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Chapitre II:

Les enzymes
Les enzymes = des biocatalyseurs

• Les enzymes sont essentielles car elles servent


de catalyseurs. Elles accélèrent la vitesse des
réactions chimiques dans une cellule. Le
catalyseur se retrouve inchangé à la fin de la
réaction.

• En termes plus techniques, un catalyseur


abaisse l’énergie d’activation d’une réaction
chimique.
Notion de catalyseur

Le catalyseur ne modifie pas l'orientation


thermodynamique de la réaction
NB : Réaction spontanée quand DG°' <0
Les enzymes CATALYSENT des réactions SPECIFIQUES

L'activité des enzymes est REGULEE


Les enzymes

• sont des protéines, de masse moléculaire élevée,


biocatalyseurs des réactions métaboliques
• agissent à des concentrations très faibles
• possèdent une spécificité étroite ou lâche avec le
substrat
• augmentent la vitesse des réactions sans modifier
leur état d’équilibre
• régénérées à la fin de la réaction ou de la séquence
des réactions..
 Temps de demi réaction divisé par 106 à 1012

- Décomposition de l'urée dans l'eau à 25-37°C

CO(NH2)2+H2O ↔ CO2+(NH4)

- spontanément :

t1/2 = 109s; k=1.8 10-8 mol-1 L s-1; Ea = 103 kJ mol-1

- avec uréase :
t1/2 = 10-1s; k=1.6 10+8 mol-1 L s-1; Ea = 28.5 kJ mol-1

Rapidité liée à forte affinité (bon positionnement) de


l'enzyme pour son substrat pour cette réaction et dans ces
conditions particulières
Le fonctionnement d’une enzyme
Le cycle catalytique de cette enzyme (saccharase) décompose
le saccharose en deux sucre simples, le glucose et le fructose.
Spécificité de réaction liée à :

• positionnement optimal de certains groupes


réactifs du substrat
• l’intervention d'un très petit nombre d'acides
aminés responsables de mise en place de liaison
covalente avec le substrat
• interactions électroniques (faibles) permettant
réaction chimique
Le taux de réaction enzymatique en fonction de la
température

Le taux de réaction double approximativement chaque fois que la


température augmente de 10oC.
EFFETS DE pH

Le pH influence l'activité d'un enzyme à plusieurs niveaux :

1) par la liaison du substrat à l'enzyme


2) de l'activité catalytique
3) de l'ionisation de substrat
4) de la stabilité structurale

La vitesse initiale de beaucoup d'enzymes démontre en


fonction de pH un profil ressemblant à une cloche.
Cinétique michaélienne
Vitesse globale d'apparition du produit

• la fixation du substrat sur l'enzyme libre


• la formation du complexe ES non covalent
(complexe de Michaelis - Menten).
• la formation du produit P après relarguage de
l'enzyme
L'équation de la vitesse globale de formation du
produit est simplifiée :
l'équation de Michaelis-Menten

KM = (k-1+ k2)/k1 représente la constante de Michaelis-Menten

•Vmax est le terme catalytique : c'est l'asymptote de


la courbe de saturation.
•Le terme ([S0] / KS + [S0]) est la fonction de
saturation (hyperbole).
Réprésentation graphique de Lineweaver-Burk
1/v0 = 1/vmax + Km/vmax * 1/[S]0
Représentation de Hanes-Woolf

[S]/vi = 1/ Vm x [S] + KM/Vm


La représentation de Eadie-Hofstee ou Augustinson

vi = f(vi/[S]) = -KM x vi/[S] + Vm


Signification de vm et Km

- Vm vitesse de réaction à saturation de l'enzyme. Si la réaction est


exprimée en mole de substrat consommé par s et E en mole alors donne
l'activité (molaire spécifique) en mol s-1 de l'enzyme

- Quand [S]0 >> Km, alors vo tend vers k2 [E0] appelée vmax

- Si Km faible, cela signifie que l'enzyme est étroitement associée à S car


atteint Vmax rapidement
 Les valeurs de vm et Km sont caractéristiques de
l'enzyme
 Km détermine la limite inf de [S] pour que l'enzyme
ait une activité notable
 vm détermine le flux maximum de métabolites à
travers cette étape dans les conditions de
fonctionnement optimum
La constante de vitesse k2 ou constante catalytique kcat

k2 est une constante de vitesse du premier ordre (réaction


monomoléculaire) dont l'unité est s-1.

C'est l'inverse d'un temps ou une fréquence : la fréquence à


laquelle l'enzyme accomplit l'acte catalytique (ou "turn-
over"). constante catalytique ou kcat. C'est la raison pour
laquelle cette constante est appelée
L'unité officielle d'activité enzymatique est le katal (kat) : c'est
la quantité d'enzyme qui catalyse la transformation de 1 mole
de substrat par seconde.
- Vitesse de turnover : Vmax / [Enzyme];

Anhydrase carbonique

CO2 + 2 H2O ↔ HCO3- + H3O+

turnover = 600 000 s-1;


L'équation de Henri, Michaelis & Menten repose sur des
approximations qui, bien que pleinement justifiées, ne sont
cependant pas systématiquement respectées in vivo :

•la condition [S0] >> [E0] n'est pas respectée(sur-population


intracellulaire).
•dans les tous premiers instants d'une réaction
enzymatique (état pré-stationnaire), la variation des
concentrations n'est pas linéaire.
•le produit peut être subtrat (réaction réverse)
•le produit peut agir comme un inhibiteur
Cofacteurs / coenzymes parfois indispensables

Type d'enzyme à cofacteur

- Notion de cofacteurs : "dents chimiques" des enzymes


- Réalisent surtout des réactions acido-basiques, établissement
de liaisons covalentes et transfert de groupe, interactions entre
charges
Régénération nécessaire des coenzymes

- Leur retour à leur forme initiale peut se faire


par une autre enzyme, même dans un autre
compartiment (cytosol et stroma mitochondrial
pour le NAD+/NADH de la glycolyse).

