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Analyse de la diversité génétique

à l’aide de marqueurs moléculaires :


Module d’apprentissage

Introduction

Copyright: IPGRI et Cornell University, 2003


Traduction française: Cirad & SupAgro, 2006 Introduction 1
Contenu
f La méthode scientifique
• Définir la question biologique
• Développer une problématique scientifique
− Echantillonner dans des populations
− Echantillonner dans le genome
• Conduire les expériences
• Analyser et interpréter les données
f Les niveaux de diversité biologique
f Mesurer la variation génétique
f Relations entre phénotypes et génotypes

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La méthode scientifique

f Définir la question biologique

f Poser une hypothèse et mettre en


place l’expérience

f Conduire l’expérience

f Analyser et interpréter les données


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Definir la question biologique

f Quel est le problème ?

f Faire le point sur la question :


• Est-ce que cela a déjà été étudié ?
• Est-ce qu’il existe une explication ?

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Quel type de question ?

Se poser des questions sur :


• Les stratégies de conservation
• Utilisation pour l’amélioration des espèces cultivées
(crop breeding)
• Evolution et domestication

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Un exemple, deux questions :
Quel est le degré de variabilité ?
Quelle part peut-on se permettre de perdre ?

Loci A B C D E F G H I
Allèle A1 B1 C1 D1 E1 F1 G1 H1 I1
A2 B2 C2 ⎯ E2 F2 G2 ⎯ I2
⎯ ⎯ C3 ⎯ E3 ⎯ G3 ⎯ I3
⎯ ⎯ ⎯ ⎯ E4 ⎯ ⎯ ⎯ ⎯
Génotype A1 A1 B1 B1 C1 C1 D1 D1 E1 E1 F1 F1 G1 G 1 H1 H1 I1 I 1
A1 A2 B1 B2 C1 C2 E1 E2 F1 F2 G1 G 2 I1 I 2
A2 A2 B2 B2 C1 C3 E1 E3 F2 F2 G1 G 3 I1 I 3
⋮ ⋮ ⋮ ⋮
etc. etc. etc. etc.
Nombre total de génotypes ΣK(K + 1)/2
Loci A B C D E F G H I
Genotypes (N) 3 3 6 1 10 3 6 1 6 58320
Un individu A1 A2 B2 B2 C2 C3 D1 D1 E2 E4 F1 F1 G1 G 3 H1 H1 I2 I 2
Un autre individu A1 A1 B1 B2 C1 C1 D1 D1 E1 E3 F2 F2 G2 G 3 H1 H1 I3 I 3

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Poser une hypothèse
et mettre en place l’expérience

f Comment traiter au mieux la question ?


f Existe-t-il d’autres stratégies ?
f Considérations de coût, de temps et de
ressources disponibles
f Stratégies d’échantillonnage
• Populations ou individus
• Génome

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Echantillonner dans les populations

f De combien de populations et/ou d’individus a-t-


on besoin pour atteindre notre objectif ?

f Est-ce que notre objectif est réaliste ?

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Echantillonner dans le génome

f Combien doit-on utiliser de locus ?

f Deux stratégies sont possibles :


• Sélectionner peu de marqueurs très informatifs
• Sélectionner de nombreux marqueurs peu
informatifs, distribués au hasard sur le génome

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Problèmes posés par
un mauvais échantillon

1. Si la taille de l’échantillon est trop faible, on


obtient des résultats biaisés

Génotypes Fréquences allèliques


Nb individus A1 A1 A1 A2 A2 A2 p q
10 7 1 2 0.75 0.25
30 4 16 10 0.4 0.6
100 27 39 34 0.465 0.535
1000 299 395 306 0.4965 0.5035
1,000,000 300,000 400,000 300,000 0.5 0.5

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Problèmes posés par
un mauvais échantillon (suite)

2. Quelques allèles échappent à l’échantillon et


sont donc typés comme “absents” :

Population initiale Echantillon


Frequence de A1 (p) = 25/96 = 0.260 Frequence de A1 (p) = 8/36 = 0.222
Fréquence de A2 (q) = 68/96 = 0.708 Frequence de A2 (q) = 28/36 = 0.778
Fréquence de A3 (s) = 3/96 = 0.031 Frequence de A3 (s) = 0/36 = 0.000 (perdu)

A1A1 A1A1 A1A2 A1A1 A2A2 A2A2 A2A2 A2A2 A1A2 A1A1 A2A2

A1A1 A1A2 A1A1 A2A2 A2A2 A2A2 A2A2 A2A2 A1A1 A2A2 A2A2

A2A2 A2A2 A2A2 A1A2 A2A2 A2A2 A A A2A3 A2A2 A1A2 A2A2
2 3
n = 48 n = 18
A2A2 A1A1 A2A2 A2A2 A2A2 A2A2 A A A A A2A2 A2A2 A2A2
2 2 2 2

A1A2 A1A1 A1A2 A1A2 A1A3 A2A2 A2A2 A2A2 A1A2 A1A2 A2A2
A1A1 A1A2 A1A2 A2A2 A2A2 A2A2 A2A2 A2A2 A2A2 A2A2 A2A2

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Mener des expériences

f Utiliser l’outil approprié pour tester l’hypothèse

f Inclure des témoins qui permettent de suivre la


qualité lors de l’expérience et la saisie des
données

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Analyser et interpréter les données

f Est-ce que les données confortent l’hypothèse ?


f Quels outils doit-on utiliser pour l’analyse ?
f Autres besoins :
• Concepts scientifiques sous-jacents à la notion de
diversité, par ex :
− Niveaux de diversité biologique
− Variation entre et variation à l’intérieur
− Relation entre phénotype and génotype
• Concepts de base en génétique des populations

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Niveaux de diversité biologique
1. Diversité intra-population (= diversité génétique)

2. Diversité entre les espèces

3. Diversité au sein de l’écosystème

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Mesurer la variabilité génétique
f La variabité ou polymorphisme peut être évaluée
aux différents niveaux de l’organisation
f La distribution des polymorphismes est
observée pour différents niveaux hiérarchiques
(aires, régions, populations, sous-populations,
individus)
Aire 1
Région 1 Région 2 Région 3

Individu

Population j Population u
Population 2
Population s
Population 1
Population k
Population i Population t

Population 3

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Relation entre le phénotype et le génotype

Génotype Phénotype
OH Précurseur
du pigment
A1 A1

O Pigment
Polypeptide rouge
Chromosome RNA
DNA (α1 enzyme)

• Phénotype
– Spécifique du
caractère
• Marqueurs moléculaires
– Diversité neutre
– ADN ou protéine
• Séquence d’ADN
– Diversité allèlique
• Expression
– Niveau de l’ARN

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En résumé

f Une analyse de diversité génétique doit suivre


une méthode scientifique
f Avant d’étudier la diversité génétique, il faut
poser la question biologique
f Il faut suivre les conseils d’échantillonnage, non
seulement pour les individus, mais aussi pour
les populations et le génome
f On ne peut interpréter les données sans avoir
des connaissances de bases concernant les
concepts sous-jacents à la diversité biologique
et à la génétique des populations

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A partir de maintenant, vous devez connaître …

f Les principales étapes de la mise en place


d’une expérience

f L’importance d’identifier la principale question


dans votre recherche

f Les points importants à considérer lors de


l’échantillonnage

f Les concepts de base sous-jacents à la diversité


génétique
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Références

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A suivre

f Concepts de base de la génétique des


populations

f Mesures de la diversité génétique

f Programme pour analyser la diversité génétique

f Glossaire

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