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Université Ammar Thelidji Laghouat, Algérie

Faculté des sciences


Département des Sciences Biologiques
Master 2 de microbiologie/ Module : Maladies parasitaires des végétaux
Crédit : 6 / Coefficient : 3
Enseignante : Hamini Faiza

Cours 1 : Introduction à la parasitologie végétale

1. Terminologie
La pathologie végétale (phytopathologie ou phytiatrie) est la science qui étudie les maladies
des plantes, surtout les maladies des plantes cultivées. Elle correspond dans les grandes
lignes au concept de « médecine des plante ».

Les phytopathologistes étudient la biologie des plantes et des agents pathogènes des plantes
ainsi que leurs interactions dans les environnements où celles-ci sont cultivées. Ils étudient
également les moyens de contrôle ou de réduction des maladies végétales sur le terrain et
après la récolte. Enfin, les phytopathologistes travaillent avec les agriculteurs pour réduire
les pertes de récolte dues aux agents phytopathogénes.

Les altérations touchant la valeur d’usage de la plante (esthétique dans le cas de plantes
ornementales). Le produit de la culture (rendement en grain, tubercules, fruits, feuilles,…) ou
le potentiel de production (longévité chez les arbres) sont appelées dégâts. Le déficit
socioéconomique résultant des dégâts, défini en valeur financière, exprime les pertes
économiques. Il peut aussi s’agir de perte culturelle.

Selon la FAO (food and agriculture orgnization) les pertes potentielles dues aux maladies et
ravageurs en l’absence de toute mesure de lutte est estimée de 50 à 80%. Avec les mesures
prises dans les pays en voie de développement elle réduite à 50% et dans les pays
développés jusqu’ à 40%.

L’INPV (institut national de la protection des végétaux) est l’établissement chargé du


contrôle des maladies en Algérie.

L’épidémiologie est l’étude des maladies dans les populations c’est-à-dire des facteurs
influençant l'initiation, le développement et la propagation des maladies infectieuses.
Médecins et vétérinaires sont souvent préoccupés par la santé des patients individuels
tandis que les phytopathologistes sont plus préoccupés par la santé des populations
végétales (champs cultivés, les vergers, les forêts,…, etc.). Par endémie, on doit comprendre
la persistance d’une maladie dans un territoire déterminé ou au sein d’une collectivité. Le
terme pandémie désigne une épidémie qui s’étend au-delà des frontières des pays et qui
peut se répandre à l’échelle mondiale.

L’étiologie est la science qui étudie les causes des maladies infectieuses et non infectieuses.
Elle constitue la base de la réflexion et de l’action en phytopathologie.

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Les maladies peuvent être d’origine :
(1) Abiotiques : maladies physiologiques dues aux conditions édapho-climatiques
(manque de nutriment, d’eau, présence d’ions toxiques...).
(2) Biotique : dues à des bioagresseurs tels que :
a. Végétaux : Mauvaises herbes, plantes parasites.
b. Animaux : mammifères, insectes, oiseaux, mollusques,…).
c. Microfaune : protozoaires et nématodes.
d. Microorganismes et entités infectieuses : Virus, viroïdes, bactéries, phytoplasmes
et champignons.

Un parasite est défini comme un organisme (ou entité) qui se nourrit ou se développe
strictement aux dépens d'un organisme hôte d'une espèce différente, de façon permanente
ou pendant une phase de son cycle vital. Par ces définitions ce cours de parasitologie
végétale englobera un nombre restreint des ennemies des cultures qui seront classés en :

(1) Micro-parasites : Champignons, bactéries et phytoplasmes, virus et viroïdes.

(2) Macro-parasites : Protozoaires et nématodes.

2. Historique :
L’homme attribua d’abord les maladies des plantes à des causes divines ou cosmiques et
utilisait comme moyen de lutte des cérémonies destinées à apaiser les dieux. C’est en 1807
que Prévost établie que la carie du blé est causée par un champignon parasite exogène,
créant ainsi les bases de la phytopathologie moderne.

Les maladies des plantes ont joué un rôle déterminant dans plusieurs évènements
historiques :

 Au début du 17eme siècle les armés du Tsar des Russies qui étaient en train de
gagner la guerre contre les ottomans ont étés décimées par un champignon (l’ergot)
qui se trouvait dans la farine de seigle.
 En 1846 le mildiou de la pomme de terre a provoqué une grande famine en Irlande,
ce qui a induit une forte émigration vers le nouveau monde (Amérique).
 En 1880 les anglais se transformèrent en buveurs de thé à cause de la rouille des
caféiers du Sri Lanka.
 À partir des années 1920, la France, la Grande-Bretagne, l'Allemagne et le Japon ont
entrepris des recherches sur les armes biologiques qui incluaient un volet agricole,
lesquelles se sont poursuivies durant la seconde Guerre mondiale.
 En 1960 les semences de blé (à haut rendement et résistant aux maladies)
sélectionnées par le phytopathologiste : Dr Norman Borlaug ont sauvé un milliard de
Pakistanais et d'Indiens de la famine. Elles ont permis de pratiquement doubler la
production de blé de l'Inde et du Pakistan entre 1965 et 1970, soit une hausse de
plus de 11 millions de tonnes. Ces résultats lui valurent le prix Nobel de la paix en
1970.

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Cours 2 : Diagnostic des maladies des plantes

1. Quelles sont les fonctions d'une plante saine?

Tous les organismes vivants ont certaines fonctions biologiques nécessaires à leur santé.
Pour les plantes, ces fonctions biologiques comprennent:

1) Absorption d’eau et éléments minérales par les racines.


2) Transport d’eau et éléments minérales dans la plante.
3) La photosynthèse.
4) Transport des produits de la photosynthèse (sucres) tout au long de la plante.
5) Métabolisme et croissance.
6) Stockage de la nourriture.
7) Reproduction.

Tous les agents pathogènes des plantes interfèrent avec un ou plusieurs de ces fonctions
biologiques. Par exemple, un agent pathogène qui s'attaque aux feuilles réduira la capacité
de la plante à mener la photosynthèse. Un champignon qui attaque les racines de la plante
réduit l’absorption d’eau et éléments minéraux, et aussi leur transport.

2. Le « triangle de la maladie »

Il est important de se rappeler qu'une «maladie» n'est pas exactement la même chose qu'un
«agent pathogène». Une façon d'envisager cela, est de penser à la maladie comme une
interaction entre trois éléments nécessaires:

1) Tout d'abord, il doit y avoir un hôte qui est susceptible (prédisposer) à devenir
malade. Par exemple, certains champignons attaquent principalement les racines de
jeunes plants, donc nous pouvons dire que les plantes plus âgées ne sont pas
sensibles à la maladie. Elles sont dites résistantes.

