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Taxonomie Bactérienne

Objectifs :
✓ Connaître les principaux niveaux de classification
✓ Comprendre les méthodes taxonomiques
✓ Expliquer les méthodes de classification

I) Principaux niveaux de classification :

1- Règne : procaryotes : Microorganismes unicellulaires, de paroi caractéristique (sauf


Mycoplasma), dépourvues d’organites (sauf ribosomes), sans vrai noyau (pas de chromatine ni de
membrane). Génome haploïde sous forme d’une unique molécule d'ADN généralement circulaire,
division par scissiparité. Comportent 2 domaines :
- Bacteria (ou Eubacteria) : Les « vraies » bactéries incluant celles infectant l’Homme
- Archaea (ou Archaeobacteria) : procaryotes primitifs

2- Unité de la classification = espèce : C’est « un groupe d'individus qui possèdent un haut


degré de similitude phénotypique associé à une importante dissemblance avec d'autres groupes d'un
type semblable ». A l’intérieur de l’espèce, il peut exister des variants qui se différencient de
l’espèce-type par des caractères mineures n’entrant pas dans la définition de l’espèce:
o Biochimique: biovar,
o Antigénique: sérovar,serotype
o Pathologique : pathovar
o Enzymatique: zymovar
o Sensibilité à un bacteriophage: lysovar
o Sensibilité aux antibiotique : antibiotype

3- Clones, souches, colonies:


Clone: descendance d’une même cellule bactérienne= souche
Colonie: Multiplication d’une cellule bactérienne sur Gélose

II) Méthodes de classification :

1- Classification phénotypique :
Regroupant les bactéries suivant la similitude de leurs caractères phénotypiques. Les plus
accessibles et les plus utilisés
• Critères morphologiques : Forme et groupement des bactéries, présence de flagelle, nature de la
paroi, type de mobilité, présence endospore
• Tests biochimiques :
- Critères physiologiques (type métabolique, source d’énergie, de carbone, d’azote, substrat
utilisé, capacité à produire certaines molécules, produits de fermentation, métabolites secondaires…)
- Critères de pathogénicité
- Critères antigéniques
• Analyses structurales de molécules :
- Chimiotaxonomie : Analyse chimique des constituants cellulaires

2- Classification génotypique :

a- Objectifs :
o Détermination des groupes génomiques
o Détermination des filiations (évolution) par études phylogéniques

b- Méthodes
Etude du génome complet:
- Composition en bases de l’ADN: % guanine+cytosine(>70% même espèce)
- Hybridation ADN/ADN total
- Mesure de la température de fusion (Tm) de l’ADN
- Polymorphisme de restriction de l’ADN total
- Séquençage du génome complet : Etude d’une portion du génome
- Polymorphisme d’une portion d’ADN total
- Séquençage des ARN ribosomiques ou séquençage des gènes codant les ARNr

c- Stratégie d’identification bactérienne


Phénotypique
- Morphologie
- Tests biochimiques simples d’orientation
- Tests biochimiques complexes plus ou moins automatisés
- Etude spéctrométrique
- Etude protéomique
Moléculaire
- Soit d’emblée
- Soit en complément
STRUCTURE BACTERIENNE
I) La morphologie bactérienne :
L'étude de la morphologie bactérienne est le premier acte diagnostique bactériologique. Elle
repose sur trois critères morphologiques : taille, forme et mode de groupement: la taille, la
forme, le mode de groupement: lié au mode de multiplication.

II) La structure générale de la bactérie :


Dans structure générale d’une bactérie, on distingue : des structures obligatoires, présentes
chez toutes les bactéries, et des structures facultatives

A) Structure obligatoire d’une bactérie : alétration de la structure obligatoire =>


mort de la bactérie
Le cytoplasme, Les ribosomes, Les inclusions, Appareil nucléaire, Membrane cytoplasmique,
Paroi bactérienne.
1) Le cytoplasme: Contient des ribosomes, éléments nutritifs, ions, des enzymes,
déchets métaboliques et des granules de réserve.

2) Les ribosomes: Lieu de traduction du code génétique en protéines et cibles des


antibiotiques

3) Les inclusions : ( 0,1 à 1 μm dimension) Renferment des matières organiques


ou inorganiques constituant des substances de réserve (polymères de phosphates, de lipides,
de sucre (glycogène)).

4) Appareil nucléaire : Chromosome unique circulaire de 1 mm. Absence de


membrane nucléaire. Chromosome à ADN bicaténaire. Rôle : Informations génétiques
nécessaires à la vie et à la pathogénicité, site d’action d’antibiotiques.

5) Membrane cytoplasmique: Identique à celle des Eucaryotes: deux feuillets de


phospholipides truffés de protéines. Absence de stérols tels que le cholestérol. Surfaces
internes et externes hydrophiles. Intérieur hydrophobe.
Plusieurs fonctions:
- Barrière osmotique
- Siège de :
→ Systèmes spécifiques de transports actifs
→ Systèmes assurant l'excrétion vers l'extérieur de différentes substances
→ Enzymes associées : chaine respiratoire, perméases, ATPases, synthèse de la paroi
→ Site d’action des antibiotiques
→ Réactions énergétiques
6) Paroi bactérienne : Structure la plus externe, constante à l'exception des mycoplasmes.
Selon sa composition et sa structure, deux groupes de bactéries sont décrits, les Gram
(+) et les Gram (-):
❖ Paroi des bactéries à Gram positif : Sa structure apparaît homogène, composée
essentiellement de peptidoglycane associé à l’ acide teichoique, mais pauvre en lipides
(1 à 2 %).
Particularités des Mycobactéries: Gram+ à paroi très riche en acides gras complexes
(40% de la bactérie) dont les acides mycoliques +++: acido-alcool résistance
❖ Paroi des bactéries à Gram négatif : Structure complexe, épaisseur est de 10 nm.
Composée de:
• Peptidoglycane
• Membrane externe (protéines, lipides, lipopolysaccharides) : Traversée par des porines:
protéines perméables aux substances solubilisées de faible poids moléculaire. Ancrée au
peptidoglycane par lipoprotéines et protéine OmpA. Lipopolysaccharides jouent un rôle
d’endotoxine
• Espace périplasmique= espace compris entre membrane cytoplasmique et membrane
externe
Le peptidoglycane est un hétéropolymère. Sa Synthèse se fait en 3 étapes :
• Intracytoplasmique : qui se termine par le Dalanyl-D-alanine. (phosphoénolpyruvate
transférase, d'une racémase et d'une synthétase)
• Membranaire: où a lieu une polymérisation
• Pariétale : Polymérisation par transpeptidase , transglycosylase, et régulée par une
carboxypeptidase PLP « Protéines Liant la Pénicilline ». Le nombre et nature des PLP varient
selon les espèces (c’est pour ça que l’action des -lactamines varie selon les espèces).
La différence de structure entre la paroi des bactéries à Gram positif et la paroi des bactéries
à Gram négatif est à l'origine de la coloration de Gram.
Rôles de la paroi bactérienne :
- Confère à la bactérie sa morphologie véritable
- Résistance :
▪ Maintient la pression osmotique et les constituants
▪ Protège contre les agressions physicochimiques
▪ Blocage de l’extraction de certains colorants
- Echanges
▪ Contrôle la diffusion des molécules en fonction de leur taille, degré
d'hydrophobicité... : rôle de membrane semiperméable
▪ Assure le captage des nutriments importants
▪ Effectue le rejet des composés nocifs dans le milieu extérieur : pompes d'efflux
- Spécificité antigénique: antigène somatique O
- Activation du complément: effet chimiotactique et opsonisant (rôle important dans la
défense non spécifique contre l'infection)
- Cible de l’action
▪ D’enzymes exogènes (lysozyme) ou endogènes (autolysines)
▪ Antibiotiques, notamment les bêtalactamines (pénicillines) inhibent la synthèse
du peptidoglycane (PLP=transpeptidases)
▪ Elle n'est pas une structure figée, mais elle est continuellement en synthèse (et
dégradation).

