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Gestion
des ressources
phytogénétiques
(RPG)
Module : Ressources phytogénétiques et pastorale
Par : Hamini Faiza
Master 1 écologie végétale et environnement
2017/2018
Plan
Définition des RPG
Erosion génétique
RPG locales et développement durable
Gestion des RPG
Echantillonnage
Outils d’analyse de la diversité
Evaluation
Amélioration
Valorisation
Conservation
Definition

Les « Ressources phytogénétiques


pour l’alimentation et l’agriculture » ou
(RPG) désignent le matériel génétique
d’origine végétale ayant une valeur
effective ou potentielle pour
l’alimentation et l’agriculture (FAO,
2009).
Erosion génétique
La diversité phytogénétique est menacée par l’« érosion génétique », un terme inventé
par les scientifiques pour désigner la perte de gènes individuels et de combinaisons de
gènes tels que ceux que l’on retrouve dans les variétés adaptées aux conditions locales.

L’amélioration génétique a montré son efficacité mais elle entraine chez les plantes une
érosion génétique a triple niveaux (paradoxe du sélectionneur):
o Le nombre d’éspéces cultivées diminues car certaines plus étudiées que d’autres
(ex: les anciennes variétés de blé)
o La gamme variétale diminue (les variétés nouvelles sont apparentées entre elles et
n’ont pas tout les gênes des variétés locales qui ont servi a les selectionner)
o La variabilité interne d’une variété diminue (les variétés paysannes sont remplacées
par des lignées pures)

Parmi les autres causes de l’érosion génétique figurent l’apparition de nouveaux


ravageurs, de plantes adventices et de maladies ou encore la dégradation
environnementale, l’urbanisation ainsi que le défrichage par la déforestation et les feux
de brousse, (INRA, 2008).
Potager :
En un siècle, 75 % de la diversité génétique a disparu.  
Exemples historiques

o Les cultivars Majhol/Najda et la fusariose du palmier dattier au


Maroc (80% de la palmeraie disparue).

o Le champignon qui a ravagé les hybrides du Maïs au USA (-50%


de la production) et les variétés classiques qui ont sauvé les
agriculteurs.

o Le mildiou de la pomme de terre en Irlande et la grande migration


vers l’Amérique a cause de la famine.

o Maurice Borlaug et le prix Nobel de la paix pour la sélection de blé


a haut rendement pour l’inde et le Pakistan.
RPG locales et développement durable

• Les ressources phytogénétiques constituent la base biologique de la sécurité alimentaire mondiale.


Les diverses espèces locales et la diversité génétique qu’elles renferment jouent un rôle primordial
dans le développement économique, social et culturel.

• Les ressources génétiques locales (cultivars primitifs, landraces) demeurent la matière première la
plus importante pour le sélectionneur. Quelque que soit la méthode utilisée (sélection massale,
croisement, génie génétique etc.) pour la création de nouvelles variétés les institutions de recherche
ont besoin des ressources génétiques locales qui possèdent des caractères de rusticité plus
favorables et des rendements stables, donc durables.

• Les connaissances endogènes et les savoir-faire des communautés rurales qui ne prélevaient de la
nature que le strict besoin ont beaucoup contribué à la préservation des ressources naturelles. Les
missions de conquête avec la croissance démographique trop rapide des populations de la planète
accompagnées de changements parfois radicaux dans les pratiques agricoles des autochtones ont
bouleversé l’équilibre harmonieux entre l’homme et son environnement. Les semences améliorées
introduites dans les fermes, bien qu’ayant une performance limitée dans le temps, occupent de plus
en plus de superficies au détriment des ressources génétiques locales. Cela a pour conséquence
l’érosion du matériel génétique local. C’est pourquoi, les institutions de recherche doivent collaborer
avec les communautés pour la mise en œuvre d’une stratégie de conservation participative, pour
garantir une conservation, une utilisation durable et un partage juste et équitable des avantages
découlant de l’exploitation des ressources phytogénétiques .
Gestion des RPG
• Tout programme avisé de gestion, doit impérativement
reposer sur des informations fiables quant au niveau de
diversité génétique et la distribution de cette variation
génique.

