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Exercices : les protéines

Enoncé 1
- Donnez la définition d'un acide α-aminé et un exemple.

Enoncé 2
- L'acide aminé tryptophane a un coefficient d'extinction à 280 nm pour un chemin optique
de 1 cm et à une concentration de 100g/litre égal à : ε 1%
280, 1 = 28. Calculez la densité optique
(D.O) d'un solution de concentration de 1mg/ml.
- L'acide aminé tyrosine a un coefficient d'extinction molaire à 280 nm pour un chemin
optique de 1 cm et à pH 7,4, égal à ε M 3
280, 1 = 1,1 10 . Calculez la concentration de la
tyrosine en solution à pH 7,4 et qui a une D.O de 0,55.

Enoncé 3
- Explicitez la réaction d'α-décarboxylation d'un aminoacide
- Citez un produit de décarboxylation d'un aminoacide ayant des propriétés biologiques.

Enoncé 4
L'aminoacide glutamique est mis en solution aqueuse à la concentration de 10-2 M .
- Calculez le pH de la solution.
- Calculez le pH du point isoélectrique (pI)
- Pourcentage des différentes formes à un pH de 7.

On donne : pK α -COOH = 2,2 pK R-COOH = 4,3 pK = 9,7


α -NH 3+

Enoncé 5
- Calculez le pH du point isoélectrique (pI) de la lysine
- Tracez la charge moyenne nette de la molécule en fonction du pH

On donne : pK α -COOH = 2,2 pK = 8,95 pK = 10,5


α -NH 3+ R-NH 3+

Enoncé 6
- Quelles sont les contraintes géométriques de la liaison peptidique.

Enoncé 7
Le peptide Ala-Glu-Glu-Met-Glu -Ile (AEEMEI) est mis en solution aqueuse à la
concentration de 10-2 M .
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Licence STE – Biochimie 1 : Les protéines : exercices - 1 -
- Quel est pH de la solution obtenue ?
- Calculez le pH du point isoélectrique (pI)
- Pourcentage des différentes formes à un pH de 8.
On donne :
Ileα -COOH : pK = 2,6
Glu R-COOH : pK = 4,3
Ala α -NH3+ : pK = 9,8

Enoncé 8
Un mélange de trois peptides est soumis à une électrophorèse sur papier à un pH de 6,5.
- Indiquez la position des 3 peptides à la fin de l'expérience.
- Déterminez un pH pour optimiser cette séparation.
Les trois peptides sont :
1: His-Gly-Pro-Lys
2: Glu-Leu-Cys-Asp
3: Ala-Gly-Ile-Ser
On donne :
Hisα -NH3+ : pK = 9,2 His R-amine : pK = 6 Lysα -COOH : pK = 2,2 Lys R-amine pK=10,5
Gluα -NH3+ : pK= 9,7 Glu R-COOH : pK = 4,3 Aspα -COOH : pK=2,1 Asp R-COOH pK = 3,9
Ala α -NH3+ :pK = 9,8 Serα -COOH : pK = 2,2

Enoncé 9
L'étude d'un pentapeptide donne les résultats suivants :
- Une hydrolyse acide (HCl 6N, 110° C, 48h) donne la composition suivante :
Ala, Arg, Cys, Lys, Ser
- L'action de la trypsine donne un tripeptide et un dipeptide
- L'action du DNFB sur le tripeptide donne le DNP-Ser
Parmi les séquences primaires suivantes, laquelle ou lesquelles sont compatibles avec les
séquences ci-dessous :
a) Lys-Ala-Arg-Cys-Ser
b) Ala-Arg-Cys-Ser-Lys
c) Ala-Arg-Cys-Lys-Ser
d) Ser-Ala-Arg-Cys-Lys
e) Ser-Lys-Ala-Arg-Cys
f) Ser-Arg-Ala-Cys-Lys

Enoncé 10
- Quelle est la méthode de séquençage la plus utilisée pour les peptides ?

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Licence STE – Biochimie 1 : Les protéines : exercices - 2 -
Enoncé 11
- Citez un peptide d'intérêt biologique et ses propriétés physicochimiques.

Enoncé 12
- Quelles sont les interactions qui stabilisent une structure secondaire en feuillet β-plissé ?

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Licence STE – Biochimie 1 : Les protéines : exercices - 3 -