B) Structures facultatives :

1) Les polysaccharides de surface : des enveloppes supplémentaires plus ou moins


structurées

a) Capsule « vraie » : Correspond à une structure bien organisée, condensée et bien


délimitée autour de la bactérie. Constiute un facteur de virulence, elle protège la
bactérie de la phagocytose. Antigénique, les antigènes capsulaires sont dénommés
antigène K.

b) Capsule « diffuse » - biofilm « slime » : Constituants polysaccharidiques plus ou moins


libérés dans le milieu et ne constituant pas une véritable entité morphologique. Permet
l'adhésion bactérienne à des surfaces inertes. La production de slime est fréquente avec
les bactéries aquatiques et conduit à la formation de masses gluantes auxquelles
adhèrent des matières en suspension.

c) Couche de surface cristalline : Chez les bactéries à Gram positif, la couche S est
située à la périphérie du peptidoglycane et chez les bactéries à Gram négatif elle est
associée à la membrane externe. Rôle de squelette, adhésion, résistance au système
complémentaire, protéases des macrophages.

d) Flagelles et mobilité : Les flagelles ou cils : structures rigides, ondulées, naissent


de la membrane cytoplasmique, constitués d'une protéine (flagelline). Ils permettent la
mobilité des bactéries. Plusieurs dispositions : Monotriche, lophotriche, amphitriche,
préritriche. Les antigènes des flagelles = Antigène H. D'une manière générale, la
mobilité s'observe chez les bacilles.

e) Fimbriae (Pili communs) : Visible au ME. Structures filiformes, non impliquées


dans la mobilité. Très communs chez les bactéries à Gram– (exceptionnels chez les
Gram+). Sont courts et cassants, nombreux. Types I, II, III, IV : fonction de la
composition. Rôle : pouvoir pathogène, utiles pour l'adhésion des bactéries aux
interfaces et particulièrement aux muqueuses et sont donc des facteurs de virulence.
Adhésion bactérie – bactérie. Propriétés hémmaglutinantes.

f) Pili sexuels : Plus longs, Peu nombreux (1 à 4). Relient deux bactéries et sont les
voies d'échanges de matériel génétique: la conjugaison.

g) Endospore : Organite facultatif, se forme au sein du cytoplasme de certaines


bactéries pour résister à des conditions de vie défavorables. Particulièrement résistante à
la chaleur, aux rayons UV, aux désinfectants chimiques, à la dessiccation. Certaines
bactéries Gram positifs (Bacillus, Clostridium) sont capables de former des endospores.
Elles sont rondes ou ovales, diamètre de 0,2-2 mm. La sporulation est le phénomène de
différenciation qui conduit de la forme végétative à la spore.

h) Les plasmides: Molécules d'ADN bicaténaires, généralement circulaires, extra-


chromosomiques, d'une taille variant de 1 à 400 kb (kilobases), douées de réplication
autonome (réplicon) et transmissibles de façon stable à la descendance, pouvant être
transmis sur un mode horizontal. Rôle : Informations génétiques supplémentaires non
indispensables, Propriétés métaboliques, Pouvoir pathogène et Résistance aux
antibiotiques.

III) Méthodes études :


1) Microscope électronique: Mettre en évidence trois régions architecturales:
Le Cytoplasme qui contient le génome cellulaire (ADN), les ribosomes et différentes
inclusions
Une enveloppe qui consiste en une paroi et une membrane plasmique
Des structures externes: capsule, cils, flagelles et fimbriae

2) Microscope optique: État frais: Permet d’avoir une idée sur la forme et la mobilité.
Après coloration:
- Met en évidence les affinités tinctoriales et précise la forme des bactéries
- Différents colorants sont utilisés: Gram , Bleu de méthylène, l’imprégnation argentique,
Ziehl- Neelsen (BAAR)…
- Fractionnement des bactéries puis séparation par techniques physicochimique
GENETIQUE BACTÉRIENNE

La génétique est la science de la variation et de l'hérédité, ele est née de l'étude, chez les organismes doues de
reproduction sexuee, des croisements ou hybridations entre races ou variétés de la meme espece.
La plasticité du génome bactérien permet aux bactéries de trouver des issues a des pressions de selection
environnementales. Consequences: La resistance, La virulence, Les biotechnologies.

I- Spécificités génétiques des bactéries :

1- Haploïdie : Une copie (Allèle) de chaque gêne => Expression facile des mutations
2- Temps de génération court: Experimentation facile
3- Reproduction asexuée: Par division cellulaire =>Obtention facile de clones
4- L’ADN bactérien : situé au niveau de 2 structures :
o Chromosome (indispensable): Unique(exceptions), Circulaire, Taille : 1 mm
o Plasmides(facultatifs) : Petits, Multiples (1 a 30 copies), Circulaires, Differents niveaux d’expression
a- Le chromosome bactérien : Taille tres variable 6X105 bp (500 genes) a 109 bp (10000 genes). Pas
d’introns (sequences d’ARNm deletees avant la traduction). ARN polycistroniques(>1 polypeptide traduit).
Debut de la traduction quand la transcription est encore en cours.
Stabilité des espèces assurée par :
- Replication chromosomique
- Transfert aux bactéries filles
- Reparation des erreurs
- Enzymes bactériens de restriction/modification

b- Les plasmides: ADN à double brin, circulaire, cytoplasmique douees de replication autonome et de
taille variable. Médiateurs de proprietes permettant une meilleure adaptation des bactéries, non
indispensables au metabolisme normal de la cellule-hote (endosymbiotes). Transmission naturelle d'une cellule
a l'autre s'effectue par conjugaison, les autres modes de transfert sont possibles. Sans spécificité d'hôte,
diffusion entre especes bactériennes differentes.
Rôle des plasmides de résistance dans l’évolution de la résistance :
Nombreux genes de resistance accroches derriere une origine de transfert commune (image du train derriere la
locomotive)
Multiresistance : Croisee : au sein d’une meme famille ; Associee : familles differentes.
Co-transfert et co-selection
II- Les mécanismes de plasticité du génome bactérien :
Mutations au sein d’un genome
Transfert de genes entre bactéries:
- Conjugaison
- Transduction
- Transformation
Eléments génétiques mobiles a l’interieur d’une bactérie: Transposons, Integrons
1- Les mutations : (schéma 1)
Définition : Modification de l'ADN, donc de la sequence desoxyribonucleotidique, entrainant quelquefois une
modification de la structure primaire de la chaine polypeptidique correspondante (1 base changee peut entrainer 1
aa change). S’exprime si le nouveau codon = nouvel aa et site actif touché, sinon silencieuse ou lethal (le plus
frequent).
➢ Caractères de la mutation:
Spontanée : Seule est provoqué la selection des formes variantes preexistantes dans une population
bactérienne ( cas de ATB)
Induite : UV ou de substances chimiques genotoxiques.
Discontinue ou brusque : apparait selon la loi du tout ou rien.
Stable : transmissible a la descendance.
Rare : mesurable par le taux de mutation (probabilite pour une bactérie de muter pendant une unite de temps
definie (temps de generation). Il est, de l'ordre de 10-5 à 10-10
Spécificité - Indépendance : la probabilite pour une bactérie de subir simultanement deux mutations distinctes
est le produit des probabilites individuelles de ces mutations
2- Acquisition de matériel génétique : Trois types : la transformation, la conjugaison et la transduction
Mecanismes naturels complexes. Importance majeure :
- Dans l’evolution en general
- Dans l’evolution de la resistance bactérienne en particulier
- Dans les biotechnologies.
Recombinaison :
- L'ADN transfere peut ne pas se recombiner ( plasmide).
- Souvent partiels (1-2 % du genome transfere) et d'efficacité faible (frequence de recombinaison de 10-⁶).

a- La transformation bactérienne : (schéma 2)


Définition: Transfert d’ADN libre, qui est fixe et absorbe par des bactéries receptrices, dites en état de
compétence. Ce modele a permis de demontrer que l'ADN était le support chimique de l'heredite en 1944.
➢ Caractéristiques :
Il doit y avoir de l'ADN libéré d'une bactérie (exogenote)
Celui-ci doit etre fixe sur une bactérie receptrice en phase de competence
Cette absorption d'ADN polymérisé est suivie d'une recombinaison génétique avec acquisition de nouveaux
caractères génétiques stables (recombinants ou transformants).
Ce transfert d'ADN bactérien est:
- Limité à quelques espèces: Streptococcus, Neisseria, Haemophilus
- Partiel : une partie de l'exogenote (1-2% du génome) penetre et se recombine (si homologie suffisante)
(voir expérience cours)
➢ Conséquences:
Emergence d'especes resistantes aux ATB: pneumocoque, meningocoque (transfert de genes de streptocoques
buccaux mutants resistants). Une application ≪ bénéfique » : Nombreuses utilisations en biotechnologies: clonage.
b- Conjugaison ou sexualité bactérienne : (shcéma 3)
Définition : Transfert de genes par contact cellulaire. Processus sexuel strict qui necessite un contact préalable et
un appariement entre bactéries de ‘’sexe different’’ avec la formation d'un pont cytoplasmique permettant les
echanges bactériens dont celui du chromosome. Le facteur de sexualité ou de fertilité (F) permet la synthèse de
pilis sexuels chez la bactérie donatrice ou male et donne la polarite au chomosome. Le transfert d'ADN
chromosomique est à sens unique, oriente, progressif et quelquefois total (2 h).
➢ Caractéristiques
Permet le transfert de gènes chromosomiques ou plasmidiques. Existe chez les bactéries a Gram positif et à
Gram négatif. Importance majeure dans la dissémination des genes de la resistance.
Spécificité - Fréquence : Le transfert d'ADN chromosomique suivi de recombinaison est spécifique (intra
espèces), mais limité, en particulier aux especes à Gram negatif telles E. coli, P.aeruginosa et aussi chez les
Streptococcus
Il s'agit du principal facteur d'évolution des bactéries, en particulier pour l'acquisition de la resistance aux ATB
➢ Physiologie de la conjugaison chez les bactéries à gram négatif : 4 étapes
1. Contact cellulaire
2. Preparation de l’ADN (mobilisation)
3. Transfert d’un brin unique d’ADN
4. Reconstitution du brin manquant a la fois dans la cellule donatrice et dans la receptrice : le transfert est
conservatif.
→Si plasmide : processus rapide
→Si chromosome : processus long debutant toujours au meme endroit
(peut etre interrompu et donc, si on observe ce qui est transfere pour
un temps donne on peut dessiner une carte physique du chromosome
qui était utilise avant le sequencage)

