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BIOCHIMIE
PHA-1013
Sandrine Sallé-Lefort
sandrine.salle.1@ulaval.ca
10 septembre 2019
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La Biochimie
L’étude des processus
moléculaires qui sont à la
base du Vivant

Intégration de domaine
 Chimie  Immunologie
 Biologie Cellulaire  Physiologie
 Biologie Moléculaire  Pharmacologie
 Génétique  Pharmacocinétique
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Origines des premiers organismes

Cheminées hydrothermales
• T° extrême
• pH acide
• Enrichies en sels minéraux et en sulfure d’hydrogène

La vie y est riche


• Microorganismes thermophiles
• Crustacés et mollusques
• Poissons …
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Mise en évidence expérimentale

• Stanley Miller et Harold C. Urey (1953)


Création en laboratoire de la « soupe primitive »

EAU (vapeur)
+ Atmosphère : CH4, NH4, H2S, CO2 …
+ Éclairs/Orages : Fortes décharges électriques

= Réactions chimiques entre les molécules

Apparition de composés organiques hydrosolubles


Acides aminés => composants élémentaires du vivant
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Condensation, hydrolyse et complémentarité

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Réplication par complémentarité

La transition entre des systèmes statiques générés de manière aléatoire vers des
systèmes auto-réplicatifs a été un moment clé dans l’évolution de la vie
• Enrichir l’environnement de molécules aptes à se répliquer
• Établissement d’un processus de « sélection naturelle »
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THERMODYNAMIQUE
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Introduction à la thermodynamique

• Tout organisme a besoin d’énergie pour rester en vie

« Rien ne perd, rien ne se crée, tout se transforme »

Antoine de Lavoisier, 1789

Toutes les réactions chimiques dans une cellule impliquent


une transformation d’énergie

La thermodynamique est l’étude de cette transformation


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Thermodynamique et Biologie

• Comprendre l’influence des changements énergétiques


dans les phénomènes biologiques

• Comprendre les processus biochimiques

Tous les processus chimiques, physiques et biologiques sont


régulés par les lois de la thermodynamique
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Thermodynamique au niveau cellulaire

Essentielle pour les fonctions biologiques telles que


- la réplication
- la division
- la photosynthèse (végétaux)
- la respiration mitochondriale
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Prérequis aux lois Thermodynamiques


Univers
=
un système
+

son environnement
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Différents types de système


• Ouverts

Échanges de matière ET d’énergie avec l’environnement

• Fermés

Uniquement échange d’énergie avec l’environnement

• Isolés : aucun échange possible


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Premier principe de la Thermo


• L’énergie interne d’un système isolé est constante

• Pour tous les systèmes il y a Conservation de l’énergie


=> ni produite, ni annihilée

 pas d’énergie = pas de travail


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Second principe de la Thermo


L’univers tend spontanément vers un désordre
maximum

Fusion Vaporisation

Les processus spontanés sont caractérisés par le passage


de l’ordre vers le désordre = l’entropie
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Énergie libre de Gibbs (ΔG)

∆G = ∆H –T∆S

∆G variation d’Énergie libre (Joules) => spontanéité

∆H changement d’enthalpie (Joules) => chaleur

T température (°Kelvin) => de l’environnement

∆S changement d’entropie (Joules/K) => désordre


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ΔG = ΔH - TΔS

• En thermodynamique, la quantité d’énergie libre permet de


déterminer si une réaction chimique est spontanée ou non

• Mesure la partie de la variation d’énergie d’un système qui


est utile, c’est-à-dire qui n’est pas dissipée sous forme de
chaleur
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Énergie libre et spontanéité


• Un processus ou DG < 0 est dit Exergonique et se
déroule spontanément

• Un processus ou DG > 0 est dit Endergonique et


requiert un apport énergétique afin de se dérouler

• Un processus ou DG = 0 est à l’Équilibre


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Résumé sur la thermodynamique


• Les lois de la thermodynamique décrivent le flux et les changements
de chaleur, d’énergie et de matière

