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MINISTERE DE LA

SANTE
CMS SAINT RAPHAËL
DE NYEKONAKPOE

Procédure d'estimation de l'âge osseux à partir de


données radiologiques numérisées

RAPPORT DE STAGE
Lévi Kankoé SALLAH
LICENCE PROFESSIONNELLE IS
Institut Universitaire de Technologie
Université de Bordeaux1
2006-2007

Maître de Stage
Dr Sénouwa AMOUSSOU

Enseignant Responsable IUT


M. Jean-Michel LEPINE

Stage effectué du 05 Mars au 22 Juin 2007 au CMS Nyékonakpoé - Lomé


Département Informatique CMS Nyékonakpoé Lomé

RÉSUMÉ

Le Centre Médico-Social Saint Raphaël, inauguré par le ministère de la santé du


Togo en Octobre 2006, a jugé intéressant la mise en place d’une procédure
d’estimation de l’âge osseux, basée sur l’analyse de radiographies numérisées. Ceci
permettrait d’estimer l’âge des enfants et adolescents dont on ignore les données d’état
civil, en particulier la date de naissance. Ce rapport décrit l’analyse du problème et la
mise en place d’une application informatique susceptible de répondre aux attentes
formulées.

ABSTRACT
Inaugurated by the Togolese Health Ministry in October 2006, the Saint Raphael
Medical and Social Center find it interesting to create a process which would help to
estimate bone age by analyzing digitized radiographies. This would help to estimate the
age of children and teenagers whose civil status data are unknown, especially the
birthday. This report describes the analysis of the problem and the creation of a
program capable to come up to the formulated expectation.

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REMERCIEMENTS

Je souhaite remercier le Docteur AMOUSSOU Sénouwa, Responsable Médical du


CMS Nyékonakpoé pour m’avoir permis d’effectuer mon stage dans le Centre Médico-
Social dont il gère spécifiquement les activités médicales.

Je remercie l’ensemble du personnel du Centre pour sa gentillesse et son accueil au


sein du Centre.

Je tiens à remercier l’ensemble des acteurs de l’activité informatique de la ville de Lomé


ainsi que toutes les personnes que j’ai eu à rencontrer aussi bien au CMS Nyékonakpoé
que sur le site de l’Université de Lomé à l’occasion de ce stage.

Toute ma gratitude aux enseignants de l’IUT Informatique de l’Université Bordeaux I


pour les connaissances qu’ils m’ont transmises durant ma formation.

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SOMMAIRE

INTRODUCTION ....................................................................................................... 7  
1. LE CENTRE MEDICO-SOCIAL ST RAPHAËL A NYEKONAKPOE ................ 8 
1.1. PRESENTATION : UN CMS AU SEIN D’UNE CAPITALE AFRICAINE .................. 8 
1.1.1. UNE VILLE SUR LA COTE OUEST-AFRICAINE ............................................................ 8 
1.1.2. LE CMS AU SEIN DU DISPOSITIF ADMINISTRATIF TOGOLAIS ................................. 9 
1.1.3. ACTIVITES ET MISSIONS ET PROJETS........................................................................... 9 
1.1.4. DES CHIFFRES ET VUES D’ENSEMBLE ......................................................................... 9 
1.2. L'INFORMATIQUE AU CMS ET DANS LA VILLE DE LOME EN GENERAL ........ 12 
1.2.1. LE SYSTEME D’INFORMATION DU CMS .................................................................. 12 
1.2.2. PRINCIPAUX PRESTATAIRES DE SERVICES INFORMATIQUES DANS LA VILLE ...... 12 
2. DEVELOPPEMENT DU LOGICIEL.................................................................... 13 
2.1. LA QUESTION................................................................................................ 13 
2.1.1. L’IDEE ET LE BUT DU LOGICIEL ................................................................................ 13 
2.1.2. DES PRODUITS SEMBLABLES EXISTENT-ILS DEJA SUR LE MARCHE ? .................... 16 
2.2. LA PHASE D’ANALYSE ................................................................................... 17 
2.2.1. FAISABILITE ................................................................................................................. 17 
2.2.2. LES FONCTIONNALITES .............................................................................................. 17 
2.2.3. OUTILS ET METHODES CHOISIES .............................................................................. 18 
2.3. LE DEVELOPPEMENT ................................................................................... 18  
2.3.1. LA PLANIFICATION INITIALE DU TRAVAIL............................................................... 18 
2.3.2. LE FORMATAGE DE L’IMAGE EN ENTREE ................................................................ 18 
2.3.3. DETERMINATION DE RELATION ENTRE AGE ET NOMBRE D’OS .......................... 19 
2.3.4. LA LOGIQUE DE FONCTIONNEMENT DE NOTRE PROGRAMME ............................ 20 
2.3.5. LES DETAILS TECHNIQUES DE PROGRAMMATION .................................................. 21 
2.3.6. L’INTERFACE GRAPHIQUE ......................................................................................... 21 
2.3.7. BILAN D’ASPECT MANAGERIAL ................................................................................. 21 
2.4. LES PISTES D’EVOLUTION POSSIBLES ........................................................... 21 
2.4.1. L’AMELIORATION DE L’INTERFACE .......................................................................... 21 
2.4.2. L’IDENTIFICATION PRECISE DE CERTAINS OS ......................................................... 21 
2.4.3. L’ELABORATION D’ESTIMATIONS POUR LE 12-15 ANS ........................................... 22 
2.4.4. AMELIORATION EVENTUELLE DES CRITERES DE CONCLUSION ........................... 22 
2.4.5. LE MISE EN PLACE D’UN INDICATEUR DE TAUX D’ERREUR .................................. 22 
2.4.6. INTEGRATION EN MODULE AUX LOGICIELS PATIENT .......................................... 22 
CONCLUSION ........................................................................................................... 23  
ANNEXES .................................................................................................................. 24  

