Postgrado en Ciencias Básicas Biomédicas

Curso Biología Celular y Molecular

Fundamentos
de Química
Instituto de Química
Facultad de Ciencias Exactas y Naturales
BIBLIOGRAFIA

ORGANIC CHEMISTRY. STRUCTURE AND FUNCTION 3RD Ed.

K. Peter, C. Vollhardt, N. E. Schore
W.H. Freeman & Co. N.Y. 1998

PRINCIPLES OF BIOCHEMISTRY 3ND ED.

A.L. Lehninger, D.L. Nelson, M.M. Cox
Worth Publishers. 2000

BIOQUÍMICA 4A ED.
Lubert Stryer
Ed. Reverté S.A. 1995

FUNDAMENTALS OF BIOCHEMISTRY
VOET, VOET AND PRATT
 Evolución de la química orgánica

Antes de nuestra era: Jabones, alquitrán, venenos,

saborizantes, extractos vegetales.
Siglo XVI: Paracelso. Fármacos capaces de curar el dolor.
Pero sin entender la estructura no se pudo avanzar.
1803: Teoría atómica
1804: Se aisló la morfina del opio.
1847: Se encontró la fórmula empírica.
1925: Estructura correcta.
1952: Síntesis.
Hoy: Diversidad de compuestos. Antibióticos, polímeros,
materiales aplicados a la transmisión de información….
COMPOSICION DE LA MATERIA

Cuánta materia hay en el Universo?

Propiedades macroscópicas vs. propiedades
microscópicas
Especies de moléculas monoméricas que aparecen
en las macromoléculas biológicas:
20 aminoácidos → proteínas
8 tipos de nucleótidos → ácidos nucleicos
~8 tipos de azúcares → polisacáridos

Solo de 6 elementos está formado

aproximadamente el 99% de toda la
materia viva.
 COMPOSICION ATOMICA DE TRES
ORGANISMOS REPRESENTATIVOS

ELEMENTO HUMANO ALFALFA BACTERIA

Carbono 19,37% 11,34% 12,14%

Hidrógeno 9,31% 8,72% 9,94%
Nitrógeno 5,14% 0,83% 3,04%
Oxígeno 62,81% 77,90% 73,68%
Fósforo 0,63% 0,71% 0,60%
Azufre 0,64% 0,10% 0,32%
CHNOPS
Total: 97,90% 99,60% 99,72%
Átomos

Toda la materia está hecha de

átomos
Existen 92 elementos en la
naturaleza
El átomo es la pieza fundamental de
toda materia viva o no viva.

Estructura del átomo

(Z, A, Isótopos)
TABLA PERIODICA DE LOS ELEMENTOS
 ESTRUCTURA ATÓMICA DE ELEMENTOS COMUNES

NÚCLEO
Nº DE
ELEMENTO SÍMBOLO Nº DE Nº DE ELECTRONES
PROTONES NEUTRONES*
Hidrógeno H 1 0 1
Helio He 2 2 2
Carbono C 6 6 6
Nitrógeno N 7 7 7
Oxígeno O 8 8 8
Sodio Na 11 12 11
Fósforo P 15 16 15
Azufre S 16 16 16
Cloro Cl 17 18 17
Potasio K 19 20 19
Calcio Ca 20 20 20
 Electrones y
Energía
Los electrones más
próximos al núcleo tienen
menos energía
(nivel energético más
bajo).

Al aportarle energía a un
electrón, éste asciende
a un nivel superior,
y al regresar, libera
energía. (Ver figura)
Un átomo es más estable cuando todos sus
electrones están en los niveles de Energía
más bajos posible.

