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Plan du cours

  1- Qu’est-ce que la biologie de la conservation


Ecologie et Environnement   2- Qu’est-ce que la biodiversité ?
Biologie de la conservation –  Les gènes
Le constat –  Les espèces
–  Les milieux
  3- La biodiversité est-elle menacée ?
Marc Girondot, Université Paris Sud
  4- Pourquoi protéger la biodiversité ?
  5- Quelles sont les menaces ?

1- Qu’est-ce que la biologie de la Une réponse à une vague de changements de


conservation ? l’environnement qui menacent une partie
importante de la biodiversité.

Biologie de la conservation La biologie de la conservation diffère des autres


sciences biologiques d’un point important
  Les biologistes de la
conservation anticipent,
préviennent, minimisent C’est souvent une discipline de crise
et réparent les
i.e., il est parfois nécessaire d’agir avant de
dommages sur
l’environnement.
connaître tous les faits
Souvent les réplicats n’existent pas, on ne peut
pas refaire la manip,
On change beaucoup de paramètres en une
fois…
Science multidisciplinaire
par excellence
Qu’est-ce que la biodiversité ?

Les niveaux d’organisation de la biologie de la conservation Buts de la biologie de la conservation

  Gènes
Diversité génétique
–  Maintenir une variation génétique au sein et entre populations
–  S’assurer que les processus, en particulier évolutifs, puisse continuer
Exemple: Les céréales utilisées aujourd’hui résultent d’une
Diversité spécifique sélection rigoureuse et efficace, qui a permis d’assurer des
rendements considérables.
Cela a permis la révolution verte des années 1970.

Diversité des
écosystèmes

Exemple du maïs Ravageurs du maïs


En revanche, cette sélection a conduit à une forte diminution de la
diversité génétique des nouvelles variétés. Les 136 variétés de blé   Or, du fait de cette trop grande homogénéité génétique,
tendre créées en France entre 1959 et 1982 étaient toutes proches et les cultures sont devenues très vulnérables à des agents
tous les maïs cultivés au nord de la Loire sont même issus de la même pathogènes et autres ravageurs à capacité d’évolution
lignée (INRA 258). rapide. Ainsi, aux Etats-Unis, la rouille refit une
apparition en 1970 et l’épidémie provoque des dégâts
considérables dans le maïs, devenu trop fragile.
Symptômes de la rouille Et alors?
  Provoquée par le
  Photosynthèse
développement d’un
champignon   Ressources détournées

  Pustules brun rouille à la   Évapotranspiration

surface des feuilles.   Nutrition minérale


  Forme ronde à allongée   Port d’entrée

  1 à 3 mm de longueur. (Helminthosporium,
Cercospora, etc.)

Les dégâts agronomiques... Épidémiologie


  Habituellement =
  Apparence de l’épi
processus « lent »
  Grosseur des épis
–  Apparition = Juillet-Août
  Grains secs –  Épidémie tardive
  An 2000...
–  Apparition en Juin dans
de nombreux États
–  Épidémie hâtive et plus
grave

Répartition aux USA Lutte chimique

  Problème important (2000)   Dépistage précoce et


–  Missouri fréquent
–  Iowa –  stade 6 à 8 feuilles
–  Illinois –  Exclure feuilles du bas
–  Indiana –  Hebdomadaire si nécessaire
–  Ohio –  Traitements si météo
–  Ontario favorable seulement
Fongicide de contact Fongicide absorbé

  Bravo 500 selon la législation canadienne   TILT (Novartis)


–  Protection –  Propiconazole
–  Prévention –  Été 2000
–  N’empêche pas la sortie des symptômes –  action systémique
–  14 jours avant récolte max. (étiquette) –  « curatif » = pré-symptômes
–  2 applications max. (étiquette) –  14 jours avant récolte
–  Application de 7 jours à 10 jours maximum –  2 applications ou plus si nécessaire
  (Selon étiquette = 14 jours!) –  Application aux 7 jours à 10 jours maximum
–  3.2 L/ha

Ravageurs du maïs en France Diversité du maïs

  Originaire d’Amérique centrale

Larve de pyrale Larve de sésamie


(Ostrinia (Sesamia
nubilalis) nonagrioïdes)
grossie environ grossie environ 3
2 fois fois

Origine du maïs Diversité du maïs

  Transition très mal connue   Très grande diversité génétique même entre
vallées
Banques de diversité génétique
Buts de la biologie de la conservation
  Eviter de perdre la diversité génétique naturelle
  Espèces
–  Maintenir des populations viables de
toutes les espèces natives avec une
répartition et une abondance
naturelle
–  Prévenir l’extinction des espèces ou
des populations locales