• Presque tous les processus chimiques et biochimiques sont le


résultat de la transformation de l’énergie

• L’échange énergétique entre les systèmes et leur environnement


s’équilibre

• Les lois de la thermodynamique permettent de comprendre les


réactions métaboliques et la bioénergétique
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Équilibre chimique
• Variation de l’énergie libre
• Concentration des réactifs et des produits
• Température

• Conditions standards Biochimique d’une réaction à l’équilibre


• Concentration des réactifs et des produits à 1 mol/L
• T 25°C
• pH 7
• Pression à 1 atm
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Équilibre chimique
• L'équilibre chimique est un état dans lequel la vitesse
de la réaction directe est égale à celle de la réaction
inverse

• L'équilibre chimique est observé lorsque deux réactions


chimiques opposées s'effectuent au même moment et à
la même vitesse
Ex: 2 NO2 N 2O 4
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CHIMIE DE L’EAU
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Structure moléculaire de l’eau

• L’eau ~ 70% de la masse du corps humain 104,5°

• Les processus vitaux se déroulent en solution aqueuse (solvant =


eau)

• Structure des molécules d’eau


• 2 atomes d’hydrogène liés
à 1 atome d’oxygène
• Angulaire
• Polaire
• Tétraédrique
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Les atomes de la molécule d’eau


Atome
=> proton (charge +), neutron (charge neutre) et électron (charge -)

Neutron

Électron
Électron
Proton
Proton
A : nb de masse
Nucléons = protons + neutrons
Z : n° atomique Noyau Hydrogène
Nb de protons
Oxygène
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Partage d’électrons de la molécule d’eau

• Formation de liaisons covalentes

• Partage d’électrons sur la


dernière couche électronique
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Liaisons hydrogène

• Formation de liaisons hydrogène entre les

molécules d’eau

• Interaction électrostatique entre les dipôles

• Maximum de 4 liaisons possibles sur 1

molécule

• Liaisons faibles
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L’eau comme solvant


• Solubilité : L’interaction entre le solvant et les molécules de soluté
doit être supérieure aux interactions entre les molécules de soluté
elles-mêmes

• Idéale pour les molécules polaires et ioniques, puisqu’elles sont


hydrophiles
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L’eau comme solvant dans le corps

• L’eau est capable de servir de


solvant pour plusieurs molécules
organiques (protéines, acides
nucléiques, etc.)

• Ces molécules contiennent des


groupements qui augmentent leur
solubilité
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Effet hydrophobe
• Substances apolaires : charges
symétriques
• Ex CO2 : O = C = O
δ- δ+ δ-

• Le contact eau-substance hydrophobe est


minimisé

• L’effet hydrophobe est utilisé dans le


processus de repliement des protéines
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Molécule amphiphile
Possède à la fois un groupement hydrophile et un
groupement hydrophobe

CH3CH2CH2CH2CH2CH2CH2CH2CH2CH2CH2CH2CH2CH2CH2 C O-

Palmitate (C15H31COO-)
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Molécule amphiphile et solvant aqueux

• Partie hydrophile hydratée

• Partie hydrophobe exclue

• Formation d’agrégats structurés


• Micelle
• Double couche lipidique
• Liposomes
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Osmose
• Mouvement du solvant à travers une
membrane semi-perméable de le
sens du moins concentré vers le
plus concentré

• La pression osmotique est la


pression qu’il faut appliquer à une
solution concentrée pour éviter
l’entrée du solvant
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Diffusion

• Le soluté se déplace aléatoirement


• Le solvant se déplace aléatoirement
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Propriété chimique de l’eau


• Ionisation de l’eau : H2O H+ + OH-
• L’ion H+ n’existe pas en tant que tel, mais il se retrouve
associé avec une autre molécule d’eau pour former un ion
hydronium (ou oxonium) H3O+

- H
+ Ion
O O O
H + hydronium
H H H
H H
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Constante de dissociation de l’eau


• L’eau est une molécule amphotère (base et acide)
2H2O H3O+ + OH-
𝐴 𝐵
• Constante de dissociation (K) 𝐾 =
𝐴𝐵
• Pour l’eau Ke = [H+] x [OH-]
([H2O] ne varie pratiquement pas, saut de H+)

