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Les difficult&s d'interpr&tation de...

BACTERIOLOGI E

LES DIFFICULTEtS D'INTERPRITATION


DE UEXAMEN CYTO-BACTI RIOLOGIQUE
DES URINES

Rene Courcol a,*, Alain Marmonier b, Yves Piemont c

Rdsum~ 1. Introduction
Uexamen cyto-bact6riologique des urines est I'une des analyses I infection du tractus urinaire est s~rement I'infection bact6rienne
microbiologiques les plus demand6es. De nombreux param~tres L la plus fr6quente en milieux communautaire et hospitalier. Cela
pre-analytiques (prel~vement, transport) et analytiques (examen explique que I'examen cyto-bact6riologique des urines (ECBU) soit
microscopique, tests rapides de d6pistage, culture quantitative) I'examen bact6riologique le plus demande. Son apparente simplicit~
d'ex6cution ne dolt pas faire oublier que de nombreux parametres
interviennent pour le diagnostic bacteriologique de I'infection
propres & cet examen influent sur I'interpr6tation des resultats. II
urinaire.
convient donc de respecter en toutes circonstances une m6thodologie
Urine - infection urinaire - e x a m e n bact6riologique - rigoureuse de pr~l~vement et de fournir au microbiologiste les ren-
e x a m e n microscopique. seignements cliniques n~cessaires ~_la bonne interpretation des don-
n~es analytiques. Les param~tres critiques intervenant dans I'inter-
pr~tation de I'ECBU sent d~tailles dans cet article.
S u m m a r y : Difficulties o f i n t e r p r e t a t i o n
in c y t o - b a c t e r i o l o g i c a l examination of the urines

The cyto-bacteriological examination of the urines is one of the 2. Phase pr(~-analytique


most required microbiological analyses. Many pre-analytical
(specimen collection and transport) and analytical parameters 2.1. Pr61~vement
(microscopic examination, dipstick screening tests, quantitation
Uidentification precise du prel6vement avec le nom du patient et I'heure
of culture) are involved in the diagnosis of the urinary tract de pr616vementest, comme pour toute analyse biologique, un pre-requis.
infection. Le motif de la prescription est egalement indispensable pour la raise
en evidence de certaines bacteries. Par exemple, la recherche de cer-
U r i n e - urinalysis - urinary tract infection - bacteriologic
taines bact6ries (gonocoque, mycoplasmes, Chlamydia, mycobact6-
e x a m - direct microscopic examination.
ties, bacteries ana6robies strictes, par exemple) n'est possible que
si le pr61~vement est sp6cifiquement adapt~ et accompagne de
renseignements cliniques. De plus, le pr~l~vement doit 6tre realis6
par du personnel soignant entraine afin d'obtenir un faible niveau de
contamination.
Le meat urinaire de I'homme ou de la femme doit ~tre d6sinfecte avant
aLaboratoirede bact6riologie-hygi~ne
Centre hospitalier universitairede Lille le prel6vement d'ufine. II en est de m~me pour le nourrisson ou le petit
H6pital Calmette enfant chez qui a 6t6 pose un collecteur sterile sp6cifique ; au-delA
59037 Lille eedex de 20 & 30 min, la poche doit eke remplac6e. Chez le patient porteur
b Laboratoirede microbiologie d'une sonde & demeure, il est necessaire de d6contaminer le site de
Centre hospitalier du Mans ponction. La contamination du pr61evement par les flores saprophytes
194, av. Rubillard (cutan6e, urethrale, vaginale, ou f~cale) ou par les bacteries de I'en-
72037 Le Mans cedex 9
vironnement entrafnent des r6sultats faussement positifs.
c Institut de bact6riologie II est pr6ferable de r6aliser le pr61~vement d'urine le matin afin de
Universit6 Louis-Pasteur
3, rue de Koeberle recueillir une urine ayant s6journ6 suffisamment Iongtemps dans la ves-
6?000 Strasbourg sie. Selon l'etiologie suspectee, on distingue le premier jet (recherche
d'une infection ur6trale ou prostatique) du second jet (recherche d'une
* Correspondance
rcourcol@chru-lille.fr infection v6sicale ou r6nale).
En cas d'utilisation d'un conservateur (acide borique, par exemple),
article re(;u le 10 novembre 2004, aocept(~ le 5 janvier 2005.
il est n6cessaire de remplir le flacon selon les indications du fabricant
© ElsevierSAS. afin d'obtenir la concentration optimale du conservateur.