Schéma 4 :
- Un brin unique d’ADN est transfere et
le brin complementaire est synthetise
- Les cellules se separent a la fin du
transfert
- La conjugaison est conservatrice.
- La cinetique de transfert est orientee,
cinetique, linéaire.
➔La conjugaison se fait par l’intermediare des pili sexuels
Schéma 4
➢ La conjugaison chez les streptocoques
Il s’agit d’un mécanisme différent : pas de pili, se fait par secretion de petites molécules diffusibles par les
cellules receptrices → Agregation des donatrices et des receptrices ➔Transfert d’ADN
c- Transduction : (schéma 5)
Définition : Il s'agit d'un transfert d'ADN bactérien partiel, par l'intermédiaire de bactériophages (Virus
spécifique des bactéries), dont le rôle est passif (vecteur). Il est dans ce cas, virulent et se multiplie dans la
bactérie. Lors de la phase d'encapsidation, il incorpore de l'ADN bactérien fragmenté
➢ Caractéristiques
Incidence: nombreuses souches lysogenes (Staphylocoques, Enterobactéries).
Types : Trois variantes conditionnent les autres caractères tels :
- Spécificité du ou des caractères transduits
- Frequence de transduction,
- Recombinaison genetique ou non.

d- Conversion lysogénique : (schéma 6)


Définition : C'est l'acquisition par une bactérie d'un caractère somatique particulier determine par le genome d'un
prophage spécifique. Son expression dans toutes les bactéries est liee a l'etat lysogene. Il disparait avec la perte de
celui-ci. Exemples : S. aureus (Toxine de Panton-Valentine), Toxine du bacille diphterique, Toxine erythrogene du
streptocoque A, certaines cytotoxines (verotoxines) chez E.coli ECEP
➢ Cycles du bactériophage (voir schéma)

3- Mécanismes de mobilité des gènes au sein d’une cellule : (schémas 7 et 8)


Transposons : Elements d'ADN qui peuvent se déplacer d'un endroit a un autre sur un meme brin d'ADN ou sur
un autre brin.
Séquences d’insertion : Sont les elements transposables les plus simples. Elles ne contiennent que les
informations genetiques necessaires a leur transposition : Phenotypiquement cryptiques. C’est le module de base du
transposon. Permet de mobiliser n’importe quel fragment de DNA
Intégrons : Retrouves exclusivement chez les bactéries. Système naturel de capture, d'expression et de
dissémination de gènes. contiennent une integrase et un promoteur : ≪ station-service complete ≫ pour les genes
cassettes. La presence d’un integron au sein d’un transposon est frequente efficace pour accelerer l’evolution

III- Les méthodes d’explorations :


- Hybridation
- Amplification suivi d’hybridation
- Sequencage
- Etude electro-phoretique: champ pulse…
- Clonage

Schémas 8
Schéma 2
Schéma 1

Schéma 6

Schémas 7

Schéma 5

Schéma 3
PHYSIOLOGIE BACTERIENNE

La physiologie bacterienne et la science des fonctions et des constantes du fonctionnement normal des bacteries.
Elle a pour intérêt le diagnostic d’une maladie infectieuse (Isoler, denombrer et identifier la ou les bacteries en
cause ; determiner leur sensibilite aux antibiotiques), le Controle bacteriologique de l’environnement et le Controle de
qualite bacteriologique (aliments, eaux, medicaments, produits cosmetiques, etc...)

A- Principaux éléments de la physiologie bactérienne :


I- Besoins nutritifs des bactéries :
1- Source d’énergie :
Composés mineraux ou organiques : bacterie chimiotrophe
o Element mineral : bacterie chimiolithotrophe
o Element organique : bacterie chimioorganotrophe
Lumineuse : bacterie phototrophe
2- Sources de carbone :
Bacterie autotrophe : CO₂ exclusivement
Bacterie heterotrophe: CO₂ ou substances hydrocarbonees (alcool, acide acetique, acide lactique,
sucres divers,…)
3- Source d’azote et de soufre
4- Autres éléments: besoins inorganiques, ions , oligoelements, facteurs de croissance (auxotrophe)
Pénétration des nutriments dans les bactéries : Tous les nutriments doivent traverser la paroi
bacterienne puis la membrane cytoplasmique grâce à: (Des proteines de transports (porines,
permeases) ; Diffusion libre: petit nombre de molecules). La sortie des métabolites se fait par les
mêmes mecanismes ou lors de la lyse bacterienne.
II- Conditions environnementales :
1- Le pH : certaines bactéries se développent à :
pH entre 6 et 8 : bacteries neutrophiles (Escherichia coli)
pH alcalin (>8) :bacteries alcalinophiles (Pseudomonas)
pH acide (<6) : bacteries acidophiles (ex: Lactobacillus).
2- La pression osmotique : les bactéries ont une bonne tolerance generale au sel. Certaines
bacteries dites halophiles necessitent du chlorure de sodium ( vibrio parahaemolyticus).
3- La pression mécanique ou hydrostatique : Bonne tolérance générale à la pression. Les
espèces des grands fonds marins sont barophiles.
4- La température : cinq catégories de bactéries
Mesophiles: 10 à 45°C (Optimum 30-37°C bacteries d’interet medicale)
Psychrophiles: -15 à 20°C (optimum : 5-10°C) (Listeria monocytogenes)
Thermophiles: poussent de 45 à 70°C,
Hyperthermophiles : > 80°C
5- Les exigences gazeuses : Quatre modes respiratoires:
• Aérobies strictes (exemple : Pseudomonas) necessitant une teneur en oxygene moleculaire
suffisante pour pouvoir se multiplier,
• Micro-aérophiles (exemple : Campylobacter) se developpant si lorsque la teneur en
oxygene moleculaire est reduite (5%),
• Aéro-anaérobies facultatives (exemple : Escherichia coli): la croissance n’est pas affectee
par la concentration en oxygene moleculaire,
• Anaérobies strictes ne se développant qu’en absence d’oxygene (exemple : Clostridium).

III- Croissance bactérienne :


Les milieux de culture sont des supports nutritifs steriles qui permettent la croissance bacterienne
1- Les milieux de culture :
o Milieux complexes de réalisation empirique (extraits de viande, de levure, extraits
enzymatiques, proteines ou peptones)
o Milieux synthétiques de composition définie:
- Substrats nutritifs : acides amines, peptides, bases nucleiques, sucres..
- Systeme tampon assurant la constance du pH, sels mineraux,
- Facteurs de croissance : sang, proteines, hemoglobine, vitamines supplementaires
o Milieux semi-synthétiques: milieux synthetiques additionnes d'un extrait d’organismes
comme un extrait de levures contenant des facteurs de croissance pour les bacteries,
Parmi les milieux de culture il y a :
• Des Milieux d’enrichissement : permettent lacroissance des bacteries exigeantes
• Des Milieux sélectifs: favorisent la croissance d’un type bacterien particulier tout en inhibant
celle des autres types bacteriens (ex: milieux selectifs pour les bacteries a Gram positif contenant
des antibiotiques inhibiteurs des bacteries a Gram negatif).
Les milieux de cultures sont soit Liquides, bouillons de culture en tubes ou en flacons, ou
Solides, milieux geloses en boite de Petri.

2- La croissance bactérienne :
Les bacteries sont des organismes asexués dont la reproduction a lieu par division cellulaire ou
reproduction binaire encore appelée scissiparité. La reproduction se fait selon trois phases :
- Allongement de la bacterie,
- Duplication des constituants,
- Separation
Le temps de division et le délais de croissance dependent de l’espèce bactérienne et des
conditions du milieu exterieur
a- Croissance en milieu solide:
Une bactérie déposée a la surface d’une gelose nutritive: se multiplie et 24 a 72 heures a 37°C
elle forme un amas visible a l’oeil nu : colonie.
Dès 1 million de bactéries (20 generations) on observe trois aspects de colonies: S : Lisse
(smooth), M:muqueux, R : rugueux ( rough).
b- Croissance en milieu liquide: Trouble du bouillon après incubation de 2 a 15 jours a 37° C

IV- Dynamique de la croissance bactérienne :


Phase 1 : (2-3h) phase de latence, la croissance est nulle, il y a accoutumance des bacteries a
l’environnement
Phase 2 : phase d’accélération avec augmentation de la vitesse de croissance,
Phase 3 : phase de croissance exponentielle durant laquelle le taux de croissance est maximal
Phase 4 : phase de ralentissement : la vitesse de croissance diminue, epuisement des nutriments du
milieu de culture et accumulation des dechets
Phase 5 : phase stationnaire : arrêt de la reproduction due a un facteur limitant dans
l’environnement, le taux de croissance est nul
Phase 6 : phase de déclin : les ressources sont épuisées et le nombre de bactéries diminue.
V- Métabolisme bactérien :
Ensemble des transformations des composés biochimiques de la cellule bacterienne. Il s’agit de
réactions de récupération et de transfert d’énergie obtenues à partir des nutriments. Cette énergie est
utilisée pour la croissance et l’édification des structures cellulaires. Le transfert d’energie se fait
grâce à des molécules contenant des liaisons riche en énergie: ATP...
Il existe 2 modes principaux de production d’énergie
- Métabolisme respiratoire: les electrons liberes lors de l’oxydation du substrat
energetique sont transferes par une chaine respiration membranaire jusqu’a l’O₂
moleculaire accepteur terminal des electrons
- Métabolisme fermentatif: reactions cytoplasmiques anaerobies d’oxydo-reduction au
depend du substrat energetiques. L’accepteur final d’electron est un substrat organique
On comprend le métabolisme de la bactérie par :
o Recherche de l’apparition d’un produit
- Acide: virage d’indicateur colore
- Nitrate reductase: disparation des nitrates et apparition des nitrites
o Recherche de l’enzyme elle-même