2) Deuxièmement, il doit y avoir un agent pathogène, que nous appelons parfois


«l'agent causal", qui est capable d'attaquer la plante virulent ou agressif (contraire
de avirulent).

3) Troisièmement, l'interaction entre l'agent causal et la plante doit se produire dans un


environnement qui est favorable (propice). Par exemple, certains agents pathogènes
des plantes dans le sol ne peut attaquer quand il y a beaucoup d'eau dans le sol,
tandis que d'autres sont plus actifs dans le sol sec. De nombreux champignons
attaquant les feuilles des plantes nécessitent une pellicule d'eau sur la surface des
feuilles en vue pour pénétrer dans la plante.

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Le triangle de la maladie fournit un moyen de penser à lutter contre les maladies des plantes,
car si nous pouvons éliminer ou réduire l'importance de l'un des trois côtés du triangle, nous
pouvons éliminer ou de réduire la maladie.

Par exemple, pour un champignon pathogène, l'application d'un fongicide peut tuer l'agent
pathogène et éliminer le côté du triangle "pathogène virulent". Ainsi, si nous plantons des
cultures avec une résistance génétique à un agent pathogène, nous pouvons éliminer ou
réduire le côté du triangle de la maladie étiqueté «hôte sensible". Certains agents
pathogènes des plantes ont besoin d'eau pour attaquer les racines, nous pouvons éliminer
l'«environnement favorable» en drainant l'eau du sol, ou en plantant lorsque le sol est sec.

3. Symptomatologie et le diagnostic

Un symptôme est une indication de la présence de la maladie par la réaction de l'hôte (par
exemple, les chancres, les tâches des feuilles, le flétrissement). L’ensemble des symptômes
pour une maladie est appelé syndrome.

a) Le diagnostic sur le terrain. L'observation de symptômes spécifiques et leur


évolution dans le temps et l'espace est la première étape du diagnostic. Cependant
différents agents peuvent produire des symptômes semblables, et un même agent
peut produire des symptômes variables selon les circonstances de culture et
l’environnement. Le diagnostic sera facilité par l'obtention de toutes les informations
possibles sur les circonstances entourant l'apparition des symptômes: les espèces
cultivées et le cultivar, les pratiques culturelles, l’apparition des premiers symptômes,
le stade de développement de la plante, la maladie sur le terrain, etc.

b) Le diagnostic en laboratoire. Il y a trois approches :


- La détection d'entités infectieuses de l'agent pathogène (ce sont les méthodes
biologiques). Selon le postulat de Koch pour les pathogènes inconnus (4 étapes): 1°
Isolement, 2° culture (+identification et caractérisation), 3° Inoculation pour
reproduire les symptômes puis 4° re-isoler le pathogène de la plante malade.
- Détection des molécules antigéniques synthétisées par l'agent pathogène (ce sont
les méthodes immunologiques).
- La détection des séquences d'acides nucléiques spécifiques au génome de l'agent
pathogène (ce sont les méthodes moléculaires). Cela par amplification par PCR suivi
d’une électrophorèse.

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Cours 3 : Les champignons phytopathogènes
1. Généralités sur les Fungi

 Ils ont longtemps été classifiés parmi les végétaux avant la classification de Whittaker
en 1969.

 Le règne des Fungi (ou mycètes ou champignons) englobe les êtres vivants
eucaryotes hétérotrophes qui sont statiques et ont des cellules à membranes dures
comme les végétaux (callose, hémicellulose). Cela dit ces membranes se composent
aussi de chitine comme celles des animaux. En outre leur premier polymère
glucidique est le glycogène et on note l’existence de zoospores chez certains d’entre
eux. La mycologie science qui étudie les champignons.

 La plupart des champignons ont une structure multicellulaire, mais il y a des


exceptions notables : ainsi les levures sont unicellulaires et ovoïdes ex :
Saccharomyces cerevisiae ou encore sous forme de plasmode (cellule amiboïde sans
squelette).

 L’appareil végétatif est appelé thalle, sans tissus fonctionnel ni appareil ou organe
différencié. Il est constitué de cellules végétatives allongées et cloisonnées ou septé
nommées hyphes. Parfois, le thalle est un simple tube sans cloisons ; on parle alors
de structure coenocytique et de siphon. Ces hyphes s'associent le plus souvent en
mycélium, sorte de feutrage difficile à voir à l'œil nue et le plus souvent impossible à
identifier en l’état (incolore). Le mycélium peut s’organiser pour former un faux tissu
(rhizomorphe, sclérote).

 Ils sont plus précisément osmotrophes grâce à la sécrétion d'enzymes hydrolytiques


par exocytose, permettant ainsi une digestion extracellulaire. Ils ont cinq modes de
nutrition :
o Saprophytisme
o Symbiose mutualiste : lichens, mycorhize, animaux, humains…
o Commensalisme
o Parasitisme
o Carnivorie : 140 espèces de champignons (Arthrobotrys) sont carnivores,
déployant des pièges (filament à mucus collant, cils, hyphes formant un lasso,
phéromones sexuelles attitrant la proie) pour capturer protistes, amibes et vers
(nématodes, rotifères).

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 Leur reproduction est très discrète et d'apparence capricieuse, tantôt asexuée, tantôt
sexuée (anamorphe, télomorphe). Les spores végétatives (conidies) aident à la
dispersion et les spores sexuelles à la conservation et au brassage génétique.

 Ils n'ont pas de différences sexuelles. Les mycologues utilisent plutôt le terme de
bipolarité sexuelle que celui de sexualité (+ et -). Ils sont capables de produire un
nombre considérable de spores haploïdes après une dicaryophase plus ou moins
longue entre la plasmogamie et la caryogamie.

 L’identification se fait selon l’aspect macroscopique, microscopiques (forme du thalle,


fructification, forme des spores macro et micro, présence de capsule ou de
chlamidiospore), critères biochimiques comme la production de toxines ou le
métabolisme glucidique.

 Selon la classification morphologique:

 La plupart des champignons supérieurs qu’on consomme et la levure de bière


appartiennent aux Ascomycètes.

 La caractérisation des champignons s’est d’abord fondée sur l’aspect morphologique


du thalle et des organes de reproduction sexuée mais des niveaux taxonomiques
intraspécifiques ne peuvent être identifiés selon ces critères : forma specialis
(spécificité vis-à-vis d’une espèce) et le biotype ou race (spécificité vis-à-vis d’une
variété ou un cultivar). Ceci a été résolu grâce aux techniques moléculaires.

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 L’évaluation de la structure d’une population fongique permet d’évaluer le poids
relatif des différents facteurs d’évolution (recombinaisons génétiques, mutations,
flux, pression de sélection,…) et de mieux conduire le choix de lutte (choix du gène
de résistance et le déploiement des variétés résistantes).

