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Réplication.

I\ Généralités.

A\ Les expériences de Taylor (1957- incorporation de thymidine 3 H) et de Meselson et Stahl (1958-incorporation de 15 N) ont permis de démontrer que la réplication s’effectue par un mécanisme semi-conservatif (les deux autres hypothèses impliquaient des modèles conservatif ou dispersif).

B\ En 1960, par une expérience de Pulse-Chase en thymidine 3 H, Cairns a montré que la réplication s’effectuait de manière bidirectionnelle à partir d’une (procaryotes) ou de plusieurs origines de réplication (eucaryotes : le nombre d’origines de réplications dépend de la taille du génome à répliquer - la phase S dure environ 2h - et peut atteindre plusieurs milliers). Chaque origine de réplication est donc constituée de deux fourches de réplication.

La réplication est une réaction rapide : 1000 nucl./sec/fourche de réplication chez les bactéries et 50 nucl./sec chez les mammifères. Chez ces derniers, la réplication s’accompagne de la synthèse protéique des histones qui s’assemblent pour former la structure chromatinienne. Cette étape supplémentaire ralentit la vitesse de polymérisation. Enfin, la réplication est une réaction asymétrique qui s’effectue uniquement dans le sens 5’3’. Cette asymétrie est liée à l’activité des ADNs polymérases :

- nécessité d’avoir une amorce ;

- le dernier résidu de l’amorce doit être apparié et avoir un groupement hydroxyle libre

(3’OH) ;

- nécessité d’avoir une matrice ;

- le nucléotide triphosphate entrant apporte l’énergie nécessaire à la formation de la liaison phosphodiester. On distingue ainsi au niveau de chaque fourche de réplication, un brin précoce qui subit une synthèse continue et un brin tardif dont la synthèse s’effectue de manière discontinue dans un sens opposé à celui de la progression de la fourche de réplication.

II\ Mécanisme.

On distingue trois étapes au cours de la réplication : initiation, élongation, terminaison.

A\ L’initiation.

Une protéine d’initiation reconnaît une séquence particulière correspondant à l’origine de réplication. Une ADN hélicase se fixe sur cette protéine d’initiation et va dérouler la double hélice en se déplaçant le long de la chaîne. Des protéines vont stabiliser 1’ADN sous forme simple brin (SSB : Single Strand Binding protéine ou HDP : Helix Destabilizing Protéine) Enfin, une ARN primase va se fixer au niveau de l’ADN hélicase et constituer ainsi le primosome. Cette enzyme va synthétiser de courtes séquences d’ARN (10 nucl.) qui vont par la suite servir d’amorce à l’ADN polymérase. Une fois que l’ADN est localement sous forme simple brin (hélicase et SSB), et que la primase a synthétisé une amorce, l’ADN polymérase peut commencer la synthèse du brin complémentaire au brin parental. Au bout de quelques déoxyribonucléotides incorporés, l’initiation est terminée.

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B\ L’élongation.

Pour que la fourche de réplication puisse continuer à avancer il faut dérouler la double hélice. Il faudrait que chaque double brin d’ADN parental (dans le cas d’un génome linéaire) tourne sur lui même à une vitesse d’environ 5 tours/sec chez un eucaryote et 100 tours /sec chez un procaryote. L’énergie ainsi libérée reviendrait à faire bouillir les cellules !!! Une solution plus compatible avec la vie consiste à faire une coupure sur l’un des deux brins de la matrice, à laisser ce brin tourner autour de l’autre puis à le raccrocher ; c’est le rôle

des topo isomérases de type I.

Dans le cas des génomes circulaires, c’est l’intervention de deux topo isomérases de type II (qui coupe les deux brins d’ADN) dont la gyrase qui va permettre de séparer les deux brins parentaux. Ces problèmes de contraintes structurales réglés, l’ADN polymérase va pouvoir synthétiser en continu à partir d’une chaîne parentale un nouveau brin d’ADN, le brin précoce. Par contre sur l’autre chaîne parentale, la synthèse s’effectue de manière discontinue. La primase va régulièrement synthétiser des amorces d’ARN à partir desquelles l’ADN polymérase va synthétiser les fragments d’Okasaki. Ces fragments sont reliés les uns aux autres par l’ADN ligase, après que l’ADN polymérase ait dégradé l’amorce ARN (grâce à son activité exonucléase 5’3’) puis re-synthétisé la partie manquante.

