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ROYAUME DU MAROC FACULTE DE MEDECINE ET DE

UNIVERSITE CADI AYYAD PHARMACIE - MARRAKECH

Cours de Biochimie Structurale

Les acides
nucléiques
Pr S. CHELLAK

INTRODUCTION

• Caractérisés chimiquement au début du 20ème siècle,


•Isolés initialement au niveau du noyau mais existe aussi au
nveau du cytoplasme
• Acides nucléiques : macromolécules biologiques constituées par
des molécules relativement simples que l’on appelle des
nucléotides.

• Les acides nucléiques sont des polynucléotides.

•Il existe deux types :


• l’Acide DésoxyriboNucléique ou ADN
• l’Acide RiboNucléique ou ARN

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HISTORIQUE

1951 : Rosalind FRANKLIN (1920 -1958)


physicienne britannique : image par
diffraction des rayons X qui démontre la
structure de l’ADN.

1953 : WATSON et CRICK


: article publié (Nature
magazine) sur la double
hélice de l’ADN en
s’inspirant du modèle de
R.Franklin mais sans
jamais reconnaitre son rôle
dans cette découverte.
1962 : Prix Nobel attribué à
Watson et Crick

OBJECTIFS
• Enumérer les molécules constitutives d’un nucléoside et d’un
nucléotide.
• Déterminer le type de bases azotées (pyrimidiques/puriques)
qui entrent dans la structure des acides nucléiques (AN) et leur
pairage au sein des ADN.
• Déterminer la nomenclature des nucléosides et des nucléotides
• Dénombrer les fonctions des nucléotides en citant des
exemples.
• Avoir des notions sur la structure primaire et secondaire des AN.
• Définir la polarité des AN.
• Identifier les différences structurales entre ADN et ARN (taille
des polymères, types de base, règles de complémentarité).

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PLAN

LES NUCLÉOTIDES

STRUCTURE DES ACIDES NUCLÉIQUES : ADN & ARN

RÔLES BIOLOGIQUES DES ACIDES NUCLEIQUES AVEC EXEMPLES DE

NUCLEOTIDES D’INTERET BIOLOGIQUES

I-LES NUCLÉOTIDES

- bases azotées
NUCLÉOSIDES
- sucres

- acide phosphorique

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1-Les bases azotées

2 sortes de bases hétérocycliques

bases pyrimidiques bases puriques


(noyau pyrimidine) (noyau purine ou
imidazopyrimidine)
4 6 7
5 N
3 N 5 1 N
8
2 6 2
N N 4 N
1 3 9

1.1-Les bases pyrimidiques

fonction imino-amine fonction amide fonction amide

NH2 O O

N H HN CH3 HN H
4 4 4
3 5 3 5 3 5
2 6 2 6 2 6
1 1 1
O N H O N H O N H
H H H
cytosine (C) thymine (T) uracile (U)
5-méthyl-uracile
ADN/ARN ADN ARN
2-Céto 4-aminopyrimidine 2,4- diCéto 5 méthyl 2,4- diCétopyrimidine
pyrimidine

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1.2-Les bases puriques

fonction imino-amine fonction amide

NH2 O
N N
N 6
7 HN 6
7
1 5 1 5
2 4 8 2 4 8
3 9 3 9
N NH H2N N NH
adénine (A) guanine (G)
ADN/ARN ADN/ARN

6-aminopurine 2-amino-6-cétopurine

1.3-Métabolites des bases puriques


Acide urique : produit de dégradation des bases puriques (lorsqu’elle
ne sont pas recyclées).
très peu soluble et excrété dans les urines (déchet azoté).

O
HN NH
O
O NH NH Arthrite inflammatoire
Forme céto

Goutte : trouble du
O
métabolisme d’ac urique
HN N
Dépôt de cristaux
d’urates au niveau des O
-
articulations (tophi) →
déformation invalidante O NH NH
des articulations.
Acide urique Cristaux d’urates

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1.3-Métabolites des bases puriques (suite)

Xanthine et hypoxanthine : deux autres bases puriques apparaissent


aussi comme intermédiaires dans le métabolisme de l’adénine et de la
guanine.

O O
N N
HN N

O N NH N NH
H H
Xanthine (X) Hypoxanthine (HX)

2,6-diCétopurine 6-Cétopurine

1.4-Les bases puriques apparentées


Caféine (stimulant), théobromine et téophylline (stimulants cardiaques,
relaxant des muscles lisses et vasodialtateurs)
Produits de métabolisme d’alcaloïdes végétaux à usage
pharmacologique.

O O CH3
CH3 O
N CH3
N NH HN N
N

O N N O N N O N N
CH3 CH3 CH3 CH3
caféine théophylline théobromine

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1.5-Les analogues synthétiques des bases azotées

• Des analogues synthétiques des bases nucléiques sont utilisés


comme :

• Molécules de marquage en biologie moléculaire : 5-bromouracile


sur lequel peuvent être greffés des molécules marqueurs.