2. Présentation générale des principales maladies fongiques

a. Champignons à plasmode

Représentés que par des plasmodiophoromycétes (ex : Polymixa betae). Ils


constituent une menace de par leur pathogénicité et en tant que vecteur de virus.
Ils sont surtout parasites d’organes sous terrains provoquant ainsi des
hyperplasies et des hypertrophies.

b. Champignons à thalle filamenteux coenocytique

Les Chitridiomycota (parasite d’algues), les Zygomycota (ex : Rhizopus) et les


Oomycota. Les Oomycota comprennent principalement des Péronosporales
responsables de fonte de semis et de pourritures racinaires sur plantes ligneuses
ou herbacées. On y trouve également les agents responsables de mildious
(parasites obligatoires des parties aériennes des végétaux).

c. Champignons à thalle filamenteux septé

Ce groupe renferme des champignons vrais appartenant aux Ascomycota, aux


Basidiomycotas et aux Deuteromycétes. Les Ascomycota sont des champignons
dont les spores sexuées se forment dans des asques. Le parasite provoquant la
cloque du pécher (déformation des feuilles due à Taphrina deformans) fait partie
des Ascomycètes. Les Deuteromycétes sont caractérisées par l’absence de
reproduction sexuée. On trouve parmi ces espèces les agents responsables des
blancs (oïdium), les Fusarium, Penicillium, Aspergillus, des agents maculicoles, des
champignons responsables de chancres, d’attaque sur fruit et des maladies
vasculaires. Les Basidiomycota sont caractérisés par la production de spores
monocaryotiques haploïdes appelées basidiospores qui se forment sur des
sporocystes appelés basides. Ils réunissent les hyménomycètes qui s’attaquent
souvent aux racines et à la base des tiges de plantes ligneuses. Les Urédinales
sont responsables des rouilles qui affectent un grand nombre de plantes cultivées.
Enfin les Ustilaginales regroupent un ensemble de champignons provoquant des
charbons ou caries, avec production de masses caractéristiques de téliospores
noires dans les organes floraux ou les feuilles.

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3. Cycle parasitaire des champignons

Il existe deux type de champignon parasite : les necrotrophes qui tuent les
cellules végétale et colonisent les tissus mort en quasi saprophyte. Les biotrophes
qui établissent une relation trophique avec les cellules vivantes. Cette relation
peut se limiter à la paroi, aux cellules épidermiques à travers un suçoir
(haustorium) ou complètement pénétrer dans les cellules et se développer à
l’intérieur.

Conservation :

Les organes de reproduction végétative et les graines des végétaux constituent la


première source de l’inoculum primaire. Nombre de champignons
phytopathogénes possèdent également des structures spécialisées résistantes
vis avis des facteurs défavorables du milieu (formes sexuées, chlamydospore,
sclérotes, rhizomorphe,…).

Infection :

L’infection d’une plante par un pathogène passe le plus souvent par l’étape de la
germination de la spore et formation du tube germinatif puis d’une structure
plus ou moins différenciée qui est l’appressorium (qui permet aussi la fixation).
La pénétration se réalise soit directement par la pénétration de la cuticule par le
tube d’infection soit par voie mécanique ou à l’aide d’une cutinase soit
indirectement via les voies naturelles (stomates et hydathodes) ou les
blessures. Les champignons peuvent produire des toxines ce qui augmentent leur
pathogénicité.

Dispersion :

La libération et la dissémination des organes de propagation des champignons


(dont les spores végétatives qui sont produite en grand nombre) est assurée par
un grand nombre de dispersants (vent, eau, outils, vecteurs dont l’homme,..).

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Cours 4 : Procaryotes phytopathogénes

1. Généralités

 Les procaryotes sont des organismes unicellulaires dépourvus de noyau différencié.


Parmi les procaryotes phytopathogénes on distingue les bactéries au sens strict,
pourvues de parois qui confèrent une forme rigide et les mollicutes (phytoplasmes
et spiroplasmes) qui en sont démunis (les mycoplasmes sont leurs homologues
pathogènes d’animaux).

 Certaines bactéries sont sphériques ou ovoïdes (les coques), tandis que d’autres ont
la formes de bâtonnets droits (les bacilles) ou plus au moins spiralées (les vibrions).
Les actinomycètes forment de longs filaments constituant un « pseudo mycélium ».
Toutes les bactéries parasites de végétaux sont des bacilles.

 Les bactéries possèdent une paroi rigide elle-même enrobée d’une couche muqueuse
appelée capsule (protectrice contre la dessiccation, les UV et les bactériophages).Le
constituant spécifique de la paroi des bactéries est le peptidoglycane. La particularité
de chaque type de paroi permet de subdiviser les bactéries en Gram+ et Gram- et
cela après la coloration de Gram (cristal violet suivi d’une solution d’iode).

 L’absence de paroi confère aux mollicutes des propriétés telles que le


polymorphisme et l’insensibilité aux antibiotiques s’attaquant à la paroi. Cependant
ils sont sensibles aux variations de pression osmotique.

 Les spiroplasme sont mobiles se cultives dans des milieux de culture facilement
donnant des colonies spiralées. Les phytoplasmes sont immobiles et récalcitrants à la
culture. Ils donnent des colonies filamenteuses et pléomorphes.

 Le matériel chromosomique bactérien se présente sous forme d’une plage claire


irrégulière dans le cytoplasme: le nucléoide. On trouve aussi des fragments d’ADN
circulaire de taille réduite : les plasmides). Ces dernières peuvent porter des gènes
indispensables à la pathogénicité et à la résistance aux antibiotiques. Durant la
conjugaison (grâce au pili sexuel) des fragments d’ADN de ces plasmides peuvent
être échangés.

 La mobilité des cellules bactériennes est assurée par les flagelles. Leur nombre peut
varier de un à plusieurs sur une même bactérie. Ainsi la bactérie peut être attiré par
un stimulus ou être repoussée grâce à ses détecteurs. Ce phénomène est appelé
chimiotactisme.

 Les bactéries se reproduisent par division cellulaire, donnant naissance à deux clones.

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 On utilise pour la classification des bactéries des caractères morphologiques tels
que : la taille et forme de la cellule, la morphologie des colonies, la coloration de
Gram,…mais aussi des caractères physiologiques comme : la source de carbone (CO2
ou autre) et d’azote (atmosphérique, nitrite, nitrates, ammoniaque), les constituants
de la paroi cellulaire, la température optimum de croissance, relation avec l’oxygène
aérobie/anaérobie, la production de pigments (cyanobactérie), spectre de sensibilité
aux antibiotiques….,etc. Récemment les techniques moléculaires ou caractères
moléculaires ont permis de perfectionner la classification par une méthode simple
qui consiste à considérer le pourcentage de C+G exprimés par rapport à l’ensemble
des bases azotées. On considère aussi L’ARN ribosomique qui a permis de classifié les
Proteobactéries par exemple.