Niveles de interés:
Primero: hasta 2 electrones
Segundo: hasta 8 electrones
Tercero: hasta 8 electrones

Las reacciones químicas entre átomos

resultan de su tendencia a alcanzar la
distribución electrónica más estable posible.
Regla del octeto
DISTRIBUCIÓN ELECTRÓNICA DE ÁTOMOS IMPORTANTES

Átomo
Z 1s 2s 2p 3s 3p
H 1 1
C 6 2 2 2
N 7 2 2 3
O 8 2 2 4
P 15 2 2 6 2 3
S 16 2 2 6 2 4

Electrones de valencia
 ENLACES Y MOLÉCULAS
Cuando los átomos interactúan:

* Completan sus niveles energéticos

exteriores
* Forman asociaciones de átomos:
moléculas
Las fuerzas que mantiene unidos a los
átomos: enlace
NÚMERO DE ELECTRONES DESAPAREADOS EN LOS
6 ELEMENTOS PRINCIPALES
 TIPOS DE ENLACE

Existen dos tipos principales de enlaces:

IÓNICO: Unión de dos iones de carga opuesta.

Iones: cationes y aniones. Ej. NaCl

En seres vivos: K+, Ca2+, Na+, Mg2+, Fe2+

COVALENTE: Unión de dos átomos que comparten electrones.

Covalente polar: Los electrones se comparten desigualmente.

Covalente no polar: Los electrones se comparten por partes
iguales.

Según su multiplicidad: Covalentes simples, dobles y triples.

FORMACIÓN DE LA MOLÉCULA
DE METANO
FORMACIÓN DE LA MOLÉCULA
DE DIÓXIDO DE CARBONO
AGUA
 PROPIEDADES DEL AGUA

Cohesión
Tensión superficial
Calor específico
Calor de vaporización
Calor de fusión
Capilaridad
Imbición
Polaridad
Buen solvente
NATURALEZA DIPOLAR DEL AGUA

ESTRUCTURA PUENTE DE HIDRÓGENO

PUENTES DE HIDRÓGENO
EN EL HIELO
 PUENTES DE HIDRÓGENO

FUERZA DEL PUENTE DE HIDRÓGENO

AGUA COMO SOLVENTE
INTERACCIÓN ENTRE COMPUESTOS
NO POLARES Y AGUA
DISPERSIÓN DE LÍPIDOS
EN AGUA

AGRUPAMIENTOS
DE MOLÉCULAS
LIPÍDICAS

MICELAS
 INTERACCIONES DE VAN DER WAALS

9Dos átomos no cargados se

acercan

9Se crea un dipolo eléctrico

transitorio

9Se induce un dipolo de carga

opuesta en el otro átomo

9Atracción débil:INTERACCIÓN
DE VAN DER WAALS

9A medida que se acercan:

repulsión

9Cuando las dos fuerzas se

equilibran: RADIO DE VAN DER
WAALS
 CUATRO CLASES DE INTERACCIONES DÉBILES
ENTRE BIOMOLÉCULAS EN SOLUCIÓN ACUOSA
Energías de estabilización en kJ/mol

Puentes de Hidrógeno E = 8-21

Interacciones Iónicas E = 42

Interacciones hidrofóbicas E = 4- 8

Interacciones van der Waals E=4

 IONIZACIÓN DEL AGUA

AGUA PURA: Equilibrio dinámico entre hidronios e hidróxidos

AGUA + SUSTANCIA IÓNICA: Cambian los números relativos

de hidronios e hidróxidos

SOLUCIÓN ÁCIDA: Si el número de hidronios es mayor que el

de hidróxidos

SOLUCIÓN BÁSICA: Si el número de hidróxidos es mayor que

el de hidronios.
 pH
Grado de acidez

pH: Logaritmo negativo de

la concentración de hidronios
en mol/litro

En 1 litro de agua hay:

1/10.000.000
de moles de hidronios y la
misma cantidad de moles de
hidróxido

= 0.0000001
= 1 x 10-7
logaritmo: -7
-logaritmo: 7
pH DE ALGUNAS

SOLUCIONES

COMUNES
 MOLÉCULAS
ORGÁNICAS
Funciones y formas
 CONCEPTOS BÁSICOS

9 La materia viva se compone principalmente de elementos

livianos.

