Vous êtes sur la page 1sur 12

Clinical Immunology (2014) 155, 136 - 147

ava il ab leat www. sc i enced ir ec t. com

C lini ca l Immuno l ogy

www. el sev IER. com / l oca te / yc l im

Standar kebersihan dan adaptasi kekebalan tubuh pada bayi


baru lahir
Henna Kallionpää Sebuah . b . c . 26 . Essi Laajala Sebuah . c . d . e . 26 . Viveka Öling Sebuah . c .
Taina Härkönen c . f . g . Vallo Tillmann h . Natalya V. Dorshakova saya .
Jorma Ilonen j . k . Harri Lähdesmäki Sebuah . c . e . Mikael Knip c . f . g . l . m . 26 .
Riitta Lahesmaa Sebuah . c . • . 26 . dan DIABIMMUNE Kelompok Studi Katriina Koski 1 . Matti Koski 1 . Samppa
Ryhänen 2 . Heli Siljander 2 .
Anu-Maaria Hamalainen 3 . Anne Ormisson 4 . Aleksandr Peet 4 .
Valentina Ulich 5 . Elena Kuzmicheva 5 . Sergei Mokurov 5 . Svetlana Markova 6 .
Svetlana Pylova 6 . Marina Isakova 7 . Elena Shakurova 7 . Vladimir Petrov 8 .
Tatyana Karapetyan 9 . Tatyana Varlamova 9 . Jorma Ilonen 10 .
Minna Kiviniemi 11 . Kristi Alnek 12 . Helis Janson 12 . Raivo Uibo 12 .
tiit Salum 13 . Erika von Mutius 14 . Juliane Weber 14 . Helena Ahlfors 15 .
Robert Moulder 15 . Janne Nieminen 16 . Terhi Ruohtula 16 . Outi Vaarala 16 .
hanna Honkanen 17 . Heikki Hyöty 18 . Anita Kondrashova 19 . Sami Oikarinen 19 .
Hermie JM Harmsen 20 . Marcus C. De Goffau 20 . Gjalt Welling 20 .
Kirsi Alahuhta 21 . Tuuli Korhonen 22 . Suvi M. Virtanen 23

1 Institute of Medicine Clinical, University of Helsinki, Finlandia


2 Rumah Sakit Anak, Universitas Helsinki, Finlandia
3 Rumah Sakit Jorvi, Rumah Sakit Pusat Universitas Helsinki, Finlandia
4 Departemen Ilmu Kesehatan Anak, Rumah Sakit Universitas Tartu, Estonia
5 Departemen Kesehatan dan Sosial Pembangunan, Karelian Republik Federasi Rusia, Rusia
6 Rumah Sakit Anak Republik, Karelian Republik Federasi Rusia, Rusia
7 Perinatal Pusat, Karelian Republik Federasi Rusia, Rusia
8 Rumah Sakit Bersalin N ° 1, Petrozavodsk, Rusia
9 Petrozavodsk State University, Rusia
10 Immunogenetics Laboratorium, Universitas Turku dan Departemen Mikrobiologi Klinik, University of Eastern Finland, Kuopio, Finlandia

11 Immunogenetics Laboratorium, Universitas Turku, Finlandia

singkatan: APC, antigen menyajikan sel; DC, sel dendritik; HLA, antigen leukosit manusia; LPS, lipopolisakarida; TCR, reseptor sel T; Th1, sel T helper tipe 1; Th2, T helper sel tipe 2; TLR,
reseptor pulsa seperti; Treg, sel peraturan T.
• Sesuai penulis di: Turku Pusat Bioteknologi, Universitas Turku dan Abo Akademi University, PO Box 123, FIN-20.521 Turku, Finlandia. Tel .: +358 2 333 8601; fax: 358 2 215 8808.

Alamat email: riitta.lahesmaa@btk.fi (R. Lahesmaa).


26 Para penulis ini kontribusi sama untuk pekerjaan ini.

http://dx.doi.org/10.1016/j.clim.2014.09.009
1521-6616 / © 2014 Penulis. Diterbitkan oleh Elsevier Inc Ini adalah akses artikel terbuka di bawah CC BY-NC-ND lisensi ( http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/ ).

Download untuk Grifanda Humairah ( grifandahumairah@gmail.com ) di Universitas Muslim Indonesia dari ClinicalKey.com oleh Elsevier pada 05 April 2018.
Untuk penggunaan pribadi saja. Tidak lain menggunakan tanpa izin. Copyright © 2018. Elsevier Inc All rights reserved.
Standar kebersihan dan adaptasi kekebalan tubuh pada bayi baru lahir 137

12 Departemen Imunologi, Universitas Tartu, Estonia


13 Ou Immunotron, Tartu, Estonia
14 Rumah Sakit Anak, Ludwig Maximilians Universität, Munchen, Jerman
15 Turku Pusat Bioteknologi, Universitas Turku dan Abo Akademi, Finlandia
16 Departemen Vaksinasi dan Immune Perlindungan, Institut Nasional untuk Kesehatan dan Kesejahteraan, Helsinki, Finlandia
17 Departemen Virologi, University of Tampere, Finlandia
18 Departemen Virologi, Universitas Tampere dan Tampere University Hospital, Finlandia
19 Departemen Virologi, University of Tampere, Finlandia
20 University Medical Center Groningen, Belanda
21 Departemen Kesejahteraan dan Kesehatan Promosi, Institut Nasional untuk Kesehatan dan Kesejahteraan, Helsinki, Finlandia
22 Departemen Life Style dan Partisipasi, Institut Nasional untuk Kesehatan dan Kesejahteraan, Helsinki, Finlandia
23 Departemen Life Style dan Partisipasi, Institut Nasional untuk Kesehatan dan Kesejahteraan, Helsinki dan Sekolah Ilmu Kesehatan, Universitas Tampere, Tampere, Finlandia

Sebuah Turku Pusat Bioteknologi, Universitas Turku dan Abo Akademi University, 20.521 Turku, Finlandia
b Doktor Program Turku Ilmu Biomedis, Kiinamyllynkatu 13, 20520 Turku, Finlandia
c Finlandia Center of Excellence di Molekuler Sistem Imunologi dan Fisiologi Penelitian, Finlandia
d Sekolah Pascasarjana Nasional di Informational dan Biologi Struktural, 20520 Turku, Finlandia
e Departemen Informasi dan Ilmu Komputer, Aalto University School of Science, 00.076 Aalto, Finlandia
f Rumah Sakit Anak, Rumah Sakit Universitas Helsinki dan Universitas Helsinki Central, 00.014 Helsinki, Finlandia
g Diabetes dan Obesitas Penelitian Program, University of Helsinki, 00.014 Helsinki, Finlandia
h Departemen Ilmu Kesehatan Anak, Universitas Tartu dan Rumah Sakit Universitas Tartu, 51.014 Tartu, Estonia
saya Petrozavodsk State University, 185.910 Petrozavodsk, Rusia
j Immunogenetics Laboratorium, Universitas Turku, 20520 Turku, Finlandia
k Departemen Mikrobiologi Klinik, University of Eastern Finland, 70.210 Kuopio, Finlandia
l Folkhälsan Research Center, 00.290 Helsinki, Finlandia
m Departemen Ilmu Kesehatan Anak, Tampere University Hospital, 33.521 Tampere, Finlandia

Menerima 28 April 2014; diterima dengan revisi 10 September 2014 Tersedia online 22
September 2014

KATA KUNCI Abstrak Prevalensi penyakit kekebalan-dimediasi, seperti alergi dan diabetes tipe 1, adalah meningkat di negara maju. Dalam
hipotesis kebersihan; bayi rangka untuk mencari perbedaan dalam pola ekspresi gen yang diinduksi dalam rahim pada bayi yang lahir di kontras standar
baru lahir; Darah nadi; hidup dan kebersihan, kami mengumpulkan sampel RNA darah tali pusat dari bayi yang lahir di Finlandia (masyarakat
Ekspresi gen; imunitas modern), Estonia (berkembang pesat masyarakat) dan Republik dari Karelia, Rusia (kondisi ekonomi). The transcriptome
bawaan; adaptasi darah seluruh neonatus Finlandia dan Estonia berbeda dari rekan-rekan Karelian mereka, menunjukkan paparan reseptor
kekebalan tubuh (TLR) ligan pulsa seperti dan respon imun yang lebih matang pada bayi yang lahir di Karelia. Hasil ini lebih mendukung konsep
plastisitas mencolok dalam sistem kekebalan tubuh berkembang:

© 2014 Penulis. Diterbitkan oleh Elsevier Inc Ini adalah akses artikel terbuka di bawah CC BY-NC-ND lisensi ( http://creativecommons.org/licenses
).

