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Molécule

Une molécule est une structure de base de la matière. L'Union


internationale de chimie pure et appliquée définit la molécule
comme « une entité électriquement neutre comprenant plus d'un
1
atome » . C'est l'assemblage chimique électriquement neutre d'au
moins deux atomes, différents ou non, qui peut exister à l'état
libre, et qui représente la plus petite quantité de matière possédant
les propriétés caractéristiques de la substance considérée. Les
molécules constituent des agrégats atomiques liés par des forces
de valence (liaisons covalentes) et elles conservent leur Représentation graphique ou
individualité physique. Des forces plus faibles, telles les liaisons schématiques en 3d (dimension)
hydrogène et celles de type van der Waals, les maintiennent à d'une molécule de saccharose.
proximité les unes des autres à l'état liquide et/ou solide.

L'assemblage d'atomes constituant une molécule n'est pas


définitif, il est susceptible de subir des modifications, c’est-à-dire
de se transformer en une ou plusieurs autres molécules ; une telle
transformation est appelée réaction chimique. En revanche, les
atomes qui la constituent sont des assemblages (de particules)
beaucoup plus stables, qui se conservent durant une réaction
chimique car la transformation d'atomes, appelée transmutation,
nécessite des apports d'énergie beaucoup plus importants faisant Schéma de la liaison covalente de
l'objet des réactions nucléaires. deux atomes d'oxygène.

La composition chimique d'une molécule est donnée par sa


formule chimique. Exemples :

la molécule de méthane CH4 est constituée d'un atome de carbone (C) et de quatre
atomes d'hydrogène (H) ;
la molécule de dioxygène O2 est constituée de deux atomes d'oxygène (O).
Sommaire
Histoire du concept
Types particuliers de molécules
Caractéristiques
Ordonnancement
Stabilité
Les macromolécules et polymères
Les corps non moléculaires
Dans le milieu interstellaire
Le niveau moléculaire
Notes et références
Voir aussi
Articles connexes
Liens externes

Histoire du concept
Le nom « molécule » provient du latin scientifique molecula, diminutif du nom latin moles, se traduisant
par « masse ».

Le concept de molécule, sous sa forme actuelle, a été présenté la première fois en 1811 par Avogadro, qui
a su surmonter la confusion faite à cette époque entre atomes et molécules, en raison des lois des
proportions définies et multiples de John Dalton (1803-1808).

L'analyse d'Avogadro a été acceptée par beaucoup de chimistes, à des exceptions notables (Boltzmann,
Maxwell, Gibbs). Mais l'existence des molécules est restée en discussion ouverte dans la communauté
scientifique jusqu'au travail de Jean Perrin (1911) qui a alors confirmé expérimentalement l'explication
théorique du mouvement brownien en termes d'atomes proposée par Einstein (1905). Jean Perrin a
également recalculé le nombre d'Avogadro par plusieurs méthodes.

Types particuliers de molécules


L'étude des composés biochimiques a conduit les chimistes à distinguer les molécules
organiques et inorganiques. En 2011, il existe près de 10 millions de composés
organiques connus (composés dont un des éléments chimiques constitutifs est le
2
carbone), soit plus de 25 fois le nombre de molécules inorganiques .

Une molécule élémentaire ou homonucléaire est une molécule constituée d'un seul type
d'atomes, par exemple le dioxygène (O2). Lorsqu’une molécule est composée de
plusieurs types d’atomes, elle est dite hétéronucléaire.

Une molécule polaire ou apolaire est respectivement une molécule ayant un moment
dipolaire résultant non nul (cas de la molécule d'eau) ou nul.
Une molécule hydrophile ou hydrophobe est une
molécule qui a de l'affinité pour l'eau ou qui fuit l'eau
(non soluble ou non miscible avec l'eau),
respectivement ; comme l'acide oléique, molécule
hydrophobe qui fuit donc l'eau.
Une molécule amphiphile est une molécule ayant une
ou plusieurs parties hydrophiles et une ou plusieurs
parties hydrophobes.

En appliquant strictement la définition, les ions


polyatomiques ne sont pas des molécules. En
revanche, les zwitterions, globalement neutres mais Dipôle de la molécule d'eau.
possédant des charges de signe opposé dans
différentes parties de leur structure, sont des
molécules.