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TABLE DES ILLUSTRATIONS

FIG. 1 : SITUATION GEOGRAPHIQUE DE LA VILLE DE LOME ................................................................. 8


FIG. 2 : DISTRICT SANITAIRE N°4 ............................................................................................................. 11
FIG. 3 : TOPOGRAPHIE D’EQUIPE............................................................................................................. 11
FIG. 4 : EVOLUTION DES OS DU POIGNET CHEZ L’ENFANT EN CROISSANCE .................................... 15
FIG. 5 : CHOIX DES METHODES D’ESTIMATION EN FONCTION DE L’AGE.. ........................................ 16
FIG. 6 : IMAGE PREFORMATEE CENTRANT LE CARPE ............................................................................ 17
FIG. 7 : PLANIFICATION INITIALE ............................................................................................................ 19

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TABLES DES ANNEXES

ANNEXE 1 : DETERMINATION DE L’AGE OSSEUX SELON LE DR LEFEBVRE ................................. 24


ANNEXE 2 : ACQUISITION ET CHARGEMENT DE L’IMAGE ................................................................... 25
ANNEXE 3 : EXTRACTION DE FORMES .................................................................................................... 27

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Introduction

Le Centre Médico-Social Saint Raphaël de Lomé, reçoit depuis sa création un grand


nombre de patients issus de milieux ruraux et ne possédant pas toujours de pièces
d’identification d’état civil permettant de déterminer leur âge juridique. Or, la connaissance
de l’âge des individus en médecine est un préalable indispensable à toute démarche
diagnostique ou thérapeutique et plus encore dans toute démarche de médecine légale. Il
est donc nécessaire de trouver le moyen d’estimer au mieux l’âge physiologique du patient.
Les méthodes couramment utilisées s’adaptent mieux aux enfants et ont pour visée
d’apprécier l’état de maturation osseuse.

Mon stage de fin d'études de Licence Professionnelle Informatique Option Image et Son
s'est déroulé du 05 Mars au 22 Juin 2007 au CMS Saint Raphaël de Nyékonakpoé, à Lomé
au Togo, sous la responsabilité du Dr Sénouwa AMOUSSOU.

L'objectif de ce stage a été la mise en place d’une procédure automatisée d’estimation de


l’âge osseux chez les enfants de 0 à 15 ans en utilisant des clichés radiographiques du
poignet.

La première partie du rapport présente le cadre du stage dans sa globalité, les activités du
CMS et les services informatiques qu’il est possible de trouver dans la ville de Lomé. La
seconde partie regroupe l’analyse du projet, l’architecture de la démarche et les résultats
obtenus.

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1. Le Centre Médico-Social St Raphaël à Nyékonakpoé


1.1. Présentation : un CMS au sein d’une capitale africaine

1.1.1. Une ville sur la côte Ouest-Africaine

La ville de Lomé su situe en bordure de mer sur la côte ouest-africaine. C’est la capitale du
Togo, ancienne colonie allemande, puis française, devenue indépendante en 1960.
Le pays a une superficie de 56600 km2. Il est limité respectivement au Nord, à l’Est et à
l’Ouest par le Burkina Faso, le Bénin et le Ghana. Au Sud on trouve l’Océan Atlantique au
bord duquel est construite la ville de Lomé.
La population du Togo est estimée à sept Millions d’habitants dont un million vivrait à Lomé.
Lomé est donc la capitale économique et politique du Togo. Le dialecte communément parlé
et la mina. Le Français est la langue de d’administration. La ville centralise 50% de l’activité
économique du pays. Elle abrite la première des deux universités du pays.
Le PBI par habitant était estimé à 340 dollars US en 2004
La croissance est estimée à 3% et le secteur des services représente 40% de l’activité globale.
En 2005 on comptait 300000 abonnés au réseau internet.

Figure 1:

Situation géographique de la ville de Lomé

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1.1.2. Le CMS au sein du dispositif administratif Togolais

Le CMS Saint Raphaël se situe dans les quartiers Ouest de la ville de Lomé, dans le district
sanitaire n° 4 qui regroupe trois structures sanitaires :
• CMS Nyékonakpoé ;
• CMS UTB Circulaire ;
• Centre de Santé de Kodjoviakopé.
La ville de Lomé comporte au total 5 districts sanitaires qui quadrillent la ville
Des cabinets médicaux et autres centres de santé privés existent dans le district n°4.
Le CMS Nyékonakpoé a été inauguré le 08 Mars 2005.

