Nucleic Acids Research, 2018, vol.

46, tema de base de datos D1-D7

doi: 10.1093 / NAR / gkx1235

el 2018 Nucleic Acids Research tema base de datos y la colección de bases

de datos en línea de la biología molecular
Daniel J. Rigden 1, * y Xos' e M. Fern' Andez 2

1 Instituto de Biología Integrativa de la Universidad de Liverpool, Crown Street, Liverpool L69 7ZB, Reino Unido y 2 Instituto Curie, 25 rue d'Ulm, 75005 París,

Francia

Recibido 28 de noviembre 2017; Decisión editorial de noviembre de 29 de, 2017. 29 aceptada de noviembre de, 2017

RESUMEN El 2018 Nucleic Acids Research Problema base de datos actualizaciones en bases de datos descritas previamente en otro lugar (Tabla

contiene 181 estudios que abarcan la biología molecular. Entre ellos, 82 2 ) .Como en años anteriores, las bases de datos se agrupan en ocho categorías
son nuevos y 84 son actualizaciones que describen los recursos que temáticas amplias. Estos tapa (i) cuencia y la estructura del ácido nucleico SE-,

apareció en la edición anterior. Las bases de datos 15 de la cubierta regulación de la transcripción; (Ii) secuencia de pro- tein y la estructura; (Iii)

restantes más recientemente publicado en otros lugares. Bases de datos
en el área de ácidos nucleicos incluyen 3div para la visualización de datos
de la estructura 3D del genoma y RNArchitecture, un fi cación jerárquica
de cationes de las familias de ARN. bases de datos de proteínas incluyen
SMART establecida, y ELM MEROPS mientras GPCRDB y el recién llegado
STCRDab cubren las familias de interés biomédico. En el área del
metabolismo, HMDB y Reactome informan de nuevas características,
mientras que PULDB aparece en NAR por primera vez. Este problema
también contiene informes sobre los recursos genómica incluyendo
Ensembl, la UCSC Genome Browser y ENCODE. Actualizar los
documentos de la Guía IUPHAR / BPS de Farmacología y DrugBank son
aspectos más destacados de la sección objetivo de drogas de drogas y al
mismo tiempo una serie de bases de datos proteómicos incluyendo
proteomicsDB también están cubiertos. totalidad de la Emisión de base de
datos está disponible gratuitamente en línea en el
Nucleic Acids Research sitio web ( https: // académico. oup.com/nar ). La
colección de Biología Molecular de base de datos en línea NAR ha sido
actualizado, la revisión de 138 entradas, la adición de 88 nuevos
recursos y la eliminación de URLs 47 discontinuas, con lo que el total
actual a 1737 bases de datos. Está disponible en http: // www.
oxfordjournals.org/nar/database/c/ .
BASES DE DATOS nuevos y actualizados
metabólica y vías de señalización, enzimas y redes; (Iv) la genómica de virus,
bacterias, protozoos y hongos; (V) la genómica de organismos humanos y de
modelos más genómica comparativa; (Vi) humanos genómicas de variación,
enfermedades y fármacos; (Vii) las plantas y (viii) otros temas, tales como bases
de datos de la proteómica. En una era de la investigación interdisciplinaria
creasingly in-, no es de extrañar que el contenido de muchas bases de datos
abarca varias categorías para que los recursos a menudo no se adaptan
cómodamente a una categoría GLE pecado. Se insta a los lectores a navegar de
nuevo toda la cuestión, en lugar de limitarse a sí mismos a las secciones
pertinentes viamente más obstructivas. los Nucleic Acids Research línea situ
Molecular Collection Biología de base de datos, que es capaz dispo- en http://www.oxfordjournals
, Re tains su organización más de grano fino, que abarca 15 categorías y 41
subcategorías.
El problema comienza con amplios estudios de los recursos en ma- jor centros
globales, incluyendo el Centro de EE.UU. Nacional de Información Biotecnológica
(NCBI), la Bioin- Europea formatics Institute (EBI) y el Centro de Datos GRANDE
en el Instituto de Genómica de Beijing, la Academia China cias de SCI. El
documento NCBI Recursos ( 1 ) Presenta un análisis ing interés- que ilustra la
magnitud de la diafonía entre diferentes bases de datos dentro del sitio, que
ejemplifica el valor al usuario de la amplia integración de datos implementado en
estos centros. El papel EBI ( 2 ) Describe nuevos tipos de datos, incluyendo datos
de imagen, bancos de datos genéticos y muestras biológicas, así como trazar el
crecimiento exponencial continuo en el volumen de muchos tipos de datos. El
último de los tres, el Centro de Datos GRANDE ( 3 ), Se centra en la información
genómica, pero también alberga instalaciones para muestras, código de
programa, y ​wikis. Muchos de los wikis son muy activos y han aparecido
previamente en NAR por ejemplo lncRNAwiki ( 4 ).

