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MINISTERE DE LA SANTE C M S S AINT R APHAËL DE N YEKONAKPOE Procédure

MINISTERE DE LA SANTE

CMS SAINT RAPHAËL DE NYEKONAKPOE

DE LA SANTE C M S S AINT R APHAËL DE N YEKONAKPOE Procédure d'estimation de

Procédure d'estimation de l'âge osseux à partir de données radiologiques numérisées

RAPPORT DE STAGE Lévi Kankoé SALLAH LICENCE PROFESSIONNELLE IS Institut Universitaire de Technologie Université de Bordeaux1

2006-2007

Maître de Stage D r Sénouwa AMOUSSOU

Enseignant Responsable IUT M. Jean-Michel LEPINE

Stage effectué du 05 Mars au 22 Juin 2007 au CMS Nyékonakpoé - Lomé

Département Informatique R ÉSUMÉ CMS Nyékonakpoé Lomé Le Centre Médico-Social Saint Raphaël, inau guré par

Département Informatique

RÉSUMÉ

CMS Nyékonakpoé Lomé

Département Informatique R ÉSUMÉ CMS Nyékonakpoé Lomé Le Centre Médico-Social Saint Raphaël, inau guré par le

Le Centre Médico-Social Saint Raphaël, inauguré par le ministère de la santé du Togo en Octobre 2006, a jugé intéressant la mise en place d’une procédure d’estimation de l’âge osseux, basée sur l’analyse de radiographies numérisées. Ceci permettrait d’estimer l’âge des enfants et adolescents dont on ignore les données d’état civil, en particulier la date de naissance. Ce rapport décrit l’analyse du problème et la mise en place d’une application informatique susceptible de répondre aux attentes formulées.

ABSTRACT

Inaugurated by the Togolese Health Ministry in October 2006, the Saint Raphael Medical and Social Center find it interesting to create a process which would help to estimate bone age by analyzing digitized radiographies. This would help to estimate the age of children and teenagers whose civil status data are unknown, especially the birthday. This report describes the analysis of the problem and the creation of a program capable to come up to the formulated expectation.

Département Informatique CMS Nyékonakpoé Lomé R EMERCIEMENTS J e souhaite remercier le Docteur AMOUSSOU Sénouwa,

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CMS Nyékonakpoé Lomé

REMERCIEMENTS

Informatique CMS Nyékonakpoé Lomé R EMERCIEMENTS J e souhaite remercier le Docteur AMOUSSOU Sénouwa,

Je souhaite remercier le Docteur AMOUSSOU Sénouwa, Responsable Médical du CMS Nyékonakpoé pour m’avoir permis d’effectuer mon stage dans le Centre Médico- Social dont il gère spécifiquement les activités médicales.

Je remercie l’ensemble du personnel du Centre pour sa gentillesse et son sein du Centre.

accueil au

Je tiens à remercier l’ensemble des acteurs de l’activité informatique de la ville de Lomé ainsi que toutes les personnes que j’ai eu à rencontrer aussi bien au CMS Nyékonakpoé que sur le site de l’Université de Lomé à l’occasion de ce stage.

Toute ma gratitude aux enseignants de l’IUT Informatique de l’Université Bordeaux I pour les connaissances qu’ils m’ont transmises durant ma formation.

Département Informatique S OMMAIRE CMS Nyékonakpoé Lomé INTRODUCTION 7 1. LE CENTRE MEDICO-SOCIAL ST RAPHAËL

Département Informatique

SOMMAIRE

CMS Nyékonakpoé Lomé

Département Informatique S OMMAIRE CMS Nyékonakpoé Lomé INTRODUCTION 7 1. LE CENTRE MEDICO-SOCIAL ST RAPHAËL

INTRODUCTION

7

1.

LE CENTRE MEDICO-SOCIAL ST RAPHAËL A NYEKONAKPOE

8

 

1.1.

PRESENTATION : UN CMS AU SEIN DUNE CAPITALE AFRICAINE

8

1.1.1. UNE VILLE SUR LA COTE OUEST-AFRICAINE

8

1.1.2. LE CMS AU SEIN DU DISPOSITIF ADMINISTRATIF TOGOLAIS

9

1.1.3. ACTIVITES ET MISSIONS ET PROJETS

9

1.1.4. DES CHIFFRES ET VUES DENSEMBLE

9

1.2.

L'INFORMATIQUE AU CMS ET DANS LA VILLE DE LOME EN GENERAL

12

1.2.1. LE SYSTEME D’INFORMATION DU CMS

12

1.2.2. PRINCIPAUX PRESTATAIRES DE SERVICES INFORMATIQUES DANS LA VILLE

12

2.

DEVELOPPEMENT DU LOGICIEL

13

 

2.1.

LA QUESTION

13

2.1.1. L’IDEE ET LE BUT DU LOGICIEL

13

2.1.2. DES PRODUITS SEMBLABLES EXISTENT-ILS DEJA SUR LE MARCHE ?

16

2.2.

LA PHASE DANALYSE

17

2.2.1. FAISABILITE

17

2.2.2. LES FONCTIONNALITES

17

2.2.3. OUTILS ET METHODES CHOISIES

18

2.3.

LE DEVELOPPEMENT

18

2.3.1. LA PLANIFICATION INITIALE DU TRAVAIL

18

2.3.2. LE FORMATAGE DE LIMAGE EN ENTREE

18

2.3.3. DETERMINATION DE RELATION ENTRE AGE ET NOMBRE DOS

19

2.3.4. LA LOGIQUE DE FONCTIONNEMENT DE NOTRE PROGRAMME

20

2.3.5. LES DETAILS TECHNIQUES DE PROGRAMMATION

21

2.3.6. L’INTERFACE GRAPHIQUE

21

2.3.7. BILAN DASPECT MANAGERIAL

21

2.4.