 Il existe des niveaux taxonomiques propres à la phytopathologie comme le pathovar


(équivalent de forma specialis pour les champignons) qui exprime la spécificité a une
espèce végétale et le biotype ou race pour la spécificité a une variété ou cultivar. Ex :
Xanthomonas transluscens pv cerealis

2. Position taxonomique des principaux genres phytopathogénes

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3. Principales maladies dues aux procaryotes

Au sein des bactéries Gram-, Les α-Proteobacteria renferment les Agrobacteriums qui
s’introduisent à travers les ouvertures et les blessures. Ils envoient par la suite un plasmide
dans la cellule de la plante hôte qui code pour la prolifération incontrôlée des cellules
végétales causant ainsi des tumeurs. Les β-Proteobacteria incluent le genre Burkholdaria qui
induisent des pourritures, des flétrissements et des nécroses sur les hôtes sensibles. Les Ɣ-
Proterobacteria contiennent le genre Erwinia causant d’importantes maladies sur les plantes
dont les pourritures molles. Les Ɛ-Proteobacteria comprennent plusieurs espèces de
bactéries inféodées au phloème. Les bactéries Gram- dont le contenu en C+G est inférieur à
50% comprennent les mollicutes. Les phytoplasmes occasionnent des symptômes affectant
l’appareil reproducteur et végétatif. L’agent causal du nanisme du maïs appartient aux
spiroplasmes. Les bactéries Gram- dont le contenu en C+G est supérieur à 50%
comprennent les Clavibacter dont Clavibacter michiganense qui cause la nécrose annulaire
de la pomme de terre.

4. Cycle parasitaire des procaryotes

On distingue les procaryotes necrotrophes représentés par les bactéries vasculaires et les
agents responsables de pourritures molles et les procaryotes biotrophes qui établissent une
relation trophique avec l’hôte.

Conservation

Les bactéries parasites sont naturellement présentes à la surface des organes aériens des
plantes. Durant cette phase épiphytique celles-ci sont protégées de la dessiccation et des UV
grâce à leur capside. Le sol constitue aussi un milieu favorable à leur survie et leur
multiplication grâce notamment aux exsudats racinaires. Les mollicutes se conservent sur les
plantes pérennes ou dans les insectes vecteurs.

Infection

Les procaryotes necrotrophes provoquent la mort des cellules ou de la plantes par la


production d’enzymes de dégradation des parois ou la production de toxines. Ils peuvent
aussi provoquer des occlusions dans les vaisseaux vasculaires. Apres la mort des cellules ils
survivent en quasi saprophytes. Les procaryotes biotrophes pénètrent dans la plantes de
manières indirecte par les blessures ou ouvertures naturelles (les stomates, les lenticelles,
les hydathodes, les nectaires et les trichomes brisés) ou grâce aux vecteurs. Ils peuvent se
mouvoir dans la plante grâce aux flagelles ou de façon passive. Ils peuvent produire des
hormones de croissance qui induisent des tumeurs ou détourner la machinerie cellulaire
pour leur propre multiplication.

Dispersion

L’eau de pluie constitue un dispersant très efficace. Les insectes contribuent aussi à leur
dispersion ainsi que l’homme.

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Cours 5 : Virus et viroïdes phytopathogènes

1. Généralités

 Un virus est un agent infectieux nécessitant un hôte, souvent une cellule, dont il
utilise le métabolisme et ses constituants pour se répliquer. On le considère de plus
en plus comme faisant partie des acaryotes (sans noyau).

 Une particule virale complète, appelée virion, est composée d’un filament d’acide
nucléique, généralement stabilisé par des nucléoprotéines basiques, enfermé dans
une coque protéique protectrice appelée capside. La taille des virus se situe
entre 10 à 400 nanomètres. Les génomes des virus ne comportent que quelques
gènes.

 La capside est une coque qui entoure et protège l'acide nucléique viral. Elle est
constituée par l'assemblage de sous-unités protéiques appelées capsomères.
L'ensemble de la capside et du génome est nommé nucléocapside. La structure de la
capside peut présenter plusieurs formes. On distingue en général deux groupes
principaux de virus : les virus à symétrie cubique (ou à capside icosaédrique) et les
virus à symétrie hélicoïdale. Les bactériophages comme le phage T4 d’Escherichia
coli sont des virus complexes possédant une tête icosaédrique liée à une queue
hélicoïdale à laquelle sont attachés des poils et des fibres caudales.

 Les phytovirus ont des formes isométriques, sphérique, de bâtonnets rigides ou


filamenteux, ainsi que bacilliformes.

 De nombreux virus sont entourés d'une enveloppe (ou péplos) qui prend naissance
au cours de la traversée des membranes cellulaires. Sa constitution est complexe et
présente un mélange d'éléments cellulaires et d'éléments d'origine virale. On y
trouve des protéines, des glucides et des lipides. Les virus possédant une enveloppe
sont les virus enveloppés. Les virus ne possédant pas d'enveloppe sont les virus nus.

 Les virus ne se reproduisent pas mais ils se répliquent. La variabilité génétique est
issue de recombinaisons, mutation, délétion et insertion (dans le cas de présence de
2 virus différents dans la même cellule).

2. Classification

 L’organisation des phytovirus en catégories, genre et famille est essentiellement


basée sur trois critères :

o La nature du matériel génétique: ADN ou ARN, mono ou bicaténaire (un brin ou


deux), Retrotranscription (retro virus) ou transcription normale.

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o Le niveau d’homologie (ressemblance issue d’un ancêtre commun) des gènes.
Pour ce faire, le matériel génétique de chaque virus est séquencé. Les successions
des bases azotées des différents virus sont comparées, et les virus dont les
séquences sont les plus proches sont regroupés dans un même taxon.
Les genres (par exemple les Caulimovirus), puis les familles (par exemple
les Caulimoviridea), sont définis par leur degré d'homologie. Cependant il n'est pas
toujours possible de regrouper tous les genres dans des familles; il existe donc des
genres isolés, comme le sont les Benyvirus ou les Pomovirus.
o Dans une moindre mesure, la forme des particules virales est utilisée comme
critère, notamment pour le groupe des virus à ARN monocaténaire messager.
Cette famille est subdivisée en virus isométriques, particules hélicoïdales, en
bâtonnet ou flexueuses.

