Missions U VIPAC

24 personnes
V. JESTIN / N. ETERRADOSSI
Risques sanitaires product. Avicoles

Viroses  Maladies réglementées • Amélioration

et  Patho dominantes Prévention et diagnostic
Parasitoses  Patho émergentes • Caractérisation des
pathogènes

Zoonoses virales Emergence virale/ Médicament vétérinaire Faune sauvage

Barrière Espèce

Influenza Influenza Caliciv Vaccins Calicivirus

Gumboro … Anticoccidiens Influenza
Pneumov… (alternatives) Newcastle
 Positionnement activités U VIPAC
TUTELLES

DGAL DGS DGCCRF Commission

Européenne
AFNOR Influenza
LNR Influenza LCR
Influenza Newcastle
Accréditation Newcastle
Gumboro
OIE
Professionnels Coccidiose VIPAC
et Instituts Equipes de
techniques 2 projets Recherche
Caliciviroses européens
Europe, USA,
Influenza 2 actions
Caliciv. Australie, Chine
COST
Doctorants
Coccidiose
Industrie
Dept vaccins
ONCFS Organismes de Pharmaceutique
Reo Parvo
recherche
Universités ENV Vaccins Pharmacopée
aviaires Européenne

National International
 ACTIVITÉ INFLUENZA AVIAIRE (Virologie)

Appui scientifique et technique

- Surveillance (volailles / avifaune sauvage)

- Animation / Formation réseau des laboratoires
- Confirmation diagnostic, investigations complémentaires
- etc…

Expertise

- Evaluation vaccins commerciaux

- Avis AFSSA (GECU)
- Conseil DGAL

Recherche
 Recherche IA

 Développement méthodologique

 Epidémio. moléculaire

 Epidémio/ Modalités de transmission

 Vaccinologie

 Pathogénie, potentiel zoonotique

 Perspectives
 Développement méthodologique

 Contribution standardisation tests européens

- rRT-PCR M1 H5
- RT-PCR H7

 Nouveaux tests sérologiques

- NP, M2, NA
 Epidémio moléculaire

 Caractérisation génétique et antigénique approfondie isolats

(suspicions cliniques, surveillance avifaune sauvage et domestique)

- Tous les 8 gènes

- Tous les sous-types

Accent sur H5, H7, N1, N2, N3
mais aussi H6, H9 etc..

- Analyse phylogénique
 Modalités de transmission

 Voie verticale H5 FP (projet européen)

 Canards reproducteurs (projet terrain avec EBEAC)

 Oiseaux sauvages (données de surveillance)

 Vaccinologie

 Infections H5/H7 FP, H5N1 HP

-  excrétion
- Elargissement du spectre de protection (homosubtypique)
- Intérêt de différentes protéines virales
- Poulet, canard

 Approche vaccination ADN programme européen

+ programme propre
 Approche VLPs en cours

 Approche vecteurs (projet)

 Etude du potentiel zoonotique

IPP - AFSSA

 AIV, SIV, virus humains; Sous-types d'intérêt

Réplication sur différents supports cellulaires

Interaction HA avec récepteur

Pptés du complexe transcription / réplication

 PERSPECTIVES

 Appels à projet EU

ANR
 Bursite infectieuse aviaire

Maladie virale de l ’espèce Gallus gallus (IBDV, Avibirnavirus, Birnaviridae)

Justification des travaux:

1 - Maladie immunodépressive → Surinfections , Traitements atb

2 - Maladie fréquente , à distribution mondiale,

3 - Emergence périodique de variants phénotypiques → épizooties,

4 - AFSSA = Laboratoire de référence OIE depuis 1998

⇒ Développement de méthodes de caractérisation

⇒ Recherche de marqueurs de virulence

 Bursite infectieuse aviaire:
Rôle de l ’AFSSA - Site de ploufragan

1 - Laboratoire OIE de référence depuis 1998 :

Expertise sur les projets de normes internationales
Diffusion de réactifs de référence (collection)
Caractérisation de souches virales Pays membres
2 - Développement et standardisation de tests :
Capture antigénique / AcM / CRAb / surveillance vvIBDV
RT-PCR / temps réel / séquençage / segments A et B
Epreuves expérimentales / protection vaccinale
3 - Etude de la variabilité antigénique et moléculaire :
Deux programmes européens
Collaborations institutionnelles françaises ou étrangères
Conventions privées.
4 - Bases moléculaires de la virulence :
Thèse université + projet ANR.
 Travaux sur l ’IBD : Travaux de recherche