C\ La terminaison.

Dans le cas d’un ADN circulaire (procaryotes), la terminaison est réalisée lorsque les deux

fourches de réplication se rencontrent (la topo isomérase de type IV assure l’étape de ligation).

Pour l’ADN linéaire, les fourches de réplication s’arrêtent soit lorsqu’elles rencontrent une autre fourche de réplication, soit lorsqu’elles arrivent à l’extrémité d’un chromosome. Pour les génomes linéaires eucaryotes, une télomérase permet d’ajouter quelques nucléotides à l’extrémité du brin tardif, de manière à ne pas raccourcir les chromosomes à chaque réplication.

à l’extrémité du brin tardif, de manière à ne pas raccourcir les chromosomes à chaque réplication.

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Transcription

Chez les procaryotes, un gène est défini structurellement comme une séquence d’ADN comprenant un promoteur, un site d’initiation et un site de terminaison. Chez les eucaryotes, il faut compléter cette définition par la présence d’introns localisés à l’intérieur de la partie transcrite du gène. D’autre part, il existe chez les procaryotes des gènes organisés en opérons (voies métaboliques) et donnant des ARNm polycistroniques. Mais on trouve également des gènes de structure plus simple ne contenant, comme chez les eucaryotes, qu’une seule unité de traduction.

chez les eucaryotes, qu’une seule unité de traduction. L’unité de transcription d’un gène correspond à la

L’unité de transcription d’un gène correspond à la séquence présente dans le transcrit primaire d’ARN.

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Chez les procaryotes comme chez les eucaryotes, la transcription est divisée en trois étapes initiation,

Chez les procaryotes comme chez les eucaryotes, la transcription est divisée en trois étapes initiation, élongation et terminaison.

I\ Transcription chez les procaryotes.

L’ARN polymérase ADN dépendante est une enzyme formée de plusieurs sous-unités le core-enzyme a la structure 2’ et l’holoenzyme 2chez E. coli. Elle polymérise les nucléotides dans le sens 5’3’ à partir d’un promoteur. Cette enzyme n’a pas besoin d’amorce, n’utilise qu’un brin comme matrice et progresse à une vitesse d’environ 30 nucl./sec.

A\ L’initiation.

L’initiation de la transcription se fait au niveau d’une séquence appelée promoteur. Ce promoteur est constitué de deux séquences très conservées, situées respectivement 35 et 10 pb en amont du site d’initiation de la transcription (+1).

en amont du site d’initiation de la transcription (+1). Le core- enzyme a une affinité faible

Le core-enzyme a une affinité faible pour les séquences d’ADN double brin. Par contre la présence du facteur dans l’holoenzyme confère à l’ARN polymérase une très forte affinité pour le promoteur. L’holoenzyme explore donc l’ADN par liaison non spécifique et se lie fortement aux régions promotrices qu’elle dénature localement pour commencer la transcription. L’initiation va durer le temps que la polymérase associe 7 ou 8 ribonucléotides sous forme d’un polymère hybridé au brin matrice. Comme le core-enzyme présente une très forte affinité pour les hétéroduplexes ARN/ADN, le facteur se décroche et c’est le core-enzyme qui va seul continuer la transcription.

B\ L’élongation.

Le core-enzyme continue la polymérisation tout en déroulant l’ADN en aval et en le ré enroulant une fois la séquence copiée. En amont du site de polymérisation on trouve un hybride ARN/ADN d’environ 17pb.

C\ La terminaison.

