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UNIVERSITE DE YAOUNDE 1 FACULTE DES SCIENCES

DEPARTEMENT DE BIOCHIMIE
Année académique 2018/2019
TD BIOS 301 Partie Bioénergétique

Exercice 1
Définir bioénergétique et citer 3 modes de production d’énergie dans la cellule

Exercice 2
Enoncer le 1er et le 2ème principe de la thermodynamique

Exercice 3
La valeur de la constante d'équilibre de la réaction de formation de l'ATP à partir de l'ADP et
du Pi est 4,432 10-6 à 25°C. Celle de l'hydrolyse du phosphoenolpyruvate (PEP) en pyruvate et
Pi est 7,135 1010.
Calculer la variation d'énergie libre standard du couplage de l'hydrolyse du PEP à la formation
de l'ATP en n'utilisant comme données numériques que les valeurs des constantes d'équilibre.

Exercice 4
Dans des levures en aérobiose, le rapport des concentrations intracellulaires
[ATP]φ/[ADP]φ =10.
On considère la réaction de la glycolyse catalysée par la phosphoglycérate kinase:
1,3-diphosphoglycérate + ADP <=====> 3-phosphoglycérate + ATP
Quel doit être le rapport des concentrations
[3-phosphoglycérate]φ / [1,3-diphosphoglycérate]φ pour que la réaction soit
thermodynamiquement spontanée dans le sens de la synthèse du 1,3-diphosphoglycérate ?
Données : T = 25°C / ΔG°'(hydrolyse 1,3-diphosphoglycérate) = - 12 kcal.mol-1 / R = 8,32
J.°K-1.mol-1

Exercice 5
1. Écrire la réaction catalysée par la glucokinase.
2. Pour cette réaction, ΔG°' = - 4,16 kcal.mol-1.
Calculer la constante d'équilibre (veiller aux unités).
3. On mesure les concentrations réelles, c'est-à-dire les concentrations physiologiques au sein
de la cellule, des substrats et des produits de cette réaction. Les valeurs trouvées (en µM) sont
les suivantes : [ATP]φ = 1850 ; [ADP]φ = 138 ; [D-glucose-6-phosphate]φ = 83 ; [D-glucose]φ
= 5000
Les concentrations physiologiques sont-elles comparables aux concentrations à l'équilibre ?
4. Calculer la variation d'énergie libre de cette réaction.
Cette réaction est-elle réversible in vivo ?
Données: T = 37°C ; R = 1,99 cal.°K-1.mol-1

1
Exercice 7
Soient les réactions suivantes et leur variation d'énergie libre standard :
(1) fumarate + H2O <===> malate ΔG°' = - 0,9 kcal.mol-1
(2) malate + 1/2 O2 <===> oxaloacétate + H2O ΔG°' = - 45,3 kcal.mol-1
+
(3) NAD + H2O <===> NADH + H + 1/2 O2 ΔG°' = + 52,4 kcal.mol-1
+

La pression partielle de l'oxygène est de 1 atm (l'activité, donc la concentration en oxygène,


est de 1).
1. Si on ne considère que la réaction (2), quelle est la valeur du rapport [oxaloacétate] /
[malate] à l'équilibre ?
2. Les réactions (2) et (3) sont couplées. Si [NAD] = [NADH], quelle doit être la valeur du
rapport [oxaloacétate] / [malate] pour que la variation d'énergie libre de ce couplage soit nulle
? (On ne tiendra pas compte de la concentration en H+).
Données: T = 30°C ; R = 1,99 cal.°K-1.mol-1

Exercice 8
Montrer que pour qu'une réaction quelconque (A <===> B) s'effectue dans le sens de
formation de B, la relation: [B]φ / [A]φ < Keq doit être satisfaite (la démonstration est simple).
[A]φ et [B]φ sont les concentrations physiologiques par opposition aux concentrations à
l'équilibre (eq).

Exercice 9
1. En s'appuyant sur le fait que plus un couple rédox a un potentiel de réduction standard bas,
plus il a tendance à céder ses électrons, écrivez les 2 demi-réactions rédox correspondant à
chacune des réactions globales (couplées) ci-dessous, de telle sorte que chaque réction globale
soit écrite dans le sens thermodynamiquement spontané.
(1) pyruvate + β-hydroxybutyrate <===> lactate + acétoacétate
(2) acétoacétate + NADH + H+ <===> β-hydroxybutyrate + NAD+
(3) FADH2 + cyt b (Fe3+) <===> FAD + cyt b (Fe2+) + H+
(4) L-Glu + H2O + NADP+ <===> α-cétoglutarate + NH3 + NADPH + H+
Remarques : (2 H+ + 2 e-) sont échangés dans la réaction (1) ; la réaction (3) n’est pas
équilibrée.
2. Calculez la variation d’énergie libre de Gibbs standard dans les conditions physiologiques
(ΔG°') de la réaction (4) considérée dans le sens spontané.
Données : (FAD / FADH2): E°' = - 0,06 V
(pyruvate / lactate): E°' = - 0,19 V
(cyt b (Fe3+) / cyt b (Fe2+)): E°' = + 0,08 V
(NAD+ / NADH + H+): E°' = - 0,32 V
(acétoacétate / β-hydroxybutyrate): E°' = - 0,35 V
(NADP+ / NADPH + H+): E°' = - 0,32 V
(α-cétoglutarate + NH3 / L-Glu): E°' = - 0,14 V
T = 37°C ; R = 8,32 J.°K-1.mol-1 ; F = 23060 cal.V-1

Exercice 10

1- What do you think about Mitchell theory? (6 lines)


2- Quote with short comment three (03) applications of Bioenergetics.