Espèces phares ou emblématiques


Les espèces « peluches »
(flagship)
  A flagship species is a species selected to act as an ambassador,   La connaissance des espèces peluches profite-
icon or symbol for a defined habitat, issue, campaign or
environmental cause. elle aux autres espèces ? (Ballouard & Bonnet, 2008)
  By focusing on, and achieving conservation of that species, the   Questionnaire pour 1000 enfants leur
status of many other species which share its habitat – or are demandant de citer des espèces à protéger:
vulnerable to the same threats - may also be improved.
  Flagship species are usually relatively large, and considered to
–  Les enfants indiquent des espèces « peluches »
be 'charismatic' in western cultures. exotiques mais aucune espèce locale et ce quelque
soit l’endroit d’où ils sont (10 pays)

Espèces-clés Espèces-parapluies ou ombrelles


  A keystone species is a species that plays an essential role in the   Une espèce parapluie ou espèce paravent (umbrella species, en Anglais)
structure, functioning or productivity of a habitat or ecosystem désigne, en écologie une espèce dont l'étendue du territoire permet la
protection d'un grand nombre d'autres espèces si celle-ci est protégée
at a defined level (habitat, soil, seed dispersal, etc).
  Il s'agit donc d'une espèce dont l'espace vital est très grand, comme la loutre
  Disappearance of such species may lead to significant par exemple : pour protéger la loutre, la restauration de son habitat est
ecosystem change or dysfunction which may have knock on essentielle, ce qui par voie de conséquence améliorera l'habitat d'un grand
effects on a broader scale. Examples include the elephant's role nombre d'espèces aquatiques.
in maintaining habitat structure, and bats and insects in   On peut étendre la définition à un concept plus général: une espèce parapluie
pollination. est une espèce dont les besoins écologiques incluent ceux de nombreuses
autres espèces; en la protégeant, on étend la protection à toutes les espèces
  By focussing on keystone species, conservation actions for that qui partagent son habitat. Les espèces parapluies sont souvent de grands
species may help to preserve the structure and function of a mammifères, mais peuvent aussi être plus petites, comme certains papillons
wide range of habitats which are linked with that species during par exemple.
its life cycle.
Espèce indicatrice de l’état d’un Suite…
écosystème   Ecosystèmes
–  Maintenir des écosystèmes naturels et des gradients à travers
  Une espèce indicatrice ou un groupe d'espèces choisi comme d'assez grands secteurs pour assurer des processus écologiques
indicateur, sont indicateurs de l'état d'un écosystème ou d'un normaux
processus au sein de cet écosystème. –  Prévenir la fragmentation d'écosystèmes naturels et leur
  Par exemple, les écrevisses comme des indicateurs de qualité de remplacement par des écosystèmes artificiels
l'eau douce; les coraux marins comme indicateurs de processus
tels que l'envasement et l’augmentation de la température de
l’eau de mer; les faucons pèlerins comme un indicateur de
charge de pesticides ou des plantes comme indicateurs de la
présence et de l'impact d’espèces exotiques.

Exemple des amphibiens Exemple des amphibiens


  Amphibie: 2 milieux de vie   Amphibie: 2 milieux de vie

Exemple des amphibiens Exemple des amphibiens


  Transition entre les deux milieux pendant la   Transition entre les deux milieux pendant la
reproduction reproduction: les crapaud-ducs
Mise en place de crapaud duc
Déclin global
des amphibiens
3- La biodiversité est-elle menacée ?

Les changements globaux Distribution globale de la biodiversité

Font intervenir des changements à l’échelle du globe. Indice de biodiversité

Exemples
–  Changement global du climat
–  Pluies acides
–  Pollutions chimiques

Impact anthropique Les extinctions d’espèces…


  Pre-industrial humans have caused extinctions of many vertebrate
  Or une grande partie de la terre est perturbée par les species
activités humaines. –  e.g. Polynesian colonists of Pacific islands
–  Archeological digs suggest that ~60 bird species birds lost in
Hawaii, 44 species from New Zealand
–  Due to hunting, introduced species (rats), and destruction of
habitats for agriculture
  Myth of pre-industrial humans in” harmony with nature”

TARZAN communique naturellement avec les animaux qui lui obéissent.