« Variabilité chez l ’IBDV : conséquences sur le phénotype viral et le diagnostic

ou le contrôle de l ’infection »

Enquête mondiale 1999-2005

→ Diffusion mondiale des vvIBDV (Am. du Sud)
- Variabilité antigénique → Emergence de mutants antigéniques
Anciennes souches archivées
→ Diversité antigénique en Europe de 1975 à 1985

Epidémiologie moléculaire des segments génomiques

→ Co-évolution segments A et B
- Variabilité moléculaire → Réssortants potentiels
Marqueurs moléculaires de virulence
→ Génétique inverse sur IBDVs à combinaison
génotype / phénotype atypique (Autorisation CGG)

+ Contrôle vaccinal d ’un vvIBDV mutant antigénique

+ Collaborations: étude d ’adénovirus (AFSSA-UGVB) ou d ’IBDV (Leipzig) recombinants
 Analyse phylogénique comparée des segments A et B

A B

71 % des groupes d’IBDV peuvent être caractérisés

par leurs deux segments génomiques
 Analyse phylogénique comparée des segments A et B

A B

Des réassortants existent et sont atténués / vvIBDV

 PR - 2002 / 7 - marqueurs de virulence chez l ’IBDV:
une validation possible par génétique inverse
Premier modèle développé pour les ARN bicaténaires, d ’après Mundt et Vakharia, PNAS, 1996

VP5
pVP2 VP4 VP3 BsrGI PstI VP1
T7 T7

1 - Segment A 1bis - Segment B

souche D78 souche P2

2 - Transcription in vitro
3 - Co transfection des ARN

Vero

4 - Réplication primaire

CEF ou

5 - Amplification du virus
modifié
 Bursite infectieuse aviaire
Principaux résultats acquis à l’Afssa grâce à la génétique inverse

1 - La protéine de capside externe détermine le tropisme bursal,

2 - Certains acides aminés de la capside externe sont essentiels pour le

pouvoir pathogène en déterminant la capacité à induire des lésions
extra-bursales

3 - Le pouvoir pathogène ne dépend pas entièrement du pouvoir réplicatif,

4 - Plusieurs régions de la polymérase (segment B) contribuent

au pouvoir pathogène,

Perspectives
CNRS Villejuif (Dr Zoorob) / Etude des réponses de l’hôte /
Projet soumis à ANR / Génanimal.
 Métapneumovirus aviaires

Maladie virale de la dinde, poule, pintade, canard

(APV ou aMPV, Metapneumovirus, Paramyxoviridae)

Justification des travaux:

1 - Virus isolé dans l ’unité en 1985

2 - Maladie respiratoire fréquente → Surinfections , Traitements atb

3 - Diversité antigénique → Problèmes de diagnostic,

4 - Virus apparentés émergents → Sous groupe C (dinde et canard),

→ hMPV chez l ’homme

 Métapneumovirus aviaires:
Rôle de l ’AFSSA - Site de ploufragan

1 - Activités d’AST :
Prévalence des infections à aMPV C
Réponse sérologique du canard à l’infection / vaccination
2 - Développement et standardisation de tests diagnostiques:
Essai de développement d’antigènes peptidiques
Développement RT-PCR classique / temps réel
3 - Etude de la variabilité antigénique et moléculaire :
Programme européen « Hammocs »
Spectre d’hôte des différents sous groupes
Relations phylogénétiques au sein du sous groupe C
Rôle biologique des protéines SH et G (clonage et expression).

4 - Bases moléculaires du spectre d’hôte :

Collaboration Université de Warwick (Prof A. Easton)
Autorisation demandée à la Commission de Génie Génétique.
5 - Gènes N et P : Collaboration INRA Jouy (Dr JF Eleouet)
 Métapneumovirus aviaires:
Validation d’une rRT-PCR pour l’identification
et la quantification des 4 sous-groupes d’aMPV

Convention de recherche avec partenaire privé (LSI, Dr E. Sellal)

 Métapneumovirus aviaires:
Les aMPV-C européens et nord-américains
représentent des lignées génétiques différentes

95.2 aMPV-C européens

100
aMPV-C nord-américains
100

96.6 hMPV

Autres

aMPV

Toquin et coll. (2006) Virus genes, 32, 97-103.