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Aucune homologie de séquence n’a été retrouvée sur l’ADN au-delà du dernier nucléotide présent à l’extrémité 3’ d’ARN procaryotes. Par conséquent, les signaux de terminaison sont localisés dans la partie déjà transcrite de l’ARN. D’autre part, on ne retrouve pas de séquence consensus dans cette région mais plutôt une structure conservée. Cette structure est une épingle à cheveux qui mobilise les nucléotides de l’ARN normalement impliqués dans l’hybride ARN/ADN. Cette structure secondaire contient en général une forte proportion de G/C suivit d’une région riche en U. Le raccourcissement de l’hétéroduplexe et le faible taux de liaisons hydrogènes restant déstabilisent l’hybride ARN/ADN et le core-enzyme se décroche. Certains terminateurs possèdent trop peu de G/C dans la région correspondant à l’épingle à cheveux pour que cette structure ne se forme pas. Un facteur supplémentaire (facteur ) va alors stabiliser cette structure secondaire. On parle dans ce cas de terminaison dépendante par opposition aux terminaisons indépendantes.

D\ Les ARNs polycistroniques.

Certains gènes procaryotes sont rassemblés en opérons structures qui renferment plusieurs gènes, impliqués dans une même voie métabolique, sous le contrôle d’un même promoteur. On retrouve donc au sein d’un même ARN, des séquences codant pour plusieurs protéines.

même ARN, des séquences codant pour plusieurs protéines. II\ Transcription chez les eucaryotes. Il existe chez

II\ Transcription chez les eucaryotes.

Il existe chez les eucaryotes trois ARN polymérases différentes:

ARN polymérase 1 : transcription des ARN ribosomiques ARN polymérase 2 : transcription des ARN messagers et ARNsn ARN polymérase 3 : transcription des ARN de transfert et des ARNr 5S. Ces ARN polymérases sont de grosses protéines multimériques présentant des propriétés différentes. Chez les eucaryotes le mécanisme de base de la transcription est identique à ce qui a été décrit pour les procaryotes. Cependant, la structure des promoteurs est différente et les transcrits primaires obtenus sont toujours monocistroniques. Enfin, une des différences

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majeures concerne les modifications post-transcriptionnelles des ARN eucaryotes; ARNr (sauf le 5S) : méthylation, bases modifiées (par ex : UU-pseudoU) et épissage ARNt : méthylation, épissage et bases modifiées (UWU) ARNr 5S : pas de modification ARNm : coiffés, épissés et polyadénylés. Certaines adénines peuvent également être méthylées

A\ Maturation des ARNr.

peuvent également être méthylées A\ Maturation des ARNr. B\ Capping. Au cours de la transcription, lorsque

B\ Capping.

Au cours de la transcription, lorsque les ARNs atteignent 20 à 30 nucléotides de longueur, une 7 méthyl-guanosine est ajoutée sur le premier nucléotide en 5’, par une liaison phosphodiester 5’5’. Tous les ARNm sont coiffés excepté les ARNm codant pour les histones. Il existe trois types de coiffes que l’on distingue en fonction de leur taux de méthylation -CAPO : seule la guanosine est méthylée en position 7 -CAP1 : CAPO + méthylation du C2’ du premier nucléotide et parfois de l’hétérocycle -CAP2 : CAP1 + méthylation du CT du second nucléotide

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C\ Polyadénylation. A la fin de la transcription, l’extrémité 3’ de l’ARNm est clivé au

C\ Polyadénylation.

A la fin de la transcription, l’extrémité 3’ de l’ARNm est clivé au niveau d’une séquence

conservée hexamérique (AAUAAA) puis une extrémité poly A est rajoutée. Par la suite cette queue polyA sera raccourcie dans le cytoplasme.

suite cette queue polyA sera raccourcie dans le cytoplasme. D\ Epissage. A la fin de la

D\ Epissage.