Edgar RICE BURROUGHS-Burne HOGARTH, Tarzan of the Apes (Pan Books Ltd.).
L’homme en harmonie avec la
nature
Extinctions observées et attendues!
  En 1854, le président américain propose aux Indiens de la tribu
Suquamish, au Nord-Est des Etats-Unis, de céder leurs terres en
échange d'une vie parquée dans une « réserve » . Voici la
magnifique réponse du chef Seattle (1786-1866).
 Comment pouvez-vous acheter ou vendre le
ciel, la chaleur de la terre ? L'idée nous paraît
étrange. Si nous ne possédons pas la fraîcheur de
l'air et le miroitement de l'eau, comment est-ce
que vous pouvez les acheter ?
 …
Le texte publié ici a été rédigée par le scénariste Ted Perry pour des besoins
filmographiques en 1974. Personne ne sait quelle a été la vraie réponse du
chef Seattle.
6-2-2005

Current Extinction Rates Suggest A Mass Crise de la biodiversité ?


Extinction Event is Occurring
  1986-1990: 15 vertebrates extinct  projected rate means
elimination of 50% of ~ 45,000 named vertebrates in 7000
years
  Other estimates based on projected rates of habitat loss,
change in species status suggest that current extinction
rates are 100-1000 times greater than “normal” rate
  Mass extinction occurring because of increased rate of
extinction

Pourquoi
maintenant ?

4- Pourquoi protéger la biodiversité ?


Pourquoi la biodiversité ? Biologie de la conservation: Science ?

  Certaines de ces raisons apparaissent


  Pourquoi maintenir la biodiversité ? subjectives et font appel à des
–  Maintenir le fonctionnement des écosystèmes jugements de valeur:
–  Tout le monde n’aime pas la
–  Intérêt économique direct biodiversité.
–  Intérêt économique indirect –  Le “gain” à courte échéance peut vs.
–  Raisons éthiques sembler plus profitable
–  Raisons esthétiques

Qualité de l’habitat
  Plus grande menance pour la biodiversité
Approx. 50% des extinctions d’espèces sont associées à
5- Les menaces – 
des modifications de l’habitat

Indice mesurant le
degré de
modification de
l’habitat

Modification de l’ habitat Modification de l’ habitat


  Perte d’habitat   Altération de l’habitat
–  Parfois perte complète de l’habitat –  Les habitats disponibles autour
–  Généralement l’habitat autour restant est deviennent altérés eux-même dû à
altéré et sub-optimal une modification de leur utilisation
  Les individus restant sont stressés et ont une –  E.g., fumées, pollution des voitures
survie moindre
Modification de l’ habitat Modification de l’ habitat
  Fragmentation   Augmentation de la présence
–  Composant majeur: Effet de bord humaine
–  Impacts de la fragmentation percole vers –  L’altération entraine plus
l’intérieur
d’altération
–  ↑ sécheresse, ↑ vent, ↑ ouverture, ↑ chaleur,
changment dans la disponibilité en eau, ↑ bruit, –  Lorsque des communautés
etc. humaines s’installent, cela
–  Ces impacts peuvent se faire resentir à entraine l’installation d’autres…
plusieurs centaines de mètres
  La distance est spécifique de l’espèce
  Oiseaux en Australie: +200m

Impact
Déforestation en arrête de poisson anthropique
  Rondania, Brésil, 1976 et 2001   Une grande partie Forêts vers 1500
de la terre est
perturbée par les
activités
humaines.
Forêts en 2006

Forêts intactes

Perte d’habitat Modification de l’habitat

Agriculture
Pâturage

Costa Rica Forêt


Savane
Désert

Etats Unis
Modification de l’habitat Modification de l’habitat

Agriculture Agriculture
Pâturage Pâturage

Forêt Forêt
Savane Savane
Désert Désert

Les espèces invasives


Modification de l’ habitat
Introductions intentionnelles
  Introduction d’espèces  
–  Cultures, animaux de compagnie, plantes d’ornements, élevage, etc.
–  D’autres espèces nous
  Introductions non intentionnelles
suivent lorsque nous
–  Les autres (rats, souris, fourmis…)
colonisons des régions…
–  La majorité est dans cette catégorie
–  intentionnellement
–  ou non…

–  On pense que c’est la


seconde cause de mise en
danger de la biodiversité

Les espèces invasives Règle empirique des dixièmes


Williamson et Brown (1986) et Williamson et Fitter (1996)
  L’impact sur les autres espèces peut être via
différentes voies   Toutes les espèces introduites ne réussissent pas à s’implanter
–  Compétition, prédation, parasitisme   Stades de l’invasion
1.  Introduction
2.  Etablissement
  Les espèces ont besoin de resources pour survivre et se propager
3.  Intégration
4.  Dominance (ou statut de nuisible ou d’envahisseur)
  Conséquences variées de l’introduction d’espèces.
Règle empirique des dixièmes L’introduction
Introduction
  Une introduction d'espèce est liée à l'action de
  Seulement 10% passent au
l'homme. C'est l'homme qui a été, directement
stade suivant Etablissement
(transport) ou indirectement (par exemple

l'ouverture du canal de Suez), volontairement ou
1 000 introductions Intégration
–  involontairement, le vecteur qui a permis à une
–  100 établis espèce de coloniser une région d'où elle était
–  10 intégrés Dominance absente.
–  1 invasif   Il existe une discontinuité géographique entre
–  Observations empiriques l'aire d'origine et la nouvelle aire.