LES PISTES DEVOLUTION POSSIBLES

21

2.4.1. L’AMELIORATION DE LINTERFACE

21

2.4.2. L’IDENTIFICATION PRECISE DE CERTAINS OS

21

2.4.3. L’ELABORATION DESTIMATIONS POUR LE 12-15 ANS

22

2.4.4. AMELIORATION EVENTUELLE DES CRITERES DE CONCLUSION

22

2.4.5. LE MISE EN PLACE DUN INDICATEUR DE TAUX DERREUR

22

2.4.6. INTEGRATION EN MODULE AUX LOGICIELS PATIENT

22

CONCLUSION

 

23

ANNEXES

24

Département Informatique CMS Nyékonakpoé Lomé T ABLE DES I LLUSTRATIONS F F I I G

Département Informatique

CMS Nyékonakpoé Lomé

TABLE DES ILLUSTRATIONS

CMS Nyékonakpoé Lomé T ABLE DES I LLUSTRATIONS F F I I G G 1 1

FFIIGG 11 :: SSIITTUUAATTIIOONN GGEEOOGGRRAAPPHHIIQQUUEE DDEE LLAA VVIILLLLEE DDEE LLOOMMEE

 

88

FFIIGG

22 :: DDIISSTTRRIICCTT SSAANNIITTAAIIRREE NN°°44

1111

FFIIGG

33 :: TTOOPPOOGGRRAAPPHHIIEE DDEEQQUUIIPPEE

1111

FFIIGG 44 :: EEVVOOLLUUTTIIOONN DDEESS OOSS DDUU PPOOIIGGNNEETT CCHHEEZZ LLEENNFFAANNTT EENN CCRROOIISSSSAANNCCEE

1155

FFIIGG

55 :: CCHHOOIIXX DDEESS MMEETTHHOODDEESS DDEESSTTIIMMAATTIIOONN EENN FFOONNCCTTIIOONN DDEE LLAAGGEE 66 :: IIMMAAGGEE PPRREEFFOORRMMAATTEEEE CCEENNTTRRAANNTT LLEE CCAARRPPEE

 

1166

FFIIGG

 

1177

FFIIGG

77 :: PPLLAANNIIFFIICCAATTIIOONN IINNIITTIIAALLEE

1199

Département Informatique CMS Nyékonakpoé Lomé T ABLES DES A NNEXES A A N N N

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CMS Nyékonakpoé Lomé

TABLES DES ANNEXES

Informatique CMS Nyékonakpoé Lomé T ABLES DES A NNEXES A A N N N N E

AANNNNEEXXEE 11 :: DDEETTEERRMMIINNAATTIIOONN DDEE LLAAGGEE OOSSSSEEUUXX SSEELLOONN LLEE DDRR LLEEFFEEBBVVRREE AANNNNEEXXEE 22 :: AACCQQUUIISSIITTIIOONN EETT CCHHAARRGGEEMMEENNTT DDEE LLIIMMAAGGEE

2244

2255

AANNNNEEXXEE 33 :: EEXXTTRRAACCTTIIOONN DDEE FFOORRMMEESS

2277

Département Informatique CMS Nyékonakpoé Lomé Introduction Le Centre Médico-Social Saint Raphaël de Lomé, reçoit

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CMS Nyékonakpoé Lomé

Introduction

Informatique CMS Nyékonakpoé Lomé Introduction Le Centre Médico-Social Saint Raphaël de Lomé, reçoit

Le Centre Médico-Social Saint Raphaël de Lomé, reçoit depuis sa création un grand nombre de patients issus de milieux ruraux et ne possédant pas toujours de pièces d’identification d’état civil permettant de déterminer leur âge juridique. Or, la connaissance de l’âge des individus en médecine est un préalable indispensable à toute démarche diagnostique ou thérapeutique et plus encore dans toute démarche de médecine légale. Il est donc nécessaire de trouver le moyen d’estimer au mieux l’âge physiologique du patient. Les méthodes couramment utilisées s’adaptent mieux aux enfants et ont pour visée d’apprécier l’état de maturation osseuse.

Mon stage de fin d'études de Licence Professionnelle Informatique Option Image et Son s'est déroulé du 05 Mars au 22 Juin 2007 au CMS Saint Raphaël de Nyékonakpoé, à Lomé au Togo, sous la responsabilité du D r Sénouwa AMOUSSOU.

L'objectif de ce stage a été la mise en place d’une procédure automatisée d’estimation de l’âge osseux chez les enfants de 0 à 15 ans en utilisant des clichés radiographiques du poignet.

La première partie du rapport présente le cadre du stage dans sa globalité, les activités du CMS et les services informatiques qu’il est possible de trouver dans la ville de Lomé. La seconde partie regroupe l’analyse du projet, l’architecture de la démarche et les résultats obtenus.

Département Informatique CMS Nyékonakpoé Lomé 1. Le Centre Médico-Social St Raphaël à Nyékonakpoé 1.1.

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CMS Nyékonakpoé Lomé

Département Informatique CMS Nyékonakpoé Lomé 1. Le Centre Médico-Social St Raphaël à Nyékonakpoé 1.1.

1. Le Centre Médico-Social St Raphaël à Nyékonakpoé

1.1. Présentation : un CMS au sein d’une capitale africaine

1.1.1. Une ville sur la côte Ouest-Africaine

La ville de Lomé su situe en bordure de mer sur la côte ouest-africaine. C’est la capitale du Togo, ancienne colonie allemande, puis française, devenue indépendante en 1960. Le pays a une superficie de 56600 km 2 . Il est limité respectivement au Nord, à l’Est et à l’Ouest par le Burkina Faso, le Bénin et le Ghana. Au Sud on trouve l’Océan Atlantique au bord duquel est construite la ville de Lomé. La population du Togo est estimée à sept Millions d’habitants dont un million vivrait à Lomé. Lomé est donc la capitale économique et politique du Togo. Le dialecte communément parlé et la mina. Le Français est la langue de d’administration. La ville centralise 50% de l’activité économique du pays. Elle abrite la première des deux universités du pays. Le PBI par habitant était estimé à 340 dollars US en 2004 La croissance est estimée à 3% et le secteur des services représente 40% de l’activité globale. En 2005 on comptait 300000 abonnés au réseau internet.