este 2018 Nucleic Acids Research Problema base de datos es la colecta anual de 25
bases de datos bioinformáticas. El cuarto de siglo llega con 181 papeles que, como
siempre, abarcan todas las áreas de la investigación en biología molecular. El total La sección 'nucleico bases de datos de ácidos' comienza con actualizaciones

incluye 82 nuevas bases de datos (tabla 1 ) Y 84 actualizaciones de los recursos que de la cola- Internacional de secuencias de nucleótidos de base de datos COL- ( 5 )

han aparecido previamente en thedatabase Emisión. Hay también 15 Y sus tres colaboradores, GenBank, ENA y DDBJ ( 6-8 ) Que en conjunto se
enfrentan al reto de con-

*
A quién debe dirigirse la correspondencia. E-mail: nardatabase@gmail.com

©do El autor (s) de 2018. Publicado por Oxford University Press en nombre de Nucleic Acids Research.

Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia Creative Commons Atribución (http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/), lo que permite no comercial re-uso, distribución y reproducción en
cualquier medio, siempre que la obra original esté debidamente citados. Para su reutilización comercial, por favor, póngase en contacto con journals.permissions@oup.com
D2 Nucleic Acids Research, 2018, vol. 46, tema de base de datos

Tabla 1. Las descripciones de nuevas bases de datos en línea en la edición de 2018 de base de datos Base de datos NAR

URL Breve descripción una

3div http://kobic.kr/3div 3D-genoma Visor Interacción y base de datos

AAgMarker http://bioinfo.wilmer.jhu.edu/AAgMarker/index.jsp autoantígenos biomarcadores séricos de microarrays proteoma
aBiofilm http://bioinfo.imtech.res.in/manojk/abiofilm/ Los compuestos anti-biopelícula
ActiveDriverDB https://activedriverdb.org/ la variación del genoma mapeado contra modificaciones post-traduccionales

ADReCS-Target http://bioinf.xmu.edu.cn/ADReCS-Target Reacciones de la droga adversas relacionadas con las proteínas, genes y variantes genéticas

AmyPro http://amypro.net Las proteínas con regiones amiloidogénicas validados

anti-CRISPRdb http://cefg.uestc.edu.cn/anti-CRISPRdb/ proteínas anti-CRISPR
AraGWAS Catálogo https://aragwas.1001genomes.org Estudios de asociación de todo el genoma de Arabidopsis
ASpedia http://combio.snu.ac.kr/aspedia Alternative Splicing Encylopedia
ChannelsDB http://ncbr.muni.cz/ChannelsDB Canales, poros y túneles que se encuentran en las estructuras biomacromoleculares

CirGRDB http://cirgrdb.biols.ac.cn La regulación de los ritmos circadianos en los ARN

ClusterCAD https://clustercad.jbei.org y Ingeniería de tipo I modulares sintasas de policétidos
http://clustercad.igb.uci.edu
CR2Cancer http://cis.hku.hk/CR2Cancer Los reguladores de la cromatina y cáncer
CSCD http://gb.whu.edu.cn/CSCD Base de Datos de ARNc específico del cáncer

dbCAN-ss http://cys.bios.niu.edu/dbCAN SEC CAZymes genoma escala y grupos de genes CAZyme

dbCoRC http://dbcorc.cam-su.org/ modelos fundamentales de la transcripción de circuito Reguladora

DifferentialNET http://netbio.bgu.ac.il/diffnet interacciones proteína-proteína diferenciales en tejidos humanos

DiseaseEnhancer http://biocc.hrbmu.edu.cn/DiseaseEnhancer/ asociaciones promotor de la enfermedad

DISNOR http://disnor.uniroma2.it/ redes de interacción de proteínas que unen los genes de enfermedades