1.1.3. Activités et missions et projets.

Depuis sa création, le CMS Nyékonakpoé organise de nombreuses activités visant la


promotion de la santé :
• il assure un grand nombre de consultations médicales ;
• certains malades font régulièrement l’objet d’une hospitalisation ;
• il organise des consultations prénatales et le suivi des grossesses ;
• il entreprend régulièrement des séances de sensibilisations et de promotion de la
sante. Les questions les plus fréquemment préoccupantes sont les diarrhées avec
déshydratation, l’allaitement maternel, le paludisme, l’hypertension artérielle.

Le CMS s’assigne certaines missions et objectifs à court moyen et long terme :


• parvenir à obtenir une plus ample couverture sanitaire ;
• effectuer une extension des locaux du centre pour mieux répondre aux besoins, face
à l’augmentation croissante du nombre de consultants. Il s’en suit qu’il faudra doter le
centre d’avantage en ressources humaines, en accroître les infrastructures au vu de
l’étendue et du type des besoins.

1.1.4. Des chiffres et vues d’ensemble

• Le siège :
S’étalant sur une superficie de 500 m2 le centre possède un total de onze salles, aménagées
pour ses diverses prestations. La population cible du CMS, population du district n°4 est
estimée à 72000 habitants environs.

• Les ressources humaines


L’équipe est constituée d’une quinzaine de personnes dont un médecin, quatre infirmières, une
sage-femme, une accoucheuse, une secrétaire, une directrice, deux agents d’entretien, un
veilleur de nuit, un chauffeur, un technicien de laboratoire, deux agents de pharmacie. Toutes
ces personnes travaillent en étroite collaboration les unes avec les autres.

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• Les ressources matérielles


Le centre dispose de dix lits d’hospitalisation, de microscopes pour les examens
parasitologiques de base et de l’ensemble nécessaire à la pratique des consultations médicales.
Il possède un petit parc informatique constitué de cinq ordinateurs dont deux microportables.
Deux servent à la gestion pharmaceutique. L’un est dédié à la gestion administrative du centre.
Les deux autres sont censés contenir des données techniques et fiches Patient et sont à la
disposition du médecin.

• Les ressources financières


La construction du centre a été financée par le Fond de Solidarité Populaire, structure ayant
un profil d’Organisation Non Gouvernemental. Le budget 2007 s’élevait à 33 Millions de
francs CFA. Les principales charges sont : l’achat de produits pharmaceutiques, les
rémunérations du personnel, l’entretien des locaux et les investissements pour équipements
médicaux.
En 2006, la balance financière était équilibrée. Les revenus générés par le centre étaient
suffisants pour couvrir ses dépenses.

• La gestion administrative
L’organisme ayant financé la construction du centre en a confié la gestion à la communauté
religieuse NDE.

• Les consultants et partenaires


En amont :
o Le ministère à qui le centre compte proposer la procédure d’estimation automatisée
de l’âge. Il prend note des rapports d’activité du centre.
o Des partenaires essentiels sont la GTZ (ONG allemande de promotion de la santé),
la Coopération Française qui estime régulièrement les indicateurs d’avancement
En aval :
o Les patients constituent une « clientèle » et une cible d’activités de sensibilisation.
o Les services informatiques de la ville de Lomé susceptibles d’effectuer les
prestations de services demeurent des partenaires potentiels.
A travers la coordination de district, des liens existent avec les autres CMS du secteur.

• Le travail en équipe
Il implique différents acteurs en étroite collaboration sur le site. Des réunions d’équipe sont
périodiquement organisées.

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Figure 2: District n°4: 72.000 hbts

Centre de santé Cliniques et


Kodjoviakopé cabinets
médicaux (18)

CMS UTB Circulaire Officines


pharmaceutiques (8)

Structures privées
UPS Accueil et
non agrées (24)
maison pour tous
Revendeurs informels de
CMS produits
Nyékonakpoé pharmaceutiques (17)

PUBLIC PRIVE

District sanitaire N°4


Directrice

Médecin

Sages-femmes
Techniciens Labo
Infirmières Secrétaire Agents de
Pharmacie
Accoucheuse

Chauffeur

Veilleur de nuit

Figure 3: Topographie d’équipe

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1.2. L'Informatique au CMS et dans la ville de Lomé en général

1.2.1. Le Système d’Information du CMS

Le Centre n’est pas informatisé dans tout son ensemble. Certaines données Patient sont
toujours consignées et sauvegardées dans un registre tenu de façon manuelle.
Des données numérisées sont conservées dans les ordinateurs au sujet des entrées et sorties et
de la disponibilité des produits pharmaceutiques.
La gestion administrative globale constitue l’autre partie du système d’information du CMS et
est faite par ordinateur.

1.2.2. Principaux prestataires de services informatiques dans la ville

Pour ses besoins en services informatiques, le CMS, comme toutes les PME de la place, a
recours aux services de prestataires locaux. Les principaux sont : CAFE Informatique, CIB
Inta, DEFI Informatique. Ces prestataires de services informatiques assurent pour la plupart
l’installation et l’équipement des parcs informatiques d’entreprises.