En 2005 on comptait 300000 abonnés au réseau internet. F F i i g g u

FFiigguurree 11::

SSiittuuaattiioonn ggééooggrraapphhiiqquuee ddee llaa vviillllee ddee LLoomméé

Département Informatique CMS Nyékonakpoé Lomé 1.1.2. Le CMS au sein du dispositif administratif Togolais Le

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CMS Nyékonakpoé Lomé

Département Informatique CMS Nyékonakpoé Lomé 1.1.2. Le CMS au sein du dispositif administratif Togolais Le CMS

1.1.2. Le CMS au sein du dispositif administratif Togolais

Le CMS Saint Raphaël se situe dans les quartiers Ouest de la ville de Lomé, dans le district sanitaire n° 4 qui regroupe trois structures sanitaires :

CMS Nyékonakpoé ;

CMS UTB Circulaire ;

Centre de Santé de Kodjoviakopé.

La ville de Lomé comporte au total 5 districts sanitaires qui quadrillent la ville Des cabinets médicaux et autres centres de santé privés existent dans le district n°4. Le CMS Nyékonakpoé a été inauguré le 08 Mars 2005.

1.1.3. Activités et missions et projets.

Depuis sa création, le CMS Nyékonakpoé organise de nombreuses activités visant la promotion de la santé :

il assure un grand nombre de consultations médicales ;

certains malades font régulièrement l’objet d’une hospitalisation ;

il organise des consultations prénatales et le suivi des grossesses ;

il entreprend régulièrement des séances de sensibilisations et de promotion de la sante. Les questions les plus fréquemment préoccupantes sont les diarrhées avec déshydratation, l’allaitement maternel, le paludisme, l’hypertension artérielle.

Le CMS s’assigne certaines missions et objectifs à court moyen et long terme :

parvenir à obtenir une plus ample couverture sanitaire ;

effectuer une extension des locaux du centre pour mieux répondre aux besoins, face à l’augmentation croissante du nombre de consultants. Il s’en suit qu’il faudra doter le centre d’avantage en ressources humaines, en accroître les infrastructures au vu de l’étendue et du type des besoins.

1.1.4. Des chiffres et vues d’ensemble

Le siège :

S’étalant sur une superficie de 500 m 2 le centre possède un total de onze salles, aménagées pour ses diverses prestations. La population cible du CMS, population du district n°4 est estimée à 72000 habitants environs.

Les ressources humaines

L’équipe est constituée d’une quinzaine de personnes dont un médecin, quatre infirmières, une sage-femme, une accoucheuse, une secrétaire, une directrice, deux agents d’entretien, un veilleur de nuit, un chauffeur, un technicien de laboratoire, deux agents de pharmacie. Toutes ces personnes travaillent en étroite collaboration les unes avec les autres.

Département Informatique CMS Nyékonakpoé Lomé • Les ressources matérielles Le centre dispose de dix lits

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CMS Nyékonakpoé Lomé

Département Informatique CMS Nyékonakpoé Lomé • Les ressources matérielles Le centre dispose de dix lits

Les ressources matérielles

Le centre dispose de dix lits d’hospitalisation, de microscopes pour les examens

parasitologiques de base et de l’ensemble nécessaire à la pratique des consultations médicales.

Il possède un petit parc informatique constitué de cinq ordinateurs dont deux microportables.

Deux servent à la gestion pharmaceutique. L’un est dédié à la gestion administrative du centre. Les deux autres sont censés contenir des données techniques et fiches Patient et sont à la disposition du médecin.

Les ressources financières

La construction du centre a été financée par le Fond de Solidarité Populaire, structure ayant un profil d’Organisation Non Gouvernemental. Le budget 2007 s’élevait à 33 Millions de francs CFA. Les principales charges sont : l’achat de produits pharmaceutiques, les rémunérations du personnel, l’entretien des locaux et les investissements pour équipements médicaux. En 2006, la balance financière était équilibrée. Les revenus générés par le centre étaient suffisants pour couvrir ses dépenses.

La gestion administrative

L’organisme ayant financé la construction du centre en a confié la gestion à la communauté religieuse NDE.

Les consultants et partenaires

En amont :

o

Le ministère à qui le centre compte proposer la procédure d’estimation automatisée de l’âge. Il prend note des rapports d’activité du centre.

o

Des partenaires essentiels sont la GTZ (ONG allemande de promotion de la santé), la Coopération Française qui estime régulièrement les indicateurs d’avancement

En aval :

o

Les patients constituent une « clientèle » et une cible d’activités de sensibilisation.

o

Les services informatiques de la ville de Lomé susceptibles d’effectuer les prestations de services demeurent des partenaires potentiels.

A

travers la coordination de district, des liens existent avec les autres CMS du secteur.

Le travail en équipe

Il

implique différents acteurs en étroite collaboration sur le site. Des réunions d’équipe sont

périodiquement organisées.

Département Informatique CMS Nyékonakpoé Lomé • FFiigguurree 22:: District n°4: 72.000 hbts Centre de santé

Département Informatique

CMS Nyékonakpoé Lomé

Département Informatique CMS Nyékonakpoé Lomé • FFiigguurree 22:: District n°4: 72.000 hbts Centre de santé

FFiigguurree 22:: District n°4: 72.000 hbts Centre de santé Kodjoviakopé Cliniques et cabinets médicaux (18)
FFiigguurree 22::
District n°4: 72.000 hbts
Centre de santé
Kodjoviakopé
Cliniques et
cabinets
médicaux (18)
CMS UTB Circulaire
Officines
pharmaceutiques (8)
UPS Accueil et
maison pour tous
Structures privées
non agrées (24)
CMS
Nyékonakpoé
Revendeurs informels de
produits
pharmaceutiques (17)
PUBLIC
PRIVE

DDiissttrriicctt ssaanniittaaiirree NN°°44

Directrice Médecin Sages-femmes Techniciens Labo Infirmières Secrétaire Agents de Pharmacie Accoucheuse
Directrice
Médecin
Sages-femmes
Techniciens Labo
Infirmières
Secrétaire
Agents de
Pharmacie
Accoucheuse
Chauffeur
Veilleur de nuit

FFiigguurree 33:: TTooppooggrraapphhiiee ddééqquuiippee

Département Informatique CMS Nyékonakpoé Lomé 1.2. L'Informatique au CMS et dans la ville de Lomé

Département Informatique

CMS Nyékonakpoé Lomé

Département Informatique CMS Nyékonakpoé Lomé 1.2. L'Informatique au CMS et dans la ville de Lomé en

1.2. L'Informatique au CMS et dans la ville de Lomé en général

1.2.1. Le Système d’Information du CMS

Le Centre n’est pas informatisé dans tout son ensemble. Certaines données Patient sont toujours consignées et sauvegardées dans un registre tenu de façon manuelle. Des données numérisées sont conservées dans les ordinateurs au sujet des entrées et sorties et de la disponibilité des produits pharmaceutiques. La gestion administrative globale constitue l’autre partie du système d’information du CMS et est faite par ordinateur.