• L’eau pure contient une quantité équimolaire des ions H+


et OH- ([H+] = [OH-])
• Ke = [1x10-7] x [1x10-7] = 10-14
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Constante de dissociation et pH

• Ke = 10-14
• H2O + HCl → [H+]↑ et [OH-]↓ mais Ke ne change pas
• H2O + NaOH → [H+]↓ et [OH-]↑ mais Ke ne change pas

• Si la [H+] est :
• = 10-7 : la solution est neutre
• > 10-7 : la solution est acide
• < 10-7 : la solution est basique
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Définition du pH
• Acide fort : [H+] = 100M = 1M, pH=0
• Base forte : [H+] = 10-14M, pH=14

𝐩𝐇 = − 𝐥𝐨𝐠 𝐇 +
OU
𝟏
pH = 𝐥𝐨𝐠
𝐇+

• Échelle logarithmique !
Δ d’une unité de pH  Δ d’un facteur 10 de la [H+]
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Acide et Base : définition d’Arrhenius

ACIDE BASE

• Substance qui en solution • Substance qui en solution


aqueuse, libère un ou plusieurs aqueuse, libère un ou plusieurs
protons (ions H+) ions hydroxyles (OH-)

• Donneur de proton • Accepteur de proton


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La force d’un Acide ou d’une Base


% d’ionisation d’une molécule lorsqu’elle est mise en solution dans
l’eau
AH + B A- + BH+

• Constante d’acidité (Ka) permet d’établir un classement des acides en


fonction de leur force
• Si Ka est petit → acide faible
• faible ionisation (ex : Acide Fluorhydrique, HF)
• Si Ka est grand → Acide fort
• Forte ionisation (ex : Acide Chlorhydrique, HCl)
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Solution tampon
• Solution aqueuse capable de maintenir
le pH malgré l’ajout d’un Acide ou
d’une Base

• Est habituellement composée d’un


acide faible et de sa base conjuguée

• Efficace dans une certaine gamme de


pH
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Solution tampon
• pH sanguin : très finement régulé (entre 7.37 et 7.43)

• Lorsque le pH sanguin sort de cette zone tampon, il interfère avec presque


tous les processus biologiques

Dans le cas de maladie pulmonaire obstructive, il se produit une


augmentation de la concentration de CO2 dans le sang, ce qui mène
à une acidose respiratoire
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BIOMOLÉCULES
COMPOSITION, STRUCTURE ET PROPRIÉTÉS
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Nucléotides Purine

• Molécules ubiquitaires

• Composition
 Base azotée
• Sucre Pyrimidine

• Groupement phosphate

• Les bases azotées sont dérivées


• Purines
• Pyrimidines
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Assemblage des nucléotides : Bases azotées


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Assemblage des nucléotides : Sucre et phosphate

Ribose Désoxyribose

• Ajout d’un ou de plusieurs groupements


phosphate en position C5
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Nucléotides
• Adénine • Adénine
• Guanine • Guanine
• Cytosine • Cytosine
• Uracile • Thymine
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LE SQUELETTE DE L’ARN LE SQUELETTE DE L’ADN


SUCRE ET GROUPEMENT PHOSPHATE SUCRE ET GROUPEMENT PHOSPHATE

L’ARN est un polymère fait d’unité de nucléotide. Les L’ADN est un polymère fait d’unité de nucléotide. Les
nucléotides sont composés d’un sucre (ribose), d’un nucléotides sont composés d’un sucre
groupement phosphate et d’une base azotée. (désoxyribose), d’un groupement phosphate et d’une
base.

