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Notions de biologie

moléculaire
Mme Hamada Hamini Faiza

2019/2020
Plan
A Introduction
Ethymologie et définition

B Organisation de l’ADN
De la chromatine au chromosome

Réplication de l’ADN
C De l’AND a l’ARN

D Traduction de l’ARN
De l’ARN a la proteine

E Régulation de la transcription
Chez les procayotes et chez les eucaryotes
Introduction
o La biologie moléculaire est une discipline scientifique au croisement
de la génétique, de la biochimie et de la physique, dont l'objet est la
compréhension des mécanismes de fonctionnement de la cellule au
niveau moléculaire.

o Dans les cellules eucaryotes, le matériel génétique est organisé en


une structure complexe constituée d'ADN et de protéines et il est
localisé dans un compartiment spécialisé, le noyau.

o Cette structure a été baptisée chromatine (du grec khroma: couleur


et sôma: corps).

o Environ deux mètres d'ADN dans chaque cellule doivent être


contenus dans un noyau de quelques Micro-metres de diamètre.

o En plus de cet énorme degré de compaction, l'ADN doit être


rapidement accessible afin de permettre son interaction avec les
machineries protéiques régulant les fonctions de la chromatine:

• La réplication
• La réparation
• La recombinaison
« dogme central de la biologie moléculaire »
Organisation de l’ADN
De la chromatine au chromosome

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La chromatine
o Au sein du noyau inter-phasique, la chromatine est organisée en territoires
fonctionnels. La chromatine a été divisée en: euchromatine et
hétérochromatine.

o L'hétérochromatine a été définie comme une structure qui ne change pas


d'état de condensation au cours du cycle cellulaire tandis que
l'euchromatine apparaît décondensée pendant l'interphase.

o L'hétérochromatine est localisée principalement en périphérie du noyau et


du nucléole tandis que l'euchromatine est répartie à l'intérieur du
nucléoplasme.
Le nuclesome
o Le nucléosome est l'unité fondamentale de la chromatine. Il est
composé de:
• Une particule cœur
• Une région de liaison (ou région inter-nucléosomale) qui relie
les particules cœurs adjacentes.

o La particule cœur, dont la structure est très conservée parmi les


espèces, est composée de 146 pb (paire de bases azotées) d'ADN
enroulées selon environ 1,7 tour autour d'un octamère (8 parties)
protéique comprenant deux exemplaires de chacune des histones
H3, H4, H2A et H2B.

o La longueur de la région d'ADN inter-nucléosomale varie selon


l'espèce et le type cellulaire. C'est au niveau de cette région que
les histones inter-nucléosomales également variables, sont
incorporées. Ainsi, la longueur d'ADN caractéristique d'un
nucléosome peut varier selon les espèces entre 160 et 241 pb.

o Cette structure est ensuite régulièrement répétée pour former le


nucléo-filament
Nucleo-filement
Le chromosome
o Chaque chromosome a son propre centromère, avec un ou
deux bras se projetant à partir de celui-ci.

o Lors de la mitose et de la méiose, le centromère permet


l'assemblage du kinétochore qui lie les chromosomes aux
microtubules, permettant ainsi leurs déplacements et leur
répartition entre les deux cellules filles.

o Les extrémités des chromosomes sont des structures


spéciales appelées télomères. Ces extrémités
raccourcissent à chaque réplication car l'ADN polymérase
a besoin d'une amorce pour commencer la réplication.

o Une enzyme, la télomérase, permet dans certains cas de


rétablir la longueur des télomères.

o La réplication de l'ADN commence à divers endroits du


chromosome.
Les chromosomes eucaryotes peuvent être distingués selon la position de leur centromère (un petit bras nommé « p » et
un long bras « q »):

o On parle de chromosome métacentrique lorsqu’il possède un centromère en position centrale (position médiane) ce
qui lui donne des bras (ou chromatides) de longueur à peu près égales.

o Un chromosome submétacentrique est un chromosome dont le centromère est presque en position centrale ; les
chromatides de ce chromosome présentent des bras de longueur inégale.

o Si le centromère est plus proche de l’une des deux extrémités (les télomères), le chromosome est dit acrocentrique.

o Un chromosome télocentrique présente un centromère très proche de ses télomères.

o En cas de perte du centromère (anomalie), le chromosome est dit acentrique.

o D’autres anomalies peuvent provoquer l’apparition d’un chromosome possédant deux centromères nommé
chromosome dicentrique. Celui-ci est instable et peut se casser (lors de la méiose de façon physiologique) en
différents segments qui se répartissent au hasard dans chacune des cellules filles.
L’AND et l’ARN
o L'acide désoxyribonucléique ou ADN est une macromolécule biologique présente dans
toutes les cellules ainsi que chez de nombreux virus.

o L'ADN contient toute l'information génétique, appelée génome, permettant le


développement, le fonctionnement et la reproduction des êtres vivants. C'est un acide
nucléique, au même titre que l'acide ribonucléique (ARN).

o Les molécules d'ADN des cellules vivantes sont formées de


deux brins antiparallèles enroulés l'un autour de l'autre pour former une double hélice.
On dit que l'ADN est bicaténaire, ou double brin.