Une molécule marquée est une molécule dans laquelle un ou plusieurs atomes sont
remplacés par un de leurs isotopes. Cette pratique est courante avec des isotopes
radioactifs, dans un but médical.

Une molécule activée (ou excitée) est une molécule qui contient un ou plusieurs atomes
excités, atomes dont un ou plusieurs électrons se trouvent à des niveaux d'énergie plus
élevés que celui de l'état fondamental.

Deux molécules sont dites isoélectroniques si elles ont la même configuration


électronique de valence.

Molécule médicamenteuse : on appelle abusivement molécule la substance active d'un


médicament (par opposition à son nom de marque), quand bien même la substance
active est composée de plusieurs espèces chimiques différentes (exemple : cas de la
gentamicine). Il est préférable de parler de substance active ou de principe actif.

Caractéristiques

Ordonnancement
Les molécules d'un corps sont en agitation permanente (sauf au zéro absolu). Cette agitation, appelée
mouvement brownien, a été décrite la première fois par Robert Brown en 1821 dans les liquides (mais
expliquée presque 100 ans plus tard).

À l'état gazeux, les molécules sont très espacées, très agitées, avec des mouvements
désordonnés provoqués par les chocs entre elles ou avec les parois (les corps solides
avec lesquels elles sont en contact).
À l'état liquide, l'espace entre les molécules est beaucoup plus restreint, et l'agitation
beaucoup plus lente.
À l'état solide, les molécules sont rangées selon un empilement, régulier ou non, et
vibrent autour d'une position moyenne.
La température d'un corps donne une indication du degré d'agitation des molécules.

Les forces d'interaction de très faible intensité qui s'exercent à distance entre les molécules, appelées
forces de van der Waals, conditionnent ces arrangements et par conséquent les propriétés physiques des
composés moléculaires.
Ainsi, par exemple, les propriétés physiques exceptionnelles de l'eau sont dues pour beaucoup aux
liaisons hydrogène.

Stabilité
Les molécules sont des ensembles a priori électriquement neutres, dans lesquels les atomes sont liés
entre eux majoritairement par des liaisons covalentes (il existe de nombreux exemples d'assemblages
supra-moléculaires par liaisons de type van der Waals, hydrogène ou ionique), où apparaissent parfois
des dissymétries électroniques pouvant aller jusqu'à donner des ions par solvatation (solvants polaires).
Dès lors, on doit conclure que le dihydrogène (H2), le dichlore, le difluor et tant d'autres gaz diatomiques,
sont électriquement neutres. Ce qui laisse entendre que lorsqu'ils sont isolés, ils sont zérovalents, pour
respecter l'équivalence qu'il doit y avoir dans toute équation équilibrée en charges et globalement neutre
comme : 2 H2 + O2 = 2H2O. Ici, dans la partie des réactifs, le dihydrogène et le dioxygène sont des
molécules isolées et donc n'ont pas de charge propre, comme H2O (bien que molécule polaire).
L'équation chimique vérifie donc la neutralité de la charge globale.

La forme et la taille d'une molécule (ou de l'une de ses parties) peut jouer un rôle dans son aptitude à
réagir. La présence de certains atomes ou groupes d'atomes à l'intérieur d'une molécule joue un rôle
majeur dans sa capacité à se rompre ou à fixer d'autres atomes issus d'autres corps, c’est-à-dire à se
transformer pour donner naissance à d'autres molécules.

Les différents modes de représentation des molécules sont destinés à expliciter les différents sites
réactifs ; certains enchaînements d'atomes, appelés groupes fonctionnels, produisent ainsi des similitudes
de propriétés, tout particulièrement dans les composés organiques.

Les macromolécules et polymères


Les molécules possédant au moins plusieurs dizaines d'atomes sont appelées macromolécules ou
polymères.

Exemples :

les protéines, les lipides, les sucres, les acides nucléiques tels l'ADN et autres
biomolécules de grandes tailles sont également des macromolécules où la grande variété
des liaisons chimiques internes induit une réactivité chimique souvent très sélective jouant
un rôle majeur dans l'activité biologique des êtres vivants ;
les polyoléfines telles le polyéthylène (polymère synthétique) sont constituées
d'enchaînements -C-C- ; le nombre d'atomes de carbone des chaînes peut atteindre
plusieurs dizaines de milliers (correspondant à un degré de polymérisation élevé), d'où
des propriétés physiques particulières.