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Pour la recherche de certaines bacteries fragiles ou d'identification dif- il est utile de reconnaitre et de quantifier les hematies et les cylindres.
ficile (Chlamydia, premier jet pour la recherche de gonocoque et myco- La presence de cylindres granuleux, hematiques, leucocytaires ou
plasmes, par exemple), le prelevement dolt etre inocule dans un milieu cireux doit etre signalee et confrontee avec la clinique.
de transport adapt& Pour la recherche de mycobacteries, la premiere En complement de resultat, les cristaux urinairespeuvent etre identi-
miction du matin est collectee en totalite trois jours de suite. ties et semi-quantifies. Ceux-ci sent physiologiquement presents darts
En cas de traitement antibiotique, la numeration bacterienne peut etre I'urine. Seuls, les cristaux de cystine et une quantite abondante de cris-
diminuee ou les cultures etre infructueuses. taux d'acide urique sent anormaux.

2.2. T r a n s p o r t
Le transport vers le laboratoire dolt se faire en moins de deux heures, 4. Tests rapides de depistage
sauf si le recueil a ete effectue dans un pot contenant un stabilisateur d'une infection urinaire
de croissance bacterienne. Un delai de transport court (moins de
2 heures) permet de reduire la multiplication des contaminants et de Les tests rapides permettent de realiser un criblage instantane pour
garder intactes les cellules presentes dans rurine avant qu'elles ne se la recherche simultanee ,, au lit du malade ,, de stigmates biologiques
deferment ou ne se lysent. Ainsi, il peut y avoir jusqu'& 50 % d'elements habituellement associes & une bacteriurie (recherche d'une nitrate-
cellulaires lyses apres la 2 e heure. reductase presente essentiellement chez les enterobacteries) et d'une
En I'absence de conservateur et Iorsque la duree du transport est supe- leucocyturie (recherche d'une leucocyte-esterase). Ces tests neces-
rieure & deux heures, les urines doivent etre conservees & + 4 °C pour sitent des urines frafchement emises ou des urines ayant sejourne plus
une duree maximale de 24 heures. Dans ce cas, le denombrement des de 3 h dans la vessie. Le temps de lecture des bandelettes reactives
bacteries est realisable mais les leucocytes peuvent etre alteres. est de 2 minutes pour la recherche des leucocytes et de 30 secendes
pour la detection de I'activite nitrate reductase des enterobacteries.

3. Examen microscopique 4.1. L i m i t e s d ' i n t e r p r e t a t i o ~ d e la l e u c o c y t u r i e


a v e c tes t e s t s r a p i d e s

3.1~ L e u c o c y t u r i e Le seuil de detection de ce test est de I'ordre de 10 leucocytes/mm a