1.2.2. Principaux prestataires de services informatiques dans la ville

Pour ses besoins en services informatiques, le CMS, comme toutes les PME de la place, a recours aux services de prestataires locaux. Les principaux sont : CAFE Informatique, CIB Inta, DEFI Informatique. Ces prestataires de services informatiques assurent pour la plupart l’installation et l’équipement des parcs informatiques d’entreprises.

Département Informatique 2. Développement du logiciel 2.1. La question 2.1.1. L’idée et le but du

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2. Développement du logiciel

2.1. La question

2.1.1. L’idée et le but du logiciel

CMS Nyékonakpoé Lomé

L’idée et le but du logiciel CMS Nyékonakpoé Lomé Il arrive parfois, qu’au CMS Nyékonakpoé le

Il arrive parfois, qu’au CMS Nyékonakpoé le médecin reçoive un patient dont il ignore l’âge, faute de données sur l’état civil du malade. Le problème se pose le plus souvent chez des personnes d’un âge assez avancé. Mais il n’est pas très rare que l’on reçoive un jeune enfant dont l’âge ne peut être certifié avec précision par aucun document écrit. Les compétences d’un médecin lui permettent devant une telle situation, d’estimer approximativement l’âge de l’individu en question. Il utilise alors le plus souvent une radiographie du poignet ou du coude du malade. Ceci est possible grâce au principe suivant lequel, le nombre, la taille et la position des « petits os » de ces articulations sont en rapport avec l’âge de l’individu. L’estimation que peut faire un médecin, en se basant sur lesdits éléments demeure assez subjective, d’où l’idée de mettre en place un processus de traitement automatisé capable d’estimer de façon scientifique (et donc objective) l’âge d’un individu.

L’idée du logiciel

Lorsqu’une lettre de demande de stage a été adressée au CMS, l’idée de ce logiciel a émergé dans l’équipe médicale, car la préoccupation de l’estimation juste de l’âge osseux est un des besoins fréquemment rencontrés dans le cadre des activités du centre. Ce sujet fût donc retenu comme thème de stage à proposer à l’étudiant. Ce sujet avait fait quelques mois plus tôt l’objet de débats juridiques dans le pays par rapport à la protection des mineurs.

Le but visé

Il s’agirait en définitif d’obtenir un logiciel informatique qui prend en entrée une portion d’image radiographique du poignet et que affiche en sortie le résultat correspondant à l’âge estimé du patient. Ce logiciel permettrait ainsi une meilleure adaptation des posologies des traitements, grâce à une connaissance plus précise de l’âge physiologique de l’individu. Un autre but est aussi de pouvoir être en mesure de prendre judicieusement des décisions médico-légales où l’âge est un paramètre important. Il serait alors possible de préciser si un individu est mineur ou pas, alors qu’on ne dispose d’aucun élément sur son état civil. Le CMS compte proposer cette méthode au Ministère de la Santé, voire de l’Intérieur qui a souvent à prendre des décisions légales au sujet d’ « enfants » « sans papiers ». La plupart de ces décisions sont en rapport avec des questions de tutelle, d’autonomie et de responsabilité face à la justice.

La forme du logiciel

Aucune forme précise n’avait été déterminée pour ce travail au départ. Aucun langage de programmation, ni aucune architecture de travail n’étaient proposés au départ. Il nous appartenait d’effectuer nous même l’analyse de la question et de juger des questions de faisabilité. La première idée de programmation que nous avons envisagée est celle qui serait basée sur la détection de contours des os d’une articulation, permettant de les étiqueter et de les dénombrer. Cette méthode nécessiterait un travail considérable en programmation. Elle aurait le mérite d’être assez spécifique de la présente situation. Une seconde idée se baserait sur l’utilisation l’histogramme en temps qu’image à analyser. Elle serait plutôt imprécise et dépendrait de la qualité des clichés radiologiques.

Département Informatique CMS Nyékonakpoé Lomé De ces deux pistes, la première nous paraissait plus recommandable.

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CMS Nyékonakpoé Lomé

Département Informatique CMS Nyékonakpoé Lomé De ces deux pistes, la première nous paraissait plus recommandable. Le

De ces deux pistes, la première nous paraissait plus recommandable. Le dénombrement et l’étiquetage des surfaces osseuses avec possibilité de calcul des surfaces détectées permettent d’avoir une approche plus précise des os sésamoïdes présents au niveau d’une articulation. Les os de l’articulation du poignet apparaissent l’un après l’autre au fil des âges. Au-delà d’un certain âge, la maturité osseuse de ces os est atteinte et il n’y a plus de modification sensible de leur aspect dans le temps. La méthode d’estimation de l’âge osseux que nous envisageons de mettre au point sera donc adaptée aux sujets jeunes spécialement ceux ayant entre zéro et douze ans. Elle fonctionnera peu ou pas avec des individus dont l’âge dépasse un certain seuil. En pratique médicale courante, la technique de référence utilisée pour déterminer l’âge osseux sur les radiographies est la méthode de Greulich et Pyle. Cette méthode est basée sur la comparaison de l’ossification du poignet de la main gauche de l’enfant par rapport à des images de référence. Les indices les plus fiables de l’âge osseux sont l’ossification du sésamoïde du pouce, du pisiforme, de l’épiphyse du premier métacarpien et des épiphyses phalangiennes. L’âge osseux est établi à partir de statistiques calculées sur la population. Chaque type de population a ses repères. Les caucasiens n’ont pas les mêmes normes que les asiatiques.