1. Pendahuluan dari sistem kekebalan tubuh berlangsung pada anak usia dini, dan setidaknya
sebagian dimulai sudah selama kehamilan. Sebagai contoh yang menunjukkan
Prevalensi penyakit kekebalan-dimediasi di negara maju terus meningkat dan sangat prenatal priming sel Th2 dan aktivitas, antibodi IgE allergenspecific dapat dideteksi
berkorelasi dengan standar hidup. pengamatan ini telah menyebabkan perumusan pada saat kelahiran
hipotesis kebersihan [1,2] , Yang menurut faktor lingkungan, seperti mikroba dan [3] . Faktor lingkungan yang dihadapi dalam rahim, seperti terpapar peternakan,
parasit infeksi, ditemui pada anak usia dini menekan perkembangan respon imun terutama kandang dan jerami [4] , Dan merokok ibu dan grandmaternal [5] dikenal
yang berbahaya di kemudian hari. Kurangnya kontak mikroba yang normal di dunia untuk memodulasi atopi dan asma pada keturunannya.
industri maka bisa mempengaruhi individu terhadap alergi dan penyakit autoimun.
Pendidikan Estonia, Finlandia dan Rusia Karelia adalah daerah yang berdekatan terkena
perubahan musiman yang sama tetapi berbeda dalam status sosial-ekonomi mereka ( Gambar.
1 ). Finlandia themost dimodernisasi dari masyarakat ini, Estonia, sejak memperoleh
kemerdekaan, memiliki

Download untuk Grifanda Humairah ( grifandahumairah@gmail.com ) di Universitas Muslim Indonesia dari ClinicalKey.com oleh Elsevier pada 05 April 2018.
Untuk penggunaan pribadi saja. Tidak lain menggunakan tanpa izin. Copyright © 2018. Elsevier Inc All rights reserved.
H. Kallionpää et al.

Toxoplasma gondii, Helicobacter pylori, serta virus A Hepatitis dan Coxsackievirus


B4, yang diukur dengan antibodi antimikroba [13] .

Dalam rangka untuk mengevaluasi pengaruh dari standar kontras hidup dan
infeksi, kami telah mempelajari persamaan dan perbedaan dalam pola ekspresi gen
yang diinduksi dalam rahim pada bayi yang lahir di negara-negara yang berdekatan.
profil ekspresi RNA darah seluruh dari tali pusat sampel RNA darah, yang
dikumpulkan dari bayi yang lahir di Finlandia, Estonia dan Rusia Karelia ( Gambar. 1 . Tabel
1 ) Dianalisis dengan microarray. Perbedaan yang jelas diamati di antara lokasi
penelitian, dengan Rusia Karelia menyimpang paling jelas dari sampel Estonia dan
Finlandia. Sebuah contoh yang menonjol diamati dalam ekspresi transkrip terkait
dengan lipopolisakarida (LPS) induksi dan sepsis, yang lebih tinggi pada sampel dari
neonatus Karelian, menunjukkan paparan rahim untuk reseptor tol-seperti (TLR)
ligan. Hal ini memberikan indikasi kuat, bahwa ada di dalam rahim mempengaruhi
kerentanan / perlindungan terhadap penyakit kekebalan-mediated, yang mulai
membentuk kekebalan neonatal dan thematuration langsung dari kedua adaptif dan
respon imun bawaan sesuai dengan lingkungan mikroba sekitarnya.

Gambar 1 Peta tiga lokasi penelitian terletak di Espoo, Finlandia; Tartu, Estonia; dan
Petrozavodsk, Rusia.

mengalami pertumbuhan ekonomi yang pesat, dan Rusia Karelia memiliki kondisi
ekonomi termiskin dari tiga. Pada tahun 2009, periode kehamilan yang tercakup 2. Subyek dan metode
dalam studi ini, produk domestik bruto (dalam paritas daya beli, PPP) adalah 12.931
USD di Republik Karelia [6] dan 19.451 USD di Estonia, sebagai lawan 34.720 USD 2.1. Subyek dan pengumpulan sampel
di Finlandia [7] . Ini lebih tercermin dari harapan hidup saat lahir, yang pada tahun
2009 adalah 66,6 tahun di Republik Karelia [6] , 74,3 tahun di Estonia, dan Sampel dikumpulkan sebagai bagian dari studi DIABIMMUNE internasional,
bertujuan untuk menguji hipotesis kebersihan dalam pengembangan penyakit
autoimun dan alergi. darah tali pusat ditarik ke tabung Tempus Darah RNA (Applied
79,6 tahun di Finlandia [8] . Studi sebelumnya yang membandingkan anak-anak Biosystems) dari anak-anak yang lahir antara Januari dan Mei 2010 di unit bersalin
sekolah Finlandia untuk rekan-rekan mereka di Rusia Karelia telah menunjukkan Rumah Sakit Jorvi (Espoo, Finlandia; n = 48), unit bersalin dari Tartu dan Polva
bahwa insiden diabetes tipe 1 hampir enam kali lebih tinggi di Finlandia [9] . Di Estonia (Estonia; n = 25), atau dua departemen bersalin di Petrozavodsk (ibukota Republik
kejadian diabetes tipe 1 meningkat dan saat ini lebih dari dua kali lebih tinggi Karelia, Federasi Rusia; n = 40) menurut protokol pabrik dan kemudian disimpan
daripada di Karelia Rusia, dan hampir tiga kali lebih rendah daripada di Finlandia pada - 70 ° C sampai dianalisis. Semua bayi baru lahir penuh-istilah ( N 36 minggu
kehamilan) dan lahir melalui vagina ( tabel 1 dan S1). HLA-DR-DQ genotipe yang
[10,11] . Prevalensi asma, hay-demam dan alergi juga meningkat di Finlandia, tetapi berkaitan dengan
tetap stabil di Rusia [12] . Sebaliknya, dibandingkan dengan anak-anak Finlandia,
anak Karelian lebih sering terkena infeksi mikroba, seperti

Tabel 1 Karakteristik darah tali sampel RNA pusar dikumpulkan di tiga lokasi penelitian. Lihat Tabel S1 untuk rincian lebih lanjut tentang sampel.

Espoo Tartu Petrozavodsk

Jumlah sampel 48 25 40
Laki-laki / perempuan 26/22 10/15 22/18
Rata-rata minggu kehamilan 39,3 (36 - 42) 39,4 (37 - 42) 39,6 (37 - 41)
kelas risiko HLA Sebuah NP: 36 sampel M: 4 NP: 22 sampel M: 1 NP: 34 sampel M: 2
sampel H: 6 sampel sampel H: 1 sampel sampel H: 4 sampel
VH: 2 sampel 8 VH: 1 sampel 5 VH: 0 sampel 4
sampel 12 sampel sampel 2 sampel sampel 7 sampel
HLA-DR3-DQ2 positif b
HLA-DR4-DQ8 positif c
tanggal lahir Januari - Mei 2010 Januari - Mei 2010 Januari - Mei 2010
Sebuah NP = netral atau pelindung genotipe, M = moderat risiko yang terkait genotipe, H = risiko tinggi yang terkait genotipe, VH = risiko yang sangat tinggi terkait genotipe (Peet et al. [14] ).

b HLA-DQA1 * 05-DQB1 * 02 haplotipe.


c HLA-DRB1 * 04 01/2/4/5/8-DQB1 * 0302/4 haplotipe. 138

Download untuk Grifanda Humairah ( grifandahumairah@gmail.com ) di Universitas Muslim Indonesia dari ClinicalKey.com oleh Elsevier pada 05 April 2018.
Untuk penggunaan pribadi saja. Tidak lain menggunakan tanpa izin. Copyright © 2018. Elsevier Inc All rights reserved.
Standar kebersihan dan adaptasi kekebalan tubuh pada bayi baru lahir 139

Meja 2 Top 15 jalur kanonik diperkaya antara gen diferensial diatur, seperti dilansir alat analisis inti Kecerdikan Analisis Pathway (IPA). Kolom Gen / jalur melaporkan
jumlah gen diferensial diatur dalam perbandingan / total jumlah gen terhubung dengan jalur tersebut. Mewarnai baris digunakan untuk menyoroti jalur tumpang tindih
diamati dalam tiga perbandingan.

Espoo vs Petrozavodsk

Ingenuity jalur kanonik Gen / jalur nilai P

SAPK / JNK signaling 26/100 0.000447

Hipoksia sinyal dalam sistem kardiovaskular 20/64 0.000724

B reseptor sel signaling 38/162 0.001349

Majelis RNA polimerase III kompleks 7/14 0.001349

respon stres oksidatif NRF2-dimediasi 42/187 0.001413

NGF signaling 28/111 0.001905

Cdc42 signaling 31/143 0.001905

Piridoksal 5'-fosfat penyelamatan jalur 19/63 0.001950

paxillin signaling 26/110 0.002570

integrin signaling 44/205 0.003236

Pankreas adenokarsinoma signaling 27/115 0.003981

Hormon pertumbuhan signaling 19/71 0.005012

pengembangan melanosit dan pigmentasi signaling 22/87 0.005370

Flt3 sinyal pada sel progenitor hematopoietik 19/73 0.008318

CD40 signaling 17/68 0.0093325

Tartu vs Petrozavodsk

Ingenuity jalur kanonik Gen / jalur nilai P

B reseptor sel signaling 31/162 0.000001

Flt3 sinyal pada sel progenitor hematopoietik 16/73 0.000072

Akut myeloid leukemia signaling 16/81 0.000145

Fcγ fagositosis yang dimediasi reseptor dalam makrofag dan monosit 18/95 0.000186