soit 104/mL I 'existence de resultats faussement positifs est due a. la
La recherche des leucocytes urinaires est pratiquee avec des urines non
presence de leucorrhees, d'une hyperalbuminurie, d'acide ascorbique,
centrifugees et fraichement emises (moins de 2 heures). Cet examen se
de nitrofurantdfne, ou de gentamicine. Ce test ne doit pas etre mis en
realise avec un dispositif de numeration, de preference & usage unique.
oeuvre chez le patient sonde du fait de la presence habituelle de leu-
Les cas d'absence de leucocyturie avec bacteriurie peuvent s'observer cocytes. It en est de meme pour le patient ayant une vessie neurolo-
Iors d'une contamination bacterienne d'une urine sterile, d'un stade gique en raison d'une leucocyturie chronique.
precoce d'infection, d'une reaction inflammatoire retardee, ou en cas
La sensibilite de cette recherche est comprise entre 82 - 95 %, sa
de bacteriurie asymptomatique (cas d'une colonisation sans infection).
specificite entre 55 - 94 %. La valeur predictive positive est comprise
Les cas de leucocyturie sans bacteriurie peuvent etre rencontres entre 40 - 5 1 % et la valeur predictive negative entre 81 - 96 %.
- pour une numeration bacterienne < 105 CFU/mL ;
- Iors d'un traitement antibiotique prealable ; 4.2. L i m i t e s d ' i n t e r p r e t a t i o n d e t'acfivite nitrate
- Iors d'une maladie febrile systemique ; r ~ d u c t a s e a v e c les t e s t s r a p i d e s
- en cas d'urines concentrees par deshydratation ;
- Iors d'une irritation liee & la presence d'un catheter ; Le seuil de detection de I'activit6 nitrate reductase correspond & un
- en presence de calculs ou de corps etrangers dans les voles seuil de 10 s CFU/mL pour les enterobacteries.
urinaires ; Alors que les resultats faussement positifs sent inexistants, les resul-
- Iors d'une tumeur des voies urinaires ; tats peuvent etre faussement negatifs Iors d'infection par des bac-
- au decours d'une appendicite, d'une glomerulonephrite aigu~, teries ne produisant pas de nitrate reductase (Staphylococcus spp.,
ou d'une nephrite interstitielle par antalgiques ; Enterococcus spp., Pseudornonas spp., Acinetobacter spp., Candida
- en cas de gastro-enterite ; spp.). D'autres fausses negativites s'observent en cas de regime ali-
- Iors d'une infection non bacterienne (Candida spp.) ; mentaire pauvre en nitrates (absence de legumes, regime lact¢ du nou-
- en cas d'infection par des bacteries ne donnant pas de culture sur veau-ne et du nourrisson) ou au cours d'un traitement diuretique.
les milieux standards (mycoplasmes, mycobacteries, gonocoques, La sensibilite de cette recherche est comprise entre 33 - 63 %, sa
anaerobies, microorganismes intra-cellulaires tels Chlamydia spp.) ; specificite entre 48 - 96 %. La valeur predictive positive est comprise
- Iors d'une uretrite, d'une vaginite, de leucorrhees abondantes. entre 51 - 68 %, sa valeur predictive negative entre 81 - 90 %.
3.2. B a c t e r i u r i e L'association des deux tests (nitrate reductase et leucocyte esterase)
ameliore la valeur predictive negative du depistage (proche de 100 o/o).
La recherche des bacteries urinaires doit s'effectuer & partir d'urines
La negativite des deux tests doit orienter le diagnostic vers une vaginite,
frafchement emises (moins de 2 heures). La coloration de Gram peut
une cystalgie #. urines claims, par exemple.
etre realisee sur I'urine centrifugee Iorsqu'il existe un doute sur la mor-
phologie des bacteries ou a partir de I'urine non centrifugee pour une
numeration semi-quantitative des bacteries. Les limites d'interpreta-
tion sent detaillees dans le paragraphe 5.2. 5. Culture
3.3. A u t r e s e l e m e n t s ce!lulaires 5.1. B a c t e r i e s r e s p o n s a b t e s d ' i n f e c t i o n s urinaires
La recherche des autres elements cellulaires se fait & partir d'urines Un minimum de renseignements cliniques est indispensable pour inter-
frafchement emises (moins de 2 heures). Pour certaines pathologies, preter les resultats des cultures. Uinterpretation doit prendre en compte