A la fin de la transcription, alors que le polyA vient d’être rajouté, les introns vont être

éliminés. Les introns font donc partie du transcrit primaire et sont absents de l’ARN mature. Le

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mécanisme d’épissage se fait grâce à l’intervention de particules ribonucléo-protéiques appelées les snRNP (U1 à U6). Chacune de ces particules est formée d’un ARN et de plusieurs protéines. Un type d’épissage est décrit dans la figure ci dessous :

I : Structure du transcrit primaire II : U1 reconnaît le site 5’ d’épissage par interaction ARN/ARN ; III : U2 reconnaît le site de branchement par le même type d’interaction ; IV : l’hétérotrimère U4/U5/U6 se lie. U5 reconnaît le site 5’ d’épissage. U6 interagit avec U2. V : U1 se dissocie. U5 se déplace de l’exon à l’intron. VI : U4 se dissocie. U6 catalyse la trans-estérification - le site 5’ d’épissage est coupé et le lasso est formé. VII : Le site 3’ d’épissage est coupé et les deux exons ligaturés. L’ARN épissé est libéré. U2/U5/U6 restent accroché sur le lasso. VIII : Le lasso est “débranché”

L’ARN épissé est libéré. U2/U5/U6 restent accroché sur le lasso. VIII : Le lasso est “débranché”

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Traduction.

I\ Les différents partenaires de la traduction.

A\ L’ARNm.

L’ARNm est la matrice à partir de laquelle s’effectue la traduction des séquences nucléotidiques en séquences peptidiques chez les eucaryotes comme chez les procaryotes. Chez les procaryotes, transcription et traduction sont deux mécanismes couplés puisque ayant lieu dans un seul compartiment cellulaire. A l’inverse chez les eucaryotes, la traduction a lieu uniquement dans le cytoplasme. D’autre part, les modifications post-transcriptionnelles (capping et polyadénylation) des ARNm eucaryotes sont importantes pour la localisation du transcrit et l’efficacité de la traduction. Chez les eucaryotes, la petite sous-unité du ribosome reconnaît spécifiquement l’extrémité 5’ grâce à la présence du Cap. Chez les procaryotes, au contraire, l’extrémité 5’ n’a pas de signification particulière pour le ribosome. Celui-ci reconnaît la séquence Shine-Dalgarno (ou RBS-Ribosome Binding Site) qui est présent plusieurs fois sur un ARN polycistronique, en amont de chaque séquence codante. Cette séquence, localisée environ 8 à 10 nucléotides en amont du codon d’initiation de la traduction, est reconnue par l’ARNr 16S de la petite sous-unité du ribosome.

par l’ARNr 16S de la petite sous -unité du ribosome. B\ Les ARNt. Les ARNt sont

B\ Les ARNt.

Les ARNt sont les traducteurs qui permettent de passer d’un code à l’autre : nucléotides acides aminés. Ils portent à la fois l’anti-codon, séquence complémentaire du codon présent sur l’ARNm, et l’acide aminé correspondant à ce codon. La fonction de l’ARNt dépend de sa structure tridimensionnelle et des modifications des bases qui le constituent. Environ 10% des bases sont modifiées dans les ARNt. (Voir structure des acides nucléiques)

C\ Les ribosomes.

Ce sont des complexes ribonucléo-protéiques de grande taille composés de molécules d’ARN (ARNr) et de protéines. Ils sont composés d’une petite sous-unité qui se lie à l’ARNm et aux ARNt, et d’une grande sous-unité qui catalyse la liaison peptidique.

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II\ Principe de la traduction. Tout comme la réplication et la transcription, la synthèse protéique

II\ Principe de la traduction.

Tout comme la réplication et la transcription, la synthèse protéique est polarisée. Les ribosomes se déplacent dans le sens 5’ vers 3’ sur l’ARNm, et synthétisent le polypeptide correspondant de l’extrémité NH2 terminale vers l’extrémité COOH terminale. La séquence de l’ARNm est décodée par groupe de trois nucléotides (codon) qui correspondent à un acide aminé particulier ou aux signaux d’initiation et de terminaison. L’ensemble de cette codification constitue le code génétique dont la correspondance nucléotides acides aminés est représentée dans le tableau suivant :

acides aminés est représentée dans le tableau suivant : Parmi les principales caractéristiques du code génétique