9 Los elementos más livianos forman enlaces más fuertes.

9 Las biomoléculas son COMPUESTOS DE CARBONO.

9 Los esqueletos carbonados con grupos funcionales son

COMPUESTOS ORGÁNICOS

9 Los grupos funcionales determinan las PROPIEDADES

QUÍMICAS de un compuesto.
TABLA PERIODICA DE LOS ELEMENTOS
 PROPIEDADES SINGULARES
DEL CARBONO

Predominio de compuestos del C es resultado de su versatilidad

química, comparada con otros elementos:

• forma 4 enlaces covalentes muy estables

• forma enlaces dobles y triples
• forma cadenas de enlaces C-C de extensión ilimitada

Se conocen más de 7 millones de compuestos

químicos, de los cuales el 90% son compuestos de C!

Solo B, C, N, Si y P pueden formar más de 3 enlaces covalentes

Por qué no hay abundancia de compuestos de B, N,

Si y P???
ESTRUCTURA TRIDIMENSIONAL
DEL CARBONO

CH2
FUNCIONES ORGÁNICAS
FUNCIONES ORGÁNICAS
SIN CARBONILO CON CARBONILO
R–H R – CO - H
R–R R – CO - R
R – OH R – CO – OH
R–O–R R – CO – OR
R – NH2 R – CO – NH2
R – SH R – CO – SH
R – SR R – CO – SR
FUNCIONES ORGÁNICAS
FUNCIONES ORGÁNICAS
ESTEREOISOMERÍA
La forma de las moléculas
 ISÓMEROS

CONSTITUCIONALES ESTEREOISÓMEROS
Diferente conectividad Diferente disposición de átomos

CONFIGURACIONALES CONFORMACIONALES:
Interconversión: ruptura de enlaces Interconversión: rotación en enlaces σ

ÓPTICOS
Relación tridimensional
de sustituyentes en torno
a un átomo
GEOMÉTRICOS
Rotación restringida
sobre enlace múltiple
ISÓMEROS CONFORMACIONALES

CONFORMACIONES DEL ETANO

CAMBIOS DE ENERGÍA PRODUCTO DE LA ROTACIÓN
EN TORNO AL ENLACE C-C EN EL ETANO
ISÓMEROS CONFIGURACIONALES
Primer caso: GEOMÉTRICOS
 ISÓMEROS GEOMÉTRICOS

11-CIS RETINAL RETINAL TODO TRANS

ISÓMEROS CONFIGURACIONALES
Segundo caso: ÓPTICOS

MOLÉCULA QUIRAL
ISÓMEROS CONFIGURACIONALES
Segundo caso: ÓPTICOS

MOLÉCULA AQUIRAL
ISÓMEROS CONFIGURACIONALES
Segundo caso: ÓPTICOS
FORMA DE OBTENER LA CONFIGURACIÓN R o S
DE UN CENTRO QUIRAL
ÁCIDO TARTÁRICO DEXTRO Y LEVOROTATORIO
 INTERPRETACIÓN Y
MECANISMO
DE LAS
REACCIONES ORGÁNICAS
Se dará respuesta a las siguientes preguntas:

• Por qué ciertas reacciones se llevan a cabo y otras no?

• Qué factores controlan la velocidad de las reacciones?
• Cuál es la relación entre la estructura de una molécula y su
actividad?

TERMODINÁMICA: Cambio de contenido de Energía de los

reactivos respecto de los productos.

CINÉTICA: Camino que siguen las moléculas para transformarse

de reactivos en productos y la velocidad a la que ésto ocurre.
 PERFIL DE REACCIÓN O DIAGRAMA DE ENERGíA

Gráfica del cambio de energía potencial que se produce a medida

que la reacción avanza.

ENERGÍA LIBRE

Medida de la energía potencial de una molécula o grupo de

moléculas.

ΔG0 = ΔH0 - TΔS0

TERMODINÁMICA

Energías relativas de reactivos y productos. Para que una reacción

sea práctica, la termodinámica debe favorecer el producto deseado y
la velocidad de reacción debe ser suficiente para que ocurra en un
tiempo razonable y para que la reacción predomine sobre las otras
reacciones en competencia.
 REACCIONES ENDO Y EXOTÉRMICAS

Una reacción es endotérmica cuando la entalpía de los productos es

mayor que la de los reactivos.

Una reacción es exotérmica cuando la entalpía de los productos es

menor que la de los reactivos.