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la combinaison de quatre parametres : la bacteriurie quantitative, la 5.1.3. Bact~ries du groupe III


leucocyturie quantitative, les sympt6mes urinaires et la pathogenicit~
reconnue de la (des) souche(s) isolee(s). Ces bacteries doivent ~tre considerees comme pathogenes avec cir-
Selon les recommandations des European Guidelines for Urinalysis conspection. Leur implication en pathologie exige un niveau de bac-
(2001), les bacteries susceptibles d'etre isolees au cours d'une infec- teriurie eleve (> 105 CFU/mL), une repetition de leur positivite sur au
tion urinaire ont ~te classees en quatre groupes. Cette connaissance moins deux echantillons d'urine et, si possible, des crit~res cliniques
a un impact sur rinterpretation de ruroculture. ou d'inflammation. Les staphylocoques a coagulase negative sont le
plus souvent un temoin d'une contamination plut6t que responsables
5.1.1. Bactdries du groupe I de reelles infections. Ces bacteries ne doivent ~tre prises en compte
que si elles sont d~tect6es par aspiration vesicale sus-pubienne :
Ces bacteries sont reconnues comme des uropathog~nes, m~me en
faible quantite (> 103 CFU/mL) : - S t r e p t o c o c c u s agalactiae ;
- Escherichia coil (dont les souches CO2-dependantes) ; - C a n d i d a spp. (C. albicans et C. glabrata, surtout) ;

- S t a p h y l o c o c c u s s a p r o p h y t i c u s (essentiellement chez la femme


- Les staphylocoques & coagulase negative (autres que S. sapro-
jeune) ; phyticus) sont le plus souvent un temoin d'une contamination plut6t

- Salmonella (rare) ;
que responsables de reelles infections ;
- Acinetobacter baumannfi ;
- Mycobact6ries (rare).
- S t e n o t r o p h o m o n a s maltophilia ;
- B u r k h o l d e r i a cepacia ;
5.1.2. Bactdries du groupe I I - Oligella urethrafis ;
Ces bacteries sont moins frequemment responsables d'infection - A e r o c o c c u s urinae.
urinaire. Ces infections sont le plus souvent d'origine nosocomiale
Iorsqu'il existe des facteurs anatomiques ou iatrogbnes favorisants : 5.1.4. Bact~ries du groupe IV
- les autres enterobacteries (Klebsiella spp., P r o t e u s spp., Entero-
bacter spp., Morganella spp.) ; Ce sont des bacteries de la flore ur~trale ou genitale de proximit~ pour
- E n t e r o c o c c u s spp. ; lesquelles ridentification et I'antibiogramme ne doivent pas ~tre r~a-
- P s e u d o m o n a s aeruginosa ; tises en routine :
- S t a p h y l o c o c c u s aureus ; - streptocoques alpha hemolytiques ;
- C o r y n e b a c t e r i u m urealyticum ; - Gardnerella vaginalis ;
- H a e m o p h i l u s spp. (rare) ; - Lactobacillus spp. ;
- S t r e p t o c o c c u s p n e u m o n i a e (rare). - bacilles coryneformes (a I'exception de C. urealyficum).

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* d'apr~s le REMIC, 2e edition

Revue Fran9aise des Laboratoires, f6vrier 2005, N° 3?0 23


Les difficult6s d'interpr~tation de...

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* Inoculation des geloses par 6talement de 1O0 iJI d'urine


** d'apr~s le REMIC 2 e edition

5,2, !nterpretation • Leucocytes


Ce critere n'est pas toujours pris en co mp te (voir tableaux I, II, Iii) :
Les travaux de Stature, completant ceux de Kass, ont ete etablis
exclusivement pour les py61on6phrites aigu~s et ]es bact~riuries < 104/mL : pas de processus inflammatoire ;
a s y m p t o m a t i q u e s de la femme. Uinterpr6tation des cultures > 104/mL : pr6sence d'un processus inflammatoire.
s'effectue ainsi de la maniere suivante.
En theorie, I'interpretation s'effectue en prenant en c o m p t e la
• Bact6riurie
combinaison des trois parametres suivants : bacteriurie quantitative,
< 103 C F U / m L : absence d'infection
leucocyturie quantitative et pathog6nicite reconnue de la souche
> 1 05 C F U / m L : infection probable isolee.
Entre 103 et 105 C F U / m L : c'est la zone d'incertitude qui varie selon En pratique, ces crit¢res, n6cessaires mais non obligatoirement suf-
I'espece bact6rienne (le seuil est abaisse pour les pathogenes urinaires fisants, doivent 6tre discutes au cas par cas en y integrant les para-
reconnus), selon I'expression de signes cliniques d'infection urinaire metres complementaires suivants :
et selon le fait que le patient soit sonde ou non. Eventuellement, ces
- les sympt6mes evocateurs d'infection urinaire : dysurie, pollakiurie,
valeurs peuvent ~tre re-contr61ees sur un autre echantillon d'urines.
pesanteur vesicale, hematurie macroscopique, incontinence urinaire,
Certaines conditions de prelevement des urines permettent d'abais- douleurs Iombaires, hyperthermie (2 38°C), associ~s & un autre signe
ser encore ces seuils. d'infection urinaire,