B- Implications lors de l’examen Bactériologique :


I- Phase pré-analytique :
Conditions de prélèvements :
- Avant traitements antibiotiques ou antiseptiques
- Au cours d’une decharge bacterienne, cas des Hemocultures
- Parfois prelevements repetes
Conditions de transports :
- Milieux de transport
- Environnement de transport
- Delai de traitement du prelevement
II- Phase analytique :
Choix des milieux de cultures: Un panel de differents milieux de culture variable selon l’analyse à
effectuer sera utilisé :
- Milieux d’isolement: milieux solides
- Milieux d’enrichissement: milieux liquides
- Tests d’identification parfois: galerie biochimique
Ensemencement: culture qualitative et ou quantitative. Le produit est etale grace a une oese et
donnera naissance a autant de colonies differentes qu’il y’aura d’especes microbiennes dans le
melange
Conditions d’incubation :Etuves permettant l’incubation des milieux de culture ensemences a
diverses temperatures (30°C, 37°C, …). Systemes permettant la creation des atmospheres
microaerophiles et anaerobies (exemple : jarres avec generateurs d’atmosphere particuliere).
L’identification phénotypique des bactéries repose sur l’étude de:
- Morphologie
- Exigences nutritives
- Croissance en présence de divers substrats
- Conditions physicochimiques de croissance
- Type respiratoire et presence d’enzyme respiratoire ( oxydase, catalase)
- Etude du métabolisme bactérien; (metabolisme proteique , glucidique, lipidique ).
- La combinaison des differents resultats = profil métabolique de la bactérie analysée
ce qui permet de le comparer aux profils d’especes type et d’identifier ainsi la souche
etudiee
- Complement d’identification parfois: serotypie, lysotypie, toxinotypie, genotypie
Etude de la sensibilité aux antibiotiques : L’etude de la croissance bacterienne en presence de
differents antibiotiques permet de definir pour chaque bacterie analysee un profil de sensibilite /
resistance aux differentes molecules antibiotiques.
Dénombrement bactérien :
- Ensemencement d’un volume defini d’echantillon sur milieu de culture gelose,
- Denombrement des colonies bacteriennes obtenues apres incubation a 37°C
- Permet de calculer les bacteries presentes dans l’echantillon
- Le resultat est exprime en Unites Formant Colonie par millilitre (UFC/ml)

III- Autres implications :


Sterilisation
Conservation des souches: froid, lyophilisation, congelation
Microbiologie industrielle: (Dosage microbiologiques des vitamines et d’autres substrats,
Production d’enzyme et d’acides amines)
RELATION HOTE – BACTÉRIE

Introduction
Des milliers d’especes bactériennes dans l’environnement: Source de vie, transformation de matiere
organique…, Interactions avec l’environnement et tout le monde vivant ➔ impact sur la vie des etres humains.
L’Homme:
- Avant naissance: stérilité du fœtus
- Après la naissance: Contact avec l’environnement microbien (Colonisation bactérienne massive de
certains sites anatomiques (ORL, Intestin, vagin, ….), Relations a divers aspects: tantot benefique,
tantot nuisible,…)
« Etre vivant, c’est vivre avec d’autres organismes »
I- MOYENS DE DÉFENSE D’HÔTE :
1- Barrières cutanéo-muqueuses :
Peau, muqueuses. C’est la premiere ligne de défense. Rôle primordial des épitheliums: niveau de la rencontre
hôte-bactéries.
a- La peau :
Barrière physique : 2 couches (épiderme + derme), épithelium stratifie, kératinisation, desquamation
superficielle
Barrière chimique : inhibent la croissance bactérienne
- pH acide, sécheresse de la peau et T < 37°c
- Sécrétion de lipides toxiques et de lysozyme au niveau des follicules pileux, glandes sébacées et
sudoripares
Barrière biologique : flore commensale normale, résidente
- S.epidermidis, corynebactéries, Propionibacterium acnes..
- Empêche la colonisation par des bactéries pathogènes : competition au niveau des sites et de l’utilisation
des nutriments.

b- Les muqueuses : (schéma 1)


Barrière physique : Rôle du mucus +++ :
- Emprisonnement des bactéries a distance de surface des cellules epitheliales
- Élimination des bactéries avec mucus (cils vibratiles , peristaltisme, flux urinaire, secretions
lacrymales,…)
• Barrière chimique :
- PH acide du milieu inhibe la multiplication bactérienne: estomac, vagin, urine..
- Secretion de produits antibactériens dans le mucus:
→ Lysozyme, lactoferrine peptides toxiques ou défensines,
→ IgA sécrétoires (systeme immunitaire)

• Barrière biologique :
- Flores commensales, sauf voies respiratoires basses, uterus, voies génitales hautes, tractus urinaire.
- Equilibre écologique qui s’oppose a l’implantation de bactéries pathogènes

2- Réaction inflammatoire :
Succession de reactions physiopathologiques des qu'une bactérie ou ses produits toxiques penetrent dans le
tissu conjonctif après avoir franchi la barrière cutanéo-muqueuse:
→ Rapide au niveau du site infecte : recrutement des cellules phagocytaires et des protéines de
l’inflammation.
→ Conséquences :
- Signes locaux
- Signes biologiques d’infection hyperleucocytose neutrophile, proteines inflammatoires dans sang
(ex : C Reactive Protein )
- Reponse inflammatoire exageree: sepsis, choc septique

3- Moyens de défense contre la bactérie : Immunité spécifique acquise


a- A médiation humorale:
- Retardee : 8-10j apres premier contact
- AC de type IgM d’abord puis autres classes par la suite: IgG..
- Dominee par l’opsonisation et par la neutralisation.
- Efficace vis-a-vis des bactéries invasives a multiplication extracellulaire, des
- bactéries toxinogènes
- Memoire immunologique ++ (Vaccination)

b- A médiation cellulaire:
- Lymphocyctes cytotoxiques; cellules phagocytaires
- Inhibition, destruction des bactéries a multiplication intracellulaire
- Parfois etat de hypersensibilite retardee

II- FACTEURS BACTÉRIENS DE PATHOGÉNICITÉ :


1- Facteurs facilitant la colonisation et l’invasion des surfaces de l’hôte :
a-Pénétration à travers la peau intacte :
→ Iatrogènes: bactéries de la flore cutanee (plaies , catheters)
→ Utilisation d’un insecte vecteur : Borrelia burgdorferi
b-Pénétration au niveau des muqueuses :
→ Mobilité des bactéries : traversee de la couche de mucus, lutte contre le flux urinaire ou peristaltisme
TD.
→ Sécrétion d’IgAs protéases : evite le blocage dans la couche de mucus (H. influenzae, pneumocoque,
meningocoque)
→ Entrée par les cellules M au niveau de la muqueuse du TD (Plaques de Peyer) : couche de mucus fine a
ce niveau et cellules naturellement phagocytaires (Yersinia, Salmonella, Shigella).
c-Adhésion bactérienne :
→ Adhésines bactériennes : Pili ou fimbriae
- Expression variable fonction de l’environnement et surfaces cellulaires
- Interaction moléculaire spécifique entre bactérie et cellule-hote
→ Adhésines non fimbriales :contact serre bactérie /cellule.
- Biofilms Polysaccharides (slime) : Impliques dans l’adhesion des bactéries entre elles et a la surface
cellulaire ➔ Bactéries a l’abri des cellules phagocytaires et des antibiotiques.
d-Mécanismes d’acquisition du fer: synthèse de sidérophores
→ Chelateurs du fer, competition avec lactoferrine et transferrine (chelateurs du fer de l’hote).

2- Facteurs d’échappement aux défenses de l’hôte (complement, phagocytose, reponse anticorps)


(schéma 2) :
a-Capsule bactérienne: Rôle protecteur contre l’activation du complément. En general immunogénique
b-Facteurs de résistance au complément: Modification de LPS, Synthese de C5a peptidase
c-Echappement à la réponse anticorps :
- Variation antigénique (Ex : variations de phase interessant les flagelles de Salmonella, ou les pili du
gonocoque)
- Camouflage avec des molécules ressemblant à celles de l’hôte : certaines capsules

3- Facteurs endommageant l’hôte :


a-Enzymes hydrolytiques : Hyaluronidases, proteases, DNAses,…: destruction des tissus (S.aureus,
S.pyogenes)
b-Toxines protéiques bactériennes: Exotoxines
- Toxine type A et B: Tetanos
- Cytolysines ou hemolysines = rupture membranaire de la cellule cible: Streptolysine O (S. pyogenes),
Toxine α (S. aureus)
- Phospholipases ou lécithinases: Ex : Toxine α (Clostridium perfringens) Toxine du Toxic Shock
Syndrome (S. aureus).
c- Composants de la paroi bactérienne à l’origine de la réaction inflammatoire (Pathogen Associated
Molecular Patterns (PAMPs) )
- Bactéries à gram négatif : Lipopolysaccharide ou endotoxine : constituant de la membrane externe
compose de:
→ Lipide A : proprietes toxiques identiques pour toutes les bactéries
→ Portion polysaccharidique : antigenique : antigene O ou Ag somatique.
- Bactéries à gram positif : Acides (lipo)teichoïques, peptidoglycane: Rôle equivalent au LPS dans la
genese du choc septique.