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Catégories de virus infectant les plantes

 Les viroïdes se distinguent des virus déjà par leur taille car ils sont plus petits ; ils ont
une structure bien plus simple et le principe de leur multiplication n’est pas tout à
fait identique. Les viroïdes sont constitués exclusivement d’un ARN monocaténaire
circulaire qui possède une structure spatiale très compacte et rigide. Il n’y a pas
de capside et encore moins d’enveloppe. Les viroïdes ont été classés en deux
familles : les Pospiviroidae et les Avsunviroidae. C’est l’ARN polymérase de la plante
qui assure la synthèse de nouveaux viroïdes, qui s’accumulent alors dans la cellule et
causent un dysfonctionnement métabolique empêchant notamment la multiplication
cellulaire.

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3. Cycle parasitaire des virus et viroïdes

Les maladies à virus sont incurables. On doit souvent recourir à des moyen prophylactiques
(élimination du vecteur, utilisation de plantes résistantes, « vaccin », thermothérapie,..).
Beaucoup de virus ont été classé organisme de quarantaine par la FAO comme le Potato
yellowing alfamovirus (PYA) pour leur effet néfaste sur les végétaux et les pertes en courus.

Conservation

Les virus sont des parasites obligatoires qui ne se conservent pas dans les sols. Ils se
conservent dans l’appareil buccal des vecteurs ou dans leur système digestif.

Infection

Les phytovirus se multiplient aux dépends de la plante qu’ils infectent et vont détourner à
leur profit la machinerie cellulaire. La cellule va synthétiser les protéines (enzymes,
(ADN/ARN) polymérases, protéines de structure,…) et les acides nucléiques viraux
nécessaires à la formation de nouvelles particules virales, au lieu de produire les molécules
dont la plante a besoin. A courte distance les virus circulent d’une cellule à l’autre via les
plasmodesmes grâce aux protéines de mouvement. À longue distance, les virus utilisent les
tubes de transport de la sève élaborée que sont les cellules du phloème. En quelques
semaines, le virus va envahir l’ensemble de la plante et il y aura des quantités considérables
(parfois des milliards…) de particules virales produites dans une plante infectée.

Les virus des plantes provoquent le plus souvent des maladies généralisées. Ils infectent
presque tous les organes d'une plante : ils se multiplient aussi bien dans les racines que dans
les tiges ou les feuilles. Seuls, certains massifs cellulaires en cours de différentiation, les
méristèmes (que l’on trouve au coeur des bourgeons) peuvent être indemnes de virus. De
nombreux virus provoquent sur le feuillage des symptômes de mosaïque, c'est à dire une
coloration irrégulière bien visible au niveau des jeunes feuilles, parfois associée à des
déformations (cloques, aspect filiforme ou gaufré, réduction de taille). D'autres maladies
virales provoquent des jaunissements du feuillage, souvent plus marqués sur les feuilles
âgées. Enfin certains virus induisent des nécroses plus ou moins généralisées sur les feuilles,
les fleurs, les fruits ou les tiges ; ces nécroses entraînent parfois un dépérissement de la
plante. D'une manière générale, les maladies virales réduisent la croissance et donc le
potentiel global de production d'une plante, mais dans le cas des fruits et des légumes elles
peuvent aussi altérer l’aspect et donc la qualité commerciale de la récolte.

Dispersion

La multiplication végétative des plantes est le principale mode de transmission verticale


ensuite interviennent dans une moindre mesure les graines et le pollen. La transmission
horizontale se fait par les animaux, les acariens, les plantes parasites, les insectes piqueurs
suceurs, les champignons,…, etc.

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Cours 6 : Macroparasites (protozoaires et nématodes)

I. Protozoaires
I. 1. Généralités

 On utilise le terme trypanosomatides pour désigner le groupe taxonomique


réunissant les agents responsables de maladies chez les plantes.

 Les tripanosomatides sont des protistes unicellulaires animaux mobiles et


hétérotrophes, ils ont un aspect allongé (forme dite promastigote) torsadé.

 Ils possèdent un flagelle et une structure cellulaire similaires au reste des eucaryotes.

 Leur mitochondrie a une portion différenciée : le Kinétoplaste, qui constitue le


support génétique des adaptations métaboliques aux différents milieux ou évolue le
parasite.

 Le kinetoplaste contient des maxi-cercles d’ADN (ADN mitochondrial traditionnel) et


des mini-cercles. Ces derniers servent à l’adressage des ARN messager. Ces
séquences sont utilisées comme outil de diagnostic et de phylogénie.

 La multiplication des trypanosomatides est asexuée et se fait par bipartition


longitudinale.

 Les protozoaires en général vivent exclusivement dans l'eau ou du moins dans la


terre humide; dès que l'humidité vient à manquer, ils s'enkystent jusqu'à ce que les
conditions redeviennent favorables à la vie.

I.2. Classification

Ces organismes montrent un polymorphisme important en fonction de l’hôte et du milieu.


Ceci rend les critères morphologiques peu discriminants d’un point de vu taxonomique. Ils
appartiennent à l’embranchement des Kinetoplasta, à l’ordre des Trypanosomatida
(reproduction sexuée inconnue) et à la famille des Trypanosomatidae (la seule famille dans
cet ordre). Leur classification est extrêmement confuse en générale mais grâce aux
techniques moléculaires on tente de les classer.

D’un point de vue opérationnel, on distingue les protozoaires sur base des tissus végétaux
d’où ils ont été isolés. On distingue 3 groupes :

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a) Le groupe laticicola

Isolés de cellules laticifères (produisant du latex). Ils induisent des symptômes de chlorose,
des atrophies radiculaires et une baisse du rendement sur le manioc.

b) Le groupe phloemicola

Isolés de cellules du phloème. Ils causent la nécrose du phloème chez le caféier, le


dépérissement brutal du palmier à huile et le syndrome du « hartrot » du cocotier
(jaunissement, nécrose et pourrissement).

c) Le groupe frugicola

Isolés de cellules du fruit. Ils provoquent des taches circulaires jaunes chez la tomate et
beaucoup d’autre fruits.

I.3. Cycle parasitaire des protozoaires

Les protozoaires parasites ne peuvent pas vivre dans l'environnement tous seuls comme
d'autre protozoaire, mais doivent envahir le corps d'un autre organisme pour obtenir la
protection et la nourriture. Le principale mode de transmission est l’insecte vecteur surtout
le puceron. Le parasite peut circuler et envahir toute la plante par la suite. Généralement
lorsque les symptômes se manifestent sur l’individu, il est déjà trop tard et on ne peut plus
utiliser les trypanocides. La prévention, la destruction du vecteur et des individus malades
sont les principaux moyens de lutte.

II. Nématodes
II. 1. Généralités

 Les nématodes phytoparasites, ou nématodes phytophages, sont de petits vers


ronds microscopiques qui vivent aux dépens des plantes, causant d'importants
dégâts aux cultures.