DreamBASE http://rna.sysu.edu.cn/dreamBase Humana expresó pseudogenes: DNAModification, Regulación de ARN y las

proteínas unidas
ECOdrug http://www.ecodrug.org Conservación evolutiva de los objetivos de medicamentos
EpiDenovo http://61.148.58.210:8080/EpiDenovo/ El epigenoma en el desarrollo embrionario de los mamíferos
EPD https://peptracker.com/epd/ Enciclopedia de la dinámica de las proteínas
EVLncRNAs http://biophy.dzu.edu.cn/EVLncRNAs/ Validada experimentalmente lncRNAs incluyendo indicaciones de enfermedades
Eram http://www.unimd.org/eram/ enfermedades raras anotados
ExoRBase http://www.exoRBase.org ARN exosome sangre humana
FlavorDB http://cosylab.iiitd.edu.in/flavordb moléculas de aroma
FusionDB http://services.bromberglab.org/fusiondb/ Funcional-repertorio red organismo a base de similitud
GVM http://bigd.big.ac.cn/gvm/ Variación Mapa del Genoma
HCMDB http://hcmdb.i-sanger.com/index Base de datos de la metástasis del cáncer humano

HEDD http://zdzlab.einstein.yu.edu/1/hedd.php Base de Datos de Enfermedades Enhancer humana

ICG http://icg.big.ac.cn Los genes de control interno para RT-qPCR normalización

IMOTA https://ccb-web.cs.uni-saarland.de/imota/ Interactiva multi-ómicas-Tissue Atlas
iPTMnet http://research.bioinformatics.udel.edu/iptmnet/ redes de modificación postraduccional
ITSoneDB http://itsonedb.cloud.ba.infn.it/ eucarióticas ribosomal RNA espaciador transcrito interno 1 secuencias

jMorp https://jmorp.megabank.tohoku.ac.jp/ Metabolómica y proteómica de 1000 los japoneses sanos

Portal de Datos LINCS http://lincsportal.ccs.miami.edu/dcic-portal/ firmas de perturbación de respuesta basados ​en células
LinkedOmics http://www.linkedomics.org Multi-omics análisis de 32 cánceres
Lnc2Meth http://www.bio-bigdata.com/Lnc2Meth lncRNAs y la metilación del ADN
m6AVar http://m6avar.renlab.org/ variantes humanas que afectan a los sitios M6A
MeDReaders http://medreader.org/ Los factores de transcripción de unión a ADN metilado
microbiomeDB http://microbiomeDB.org análisis de datos y la minería microbioma
MINTbase https://cm.jefferson.edu/MINTbase/ Mitocondrial y fragmentos de ARNt nucleares
miRCarta https://mircarta.cs.uni-saarland.de/ miRNAs y precursores
mirTrans http://mcube.nju.edu.cn/jwang/lab/soft/mirtrans/ información transcripcional-Cell específico para miRNAs humanos
NIEBLA http://fgrtools.hms.harvard.edu/ProteinSearch/ Modelo organismo datos de interacción molecular
MGA http://ccg.vital-it.ch/mga/ Masa anotación del genoma
MMP https://mmp.sfb.uit.no/databases/ Portal La metagenómica marina
MSDD http://www.bio-bigdata.com/msdd/ Base de datos de Enfermedades SNP miRNA

mSignatureDB http://tardis.cgu.edu.tw/msignaturedb firmas de mutaciones en los cánceres humanos

MVP http://mvp.medgenius.info interacciones Microbe-fago
NPASS http://bidd2.nus.edu.sg/NPASS/ Producto natural Actividades cuantitativos
OverGeneDB http://overgenedb.amu.edu.pl genes que codifican proteínas superpuestas
PAMDB http://pseudomonas.umaryland.edu Pseudomonas aeruginosa Base de Datos metaboloma
PancanQTL http://bioinfo.life.hust.edu.cn/PancanQTL/ Expresión loci cuantitativo (eQTL) el análisis de muestras de cáncer
PedAM http://www.unimd.org/pedam/ La enfermedad pediátrica anotación y Medicina
PCSD http://systemsbiology.cau.edu.cn/chromstates Planta de la base de datos de la cromatina Estado

PGG.Population https://www.pggpopulation.org la diversidad genómica de diversas poblaciones humanas