• La diversité génétique est l'étendue de la variabilité


génétique mesurée chez un individu, une population, une
espèce ou un groupe d'espèces. Les informations
relatives au niveau de diversité et relations entre
génotypes sont nécessaires pour une conservation et
utilisation efficace des ressources génétiques.
Prospecter

Améliorer Inventorier

Gestion
Valoriser Caractériser

Evaluer Conserver
Echantillonnage

Il faut donc procéder à un échantillonnage le plus exhaustif possible de cette


diversité. On prend en compte les études sur la biologie de la reproduction, les
flux de gènes et la répartition de la variabilité génétique.

L’application de ce principe n’évite cependant pas que la récolte d’une portion


reste une phase de sélection anthropique. La collecte doit bien évidemment se
faire dans le respect de la station et des individus échantillonnés. La priorité de
récolte est évaluée avant chaque campagne de récolte, en fonction de leur
statut de menace ainsi que des stocks de semences présents dans la
collection.
Outils d’analyse de la diversité

L’analyse de la diversité ou caractérisation


de la diversité au sein des ressources
phytogénétiques est un préalable pour
l’ensemble d’activités de leur gestion. Il y a
différents types d’outils, appelés
généralement marqueurs, pour analysé la
diversité : morphologiques, biochimiques et
moléculaires.
Rappel de génétique
Expression des gènes : Du génotype au phénotype

Le polymorphisme désigne la coexistence de plusieurs allèles pour un


gène ou un locus.
Marqueurs morphologiques

L’observation morphologique est la base de la


description du matériel végétal ; elle est simple et
facile à pratiquer. La morphologie (phénotype) vient
de l’expression du gène donc le polymorphisme
morphologique traduit le polymorphisme génétique.

Les caractères morphologiques les plus


discriminants sont préférentiellement retenus pour
les descriptions.
Différentes variétés de riz
Institut international
des ressources phytogénétiques

• Pour la quasi totalité des espèces concernées, il existe désormais des listes internationales
standardisées de descripteurs morphologiques (IPGRI). A chaque descripteur (par exemple, la couleur du
limbe d'une feuille) correspond plusieurs modalités (par exemple, jaune, vert clair ou vert sombre).
Chaque modalité se voit attribuée un code qui facilite la description systématique des accessions au
champ (par exemple, jaune = 1, vert clair = 2, vert sombre = 3).

• La liste fournit un format international et constitue un « langage » universellement utilisé les données
concernant les ressources phytogénétiques. L’adoption de ce système pour le codage des données, ou
tout au moins l’universalisation de méthodes permettant d’adapter d’autres systèmes au format IPGRI,
fournira un moyen rapide, fiable et efficace de stockage, de recherche et de diffusion de l’information et
contribuera a l’utilisation du matériel génétique (IPGRI, 2005).

• Un morphotype peut donc se définir comme un phénotype décrit et codé dans un milieu donné à l'aide de
descripteurs reconnus comme fiables et suffisamment discriminants. Un premier traitement des données
à l'aide d'un simple logiciel de gestion de fichiers (par exemple, Dbase, Foxpro, Quattropro...) permet
d'indexer et de classer les individus sur certains caractères, d'identifier le nombre de morphotypes
distincts et les accessions qui présentent des morphotypes identiques. Des morphotypes identiques ne
correspondent pas forcément à un seul génotype, mais peuvent être une même expression phénotypique
codée de génotypes distincts.

• Cependant, les marqueurs morphologiques sont largement affectés par l’environnement, leur utilité est
aussi réduite à cause de leur nombre limité et de leur faible niveau du polymorphisme.
Marqueurs biochimiques
• Les isozymes ont été les premiers types de marqueur biochimiques utilisés.
Cette technique se base sur le polymorphisme enzymatique. Toutefois, l'emploi
des isozymes dans l’étude de la diversité génétique présente quelques limites :
un faible nombre de marqueurs disponibles (limité par le nombre d'enzymes
isolables) et le nombre relativement faible d'isozymes pour une enzyme donnée,
ce qui par conséquent diminue le niveau du polymorphisme.