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2. Développement du logiciel
2.1. La question

2.1.1. L’idée et le but du logiciel

Il arrive parfois, qu’au CMS Nyékonakpoé le médecin reçoive un patient dont il ignore l’âge,
faute de données sur l’état civil du malade. Le problème se pose le plus souvent chez des
personnes d’un âge assez avancé. Mais il n’est pas très rare que l’on reçoive un jeune enfant
dont l’âge ne peut être certifié avec précision par aucun document écrit.
Les compétences d’un médecin lui permettent devant une telle situation, d’estimer
approximativement l’âge de l’individu en question. Il utilise alors le plus souvent une
radiographie du poignet ou du coude du malade. Ceci est possible grâce au principe suivant
lequel, le nombre, la taille et la position des « petits os » de ces articulations sont en rapport
avec l’âge de l’individu. L’estimation que peut faire un médecin, en se basant sur lesdits
éléments demeure assez subjective, d’où l’idée de mettre en place un processus de traitement
automatisé capable d’estimer de façon scientifique (et donc objective) l’âge d’un individu.

• L’idée du logiciel
Lorsqu’une lettre de demande de stage a été adressée au CMS, l’idée de ce logiciel a émergé
dans l’équipe médicale, car la préoccupation de l’estimation juste de l’âge osseux est un des
besoins fréquemment rencontrés dans le cadre des activités du centre. Ce sujet fût donc retenu
comme thème de stage à proposer à l’étudiant. Ce sujet avait fait quelques mois plus tôt l’objet
de débats juridiques dans le pays par rapport à la protection des mineurs.

• Le but visé
Il s’agirait en définitif d’obtenir un logiciel informatique qui prend en entrée une portion
d’image radiographique du poignet et que affiche en sortie le résultat correspondant à l’âge
estimé du patient.
Ce logiciel permettrait ainsi une meilleure adaptation des posologies des traitements, grâce
à une connaissance plus précise de l’âge physiologique de l’individu. Un autre but est aussi
de pouvoir être en mesure de prendre judicieusement des décisions médico-légales où l’âge est
un paramètre important. Il serait alors possible de préciser si un individu est mineur ou pas,
alors qu’on ne dispose d’aucun élément sur son état civil. Le CMS compte proposer cette
méthode au Ministère de la Santé, voire de l’Intérieur qui a souvent à prendre des décisions
légales au sujet d’ « enfants » « sans papiers ». La plupart de ces décisions sont en rapport avec
des questions de tutelle, d’autonomie et de responsabilité face à la justice.

• La forme du logiciel
Aucune forme précise n’avait été déterminée pour ce travail au départ. Aucun langage de
programmation, ni aucune architecture de travail n’étaient proposés au départ. Il nous
appartenait d’effectuer nous même l’analyse de la question et de juger des questions de
faisabilité.
La première idée de programmation que nous avons envisagée est celle qui serait basée sur la
détection de contours des os d’une articulation, permettant de les étiqueter et de les
dénombrer. Cette méthode nécessiterait un travail considérable en programmation. Elle aurait
le mérite d’être assez spécifique de la présente situation.
Une seconde idée se baserait sur l’utilisation l’histogramme en temps qu’image à analyser. Elle
serait plutôt imprécise et dépendrait de la qualité des clichés radiologiques.

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De ces deux pistes, la première nous paraissait plus recommandable. Le dénombrement et


l’étiquetage des surfaces osseuses avec possibilité de calcul des surfaces détectées permettent
d’avoir une approche plus précise des os sésamoïdes présents au niveau d’une articulation. Les
os de l’articulation du poignet apparaissent l’un après l’autre au fil des âges. Au-delà d’un
certain âge, la maturité osseuse de ces os est atteinte et il n’y a plus de modification sensible de
leur aspect dans le temps. La méthode d’estimation de l’âge osseux que nous envisageons de
mettre au point sera donc adaptée aux sujets jeunes spécialement ceux ayant entre zéro et
douze ans. Elle fonctionnera peu ou pas avec des individus dont l’âge dépasse un certain seuil.
En pratique médicale courante, la technique de référence utilisée pour déterminer l’âge osseux
sur les radiographies est la méthode de Greulich et Pyle. Cette méthode est basée sur la
comparaison de l’ossification du poignet de la main gauche de l’enfant par rapport à des
images de référence. Les indices les plus fiables de l’âge osseux sont l’ossification du
sésamoïde du pouce, du pisiforme, de l’épiphyse du premier métacarpien et des épiphyses
phalangiennes. L’âge osseux est établi à partir de statistiques calculées sur la population.
Chaque type de population a ses repères. Les caucasiens n’ont pas les mêmes normes que les
asiatiques.
L'ensemble des os du carpe est absent à la naissance. Leur apparition s'échelonne tout au long
de la croissance, selon un schéma bien connu.
De même, les noyaux d'ossification secondaire des phalanges et des os de l'avant-bras
apparaissent au cours de la croissance, l'ensemble de ces données permettant d'évaluer l'âge
osseux.
Rappelons la disposition particulière des noyaux au niveau de la main : les épiphyses des
phalanges sont proximales, alors que celles des métacarpiens sont distales, exception faite de
l'épiphyse du premier métacarpien qui est proximale.
Des noyaux d'ossification accessoire peuvent apparaître au niveau des épiphyses proximales
des quatre derniers métacarpiens.
Les épiphyses peuvent apparaître condensées ou présenter un aspect bipartite ou encore une
forme de cône.