PharmacoDB http://pharmacodb.pmgenomics.ca Farmacogenómica de líneas celulares de cáncer
PEPINILLOS http://pickles.hart-lab.org Agrupada in vitro Pantallas CRISPR Knockout Biblioteca esencialidad
PIT-DB http://pitdb.org Informado por la proteómica Transcriptómica
Planteome http://www.planteome.org Portal para ontologías y anotaciones de plantas
PopHuman http://pophuman.uab.cat genómica orientada a la población genoma navegador
 Nucleic Acids Research, 2018, vol. 46, tema de base de datos D3

Tabla 1. Continuado

Base de datos URL Breve descripción una

qPrimerDB http://biodb.swu.edu.cn/qprimerdb cebadores de qPCR para 200 organismos

SUBIR http://rise.zhanglab.net interacciones ARN-ARN
RNArchitecture http://iimcb.genesilico.pl/RNArchitecture/ Clasificación de estructuras de ARN
SBCCDB http://sbcddb.moffitt.org Sleeping Beauty Cáncer de Base de Datos Controlador
SCPortalen http://single-cell.clst.riken.jp/ humano y de ratón de célula única base de datos centrada
SEECancer http://biocc.hrbmu.edu.cn/SEECancer Evolutiva etapa eventos somáticos específicos en el cáncer
StemMapper http://stemmapper.sysbiolab.eu la expresión génica de células madre

STCRDab http://opig.stats.ox.ac.uk/webapps/stcrdab Estructural T-Cell Base de Datos de Receptor

SysteMHC Atlas https://systemhcatlas.org/ Immunopeptidomics de péptidos unidos a MHC
Proteoma tabloide http://iomics.ugent.be/tabloidproteome asociaciones de proteínas inferirse fromMass Espectrometría
Meta-Patógeno http://target.sbg.qb.fcen.uba.ar/patho optimización objetivo de drogas en los patógenos
TC3A http://tc3a.org/ 3' regiones no traducidas, de poliadenilación alternativa y el cáncer
TissGDB http://zhaobioinfo.org/TissGDB Tejidos específicos DataBase génica en el cáncer
TranslatomeDB http://www.translatomedb.net/ Translatome datos de RNC-Sec y Ribo-Sec
base de datos de TriForC http://bioinformatics.psb.ugent.be/triforc/ vías triterpénicos
TCSBN http://inetmodels.com Tejidos y redes biológicas cáncer-específica
VarCards http://varcards.biols.ac.cn/ Interpretación de variantes de codificación en el genoma humano
VDJdb https://vdjdb.cdr3.net/ . secuencias del receptor de células T con especificidad de antígeno conocida

Taxonomía de Virus http://ictv.global Taxonomía de Virus

una Para referencias completas de las bases de datos que aparecen en este tema, consulte la tabla de contenido.

Tabla 2. descripciones actualizadas de las bases de datos publicados más recientemente en otras partes de base de datos

URL Breve descripción una

BioMuta y https://hive.biochemistry.gwu.edu/biomuta y El cáncer SNVS y la expresión génica

BioExpress https://hive.biochemistry.gwu.edu/bioxpress
BioStudies https://www.ebi.ac.uk/biostudies/ Los datos de todo tipo referentes a un solo estudio
iSyTE http://research.bioinformatics.udel.edu/iSyTE Herramienta integrada de sistemas para el descubrimiento de genes Eye

Mirandola http://mirandola.iit.cnr.it/ Extracelular y que circula ARN no codificantes

mirDIP http://ophid.utoronto.ca/mirDIP/ Portal de integración de datos de microARN
MNDR http://www.rna-society.org/mndr/ Mamífero ncRNA-Enfermedad Repositorio
NLSdb https://rostlab.org/services/nlsdb/ Las señales de localización nuclear
PAGER 2.0 http://discovery.informatics.uab.edu/PAGER/ Vía, lista anotada, y Gene-firma repositorio electrónico

ProteomicsDB https://www.ProteomicsDB.org espectrometría de masas del proteoma humano

PULDB http://www.cazy.org/PULDB nueva / Loci polisacárido utilización de especies bacteroidetes
Volver a asignar http://remap.cisreg.eu Factor de transcripción de datos de chip-ss
RMDB http://rmdb.stanford.edu mapeo Estructura del RNA
SuperDrug2 http://cheminfo.charite.de/superdrug2 medicamentos aprobados

TRRUST v2 http://www.grnpedia.org/trrust/ interacciones de regulación transcripcional en humanos y ratón.

