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Peptides

I- Définition, importance.

Un peptide démarre lorsquʼon a au moins 2 aa reliés par une liaison peptidique, quand il
est engagé dans une liaison on lʼappelle un résidus. Parmis ces peptides :
- hormones (insuline, glucagon, ACTH...)
- médicaments antibiotiques (valinomycine, gramicidine A)
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- médicaments antitumoraux (bléomycine)

La liaison peptidique
On a un peptide qui comporte n aa qui sont reliés par la fonction carboxylique et amine.

N-terminal R1
D
NH-CH-CO-NH-CH-CO-
D
R2 C-terminal

On a donc un N et une fonction carboxylique en bout de chaine.


Convention et Sens de lecture
Convention et sens de lecture :
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acide aminé N-terminal acide aminé C-terminal
(fonction amine libre) (fonction carboxylique libre)

Sens de lecture
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II- Structure primaire

1- Détermination du nombre dʼaa


2- Détermination de la structure chimique
3- Détermination de lʼordre dʼenchainement des aa

Modification de la structure primaire :


Ces mutations de la structure primaires sont déclenchées par des mutations du code
génétique ce qui provoquera la substitution dʼun aa (arret du peptide), ce qui provoquera
une diminution ou une perte de lʼactivité physiologique. (maladies)

Techniques de séparation, qui vont permettre dʼanalyser le peptide :


Applicables aux peptides de faible poids moléculaire, et aux aa.
- Chromatographies
- Electrophorèses

Détermination de la structure primaire :


Les méthodes :
- Hydrolyse acide
- Hydrolyse enzymatique
- Combinaison hydrolyse acide et enzymatique

1- Hydrolyse acide dʼun peptide

On va partir dʼun milieu acide (HCl 6N) à une température élevée (110°C) dans des tubes
scellés pour couper les liaisons peptidiques.

Conséquences :
- Rupture de la liaison peptidique
- Destruction complète de Trp, Cys et Cystine
- Désamidation de Gln => Glu
- Désamidation de Asn => Asp
Après lʼhydrolyse on fait une analyse par chromatographie, ce qui permet de séparer tous
les aa isolés. Ce qui permet dʼavoir une idée de la composition (mais aucun sur la
séquence) du peptide.

Coupure sélective : voie chimique


Le bromure de cyanigène (BrCN), on a une coupure à droite de la méthionine, et à gauche
on a la présence dʼune homosérine lactone.
On peut aussi utiliser lʼacide de 2-nitro-5-thiocyanobenzoique, qui coupe à droite de la
cystéine.
Ou encore lʼhydroxylamine qui coupe les liaisons Asn-Gly.

Détermination de la séquence : (cʼest le code génétique qui impose la séquence)


Quatre méthodes :
- Méthode de Sanger
- Méthode dʼEdman
- Méthodes enzymatiques
- Analyse de lʼADN

2- Méthode de Sanger

Frédérick Sanger a obtenu le Noble en 1958 pour la détermination de la structure de


lʼinsuline et en 1980 pour la séquence dʼun acide nucléique.
Sa méthode :
- Marquage des fragments par lʼaction du 1-fluoro-2,4 dinitrobenzène qui va se fixer sur
lʼacide N-terminal
- Hydrolyse enzymatique de la chaine polypeptidique
- Isolement du dérivé dʼinitrobenzylé et dʼautres fragments par chromatographie
Ce qui permet lʼidentification de lʼacide aminé N-terminal.

Schéma de la méthode de Sanger


Schéma de la méthode de Sanger

NO2
Peptide
DBNF

DNBF NO2
DBNF
F

DNB-peptide NO2 NO2

NO2 NO2
‡Hydrolyse acide NH O NH

‡Chromatographie H C C NH CH C H C C OH
R1 O
‡Identification R1 O R2

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3- Méthode dʼEdman

- Marquage des acides aminés N-terminaux


- Enlèvement séquentiel des acides aminés
- Identification des acides aminés marqués
5pDFWLRQG¶(GPDQ
Réactif : Phényl iso-thiocyanate (PiTC)

PiTC Hydrolyse non acide Dérivé- PTH


Peptide (n)

1° cycle
O
N NH N
H
S C S C S N R1
NH O
H C C NH CH C
R1 O R2 O
NH2 CH C
2° cycle
R2
Peptide (n-1)
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Méthode utilisée pour des peptides petits.

4- Méthodes enzymatiques

- Masse peptidique peu importante


- Très utilisées
‡ Masse peptidique peu importante
‡ Très utilisées

Aminopeptidases Exopeptidases Carboxypeptidases

NH2 COOH

Endopeptidases

Groupes dʼenzymes qui vont venir couper la chaine peptidique.