De nombreux os accessoires peuvent être retrouvés au niveau du carpe, leurs topographies


sont consignées dans les atlas de référence.

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Voici quelques radiographies montrant l’évolution des os du poignet chez un enfant. On


note que ces os apparaissent progressivement dans le temps.

3 mois et demi

5 ans
12 ans

Figure 4: Evolution des os du poignet chez l’enfant en croissance

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Dans la rigueur, les radio-pédiatres proposent le schéma suivant comme organigramme


d’orientation (algorithme 123) devant la recherche d’estimation de l’âge d’un enfant. Il est
fonction de l’âge.

Figure 5: Choix des méthodes d’estimation en fonction de l’âge

2.1.2. Des produits semblables existent-ils déjà sur le marché ?

Certains travaux ont été faits, qui sont en rapport plus ou moins direct avec notre sujet. Nous
les avons découverts en utilisant des moteurs de recherche internet.
Le logiciel LOGAETOS est un outil informatique d'aide à la détermination de l'âge osseux à
partir de radiographies du coude.
Il a été élaboré dans le cadre d'un DEA effectué dans le laboratoire d'Anthropologie
Biologique de la faculté de médecine de Marseille (*) par Mr Kbaier Pascal sous la direction du
Pr Panuel et du Dr Dutour au cours de l'année universitaire 2002/2003.
Par ailleurs nous avons retrouvé un thème central des Journées Françaises d’Informatique
Médicale qui est : analyse et d’images par le contenu en radiologie, indexation d’images
radiologiques d’âge osseux. Il était question de mettre en place un système informatique
capable de reconnaître les radiographies du poignet et de les classer en fonction de la tranche
d’âge suspectée par l’analyse d’image.
Les droits d’auteur ne nous ont pas permis d’avoir accès à ces aux résultats de ces travaux
pour les tester.

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2.2. La phase d’analyse

2.2.1. Faisabilité

Nous avons décidé de nous limiter au cas d’estimation de l’âge d’un enfant (entre 0 et 12 ans).
Cette tranche d’âge permet de garantir la faisabilité du projet. Cela permet, comme le montre
l’algorithme précédent, de limiter notre analyse aux radiographies du poignet. Sinon, il faudrait
en plus avoir à analyser les radiographies des membres inférieur et supérieur, du coude et des
crêtes iliaques.
Pour qu’un programme informatique prenne en charge adéquatement l’image des os du
poignet, il faut lui passer en entrée une image pré-formatée, ciblant avec précision les os du
carpe. Voir schéma ci-dessous


Figure 6: Image préformatée centrant le carpe

Il est alors possible, par traitement informatisé d’identifier les os sur cette image, ce qui traduit
l’âge de l’individu. Une détection de contours suivie d’étiquetage peut permettre l’identification
des os.

2.2.2. Les fonctionnalités

• Le logiciel à mettre en place devrait posséder les fonctionnalités suivantes :


• Identifier le nombre d’os au sein de l’articulation
• Identifier les distances qui séparent les os les uns des autres
• Calculer la « densité osseuse globale » de l’articulation
• Donner une estimation de l’âge en fonction des éléments qui précèdent.
• Le logiciel devrait avoir l’aptitude à détecter si l’image qu’on lui passe en entrée n’est
pas une image radiographique du poignet ou qu’elle est de mauvaise qualité.

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2.2.3. Outils et méthodes choisies

Au cours des nombreuses discussions que nous avons eu en équipe avec notre maître de
stage, il est ressorti que :

• Dans le cadre de mon stage dont la durée se limite à 16 semaines, nous devrons mettre en
place la succession des différentes étapes devant aboutir à l’estimation finale de l’âge de
l’individu.
• L’intégration de toutes ces étapes n’est pas exigée dans l’immédiat, mais serait envisagée si
les délais le permettent
• L’analyse de la question devra être détaillée et prévoir les manquements et insuffisances du
programme de façon à permettre d’évaluer la fiabilité des résultats et les éventuelles
marges d’erreur.
• Nous avons choisi d’opter pour l’utilisation des langages de programmation C++ et Java,
pour des raisons de meilleure maîtrise

2.3. Le développement

2.3.1. La planification initiale du travail

Nous avions établi la planification suivante qui prévoit la fin du projet eu 10 Juin 2007.
En raison du déplacement nous ne sommes arrivés sur le lieu de stage que le 12/03/2007.
Cette prévision affecte à la seule ressource humaine du projet toutes les tâches, lesquelles
s’enchaînent les unes au autres par des liens de type début-fin.

2.3.2. Le formatage de l’image en entrée

C’est la première phase du développement. Elle consiste à sélectionner sur la radiographie du


poignet proposée, la partie centrée sur le carpe et utile pour l’analyse. Plus cette sélection est
objective et précise, plus notre évaluation sera objective et scientifiquement fiable.