L'ensemble des os du carpe est absent à la naissance. Leur apparition s'échelonne tout au long de la croissance, selon un schéma bien connu.

De même, les noyaux d'ossification secondaire des phalanges et des os de l'avant-bras apparaissent au cours de la croissance, l'ensemble de ces données permettant d'évaluer l'âge osseux.

Rappelons la disposition particulière des noyaux au niveau de la main : les épiphyses des phalanges sont proximales, alors que celles des métacarpiens sont distales, exception faite de l'épiphyse du premier métacarpien qui est proximale.

Des noyaux d'ossification accessoire peuvent apparaître au niveau des épiphyses proximales des quatre derniers métacarpiens.

Les épiphyses peuvent apparaître condensées ou présenter un aspect bipartite ou encore une forme de cône.

un aspect bipartite ou encore une forme de cône. De nombreux os accessoires peuvent être retr

De nombreux os accessoires peuvent être retrouvés au niveau du carpe, leurs topographies sont consignées dans les atlas de référence.

Département Informatique CMS Nyékonakpoé Lomé Voici quelques radiographies montrant l’évol ution des os du poignet

Département Informatique

CMS Nyékonakpoé Lomé

Département Informatique CMS Nyékonakpoé Lomé Voici quelques radiographies montrant l’évol ution des os du poignet

Voici quelques radiographies montrant l’évolution des os du poignet chez un enfant. On note que ces os apparaissent progressivement dans le temps.

note que ces os apparaissent pr ogressivement dans le temps. 3 mois et demi 5 ans

3 mois et demi

apparaissent pr ogressivement dans le temps. 3 mois et demi 5 ans 12 ans F F

5 ans

pr ogressivement dans le temps. 3 mois et demi 5 ans 12 ans F F i

12 ans

FFiigguurree 44:: EEvvoolluuttiioonn ddeess ooss dduu ppooiiggnneett cchheezz lleennffaanntt eenn ccrrooiissssaannccee

Département Informatique CMS Nyékonakpoé Lomé Dans la rigueur, les radio-pédiatres propos ent le schéma suivant

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CMS Nyékonakpoé Lomé

Département Informatique CMS Nyékonakpoé Lomé Dans la rigueur, les radio-pédiatres propos ent le schéma suivant

Dans la rigueur, les radio-pédiatres proposent le schéma suivant comme organigramme d’orientation (algorithme 123) devant la recherche d’estimation de l’âge d’un enfant. Il est fonction de l’âge.

de l’âge d’un enfant. Il est fonction de l’âge. F F i i g g u

FFiigguurree 55:: CChhooiixx ddeess mméétthhooddeess ddeessttiimmaattiioonn eenn ffoonnccttiioonn ddee llââggee

2.1.2. Des produits semblables existent-ils déjà sur le marché ?

Certains travaux ont été faits, qui sont en rapport plus ou moins direct avec notre sujet. Nous les avons découverts en utilisant des moteurs de recherche internet.

Le logiciel LOGAETOS est un outil informatique d'aide à la détermination de l'âge osseux à partir de radiographies du coude. Il a été élaboré dans le cadre d'un DEA effectué dans le laboratoire d'Anthropologie Biologique de la faculté de médecine de Marseille (*) par Mr Kbaier Pascal sous la direction du Pr Panuel et du Dr Dutour au cours de l'année universitaire 2002/2003.

Par ailleurs nous avons retrouvé un thème central des Journées Françaises d’Informatique Médicale qui est : analyse et d’images par le contenu en radiologie, indexation d’images radiologiques d’âge osseux. Il était question de mettre en place un système informatique capable de reconnaître les radiographies du poignet et de les classer en fonction de la tranche d’âge suspectée par l’analyse d’image.

Les droits d’auteur ne nous ont pas permis d’avoir accès à ces aux résultats de ces travaux pour les tester.

Département Informatique 2.2. La phase d’analyse 2.2.1. Faisabilité CMS Nyékonakpoé Lomé Nous avons décidé de

Département Informatique

2.2. La phase d’analyse

2.2.1. Faisabilité

CMS Nyékonakpoé Lomé

d’analyse 2.2.1. Faisabilité CMS Nyékonakpoé Lomé Nous avons décidé de nous limiter au cas d’esti mation

Nous avons décidé de nous limiter au cas d’estimation de l’âge d’un enfant (entre 0 et 12 ans). Cette tranche d’âge permet de garantir la faisabilité du projet. Cela permet, comme le montre l’algorithme précédent, de limiter notre analyse aux radiographies du poignet. Sinon, il faudrait en plus avoir à analyser les radiographies des membres inférieur et supérieur, du coude et des crêtes iliaques. Pour qu’un programme informatique prenne en charge adéquatement l’image des os du poignet, il faut lui passer en entrée une image pré-formatée, ciblant avec précision les os du carpe. Voir schéma ci-dessous

avec précision les os du carpe. Voir schéma ci-dessous • F F i i g g

FFiigguurree 66:: IImmaaggee pprrééffoorrmmaattééee cceennttrraanntt llee ccaarrppee

Il est alors possible, par traitement informatisé d’identifier les os sur cette image, ce qui traduit l’âge de l’individu. Une détection de contours suivie d’étiquetage peut permettre l’identification des os.

2.2.2. Les fonctionnalités

Le logiciel à mettre en place devrait posséder les fonctionnalités suivantes :

Identifier le nombre d’os au sein de l’articulation

Identifier les distances qui séparent les os les uns des autres

Calculer la « densité osseuse globale » de l’articulation

Donner une estimation de l’âge en fonction des éléments qui précèdent.

Le logiciel devrait avoir l’aptitude à détecter si l’image qu’on lui passe en entrée n’est pas une image radiographique du poignet ou qu’elle est de mauvaise qualité.