4- Facteurs permettant la survie des bactéries pathogènes intracellulaires : (schéma 3)


• Pathogènes intracellulaires obligatoires: lesions minimes chez l’hote qui assure leur survie Ex : Chlamydia,
Rickettsia
• Pathogènes intracellulaires facultatifs:
- Bactéries de l’environnement : Ex Legionella pneumophila
- Bactéries dont une etape du cycle correspond a un passage intracellulaire (ex: traversee de muqueuse
TD) (Ex : Shigella, Yersinia, Salmonella)
- Bactéries recherchant un gite a l’abri des defenses de hote (Ex : Brucella, M.tuberculosis)
• Facteurs du parasitisme intracellulaire
- Entree dans les cellules: phagocytose induite par la bactérie ++.
- Survie dans le phagosome : (Coxiella): Multiplication intra-vacuolaire.
- Survie dans le cytoplasme : echappement du phagosome apres lyse de la membrane de la vacuole:
Multiplication intracytoplasmique
• Echappement aux défenses de l’hôte :
- Multiplication intracellulaire permet a la bactérie de rester à l’abri des défenses immunitaires de l’hôte
⇒ induction d’une immunite de type cellulaire.

III- LES PRINCIPAUX TYPES DE RELATION HÔTE-BACTÉRIE :


1- Interaction homme-bactéries :
Exposition aux bactéries est inevitable, dès la naissance. Au cours de l’evolution, développement de moyens
de défense contre les bactéries.
Dans organisme humain:
- 1014 bactéries (x10 Nb de cellules humaines!) = 1a 2 kg
- L’homme est constitue a 90% de bactéries!
- 3,3 M genes bactériens: 150x genome humain (20 000 gênes)

2- Types de survie des bactéries :


Symbiose: Vivre ensemble
Mutualisme: Type d’association bénéfique
Parasitisme: Type d’association délétère
Saprophytisme : forme de nutrition permettant a un organisme d’utiliser des matieres organiques en
decomposition
Une bactérie est saprophyte vit et se nourrit dans l’environnement (sol, eaux, surfaces).La presence dans
l’organisme humain est en general transitoire
Commensalisme : type d’association conduisant deux especes differentes d’organismes a vivre ensemble, sans
que l’une nuise a l’autre, et ou parfois l’une des especes se procure nourriture, protection ou d’autres avantages
Une bactérie est commensale ( symbionte) lorsqu’elle vit au contact du revetement cutaneo-muqueux d’un
hote sans entrainer de desordres
3- Microbiome :
• Microbiote : flore commensale
- Association constante de bactéries avec la surface du corps: Flore bactérienne normale
- Propre a chaque individu
• Microbiote intestinal:
- Un autre genome pour l’homme: indispensable a la sante
- Est le mieux etudie = ≪ organe vital ≫
- Digestion de certaines molécules (cellulose)
- Régulation du developpement de la paroi TD et du reseau sanguin qui l’irrigue
- Developpement et maturation du systeme immunitaire
- Implication probable dans obesite, maladies inflammatoires chroniques de l’intestin, autres maladies
auto-immunes

4- Notions de pouvoir pathogène et de virulence :


• Frontiere entre bactéries commensales et bactéries pathogenes:
- Parfois confuse et variable dans le temps
- Depend des facteurs modifiant l’équilibre de la relation hote/bactérie
• Pouvoir pathogène ou pathogénicité: Ensemble des mecanismes conditionnant le type de maladie dependant
d’une bactérie (Notion qualitative) Virulence: Notion quantitative
• Virulence : capacite de la bactérie a declencher une maladie infectieuse. Elle est définie par la dose
infectante.
• Bactéries pathogènes : bactéries capables de provoquer une maladie chez un sujet dont les mecanismes de
defense sont normaux (tuberculose, typhoide, cholera)
• Bactéries opportunistes : Bactéries pouvant devenir pathogenes lorsque les defenses de l’hote sont affaiblies.
Cas des bactéries bactéries commensales (E.coli, S.epidermidis), parfois des bactéries saprophytes (ex :
P.aeruginosa).
5- Classification des interactions hôtebactéries :
• Transit : absence d’implantation de la bactérie sur l’hote pour des raisons d’exigence nutritionnelle ou
physiologiques.
• Colonisation : implantation de la bactérie sur le revetement cutaneo-muqueux sans provoquer de dommage
pour l’hote.
• Portage (porteurs sains) : colonisation par bactéries pathogenes retrouvees transitoirement au niveau des
flores commensales.
• Maladie infectieuse : conflit hote-bactérie aboutissant a des lesions chez l’hote infecte (Maladie).
L’expression clinique de la maladie est le resultat complexe des multiples interactions entre la bactérie et les
defenses de l’hote.
6- Physiopathologie de l’infection :
a- Réservoir des bactéries: exogene ou endogene
→ Homme: maladie strictement humaine (IST, Meningocoque ; Malade lui-meme : Infection endogene)
→ Animaux: anthropozoonoses: brucellose, peste, maladie de lyme
→ L ’environnement : sol, l’air, les aliments = Infection exogene
b- Modes de transmission :
– Transmission directe : contamination par contact direct avec le reservoir (individu ou animal infecte)
– Transmission indirecte : contamination par l’intermediaire d’objet infecte, aliment contamine, eau,…
Notion de survie possible de la bactérie dans l’environnement pendant un certain delai.
– Transmission horizontale (contamination interhumaine) ≠ verticale (in utero).
c- Différentes voies de contamination :
– Digestive : ingestion d’eau ou aliments souillés (ex : cholera, typhoide)
– Respiratoire : inhalation d’aérosols contaminés (ex : legionellose, coqueluche)
– Cutanée : inoculation par contact (plaie souillée) (ex : tetanos, surinfections de plaie)
– Transcutanée : inoculation iatrogène (injection, catheter) ou par piqure d’insecte vecteur de bactéries (ex :
peste, maladie de Lyme)
– Sexuelle : infections sexuellement transmissibles (ex : syphilis, urethrite)
d- Rencontre hôte/bactérie peut se faire:
→ Soit juste avant le developpement de l’infection
→ Soit parfois longtemps avant: existence d’une phase asymptomatique
→ Soit avant naissance, in utero
Notion de période d’incubation: De quelques jours à plusieurs années (Lèpre)
e- Eléments de physiopathologie :
Etape 1: Colonisation, elle est dependante de l’adhésion bactérienne
Etape 2 : Invasion (bactéries invasives), franchissement de la barriere cutaneo-muqueuse associee au
developpement d’une inflammation non specifique au niveau de la porte d’entree. (pneumonie, inf urinaire,..)
Etape 3: dissémination a partir de la porte d’entree, par voie sanguine (bactériemie) ou lymphatique:
metastases septiques(endocardite, osteite, meningite...)
f- Modes d’infection: 3 modes (schéma 4)
– Toxi-infection simple : Toxine ingeree ou produite dans la lumiere intestinale est seule responsable du
pouvoir pathogène. Ex : Toxi-infections alimentaires a S.aureus.
– Colonisation suivie d’une toxi-infection : Adhesion de la bactérie et colonisation. Secretion de toxines
responsables du pouvoir pathogène. L’adhésion à des cellules- cibles renforce l’efficacite de l’action des
toxines en permettant leur production in situ. Ex : Clostridium tetani (Tetanos).
– Colonisation suivie d’une invasion bactérienne : Adhesion colonisation , puis invasion du tissu sous
epithelial. La plupart des bactéries rencontrées en pathologie infectieuse sont des bactéries invasives+++.

