20/08/2019

Bioquímica
Proteínas 0:
Aminoácidos, pKa y pI
Dr. Víctor Castro Fernández
vcasfe@uchile.cl
Agosto 2019
Laboratorio de Bioquímica y Biología Molecular
Departamento de Biología
Facultad de Ciencias
Universidad de Chile

Elements Essential for Life

• Other than carbon (C), elements H, O, N, P, S are also common
• Metal ions (e.g., K+, Na+, Ca++, Mg++, Zn++, Fe++) play important roles
in metabolism

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Common Functional Groups of Biological Molecules

Repasar la
química de…

Numero atómico 1 6 7 8

Masa atómica 1,01 12,01 14,01 16

Electronegatividad 2,2 2,55 3,04 3,44

(escala de Pauling)

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Enlace químico

Enlace químico: covalente

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Electronegatividad
Capacidad de un átomo para atraer electrones a si mismo

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Enlace covalente No Polar (Apolar)

Enlace Covalente Polar

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Enlace iónico

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Compuestos: Ionicos – Polares - Apolares

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Recordar que geometría es importante!!!

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Interacciones no enlazante :

Kcal/mol
4,78
-0,48
-0,08

-0,48

0,88

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Efecto hidrofóbico
• Se refiere a la asociación de moléculas no
polares in soluciones acuosas
• Es uno de los principales factores de:
– Plegamiento de proteínas
– Asociaciones de proteína-proteína
– Formación de micelas de lípidos
– Unión de hormonas esferoidales a sus receptores
• No aparecen debido a alguna fuerza directa
entre dos moléculas apolares.

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La baja solubilidad de las moléculas hidrofóbicas se

explica por entropía.
• Las moléculas de agua en estado liquido tienen poco orden:
– alta entropía
• La moléculas de agua cerca de moléculas hidrofóbicas se
ordenan:
– Baja entropía
• La baja entropía es termodinámicamente desfavorable.

• Las moléculas hidrofóbicas al asociarse disminuyen el

numero de moléculas de agua ordenas a su alrededor, lo que
es favorable termodinámicamente.
∆𝐆 = ∆𝐇 − 𝐓∆𝐒
𝐒 = 𝒌𝑩 ∙ 𝐥𝐧(𝑾)
𝑾𝒇
∆𝐒 = 𝒌𝑩 ∙ 𝐥𝐧( )
𝑾𝒊
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Si cada lado del cubo está en contacto con una

molécula de agua….

Si el cubo fuera apolar y estubiera en un ambiente acuoso, el sistema con los cubos
agrupados es energéticamente favorable por que generan menos aguas ordenadas
(mayor entropía del sistema)

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Water surrounding
nonpolar solutes has
lower entropy

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¿Que es un aminoácido?
Una molecula que tiene un C (denominado alfa) unido por un enlace simple a:
- Un grupo amino
- Un grupo carboxilo
- Un hidrogeno
… y un grupo variable
• El carbono  siempre tiene 4
subtituyentes y es tetrahedrico
(hybridization sp3).
• Todos (excepto prolina) tienen:
– Un grupo carboxilo acido
– Un grupo amino básico
– Un hidrogeno  Unido al carbono 
• El cuarto sustituyente (R) es único:
– En glicina , R es otro hidrogeno.
– En proteínas normalmente encontramos
20 diferentes R.

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Aminoácidos: nombre de átomos

• Organic nomenclature: start from one end
• Biochemical designation:
– start from -carbon and go down the R-group

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Todos los aminoácidos son quirales (excepto glicina)

Proteínas solo contienen aminoácidos L
L y D:
Notación de Fischer (basado en gliceraldeido)
No esta relacionado a la actividad óptica
dextrógiro (+) o levógiro (-)

S y R:
Notación de estereoquímica absoluta
En proteínas los aa son S, excepto Metionina
(es R al tener un 2º atomo quiral en la cadena lateral
y un atomo de mayor prioridad, azufre)

Representación de Fischer

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Aprender!!!

Ejemplo de cómo los grupos R se distribuyen alrededor

de un ligando

Los aminoácidos se identifican mediante el código de

una letra y el número de acuerdo a la secuencia
primaria

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Amino Acids Can Be Classified by R

Group

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Grupos:
• Metilos
• Metilenos
• Metinos

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These amino acid side chains absorb UV light at 270–280 nm

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These amino acids side chains can form hydrogen bonds.

Cysteine can form disulfide bonds.

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Aminoácidos: 20 tipos
Hidrofóbicos

Hidrofílicos

Carga negativa Carga Positiva

Hidrofílicos

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Aprender estructura y códigos!!!!

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pH scale is logarithmic:
1 unit = 10-fold

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Amino acids can act as buffers

Amino acids with uncharged side chains, such as glycine,

have two pKa values:
The pKa of the -carboxyl group is 2.34
The pKa of the -amino group is 9.6

It can act as a buffer in two pH regimes.

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Cation → Zwitterion → Anion Ionization of Amino Acids

• At acidic pH, the carboxyl

group is protonated and the
amino acid is in the cationic
form (+).
• At neutral pH, the carboxyl
group is deprotonated but
the amino group is
protonated. The net charge
is zero; such ions are called
Zwitterions.
• At alkaline pH, the amino
group is neutral –NH2 and
the amino acid is in the
anionic form (-).

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Amino acids carry a net charge of zero

at a specific pH (the pI)

• Zwitterions predominate at pH values between the pKa values of the

amino and carboxyl groups
• For amino acids without ionizable side chains, the Isoelectric Point
(equivalence point, pI) is
pK + pK
pI =
1 2

• At this pH, the net charge is zero

– AA is least soluble in water
– AA does not migrate in electric field

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Cual es el pI de Histidina?

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Henderson–Hasselbalch Equation:
+

HA 
-
[H ][ A ]
→ H+ + A - K a
=
[ HA]

+ [ HA]
[H ] = K a -
[A ]

[ HA]
- log[H + ] = -log K − log
a
[ A-]
Note that [HA] is a weak acid.
By definition, [HA] does not
dissociate completely and we
can say [HA]≈[HA]i and
[A−]≈[A−]i.
- Hence, we can use the initial
[A ] concentrations with weak acid.
pH = pK a
+ log
[ HA]

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pKa 6.0

10.8 12.5

pKa 4.1

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Biological Buffer Systems

• Buffer systems in vivo are mainly based on
– phosphate, concentration in millimolar range
– bicarbonate, important for blood plasma
– histidine, efficient buffer at neutral pH

• Buffer systems in vitro are often based on sulfonic acids of cyclic

amines

Rango Buffer
Good's pKa ± 1
buffers

40

20