TumorFusions http://www.tumorfusions.org genes de fusión Tumor

una Para referencias completas de las bases de datos que aparecen en este tema, consulte la tabla de contenido.

crecimiento exponencial tinued en datos de la secuencia de ácidos nucleicos. Los
factores de transcripción (TF) y la regulación de la transcripción están representadas por
una serie de bases de datos. La re populares convertir la base de datos de perfiles de
unión TF, JASPAR ( 9 ), Se publica espalda con espalda con la base de datos vuelva a
asignar ( 10 ) De la TF-chip de datos siguientes: datos de reasignar el mapa contribuyeron
directamente a mejorar la cobertura de JASPAR. Con la reciente est intensa inter en el
papel de la estructura de la cromatina en 3D en la regulación génica, el recurso 3div ( 11 )
Para la interacción ción 3Dgenome visualisa- es oportuna. El keyRNAdatabase Rfam ( 12 )
Contribuye una actualización que describe un movimiento para el contenido basado en un
conjunto de genomas de referencia. De reflejo de los cambios realizados en Pfam ( 13 ),
Esto elimina la redundancia tanto inútil y permite comparaciones taxonómicos más claras.
importante en los enlaces de enfermedades para los ARN no codificantes. La base
de datos MODOMICS bien establecida de las modificaciones de ARN ( 20 ) Es el
sujeto de un documento de actualización que, entre otros desarrollos, informa sobre
la disponibilidad de los datos de espectrometría de masas de cromatografía / líquido
para cleosides nu- modificados, facilitando de perfiles de dichas modificaciones por
estos métodos. la estructura del ARN está cubierta por la base de datos RMDB
regresar ( 21 ), Que contiene el mapeo químico infor- mación que se puede utilizar
para predecir RNA estructura ciario secundaria y ter-, y el nuevo RNArchitecture ( 22 ),
Que in- troduces una organización jerárquica de las familias de ARN con un enfoque
en las estructuras 3D, de la manera popularizado por las bases de datos tein pro
como la SCOP.

En el apartado de secuencias de proteínas y de la estructura de bases de datos, la