Schéma 1

Schéma 2

Schéma 4

Schéma 3
Mécanismes d’action des Antibiotiques
Modes de résistance aux Antibiotiques
Introduction :
En 1928 a eu lieu la découverte de la pénicilline G par A. Fleming → Espoir de juguler l'ensemble des
maladies infectieuses → L’émergence de la résistance bactérienne aux antibiotiques: fin à cette « fatale
illusion » due principalement au mésusage des antibiotiques: humain, animal, végétal
 La montée des résistances, phénomène:
- Ancien, universel
- Observé pour toutes les espèces bactériennes
- Problème de multirésistances, impasse thérapeutique
- Course de vitesse : micro-organismes et la recherche..
- Coût humain et financier
• 700.000 décès par an, dont 50.000 en Europe et aux Etats-Unis. On prévoit jusqu'à 10 millions de
décès par an d'ici 2050, soit autant que le cancer « A moins que les nombreux acteurs concernés agissent
d’urgence, de manière coordonnée, le monde s’achemine vers une ère postantibiotique, où des infections
courantes et des blessures mineures qui ont été soignées depuis des décennies pourraient à nouveau tuer »
• En octobre 2015, l’OMS a lancé le Système mondial de surveillance de la résistance aux
antimicrobiens (GLASS).
La lutte contre la résistance aux antibiotiques : urgence mondiale → 4 niveaux d’action
- Optimisation de l’usage des antibiotiques
- Surveillance
- Approfondir les recherches
- Sensibilisation des populations

I- LES ANTIBIOTIQUES
1- Définition:
Substance d’origine naturelle, hémi-synthétique ou synthétique, ayant la capacité d’arrêter la
multiplication ou de détruire des bactéries à faible concentration et sans toxicité pour l’hôte.
- Agissent à très faibles doses Activité d’un ATB
- Action très spécifique: cible
- Toxicité sélective
- Inhibent ou tuent leur cible
- Pas toujours sans effets secondaires

2- Les effets des ATB : (schéma1)


Bactériostatique : l’antibiotique inhibe la croissance bactérienne
Bactéricide : l’antibiotique détruit la bactérie
Nul : résistance vis-à-vis de l’antibiotique
3- Spectre d’activité des ATB : Schéma 1

Définit par la liste des espèces « sauvages » sur lesquelles ils sont susceptibles d’être actifs:
Spectre large: ATB qui peuvent agir théoriquement sur la majorité des espèces pathologiques à Gram + et
à Gram -
Spectre étroit ou très étroit: ATBS à action plus limitée
Intègre 3 types de données:
- Activité in vitro déterminée au laboratoire sur des populations bactériennes provenant d’isolats
cliniques récents
- Données pharmacocinétiques/pharmacodynamiques
- Données cliniques: infections vis à vis desquelles le traitement est réputé efficace
Figure dans les “mentions légales ” Résumé de caractéristique de produit - AMM (VIDAL). Situe la
probabilité globale de succès d’un traitement en fonction des bactéries impliquées dans une pathologie
donnée. Régulièrement réactualisé en raison des variations épidémiologiques des résistances.
4- Principes de classification des ATB :
o Même structure chimique de base leur conférant un même mécanisme d’action
o Même origine
o Mode d’action
o Spectre anti-bactérienne

4.1 Les Familles d’ATB:


Même structure chimique de base leur conférant un même mécanisme d’action antibactérienne
Subdiviser en Groupe et sous groupes:
- Fonction de leur spectre d’activité
- Différencier par leurs propriétés pharmacologiques

a) Les β lactamines +++: Famille qui ont en commun le noyau; bétalactame. 4 groupes:
– GROUPE I : Les Pénames (pénicillines) ; Les carbapenems (imipénème) ; Les oxapénames ou clavam
(acide clavulanique)
– GROUPE II : Les cephems (Céphalosporines, Céphamycines) ; Oxacephems: lamoxactam
– GROUPE III: Monabactam (aztreonam)
b) Les autres familles d’ATB :
o Glycopeptides: vancomycine, teicoplanine
o Aminosides: gentamicne, tobramycine, amikacine...
o Quinolones et fluoroquinolones
o Macrolides-lincosamides-Streptogramines, Kétolides
o Cyclines, minocycline et doxycycline
o Phénicolés Noyau -lactame
o Nitro-imidazolé
o Sulfamides et triméthoprime
o Oxazolidinones: linezolide
o Fosfomycine A.fusidique, polymyxine, polypeptide, novobiocine, nitrofuranes
o Antituberculeux: Rifamycine, isoniazide, pyrazinamide, ethambutol, ethionamide, PAS, cycloserine,
capreomycine

II- MODE D’ACTION DES ANTIBIOTIQUES


1- Conditions d’action des ATB :
➢ Posséder une cible bactérienne spécifique
➢ Y accéder sous forme active
➢ Interagir efficacement avec la cible, en l’inactivant
→ Si l’une de ces conditions n’est pas remplie, la bactérie est résistante à l’antibiotique.

2- Mode d’Action des antibiotiques :


Deux grands lieux d’action:
- La paroi
- L e cytoplasme
Cinq modes d’action sur :
- La synthèse du peptidoglycane de la paroi
bactérienne
- Altération des enveloppes
- La synthèse des protéines
- La synthèse des acides nucléiques
- Le métabolisme intermédiaire de la bactérie
2.1 Action sur la synthèse du peptidoglycane
(PG) :
• Bêtalactamines • Glycopeptides • Fosfomycine
Synthèse du peptidoglycane (PG) :
Intracytoplasmique : Synthèse d'UDP-acétylmuramylpentapeptide, terminé par le D alanyl- D-alanine.)
Membranaire: Polymérisation au niveau de la MP
Pariétale : Polymérisation par transpeptidase , transglycosylase, et régulée par une carboxypeptidase qui
sont des PLP. Le nombre et la nature des PLP varient selon les espèces.
a) Bétalactamines :
• Mode d’action :
- Analogie structurale avec la D-alanyl-Dalanine
- Fixation aux PLP, complexe covalent
- Effet dépend de l’affinité envers les PLP, en particulier pour la cible essentielle
- Relation entre [ATB] et nombres de PLP inhibés
- Bactéries en phase de multiplication
- Altération pariétale, activation autolysines
- Bactéricide temps dépendant
• Pénétration de la bactérie :
→ Cible : PLP, la paroi est le seul obstacle. Pour les :
BGP: pénétration aisée à travers le PG (sauf E. faecalis)
BGN :
• β-lactamines hydrophiles <600D:
- Passage passif par porines++++,
- Vitesse depend de la taille, l’hydrophilie, la charge électrique
- Diminution ( efflux, blase, liaison aux PLP)
• β-lactamines lipophiles : passage marginal à travers la bicouche lipidique de membrane externe
b) Glycopeptides : Vancomycine, teicoplanine ( plutôt lipoglycopeptide): PM 1500-2000d
• Pénétration :
Gram + : facile
Gram – : grande taille empêche de traverser les porines/ inactifs sur les GN
• Mode d’action :
Se complexe avec les D-Ala-D-Ala des précurseurs du PG lorsqu’ils émergent de la membrane
cytoplasmique: inhibition de l’élongation
Bactéricidie lente, Mécanisme de lyse méconnu
c) Fosfomycine : BACTERICIDE
• Petite molécule : franchit les porines et le peptidoglycane
• Inhibition de la phase cytoplasmique de synthèse du PG : Analogie avec phosphoenolpyruvate , le
substrat de la pyruvyltransférase
• Bactéricide
d) Autres antibiotiques :
Les dérivés de l’acide isonicotinique: Isoniazide, pyrazinamide, éthionamide et prothionamide
→ Bloquent, par analogie structurale avec le NAD, les enzymes de biogenèse des acides mycoliques
→ Inhibent la formation de l’arabinogalactane,
L’éthambutol : BACTERICIDE
→ Inhibe des arabinosyl-transférases
→ Bactéricide
2.2 Altération des enveloppes membranaires :membrane externe et membrane cytoplasmique :
• Polymixines • Daptomycine
a) Polymyxines : Polypeptide cyclique: méthane sulfonate anionique et sulfate de colistine cationique
• Mode d’action:
➢ Cible: membrane cellulaire
- Diffusion médiocre
- Interaction électrostatique initiale avec les composées de la membrane externe des BGN
-  Perméabilité de la membrane , Mort cellulaire
- Activité anti endotoxine : très rapide
➢ Ce mécanisme d’action peut être synergique avec ATB apparaissant résistants sur
l’antibiogramme: intérêt de tester les associations avec la colistine
→ Bactéricide très rapide, concentration dépendante

b) Daptomycine (CUBICIN) :
Glycolipopetide cyclique actifs seulement sur les BGP
Dépolarisation membranaire avec fuite de potassium
Arrêt de synthèse : protéine, ADN, ARN
Actif sur bactérie en phase stationnaire
2.3 Action sur la synthèse des protéines :
• Aminosides •MLSK • Tétracyclines/ glycylcycline • Acide fucidique, Linézolide,
Chloramphénicol
a) Aminosides : BACTERICIDES
Polycations, se concentrent dans l'environnement immédiat des bactéries
• Pénétration :
Rapide par les porines des GN, Traversée aisée du PG
Traversée de membrane cytoplasmique: systèmes de transport actifs en deux phases énergie dépendantes
(EDP I et EDP II)
Bactéries anaérobies stricts ou aéro-tolérants : peu ou pas sensibles
• Mode d’action :
Fixation sur l’ARN ribosomal 16S de la sous-unité 30S du ribosome.
Altération de toutes les étapes de la synthèse protéique et donc des protéines membranaires
Bactéricide rapide et profonde , effet post ATB
b) Macrolides-Linciosamides-Streptogramines- Ketolides (MLSK) : BACTERIOSATIQUES
ATBs chimiquement différents, similitude des mécanismes d’action
Liaison réversible à l’ARN
Inhibition de la transpeptidation et la translocation
Ketolide (télithromycine) bloque l’assemblage des S/U 30 S et 50 S
ATBs Bactériostatiques
c) Tétracyclines/ glycylcycline : BACTERIOSTATIQUES
• Pénétration :
Large spectre y compris Bactéries/intracellulaires
Traverse la membrane cytoplasmique par les porines ou la bi-couche des phospholipides
Diffusion passive mais aussi transport actif
• Mode d’action:
Fixation réversible à la sous-unité 30S des ribosomes empêchant
l’attachement des Aminoacyl- tRNA au site A du ribosome.
Inhibition addition d'acides aminés pour le peptide (élongation).
→ Effet: Bactériostatiques

d) Autres ATB à action sur la synthèse des protéines :