Département Informatique 2.2.3. Outils et méthodes choisies CMS Nyékonakpoé Lomé Au cours des nombreuses discussions

Département Informatique

2.2.3. Outils et méthodes choisies

CMS Nyékonakpoé Lomé

2.2.3. Outils et méthodes choisies CMS Nyékonakpoé Lomé Au cours des nombreuses discussions que nous avons

Au cours des nombreuses discussions que nous avons eu en équipe avec notre maître de stage, il est ressorti que :

Dans le cadre de mon stage dont la durée se limite à 16 semaines, nous devrons mettre en place la succession des différentes étapes devant aboutir à l’estimation finale de l’âge de l’individu.

L’intégration de toutes ces étapes n’est pas exigée dans l’immédiat, mais serait envisagée si les délais le permettent

L’analyse de la question devra être détaillée et prévoir les manquements et insuffisances du programme de façon à permettre d’évaluer la fiabilité des résultats et les éventuelles marges d’erreur.

Nous avons choisi d’opter pour l’utilisation des langages de programmation C++ et Java, pour des raisons de meilleure maîtrise

2.3. Le développement

2.3.1. La planification initiale du travail

Nous avions établi la planification suivante qui prévoit la fin du projet eu 10 Juin 2007. En raison du déplacement nous ne sommes arrivés sur le lieu de stage que le 12/03/2007. Cette prévision affecte à la seule ressource humaine du projet toutes les tâches, lesquelles s’enchaînent les unes au autres par des liens de type début-fin.

2.3.2. Le formatage de l’image en entrée

C’est la première phase du développement. Elle consiste à sélectionner sur la radiographie du poignet proposée, la partie centrée sur le carpe et utile pour l’analyse. Plus cette sélection est objective et précise, plus notre évaluation sera objective et scientifiquement fiable.

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2.3.3. Détermination de relation entre âge et nombre d’os

En analysant statistiquement la série des 98 clichés radiographiques des poignets d’enfants de 3 mois à 12 ans, nous sommes arrivés à établir une relation entre le nombre des os présents au poignet et l’âge en années de l’enfant.

A un an, 2 os sont visibles au poignet chez 80% des enfants de cet âge

A deux ans, 3 os son visibles

A trois ans, on en voit 4

A quatre ans, ils sont au nombre de 4 ou 5

A 5 ans, il y en a 7 au total

A 6 ans, on en 7

A partir de 8 ans jusqu’à 12 ans, on observe 9 os au poignet Dans cette tranche d’âge, une

particularité distinctive se trouve dans le fait que la surface occupée par l’ensemble de ses os sur la cliché augmente avec l’âge. Il semble que cette corrélation âge/nombre d’os soit fonction du type de population étudiée. Ce qui aurait été à l’origine de certaines erreurs faites par le passé lorsque l’on a cherché à estimer l’âges des jeunes africains en se fondant sur des critères anatomiques issues des études réalisées sur des populations caucasiennes. Nous allons nous baser sur ces considérations pour arriver à extraire l’information sur l’âge au sein d’un cliché qui nous est présenté.

Département Informatique CMS Nyékonakpoé Lomé 2.3.4. La logique de fonctionnement de notre programme Elle consiste

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Département Informatique CMS Nyékonakpoé Lomé 2.3.4. La logique de fonctionnement de notre programme Elle consiste

2.3.4. La logique de fonctionnement de notre programme

Elle consiste simplement à faire un parcours de l’image en entrée pour en extraire l’information sur le nombre d’os distinguable au niveau du poignet. Pour cela, nous réalisons d’abord une binarisation de l’image en prenant pour seuil un nombre voisin de la moyenne des niveaux de gris.

for (i=0, i= LongueurImage, i++)

{

for (j=0, j= taille= LargeurImage, j++) (If t(i,j) > moy)

{

t(i,j) = 1; blancs++;

}

else

{

t(i,j)=0

noirs++;

}

}

}

Proportion = blancs x 1/blancs + noirs La proportion trouvée est le pourcentage reflétant la surface occupée par les os du poignet sur l’image en entrée. Un autre paramètre important noté nombre d’os va être recherché. Il représente le nombre de structures ellipsoïdes sur l’image. On doit donc pratiquer une reconnaissance de forme. C’est sur l’image binaire que nous appliquons notre programme de reconnaissance de formes elliptiques. Le code en annexe donne des détails de nos traitements. Le paramètre retourné par le programme est NOMBROS qui représente le nombre de formes unies détectées dans l’image. Et le programme conclut en affichant l’âge de 0 à 12 ans selon les critères simples suivants :

Si NOMBROS = 2 alors âge = 12 mois environs Si NOMBROS = 3 alors âge = 2 ans environs Si NOMBROS = 4 alors âge = 3 ans environs Si NOMBROS = 5 alors âge = 4 ans environs Si NOMBROS = 7 alors âge = 6 ou 5 ans environs

Si NOMBROS = 9 alors Si Pourcentage = 60% alors âge = 7-8 ans Si Pourcentage = 60 – 70% alors âge = 8 – 10 ans Si Pourcentage = 70 – 90% alors âge = 10 – 12 ans

Département Informatique CMS Nyékonakpoé Lomé 2.3.5. Les détails techniques de programmation Nous avons, par choix

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Département Informatique CMS Nyékonakpoé Lomé 2.3.5. Les détails techniques de programmation Nous avons, par choix

2.3.5. Les détails techniques de programmation

Nous avons, par choix personnel opté pour la programmation en C++. Nous avons d’abord procédé à une acquisition de l’image que nous avons ensuite chargée avec la librairie cmubraphics. L’image est ensuite scannée pixel par pixel et on crée une image binaire partant de l’image que l’on vient d’acquérir. Ce n’est qu’ensuite qu’on va effectuer une série de traitements pour reconnaitre des formes géométriques dans l’image. Pour cela, on crée un marqueur dont tous les pixels sont à zéro sauf les pixels du bord et on supprime tous les pixels qui touchent le bord. On effectue quelques opérations d’érosion et on reconstruit l’image à partir du marqueur. On balaie ensuite l’image pour isoler chaque forme restante. Les annexes 2 à 5 montrent quelques fragments du codé développé.

2.3.6. L’interface graphique

Nous avons développé une interface graphique très modeste en java qui charge l’image préformatée stockée à un endroit sur la machine. Une fois cette image chargée, le bouton ESTIMATION D’AGE fait appel à la fonction principale du programme. Les divers traitements et calculs s’enchaînent et le résultat final est affiché dans le champ AGE.