miRNA biología está fuertemente representado por actualizaciones de bases
de datos establecidos tales como DIANA-TarBase ( 14 ) Y mirDIP ( 15 ), Así como
nuevas bases de datos tales como miR Carta ( dieciséis ). El nuevo MSDD ( 17 )
Vincula SNPs miARN a enfermedades mientras EVLncRNAs ( 18 ) Y MNDR ( 19 )
además
base de datos de SMART venerable celebra 20 años con un papel de actualización ( 23 ).
En él se describe de manera especialmente útil la opción de visualización de nuevo,
mediante el cual la información de dominio arqui- tectura se puede agregar a los árboles
filogenéticos con el Árbol de la Vida Interactiva (ITOL) herramienta ( 24 ). otra UP-
D4 Nucleic Acids Research, 2018, vol. 46, tema de base de datos
fecha a partir de PDBE ( 25 ) Incluye mención de una biblioteca recién desa- desa- de
componentes web libremente disponibles para visualizaciones de datos activos inter.
Uno de ellos, el espectador LiteMol 3D, en particular permite la visualización
conveniente de electrones densi- dad en la ventana del navegador. Una actualización
de la base de datos ELM popular de motivos de secuencias de proteínas ( 26 )
Informa, entre otros desarrollos, sobre cómo fascinantes ejemplos de mimetismo
BAC- patógeno terial de motivos eucariotas son ahora EXCLUYEN in- en la base de
datos. Una nueva llegada, ChannelsDB ( 27 ) Contribuye nuestra imagen de tapa y
describe los canales, túneles y poros en las estructuras de proteínas que permiten el
acceso de sustrato a los sitios catalíticos enterrados, por ejemplo, o pasaje molecular
a través de una proteína transmembrana. Ciertas clases tein pro- o familias justifican
sus propias bases de datos a medida a través de importancia médica o biológica.
receptores de células T se sirven en este tema por tanto VDJdb ( 28 ), Centrándose en
secuencias Ceptor re- de especificidad conocida, y STCRDab ( 29 ) Que recoge y
curador de información estructural, que une a y permitiendo búsquedas en contra de
una amplia variedad de datos funcionales estructural, la secuencia y. La base de
datos de regresar GPCRDB ( 30 ), Para los receptores acoplados a proteínas G,
mayores en los modelos de homología cuidadosamente hechas andmapping
receptores para ligandos.
cambios importantes en el metabolismo y señalización sec- ción incluyen la
base de datos HMDB metabolómica humana ( 31 ). predicho espectros de masas
y pharmacometabolomics - versión 4.0 trae enormes incrementos en el
contenido, una im- interfaz y nuevos tipos de información resultó. Este problema
también informa sobre una nueva base de datos de la metabolómica, PAMDB ( 32
), Dedicada al patógeno bacteriano Pseudomonas aerugi- nosa, justifica no sólo
por la importancia biomédica del organismo, sino también por los nuevos
metabolitos que contiene. Las vías metabólicas están cubiertos por el conocido
regresar bases de datos Reactome ( 33 ) Y las formas WikiPath- ( 34 ). El anterior
actualización es notable por sus diagramas mejorados de alto nivel que
contextualizar magníficamente vías de bajo nivel a partir de imágenes de
células, tejidos y órganos. Entre databasesMEROPS orientada a enzimas ( 35 ),
Dedicado a las proteasas y sus inhibidores, hace un bienvenido retorno con una
casi duplicación de secuencias y referencias cruzadas a la base de datos
PANTHER ( 36 ). PANTHER se- cuencia basado en la agrupación de longitud
completa se muestra para que sea complementario a la estructura basada en el
dominio de MEROP. enzimas Carbohydrate-activos están cubiertos por la
llegada a NAR de PULDB ( 37 ), Cubriendo polisacárido utilización loci en los
promi- bacterias intestinales nentes de los phylumBacteriodetes, y SEQ dbCAN-
( 38 ), Que extrapola útilmente la información de la base de datos CAZy bien
conocido ( 39 ) A una escala de genoma. A nivel mecanismo enzima, este
problema ve la fusión de dos bases de datos, macie y CSA, cada uno veteranos
de múltiples problemas de base de datos, en un único nuevo recurso M-CSA
(meca- nismo y Catalytic Site Atlas) ( 40 ).
En la sección de la genómica microbiana, hay una pa- actualización por desde
el SGD centrado levadura-( 41 ) Que ahora incluye listas curadas de genes de
levadura que pueden reemplazar las funciones de los homólogos humanos o
viceversa. El TADB popular, toxinas y antitoxinas cu- Ering, también presenta una
actualización ( 42 ), al igual que SUBTI wiki ( 43 ), Dedicado a la biología de Bacillus
subtilis. Dos nuevas bases de datos frente a los virus. El Virus taxón omy ( 44 )
Aparece en NAR, por primera vez, a pesar del Comité In- ternacional detrás de él
data de la década de 1960.
El segundo, MVP ( 45 ) Describe los complejos betweenmicrobes interacciones
y los grupos de fagos que pueden infectar a una o más de ellos.
genómica organismo humano y de modelo están fuertemente repre- sentadas.
El Ensembl recursos básicos ( 46 ) Y la UCSC Genome Browser ( 47 ) Presentar sus
actualizaciones habituales. El primero es complementado por un papel Ensembl
genomas ( 48 ) Que cubre no vertebrados que informa ~ 20 000 nuevos genomas
cubiertos. Otras bases de datos que vuelven conocidos in- ENCODE clude ( 49 ),
RefSeq ( 50 ) Y Genomicus ( 51 ), Las últimas novedades del cariotipo árboles
evolutivos showcasing. Entre las nuevas bases de datos, las tendencias actuales
en biología celular y molecular se reflejan en StemMapper ( 52 ) Que se centra
específicamente en la expresión génica de células madre, y SCPortalen ( 53 ) Que
almacena los datos, metadatos y transcriptómica imágenes de células en el nivel
de células individuales. Otra novedad destacable es encurtidos ( 54 ), Que recoge
información sobre dad gen humano esencial- de los resultados de CRISPR
knockout escala genoma y shRNA desmontables experimentos en el cáncer y
otras líneas celulares.
Como siempre, las bases de datos dedicados a la varia- ción genómica
humana y la investigación biomédica están muy bien representados. bases de
datos que vuelven importantes incluyen la IUPHAR / Guía de BPS a Farmacología
( 55 ) Que cubre propiedades de dianas de fármacos existentes y potenciales. Los
autores de la actualización también describen un recurso importante nueva
hermana, la Guía de Immunopharmacology. Una perspectiva evolutiva interesante
sobre dianas de fármacos es proporcionada por ECOdrug ( 56 ) Que mapea la
presencia o ausencia de orthologues diana de fármacos a través de especies. Esto
le ayudará en los esfuerzos para abordar las preocupaciones sobre ecotoxicología
unión de los fármacos a las especies silvestres no objetivo y ayudar con opciones
de especies apropiadas para las evaluaciones de riesgo ecológico. El DrugBank
ular emergente ( 57 ) También devuelve, ahora en la liberación de 5,0 y trayendo un
enorme aumento en el volumen de datos, nuevos tipos de datos tales como
pharmacotranscriptomics y el contenido de informes sobre el estado de los
ensayos clínicos. Un nuevo recurso importante es la variación Mapa del Genoma ( 58
) Desde el Centro de Datos GRANDE cubriendo 19 especies. Su llegada es
particularmente oportuna con el anuncio de que los recursos NCBI dbSNP
comparables y dbVar son de no aceptar envíos no humanos ( https://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov/201
cabo-support-para-no-humano-genoma-organismo-data-in- dbSNP-y-dbvar / ) .El
recurso ClinVar bien utilizado ( 59 ) También contribuye una actualización y se une
en la interpretación de la variación del genoma humano y sus implicaciones para la
enfermedad por parte de los recién llegados (VarCards 60 ). Dos nuevas bases de
datos interesantes, PGG. Población ( 61 ) Y PopHuman ( 62 ) Presentar una
perspectiva genómica de las poblaciones de la variación del genoma humano,
cada uno con miles de genomas humanos de todo el mundo y que permite la
exploración interactiva de y la comparación entre las poblaciones.
bases de datos de las plantas representadas aquí incluyen la comparativa
PLAZA recursos genómica tivos ( 63 ) Y Gramene ( 64 ). Uno de los principales
recursos de Arabidopsis nueva llega en forma de catálogo AraGWAS ( sesenta y
cinco ), Que contiene cientos de miles de vínculos entre los SNPs y fenotipos
curada. En la última sección proteómica bases de datos están bien representados.
Se presenta una actualización sobre la importante proteomicsDB recursos
proteómica cuantitativa ( 66 ). Sus proteínas vista centrada enlaces a una
impresionante variedad de visualizaciones y para diferentes