 La majorité des nématodes mesurent entre 400 nanomètres et 5 mm et sont


incolores généralement. Il est impossible de les voir sans loupe.

 Ces « vers » sont des métazoaires triploblastiques, pseudocoelomates. Ils font partie
des némathelminthes.

 Ils présentent une symétrie bilatérale et un axe antéro-postérieur. Ils ne sont pas
segmentés (corps indivis). Le tégument se recouvre généralement d’une sécrétion
protéique, la cuticule. L’endoderme participe à la formation d’un tube digestif
longitudinal avec bouche antérieure et anus postérieur. Ils possèdent des muscles, un
système nerveux, des soies tactiles, un appareil oculaire et un appareil
reproducteur.

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 La cuticule est formée de collagène. Elle est à la fois rigide, épaisse, élastique et
imperméable faisant fonction d’exosquelette mais elle est percée de pores afin de
permettre les transferts gazeux.

 Tous les nématodes parasites de plantes possèdent un stylet creux protrusible. Le


stylet sert à percer et traverser les parois cellulaires durant la prise de nourriture ou
durant leurs mouvements dans les tissus de la plante.

 Les nématodes se déplacent en ondulant grâce à leurs muscles longitudinaux.

 Les sexes sont séparés cependant certains sont hermaphrodites. La reproduction se


fait par des œufs et on compte jusqu’à 4 stades larvaires. L’œuf peut se former après
fécondation ou par parthénogénétique et d'autres présentent de l'hétérogonie.

II.2. Cycle parasitaire des nématodes

Leurs larves peuvent rester vivantes pendant des dizaines d’années sous forme de kystes. La
densité des nématodes dans le sol ou dans les plantes peut devenir très grande notamment
lorsque l’humidité est suffisante. Ils piquent les tissus des plantes avec un dard buccal et se
nourrissent de la sève. Leurs glandes salivaires excrètent des substances qui peuvent
produire des modifications dans les tissus. Les nématodes pondent leurs œufs dans le sol ou
sur des plantes. Si les conditions sont défavorables, ils s’enkystent à nouveau attendant leur
prochain hôte. La lutte prophylactique est préconisée (moyens culturaux ; variétés
résistantes,..) cependant il existe d’autre moyen de lutte comme l’emploi de nématicides.

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II.3. Principaux genre phytopathogènes et symptômes causés

La plupart des nématodes sont des agents pathogènes vivant dans le sol et infectant les
parties souterraines des plantes. Aussi, les symptômes sur les parties aériennes sont
similaires à ceux produits par d'autres maladies des racines, telles les flétrissements,
rabougrissements, et les carences nutritionnelles. Les zones atteintes forment généralement
des taches ovales ou circulaires. Les relations parasitaires avec les plantes hôtes varient
considérablement suivant le nématode. Certains pénètrent dans les tissus de la plante
(endoparasites). Les nématodes cécidogènes (Meloidogyne) sont ainsi appelés à cause des
galles qu'ils induisent sur les racines des plantes qu'ils infectent. Comme ils s'alimentent à la
même place, on parle d'endoparasites sédentaires. Les espèces de Meloidogyne ont une
gamme étendue de plantes hôtes, correspondant à environ 2,000 espèces végétales. Les
jeunes femelles du nématode cécidogène perdent leur aspect vermiforme et deviennent
renflées. Les juvéniles de deuxième stade induisent le développement de cellules géantes
multinucléées pour servir de site nutritionnel. Les femelles des nématodes à kyste
(Heterodera, Globodera) deviennent également renflées. Des sites nutritionnels permanents
appellés syncitia, sont induits par les nématodes dès la première prise de nourriture, mais
sans formation de galles. Les nématodes à kyste sont, comme les nématodes cécidogènes,
des endoparasites sédentaires; cependant, lorsque les femelles grossissent, elles peuvent
faire saillie à l'extérieur de la racine. Les nématodes à kyste, à l'opposé des nématodes
cécidogènes, ont des gammes d'hôtes restreintes. Les femelles des nématodes à kyste
conservent la plupart de leurs oeufs à l'intérieur de leur corps. Lorsque la femelle meurt, sa
cuticule devient un kyste, structure résistante protégeant les oeufs de la dessiccation. Les
nématodes des lésions (Pratylenchus) sont classés parmi les endoparasites migrateurs car,
pour s'alimenter ils se déplacent dans les tissus racinaires des plantes. Les cellules des
plantes sont détruites durant la migration des nématodes, provoquant des lésions
nécrotiques. D'autres nématodes s'alimentant à la surface des organes végétaux sont
considérés comme des ectoparasites. Certains d'entre eux sont migrateurs et ne causent
pas toujours de symptômes visibles. D'autres nématodes ectoparasites sont sédentaires et
peuvent induire des altérations considérables et modifier la croissance des racines et la
formation des racines latérales. Le nématode Belonolaimus longicaudatus se nourrit à
l'extrémité des racines et en détruit le méristème. Certains nématodes parasites infectent
les organes aériens des plantes. Le nématode agent de la "nielle" (Anguina) nage dans un
film d'eau dans les inflorescences de graminées en développement. Les grains de blé
noirâtres contiennent des milliers de nématodes. Certaines plantes, telles les chrysanthèmes,
sont sensibles aux nématodes des feuilles (Aphelenchoides). Ces nématodes se déplacent du
sol jusqu'aux feuilles dans un film d'eau. Les nécroses se développent pendant que les
nématodes s'alimentent. Les feuilles inférieures sont infectées les premières, le nématode
des feuilles migrant depuis le sol, en demeurant à l'extérieur de la plante. Quelques
nématodes sont transportés d'arbre en arbre par des insectes. La maladie de l'anneau rouge
du cocotier est causée par le nématode Rhadinaphelenchus cocophilus, qui est transporté
d'un cocotier à l'autre par les charançons des palmiers. Le coléoptère cérambycide infecte
les pins et cause la maladie du dessèchement des pins.

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Cours 7 : Mécanismes de défense des plantes

I. Introduction

Les plantes possèdent des mécanismes de défenses contre les végétaux (allélopathie), les
animaux prédateurs (épines, tains,..) aussi bien que contre les parasites.

Les principaux facteurs de pathogenèse d’un parasite sont : la destruction de la paroi, la


production de toxines et l’effet régulateur de croissance.

La plupart des agents pathogènes présentent un haut degré de spécificité de l'hôte. On parle
alors de relation « non-hôte ». La relation « hôte » est lorsqu'une espèce de plante est
sensible à un pathogène, mais que certaines variétés ou cultivars de cette espèce végétale
résistent à certaines souches ou biotypes du pathogène. La gamme d'hôtes d'un pathogène
peut changer très soudainement si, par exemple, la capacité à synthétiser une toxine ou un
effecteur spécifique de l'hôte est acquise par réarrangement génétique, mutation, ou
par transfert horizontal de gènes d'un organisme apparenté ou relativement non-apparenté.