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Figure 7: Planification initiale

2.3.3. Détermination de relation entre âge et nombre d’os

En analysant statistiquement la série des 98 clichés radiographiques des poignets d’enfants de


3 mois à 12 ans, nous sommes arrivés à établir une relation entre le nombre des os présents au
poignet et l’âge en années de l’enfant.
A un an, 2 os sont visibles au poignet chez 80% des enfants de cet âge
A deux ans, 3 os son visibles
A trois ans, on en voit 4
A quatre ans, ils sont au nombre de 4 ou 5
A 5 ans, il y en a 7 au total
A 6 ans, on en 7
A partir de 8 ans jusqu’à 12 ans, on observe 9 os au poignet Dans cette tranche d’âge, une
particularité distinctive se trouve dans le fait que la surface occupée par l’ensemble de ses os
sur la cliché augmente avec l’âge. Il semble que cette corrélation âge/nombre d’os soit
fonction du type de population étudiée. Ce qui aurait été à l’origine de certaines erreurs faites
par le passé lorsque l’on a cherché à estimer l’âges des jeunes africains en se fondant sur des
critères anatomiques issues des études réalisées sur des populations caucasiennes.
Nous allons nous baser sur ces considérations pour arriver à extraire l’information sur l’âge au
sein d’un cliché qui nous est présenté.

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2.3.4. La logique de fonctionnement de notre programme

Elle consiste simplement à faire un parcours de l’image en entrée pour en extraire


l’information sur le nombre d’os distinguable au niveau du poignet.
Pour cela, nous réalisons d’abord une binarisation de l’image en prenant pour seuil un nombre
voisin de la moyenne des niveaux de gris.

for (i=0, i= LongueurImage, i++)


{
for (j=0, j= taille= LargeurImage, j++)
(If t(i,j) > moy)
{
t(i,j) = 1;
blancs++;

}
else
{
t(i,j)=0
noirs++;
}
}
}
Proportion = blancs x 1/blancs + noirs
La proportion trouvée est le pourcentage reflétant la surface occupée par les os du poignet
sur l’image en entrée.
Un autre paramètre important noté nombre d’os va être recherché. Il représente le nombre de
structures ellipsoïdes sur l’image. On doit donc pratiquer une reconnaissance de forme. C’est
sur l’image binaire que nous appliquons notre programme de reconnaissance de formes
elliptiques. Le code en annexe donne des détails de nos traitements. Le paramètre retourné par
le programme est NOMBROS qui représente le nombre de formes unies détectées dans
l’image. Et le programme conclut en affichant l’âge de 0 à 12 ans selon les critères simples
suivants :
Si NOMBROS = 2 alors âge = 12 mois environs
Si NOMBROS = 3 alors âge = 2 ans environs
Si NOMBROS = 4 alors âge = 3 ans environs
Si NOMBROS = 5 alors âge = 4 ans environs
Si NOMBROS = 7 alors âge = 6 ou 5 ans environs

Si NOMBROS = 9 alors
Si Pourcentage = 60% alors âge = 7-8 ans
Si Pourcentage = 60 – 70% alors âge = 8 – 10 ans
Si Pourcentage = 70 – 90% alors âge = 10 – 12 ans

Procédure d’estimation de l’âge osseux à partir de données radiologiques numérisées 20


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2.3.5. Les détails techniques de programmation

Nous avons, par choix personnel opté pour la programmation en C++. Nous avons d’abord
procédé à une acquisition de l’image que nous avons ensuite chargée avec la librairie
cmubraphics. L’image est ensuite scannée pixel par pixel et on crée une image binaire partant
de l’image que l’on vient d’acquérir. Ce n’est qu’ensuite qu’on va effectuer une série de
traitements pour reconnaitre des formes géométriques dans l’image. Pour cela, on crée un
marqueur dont tous les pixels sont à zéro sauf les pixels du bord et on supprime tous les pixels
qui touchent le bord. On effectue quelques opérations d’érosion et on reconstruit l’image à
partir du marqueur. On balaie ensuite l’image pour isoler chaque forme restante. Les annexes
2 à 5 montrent quelques fragments du codé développé.

2.3.6. L’interface graphique

Nous avons développé une interface graphique très modeste en java qui charge l’image
préformatée stockée à un endroit sur la machine. Une fois cette image chargée, le bouton
ESTIMATION D’AGE fait appel à la fonction principale du programme. Les divers
traitements et calculs s’enchaînent et le résultat final est affiché dans le champ AGE.

2.3.7. Bilan d’aspect managérial

La seule ressource humaine que nous constituions sur le projet a essayé gérer les délais et
jalons prévus en début de projet. La gestion et prévention des risques de retard nous avait fait
prévoir une marge de 15 jours. Cette marge s’est finalement révélée bien utile car les deux
dernières semaines avant la fin du stage ont été marquées par des exigences administratives
liées au retour sur Bordeaux.