HMGB1 signaling 18/97 0.000214

p53 signaling 18/100 0.000417

docosahexaenoic acid (DHA) signaling 10/41 0.000437

aktivasi RAR 26/179 0.000646

Peraturan poliamina di kanker usus besar 7/24 0.000933

NGF signaling 18/111 0.001096

HIF1α signaling 17/102 0.001479

IL-22 signaling 7/24 0.001660

IL-15 signaling 12/65 0.001995

Rac signaling 17/117 0.002042

AMPK signaling 20/143 0.002089

Espoo vs Tartu

Ingenuity jalur kanonik Gen / jalur nilai P

Granzim A signaling 3/17 0.000191

sel ginjal karsinoma signaling 4/17 0.001148

FGF signaling 4/87 0.002570

sitoskeleton aktin sinyal 6/230 0.002884

SAPK / JNK signaling 4/100 0.002951

Kronis myeloid leukemia signaling 4/102 0.003467

telomerase signaling 4/99 0.004074

NGF signaling 4/111 0.005754

ErbB2-ErbB3 signaling 3/58 0.006026

Peran di NANOG mamalia pluripotency sel batang embrio 4/113 0.006310

Insulin signaling reseptor 4/131 0.010471

Neurotrophin / TRK signaling 3/70 0.010471

keluarga GDNF interaksi ligan-reseptor 3/70 0.010965

prolaktin signaling 3/77 0.013183

PDGF signaling 3/79 0.015136

Download untuk Grifanda Humairah ( grifandahumairah@gmail.com ) di Universitas Muslim Indonesia dari ClinicalKey.com oleh Elsevier pada 05 April 2018.
Untuk penggunaan pribadi saja. Tidak lain menggunakan tanpa izin. Copyright © 2018. Elsevier Inc All rights reserved.
140 H. Kallionpää et al.

jenis risiko diabetes 1 dianalisis dengan metode oligonukleotida hibridisasi lantanida ditetapkan untuk ketiga perbandingan: Espoo vs Petrozavodsk, Tartu vs
berlabel seperti yang dijelaskan sebelumnya [15] . Subyek dibagi menjadi empat Petrozavodsk dan Espoo vs Tartu. Gender, minggu kehamilan, bulan lahir, dan kelas
kelompok berdasarkan risiko HLA-terkait mereka untuk T1D [14] ( tabel 1 dan S1). risiko HLA dimasukkan sebagai faktor pengganggu dalam model. Satu set probe
Protokol penelitian telah disetujui oleh komite etik rumah sakit yang berpartisipasi dianggap diferensial dinyatakan jika Benjamini - Hochberg-dikoreksi nilai P,
dan orang tua memberikan persetujuan tertulis mereka. diperkirakan sebagai tingkat penemuan palsu (FDR), lebih rendah dari 0,01. Probe
set memenuhi kriteria ini tercantum dalam Tabel S2.

2.2. RNA isolasi

RNA total seluruh darah diekstraksi dari sampel yang menggunakan Tempus RNA 2.5. pengayaan jalur molekuler
spin isolasi kit (Applied Biosystems) sesuai dengan instruksi pabrik. kualitas RNA
dan kuantitas yang ditentukan dengan menggunakan NanoDrop ND-2000 (Thermo pengayaan jalur molekuler diuji menggunakan Analisis Pathway Ingenuity (Ingenuity
Scientific) dan Experion Automated Elektroforesis System (Bio-Rad Laboratories). Systems, www.ingenuity.com ) Alat analisis inti. Top 15 jalur kanonik diperkaya antara
gen diferensial diatur tercantum dalam Meja 2 .

2.3. hibridisasi Array


2.6. Diferensial dinyatakan gen dengan fungsi yang terkait dengan respon
50 ng RNA total diolah untuk cDNA dengan sistem Ovation RNA amplifikasi v2, imunitas bawaan
termasuk Ovation seluruh reagen darah (NuGEN Technologies). cDNA yang
diperkuat kemudian berlabel biotin dan terfragmentasi dengan Encore biotin modul Gen manusia dengan fungsi sastra-dijelaskan dalam kekebalan bawaan yang
(NuGEN Technologies). Sampel hibridisasi ke seluruh genom piring GeneChip didownload dari www.innatedb.org [22] . Pengayaan gen ini antara gen kita
Human Genome U219 array (Affymetrix) sesuai dengan protokol produsen untuk diferensial dinyatakan dihitung dengan menggunakan uji Fisher dan Benjamini - nilai
menggunakan GeneTitan Hibridisasi, Cuci dan Stain Kit selama 3 ' Pelat IVT Array P Hochberg-dikoreksi dilaporkan dalam Tabel S3. Informasi spesifik pada fungsi
(Affymetrix). Sebuah GeneTitan MC Instrumen (Affymetrix) digunakan untuk kekebalan bawaan terdaftar di samping setiap gen pada Tabel S2 (InnateDB kolom).
berhibridisasi, mencuci, noda, dan memindai array. Data intensitas sel probe
diringkas dengan Affymetrix GeneChip Command Consol 3.1. Data microarray
dibahas dalam publikasi ini dapat diakses melalui GEO Superseries nomor aksesi
GSE53473 ( http: // www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE53473 ).

2.7. gen berbeda-beda diatur terkait dengan regulasi perkembangan


respon imun

Dua studi terbaru melaporkan perubahan transcriptomic pada bayi 1 tahun dan bayi
2.4. pengolahan microarray data dan analisis statistik baru lahir yang dipilih untuk perbandingan dengan data kami. Martino et al. [23] belajar
LPS induksi dalam sel mononuklear saat lahir dan pada usia 1 tahun. Mereka
Data Intensitas adalah pra-diproses menggunakan kuat multi-array yang rata-rata melaporkan 549 gen yang diferensial dinyatakan antara kelompok usia ini.
(RMA) [16] . Penyaringan panggilan absen dilakukan dengan menentukan nilai Pengayaan gen ini antara gen kita diferensial dinyatakan dihitung dengan
ambang batas secara empiris untuk setiap sampel, seperti yang dijelaskan oleh [17] . menggunakan uji Fisher dan Benjamini - nilai P Hochberg-dikoreksi dilaporkan dalam
Sebuah model Gaussian Mixture dua komponen dipasang untuk non-kendali Tabel S3 dan Gambar. 4 . Wynn et al. [24] dilakukan transcriptomik darah seluruh
penyelidikan set setiap chip dengan algoritma Expectation Maksimalisasi, yang pada infeksi sepsis bakteri dalam kelompok usia yang berbeda dari anak-anak relatif
diimplementasikan menggunakan mixtools-paket di R [18] . Asumsinya adalah bahwa terhadap kontrol anak-anak yang sehat. Dari terkait pra-diproses dan data
setiap komponen dari distribusi akan sesuai dengan sumber yang berbeda dari sinyal microarray normalisasi set fromGene Expression Omnibus (GSE26440 dan
(latar belakang dan ekspresi yang benar). Satu set probe disaring jika tidak hadir GSE26378), data dari neonatus (umur b 1 bulan) dan bayi (0,5 tahun b usia b
dalam setidaknya 50% dari sampel dari Espoo, Tartu dan Petrozavodsk.

Sebagai sampel Espoo dan Tartu RNA hibridisasi untuk pelat array yang pada
Desember 2011 - Januari 2012 dan sampel Petrozavodsk Maret 2013, perbedaan 1,5 tahun) terpilih. Dalam kedua kelompok usia, sekitar 1/3 dari sampel ini adalah
antara Petrozavodsk dan daerah lainnya dikacaukan oleh efek batch. Dalam rangka kontrol fromhealthy dan 2/3 berasal dari pasien dengan sepsis bakteri. Setelah pas
untuk mengoreksi efek ini, 15 sampel (tujuh fromPetrozavodsk, empat dari Espoo model linier, sebuah dimoderatori t-statistik [21] dihitung untuk setiap set probe,
dan empat fromTartu) itu kembali hibridisasi pada platform AffymetrixU219 yang mengambil status kesehatan (sepsis / sehat) dan kelangsungan hidup sebagai faktor
sama. Batch correctionwasmade dengan menerapkan metode analisis COMBAT [19] , pengganggu dalam analisis. Ada 2205 gen yang diidentifikasi sebagai diregulasi dan
Yang mengimplementasikan kerangka Bayes empirik untuk menyesuaikan efek 1432 gen menurunkan regulasi pada bayi yang lebih tua dibandingkan dengan
batch. neonatus. Pengayaan gen ini antara gen kita diferensial dinyatakan dihitung dengan
menggunakan uji Fisher. The Benjamini -

Ekspresi diferensial dideteksi dengan menggunakan Bioconductor R [20] paket


Limma [21] cocok model linier dan menghitung dimoderatori t-statistik untuk setiap nilai P Hochberg-dikoreksi dilaporkan dalam Tabel S3 dan
probe hadir Gambar. 4 .