Parmi les principales caractéristiques du code génétique on peut noter:

- Le premier nucléotide du premier codon détermine le cadre de lecture ouvert (ORF :

Open Reading Frame)

- Il n’y a pas d’espace entre des codons successifs (comme il y en a entre deux mots)

- Il y a 64 possibilités de combiner les nucléotides en codons (4 3 ). Comme il y a 20 acides aminés, il y a donc 44 codons supplémentaires. 3 correspondent à des codons stop ou non-sens, les autres sont des synonymes qui codent pour différents acides aminés (théorie du Wobble). On

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explique ainsi la dégénérescence du code génétique.

- On observe une utilisation préférentielle de certains codons pour une espèce donnée. Ainsi l’usage des codons diffère d’une espèce à l’autre.

- Enfin l’universalité du code génétique présente quelques exceptions. Par exemple, le

codon AGA correspond à une arginine dans une cellule eucaryote et à un codon stop dans une mitochondrie.

III\ Le mécanisme de la traduction.

A\ L’activation des acides aminés.

Il existe au moins 20 aminoacyl tRNA synthétases qui vont permettre la charge des acides

aminés sur les ARNt Ac. Aminé + ATP Ac. Aminé-AMP +PPi Ac. Aminé -AMP + tRNA Ac. Aminé-tRNA + AMP

B\ L’initiation.

A la différence de la réplication ou de la transcription dans lesquelles on observe une

polymérisation durant l’initiation, il n’y a pas de formation de liaison peptidique au cours de cette

étape dans la traduction. Un seul codon sert d’initiateur dans 99% des traductions : AUG. On retrouve parfois le codon GUG comme initiateur. De nombreux facteurs vont contrôler et stabiliser l’initiation Eucaryotes : 12 facteurs (elF1, 2, 2B, 3, 4A, 4B, 4C 4E, 4F, 5, 6 et p220) Procaryotes : 3 facteurs (IF1, IF2, IF3) IF1 : dissocie la petite et la grande sous-unité du ribosome IF2 : lie le fMet-tRNA, favorise la liaison fMet-tRNA sur la petite sous-unité, hydrolyse 1 GTP IF3 : stabilise la petite sous-unité dissociée La traduction est l’une des réactions enzymatiques qui consomme le plus d’énergie. L’initiation nécessite 1 GTP chez les procaryotes et 1 GTP/1 ATP chez les eucaryotes.

C\ L’élongation.

Il existe 3 facteurs d’élongation chez les procaryotes comme chez les eucaryotes :

Eucaryotes

Procaryotes

EF1

EF-Tu : fixe le tRNA-aminoacyl au site A

EF2

EF-G : permet la translocation site A site P et éjecte le tRNA

EF1

EF-Ts : assure l’échange GTP GDP sur EF-Tu

L’énergie consommée pour un acide aminé incorporé est de 1 GTP pour la charge du tRNA- aminoacyl et 1 GTP dans la translocation. La vitesse d’élongation est de 1 à 3 acides aminés par sec. chez les eucaryotes et 15-20/sec. chez les procaryotes.

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Très peu d’erreurs sont commises au cours de l’élongation: 1/100 000 erreurs au cours de la translocation, 1/1000 à 1/10 000 erreurs d’incorporation d’un aminoacide. Enfin le ribosome rend l’hybridation codon/anticodon 100 fois plus fidèle qu’en solution et 20 000 fois plus stable

D\ Terminaison.

Il n’existe qu’un seul facteur de terminaison chez les eucaryotes (RF : Releasing Factor) et trois chez les procaryotes (RF1, RF2, RF3). RF1 reconnaît les codons UAG et UAA au site A RF2 reconnaît les codons UGA et UAA au site A RF3 éjecte RF1 et RF2 du site A en hydrolysant 1 GTP.

Au total la synthèse d’une seule protéine de 100 acides aminés chez un procaryote, aura nécessité l’hydrolyse de 100 ATP (charge de l’acide aminé sur les ARNt) et 202 GTP !!!!

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