2.4. Les pistes d’évolution possibles

2.4.1. L’amélioration de l’interface

On pourrait compléter l’interface graphique en y rajoutant de nouveaux champs qui


permettraient :
• soit d’afficher la marge d’erreur sur l’estimation faîte
• soit de prendre entrée d’autres critères qui s’avéreraient déterminants dans le calcul (par
exemple qu’il s’agit d’une fille ou d’un garçon)

2.4.2. L’identification précise de certains os

Les os du carpe ont des formes bien différentes et sont reconnaissables les unes des
autres. Cet élément pourrait être exploité pour améliorer la précision des résultats obtenus. Par
exemple, comme le montre l’annexe 1, lorsqu’un os tel que le trapézoïde (de forme
triangulaire) fait son apparition, l’individu a entre 3 et 4 ans. D’autres critères morphologiques
et positionnels sont utilisables pour une meilleure précision de l’estimation. Cependant cela
semble devenir très rapidement complexe. Nous n’avons eu la possibilité d’aller plus loin dans
ce sens.

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2.4.3. L’élaboration d’estimations pour le 12-15 ans

Les critères que nous avons utilisés ne nous permettent pas d’estimer l’âge des enfants entre
12 et 15 ans, car à ces âges les aspects morphologiques et positionnels des os du carpe
semblent devenir statiques. Il n’y plus de changement flagrant car le majorité des os a déjà
atteint sa maturité de croissance. Il est donc nécessaire de réfléchir à d’autres critères
permettant de gérer ces cas sans confusion. Nous pensons qu’on pourrait rechercher sur les
images des signes distinctifs très particuliers comme la saillie de la pointe de l’os crochu qui
semble n’être bien visible qu’à 15 ans.

2.4.4. Amélioration éventuelle des critères de conclusion

Dans notre travail, le cas NOMBROS = 6 correspond à une erreur. En effet, naturellement le
« 6ème et le 7ème » os apparaissent quasi simultanément. On peut néanmoins imaginer des cas où
physiologiquement, l’un apparait avant l’autre. Il faut que le logiciel puisse avoir une réponse
adaptée à ce cas. De plus NOMBROS = 7 correspond à une tranche d’âge de 5 à 6 ans.
Comment être plus précis ? Il nous faudrait un autre critère discriminatif.

2.4.5. Le mise en place d’un indicateur de taux d’erreur

Il s’agirait d’un indicateur qui établirait à chaque fois la marge d’erreur qu’on pourrait avoir au
sujet du résultat qu’indique le logiciel.

2.4.6. Intégration en module aux logiciels Patient

Notre logiciel existe actuellement comme une seule entité autonome servant uniquement et
strictement à la recherche d’estimation de l’âge chez des enfants de 0 à 12 ans. Il trouverait
une place encore plus adaptée au sein d’un logiciel de gestion de données Patient. Au besoin,
le médecin ferait alors juste appel à notre module qui se chargerait d’estimer rapidement l’âge
de l’enfant dont la radiographie préenrégistrée vient d’être chargée en mémoire. Le
programme pourrait aussi être greffé sur un dispositif de prise d’image adapté.

• 2.4.7. L’acquisition directe de la zone d’image

On pourrait penser à un dispositif radiographique qui prendrait les images au format nécessité
par le programme. Dans notre cas, nous avons manuellement créé le format d’image qui nous
convenait. Cette tâche serait à priori aussi automatisable, mais il nous semble que ceci
nécessitera des procédures encore plus complexes que ceux mises en œuvre dans notre
programme.

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Conclusion

Ce stage nous a conduit à réaliser, un programme informatique servant à estimer l’âge


osseux à partir de données d’examens radiographiques. Ce programme est censé s’il est
fonctionnel , être mis à la diposition des médecins et des instances judicières pour enfants
qui sont souvent amenés à procéder à des estimations d’âge en vue de décisions médicales
ou légales. La procédure que nous avons mis en place fonctionne mais mécessite avant
toute utilisation, l’approbation des instances médicales et légales.

La réalisation de ce travail nous a conduit a effectuer un déplacement géographique sur


l’Afrique. Nous avons pu analyser la place qu’occupe l’informatique dans les villes
africaines. Des besoins certains existent, mais le sous-équipement, associé au manque de
ressources humaines compétentes freine le développement des NTIC dans ces territoires..
Ce stage a offert l’opportunité de mettre en applications des concepts développés au
cours de l’année d’étude en licence professionnelle. Nous avons essayé de pratiquer le
management de projet en termes de gestion des délais. Nous étions la seule ressource sur
le projet, mais il nous arrivait de bénéficier des conseils de quelques informaticiens de la
place. L’autoformation a été nécessaire et rendue possible grâce à un accès facile à
internet. Il a fallu œuvrer de telle manière qu’une autre personne puise facilement
reprendre le programme pour y rajouter des fonctionnalités ou corriger des erreurs.
Plusieurs perspectives d’évolution sont envisageables en termes de garanties de fiabilité.

Enfin, sur le plan culturel et humain, cette expérience a été très enrichissante. Outre la
découverte d’un pays et d’une culture, l’occasion s’est aussi présenté d’évaluer les besoins
en informatisation des pays de sud et de réfléchir sur les possibilités de création
d’entreprises informatiques dans les pays en voie de développement.