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Sites de coupure
Sites de coupure :
Trypsine: peptide----Lys----peptide
peptide----Arg----peptide
Chymotrypsine: peptide----Tyr-----peptide
peptide----Phe----peptide
peptide----Trp----peptide
peptide----Met----peptide
peptide----Leu----peptide
peptide----Asn----peptide
peptide----Gln----peptide

Leucine amino peptidase: toutes liaisons peptidiques


sauf celles engageant la proline
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5- Analyse de lʼADN

Cette technique est lʼanalyse du gène codant pour le peptide recherché. Lʼinconvénient
cʼest la présence dʼintrons ne codant pas pour le peptides recherché.
Rupture des ponts disulfures
Rupture des ponts disulfures :
H O H O
N N N N
2(SH C H 2 C H 2 O H)
S S S C H 2C H 2O H
S S +
S C H 2C H 2O H
O O
N N N N
H H
Résidu cystine Deux cystéines

Iodoacétate
I C O O- C O O-
S S +
O + H + I
O
N N N N
H H
Résidu
S-carboxyméthylcystéine

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Les Cystéine vont faire des ponts de sulfure qui va faire une boucle au niveau du peptide.
Le mercaptoéthanol va couper les ponts disulfure, mais les S-S vont refaire un pont
Exemple
disulfure. On utilise de détermination
donc lʼiodoacétate de
qui va se combiner la leséquence
avec soufre, on aura un
résidu S-carboxyméthylcystéine, ce soufre ne peut plus refaire des ponts disulfures.
1) Utilisation du bromure de cyanogène
Exemple de détermination de la séquence :
- Utilisation du bromure de cyanogène

Détermination de la séquence
$QDO\VHG¶(GPDQ
2) Méthodes
On a un dipeptide qui va etre enzymatiques
analyser par la méthode dʼEdman.
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- Méthodes enzymatiques

A la -C O O H

A la -C O O H

A la -C O O H

A la -C O O H

-A la -C O O H

-A la -C O O H

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III- Peptides naturels

1- Tripeptide : Glutathion.

Il est composé de 3 aa. Il va protéger lʼhémoglobine de son oxydation, il fait passer le fer
de lʼétat ferrique à lʼétat ferreux. Il va détruire le péroxyde dʼhydrogène (eau oxygénée)
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(formation de radicaux libres, qui vont se coller sur la protéine).

HOOC O O
CH CH2 CH2 C NH CH C NH CH2 COOH
H2N CH2
SH
Acide glutamique Cystéine Glycine

J glutamyl - cysteinyl - glycine

2- Pentapeptides : enképhalines.
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Ce sont des neurostransmetteurs libérés par les cellules nerveuses lors de sensations
douloureuses, elles vont alors atténuées la sensation de douleur : ce sont des
antalgiques. Il vont se fixer sur des récepteurs des protéines dits morphiniques.
Leu-enképhaline : Tyr-Gly-Gly-Phe-Leu
Met-enképhaline : Tyr-Gly-Gly-Phe-Met

3- Nonapeptides

Ocytocine : hormone sécrétée par lʼhypophyse qui va contracter lʼutérus à lʼaccouchement,


elle est obtenue par synthèse
Vasopressine : cʼest lʼhormone antidiurétique : elle va diminuée la diurèse (la masse des
urines émis par 24h).
Bradykinine : elle a des propriétés de vasodilatatrice (augmentation du volume et baisse
de la tension)

4- Décapeptides

Angiotensine qui dérive de lʼangiotensinogène. Cʼest une hormone qui a une action
hypertensive, elle va maintenir la tension artérielle.
LH-RH : hormone hypothalamique qui va libérer la LH hypophysaire qui va avoir un role
chez la femme dans le cycle menstruel

5- Polypeptides

Hormone adréno corticotrop : ACTH


Glucagon
Calcitonine : elle est sécrétée par les cellules c situées dans la thyroide, elle est constituée
de 36 aa, elle peut etre prescrite dans des maladies en post ménopause chez la femme
Hormone parathyroidienne : séquence de lʼaa 2 à 27 qui est active.
Somatostatine : dʼorigine hypothalamique, 14 aa, cʼest lʼhormone de croissance.
Insuline : première hormone synthétisée par Sanger, sécrétée par les cellules béta des ilos
de Langerhans.

ACTH : Cʼest lʼhormone corticotropeadréno. Elle est a coté du rein, cʼest lʼhormone qui
aura pour cible la zone cortico-surrénalienne. Elle a 39 aa, elle fait la synthèse
hypophysaire. Elle stimule la biosynthèse du cortisol.

Glucagon : elle a 29 aa, elle est sécrétée par le pancréas et a une action
hyperglycémiante. Elle sert aussi pour les comas hypoglycémiques.
Insuline
Insuline
%&'$ H2N 56"$
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01,$ 2'&$ %*.$
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A
5,7$ 01,$ !"#$ +",$ 31*$
!1*$ 06,$ COOH

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La chaine A est reliée a la chaine B par deux cystine : des ponts disulfure interchaines.

Antibiotiques :
Gramicidine, Valinomycine, Bléomycine, Cyclosporine (lutte contre le rejet des lymphes).
Cʼest un immuno supresseur, quand on fait une greffe, il faut inhiber le système Ac-Ag,
donc mettre le patient dans une sale stérile.
Peptides de synthèse
Peptides de synthèse

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