- Sinon, bloque la réaction (par manque de


cofacteur).
- Entraîne des couplages de voies métaboliques
Mécanismes d'action catalytique

1. La catalyse acide base


Mécanisme trés courant dans les réactions enzymatiques :
•hydrolyse de la liaison peptidique (liaison ester de l'acyl-
enzyme)
•réaction avec le groupement phosphoryle
•addition de groupement carbonyle

L'accélération de la réaction résulte du transfert d'un proton.


L'activité catalytique des enzymes de ce type est largement
influencée par le pH.

Groupes fonctionnels des protéines qui peuvent agir en tant


que catalyseur acide/base :

•groupement imidazole de His


•groupement α-aminé
•groupement α-carboxylique
•groupement thiol de Cys
•groupement carboxylique de la chaine latérale de Glu et Asp
•groupement aromatique OH de Tyr
•groupement guanidino de Arg
2. La catalyse par covalence ( catalyse nucléophile)

Elle concerne essentiellement les réactions enzymatiques où


plusieurs substrats sont impliqués :

•environ 20% des enzymes

•partie formation des intermédiaires tétrahédriques du


mécanisme catalytique des protéases à sérine

•toutes les enzymes à mécanisme à 2 substrats de type "ping-


pong"
Une partie du premier substrat est transférée à l'enzyme via la
formation d'une liaison covalente puis cette partie du substrat
est transférée au second substrat.

•le groupe X du premier substrat A - X est transféré à l'enzyme :


A - X + E <=> A + X – E

•ce groupe est ensuite transféré au second substrat B :


X - E + B <===> B - X + E

Exemple de la réaction catalysée par la saccharose


phosphorylase :

saccharose + saccharose phosphorylase <===> glucosyl-enzyme + fructose

glucosyl-enzyme + Pi <===> glucose-1-phosphate + saccharose phosphorylase


Les réactions enzymatiques à 2 (ou plus) substrats

Système séquentiel "au hasard"

Deux substrats, A et B, se fixent de


manière aléatoire sur l'enzyme libre E (il n'y a pas de
fixation privilégiée de l'un ou l'autre des deux
substrats) avec une constante de dissociation KA et KB,
respectivement.
Ex, la créatine kinase (E.C. 2.7.3.2).
Les réactions enzymatiques à 2 (ou plus) substrats
Système séquentiel "ordonné"

L'ordre de fixation est obligatoire : le substrat A doit se


fixer à l'enzyme libre E avant le substrat B.
Exemples d'enzymes
Les déshydrogénases à NAD+, dans le cas de la lactate :
• le coenzyme se fixe toujours en premier
• le lactate est toujours relargué en premier
Les réactions enzymatiques à 2 (ou plus) substrats

Système à double déplacement appelé "Ping Pong"

Un ou plusieurs produits est/sont relargué(s) avant que tous


les substrats ne soient fixés à l'enzyme.
Exemples d'enzymes les aminotransférases :
Inhibition irréversible

Un inhibiteur irréversible,
également appelé inhibiteur suicide,
se lie à l'enzyme pour l'inhiber de façon permanente,
généralement à travers une liaison covalente.

Ex,
La pénicilline et l'aspirine agissent de cette façon
respectivement sur les transpeptidases et les cyclo-
oxygénases.
Effets Contrôles Mécanismes

Activation AMP, Pi Allostérie

phosphorylation Changement de
de l'enzyme conformation
Ca2+ Facilite la
phosphorylation de
l'enzyme par la kinase
Inhibition Glucose Allostérie
Favorise la
déphosphorylation de
l'enzyme
ATP Allostérie
NOMENCLATURE ET CLASSIFICATION
1 – FONCTIONNELLE

Elle est très utilisée.


Elle prend en compte le nom du substrat de l’enzyme et
le type de réaction catalysée. Pour désigner une enzyme
on indique :

d'abord le nom du substrat


puis le type de réaction catalysée
 on ajoute enfin le suffixe ase.

Par exemple :
- glucose-6-phosphate isomérase
- Isocitrate lyase
- pyruvate carboxylase
NOMENCLATURE ET CLASSIFICATION
1 – FONCTIONNELLE

Lorsque l'enzyme utilise 2 substrats on les désigne


tous les deux en indiquant

• le substrat donneur de radicaux


• puis le substrat accepteur du radical libéré
• le radical échangé
• le type de réaction
• on ajoute enfin ase.

Par exemple
- ATP-glucose phosphotransférase
- UDPglucose-fructose glucosyltransférase
- Glutamate pyruvate aminotransférase.
NOMENCLATURE ET CLASSIFICATION
2- OFFICIELLE
1 : Oxydoréductases (transfert d'électrons, d’atomes d’hydrogène ou
fixation d’oxygène)

2 : Transférases (transfert d'atomes ou de groupes d'atomes autres que


ceux 1)

3 : Hydrolases (Coupure des liaisons avec fixation de radicaux H et OH


issus de l’eau)

4 : Lyases (Coupure des liaisons par d'autres modes autres que


l'hydrolyse).

5 : Isomérases (réaction conservant la formule brute du composé)

6 : Ligases (formation des liaisons entre C et un autre métalloïde en


utilisant l'énergie de l'ATP)