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Annexes
ANNEXE1

Procédure d’estimation de l’âge osseux à partir de données radiologiques numérisées


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ANNEXE 2: ACQUISITION ET CHARGEMENT DE L’IMAGE


int main()
{
short int **iGris=0; // pour l'acquisition de l'image.
double tmp1,tmp2,tmp3;
int Histogramme[256];
int t,num=1,tfinal;
tfinal=clock();
image ImgTmp("./test.JPG",JPEG); //on charge l'image avec
la lib cmugraphics

//on crée une fenetre de la taille de l'image


window F(int(ImgTmp.GetWidth()+3),int(ImgTmp.GetHeight()+3),0,0);

//on crée une seconde fenetre pour marquer le traitement effectué


window G(300,600,700,0);

//on met en place la double bufferisation


F.SetBuffering(TRUE);

G.SetBuffering(TRUE);
OUT_MENU(G);

iGris=AllocT(iGris,ImgTmp.GetHeight(),ImgTmp.GetWidth());

F.DrawImage(ImgTmp,0,0);
F.UpdateBuffer();

for(int i=0;i<255;i++)
Histogramme[i]=0;

//acquisition de l'image
t=clock();
for(i=0;i<ImgTmp.GetHeight();i++) //on scan l'image
pixel par pixel =>on remplit le tab RVB
for(int j=0;j<ImgTmp.GetWidth();j++)
{
F.GetColor(j,i,tmp1,tmp2,tmp3);
iGris[i][j]=(tmp1*255+tmp2*255+tmp3*255)/3;

Histogramme[int((tmp1*255+tmp2*255+tmp3*255)/3)]+=1;
}

Out(G,num++,"Aquisition de l'image: \0",clock()-t);


//on cree un objet "image binaire" à partir de l'image que l'on
vient d'acquérir
ImageBinaire *ImgBin=new
ImageBinaire(iGris,Histogramme,ImgTmp.GetHeight(),ImgTmp.GetWidth());

DesAllocT(iGris,ImgTmp.GetHeight());

//*****************************************************************
*********************

Procédure d’estimation de l’âge osseux à partir de données radiologiques numérisées 25


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//On va effectuer un suite de traitement pour extraire les formes


géométrique de l'image
//et reconnaitre les différentes formes.
//*****************************************************************
*********************

//le suillage automatique permet de passer d'une image en niveau de


gris à une image binaire
t=clock();
ImgBin->Seuillage_Automatique(2);

Out(G,num++,"Seuillage automatique: \0",clock()-t);


DrawImg(F,*ImgBin);

//l'ouverture permet de supprimer les petits objets et le bruit


mais aussi les objets sortants
t=clock();
ImgBin->Ouverture(2,3);
//la fermeture permet de supprimer les objets entrants
ImgBin->Fermeture(2,3);

Out(G,num++,"Ouverture + fermeture \0",clock()-t);


DrawImg(F,*ImgBin);

//on cree un marqueur dont tous les pixel sont a zero sauf les
pixels du bord
ImageBinaire *Marqueur=new
ImageBinaire(ImgTmp.GetHeight(),ImgTmp.GetWidth(),1);

//On suprime tous les éléments qui touche le bord


t=clock();
ImgBin->Reconstuction(*Marqueur);

Out(G,num++,"Kill boarders \0",clock()-t);


DrawImg(F,*ImgBin);

t=clock();

*Marqueur=*ImgBin; //on copie l'image


binaire
Marqueur->Erosion(4); //On effectue 2 Erosions
successives
Marqueur->Erosion(4);
Out(G,num++,"Deux érosions \0",clock()-t);
t=clock();
ImgBin->Reconstuction(*Marqueur); //On reconstruit l'image
à partir du marqueur
*ImgBin=*Marqueur;

Out(G,num++,"Nettoyage final \0",clock()-t);


num++;
DrawImg(F,*ImgBin);

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ANNEXE 3: EXTRACTION DE FORMES


//on va maintenant isoler chaque forme restante en balayant toute
l'image,
//en marquant le premier pixel à 1 trouvé et en reconstruisant la
forme

ImageBinaire *tmp,*tmp22,*tmp33,*ImageFinal;
int cpt=0,X,Y,NbPixel,nb=1;
vector<POINT>Pt;
Pt.resize(0);
POINT Pt_Tmp;

tmp22=new ImageBinaire(*ImgBin); //on fait des copies le


l'image binaire nettoyé
tmp33=new ImageBinaire(*ImgBin);
ImageFinal=new ImageBinaire(*ImgBin);
t=clock();

while(tmp22->Isolation(&X,&X)) //On isole la


première forme trouver dans tmp22
{

*ImgBin=*tmp22;
NbPixel=ImgBin->Aire();
DrawImg(F,*ImgBin);

tmp=new ImageBinaire(*ImgBin);

Out(G,num++,"Forme numéro ",clock()-t,nb++);


t=clock();

ImgBin->Ouverture(3,3); //On realise une


ouverture=>objets sortants
*tmp-=*ImgBin;
//DrawImg(F,*tmp);

*ImgBin=*tmp;
cpt=0;
Pt.resize(0);
while(tmp->Isolation(&X,&Y)) //on va isoler les objets
sortants en les localisants
{

Pt_Tmp.x=X;
Pt_Tmp.y=Y;
Pt.push_back(Pt_Tmp);

cpt++;
*ImgBin-=*tmp; //on supprime
le coin que l'on a compté
*tmp=*ImgBin;
}

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