 Caliciviroses des lagomorphes

 « Co-adapatation hôte-pathogène : effet du polymorphisme

génétique sur la sensibilité aux calicivirus »

Partie d’un projet ATC « environnement santé »

- Juin 2004 à mai 2006 -

Objectif :
Examiner la mise en place d’une co-évolution entre un virus animal
émergent et son hôte.
⇒ étude du RHDV et du polymorphisme de son récepteur situé sur
les cellules épithéliales des voies aérodigestives du lapin.
But :
Modéliser la co-évolution hôte-pathogène à partir des données déjà
disponibles sur le couple Homme-norovirus et des résultats obtenus
avec le modèle lapin-RHDV
 Caliciviroses des lagomorphes

 INSERM (équipe U419 ) Nantes (coordinateur,

polymorphisme génétique des lapins)

 ONCFS Nantes (dynamique des populations d’espèces

sauvages, surveillance des épidémies)

 CNRS (UMR CNRS 5466) Lyon (modélisation)

 AFSSA-VIPAC Ploufragan (biologie moléculaire, phylogénie)
recherche de souches RHDV variantes
clonage VP60 des différents génotypes RHDV
production de VLPs en baculovirus
 Caliciviroses des lagomorphes

 « Pathocénose et émergence des maladies transmissibles»

Partie d’un projet ANR 2005

- Janvier 2006 à décembre 2008 -

Pathocénose = système incluant un hôte et l’ensemble des agents

pathogènes susceptibles de l’affecter au sein de son environnement.
(Une modification environnementale peut influer sur l’équilibre préexistant
entre les agents pathogènes et résulter en une nouvelle pathocénose).
⇒ Parmi les ensembles hôte/pathogènes étudiés :
Lapin/Myxomatose-RHDV.

Objectif :
Comprendre comment la circulation de 2 virus peuvent s’influencer
mutuellement au sein d’une population de lapins.
 Caliciviroses des lagomorphes


But :
Prédire l’émergence ou la réémergence de maladies infectieuses

 CNRS (UMR CNRS 5466) Lyon (coordinateur, modélisation)

Partie RHDV et myxomatose chez le lapin :

 ONCFS Nantes (dynamique des populations d’espèces sauvages,

surveillance des épidémies)

 ENV Toulouse (myxomatose, sérologie)

 AFSSA-VIPAC Ploufragan
Isolement RHDV non pathogène / sentinelles,
Etudes expérimentales animalerie (pouvoir pathogène, protection
croisée, rôle épidémiologique des jeunes lapins)
 Caliciviroses des lagomorphes

 « Caractérisation génétique des souches d’EBHSV circulant en

France dans les populations de lièvres »

Etude sous convention avec l’ONCFS et le LVD 49

- Avril 2006 à septembre 2006 -

Situation :
- Cas de mortalité anormales chez des lièvres du sud et de l’est de la
France à l’automne 2004 au cours d’une épizootie d’EBHS
- Analyse en 2005 des souches virales à l’AFSSA : nouveau génotype

Objectif :
Tester l’hypothèse selon laquelle l’augmentation de la mortalité serait
en lien avec la circulation d’une souche EBHSV différente de celles
qui circulaient jusqu’à présent.
 Caliciviroses des lagomorphes

 ONCFS Nantes (dynamique des populations d’espèces sauvages,

surveillance des épidémies)

 LVD 49 (diagnostic en ELISA des souches EBHSV)

 AFSSA-VIPAC Ploufragan
Analyse phylogénique de souches récoltées en 2004 et 2005
Caractérisation du gène entier de la VP60 (confirmation du génotype)
 Le syndrome entérite mortalité du
dindonneau
« Poult Enteritis and Mortality Syndrome » ou PEMS

- Aux USA depuis 1991. Ailleurs ?

- Une définition clinique et lésionnelle

- entre 5 et 25 jours
- mortalité > 1 % pendant 1 à 5 jours (max 70 %)
- des retards de croissance (jusqu’à 40 %)
- des lésions intestinales et immunitaires (BF + thymus)

- Une composante virale:

- Coronavirus de la dinde ?
- Astrovirus de la dinde + Reovirus
 Propriétés des virus considérés

- Coronavirus dinde - Astrovirus dinde 100 nm

- Enveloppé - Non enveloppé

- ARN ss + - ARN ss +
100 nm
- 30 kb - 7 kb
- seulement dinde - seulement dinde
- culture sur œuf - culture sur œuf
embryonné (amnio) embryonné (amnio)
- Pas sur cellules - pas sur cellules
- Souches homogènes ? - Différents sérotypes
- gènes conservés / ∆ - gènes conservés / ∆
- souches ref. : USA - souches ref. : USA
- dépistage (USA) : - dépistage (USA) :
AC-ELISA AC-ELISA
RT-PCR RT-PCR
RRT-PCR RRT-PCR