Download untuk Grifanda Humairah ( grifandahumairah@gmail.com ) di Universitas Muslim Indonesia dari ClinicalKey.com oleh Elsevier pada 05 April 2018.
Untuk penggunaan pribadi saja. Tidak lain menggunakan tanpa izin. Copyright © 2018. Elsevier Inc All rights reserved.
Standar kebersihan dan adaptasi kekebalan tubuh pada bayi baru lahir 141

3. Hasil dan diperlukan misalnya untuk proliferasi normal dan perkembangan sel-sel dendritik
(DC) di pinggiran [25] .

3.1. Tempat lahir mempengaruhi ratusan gen dalam transcriptome darah


tali pusat 3.2. Peraturan transcriptome umum pada anak-anak Finlandia dan Estonia
bila dibandingkan dengan Karelia Rusia
Menggunakan kriteria nilai P disesuaikan b 0,01, 3442 Probe set yang diferensial
diatur antara Espoo dan Petrozavodsk, 130 penyelidikan set antara Espoo dan
Tartu, dan 1655 penyelidikan set antara Tartu dan Petrozavodsk ( Gambar. 2 , Tabel Dari perbandingan dengan sampel Petrozavodsk, yang Espoo dan Tartu bayi
S2). Mayoritas perbedaan yang diamati antara Espoo dan Petrozavodsk. Tali pusat bersama 475 Probe set diregulasi dan 424 menurunkan regulasi penyelidikan set ( Gambar.
transcriptome darah bayi yang lahir di Tartu bersama kesamaan yang lebih besar 2 , Tabel S2). Sebagai puncak, jari manis ZFP36 protein seperti 1 ( ZFP36L1) gen
dengan bayi yang lahir di Espoo, daripada yang dari bayi yang lahir di Petrozavodsk. yang sangat diregulasi baik di Espoo dan Tartu bila dibandingkan dengan
Petrozavodsk (2 dan

pengayaan jalur molekuler diuji dengan menggunakan IPA inti alat analisis jalur ( Meja 1,8 kali lipat, Gambar. 3 SEBUAH). ZFP36L1 adalah mengikat protein RNA yang terlibat
2 ). Menariknya, reseptor sel B signaling jalur secara signifikan diperkaya antara gen dalam berbagai langkah pemrosesan mRNA yang dinyatakan dalam limfoid dan garis
diferensial dinyatakan dalam sampel dari Espoo dan Tartu dibandingkan dengan keturunan hematopoietik myeloid, dan menghambat diferensiasi erythroid melalui
Petrozavodsk. Sebagai contoh, CD79B coding untuk B reseptor antigen sel protein degradasi Stat5b mRNA
Ig-beta, dan PAX5 coding untuk faktor transkripsi penting bagi komitmen garis [26] . ZFP36L1 juga telah ditunjukkan untuk mempertahankan negara belum matang
keturunan sel B, yang ditekan dalam sampel dari Petrozavodsk. Perbedaan dalam dari sel B dan negatif mengatur diferensiasi sel plasma dengan menargetkan
NGF dan CD40 jalur sinyal yang terutama disebabkan oleh downregulation dari transkripsi faktor BLIMP1 [27] . Khususnya, SNP dalam kedekatan gen ini berada
MAPK molekul sinyal di Espoo dan Tartu. Persiapan terkait dengan aktivitas Flt3 dalam lokus genetik dibagi antara banyak penyakit autoimun, dan SNP telah
(Flt3 sinyal dalam sel induk hematopoietik dan akut leukemia myeloid signaling) dikaitkan sebagai SNP memimpin dengan penyakit celiac (CD), penyakit Crohn dan
ditekan dalam sampel dari Espoo dan Tartu relatif terhadap sampel dari diabetes tipe 1 [28] . PTCRA juga diregulasi pada anak-anak dari kedua di Espoo dan
Petrozavodsk. Flt3 adalah reseptor membran plasma diungkapkan oleh batang dan Tartu, relatif terhadap Petrozavodsk (1,8 dan 1,7 kali lipat, Gambar. 3 B). PTCRA kode
progenitor sel hematopoietik di sumsum tulang, timus dan kelenjar getah bening, untuk pre-T alpha reseptor antigen sel, yang bersama-sama dengan reseptor sel T β
membentuk pra-TCR kompleks dalam sel T dewasa. reseptor ini kemudian
memfasilitasi ekspansi dan diferensiasi sel-sel prekursor T. ekspresi PTCRA telah
diamati meningkat di negatif ganda (CD4- CD8) tahap αβ perkembangan sel T, dan
sel-sel kemudian secara bertahap declinewhen mencapai tahap positif tunggal [29] .

3.3. gen berbeda-beda diatur terkait dengan respon imun bawaan

bayi baru lahir sebagian besar tergantung pada kekebalan bawaan mereka untuk
melawan patogen. Dalam rangka untuk menguji apakah perbedaan ekspresi
terdeteksi berhubungan dengan fungsi sistem kekebalan tubuh bawaan, gen
diferensial diatur dibandingkan terhadap InnateDB [22] . Gen sistem kekebalan tubuh
bawaan yang diperkaya dalam gen diregulasi di Petrozavodsk, bila dibandingkan
dengan Espoo dan / atau Tartu, dan dalam gen menurunkan regulasi di
Petrozavodsk, bila dibandingkan dengan Espoo (Tabel S2, kolom Imunitas bawaan,
dan Tabel S3). Gen kekebalan bawaan diregulasi di Petrozavodsk relatif terhadap
Espoo dan / atau Tartu termasuk beberapa reseptor pengenalan pola bertanggung
jawab untuk penginderaan mikroba, seperti Toll-like receptor 2 ( TLR2,

1,3 kali lipat jika dibandingkan dengan Espoo), reseptor penting dalam pertahanan
terhadap bakteri gram negatif oleh monosit dan makrofag, serta absen dalam
melanoma 2 ( AIM2, 1,5 dan 1,8 kali lipat) yang kode untuk sensor DNA beruntai
ganda sitosol tengah bakteri dan virus DNA [30] . Selain itu, reseptor Nod seperti C4
dan C5 (NLRC4, NLRC5) yang diregulasi di Petrozavodsk bila dibandingkan dengan
Espoo (baik
Gambar 2 Ringkasan dari jumlah probe set menunjukkan regulasi diferensial
(dikoreksi nilai P b 0,01, dikelola t-test) antara transcriptome darah tali dari bayi yang 1,3 kali lipat).

lahir di Espoo (Finlandia, n = 48), Tartu (Estonia, n = 25) dan Petrozavodsk (Rusia Melengkapi komponen 4 alfa protein yang mengikat ( C4BPA)
Karelia, n = 40). adalah di antara gen yang paling sangat diregulasi di Petrozavodsk bila dibandingkan
dengan Espoo (2,4 kali lipat) dan Tartu (2,3 kali lipat).

Download untuk Grifanda Humairah ( grifandahumairah@gmail.com ) di Universitas Muslim Indonesia dari ClinicalKey.com oleh Elsevier pada 05 April 2018.
Untuk penggunaan pribadi saja. Tidak lain menggunakan tanpa izin. Copyright © 2018. Elsevier Inc All rights reserved.
H. Kallionpää et al.

dari 1,5 kali kisaran interkuartil dari kotak. Outlier disajikan sebagai lingkaran terbuka. ** FDR b. 01, *** FDR b. 001 (moderator t-test). 142

untuk autophagy terkait 5. gelap garis horizontal mewakili median, dengan kotak mewakili 25% dan 75% persentil. Kumis meluas ke data titik paling ekstrim yang tidak lebih

Gambar 3 Contoh kotak plot gen menunjukkan regulasi diferensial di Petrozavodsk dibandingkan dengan Espoo dan Tartu. (SEBUAH) ZFP36L1
coding untuk ZFP36 jari manis protein-seperti 1, (B) PTCRA coding untuk pre-T reseptor sel alfa, (C) GPR34 coding untuk G-protein coupled receptor 34, dan, dan (D) ATG5 coding

Bersama dengan C4BPB (beta isoform) dapat membentuk kompleks C4BP (dengan α dan Jagged1 di beristirahat sel T dan mencegah IFN γ produksi
7 β 1, α 6 β 1, dan α 7 β 0 komposisi) dan bertindak sebagai inhibitor utama dari jalur [36] .
komplemen klasik dan lektin. Selain itu, telah diamati untuk mengaktifkan proliferasi
sel B dan produksi IgE melalui mengikat CD40 [31] , Dan baru-baru α 7 β 0 isoform
ditunjukkan untuk menginduksi tolerogenic, negara anti-inflamasi di DC [32] . 3.4. gen berbeda-beda diatur terkait dengan regulasi perkembangan
pelengkap inhibitor lain CD46 ( juga dikenal sebagai kofaktor membran protein, MCP) respon imun
juga diregulasi dalam sampel dari Petrozavodsk (1,4 kali lipat di kedua
perbandingan). protein transmembran ini ubiquitously dinyatakan untuk melindungi Dengan maksud untuk menetapkan apakah tingkat ekspresi kontras tersebut
sel-sel autologous dari aktivasi komplemen dengan mengikat C3b dan protein berkaitan dengan perbedaan status perkembangan atau pematangan sistem
komplemen C4b dan mempromosikan degradasi mereka. Demikian pula untuk kekebalan tubuh neonatal antara lokasi penelitian, kami membandingkan
C4BPA, CD46 memiliki fungsi yang beragam di luar sistem komplemen: aktivasi pengamatan kami dengan dua penelitian terbaru yang dilaporkan perubahan
CD46 telah dilaporkan menjadi penting bagi tipe 1 produksi interferon dalam transcriptomic terjadi di monosit oleh LPS induksi saat lahir dan pada usia 1 tahun [23]
makrofag [33] . CD46 juga mempromosikan sel T regulator (Treg) induksi terhadap
IL-10 mensekresi anti-inflamasi Tipe 1 Treg (TR1) bagian dan di seluruh darah terhadap infeksi sepsis bakteri antara kelompok usia yang
berbeda dari anak-anak relatif terhadap kontrol anak-anak yang sehat [24] . Kedua studi
melaporkan perbedaan yang mendalam dalam tanggapan neonatal dibandingkan
dengan kelompok usia lainnya (s). Analisis mengungkapkan bahwa gen diregulasi di
Petrozavodsk (menurunkan regulasi di Tartu dan / atau Espoo) memiliki tumpang tindih
[34] , Dan bahkan dari T helper tipe 1 (Th1) sel terpolarisasi [35] . Selain C3b dan C4b yang signifikan dengan gen LPS diinduksi diregulasi pada usia 1 tahun dibandingkan
protein komplemen, CD46 juga mengikat Jagged1, yang mencegah interaksi Notch1 dengan bayi yang baru lahir (Tabel S3). Dari kami