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Les difficult6s d'interpr#tation de...

- les conditions de prelevement et de transport, - le seuil de 105 CFU/mL n'est pas fiable & 100 %. Ainsi, on estirne qu'il
- le caractere rnono ou plurimicrobien des cultures, est fiable & 88 O/o,soit environ 1 chance sur 9 d'etre faussement positif ;
- les r6sultats d'EOBU precedents. - pour les pr616vernents d'urine par ponction sus-pubienne, Stamrn
recornrnande d'abaisser le seuil de pathogenicit6 & 102 CFU/rnL.
Les tableaux I, II, et III prennent en compte I'ensemble des para- Toutefois, plus bas est ce seuil, plus grand est le risque de confusion
metres significatifs et pertinents n6cessaires & une interpretation entre contamination et infection ;
de qualit& Ces tableaux ne peuvent etre utilis6s que si t o u s l e s - la ponction sus-pubienne perrnettrait un meilleur isolernent des bac-
parametres de la phase pre-analytique ont 6t6 pr6alablement t6ries de croissance difficile relies que U. urealyticum, M. hominis,
respect6s. Gardnerella vaginalis, Haemophilus spp., les streptocoques ,, d6fi-
cients ,,, et les bacteries ana6robies strictes ;
5.3. Difficultes d ' i n t e r p r e t a t i o n d e s r 6 s u l t a t s - la numeration des bacteries n'a aucun sens chez les sujets qui sont
porteurs d'une sonde urinaire & demeure ;
Les principaux cas de discordances clinico-bact6riologiques s'ob- - selon certains auteurs, 26 & 69 % des patients ayant des syrnpt6mes
servent dans les circonstances suivantes : urinaires ne pr6sentent aucune bact6riurie et demeurent donc sans
- mictions r6p6t6es emp6chant la multiplication bacterienne dans la 6tiologie precise ;
vessie - les personnes &g6es et les jeunes enfants pr6sentent frequemment
- colonisation sans infection ; une bacteriurie asymptornatique. II est n6cessaire de rep6ter le pr6-
- traitement antibiotique ; levement & quelques jours d'intervalle.
- pH urinaire alcalin lysant les leucocytes (idem avec Proteus spp.) ;
- obstruction ur6t6rale complete ;
infection Iocalisee ailleurs que dans la vessie ;
-

- infection non bacterienne.


6. Conclusion
En outre, il faut constamment garder & I'esprit que : ~ examen cyto-bact6riologique des urines est un examen aujour-
- Iorsqu'une bact6riurie systematique est d6couverte & I'occasion d'un L d'hui bien codifie dont les deux temps critiques sont :
examen asymptomatique ou chez une femrne enceinte, par exemple, - le prelevement, trop souvent ,, victirne ,, de son apparente simplicite ;
il s'agit de r6p6ter I'examen d'urine ; - I'interpretation microbiologique qui doit s'appuyer sur des arguments
- en cas de recueil des urines avec un stabilisateur de croissance, les d6cisionnels irr6prochables. II convient de se lib6rer des criteres d'in-
bacteries observees & I'examen microscopique sont susceptibles de terpretation de Kass qui apparaissent trop rigides. Pour cela, la trans-
ne pas donner de culture en raison d'une concentration trop elevee mission des principales donnees cliniques au microbiologiste est fon-
du conservateur inhibant ainsi la vitalit6 des bacteries ; damentale pour la bonne interpretation de cet exarnen.

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