• agents thérapeutiques, agissant en compétition avec les bases


naturelles :
Antitumoraux
Antiviraux

Antitumoraux : bloquent la multiplication des cellules tumorales :


Dérivés fluorés (5-fluorouracile),
Dérivés thiols (6-thiopurine),
Dérivés aza (N remplace un C dans la molécule de guanine) 8-
azaguanine.

Antiviraux : bloquent la multiplication des virus (la mitose). Exemple :


acyclovir antiviral classique dérivé de la guanine : (2-hydroxyéthoxyl 9-
méthylguanine.
Médicament aciclovir (Zovirax) en
tablettes de 200mg

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I-LES NUCLÉOTIDES

- bases azotées
NUCLÉOSIDES

- sucres

- acide phosphorique

2-SUCRES : PENTOSES

2 sortes
D-ribose D-désoxyribose
(2’-désoxyribose)
5’ 5’
HOH2C O OH HOH2C O OH
4’ 1’ 4’ 1’

3’ 2’ 3’ 2’

OH OH OH H

ARN ADN
pentoses sous forme furanique (5 atomes dans le cycle)

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3-LES NUCLÉOSIDES

Liaison base-sucre nucléoside


N
N 4 N 6 7
3 5 1 5
8
2 6 2 4
1 3 9
N H2O N N H2O
H 5’
H
5’
HOH2C O OH HOH2C O OH
4’ 1’ 4’ 1’

3’ 2’ 3’ 2’

OH OH / H OH OH / H

on obtient une liaison carbone-azote : liaison β N-glycosidique

• Exemple pour une base pyrimidique

• Exemple pour une base purique

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STRUCTURES NUCLEOSIDES PURIQUES

STRUCTURES NUCLEOSIDES PYRIMIDIQUES

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NOMENCLATURE DES NUCLEOSIDES

• les noms des nucléosides ont comme suffixe :


- « idine » pour les nucléosides pyrimidiques
- « osine » pour les nucléosides puriques

I-LES NUCLÉOTIDES

- bases azotées
NUCLÉOSIDES

- sucres

- acide phosphorique

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Acide phosphorique : H3PO4

pKa = 2 O
pKa = 10
P
H-O O-H
pKa = 7 O-H

Les différentes fonctions acides ont des pKa avec des valeurs très
variables.

Liaison acide phosphorique - sucre = liaison ester

OH
5’
O P OH HO-H2C O OH
O
- 4’ 1’

3’ 2’

H2O OH OH / H
OH
5’
O P O CH2 O OH
O- 4’ 1’

3’ 2’

OH OH / H

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Estérification condensation

Liaison ester Liaison N osidique

Exemple de nucléotides pyrimidiques

Liaison ester NH2

4 N Cytosine
5 3
OH 6
1
2
5’
O P O CH2 N O
O
-
O 4’ 1’
3’ 2’
Liaison N-glycosidique
HO H
désoxycytidine-5’-monophosphate
O
(dCMP)
H3C H
6 N
5
4
1
2
Thymine
OH 3
5’
N O
O P O CH2 O
-
O 4’ 1’
3’ 2’

HO H
désoxythymidine-5’-monophosphate
(dTMP)

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Exemple de nucléotides puriques

Liaison ester NH2


N
7
6 N
5 1 Adénine
OH 8 4
3
2
5’ 9
O P O CH2 O N N
-
O 4’ 1’
3’ 2’

HO H Liaison N-glycosidique
désoxyadénosine-5’-monophosphate
(dAMP)
O
N 6 N
7
5 1
OH 8 4
3
2
5’ 9
O P O CH2 O N N NH2
-
O 4’ 1’
Guanosine
3’ 2’

HO H
désoxyguanosine-5’-monophosphate
(dGMP)

Exemple de nucléotides puriques

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NOMENCLATURE

type de base
nucléoside nucléotide
base azotée

purine Adénine (ADN/ARN) Adénosine Adénylate A


purine guanine (ADN/ARN) Guanosine Guanylate G
pyrimidine Thymine (ADN) Thymidine Thymidylate T
pyrimidine Uracile (ARN) Uridine Uridylate U
pyrimidine Cytosine (ADN/ARN) Cytidine Cytidylate C

NOMENCLATURE DES PRINCIPAUX NUCLEOTIDES

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III-STRUCTURE DES ACIDES DE NUCLÉIQUES

1- STRUCTURE DE L’ACIDE DESOXYRIBONUCLEIQUE

La structure primaire des polymères

La liaison phosphodiester

Règles de complémentarité

Structure secondaire : antiparallélisme des deux brins d’ADN

La taille des polymères nucléiques

2- STRUCTURE DE L’ACIDE RIBONUCLEIQUE

1- STRUCTURE DE L’ACIDE DESOXYRIBONUCLEIQUE

1.1-Structure primaire
Définie par la séquence des bases de la chaîne polynucléotidique

La séquence des bases : établie en utilisant des techniques d’hydrolyse


enzymatique sélective.

Liaison nucléotide-nucléotide : liaison phosphodiester 3’→5’ entre deux


nucléotides.