tipos de datos ómicas. Los planes futuros incluyen una extensión de su actual
enfoque humano a organismos modelo. Una interfaz de usuario intuitiva es también
un punto fuerte de la newEPDdatabase ( 67 ), Mientras PIT-DB ( 68 ) Funciona de
manera explícita en la intersección de la transcriptómica y proteómica de RNA-seq
masa trometry espec-. Después de cubrir una variedad de áreas biológicas tales,
parece apropiado para terminar con la mención de la base de datos BioStudies ( 69 )
Que recopila datos de cualquier y todo tipo referentes a un solo estudio.
NAR LÍNEA DE BIOLOGÍA MOLECULAR Base de datos
Llegamos a este año la actualización 25 de la Colección de Biología Molecular
de base de datos en línea NAR (que está disponible gratuitamente en http://www.oxfordjournals.org/nar/database/
c / ), Con 88 nuevas bases de datos (tabla 1 ) Y 15 bases de datos no descritos
previamente en el número NARDatabase (Tabla
2 ). Dentro de nuestros procesos de verificación en curso para asegurarse de que la información
sigue siendo relevante, hemos eliminado 47 bases de datos obsoletos o descontinuados.
Después de contactar con sus autores, 138 entradas de bases de datos han sido actualizados
con respecto a las nuevas direcciones URL, nuevas descripciones, y / u otros metadatos.
Damos la bienvenida a sugerencias para su inclusión en la colección de
bases de datos adicionales que se han publicado en otras revistas. Estas
sugerencias deben dirigirse a XMF en xose.m.fernandez@gmail.com y deben
incluir resúmenes de bases de datos en texto plano, organizados de acuerdo
con el http://www.oxfordjournals.org/nar/database/summary/ 1 modelo.
EXPRESIONES DE GRATITUD
Agradecemos a la Dra Martine Bernardes-Silva, sobre todo, y el resto del equipo de
Oxford University Press dirigido por Joanna andElisabethWaelkens ventures Tikos por
su ayuda en la elaboración de este tema.
FONDOS
La financiación de cargo de acceso abierto: Oxford University Press.
Declaracion de conflicto de interes. opiniones de los autores no reflejan necesariamente
los puntos de vista de sus respectivas instituciones.
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