L’Acide fucidique: BACTERISATIQUE
→ ATB hydrophobe , actif seulement sur les BGP
→ Inhibiteur de la phase d’élongation des synthèses protéiques
→ Bactériostatique
Linézolide / oxazolidinones ( Zyvoxid) :
→ Inhibe la synthèse protéique en se liant au site P de la S/U ribosomale 50S et empêcher la formation
du complexe d’initiation.
→ Arrête la synthèse des protéines avant qu'il ne commence.
→ Bactéricide sur les strepto
Chloramphénicol: BACTERIOSTATIQUE
→ Attachement à la sous-unité 50S (au site A)
→ Inhibe la phase d’élongation empêchant l’attachement des AminoacyltRNA au site A du ribosome;
→ Bactériostatique

2.4 Action sur la synthèse des acides nucléiques :


• Quinolones/Fluoroquinolones • Rifamycines et Rifampicine
• Nitro- imidazoles, Nitrofuranes, Novobiocine
a) Quinolones/Fluoroquinolones : BACTERICIDES
• Quinolones actifs sur BGN et FQ sont à spectre large
• Pénétration : mécanisme passif, non saturable, rapide (minutes)
- Petites molécules hydrophiles empruntent les Porines (Gram –)
- Peptidoglycane (Gram – et Gram +)
- Membrane cytoplasmique (Gram – et Gram +)
- Il existe un système d’efflux à bas niveau
• Mode d’action :
Cibles: enzymes de régulation du surenroulement de hélice d’ADN: les Topoisomérases
Type II (ADN-gyrase) :
- Formée de 2 S/U A et 2 S/U B
- Coupures transitoires suivies de recollage des deux brins
- Quinolne: forme un complexe ternaire irréversible: QADN-Gyrase, inhibe l’enzyme et empêche
la réparation de l’ADN et donc sa réplication
Type IV ( 2 parE et 2 parC) : même mécanisme
Bactéricides
b) Rifamycines et Rifampicine: BACTERICIDES
→ Liaison à la sous-unité β de l’ARN-polymérase bactérien, elle l’inhibe et bloque la transcription
de l’ADN en ARN-messagers
→ Rifamycines SV active sur les BGP et cocci GN
→ Rifampicine spectre plus large, anti bacillaire, active en intracellulaire
→ Bactéricide même sur les bactéries au repos

c) Nitro- imidazoles: BACTERICIDES


→ Pénétration par simple diffusion
→ Activé par la réduction de son groupement NO2, seules anaérobies et quelques micro-aérophiles
(H.pylori, Campylobacter spp, et G. vaginalis ) capables de la réaliser
→ Action : Fixation des dérivés réduits sur l’ADN , oxydation suivie d’une coupure des brins d’ADN
→ Bactéricide

d) Nitrofuranes: BACTERIOSTATIQUES / BACTERICIDES


→ Furazolidone, nifuroxazide, nitrofurantoine
→ Réservé infections intestinales et urinaires
→ Action : Apparentée à celui des imidazolés
- Réduction du groupement NO2 par les nitro-réductases des bactéries aérobies
- Fixation des dérivés réduits sur l’ADN: coupures et mutations des brins d’ADN
→ Bactériostase ou bactéricidie selon la dose

e) Novobiocine: inhibe la réplication de l’ADN

2.5 Action sur le métabolisme intermédiaire :


Sulfamides-triméthoprime:
→ Inactivation d’enzymes impliqués dans la synthèse des purines et de certains acides aminés
essentiels
→ Action :
- Sulfamides : inhibition de la Dihydroptéroate synthétase
- Triméthoprime : inhibition de la Dihydrofolate réductase
→ Effet :
- Sulfamides ou Triméthoprime : bactériostase
- Association des deux : bactéricidie
- Association des deux : bactéricidie

III- MÉCANISMES DE RÉSISTANCE


1- Définition de la résistance :
Une bactérie devient résistante à un antibiotique lorsqu’elle supporte des concentrations inhibitrices
supérieures aux concentrations que l’on peut obtenir dans l’organisme, sans en être affectée.
2- Résistances naturelles :
Espèces bactériennes qui sont naturellement résistantes à certains antibiotiques, programmées sur le
génome bactérien, donc fixes et constantes à l'intérieur du taxon
Constituent un critère d'identification
Exemples :
- Cible absente: Mycoplasmes et β- lactamines ;
- Cible peu accessible: bacilles à Gram – et Macrolides
- Cible non affine: bactéries à Gram + et Quinolones

3- Résistances acquises :
Résistances qui apparaissent chez des bactéries jusqu’alors sensibles aux ATB,
Consécutives à des modifications de l'équipement génétique chromosomique ou plasmidique
Elles ne concernent que quelques souches d'une même espèce mais peuvent s'étendre
4- Principales caractéristiques :
Émergence rapide: De quelques souches résistantes après l'introduction d'un antibiotique
Fréquence: Variable selon l’antibiotique, en augmentation
Résistance transférable: Gènes transférables comme ceux intégrés dans: plasmide, transposon ou
intégron ➔Risque de diffusion épidémique
Cumule de résistance: BMR (Bactéries Multi-Résistantes)
5- Support génétique de la résistance :
Résistance naturelle : chromosomique
Résistance acquise :
- Résistance chromosomique : secondaire à une mutation portant sur le chromosome
→ Mutations au hasard dans le génome bactérien soit:
o Dans le chromosome (transmission verticale)
o Dans éléments mobiles (transmission verticale /horizontale)

- Résistance extra-chromosomique : par acquisition de Gènes


→ Acquisition d’ADN étranger provenant d’autres bactéries (transposon, plasmide, intégron) 4
procédés:
o Conjugaison (plasmide)
o Transduction (virus bactériophage)
o Transformation (fragment d’ADN provenant d’une bactérie morte)
o Transposon (gènes sauteurs) : du chromosome à un plasmide ou de plasmide à plasmide.

6- Mécanismes biochimiques de résistance : Quatre grands mécanismes


• Imperméabilité • Efflux • Modification de la cible • Enzymatique : le plus fréquent
a) Interférence avec le mécanisme de transport de type imperméabilité : (schéma a)
→ Défaut d’entrée de l’ATB dans la bactérie (Bactéries à Gram -)
• Les porines (Omp ou Opr) :
- Canaux protéiques hydrophiles qui laissent diffuser diverses
molécules de faible masse moléculaire comme les ATB.
- Dysfonctionnement ou perte: imperméabilité
- Un ATB touché ou plusieurs familles d’ATB
- Niveau de résistance variable
- Exemple: ß-lactamines, quinolone, tétracycline...

b) Interférence avec le mécanisme de transport de type efflux : (schéma b)


→ Extrusion de l’ATB de la bactérie (Bactéries à Gram + ou à Gram -)
- Spécifique d’un ATB ou touchant plusieurs familles d’ATB
- Niveau de résistance variable
- Exemple: chez ß-lactamines, protéines MexAB/OprM,….

c) Inactivation de l’antibiotique : (schéma c)


→ Sécrétion d’enzymes+++
- Mécanisme de résistance très fréquent, très important
et très varié
- Exemple: les ß-lactamases, au moins 350 enzymes maintenant
identifiées (Pénicillinase chez S. aureus ; Pénicillinase chez
E. coli ;BLSE ; Carbapénémases)

d) Modification d’affinité de la cible : (schéma d)


→ Affinité diminuée ou cible modifiée
- Niveau de résistance variable
• Exemples:
o S. aureus résistant à la méticilline (SARM): mutation de la PLP2a → R à toutes les b-
lactamines
o Streptococcus pneumoniae: modification de PLP → Sensibilité diminuée aux Pénicillines
o Entérobactéries résistantes aux quinolones: mutation de l’ADN gyrase

IV- MOYENS DE DÉTECTION DES RÉSISTANCES

1- Moyens de détection des résistances :


• Méthodes phénotypiques: détermination des concentrations minimales inhibitrices:
– Directe : En milieu liquide ; en milieu gélosé ; en E-test
– Indirecte: Antibiogramme (Méthode de diffusion en gélose ; Méthode en milieu liquide)
• Méthodes génotypiques
2- Intérêt :
o Identification bactérienne : résistances naturelles
o Guider l’antibiothérapie
o Surveillance épidémiologique de la résistance aux ATB

3- Indications :
Systématique : Infections sévères : septicémies, méningites, terrains particuliers (patient neutropénique,
…) ; Autres infections (chaque fois que la souche isolée est considérée comme pathogène)
Inutile :
• Sensibilité constante aux traitements de référence
• Absence de corrélation d’activité in vivo / in vitro
• Souche isolée sans responsabilité dans l’infection : germe commensal ou contaminant, culture non
significative

4- Paramètres de l’activité in vitro desantibiotiques :