2.3.7. Bilan d’aspect managérial

La seule ressource humaine que nous constituions sur le projet a essayé gérer les délais et jalons prévus en début de projet. La gestion et prévention des risques de retard nous avait fait prévoir une marge de 15 jours. Cette marge s’est finalement révélée bien utile car les deux dernières semaines avant la fin du stage ont été marquées par des exigences administratives liées au retour sur Bordeaux.

2.4. Les pistes d’évolution possibles

2.4.1. L’amélioration de l’interface

On

permettraient :

pourrait

compléter

l’interface

graphique

en

y

rajoutant

de

nouveaux

champs

qui

soit d’afficher la marge d’erreur sur l’estimation faîte

soit de prendre entrée d’autres critères qui s’avéreraient déterminants dans le calcul (par exemple qu’il s’agit d’une fille ou d’un garçon)

2.4.2. L’identification précise de certains os

Les os du carpe ont des formes bien différentes et sont reconnaissables les unes des autres. Cet élément pourrait être exploité pour améliorer la précision des résultats obtenus. Par exemple, comme le montre l’annexe 1, lorsqu’un os tel que le trapézoïde (de forme triangulaire) fait son apparition, l’individu a entre 3 et 4 ans. D’autres critères morphologiques et positionnels sont utilisables pour une meilleure précision de l’estimation. Cependant cela semble devenir très rapidement complexe. Nous n’avons eu la possibilité d’aller plus loin dans ce sens.

Département Informatique CMS Nyékonakpoé Lomé 2.4.3. L’élaboration d’estimations pour le 12-15 ans Les critères

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Département Informatique CMS Nyékonakpoé Lomé 2.4.3. L’élaboration d’estimations pour le 12-15 ans Les critères

2.4.3. L’élaboration d’estimations pour le 12-15 ans

Les critères que nous avons utilisés ne nous permettent pas d’estimer l’âge des enfants entre 12 et 15 ans, car à ces âges les aspects morphologiques et positionnels des os du carpe semblent devenir statiques. Il n’y plus de changement flagrant car le majorité des os a déjà atteint sa maturité de croissance. Il est donc nécessaire de réfléchir à d’autres critères permettant de gérer ces cas sans confusion. Nous pensons qu’on pourrait rechercher sur les images des signes distinctifs très particuliers comme la saillie de la pointe de l’os crochu qui semble n’être bien visible qu’à 15 ans.

2.4.4. Amélioration éventuelle des critères de conclusion

Dans notre travail, le cas NOMBROS = 6 correspond à une erreur. En effet, naturellement le « 6 ème et le 7 ème » os apparaissent quasi simultanément. On peut néanmoins imaginer des cas où physiologiquement, l’un apparait avant l’autre. Il faut que le logiciel puisse avoir une réponse adaptée à ce cas. De plus NOMBROS = 7 correspond à une tranche d’âge de 5 à 6 ans. Comment être plus précis ? Il nous faudrait un autre critère discriminatif.

2.4.5. Le mise en place d’un indicateur de taux d’erreur

Il s’agirait d’un indicateur qui établirait à chaque fois la marge d’erreur qu’on pourrait avoir au sujet du résultat qu’indique le logiciel.

2.4.6. Intégration en module aux logiciels Patient

Notre logiciel existe actuellement comme une seule entité autonome servant uniquement et strictement à la recherche d’estimation de l’âge chez des enfants de 0 à 12 ans. Il trouverait une place encore plus adaptée au sein d’un logiciel de gestion de données Patient. Au besoin, le médecin ferait alors juste appel à notre module qui se chargerait d’estimer rapidement l’âge de l’enfant dont la radiographie préenrégistrée vient d’être chargée en mémoire. Le programme pourrait aussi être greffé sur un dispositif de prise d’image adapté.

2.4.7. L’acquisition directe de la zone d’image

On pourrait penser à un dispositif radiographique qui prendrait les images au format nécessité par le programme. Dans notre cas, nous avons manuellement créé le format d’image qui nous convenait. Cette tâche serait à priori aussi automatisable, mais il nous semble que ceci nécessitera des procédures encore plus complexes que ceux mises en œuvre dans notre programme.

Département Informatique CMS Nyékonakpoé Lomé Conclusion Ce stage nous a conduit à réaliser, un prog

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Conclusion

Département Informatique CMS Nyékonakpoé Lomé Conclusion Ce stage nous a conduit à réaliser, un prog ramme

Ce stage nous a conduit à réaliser, un programme informatique servant à estimer l’âge osseux à partir de données d’examens radiographiques. Ce programme est censé s’il est fonctionnel , être mis à la diposition des médecins et des instances judicières pour enfants qui sont souvent amenés à procéder à des estimations d’âge en vue de décisions médicales ou légales. La procédure que nous avons mis en place fonctionne mais mécessite avant toute utilisation, l’approbation des instances médicales et légales.

La réalisation de ce travail nous a conduit a effectuer un déplacement géographique sur l’Afrique. Nous avons pu analyser la place qu’occupe l’informatique dans les villes africaines. Des besoins certains existent, mais le sous-équipement, associé au manque de ressources humaines compétentes freine le développement des NTIC dans ces territoires Ce stage a offert l’opportunité de mettre en applications des concepts développés au cours de l’année d’étude en licence professionnelle. Nous avons essayé de pratiquer le management de projet en termes de gestion des délais. Nous étions la seule ressource sur le projet, mais il nous arrivait de bénéficier des conseils de quelques informaticiens de la place. L’autoformation a été nécessaire et rendue possible grâce à un accès facile à internet. Il a fallu œuvrer de telle manière qu’une autre personne puise facilement reprendre le programme pour y rajouter des fonctionnalités ou corriger des erreurs. Plusieurs perspectives d’évolution sont envisageables en termes de garanties de fiabilité.

Enfin, sur le plan culturel et humain, cette expérience a été très enrichissante. Outre la découverte d’un pays et d’une culture, l’occasion s’est aussi présenté d’évaluer les besoins en informatisation des pays de sud et de réfléchir sur les possibilités de création d’entreprises informatiques dans les pays en voie de développement.