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La structure primaire des polymères d’ADN

La liaison
phosphodiester

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1.2- Règles de complémentarité

1.3-La structure secondaire des polymères d’ADN

Règles de Chargaff :
T = A, G=C
A + C = T + G et A+T ≠ G+C

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La taille des polymères Nucléiques

Taille exprimé en trois unités selon l’usage :


La longueur
La masse moléculaire en Dalton (Da)
Le nombre de nucléotides ou bases «b » : molécule simple brin
Le nombre de paires de base, « pb » : molécules double brin

La taille des ADN : 5000 à 100 Millions pb

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2- STRUCTURE DE L’ACIDE RIBONUCLEIQUE

Comme l’ADN: nucléotides reliés entre eux par liaison phosphodiester


3’→5’
Ne contient pas de thymine : à la place il ya une uracile
Sucre =D ribose au lieu du D-désoxyribose de l’ADN
Structure en chaînes individuelles : l’encombrement stérique du au OH
du ribose empêche la formation de structure en double brin
Appariement possible par endroit entre la Cet la G et entre l’U et l’A :
parfois formation d’hélice ou de boucle dans certaines régions du brin

La taille des polymères d’ARN

Nombre de nucléotides : plusieurs dizaines à plusieurs milliers:

-ARN ribosomaux : 100 à 5000 b


-ARN de transfert : 75 à 90 b
-ARN messagers : fonction du gène transcrit

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Comparaison des Nucléotides de l’ADN et de l’ARN

ADN ARN

Nucléobases Pyrimidines Cytosine Cytosine


Thymine Uracile

Purines Adénine Adénine


Guanine Guanine

Monosaccharide D-2’Désoxyribose D-Ribose

Phosphate Monophosphate Monophosphate

Structure Double brin Simple brin


Localisation Noyau et Cytoplasme
Mitochondrie

II-RÔLEs BIOLOGIQUES
• Les polynucléotides biologiques sont :

- le support moléculaire de l'information génétique :


l'ADN (et ARN pour certains virus) : support de l'hérédité et
du codage des composés biologiques (les ARN et les protéines)

- des effecteurs de l'expression de l'ADN en peptides et


protéines : acides ribonucléiques (RNA : anglo-saxon)
regroupés en trois classes :
- les ARN messagers (ARNm)
- les ARN de transfert (ARNt)
- les ARN ribosomaux (ARNr)

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• Les nucléotides ont des fonctions variées et importantes, ce sont :

- des composés à « haut potentiel énergétique » dont


dépendent l'activation de molécules entrant dans des
réactions cellulaires endergoniques (ATP)

- des composés structuraux de coenzymes (NAD, NADP,


FAD)

- des seconds messagers intracellulaires de signaux et des


médiateurs extracellulaires (AMP cyclique, GMP cyclique)

- importants donneurs de groupements méthyle (la S-


adénosylméthionine)

Exemples de nucléotides avec intérêt biologique

Nucléotides monophosphates

AMP : nombreuses réactions du métabolisme


Nucléotides 5’-phosphates : éléments de base de polymères de l’ADN et et de
l’ARN
Nucléotides diphosphates

PAPS (adénosine 3’-(mono)phosphate 5’-phosposulfate) : impliqué dans les


réactions de sulfatation des glycanes et des lipides.
ADP : différentes fonctions
- molécule à haut potentiel énergétique (hydrolyse de la liaison
anhydride d’acide)
- Intermédiaire dans la production d’ATP.
- activateur d’enzyme allostérique comme la L-glutamate-
déshydrogénase).

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Nucléotides Triphosphates

ATP : deux liaisons anhydride d’acide enthalpie libre : 60KJ/mol


source d’énergie utilisable :
- par des réactions de catalyse enzymatiques impossibles sans couplage.
- pour le transport transmembranaire actif.
- pour la contraction musculaire…

Les nucléotides 5’ triphosphates : sont également


- donneurs de phosphates.
- précurseurs de base dans la biosynthèse des acides nucléiques;

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Nucléotides constituants de coenzymes

Adénosine 3’-phosphate 5’ diphophate: partie de la molécule d’un coenzyme


d’acétylation le coenzyme A.
Adénosine 5’ diphosphates : fait partie de la structure de deux coenzymes
d’oxydoréduction : le nicotinamide adénine dinucléotide (NAD) et le flavine
adénine dinucléotide (FAD).

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Nucléotides Seconds messagers

Un second messager : molécule assurant le relais intracellulaire d’un signal


extracellulaire.
AMPc : second messager universel
GMPc : dans quelques cas produit sur la face intracellulaire de la membrane
plasmique après fixation externe d’une molécule signal.

À mémoriser
Estérification condensation

ADN : 2-désoxy-D-ribose ARN : D-ribose

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À mémoriser

1- Polarité des acides nucléiques


Extrémité 5’ (5’ phosphate libre)
Extrémité 3’ (3’ OH libre)

2- Les brins d’une molécule d’ADN sont antiparallèle l’un par


rapport à l’autre :
Autrement dit: les deux brins sont orientés de manière opposée

3- Pairage de bases : A T et G C

4- ADN double brin

5- ARN monobrin

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