Par rapport à une plante sensible à la maladie, la résistance est souvent définie comme la
réduction de la croissance du pathogène sur la plante ou dans celle-ci, tandis que
l'expression « tolérance aux maladies » décrit des plantes qui présentent moins de lésions
dues à la maladie malgré des niveaux similaires de croissance du pathogène.

La relation hôte peut aboutir à une compatibilité entre hôte et parasite (plante sensible ou
tolérante et/ou pathogène virulent) ou une incompatibilité (plante résistante et/ou
pathogène avirulent).

Les plantes peuvent ressentir la présence de pathogènes et les effets de l'infection par des
mécanismes différents de ceux des animaux. Comme dans la plupart des réponses cellulaires
à l'environnement, les défenses sont activées lorsque les protéines réceptrices détectent
directement ou indirectement la présence d'agents pathogènes et déclenchent des réponses.

Les récepteurs membranaires détectent les molécules appelées « éliciteurs ». Ces


substances servant de signal et sont actives à faibles doses. On en distingue deux catégories :
les éliciteurs exogènes, qui proviennent directement de l’agresseur, telles des molécules
présentes à la surface des micro-organismes pathogènes ou excrétées par ces derniers.
Les éliciteurs endogènes  qui sont produits par la plante elle-même par dégradation de la
paroi de ses propres cellules, au niveau des lésions (oligosaccharides).

Les composés activateurs de défenses peuvent se déplacer de cellule à cellule et par voie
systémique par le système vasculaire de la plante (plasmodesmes : symplasme, phloème),

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mais les plantes n'ont pas de cellules immunitaires circulantes de sorte que la plupart des
types cellulaires chez les plantes ont la capacité d'exprimer une vaste gamme de
défenses antimicrobiennes.

II. Mécanismes de défense

On distingue deux types de défenses :

 Défense passive : Correspond à un processus constitutif, constant dans le temps.


 Défense active : Induite lors d'un phénomène d'infection, de blessure.

Chacune de ces défenses peut être divisées en 2 grands groupes de défense :

 Défense structurale : Renforcement des barrières aux pathogène.


 Défense chimique : altère la croissance du pathogène.

1. Défense passive

La structure du végétale le rend difficile à envahir par le pathogène (épaisseur de la cuticule,


présence de poils, rareté des stomates,.., etc.). La défense chimique peut être dues à :

a. Des métabolites secondaires


Les plantes sont riches en métabolites secondaires. Ces métabolites peuvent être toxique
pour le pathogène. On distingue plusieurs familles de métabolites secondaires les plus
importante dans ce cas sont les composés phénoliques et les alcaloïdes (Caféine, cocaïne,
nicotine). Exemple : La résistance du bulbe d'oignon face à Colletotrichum circirans se fait
grâce à la synthèse dans les écailles de deux composés phénoliques : Catéchol et l'acide
protocatéchique. Ces composés de défense sont stockés de façon non-toxique dans la plante.
L'attaque du pathogène, en cassant les cellules, met en contact le composé et une enzyme
qui va le déglucosyler, on obtient alors un aglycone toxique pour le pathogène.

b. Des protéines toxiques


Des protéines antifongiques sont sécrétées lors de la germination. Ces protéines inhibent les
activités enzymatiques du pathogène, sa croissance, et peut également détruire sa paroi, ou
encore inhiber la réplication des virus. Certaines de ces protéines se retrouvent aussi en
défense active. Les notions actif/passif sont floues, soit un même gène est exprimé à des
niveaux différents, soit ce sont des gènes répliqués ayant une régulation différente.

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2. Défense active

a. Modification de la paroi
La première réponse au pathogène est la formation d'une papille : Ce nouveau matériel
pariétal peut être constitué de callose, de lignine etc. La plante reconstruit ainsi la paroi avec
des éléments chimiquement différents en espérant que le champignon ne possède pas
l'enzyme pour l'hydrolyser. Dans le cas des blessures, on a aussi la formation de papilles. On
sait que le processus est actif, mais on doute de sa spécificité.

b. Les phytoalexines
Ce sont des métabolites secondaires lipophiles de faible poids moléculaire, et qui sont
produite suite à l'interaction avec le pathogène. Elles possèdent un pouvoir inhibiteur face à
un large éventail de microorganismes. La synthèse des phytoalexines est très rapide (12 à
24h après l'infection), dans le cas d'une interaction incompatible.

c. Les protéines associées à la résistance


Elles sont exprimées rapidement, de façon très forte dans le cas d'une relation incompatible,
et faible dans le cas d'une relation compatible. L’éthylène pouvant être la voie de leur
signalisation.
 Les protéines PR
PR vient de « Pathogenesis Related Protein ». Elles sont solubles et leur accumulation est
souvent corrélée avec la résistance.
 Les inhibiteurs d'enzymes
Molécules qui vont inhiber les enzymes du pouvoir pathogène du champignon. Deux grands
groupes : les « PGIP » : Inhibiteur de la polygalacturonase : Elles sont localisées dans la paroi,
à faible intensité. Ce sont des protéines inductibles rapidement chez les plantes résistantes.
Elles vont ralentir la progression de l'agent pathogène, ralentir la destruction de la
pectine. En inhibant ce phénomène, les produits d'enzymes vont renforcer le phénomène
d'élicitation. Les « PI »: Inhibiteur de protéase : On a la trypsine et la chémotrypsine qui vont
réduire le pouvoir pathogène. Elles sont stockées dans la vacuole et excrété par l'espace
inter-membranaire.
 Les enzymes hydrolytiques
On trouve des hydrolases (qui vont hydrolyser les parois), des gluconases. Il existe des
activités chitinases constitutives dans les organes de la plantes : organes floraux, organes
âgés.
 Les protéines antivirales
Liées à l’état « antiviral ». Elles sont cumulées à la suite d’une infection par un virus dans les
cellules voisine des cellules attaquées.
 Les protéines riches en hydroxyproline (HRGP)
On observe dans la structure primaire de ces protéines une succession d'hydroxyproline. Ces
protéines sont souvent riches en lysine, ce qui leur confère un rôle de polycation. Exemple :
l'extensine. Ces protéines vont faciliter la fixation des lignines vers la paroi. Accumulation
d'ARNm pour les protéines riches en hydroxyproline dans différents organes de la plante
colonisée par le champignon.

