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LES PEPTIDES

• Un peptide est formé par la combinaison de 2 ou plusieurs 
aa  par  liaison  amide,  appelée  liaison  peptidique.  Celle-ci 
résulte de la réaction de l’ COOH du 1er aa et de l’ NH2 
du 2ème aa 

• Par  convention  le  groupement  amine  N-terminal  s’écrit  à 


gauche  et  les  aa  sont  numérotés  à  partir  de  ce  même 
groupement jusqu’au groupement carboxylique C-terminal
NOMENCLATURE

• Un  aa  ayant  perdu  un  H  ou  un  OH  ou  les  2  est  appelé 
résidu et il est désigné en ajoutant le suffixe (yl) seul l’aa C-t 
garde son appellation. Exemple: Glycyl-tyrosyl-serine.
• On  peut  préciser  le  nombre  de  résidus  constituant  un 
peptide par l’emploi de préfixe approprié : di, tri, tétra, penta, 
hexa,  hepta,  octa,  nona,  déca,  undéca,  dodéca, 
tridécapeptide…ect.
CLASSIFICATION DES PEPTIDES
• Selon la réaction de Biuret :
(obtenue par addition du sulfate de cuivre 
SO4Cu en milieu alcalin) on distingue :
ü les oligo-p (di et tri peptide) ne donnant pas 
de  coloration  caractéristique  de  Biuret 
(coloration bleu-violette)
ü les poly-p (à partir du tetra-p) donnant une 
coloration  positive  qui  témoigne  d’une 
succession d’au moins 3 liaisons p (-CO-NH
-)
 
CLASSIFICATION DES PEPTIDES

• Selon la forme géométrique du peptide :
 

ü peptide linéaire :    1 Nt et 1 Ct     Nt-------Ct
ü peptide  ramifié :  2  Nt  et  1  Ct  ou  1  Nt  et  2 
Ct :un acide dicarboxylique ou diaminé peut 
être  le  point  de  départ  d’une  nouvelle 
chaîne peptidique
ü peptide semicyclique : 1 Nt ou 1 Ct
ü peptide cyclique : 0 Nt et 0 Ct
La structure primaire:
• Séquence d'acides aminés qui forme la chaîne 
polypeptidique
• Grande diversité des protéines peut provenir de 
seulement 20 acides aminés : ex. 203=8000 tri 
peptides différents
• Exemple de structure primaire  : l’insuline bovine
Les étapes de détermination de la séquence 
par la méthode classique:
• Après  avoir  isolé  un  peptide  ou  une 
protéine on peut déterminer sa séquence 
en  acide  aa  c’est  à  dire  l’ordre 
d’enchaînement  des  aa  (structure 
primaire),
• Ce  ci  en  utilisant  plusieurs  méthodes 
complémentaires  et  en  faisant  l’analyse 
globale des différents résultats obtenus.
• On peut schématiser ces étapes ainsi :
Méthode de Sanger:
1.Préparation  de  la  protéine  pour  le     
séquençage:

– Déterminer  le  nombre  de  chaînes 


polypeptidiques (sous-unités) de la protéine.
– Rompre les ponts disulfures de la protéine.
– Séparer  et  purifier  les  sous-unités 
individuelles.
– Déterminer la composition en acides aminés 
de chaque sous-unité.
1-Séparation des chaînes peptidiques et 
clivage des ponts disulfures
• Lorsque  les  différentes  sous  unité  protéiques 
sont liées entre elles par des liaisons de faibles 
énergies  (liaison  hydrogène,  ionique  ou 
hydrophobe),  la  séparation  est  obtenue  par 
traitement à l’urée 6 à 8 M, changement de pH 
ou de force ionique m.
• Si  les  sous  unités  protéiques  sont  liées  entre 
elles  par  des  liaisons  de  fortes  énergies 
(liaison  de  covalence :  pont  dissulfure  reliant  2 
cystéines),  la  séparation  est  obtenue  par 
oxydation  par  l’acide  performique  ou  par 
réduction par -mercaptoéthanol
1.1- Oxydation des 
ponts disulfures 
par l ’acide 
performique:
Inconvénients:
•Oxydation des Met
•Dégradation 
partielle du noyau 
indole du Trp par 
l ’acide performique
1.2- Réduction 
des ponts di-
sulfures par le 2-
mercaptoéthanol:
2-Hydrolyse complète des chaînes peptidiques et 
détermination de la composition en AA
• Après séparation des chaînes peptidiques, on détermine 
d’abord  la  nature  des  aa  constitutifs  de  chaque  sous 
unité,  ensuite  l’ordre  dans  lequel  ils  sont  enchaînés 
(structure Iaire ).
• Il  est  difficile  d’obtenir  l’hydrolyse  enzymatique  totale, 
cependant  on  pratique  une  hydrolyse  acide  (Hcl :  6N, 
105°C, 24H). Cette méthode présente l’inconvénient de 
détruire le tryptophane et de transformer l’asparagine 
et la glutamine en acide di carboxyliques correspondants 
(Asn  Asp et Gln  Glu). Après une hydrolyse acide 
on a donc Asx et Glx.
• L’hydrolyse alcaline ne détruit pas Trp mais provoque 
des  remaniements  de  structure  de  certains  aa.  Il  est 
donc  nécessaire  de  déterminer  la  composition  en 
utilisant plusieurs méthodes complémentaires 
2-Détermination de la composition en aa :
• La composition en acides 
aminés d'un hydrolysat de 
polypeptide est 
déterminée par HPLC:
§ Les acides aminés sont 
dérivatisés avec le 
réactif d'Edman, ou l'o-
phtalaldéhyde (OPA) + 
le 2-mercaptoéthanol
§ Résultats: adduits très 
fluorescents
3-Détermination des acides aminés 
N- et C- terminaux 
• Le  nombre  d’aa  Nt  et  Ct  permet 
d’avoir une information sur la forme 
de  la  molécule  peptidique  et  sur  le 
nombre  de  chaînes  peptidiques 
composant la molécule protéique 
3.1- Détermination de l’acide aminé N-terminal
• a-Réaction de Sanger