Una reacción termoneutra tiene igual entalpía para reactivos y

productos.
 CINÉTICA

La velocidad de reacción depende de la temperatura y de la concentración

de las especies en reacción.

Una reacción se puede verificar en una etapa (concertada) o en varias

etapas que involucran la participación de uno o varios intermediarios.

ESTADO DE TRANSICIÓN

Es la especie de mayor energía a lo largo de toda la coordenada de

reacción. Es inestable y su existencia es transitoria.

La energía que se requiere para alcanzar el estado de transición es la

ENERGÍA DE ACTIVACIÓN.

Cómo es la energía de activación de la reacción directa e inversa en una

reacción endotérmica? En una exotérmica? En una termoneutra?
 MECANISMOS DE REACCIÓN

Descripción detallada de cómo ocurre una reacción.

Para que una reacción tenga lugar se requieren condiciones de
energía, orientación, concentración, forma de las moléculas.

MECANISMOS DE REACCIÓN MÁS COMUNES:

Sustitución Eliminación Adición

 MECANISMOS DE REACCIÓN
Sustitución nucleofílica bimolecular SN2

Sustitución nucleofílica unimolecular SN1

Eliminación unimolecular E1

Eliminación bimolecular E2

NUCLEÓFILO: Reactivo básico, rico en electrones

REACCIÓN UNIMOLECULAR: En el estado de transición está involucrado una

sola especie (una sola clase de molécula)

REACCIÓN BIMOLECULAR: En el estado de transición están involucradas dos

especies (dos clases de moléculas)
INTERMEDIARIOS REACTIVOS
 Energía libre
Energía libre

Coordenada de reacción Coordenada de reacción

 GRUPO SALIENTE

GRUPO SALIENTE NUCLEÓFILO

ALGUNOS GRUPOS FUNCIONALES QUE ACTÚAN
COMO GRUPOS SALIENTES EN LAS CÉLULAS
Estructura de las
BIOMOLÉCULAS
 BIOMOLÉCULAS

Moléculas más grandes y más complejas

que las estudiadas en la química orgánica.

Ambiente está muy lejos de la básica

simplicidad de las mezclas de reacción del
químico orgánico.

Pero: sus propiedades físicas y químicas

dependen de la estructura (igual que
para los compuestos orgánicos sencillos)
 COMPOSICION ATOMICA DE TRES
ORGANISMOS REPRESENTATIVOS

ELEMENTO HUMANO ALFALFA BACTERIA

Carbono 19,37% 11,34% 12,14%

Hidrógeno 9,31% 8,72% 9,94%
Nitrógeno 5,14% 0,83% 3,04%
Oxígeno 62,81% 77,90% 73,68%
Fósforo 0,63% 0,71% 0,60%
Azufre 0,64% 0,10% 0,32%
CHNOPS
Total: 97,90% 99,60% 99,72%
 COMPOSICION PORCENTUAL DEL
CUERPO HUMANO

Carbohidratos
Lipidos
2%
8%
Proteinas
15%

Agua
75%
 BIOMOLECULAS

SUSTANCIAS BIO-ORGANICAS SUSTANCIAS

(metabolitos primarios) BIO-INORGANICAS

LIPIDOS CARBO- PROTEINAS ACIDOS

HIDRATOS NUCLEICOS
 PRECURSORES BIOSINTÉTICOS

O
║
CH3-C~SCoA
Acetil CoA CH2-C-CH2-CH2PPi
CH3
Isopentenil PPi

CH3
C CH CH2 PPi
CH3
Dimetil Alil PPi

Isopreno
 Grasas CO2
Fotosíntesis
glicerol
Aldosas Celulosa, glicógeno,
Cetosas Almidón, otros polisacáridos
Acetogeninas
Piruvato
Ac. grasos
Ac. shikimico
Fenoles
Acetil CoA
Naptaquinonas
Flavonoides Ac. chorismico
Antraquinonas Ciclo Krebs
Tropolonas Ac. Antranílico Ac. propénico
Ac. Mevalónico Unidades C1

Triptófano Fenilalaniina
α- aminoácidos
Terpenos tirosina

Alcaloides

Esteroides Proteínas

Purinas
Pirimidinas
porfobilinógeno

Porfirinas Ac. nucléicos

LÍPIDOS
 LÍPIDOS
Característica común: insolubilidad en
agua. Los lípidos son solubles en
solventes no polares como
tetracloruro de carbono, éter etílico y
benceno.