L’introduction La naturalisation ou établissement


  L'arrivée est la phase dans laquelle le hasard   On considère parfois que pour être considérée
tient la plus grande place. Une simple comme introduite, une espèce doit être aussi
diaspore(= propagule), un couple, une femelle naturalisée.
enceinte, peuvent servir de base à une invasion   Une espèce naturalisée doit capable de survivre
biologique. et de donner naissance à de nouvelles
générations, dans le milieu naturel, sans l'aide
  L’introduction peut-
de l'homme
être volontaire, par
  Les plantes cultivées ne
exemple dans les
sont donc pas établies.
jardins

L’intégration ou expansion L’invasion


  L'espèce occupe tous les biotopes et toute l'aire géographique
qui lui sont accessibles. –  Des limitations dans la croissance des populations
  La vitesse de colonisation varie en fonction de l'espèce : en sont absentes dans le nouveau milieu.
moyenne 12 km/an pour le crabe Hemigrapsus sanguineus sur
les côtes atlantiques d'Amérique du Nord, 20 km/an pour le
Bryozoaire Membranipora membranacea en Nouvelle
Angleterre, 20-50 km/an pour le Gastéropode Potamopyrgus
antipodarum en Mer Baltique, 50 km/an pour le Mollusque   Relâche écologique
Opisthobranche Tritonia plebeia en Nouvelle Angleterre,
jusqu'à 115 km/a pour la moule Mytilus galloprovincialis en –  Des limitations dans la
Afrique du Sud et jusqu'à 480 km/a pour le Polychète croissance des populations
Marenzelleria viridis en Mer Baltique. sont absentes dans le
nouveau milieu.
Ecologie des maladies -disease ecology Disease Ecology
  Ex. Fièvre du nil
  Sous-discipline de l’écologie des invasions   Le virus West Nile est un
–  Le pathogène est souvent une espèce introduite arbovirus, de la famille des
–  Bactérie, virus, champignon, protozoaire. flaviviridae, transporté par
des oiseaux migrateurs. Son
cycle de vie implique un
Nombre d’élevage
insecte vecteur le moustique,
de volailles
un réservoir animal, l’oiseau,
infectés par le
et des hôtes accidentels, le
virus H5N1 au
cheval et l’homme, qui sont
17/8/2007
des impasses pour son
développement. Depuis 1960
en Camargue.

Disease Ecology Exemple d’introduction de pathogène

  Par rapport aux espèces introduites


Deux espèces endémiques de rats
–  Nécessité d’avoir un vecteur
étaient présentes sur l’île:
–  Mais aussi d’hôtes Rattus macleari
  Il semble plus difficile d’introduire une maladie qu’une R. nativitatis
espèce

Wyatt KB, Campos PF, Gilbert MTP, Kolokotronis S-O, Hynes WH,
et al. (2008) Historical Mammal Extinction on Christmas Island
(Indian Ocean) Correlates with Introduced Infectious Disease. PLoS
ONE 3(11): e3602. doi:10.1371/journal.pone.0003602

Introduction du rat noir (Rattus rattus) Les trypanosomes


  Trypanosoma est un genre notable
de l'ordre des Trypanosomatida, un
groupe de protistes parasites. Il
existe une vingtaine d'espèces
infectant divers vertébrés, parmi
lesquels l'Homme, provoquant des
maladies, les trypanosomiases.

La plupart des espèces est transmise par des invertébrés hématophages


comme les insectes ou les sangsues. Par exemple, Trypanosoma brucei
est transmis à l'Homme par la mouche tsé-tsé (ou glossine) et entraîne
la maladie du sommeil.
Analyses des rats conservés en
Ecotoxicologie
collection
Détection de trypanosomes chez   Etude des impacts sur un écosystème des molécules
tous les rats capturés après 1899 fabriquées par l’homme
mais absence auparavant.

Les rats endémiques auraient été


particulièrement sensibles à un
nouveau pathogène.