• b-  Réaction  de  Gray  et  Hartley 


(densylation)

• c-  Détermination  de  la  séquence  en 


acides  aminés  du  bout  N-terminal 
(Dégradation d ’Edman)

• d- Action de l’amino-peptidase
a-Réaction de Sanger 

ØLe DNFB réagit avec les fonctions: amines du radical R, 
imidazoles  et  phénols,  cependant  le  DNP-aaNt  est 
apolaire  et  peut  être  extrait  de  l’hydrolysat  par  l’éther 
(solvant  apolaire)  laissant  les  autres  DNP-aa  non  Nt 
chargées dans la phase aqueuse
b- Réaction de Gray et Hartley (densylation)
c- 
Détermina
tion de la 
séquence 
en acides 
aminés du 
bout N-
terminal 
(Dégradat
ion 
d ’Edman)
d- Action de l’amino-peptidase
• E + S    ES    E + P 
• La  formation  du  produit  néssecite  une 
spécificité double: 
– Spécificité  liée  à  la  formation  du  complexe  ES 
(site de reconnaissance) et 
– Spécificité  liée  à  l’évolution  de  la  réaction  (site 
catalytique).

• L’A.P.  détache  les  acides  aminés  l’un  après 


l’autre  à  partir  de  N-t  cependant  elle  peut 
épargner une liaison impliquant une Pro
3.2- Détermination de l’acide aminé C-terminal

• a-  Réduction  par  le  borohydrure  de 


lithium (Li BH4)

• b- Réaction d’AKABORI (hydrazinolyse) 

• c- Action de la carboxypeptidase 
a- Réduction par le borohydrure de 
lithium (Li BH4)

NH2-R1CH-CO-(NH-RiCH-CO)n-2-NH-RnCH-COOH

+ LiBH4

 n-1(NH2-RiCH-COOH) + NH2-RnCH-CH2OH 
b- Réaction d’AKABORI (hydrazinolyse) 

• Action de l’hydrazine: (NH2–NH2)

NH2-R1CH-CO-(NH-RiCH-CO)n-2-NH-RnCH-COOH 

+ (NH2–NH2)n
   n Hydrazine

n-1(NH2-RiCH-CO-NH2 ) + NH2-RnCH-COOH
     n-1 Hydrazide
c- Action de la carboxypeptidase 
• L'acide  aminé  C-terminal  est  déterminé  par 
action  des  carboxypeptidases  qui 
hydrolysent  sélectivement  la  dernière  liaison 
peptidique
• La carboxypeptidase A fonctionne si Rn n'est 
pas Arg, Lys ou Pro et si Rn-1 n'est pas la Pro
• La  carboxypeptidase  B  fonctionne  si  Rn  est 
Arg ou Lys et si Rn-1 n'est pas la Pro
Résumé: 
3- détermination des groupes terminaux
• 3.1- Identification de l’éxtrémité N-terminale, 
• a- Fluorodinitrobenzène (FDNB)
• b- Chlorure de dansyl
• c- Phényl isothiocyanate (réactif d’Edman)
• d- Aminopeptidase

•  3.2- Identification de l’extrémité C-terminale
• a- Borohudrure de lithium ou de sodium
• b- Hydrazine
• c- Carboxypeptidase
4- Hydrolyse partielle des chaînes polypeptidiques
a- Action du bromure de cyanogène (Br-C   N)

      b- Action de l’hydroxylamine (NH2-OH) : Asn-Gly. 
4.2- Coupure enzymatique (endopeptidase) 
Enzyme Spécificité Origine