• On peut aussi utiliser la variabilité dans la composition biochimique en


polyphénols. Si elle est approfondie, elle pourrait servir de chimiotype et
permettre de distinguer entre les variétés.

• Les isoenzymes et les composés phénoliques (phénotype) viennent de


l’expression des gènes donc leur polymorphisme traduit le polymorphisme
génétique. Le niveau de polymorphisme étant restreint, les scientifiques ont
cherché à s’intéresser non plus à l’expression phénotypique du génome, mais à
la constitution même du génome et ont développé d’autres types d’outils, qui
sont les marqueurs moléculaires.
Marqueurs moléculaires
• L’analyse des variations des séquences de l’ADN est aujourd’hui abondamment exploitée pour
l’étude de la diversité génétique. Plusieurs types de marqueurs moléculaires ont été
développés :

• RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA), ou l’amplification aléatoire de l’ADN


polymorphe.

• AFLP (Amplified Fragment Length polymorphism) ou le polymorphisme de longueur des


fragments amplifiés.

• RFLP (Restriction Fragment Length polymorphism) ou le polymorphisme de longueur des


fragments de restriction.

• SSR (Simple Sequence Repeat) ou microsatellites.

• Les marqueurs moléculaires constitue certainement la meilleure manière d’estimer la


biodiversité mais cette méthode reste couteuse et nécessite des infrastructures et une main
d’œuvre très qualifiée
Evaluation
• L’accès à une large diversité génétique est critique dans la réussite des
programmes de valorisation et d’amélioration.

• La valorisation des plantes dépend de la connaissance de la matière


première et, à partir de là, des possibilités de transformation. C’est pour cela
qu’une évaluation des potentialités est nécessaire.

• L’une des principales tâches des améliorateurs est la découverte de


nouveaux gènes ou allèles d’intérêts dans ces ressources génétiques. Des
essais au champ selon des dispositifs expérimentaux visant à connaître les
génotypes possédant des caractères d’intérêt son nécessaire. Les résultats
de cette évaluation conduisent aux meilleurs génotypes (bon rendement,
tolérance à la sécheresse, résistance aux maladies, …, etc.) qui seront
ensuite valorisés.
Valorisation

La valorisation des ressources phytogénétiques se


fait soit par leur utilisation dans les milieux où elles
sont bien adaptées (zones marginales, système à
faible intrants, …). Soit par la transformation ou
encore en les intégrants dans des programmes
d’amélioration afin d’intégrer leurs caractères
d’intérêt dans d’autres fonds génétiques (plantes).
Amélioration

Méthodes
Méthodes classiques
modernes
Conservation des RPG

Conservation

In-situ Ex-situ
Conservation in-situ
• La conservation in-situ correspond a la conservation des
écosystèmes et des habitats naturels et le maintien et la
reconstitution de populations viables d’espèces dans leur
milieu naturel et, dans le cas des espèces domestiquées et
cultivées, dans le milieu ou se sont développes leurs
caractères distinctifs (Benkhalifa, 2010).

• Ce mode de gestion permet de maintenir les potentialités


d’adaptation et d’évolution, face aux variations du milieu.

• Cependant si ces milieux changent ou disparaissent (climat,


pollution, pathogène, catastrophes naturelles…), elles
disparaîtront.
Conservation ex-situ
 La conservation ex situ correspond a la conservation d’éléments
constitutifs de la diversité biologique en dehors de leur milieu naturel;

 La plus part des espèces cultivées sont sélectionnées depuis longtemps.