Download untuk Grifanda Humairah ( grifandahumairah@gmail.com ) di Universitas Muslim Indonesia dari ClinicalKey.com oleh Elsevier pada 05 April 2018.
Untuk penggunaan pribadi saja. Tidak lain menggunakan tanpa izin. Copyright © 2018. Elsevier Inc All rights reserved.
Standar kebersihan dan adaptasi kekebalan tubuh pada bayi baru lahir 143

re-analisis dari masyarakat studi sepsis [24] , Kami mengidentifikasi gen yang up dan signifikansi fungsional reseptor ini masih belum jelas, tetapi baru-baru ini dikaitkan
menurunkan regulasi antara neonatus dan anak-anak 1 tahun. Dalam kesamaan dengan mengendalikan respon T-sel dan patogen clearance, sebagai knockout tikus
dengan dataset LPS, gen diregulasi di Petrozavodsk (menurunkan regulasi di Tartu dipamerkan kaki bengkak pada uji tipe hipersensitivitas tertunda meningkat dan juga
dan / atau Espoo) memiliki tumpang tindih yang signifikan dengan gen diregulasi di lebih rentan terhadap jamur patogen
sepsis pada usia 1 tahun (Tabel S3). Gen diregulasi di Espoo dan / atau Tartu relatif
Petrozavodsk ditemukan tumpang tindih dengan gen diregulasi associatedwith Cryptococcus neoformans. Di antara gen yang terkait dengan sepsis pada usia 1
sepsis pada neonatus. nilai P untuk pengayaan untuk transkrip sistem kekebalan tahun dan diregulasi di Petrozavodsk, autophagy terkait 5 ( ATG5, 1,3 dan 1,2 kali
perkembangan diatur terwakili dalam Gambar. 4 . Salah satu gen diregulasi di lipat, Gambar. 3 D) telah banyak terhubung dengan fungsi kekebalan tubuh, seperti
Petrozavodsk, dengan LPS pada usia 1 tahun, dan pada pasien sepsis 1-tahun itu pengakuan dari virus RNA untai tunggal dan tipe 1 produksi interferon di DC [40] ,
prolylcarboxypeptidase ( PRCP, 1,2 kali lipat dibandingkan dengan Espoo). Presentasi antigen pada DC dan CD4 berikutnya + T-sel priming [41] , Serta
kekebalan tubuh dimediasi penyakit, seperti multiple sclerosis [42] dan asma [43] .

PRCP mengkodekan untuk enzim plasma membran yang bertanggung jawab untuk
aktivasi kallikrein yang kemudian mengarah ke produksi vasodilator bradikinin (BK),
keduanya merupakan komponen yang disebut sistem kontak plasma. PRCP
4. Diskusi
ekspresi dan produksi bradikinin telah diamati untuk diinduksi oleh stimulasi LPS [37] dan
sistem kontak baru-baru ini telah diidentifikasi sebagai salah satu lengan dari sistem Penelitian ini telah menyelidiki pengaruh lingkungan, modern vs berbeda-beda
kekebalan tubuh bawaan karena kegiatannya dalam menghambat pertumbuhan tradisional dalam insiden kedua penyakit menular dan kekebalan-dimediasi, pada
bakteri [38] . G-protein coupled receptor 34 (GPR34) merupakan salah satu gen transcriptome darah tali pusat saat lahir. Meskipun tidak ada perbedaan besar yang
diregulasi pada bayi baru lahir dari Petrozavodsk dan dengan LPS pada usia 1 tahun terdeteksi antara sampel dari Espoo (masyarakat modern) dan Tartu (berkembang
(1,8 dan 1,5 kali lipat jika dibandingkan dengan Espoo dan Tartu, Gambar. 3 C). pesat masyarakat), sampel dari Petrozavodsk (masyarakat tradisional) berbeda dari
GPR34 sangat diekspresikan pada sel mast dan kurang berlimpah juga dalam jenis sampel yang diambil dari bayi yang lahir di lokasi penelitian lain, dan terutama dari
sel kekebalan lainnya [39] . Itu Espoo. Peningkatan regulasi beberapa imun bawaan penting

Gambar 4 regulasi perkembangan respon imun dalam darah tali di tiga lokasi penelitian. logaritmik Benjamini -
Hochberg dikoreksi nilai P untuk pengayaan (uji Fisher) dari gen diferensial diatur dengan gen diferensial diatur oleh (A) LPS dalam sel mononuklear diisolasi dari bayi baru
lahir atau bayi 1 tahun [23] atau (B) sepsis bakteri di seluruh darah bayi baru lahir atau bayi 1 tahun [24] disajikan. tumpang tindih pengayaan dengan gen bayi-spesifik
disajikan pada panel atas, dan dengan gen baru lahir spesifik pada panel yang lebih rendah. Bar merah sesuai dengan bar diregulasi dan biru untuk gen menurunkan regulasi.
Cutoff untuk signifikansi pengayaan (P = 0,01) disajikan dengan garis horizontal putus-putus. Lihat Tabel S3 untuk rincian lebih lanjut tentang gen tumpang tindih dan nilai-nilai
P.

Download untuk Grifanda Humairah ( grifandahumairah@gmail.com ) di Universitas Muslim Indonesia dari ClinicalKey.com oleh Elsevier pada 05 April 2018.
Untuk penggunaan pribadi saja. Tidak lain menggunakan tanpa izin. Copyright © 2018. Elsevier Inc All rights reserved.
144 H. Kallionpää et al.

mediator respon, seperti TLR2, AIM2, ATG5, dan IRF7 dalam sampel dari Sejauh diamati pada bayi Petrozavodsk. Di sisi lain, hal itu juga muncul bahwa
Petrozavodsk jelas. Menariknya, TLR2 telah dilaporkan diregulasi dalam sel penghambatan atau homeostasis mekanisme yang diaktifkan di Petrozavodsk,
mononuklear saat lahir pada infeksi dengan bakteri Gram-positif [44] , Dan sebaliknya seperti CD46 dengan peran menekan respon Th1 pada infeksi [36] . Tregs
menurunkan regulasi di CD34 + progenitor sel darah tali pusat bayi yang berisiko CD46-diinduksi telah dihipotesiskan untuk memastikan unresponsiveness bakteri
tinggi-atopik [45] . IRF7 di sisi lain memainkan peran sentral dalam pertahanan virus komensal tetap menjaga pertahanan terhadap patogen dengan memungkinkan DC
dan dalam induksi respon interferon [46] , Dan menunjukkan hubungan genetik pematangan [51] . Menariknya, CD46 tanggap rusak dalam sel T dari pasien dengan
dengan kerentanan terhadap diabetes tipe 1 [47] . Ini juga telah menyarankan bahwa multiple sclerosis [52] , asma [53] dan remaja dan rheumatoid arthritis [35] . Dalam hal
respon imun bawaan memainkan peran dalam perkembangan alergi. Sebagai ini, peningkatan regulasi yang C4BPA multifungsi di Petrozavodsk adalah temuan
contoh, sebuah studi multinasional menunjukkan hubungan antara kontak ibu menarik. Protein ini memiliki efek hilir imunomodulator pada DC, seperti yang
dengan hewan ternak selama kehamilan, ekspresi yang lebih tinggi dari CD14 dan ditunjukkan ketika pengobatan DC dengan LPS dan C4BPA dipromosikan
reseptor pulsa seperti 1 sampai 9, dan efek perlindungan pada pengembangan diferensiasi Treg bukannya mendorong penanda aktivasi dan pemrograman Th1 [32] .
dermatitis atopik dalam 2 tahun pertama kehidupan Hal ini menarik untuk berspekulasi, bahwa seperti negara toleran terhadap APC dan
limfosit diinduksi dalam uterowould menyebabkan respon imun yang berbeda pada
kolonisasi flora komensal atau infeksi setelah lahir, dan bahwa pergeseran pelindung
serupa dalam interaksi host-mikroba prenatal mungkin dicapai dengan probiotik
[48] . Oleh karena itu, aktivasi terdeteksi gen imunitas bawaan di Petrozavodsk bayi dalam lingkungan yang modern [54] . Seperti penelitian ini dilakukan dengan
baru lahir, yang biasanya dikaitkan dengan tanggapan Th1 berikutnya, mungkin menggunakan kabel seluruh sampel darah tali pusat yang terdiri dari populasi sel
memberikan perlindungan kemudian dari tanggapan Th2 menyimpang, berhubungan heterogen, itu tidak mungkin untuk mengidentifikasi jenis sel yang bertanggung
dengan atopi dan asma. jawab untuk perbedaan terdeteksi. Ini menjamin penyelidikan lebih lanjut dan
validasi, misalnya frekuensi populasi sel yang berbeda perlu dianalisis lebih hati-hati.
Khususnya, gen yang diregulasi dalam sampel dari Petrozavodsk relatif Selain itu, sejumlah protein permukaan sel yang diekspresikan secara berbeda,
terhadap orang-orang baik dari Espoo atau Tartu tumpang tindih dengan gen seperti CD46 dan Flt3, bisa diukur secara bersamaan. Sebuah batasan yang tidak
sebelumnya diidentifikasi harus diinduksi oleh LPS dalam sel mononuklear pada usia dapat dihindari dari penelitian ini adalah pengumpulan sampel di tiga lokasi
1 tahun, tapi tidak saat lahir. Tanda tangan diregulasi dalam sampel dari penelitian yang berbeda, meskipun efek batch yang mungkin disimpan di minimum
Petrozavodsk juga tumpang tindih dengan yang dari anak-anak 1 tahun dengan dengan menstabilkan RNA segera setelah imbang darah ke dalam pengawet
sepsis bakteri ( Gambar. 4 ). Semuanya ini menunjukkan bahwa bayi yang lahir di penyangga hadir dalam koleksi tabung, serta menyimpan sampel di - 70 ° C sampai
Petrozavodsk telah terkena TLR ligan dalam rahim, dan bahwa respon imun pengolahan dan analisis di laboratorium yang sama. Efek batch yang terkait dengan
berikutnya adalah perkembangan yang lebih maju, menyerupai bayi matang. Untuk hibridisasi tersingkir selama analisis data serta mungkin. Dalam terang perbedaan
mendukung ini, baru-baru ini melaporkan bahwa neonatal antigen presenting sel diamati dalam data ini, pengulangan dan validasi penelitian di kohort lain dari
(APC) dari Papua New Guinea (lingkungan tradisional) memiliki status dasar yang neonatus yang lahir di kontras standar hidup harus memperkuat hipotesis ini. Selain
lebih aktif dan dewasa daripada APC dari Australia (lingkungan modern) neonatus, itu, pengaruh diet ibu, microbiome, infeksi, dan tentu saja kehamilan dan kelahiran
sebagaimana ditentukan oleh peningkatan ekspresi aktivasi spidol HLA-DR dan anak pasti akan menarik bagi penyelidikan masa depan. Selain itu, perbedaan
CD86, tetapi bahwa APC dari Papua Nugini juga lebih diam dan tahan terhadap genetik antara populasi sebagian bisa menjelaskan hasil, dan oleh karena itu kelas
stimulasi LPS lanjut [49] . Ini mendukung implikasi bahwa lingkungan bakteri risiko HLA terkait T1D dianggap sebagai salah satu faktor pengganggu dalam
sekitarnya preprogramming respon imun di dalam rahim, dan bahwa lingkungan ini analisis. Namun, berdasarkan SNP genotipe genome-wide, Estonia dan Rusia agak
akan berbeda di Petrozavodsk versus lokasi penelitian lainnya. Bahkan, data analisis mirip satu sama lain, [55] . Oleh karena itu, faktor genetik penjelasan mungkin untuk
sampel debu rumah di rumah Karelian Finlandia dan Rusia mengungkapkan persamaan terdeteksi di sini antara Finlandia dan Estonia, atau
perbedaan mencolok, karena kedua jumlah konten bakteri dan keragaman lebih perbedaan-perbedaan terdeteksi antara Estonia dan Rusia.
tinggi pada Karelia Rusia daripada di Finlandia [50] . Lisciandro et al. [49] menyarankan
bahwa perbedaan di negara bagian aktivasi antigen presenting sel fromneonates
antara lingkungan modern dan tradisional mencerminkan mekanisme evolusi
regulasi kekebalan belajar dalam rahim untuk mempersiapkan bayi baru lahir untuk
intensitas dan frekuensi tantangan imunologi di lingkungan postnatal dan untuk
melindungi mereka dari infeksi.