FUNCIONES
Almacenamiento de energía
Componentes de membranas celulares
Cofactores en reacciones enzimáticas
Agentes emulsionantes
Hormonas
Mensajeros intracelulares
 CLASIFICACIÓN DE LOS LÍPIDOS

CLASES CARACTERÍSTICAS EJEMPLOS

Ácidos carboxílicos de cadena larga.
Usualmente lineales (a veces Ácido palmítico
Ácidos grasos sustituidos o ramificados).

Hidrocarburos Lineales o ramificados. Tetracosano

Alcoholes grasos Octadecanol
Suelen unirse en forma enólica al glicerol
Derivados de Aldehídos grasos Aldehido palmítico
ácidos grasos Alcoholes grasos de 18 ó 20 átomos de
carbono con una función amina en el C2 Esfingosina
Esfingosinas
Son ácidos grasos modificados por ciclación y Prostaglandina E2
Prostaglandinas sustituciones específicas. PGE2

Esteres de ácido graso y alcohol superior Palmitato de

Ceras octadecanilo
Acilgliceroles Lípidos que contienen glicerol unido a uno o 1-estearil-2 –oleil-3-
(grasas neutras) Varios ácidos, aldehídos o alcoholes grasos linoleilglicerol.
Lípidos que Glicoglicerolípidos Contiene glicerol, ácidos grasos y hexosa Galactoglicerolípido
contienen ácidos
Glicerofosfolípidos Contiene a. grasos, glicerol, a. fosfórico y a Ácido fosfatídico
grasos
veces otro componente polar.
Cerámidos Amidas de ácido graso y esfingosina. N-oleilesfingosina
Esfingofosfolípidos Esfingosina, a. graso, a. fosfórico y una base
nitrogenada Cerámido-1-fosfocolina
Glicoesfingolípidos cerámido y uno o más componentes gicosídicos
cerebrósidos
unidos por enlaces glicosídicos.
Terpenoides Líquidos formados por la condensación de Geraniol
unidades de isopreno (IPP/ DAPP).
Lípidos no
Carotenoides Líquidos octaprenoides Vitaminas liposolubles
relacionados con
ácidos grasos Líquidos isoprenoides cíclicos con el anillo
Esteroides Colesterol
Del ciclo pentanoperhidro fenantreno.
 s
oide
n
rpe
Te

CH2-C-CH2-CH2PPi
CH3
Isopentenil PPi
Esteroides
CH3
C CH CH2 PPi
CH3
Dimetil Alil PPi
ca
ro
ten
oid
es
CLASIFICACIÓN DE LÍPIDOS
 ÁCIDOS GRASOS
Lípidos de almacenamiento

CADENA HIDROCARBONADA GRUPO

CARBOXILO
ÁCIDOS GRASOS
Saturados e insaturados
ÁCIDOS GRASOS
Saturados e insaturados
BICAPA LIPÍDICA
TRIGLICÉRIDOS

1-Estearoil-2-linoleil-
3-palmitoil-glicerol
 COMPOSICIÓN DE ÁCIDOS GRASOS
EN 3 ALIMENTOS DE ORIGEN NATURAL
FOSFOLÍPIDO

FOSFATIDILCOLINA
ESFINGOLÍPIDO

ESFINGOMIELINA
ESTEROIDES
ESTEROIDES
 CARBOHIDRATOS
Polihidroxialdehídos o polihidroxicetonas que incluyen
azúcares simples y complejos como la glucosa, la
sacarosa, la celulosa y el almidón.

Son la clase más abundante de moléculas biológicas

Unos se sintetizan en la fotosíntesis y otros en la

gluconeogénesis.