Leurs ressources génétiques peuvent être alors conservées de manière
stable en dehors de leur habitat d’origine dans des banques de gènes :

 Sous forme de semences (semences orthodoxes ou


récalcitrantes), de pollen ou d’ADN.
 Sous formes d’organes ou plants in vitro (conservation en
croissance ralentie ou cryoconservation)
 Sous forme de collections au champ ou jardins botaniques
(semences hétérozygotes ou espèces a multiplication
végétatives)
 Pour améliorer l’accessibilité à ces larges collections et pour rationaliser l’évaluation de
ces ressources génétiques, le concept des «core collections» ou collections noyaux a
été développé. Il s’agit de mettre en place des collections réduites en nombre
d’accessions mais représentatives de la diversité génétique des collections mères.
Toute la question relève des stratégies d'échantillonnage permettant de garantir cette
diversité optimale. Cette approche se fait sur la base des analyses de diversité par
marqueurs moléculaires : Ainsi pour une espèce, dont la majorité de la variabilité
génétique est intrapopulation, conserver un petit nombre de populations sera suffisant.
Au contraire, pour une espèce à variabilité inter-population importante, il faudra
augmenter le nombre de populations à conserver.

 La banque algérienne de gènes d'animaux et de végétaux devait être opérationnelle en


2014. Elle est située à Barraki à l'est d'Alger (Le Maghreb, 2013).

 Par ailleurs, la conservation ex situ néglige l'influence de la sélection naturelle dans le


façonnement du matériel végétal (fige la diversité). Pour y remédier, une conservation
complémentaire, mais dynamique, des ressources génétiques (matériel conservé au
champ) est nécessaire.
Stockage des ressources selon la FAO

- Les "espèces sauvages et adventices" peuvent être des espèces sauvages du pool primaire ou des espèces
sauvages plus éloignées du pool secondaire voire du pool tertiaire.
 
- Les 4 autres catégories regroupent uniquement des variétés du pool primaire : les anciens cultivars
("cultivars locaux et primitifs"), les vieilles variétés ("variétés obsolètes") conservées même si elles ne sont
plus cultivées en agriculture moderne, les toutes dernières variétés "variétés modernes", et enfin les "souches
spéciales" qui correspondent à certaines formes génétiques passerelles mises au point par les laboratoires
pour faire passer de l’information génétique depuis un pool génétique éloigné vers la variété cultivée (ces
formes ne sont pas suffisamment performantes pour être des variétés, mais l’information génétique qu'elles
contiennent est jugée intéressante).
 
Ces formes sont différemment représentées dans les pays développés, en voie de développement ou encore
dans les organismes internationaux. Ces derniers conservent essentiellement les 4 dernières catégories, alors
que les espèces sauvages, sont plutôt conservées in situ dans leur milieu naturel.
Réseau de conservation
Aujourd’hui, il apparaît clairement que la meilleure stratégie consiste à
associer la conservation ex situ à la conservation in situ, opérée par les
agriculteurs au sein de leurs agroécosystèmes, et, concernant les espèces
sauvages apparentées, dans les zones protégées pour leur valeur
environnementale. Si ces mécanismes visant à conserver la diversité
phytogénétique sont indispensables, l’utilisation durable des ressources
phytogénétiques l’est tout autant. La diversité phytogénétique accroît les
possibilités et permet de se protéger contre des évolutions futures
défavorables, comme des environnements extrêmes et variables. Mais
exploiter ce potentiel implique de pouvoir améliorer les variétés grâce à la
sélection végétale et de mettre en place des partenariats et des réseaux qui
englobent toutes les parties prenantes concernées, depuis les agriculteurs
aux chercheurs en passant par les responsables de banques de gènes.
Cette approche intégrée est fondamentale pour élaborer des mécanismes
qui permettront aux exploitations de s’adapter aux changements,
notamment climatiques, et de faire face aux besoins futurs (INRA, 2008).
• Il s'agit de trouver un compromis entre la vision
économique a court terme des agriculteurs et la vision a
long terme des écologistes (situation gagnant/gagnant).

• Tout cultivar qui ne sera pas utilisé sera perdu par la force
des choses et perdre la diversité c'est risquer un jour de
perdre l'espece et ainsi l'ecosysteme qui l'abritait.

• La conservation in-situ passe par la valorisation et la


valorisation passe par la connaissance de la matière
première. Donc il est impératif de caractériser le patrimoine
locale de chaque région.
Caractérisation

Valorisati
on

Conservation