Penanda terkait dengan fenotipe sel kekebalan tubuh yang belum matang,
seperti ZFP36L1 menghambat sel plasma dan diferensiasi erythroid, dan pra-T
reseptor sel alpha ( PTCRA) diekspresikan dalam sel T belum matang, yang diregulasi Singkatnya, kami melaporkan di sini pertama studi transcriptomic seluruh genom
pada bayi baru lahir dari Espoo dan Tartu ( Buah ara. 3 SEBUAH - B). ZFP36L1 menggambarkan perbedaan dalam gen imunologis aktif dalam tali pusat sampel
downregulation, mirip dengan yang terlihat dalam sampel dari Petrozavodsk, telah darah seluruh dari neonatus yang lahir di kontras standar kebersihan dan hidup.
diamati pada sel B murine setelah stimulasi LPS dan selama pergeseran dari sel B Temuan mendukung hipotesis kebersihan, tetapi pada saat yang sama memperluas
matang untuk sel plasma [27] . Hal ini menunjukkan bahwa tidak hanya sel-sel bawaan jendela imunomodulator untuk periode prenatal. Faktor-faktor lingkungan yang
kekebalan tubuh, tetapi juga sel T dan B adaptif pada bayi baru lahir dari Espoo dan berperan dalam kerentanan / perlindungan terhadap penyakit kekebalan-dimediasi
Tartu memiliki fenotip yang lebih matang dan belum diaktifkan dan / atau dibedakan mulai membentuk kekebalan neonatal sudah dalam rahim
ke

Download untuk Grifanda Humairah ( grifandahumairah@gmail.com ) di Universitas Muslim Indonesia dari ClinicalKey.com oleh Elsevier pada 05 April 2018.
Untuk penggunaan pribadi saja. Tidak lain menggunakan tanpa izin. Copyright © 2018. Elsevier Inc All rights reserved.
Standar kebersihan dan adaptasi kekebalan tubuh pada bayi baru lahir 145

dan mengarahkan pematangan kedua adaptif dan respon imun bawaan sesuai [8] Persatuan negara-negara. Departemen Urusan Ekonomi dan Sosial.

dengan lingkungan mikroba sekitarnya. Hal ini kemudian bisa memiliki efek jauh Divisi Populasi 2010 Revisi Prospek Populasi Dunia, PBB, New York, 2011.

mencapai pada fungsi kekebalan kemudian di masa kecil, dan mendikte hasil dari
[9] A. Kondrashova, A. Reunanen, A. Romanov, A. Karvonen, H. Viskari, T. Vesikari, J. Ilonen,
keseimbangan antara respon imun yang efisien terhadap patogen dan
M. Knip, H. Hyöty, A gradien enam kali lipat dalam kejadian diabetes tipe 1 pada
pengembangan penyakit kekebalan tubuh dimediasi.
perbatasan timur Finlandia, Ann. Med. 37 (2005) 67 - 72.

Tambahan data untuk artikel ini dapat ditemukan secara online di [10] DIAMOND Project Group, Insiden dan kecenderungan Jenis masa kanak-kanak 1
http://dx.doi.org/10.1016/j.clim.2014.09.009 . diabetes di seluruh dunia 1990 - 1999, Diabet. Med. 23 (2006) 857 - 866.
[11] T. Teeäär, N. Liivak, K. Heilman, P. Kool, R. Sor, M. Paal, U. Einberg, V. Tillmann, kejadian
Peningkatan tipe masa-onset diabetes mellitus 1 pada anak-anak Estonia pada tahun
1999 - 2006. Waktu analisis trend 1983 - 2006, Pediatr. Diabetes 11 (2010) 107 - 110.
Ucapan Terima Kasih

Kami berterima kasih kepada keluarga yang berpartisipasi atas kontribusi mereka; [12] T. Laatikainen, L. von Hertzen, JP Koskinen, MJ Makela, P. Jousilahti, TU Kosunen, T.
personil dari tim DIABIMMUNE dan staf bangsal thematernity untuk koleksi sampel, Vlasoff, M. Ahlstrom, E. Vartiainen,
bantuan dan kontribusi; Sarita Heinonen dan Eveliina Virtanen untuk bantuan teknis T. Haahtela, Alergi kesenjangan antara Finlandia dan Rusia Karelia meningkat, Alergi 66

terampil dan dukungan dalam hibridisasi microarray di Finlandia microarray dan (2011) 886 - 892.
[13] Seiskari, T., Kondrashova, A., Viskari, H., Kaila, M., Haapala,
Sequencing Pusat, Turku, Finlandia; Terhi Laakso untuk bantuan dalam HLA genotip
AM, Aittoniemi, J., Virta, M., Hurme, M., Uibo, R., Knip, M., Hyöty, H., dan Epivir
di laboratorium Immunogenetics, University of Turku, Finlandia; Sanna Edelman
kelompok studi, alergi sensitisasi dan beban mikroba - perbandingan antara Finlandia dan
untuk tinjauan kritis dari naskah; Robert Moulder untuk revisi bahasa; dan Joonas
Rusia Karelia, Clin. Exp. Immunol. 148 (2007) 47 - 52.
Tietäväinen untuk membantu dalam analisis data. Penelitian ini didukung oleh hibah
Komisi Eropa Ketujuh Kerangka (EC-FP7-DIABIMMUNE- [14] Peet, A., Kool, P., Ilonen, J., Knip, M., Tillmann, V., dan
DIABIMMUNE Study Group, berat badan lahir pada bayi baru lahir dengan berbagai
diabetes terkait genotipe HLA di tiga negara tetangga: Finlandia, Estonia dan Rusia
Karelia, Diabetes Metab. Res. Wahyu 28 (2012) 455 - 461.
202.063, EC-FP7-Sybilla-201.106, EC-FP7-NANOMMUNE-214.281, dan
EC-FP7-PEVNET-261.441), Akademi Finlandia (Center of Excellence di Molekuler [15] R. Hermann, H. Turpeinen, AP Laine, R. Veijola, M. Knip, O. Simell, I. Sipilä, HK Åkerblom,
J. Ilonen, HLA DR-DQ-dikodekan penentu genetik dari jenis masa-onset diabetes 1 di
Sistem Imunologi dan Fisiologi Penelitian 2012 - 2017, Keputusan No. 250.114 untuk
Finlandia: analisis dari 622 keluarga inti, Tissue Antigen 62 (2003) 162 - 169.