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d. Phénomène d’extinction génique
Synthèse de petites molécules d’ARN antisens complémentaires à l’ARN viral. Les structures
bicaténaires qui se forment déclenchent leur propre dégradation par les ARNases ou les
endonucléases végétales.

e. La réaction d'hypersensibilité
C'est une nécrose rapide des cellules entourant le point d'infection, ce qui limite le
développement du pathogène « suicide cellulaire ». On a la production de nombreux
radicaux libres, donc une augmentation du métabolisme oxydatif. Cette hypersensibilité va
s'accompagner de l'accumulation de composés toxiques ainsi que d'un épaississement de la
paroi, des modifications membranaires qui vont empêcher le développement du pathogène.
Si l’hypersensibilité est trop forte on aura des nécroses ponctuelles, qui peuvent induire la
mort de la plante.

III. La transduction du signal pathogène

1. Reconnaissance locale
Quand on a la reconnaissance, on observe une succession d’évènements. Ce stress induit
aussi une activité phospholipase, qui hydrolyse les lipides membranaires, ce qui conduit à la
production d'acide jasmonique, une hormone végétale qui active des gènes de mécanismes
de défense au niveau du noyau.

2. Résistance systémique
Les cellules ne se défendent pas de façon individuelle, une cellule blessée peut envoyer ces
messages secondaires aux autres cellules saines.

a. Résistance à la blessure
Les réseaux de signalisation sont plus ou moins les même qu'à l'attaque d'un herbivore. On a
la production de ces inhibiteurs de protéines qui agissent contre les enzymes d'hydrolyses et
s'accumulent aussi dans les feuilles saines. Quand la plante est blessée, il y a synthèse d'un
oligopeptide (18 acides aminés) qui se déplace dans la plante : la systémine (hormone).
Cette systémine se déplace très vite, comme le saccharose (transport par le phloème). Elle
n'est pas le messager final qui induit la défense. C'est l'acide jasmonique. On a alors deux
cas :

 L'acide jasmonique active directement les défenses si la cellule est blessée


 La systémine active la phospholipase, ce qui induit la production d'acide jasmonique,
qui active les défenses de la cellule

b. Résistance acquise aux pathogènes


Il existe une défense qui dure dans le temps " pseudovaccination ". On parle de résistance
systémique acquise (SAR). Elle protège la plante contre le pathogène. Ce mécanisme de

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défense va avoir un large spectre d'action. Le messager de la SAR est l'acide salicylique
(hormone). Cette molécule peut induire des mécanismes de défense chez la plante, au
même titre que l'acide jasmonique. L’acide salicylique n'emprunte pas les tissus conducteurs,
mais il existe en forme gazeuse : le méthyl-salicylate. Ainsi la plante peut émettre de l'acide
salicylique à son environnement proche par voie gazeuse. Ce qui amène à de nouvelles voies
de recherche de la communication entre les plantes.

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Cours 8 : Protection des végétaux

"Les objectifs de la protection des végétaux sont de permettre aux plantes cultivées
d’exprimer le maximum de leur potentiel génétique des points de vue quantitatifs et
qualitatifs et d'assurer la meilleure réponse des plantes aux facteurs de production mis en
œuvre ; cela bien entendu dans des conditions économiquement rentables" J.A. MEYER.

La protection des cultures a pour but de réduire les pertes de récolte, directes ou indirectes,
dues à l'activité des bioagresseurs et de divers facteurs abiotiques. Elles peuvent intervenir
pendant la période de culture, avant la récolte, ou après celle-ci, en phases de transport,
stockage et transformation des produits agricoles.

Ces pertes peuvent atteindre jusqu’à 80% de la récolte, il est donc vital de les réduire au
maximum. Pour cela il existe des moyens prophylactiques et des moyens curatifs afin
d’éliminer le pathogène ou le vecteur.

1. Moyens prophylactique

Lutte culturale : Ces techniques visent à défavoriser le développement des parasites et des
adventices en modifiant leur environnement naturel et en perturbant leur cycle biologique.
Elles peuvent inclure, par exemple, le travail du sol, la pratique de rotations
culturales adaptées, la modification du pH du sol, le niveau de fertilisation, les techniques
d'irrigation, le paillis, l'élimination des résidus de récolte, l’utilisation de matériel végétal sain
etc.

Lutte génétique : La sélection et l’utilisation de variétés résistantes et ayant un bon potentiel


productif.

Le « priming » ou stimulation des défenses naturelles des plantes (SDN) : La possession, par
les végétaux, d’une éventuelle « mémoire immunologique », tout comme les animaux et les
êtres humains, a amélioré considérablement l’efficacité de l’expression de la résistance aux
attaques subséquentes. Le priming consiste à déclencher artificiellement les mécanismes de
défenses naturelles de la plante « SAR » ou « ISR » (SR : résistance systémique, A : acquise, I :
induite). Ce phénomène peut être réalisé via l’inoculation avec une souche avirulente ou
l’application exogène de plusieurs produits tels que l’acide salicylique, l’acide
jasmonique,…ou encore des produits naturels comme le « Stifenia ».

2. Lutte curative

Lutte mécanique : Destruction des individus et des débris contaminés, mise en quarantaine,
le nettoyage des outils, l’élimination des foyers de pathogènes (désherbage,…), désinfection
du sol par des procédés thermiques, la thermothérapie pour les virus,…etc.

Lutte chimique : C'est le recours aux produits phytopharmaceutiques.

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Lutte biologique : Utilisation des extraits de plantes ou d’autres organismes antagonistes du
pathogène ou du vecteur. L'utilisation combinée de phéromones et de pièges est également
fréquemment associée à la lutte biologique.

3. Lutte intégrée

Selon la FAO et l'OILB (Organisation Internationale de Lutte Biologique), la lutte


intégrée ou protection intégrée est définie comme étant la « conception de la protection des
cultures dont l'application fait intervenir un ensemble de méthodes satisfaisant les exigences
à la fois écologiques, économiques et toxicologiques en réservant la priorité à la mise en
œuvre délibérée des éléments naturels de limitation et en respectant les seuils de
tolérance ».
En Europe, la lutte intégrée est définie par la directive communautaire 91/414/CEE
du 15 juillet 1991, comme suit : « L'application rationnelle d'une combinaison de
mesures biologiques, biotechnologiques, chimiques, physiques, culturales ou intéressant la
sélection des végétaux dans laquelle l'emploi de produits chimiques
phytopharmaceutiques est limité au strict nécessaire pour maintenir la présence
des organismes nuisibles en dessous de seuil à partir duquel apparaissent des dommages ou
une perte économiquement inacceptables. ».

Cependant, la mise en œuvre de ce type de lutte suppose l'acquisition des données de base
en étiologie, en épidémiologie et une technicité qui n'est pas toujours compatible avec la
structure des exploitations agricoles ni avec leur économie.

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