Annexes

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Annexes Département Informatique CMS Nyékonakpoé Lomé A NNEXE 1 Procédure d’estimation de l’âge osseux à partir

ANNEXE1

Département Informatique CMS Nyékonakpoé Lomé A NNEXE 1 Procédure d’estimation de l’âge osseux à partir de

Procédure d’estimation de l’âge osseux à partir de données radiologiques numérisées

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Département Informatique CMS Nyékonakpoé Lomé A NNEXE 2: A CQUISITION ET CHARGEMENT DE L ’ IMAGE

ANNEXE 2: ACQUISITION ET CHARGEMENT DE LIMAGE

int main()

{

short int **iGris=0;

// pour l'acquisition de l'image.

double tmp1,tmp2,tmp3; int Histogramme[256]; int t,num=1,tfinal; tfinal=clock(); image ImgTmp("./test.JPG",JPEG); la lib cmugraphics

//on charge l'image avec

//on crée une fenetre de la taille de l'image window F(int(ImgTmp.GetWidth()+3),int(ImgTmp.GetHeight()+3),0,0);

//on crée une seconde fenetre pour marquer le traitement effectué window G(300,600,700,0);

//on met en place la double bufferisation F.SetBuffering(TRUE);

G.SetBuffering(TRUE);

OUT_MENU(G);

iGris=AllocT(iGris,ImgTmp.GetHeight(),ImgTmp.GetWidth());

F.DrawImage(ImgTmp,0,0);

F.UpdateBuffer();

for(int i=0;i<255;i++)

Histogramme[i]=0;

//acquisition de l'image t=clock();

for(i=0;i<ImgTmp.GetHeight();i++)

//on scan l'image

pixel par pixel =>on remplit le tab RVB for(int j=0;j<ImgTmp.GetWidth();j++)

{

 

F.GetColor(j,i,tmp1,tmp2,tmp3);

iGris[i][j]=(tmp1*255+tmp2*255+tmp3*255)/3;

Histogramme[int((tmp1*255+tmp2*255+tmp3*255)/3)]+=1;

}

Out(G,num++,"Aquisition de l'image: \0",clock()-t); //on cree un objet "image binaire" à partir de l'image que l'on vient d'acquérir ImageBinaire *ImgBin=new ImageBinaire(iGris,Histogramme,ImgTmp.GetHeight(),ImgTmp.GetWidth());

DesAllocT(iGris,ImgTmp.GetHeight());

//*****************************************************************

*********************

Département Informatique CMS Nyékonakpoé Lomé //On va effectuer un suite de traitement pour extraire les

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Département Informatique CMS Nyékonakpoé Lomé //On va effectuer un suite de traitement pour extraire les formes

//On va effectuer un suite de traitement pour extraire les formes géométrique de l'image //et reconnaitre les différentes formes. //***************************************************************** *********************

//le suillage automatique permet de passer d'une image en niveau de gris à une image binaire t=clock();

ImgBin->Seuillage_Automatique(2);

Out(G,num++,"Seuillage automatique: \0",clock()-t); DrawImg(F,*ImgBin);

//l'ouverture permet de supprimer les petits objets et le bruit mais aussi les objets sortants t=clock();

ImgBin->Ouverture(2,3);

//la fermeture permet de supprimer les objets entrants

ImgBin->Fermeture(2,3);

Out(G,num++,"Ouverture + fermeture \0",clock()-t); DrawImg(F,*ImgBin);

//on cree un marqueur dont tous les pixel sont a zero sauf les pixels du bord ImageBinaire *Marqueur=new

ImageBinaire(ImgTmp.GetHeight(),ImgTmp.GetWidth(),1);

//On suprime tous les éléments qui touche le bord t=clock(); ImgBin->Reconstuction(*Marqueur);

Out(G,num++,"Kill boarders \0",clock()-t); DrawImg(F,*ImgBin);

t=clock();

*Marqueur=*ImgBin; binaire

//on copie l'image

Marqueur->Erosion(4);

successives

//On effectue 2 Erosions

Marqueur->Erosion(4);

Out(G,num++,"Deux érosions \0",clock()-t); t=clock(); ImgBin->Reconstuction(*Marqueur); à partir du marqueur *ImgBin=*Marqueur;

//On reconstruit l'image

Out(G,num++,"Nettoyage final \0",clock()-t); num++; DrawImg(F,*ImgBin);

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Département Informatique CMS Nyékonakpoé Lomé A N N E X E 3: E XTRACTION DE FORMES

ANNEXE 3: EXTRACTION DE FORMES

//on va maintenant isoler chaque forme restante en balayant toute l'image, //en marquant le premier pixel à 1 trouvé et en reconstruisant la

forme

ImageBinaire *tmp,*tmp22,*tmp33,*ImageFinal; int cpt=0,X,Y,NbPixel,nb=1; vector<POINT>Pt;

Pt.resize(0);

POINT Pt_Tmp;

tmp22=new ImageBinaire(*ImgBin); l'image binaire nettoyé tmp33=new ImageBinaire(*ImgBin); ImageFinal=new ImageBinaire(*ImgBin); t=clock();

while(tmp22->Isolation(&X,&X))

première forme trouver dans tmp22

{

*ImgBin=*tmp22;

NbPixel=ImgBin->Aire();

DrawImg(F,*ImgBin);

tmp=new ImageBinaire(*ImgBin);

//on fait des copies le

//On isole la

Out(G,num++,"Forme numéro ",clock()-t,nb++); t=clock();

ImgBin->Ouverture(3,3);

ouverture=>objets sortants *tmp-=*ImgBin; //DrawImg(F,*tmp);

*ImgBin=*tmp;

cpt=0;

Pt.resize(0);

while(tmp->Isolation(&X,&Y)) sortants en les localisants

{

Pt_Tmp.x=X;

Pt_Tmp.y=Y;

Pt.push_back(Pt_Tmp);

cpt++; *ImgBin-=*tmp; le coin que l'on a compté *tmp=*ImgBin;

}

//On realise une

//on va isoler les objets

//on supprime