Site de coupure Lieu de coupure

Trypsine Arg, Lys Côté C-terminal Pancréas de boeuf

Chymotrypsine Phe, Trp, Tyr

Elastase Ala, Gly, Val,Ser

V8 Glu Staphylococcus
aureus
Thermolysine Phe, Trp, Tyr, Côté N-terminal Bacillus
(Val, Ile, Met) thermoproteolyticus
Pepsine Phe, Trp, Tyr, (Leu) Muqueuse gastrique
de boeuf

N.B.  Ces  endopeptidases  peuvent  épargner  une  liaison 


impliquant une proline.
Hydrolyse spécifique de 
liaisons peptidiques par 
la trypsine:
• spécificité la plus 
grande
• coupe les liaisons 
peptidiques du côté 
C-terminal des 
résidus chargés 
positivement Arg et 
Lys si le résidu 
suivant n'est pas Pro.
5- Identification des séquences des 
fragments peptidiques
• Dégradation d ’Edman: 
      À  l’aide  d ’un  séquenceur on  peut 
identifier  entre  40  à  60  résidus 
depuis  l'extrémité  N-terminale  d'un 
peptide  avant  que  les  effets 
cumulatifs  de  réactions: 
incomplètes  et      secondaires, 
rendent difficile l'identification d'autres 
acides aminés. 
6- Clivage de la chaîne polypeptidique 
initiale par un autre procédé 
• Le  but  étant  d’obtenir  des  fragments 
différents  de  ceux  obtenues  lors  de  la  1ère   
hydrolyse  partielle  afin  de  déterminer 
l’ordre  des  fragments  dans  le  polypeptide 
initial.  Les  fragments  de  la  2ème  hydrolyse 
(HPC) sont soumis à: 
• H.T., 
• D.C. 
• D.Nt et Ct
• D.Sq. par la méthode d’Edman
7- Mise en ordre des fragments peptidiques:
• Élucider  l'ordre  dans  lequel  les  fragments  se 
trouvent dans le polypeptide original
• Obtenu  en  comparant  les  séquences  en  acides 
aminés  d'une  première  série  de  fragments 
peptidiques avec celles d'une deuxième série dont 
les sites d'hydrolyse sont différents de  ceux de la 
première série 
8- Positionnement des ponts disulfures:

• Hydrolyse de la protéine native (ses 
ponts  disulfures  étant  intacts)  afin 
d'obtenir  des  paires  de  fragments 
peptidiques  liés  par  un  pont 
disulfure
• Détermination  des  séquences  de 
fragments obtenus
• Identification  des  fragments  dans 
les polypeptides formant la protéine
9- Positionnement des amides:
• Après une hydrolyse acide on a  
Asx et Glx.
• L’ètude  du  comportement 
électrolytique des fragments qui 
comportent  ces  aa  permet  de 
déterminer  s’il  s’agit  d’acides 
dicarboxyliques  ou  de  leurs 
amides
2- Détermination de la séquence par 
génie génétique
2- Détermination de la séquence par génie génétique

•  Les  structures  primaires  des  protéines 


peuvent  donc  être  déduites  à  partir  de  la 
détermination  de  la  séquence  des  gènes  qui 
les codent
•Inconvénients: 
§ La séquence de l ’ADN ne peut pas révéler    
les ponts disulfures
§ La séquence de l ’ADN ne peut pas révéler 
les  modifications  post-traductionnelles 
(maturation): 
§exp. Proinsuline – Fc  insuline
IV- ETUDE DE QUELQUES PEPTIDES AYANT 
UNE IMPORTANCE BIOLOGIQUE 

• 1- Glutathion
• gGlutamyl-Cysteyl-Glycine (G-SH):
• 2GSH + ½ O2   G-S-S-G +H2O
•  F.R.                          F.O.
• Composé intra hématies qui protège les 
composés oxydables 
• Interviens  lors  du  transport  trans-
membranaire des aa
2- Les Hormones peptidiques:
• Activité significative à faible concentration
• Toutes  synthétisées  sous  forme  de 
précurseurs plus volumineux (> 50 a. a.)
– Préprohormone  Prohormone  Hormone
• Une partie du précurceur:
– Permet  l’insertion  de  l’H.  dans  le  réticulum 
endoplasmique
• Maturation post-traductionelle
– Dans certains cas, favorise le repliement de 
la protéine. Ex.: insuline
2.1- Insuline:
• Sécrétée par les cellules  du pancréas suite à une  de 
[glucose] sanguin
• Proinsuline: chaînes A, B et C
• Insuline: chaîne A + chaîne B = 51 acides aminés
– Reliées par ponts disulfures 
• Diabète mellitus:  attribuée  à  action  insuffisante  de 
l’insuline
Insuline:
<Proinsuline:
<Chaînes A, 
B fortement 
conservées
<Chaîne C 
variable