Adénine Uracile Adénine Thymine

Guanine Cytosine Guanine Cytosine


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Structure des acides nucléiques

• Acides nucléiques = ADN et ARN

• Polymère de nucléotides

• Les nucléotides sont reliés par des


liaisons phosphodiesters
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Double hélice d’ADN


• ADN : Acide Désoxyribonucléique
• 2 brins d’acides nucléiques :
complémentaires et antiparallèles
•A=T
•G=C

• Les bases forment le noyau de l’hélice


• Les sucres sont en périphérie
• Code l’information génétique de chaque organisme
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Transcription, traduction et réplication

• Transcription : ADN → ARN (noyau)


• Traduction : ARN → Protéine (cytoplasme)
• Réplication : ADN → ADN (noyau)
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Transcription : définitions
• Promoteur
• Séquence essentielle de l’ADN servant de site de liaison aux facteurs de
transcription

• ARN polymérase
• Enzyme, associée aux facteurs de transcription, qui assure la conversion de
l’ADN en ARN

• Facteurs de transcription
• Protéines qui activent ou répriment l’initiation de la transcription selon les
besoins de l’organisme

• Séquence de terminaison
• Séquence spécifique du brin matrice mettant fin à la transcription
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Transcription
• Initiation
• ARN polymérase et facteurs de
transcription

• Élongation
• Par complémentarité des
nucléotides (AGC et U)

• Terminaison
• Séquence de terminaison
• Libération de l’ARN
• Fermeture de l’hélice
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Traduction : définitions
• ARN messager (ARNm) : copie de l’ADN

• Ribosome : association de protéines et d’ARN


ribosomique (ARNr) ayant une activité catalytique
(= enzyme)

• Codon : triplet de nucléotides codant pour un


acide aminé (ou un codon stop)

• ARN de transfert (ARNt) : transporte l’acide


aminé jusqu’au ribosome

• Acide aminé : constituant élémentaire des


protéines
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64 possibilités, mais seulement 20 acides aminés


Le Code génétique
 Le code est dégénéré
◦ Redondance : plusieurs codons 
même acide aminé

 AUG = Méthionine

 Lecture de l’ARN dans le sens


5’ => 3’

 Synthèse peptidique dans le sens


Nterminale => Cterminale
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Réplication de l’ADN Un brin répliqué en temps réel, l’autre est dit retardé.

Processus semi-conservatif aboutissant à une nouvelle molécule


constituée d’un brin parental et d’un brin néoformé
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LES ACIDES AMINÉS


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Acides aminés
• Structure des acides aminés

• Groupement amine primaire (NH2)

• Groupement carboxyle (COOH)

• Un atome d’hydrogène

• Une chaine latérale (R)

• À un pH physiologique, les groupements COOH et NH3 des

AA sont ionisés

• Ce sont des molécules Amphotères


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Liaison peptidique

• Polymérisation d’acides aminés

• Déshydratation (sortie H2O)

• Lien peptidique CO-NH

• Peptide : chaîne d’acides aminés

• Protéine : Composée d’une ou plusieurs chaînes

peptidiques (polypeptide)
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Pont disulfure
• Ex Cystéine : Contient un groupement thiol (SH)

• La réaction de 2 groupements thiol permet la

formation d’un pont disulfure (déshydratation)

• Les ponts disulfures jouent un rôle important

dans la stabilisation de la structure des protéines


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Stéréochimie des acides aminés

• Arrangement spatial (3D) des atomes dans

une molécule

• Les AA ont tous une activité optique à

l’exception de la glycine

• Image miroir non superposable

• Énantiomère ou Stéréoisomère
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Projection de Fisher Retenir le nom de la molécule de référence

• Projection à plat

• Identifie toutes les molécules comme étant de

forme L- ou D-

• Tous les acides aminés dérivés de protéines

possèdent une configuration L-AA


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Stéréoisomère en pharmacologie
• Lors de la synthèse de certaines molécules on peut obtenir un mélange
des 2 isomères

• Mélange racémique : quantités égales des 2 isomères


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Objectifs du cours
- Comprendre les concepts généraux

- Connaître les définitions

- Connaître les lois et principes de la thermodynamique

- Comprendre les principales réactions en solution et la chimie de l’eau

- Connaître les bases formant l’ADN et les mécanismes de transcription, traduction et

réplication

- Connaître les classes des acides-aminés et leurs particularités

- Savoir reconnaître une liaison peptidique