CMI : la plus faible concentration d’antibiotique ne permettant pas une croissance visible d’une
population bactérienne initiale (meilleure corrélation clinique : la plus utilisée)
CMB : plus faible concentration d’antibiotique laissant subsister moins de 0,01% (tue 99,99%) d’une
population bactérienne initiale
Action bactéricide: CMB<32*CMI ➔ Destruction
Action bactériostatique : CMB >32*CMI ➔ Inhibition du développement et de la reproduction
5- Concentrations critiques pour un ATB: définition fonction
Critères pharmacodynamiques / pharmacocinétiques: Posologie standard / forte posologie
Répartition des populations sauvages: Concentrations critiques par espèce
Expérience clinique: relation CMI /guérison clinique–succès microbiologique
6- Catégorisation clinique sensible :
Pas de résistance naturelle de l’espèce
CMI basse ≤ c (concentration critique inférieure)
Pas de mécanisme de résistance acquis interférent
(lecture interprétative)
Catégorisation clinique S
7- Catégorisation clinique résistante :
Résistance naturelle de l’espèce
CMI élevée > C (concentration critique supérieure)
Mécanisme de résistance acquis surajouté possible (lecture interprétative)
Catégorisation clinique R
8- Catégorisation clinique intermédiaire :
Moindre sensibilité in vitro c < CMI ≤ C
Mécanisme de résistance naturel ou acquis: Incertitudes techniques
Catégorisation clinique Intermédiaire : Incertitude in vivo
9- Définition clinique de S, I et R :
Sensibles (S) : souches pour lesquelles la probabilité de succès thérapeutique est forte dans le cas d ’un
traitement par voie systémique avec la posologie recommandée dans le résumé des caractéristiques du
produit
Résistantes (R) : souches pour lesquelles il existe une forte probabilité d’échec thérapeutique quels que
soient le type de traitement et la dose d’antibiotique utilisée
Intermédiaires (I) : souches pour lesquelles le succès thérapeutique est imprévisible.
10- Méthodes phénotypiques :
a- Antibiogramme en milieu gélosé :
Réalisé pour vérifier la sensibilité des pathogènes aux différents antibiotiques
Disques de papiers pré imprégnés d’ATB:
Déposés à la surface d'un milieu gélosé préalablement ensemencé avec une souche bactérienne pure
L’ATB diffuse à partir du disque selon un gradient de [c]
Compétition : croissance bactérienne/diffusion d’ATB: zone d’inhibition
• Principe de l’antibiogramme en gélosé :
Disques de papiers pré imprégnés d’ATB déposés à la surface d'un milieu gélosé préalablement
ensemencé avec une souche bactérienne pure. L’ATB diffuse à partir du disque selon un gradient de [c]
Compétition : croissance bactérienne/diffusion d’ATB: zone d’inhibition
Lecture interprétative : fonction : à partir du diamètre de la zone d’inhibition → déduction du
mécanisme biochimique et catégorisation clinique en Résistant, Sensible ou Intermédiaire
• Techniques de synergie avec inhibiteur :
→ Met en évidence les bêtalactamases à spectre étendu (BLSE)
→ Test de Hodge : Met en évidence les carbapénèmases
• Avantages et Inconvénients :
- Avantages:
→ Méthode standardisée
→ Facilité d’exécution
→ Lecture visuelle
→ Vérification de l’identité de la souche testée
- Inconvénients:
→ Détecte mal certaines résistances,
→ Bactérie de culture difficile
→ Interprétation parfois difficile

b- Antibiogramme en milieu liquide :


Technique partiellement ou totalement automatisable. Utilisent une ou deux concentrations
d’antibiotiques lyophilisés dans des galeries commercialisées : remise en suspension par l’inoculum
bactérien. Nécessitent un dispositif de lecture
11- Méthode génotypique :
Permet de mettre en évidence le ou les gènes de résistance par biologie moléculaire ( Exple : Gène mec
A pour Staphylococcus aureus ; Gene rpoB et résistance à la rifampicine)
• Intérêt:
→ Rapide
→ Directement sur produit pathologique,
→ Bactéries à croissance difficile

12- Critères de choix d’un antibiotique :


a- Critères bactériologiques : bactérie
- Nombre d’espèces pathogènes
- Identification précise
- Profil de sensibilité
b- Critères pharmacologiques : antibiotique
- Spectre d’activité
- Absorption
- Diffusion
- Elimination
- Toxicité
c- Critères épidémiologiques: écologie bactérienne
d- Critères individuels : patient
- Age
- Pathologies sous-jacentes
- Grossesse et allaitement
- Degré d’urgence

Schéma a Schéma b

Schéma c

Schéma d
Action sur la synthèse des protéines: Récapitulatif
• Aminosides: Bactéricides
o Fixation sur la sous-unité 30S du ribosome.
o Inhibition de l’élongation de la chaîne peptidique
• Macrolides et apparentés: Bactériostatiques
o Liaison de façon réversible à la sous unité 50S des ribosomes (site P) inhibant la transpeptidation et la
translocation
• Tétracyclines: Bactériostatiques
o Fixation réversible à la sous-unité 30S des ribosomes empêchant l’attachement des Aminoacyl- tRNA au site A
du ribosome
• Chloramphénicol: Bactériostatique
o Attachement à la sous-unité 50S (au site A) empêchant l’attachement des Amino-acyltRNA au site A du
ribosome;
• Acide fucidique:
o Inhibiteur de la phase d’élongation des synthèses protéiques

Action sur la synthèse des acides Nucléiques : Récapitulatif


• Quinolones/Fluoroquinolones: Bactéricides
o Inhibition de la réplication de l’ADN en antagonisant la sous-unité de la gyrase A
• Rifampicine: Bactéricide
o Bloque la transcription de l’ADN en ARN-messagers par la liaison à la sous-unité β de l’ARN-polymérase
bactérienne ;
• Nitro- imidazoles: bactéricides
o Ces dérivés réduits provoquent des coupures des brins et déroulement de l’ADN
• Nitrofuranes: cible principale ADN
• Novobiocine: inhibe la réplication de l’ADN
LE DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE
Introduction
Place importante de du laboratoire de microbiologie
→ Partenaire dans l’approche d’un meilleur diagnostic des maladies infectieuses, primitives ou associées aux soins
Évolution
→ De la microbiologie: connaissances fondamentales et techniques de diagnostic microbiologique
→ De la pathologie infectieuse ( émergence, réémergence d’agents pathogènes), de la résistance aux antibiotiques
Impact clinique et économique d’un échec thérapeutique
La collaboration du bactériologiste avec l’infectiologue et l’épidémiologiste, indispensable pour la maîtrise des risques
infectieux
Les objectifs de l’examen bactériologique :
✓ Confirmer l’infection
✓ Isoler et identifier l’agent causal
✓ Étudier sa sensibilité aux antibiotiques
✓ Étayer une enquête épidémiologique
✓ Orienter les mesures thérapeutiques et prophylactiques
✓ Deux types d’examens bacteriologiques: direct et indirect
 Bonne indication des examens bactériologiques
 Optimiser le diagnostic, le traitement et la prévention

I- Le Diagnostic Bactériologique Direct


1- La phase pré-analytique : Les prélèvements
Deux grandes catégories sont distinguées :
- Prélèvement à visée épidémiologique:
• Surveiller l’écologie microbienne du malade ou du service
• Détecter les colonisations de bactéries résistantes aux antibiotiques
- Prélèvement à visée diagnostique:
• Mettre en évidence une bactérie ou des bactéries nommément pathogènes ou responsables de surinfections
Prélèvements de qualité avant le début de toute antibiothérapie
- Identification nature et lieu
- Renseignements cliniques
- Transport rapide, milieux adéquats : flacons d’hémoculture, écouvillons mousses, milieux gélosés/les
anaérobies
Site normalement stérile
- Hémoculture, LCR, Liquide articulaire, pleurale, ….
- Infections pulmonaires: prélèvements protégés.
Site normalement non stérile: Urine, selles, pus superficiel …
Il ne faut pas hésiter à interroger le laboratoire avant de réaliser le prélèvement.
Éviter de recueillir d’autres bactéries que celles qui sont responsables de l’infection.
Présence de matériel étranger : prélever le liquide d’écoulement (urine, produit de drainage) ou le tissu avoisinant et
non le matériel lui-même seul.
Sonde urinaire ou redon: inutile
Devant toute suspicion d’infection profonde :
- Prélèvements superficiels
- Prélèvements centraux, en particulier des hémocultures
Différentes étapes de l’examen bactériologique direct
→ Macroscopie
→ Microscopie 1H (Examen direct à l’état frais ; Examen direct après coloration de Gram,…)
→ Cultures >24H
→ Identification 24H
→ Études de la sensibilité 24H
→ Détection d’antigène 1H
→ Détection de gène 2H à 24H

L’examen direct
L’examen roi de la microbiologie :
- État frais
o Cellules (hématies, leucocytes)
o Bactéries (forme / mobilité)
- Repose sur la coloration de Gram: frottis (centrifugation) ou apposition
Grande valeur d’orientation
Interprétation correcte : expertise du microbiologiste
Examen qualitatif : données visuelles
Validité et utilité, dépend de la bonne qualité du prélèvement et de l’orientation clinique
La présence de PN plaide en faveur de la réalité de l’infection du site prélevé
En leur absence, remise en question de l’opportunité de l’antibiothérapie
La présence de flore bactérienne: antibiothérapie adaptée