Les corps non moléculaires


On distingue trois catégories de substances non moléculaires :

les métaux et les alliages métalliques, dont les atomes sont liés les uns aux autres par la
mise en commun globale et délocalisée d'électrons (liaison métallique), mais sans
formation de petits groupes ;
les composés ioniques qui regroupent des cations et des anions, c'est-à-dire des atomes
(ou groupement d'atomes) portant une charge positive (pour les cations) ou négative
(pour les anions). La cohésion de l'ensemble est alors assurée par les forces électriques
entre ces ions (liaison ionique). Quand c'est un groupe d'atomes qui est chargé on parle
d'ion moléculaire (ou polyatomique), mais la substance n'est pas globalement formée de
molécules (les cations sont entourés d'anions, et les anions de cations, mais sans
appariement particulier d'un cation avec un anion).
les gaz nobles qui, ayant une couche de valence saturée, ne se composent que d'atomes
indépendants (ce sont des substances monoatomiques). À l'état condensé (liquide ou
solide), la cohésion de l'ensemble est assurée par les forces de Van der Waals, mais sans
formation de petits groupes d'atomes.

Dans le milieu interstellaire


Les couches externes des étoiles contiennent, malgré les températures extrêmes qui y règnent, des
molécules, telles le monoxyde de carbone. Les comètes et les atmosphères gazeuses des planètes
contiennent une plus grande variété de molécules.

Dans le milieu interstellaire, où la probabilité de rencontre entre atomes est très faible, il existe des
assemblages instables (radicaux) d'une diversité restée longtemps inconnue qui est peut-être à l'origine
des premières molécules du monde du vivant.

Le niveau moléculaire
La structure des organismes biologiques qui constituent la biosphère peut être décomposée en plusieurs
niveaux d'organisation : atomique, moléculaire, cellulaire, tissulaire, organique, des systèmes nerveux, et
enfin celui de l'organisme dans sa totalité fonctionnelle.

L'étude scientifique du vivant se fait par des recherches sur les éléments de chacun de ces niveaux, puis
par la compréhension des interactions entre ces différents niveaux (voir l'article Méthode scientifique).

L'étude du niveau des molécules permet de comprendre le fonctionnement de la cellule, qui est l'unité
fonctionnelle élémentaire du vivant.

Notes et références
1. Entrée « molecule » (http://goldbook.iupac.org/M04002.html), 24 février 2014
(en)
(DOI 10.1351/goldbook.M04002 (https://dx.doi.org/10.1351%2Fgoldbook.M04002)), d'après
IUPAC (compilé par Alan D. McNaught et Andrew Wilkinson), Compendium of chemical
terminology : IUPAC recommendations (the Gold Book) [« Compendium de terminologie
chimique : recommandations IUPAC »], Oxford, Blackwell science, 1997 (réimpr. 2000),
2e éd. (1re éd. 1987), VIII-450 p., 28 cm (ISBN 0-8654268-4-8 et 978-0-8654268-4-9).
2. (en) Raymond L. Neubauer, Evolution and the Emergent Self: The Rise of Complexity and
Behavioral Versatility in Nature, Columbia University Press, 2011 (lire en ligne (https://book
s.google.com/books?id=5VH_hCSHMCkC)), p. 259.

Voir aussi

Articles connexes Sur les autres projets Wikimedia :

Représentation des molécules


Réaction chimique
Biologie moléculaire Molécule (https://commons.wikimedia.or
Stabilité moléculaire g/wiki/Category:Molecules?uselang=fr),
Chimie organique sur Wikimedia Commons
Molécule synthétique
Stéréochimie | Énantiomère | molécule, sur le Wiktionnaire
Diastéréoisomère
Modélisation moléculaire
ADN, une molécule à la base de la vie
Gastronomie moléculaire

Liens externes
Encyclopédie Vulgaris Médical : Atomes et molécules (http://video.vulgaris-medical.com/in
dex.php/2008/03/19/51-atomes-et-molecules)
(fr) Site éducatif sur la chimie (http://www.lachimie.net/)
ChEBI (http://www.ebi.ac.uk/chebi/init.do), la base de données de l'EMBL, sur les entités
moléculaires.

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