FUNCIONES

Producción de energía instantánea. Estructural en

vegetales. Formación de moléculas complejas
glicoproteínas, ácidos nucleicos, glicolípidos.
D-ALDOSAS
D-CETOSAS
ESTRUCTURA DE LA
CELULOSA
ESTRUCTURA DEL ALMIDÓN
 ÁCIDOS
NUCLEICOS
 PURINAS

PIRIMIDINAS
DESOXIRIBONUCLEÓTIDOS
RIBONUCLEÓTIDOS
FRAGMENTOS
DE DNA Y RNA
PUENTES DE HIDRÓGENO
EN LOS PARES DE BASES
James Watson, Francis Crick (1953)
AMINOÁCIDOS
Y PROTEÍNAS
 PROTEINAS

Son las biomoléculas más abundantes en el

organismo. Son polímeros de aminoácidos.

Funciones

Enzimáticas
Soporte estructural de los organismos
Transporte y almacenamiento de iones y
moléculas
Comunicación química
Protección.
ESTRUCTURA GENERAL DE
AMINOÁCIDOS
ESTEREOISOMERÍA DE AMINOÁCIDOS
CLASES DE AMINOÁCIDOS
No polares. Grupos R alifáticos
CLASES DE AMINOÁCIDOS
Grupos R aromáticos
CLASES DE AMINOÁCIDOS
Polares. Grupos R no cargados
CLASES DE AMINOÁCIDOS
Grupos R con carga positiva
CLASES DE AMINOÁCIDOS
Grupos R con carga negativa
PUENTES DISULFURO EN
CISTINA Y CISTEÍNA
Los carbohidratos pueden unirse a lípidos o a proteínas de la superficie de la
célula, y representan una señal de reconocimiento en superficie. Tanto las
glicoproteínas como los glicolípidos de la superficie externa celular sirven como
señales de reconocimiento para hormonas, anticuerpos, bacterias, virus u otras
células. Los carbohidratos son también los responsables antigénicos de los
grupos sanguíneos.
CATALISIS ENZIMATICA
 DEFINICIONES
9Catalizador es una sustancia que modifica las velocidades de una
reacción química sin ser modificada en el proceso.

9Los catalizadores aceleran las reacciónes pero no afectan los

equilibrios.

9Experimentalmente es ha establecido que los enzimas son

capaces de producir incrementos en la velocidad de reacción en
varios órdenes de magnitud con respecto a lo observado a los
mejores catalizadores químicos.

9Este hecho experimental hizo suponer durante mucho tiempo

que el origen biológico explicaba adecuadamente la diferencia.

9Hoy día está claro que los mecanismos catalíticos de los

enzimas son idénticos a los denominados catalizadores
químicos y la diferencia en la respuesta es simplemente el
diseño.
 CLASIFICACIÓN

1. CATÁLISIS ACIDO-BASE

2. CATÁLISIS COVALENTE

3. CATÁLISIS POR IONES METÁLICOS

4. CATÁLISIS ELECTROSTÁTICA

5. EFECTO DE PROXIMIDAD Y ORIENTACIÓN

6. FIJACIÓN PREFERENCIAL DEL COMPLEJO DEL ESTADO DE TRANSICIÓN

 Variación de la velocidad inicial (v) en función de [s]
A bajas concentraciones de S el enzima no está saturado y V varía con la [s]

A altas concentraciones de S, el enzima está saturado y V es constante

 CINETICA ENZIMATICA

Condición de análisis

Variación de la velocidad inicial (v) en función [E]

 De
sna
tur
aliz
v aci
v ón
t opt. tér
mi
ca

pH t
Efecto del pH sobre la conformación del enzima
..
..
NH3+ NH3+
NH2
- H+ - H+
NH3+- H+
NH2- H+

+ H+ + H+ + H+ + H+

COO-
COOH COOH COO- COO-
 CETO Estado de transición ENOL
Sin catálisis R R R
δ
-
C=O C O C-O-H
CH 2 CH 2
+
CH 2
H H δ

R R
ácida general

R
- δ+ δ-
Catalisis

δ -
C=O + H-A C O H A C-O-H + A H2 O
+
CH 2 CH 2 H CH
+ 2 H-A + OH-
H H δ
R
básica general

R - R
Oδ
Catalisis

C
C=O
CH 2 + C-O-H + B+- H
CH 2 +
H +
H δ CH 2 :B + H
H B δ+