RL, MK, dan HL, dan hibah 77.773, 203.725, 207.490,


116.639, 115.939, 123.864, 126.063), yang Sigrid Juselius Foundation, Juvenile
[16] RA Irizarry, BM Bolstad, F. Collin, LM Cope, B. Hobbs, TP Kecepatan, Rangkuman dari
Diabetes Research Foundation (JDRF), Turku University Hospital Research Fund, Affymetrix GeneChip Data tingkat probe, Asam Nukleat Res. 31 (2003) E15.
dan Oskar Öflund Foundation.
[17] HJ Lee, JE Suk, C. Patrick, EJ Bae, JH Cho, S. Rho, D. Hwang, E. Masliah, SJ Lee, transfer
langsung dari alpha-synuclein dari neuron ke astroglia menyebabkan respon inflamasi di
synucleinopathies, J. Biol . Chem. 285 (2010) 9262 - 9272.
Referensi
[18] T. Benaglia, D. Chauveau, DR Hunter, DS Young, Mixtools: paket R untuk menganalisis
[1] DP Strachan, demam Hay, kebersihan, dan ukuran rumah tangga, BMJ 299 (1989) 1259 - 1260. model campuran yang terbatas, J. Stat. P'baru. 32 (2009).

[2] DP Strachan, ukuran Family, infeksi dan atopi: dekade pertama “ hipotesis kebersihan ”, Thorax [19] KAMI Johnson, C. Li, A. Rabinovic, Menyesuaikan efek batch dalam data ekspresi
55 (Suppl. 1) (2000) S2 - S10. microarray menggunakan metode Bayes empirik, biostatistik 8 (2007) 118 - 127.

[3] Pfefferle, PI, Sel, S., Ege, MJ, Buchele, G., Blumer, N., Krauss- [20] RC Gentleman, VJ Carey, DM Bates, B. Bolstad, M. Dettling, S. Dudoit, B. Ellis, L. Gautier,
Etschmann, S., Herzum, I., Albers, CE, Lauener, RP, Roponen, Y. Ge, J. Gentry, K. Hornik, T. Hothorn, W. Huber, S . Iacus, R. Irizarry, F. Leisch, C.
M., Hirvonen, MR, Vuitton, DA, Riedler, J., Brunekreef, B., Dalphin, JC,
Braun-Fahrländer, C., Pekkanen, J., von Mutius, E., Renz, H., dan padang rumput Li, M. Maechler, AJ Rossini, G. Sawitzki, C. Smith, G. Smyth, L. Tierney, JY Yang, J.
Kelompok Studi, darah Cord alergen-IgE spesifik dikaitkan dengan penurunan produksi Zhang, Bioconductor: pengembangan perangkat lunak terbuka untuk biologi dan
IFN-gamma oleh sel darah tali pusat: Perlindungan terhadap Alergi-studi di Pedesaan bioinformatika komputasi, Genome Biol. 5 (2004) R80.
Lingkungan (padang rumput) studi, J. Alergi Clin. Immunol. 122 (2008) 711 - 716.
[21] GK Smyth, model Linear dan metode Bayes empirik untuk menilai ekspresi diferensial dalam
eksperimen microarray, Stat. Appl. Genet. Mol. Biol. 3 (2004) (Pasal 3).
[4] Ege, MJ, Bieli, C., Frei, R., van Strien, RT, Riedler, J.,
Ublagger, E., Schram-Bijkerk, D., Brunekreef, B., van Hage, M., Scheynius, A., [22] K. Breuer, AK Foroushani, MR Laird, C. Chen, A. Sribnaia, R. Lo, GL Winsor, RE Hancock,
Pershagen, G., Benz, MR, Lauener, R., von Mutius, E., Braun- Fahrländer, C., dan tim FS Brinkman, DJ Lynn, InnateDB: sistem biologi imunitas bawaan dan di luar -
Parsifal Studi, Prenatal paparan pertanian berhubungan dengan ekspresi reseptor dari
kekebalan bawaan dan kepekaan atopik pada anak-anak usia sekolah, J. Alergi Clin. update terbaru dan terus kurasi, Asam Nukleat Res. 41 (2013) D1228 - D1233.
Immunol. 117 (2006) 817 - 823.
[23] D. Martino, P. Holt, S. Prescott, Peran baru untuk interleukin-1 receptor signaling dalam
[5] YF Li, B. Langholz, MT Salam, FD Gilliland, pola merokok Ibu dan grandmaternal regulasi perkembangan respon imun untuk endotoksin, Pediatr. Alergi Immunol. 23
berhubungan dengan asma anak usia dini, Dada 127 (2005) 1232 - 1241. (2012) 567 - 572.

[6] Program Pembangunan PBB, National Human [24] JL Wynn, NZ Cvijanovich, GL Allen, NJ Thomas, RJ Freishtat, N. Anas, K. Meyer, PA
Laporan Pembangunan untuk Federasi Rusia, 2011. Checchia, R. Lin, TP Shanley, MT Bigham, S. Banschbach, E. Beckman, HR Wong,
[7] Bank Dunia, World Development Indicators 2010.

Download untuk Grifanda Humairah ( grifandahumairah@gmail.com ) di Universitas Muslim Indonesia dari ClinicalKey.com oleh Elsevier pada 05 April 2018.
Untuk penggunaan pribadi saja. Tidak lain menggunakan tanpa izin. Copyright © 2018. Elsevier Inc All rights reserved.
146 H. Kallionpää et al.

Pengaruh usia perkembangan pada respon transcriptomic awal anak-anak dengan syok [38] IM Frick, P. Åkesson, H. Herwald, M. Mörgelin, M. Malmsten,
septik, Mol. Med. 17 (2011) 1146 - 1156. DK Nagler, L. Björck, The sistem kontak - cabang novel imunitas bawaan menghasilkan
peptida antibakteri, EMBO J. 25 (2006) 5569 - 5578.
[25] C. Waskow, K. Liu, G. Darrasse-Jeze, P. Guermonprez, F. Ginhoux, M. Merad, T.
Shengelia, K. Yao, M. Nussenzweig, The reseptor tirosin kinase Flt3 diperlukan untuk [39] T. Sugo, H. Tachimoto, T. Chikatsu, Y. Murakami, Y. Kikukawa,
perkembangan sel dendritik di jaringan limfoid perifer, Nat. Immunol. 9 (2008) 676 - 683. S. Sato, K. Kikuchi, T. Nagi, M. Harada, K. Ogi, M. Ebisawa, M. Mori, Identifikasi dari
reseptor lysophosphatidylserine pada sel mast, Biochem. Biophys. Res. Commun. 341
(2006) 1078 - 1087.
[26] T. Vignudelli, T. Selmi, A. Martello, S. Parenti, A. Grande, C. Gemelli, T. Zanocco-Marani, S. [40] HK Lee, JM Lund, B. Ramanathan, N. Mizushima, A. Iwasaki, virus pengakuan Autophagy
Ferrari, ZFP36L1 negatif mengatur diferensiasi erythroid dari CD34 + sel induk tergantung oleh sel dendritik plasmasitoid, Ilmu 315 (2007) 1398 - 1401.
hematopoietik dengan mengganggu jalur Stat5b , Mol. Biol. Sel 21 (2010) 3340 - 3351.
[41] HK Lee, LM Mattei, BE Steinberg, P. Alberts, YH Lee, A. Chervonsky, N. Mizushima, S.
Grinstein, A. Iwasaki, In vivo persyaratan untuk Atg5 dalam presentasi antigen oleh sel
[27] A. Nasir, JD Norton, M. Baou, A. Zekavati, MJ Bijlmakers, S. Thompson, JJ Murphy, dendritik, Imunitas 32 (2010) 227 - 239.
ZFP36L1 negatif mengatur diferensiasi plasmasitoid sel BCL1 dengan menargetkan
BLIMP1 mRNA, PLoS One 7 (2012) e52187. [42] M. Alirezaei, HS Fox, CT Flynn, CS Moore, AL Hebb, RF Frausto, V. Bhan, WB Kiosses, JL
Whitton, GS Robertson, SJ Crocker, ekspresi ATG5 Peningkatan di demielinasi autoimun
[28] I. Ricaño-Ponce, C. Wijmenga, Pemetaan gen penyakit kekebalan-dimediasi, Annu. Rev. dan multiple sclerosis, Autophagy 5 (2009) 152 - 158.
Genomics Hum. Genet. 14 (2013) 325 - 353.
[43] LJ Martin, J. Gupta, SS Jyothula, M. Butsch Kovacic, JM Biagini Myers, TL Patterson, MB
[29] WA Dik, K. Pike-Overzet, F. Weerkamp, ​D. de Ridder, EF de Haas, MR Baert, P. van der Ericksen, H. Dia, AM Gibson, TM Baye, S. Amirisetty, AM Tsoras, Y. Sha, NT Eissa, GK
Spek, EE Koster, MJ Reinders, Hershey, varian Fungsional di autophagyrelated 5 gen promotor dikaitkan dengan asma
JJ van Dongen, AW Langerak, FJ Staal, Wawasan baru pada pengembangan sel T anak, PLoS One 7 (2012) e33454.
manusia dengan studi gen penataan ulang kuantitatif reseptor sel T dan ekspresi gen
profil, J. Exp. Med. 201 (2005) 1715 - 1723.
[44] JP Zhang, Y. Yang, O. Levy, C. Chen, Manusia neonatal leukosit darah perifer menunjukkan
[30] VA Rathinam, Z. Jiang, SN Wagoner, S. Sharma, LE Cole, patogen spesifik koordinat ekspresi TLR2, TLR4 / MD2, dan MyD88 selama infeksi
L. Wagoner, SK Vanaja, BG Monks, S. Ganesan, E. Latz, V. Hornung, SN Vogel, E. bakteri in vivo, Pediatr. Res. 68 (2010) 479 - 483.
Szomolanyi-Tsuda, KA Fitzgerald, The AIM2 inflammasome sangat penting untuk
pertahanan tuan rumah terhadap bakteri sitosol dan virus DNA, Nat . Immunol. 11 (2010) [45] P. Reece, A. Thanendran, L. Crawford, MK Tulic, L. Thabane,
395 - 402. SL Prescott, R. Sehmi, JA Denburg, alergi Ibu memodulasi kabel hematopoietik darah
progenitor Toll-like ekspresi reseptor dan fungsi, J. Alergi Clin. Immunol. 127 (2011) 447 - 453.
[31] SR Brodeur, F. Angelini, LB Bacharier, AM Blom, E. Mizoguchi, H. Fujiwara, A. Plebani, LD
Notarangelo, B. Dahlback, E. Tsitsikov, RS Geha, C4b-binding protein (C4BP)
mengaktifkan sel B melalui reseptor CD40, Imunitas 18 (2003) 837 - 848. [46] K. Honda, H. Yanai, H. Negishi, M. Asagiri, M. Sato, T. Mizutani,
N. Shimada, Y. Ohba, A. Takaoka, N. Yoshida, T. Taniguchi, IRF-7 adalah regulator
master tipe-I respon imun interferon-dependent, Nature 434 (2005) 772 - 777.
[32] R. Olivar, A. Luque, M. Naranjo-Gómez, J. Quer, P. García de Frutos, FE Borras, S.
Rodriguez de Córdoba, AM Blom, JM Aran, The alpha7beta0 isoform dari pelengkap [47] Heinig, M., Petretto, E., Wallace, C., Bottolo, L., Rotival, M.,
regulator C4b-binding protein menginduksi semimature, negara anti-inflamasi dalam sel Lu, H., Li, Y., Sarwar, R., Langley, SR, Bauerfeind, A., Hummel,
dendritik, J. Immunol. 190 (2013) 2857 - 2872. O., Lee, YA, Paskas, S., Rintisch, C., Saar, K., Cooper, J., Buchan, R., Gray, EE, Cyster,
JG, Konsorsium Cardiogenics, Erdmann, J., Hengstenberg, C., Maouche, S., Ouwehand,
[33] A. Hirano, M. Kurita-Taniguchi, Y. Katayama, M. Matsumoto, TC Wong, T. Seya, Ligasi WH, Beras, CM, Samani, NJ, Schunkert, H., Goodall, AH, Schulz, H., Roider, HG,
CD46 manusia dengan dimurnikan pelengkap C3b atau F (ab ') ( 2) antibodi monoklonal Vingron, M., Blankenberg, S., Munzel, T., Zeller, T., Szymczak, S., Ziegler, A., Tiret, L.,
meningkatkan interferon produksi nitrat oksida gamma-dependent isoform spesifik dalam Smyth, DJ, Pravenec, M., Aitman, TJ, Cambien, F., Clayton, D., Todd, JA, Hubner, N.,
makrofag, J. Biochem. 132 (2002) 83 - 91. dan Cook, SA, A trans-acting lokus mengatur jaringan ekspresi anti-virus dan risiko
diabetes tipe 1, Nature 467 (2010) 460 - 464.

