity. O CH
TheO H 2

∶
Adenosine O P O P O P O– H

Mg2+ shields the negative charges of the ATP’s α- Oand O β- Oor β- HOHandH
γ-phosphate oxygen atoms, making the γ-phosphorus atom more accessible
HO OH
H OH
 Competitive 1. Uninhibited Noncompeti
Noncompetitive
I
Efecto de inhibidores C UNIÓN DE LOS
I C C C C
I
SUSTRATOS AL
C C C
SITIO ACTIVO SIN
C C C
a INHIBIDORES
C 4. Modifying reag
C: grupos funcionales del sitio activo

4. Modifying reagent INHIBICIÓN

C
Allosteric
C
I C
I

C C IRREVERSIBLE
I C C
b a
UNIÓN DEL INHIBIDOR, MEDIANTE ENLACES COVALENTES, A ALGÚN GRUPO
2. Substrate analogs I
C
aFUNCIONAL DEL SITIO ACTIVO DE LA ENZIMA.

C I C v C
I
INACTIVACIÓN PERMANENTE DE LA ENZIMA
C
C C C
I b
ÓRGANO FOSFORADOS ACETILCOLINESTERASA
[A]
3. Transition state 6. 5. “Suicide substr
C (Paratión: insecticidas)
analog
b
[A] ENZIMAS QUE SÍNTETIZAN LA
5. “Suicide substrate”
inhibidor PENICILINA
PARED BACTERIANA
B. Kinetics of inhibition

Competitive
inhibition: Maximal
10 V unchanged velocity V
 422 CAPÍTULO 11 ENZIMAS: CATALIZADOR
Efecto de la concentración de sustrato
La ecuación (11.24
Vmax constante de Mich
zimática, Leonor M
nificado de KM; p
Velocidad, V

En primer lugar,
para una determin
Vmax /2 ca de esa reacción
trato dado tiene u
puede verse que K
[S] = KM
Consideremos
11.15. A concentra
0 la reacción se apro
Concentración de sustrato, [S] culas de enzima es
Mathews, van Holde & Ahern (2006)

con el sustrato y e
e Michaelis Constant Has a Simple Operational Definition. At the substrate
ncentration at which [S] = KM, Eq. 12-25 yields νo = Vmax/2 so that KM is the
¿Cuántas veces hay que aumentar la [S] por encima del KM para alcanzar la Vmax?

Vmax

vo

Vmax
2

0
0 KM 2KM 3KM 4KM 5KM
[S]

G. 12-3 A plot of the initial velocity vo of a simple enzymatic reaction versus the
strate concentration [S]. Points are plotted in 0.5K M intervals of substrate concentration
e Michaelis Constant Has a Simple Operational Definition. At the substrate
ncentration at which [S] = KM, Eq. 12-25 yields νo = Vmax/2 so that KM is the
¿Cuántas veces hay que aumentar la [S] por encima del KM para alcanzar la Vmax?

Vmax

vo

Vmax
2

0
0 KM 2KM 3KM 4KM 5KM
[S]
66 % V
G. 12-3 A plot of the initial velocity vo ofmáx 80% Vmáx
a simple enzymatic reaction versus the
strate concentration [S]. Points are plotted in 0.5K M intervals of substrate concentration
e Michaelis Constant Has a Simple Operational Definition. At the substrate
ncentration at which [S] = KM, Eq. 12-25 yields νo = Vmax/2 so that KM is the
¿Cuántas veces hay que aumentar la [S] por encima del KM para alcanzar la Vmax?

Vmax

vo

Vmax
2

? [S] = 9·KM => 90 % Vmáx

[S] = 19·KM => 95 % Vmáx
0
0 KM 2KM 3KM 4KM 5KM
[S]
66 % V
G. 12-3 A plot of the initial velocity vo ofmáx 80% Vmáx
a simple enzymatic reaction versus the
strate concentration [S]. Points are plotted in 0.5K M intervals of substrate concentration
mo el si-

ENZIMAS DE REGULACIÓN ALOSTÉRICA

Las enzimas alostéricas son proteínas con múltiples
subunidades catalíticas y con múltiples lugares activos.
Presentan cooperatividad de unión del sustrato y su actividad
puede ser regulada por otras moléculas.
brio, las
o activar La curva de velocidad
K y/o ac- de reacción en
G como Vmáx respuesta al sustrato
obal. Un
es sigmoidea
meros de No cooperativa
que son
ribonu- Muchas de las enzimas que
V Cooperativa constituyen las vías
e las en- metabólicas para la
e las ru- utilización de nutrientes
vaciones
tienen regulación alostérica.
ejado de
los pro- 0
ción que
[S]