• Chaîne  C  essentielle  à  la  formation  des 


ponts disulfures au niveau de l’insuline
– Libérée à l'aide d'endopeptidases
– Aucune activité biologique connue
2.1- Insuline:
Pont intra-chaîne

• Chaîne A():
–hélice  suivie 
d'un coude, 
puis d'une 
hélice  
antiparallèle
2.1- Insuline:
• Chaîne B:
– hélice 
– suivie d'un coude 

– puis d'un motif de 
type feuillet 
– environ 40% des 
résidus de la 
chaîne B sont 
compris dans 
l'hélice 
2.1- Insuline:
• Présence de 1 pont 
disulfure intracaténaire 
(intra-chaîne) :
– A6-A11

• Présence de 2 ponts 
disulfures 
intercaténaires 
    (inter-chaîne) :
– A7 – B7
– A20 – B19
2.2- Glucagon:
• Le Glucagon, synthétisé principalement au niveau des 
cellules   des islets du pancréas.
– composé  d'une  seule  chaîne  polypeptidique  de  29  acides 
aminés (PM 3485) 
• Action opposée à celle de l'insuline:  
– La  sécrétion  de  glucagon  est  inhibée  par    du  glucose 
sanguin. 
2.2- Glucagon:
• La glucagon est formé d'une hélice , 
– structure secondaire prédominante
• La maturation post-traductionnelle du 
proglucagon peut produire 6 
différents peptides par protéolyse au 
niveau de paires de résidus d'a. a. 
basiques. 
• Le glucagon est inactivé par le foie:
– clivage entre Ser2 et Gln3
enlève les 2 premiers a. a. du 
bout N-terminal
2.3- Somatostatine:
• Isolée pour la 1ère fois de l'hypothalamus 
comme facteur qui inhibe la sécrétion de 
GH
• Peptide cyclique synthétisé sous forme de 
grosse prohormone (PM~11 500) au niveau 
des cellules D des islets du pancréas
– formation d'un pont disulfure entre les 
deux Cys de sa séquence 
2.4- Hormone de croissance (GH) 

• Constituée d'une chaîne polypeptidique de 191 a.a.
• 2 ponts disulfures entre les résidus 53-165 et 182-189  
2.5-Vasopressine et ocytocine 
• La vasopressine:
–  la pression sanguine 
– Également  connue  sous  le  nom  d’hormone 
antidiurétique  (ADH)  :  Rôle  physiologique 
important au niveau de la réabsorption de l'eau 
au niveau des  tubules rénaux distaux.  
• L'ocytocine: 
– Accélère  la  naissance  du  bébé  par  stimulation 
des contractions du muscle lisse de l'utérus.  
– Favorise  également  l'éjection  du  lait  par  les 
glandes mammaires. 
2.5-Vasopressine et ocytocine
• Ces  deux  hormones  sont  produites  sous  forme  de  pro 
hormones au niveau de l'hypothalamus et stockées au niveau 
de la pituitaire postérieure
• Nonapeptides contenant des Cys aux positions 1 et 6 reliées 
par un pont disulfure
• La classification de ces neuropeptides est basée sur le type 
d'acide aminé présent en position 8.
– La  famille  des  vasopressines  contient  un  a.a.  basique.       
(Lys ou Arg) 
– La famille des ocytocines contient un a.a. apolaire (Leu ou 
Ile) 
2.5-Vasopressine et ocytocine
3-Peptides à activités antibiotiques
• En  général  cycliques  ou  semi  cycliques 
renfermant des aa de la série D
• Inhibent  la  croissance  des  µorganismes 
(germostatiques)
• Détruisent les µorganismes (germicides)
• Peniciline,  tyrocidine  sont  des 
cyclodécapeptides
• La connaissance des structures primaires de 
ces  peptides  et  de  leurs  activités 
biologiques, a incité leurs synthèses par voie 
chimiques
Synthèse chimique des peptides en phase solide
1- Protection de l’NH2 de l’aaCt:
     t-BOC + aaCt
 (CH3)3C-O-CO-NH-CH(Rn)-COOH
2- Activation de l’ COOH de l’aaCt:
     (CH3)3C-O-CO-NH-CH(Rn)-COOH + dcci
 (CH3)3C-O-CO-NH-CH(Rn)-CO-O-Support 
3- Dé protection de l’ l’NH2 par acidification:
 (CH3)2C=CH2 (iso butylène)+ CO2 + 
     NH2-CH(Rn)-CO-O-Support
•   on  prépare  de  la  même  façon  l’aan-1  jusqu’à 
l’aaNt