[34] C. Kemper, AC Chan, JM Hijau, KA Brett, KM Murphy,


JP Atkinson, Aktivasi CD4 + sel manusia dengan CD3 dan CD46 menginduksi
T-peraturan sel 1 fenotip, Nature 421 (2003) 388 - 392. [48] C. Roduit, J. Wohlgensinger, R. Frei, S. Bitter, C. Bieli, S. Loeliger, G. Buchele, J. Riedler,
JC Dalphin, S. Remes, M. Roponen, J. Pekkanen, M. Kabesch , B. Schaub, E. von
[35] J. Cardone, G. Le Friec, P. Vantourout, A. Roberts, A. Fuchs, I. Jackson, T. Suddason, G. Mutius, C. Braun-Fahrlander, R. Lauener, padang rumput Study Group, Prenatal kontak
Tuhan, JP Atkinson, A. Cope, A. hayday, C. Kemper, Melengkapi regulator CD46 hewan dan ekspresi gen reseptor imunitas bawaan saat lahir berhubungan dengan
temporal mengatur produksi sitokin oleh sel T konvensional dan tidak konvensional, Nat. dermatitis atopik, J. Alergi Clin. Immunol. 127 (2011) 179 - 185 185.e1.
Immunol. 11 (2010) 862 - 871.

[36] G. Le Friec, D. Sheppard, P. Whiteman, CM Karsten, SA Shamoun, A. Laing, L. Bugeon, MJ [49] JG Lisciandro, SL Prescott, MG Nadal-Sims, CJ Devitt, PC Richmond, W. Pomat, PM Siba,
Dallman, T. Melchionna, PG Holt, DH Strickland, AH van den Biggelaar, Neonatal sel antigen-presenting secara
C. Chillakuri, RA Smith, C. Drouet, L. Couzi, V. Fremeaux-Bacchi, fungsional lebih diam pada anak-anak yang lahir di bawah tradisional dibandingkan
J. Kohl, SN Waddington, JM McDonnell, A. Baker, PA Handford, SM Lea, C. Kemper, dengan kondisi lingkungan modern, J. Alergi Clin. Immunol. 130 (2012) 1167 - 1174 E10.
Interaksi CD46-Jagged1 sangat penting untuk kekebalan TH1 manusia, Nat. Immunol. 13
(2012) 1213 - 1221.
[50] J. Pakarinen, A. Hyvärinen, M. Salkinoja-Salonen, S. Laitinen,
[37] ML Ngo, F. Mahdi, D. Kolte, Z. Shariat-Madar, peningkatan regulasi prolylcarboxypeptidase A. Nevalainen, MJ Makela, T. Haahtela, L. von Hertzen, dominasi bakteri Gram-positif
(PRCP) di lipopolisakarida (LPS) diperlakukan endotelium mempromosikan peradangan, dalam debu rumah di risiko rendah-alergi Rusia Karelia, Environ. Microbiol. 10 (2008)
J. Inflamm. (Lond.) 6 (2009) 3-9255-6-3. 3317 - 3325.

Download untuk Grifanda Humairah ( grifandahumairah@gmail.com ) di Universitas Muslim Indonesia dari ClinicalKey.com oleh Elsevier pada 05 April 2018.
Untuk penggunaan pribadi saja. Tidak lain menggunakan tanpa izin. Copyright © 2018. Elsevier Inc All rights reserved.
Standar kebersihan dan adaptasi kekebalan tubuh pada bayi baru lahir 147

[51] W. Barchet, JD Harga, M. Cella, M. Colonna, SK MacMillan, JP Cobb, PA Thompson, KM [55] M. Nelis, T. Esko, R. MAGI, F. Zimprich, A. Zimprich, D. Toncheva, S. Karachanak, T.
Murphy, JP Atkinson, C. Kemper, sel T regulator Melengkapi-diinduksi menekan respon Piskácková, I. Balascák, L. Peltonen, E. Jakkula, K. Rehnström, M. Lathrop, S. Heath, P.
T-sel tetapi memungkinkan untuk dendritic- pematangan sel, Darah 107 (2006) 1497 - 1504. Galan, S. Schreiber, T. Meitinger, A. Pfeufer, HE Wichmann,

B. Melegh, N. Polgar, D. Toniolo, P. Gasparini, P. D'Adamo, J. Klovins, L. Nikitina-Zake,


[52] AL Astier, G. Meiffren, S. Freeman, DA Hafler, Perubahan dalam TR1 sel peraturan T V. Kucinskas, J. Kasnauskiene, J. Lubinski, T. Debniak, S. Limborska, A. Khrunin, X.
CD46-dimediasi pada pasien dengan multiple sclerosis, J. Clin. Menginvestasikan. 116 Estivill, R. Rabionet, S. Marsal, A. Julià, SE Antonarakis, S. Deutsch, C. Borel, H. Attar,
(2006) 3252 - 3257. M. Gagnebin, M. Macek, M. Krawczak, M . Remm, A. Metspalu, struktur genetik dari
[53] YQ Xu, YD Gao, J. Yang, W. Guo, Sebuah cacat sel T regulator CD4 + CD25 + dalam Eropa: pandangan dari Utara-Timur, PLoS One 4 (2009) e5472.
menginduksi interleukin-10 produksi dari sel-sel CD4 + T di bawah CD46 kostimulasi
pada pasien asma,
J. Asma 47 (2010) 367 - 373.
[54] S. Rautava, R. Luoto, S. Salminen, E. Isolauri, kontak Mikroba selama kehamilan, kolonisasi
usus dan penyakit manusia, Nat. Rev. Gastroenterol. Hepatol. 9 (2012) 565 - 576.

Download untuk Grifanda Humairah ( grifandahumairah@gmail.com ) di Universitas Muslim Indonesia dari ClinicalKey.com oleh Elsevier pada 05 April 2018.
Untuk penggunaan pribadi saja. Tidak lain menggunakan tanpa izin. Copyright © 2018. Elsevier Inc All rights reserved.

Vous aimerez peut-être aussi