o Chacun de ces brins est un polymère appelé polynucléotide. Chaque monomère qui le


constitue est un nucléotide, lequel est formé d'une base nucléique, ou base azotée
• Purique: adénine (A), guanine (G),
• Pyrimidiques :cytosine (C),  thymine(T) ou l’uracyle (U) pour l’ARN

o Les bases azotés sont liées a un ose  ici, le désoxyribose ou le ribose lui-même lié à
l’acide phosphorique.
o Les nucléotides polymérisés sont unis les uns aux autres par
des liaisons covalentes entre le désoxyribose d'un nucléotide et le
groupe phosphate du nucléotide suivant, formant ainsi une chaîne où
alternent oses et phosphates, avec des bases nucléiques liées
chacune à un ose.

o L'ordre dans lequel se succèdent les nucléotides le long d'un brin


d'ADN constitue la séquence de ce brin. C'est cette séquence qui
porte l'information génétique. Celle-ci est structurée en gènes, qui
sont exprimés à travers la transcription en ARN.

o Les bases nucléiques d'un brin d'ADN peuvent interagir avec les bases
nucléiques d'un autre brin d'ADN à travers des liaisons hydrogène, qui
déterminent des règles d'appariement entre paires de bases :
l'adénine et la thymine s'apparient au moyen de deux liaisons
hydrogène, tandis que la guanine et la cytosine s'apparient au moyen
de trois liaisons hydrogène.
La transcription
De l’ADN a l’ARN

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Généralités
o La transcription est le processus de copie du matériel génétique (ADN ou ARN) en ARN grâce
a l’ARN polymérase.

o La transcription se déroule en deux étapes : formation d’un ARN pré-messager puis


maturation de cet ARN-prémessager pour former un ou plusieurs ARN-messagers.

o La formation de l’ARN-pré-messager se déroule en 3 étapes : initiation, élongation et


terminaison.
Initiation
o Tout l’ADN n’est pas transcrit, seules les régions correspondant à des gènes le sont. Et encore, cette expression peut être régulée
selon le stade de développement, le type cellulaire, l’environnement, etc. Dès lors, un acteur doit intervenir pour déterminer à quel
endroit une région d’ADN doit commencer à être transcrite : c’est le rôle du promoteur.

o Le promoteur correspond à une région non transcrite de l’ADN, généralement juste en amont du début de la région transcrite, dont la
séquence permet le recrutement de l’ARNpol II. Certaines séquences du promoteur (surnommées “boites”) ont une importance
particulière dans ce processus, essentiellement parce que ces séquences sont reconnues spécifiquement par différentes protéines
appartenant au complexe d’initiation :
• la « boite TATA » riche en thymine et adénine, la plus importante, est située vers -25 à -30 nucléotides du site de démarrage de la
transcription (noté +1) ;
• des éléments proximaux :
-la « boîte CAAT » (facultative), contenant de la cytosine, est située vers -120 à -80 nucléotides du site de démarrage de la
transcription.
-la « boîte GC » (facultative également), riche en guanine et cytosine, peut être présente entre la boîte CAAT et la boîte TATA.

o Signalons que si ces séquences sont souvent bien conservées, une variabilité non négligeable peut également être observée. Ainsi, il existe des promoteurs sans « boîte TATA »
o L’ARN polymerase II effectue ce travail en
compagnie de nombreux co-facteurs protéiques qui
se recrutent les uns les autres et qui forment avec
elle un complexe d’initiation. Ces facteurs sont
notés TFIIA, TFIIB, etc (pour Transcription Factor
for RNA polymerase II).

o Ils correspondent aux facteurs généraux de la


transcription, car ils s’assemblent sur tous les
promoteurs utilisés par l’ARNpol II.
Elongation
o L'ARN polymérase lit le brin patron (appelé brin
transcrit) (ou brin anti-sens), qui est
complémentaire du brin codant (ou brin sens),
depuis son extrémité 3' vers son extrémité 5'. Le
brin d'ARNm néo-synthétisé est donc identique au
brin codant d'ADN, sauf le la thymine est remplacée
par l’uracil.
Termination
o L’ARN pol II est également équipée de facteurs
protéiques de terminaison.

o Elle reconnaît ainsi un ou plusieurs signaux de


terminaison portés par le brin progressivement
parcouru et qui annoncent la fin de la
transcription sur le brin d’ADN matrice (TTATTT
par exemple, parfois aussi plus en aval
ATACAAC…). Elle arrête bientôt son travail de
transcription et libère l’ARNm qu’elle vient
d’assembler.
La maturation
o Le transcrit primaire n’est pas utilisé tel quel pour la synthèse
protéique (la traduction). Il doit subir des modifications qui
répondent à plusieurs impératifs (augmentation de la demi-vie,
modification de la séquence).

o Il existe trois grands types de modification, catalysées chacune


par des enzymes de nature protéique ou ribonucléique.
L’addition d’une coiffe en 5‘
o Elle consiste en l’ajout d’un nucléotide à guanine sur l’extrémité 5'
de l’ARN suivi de sa méthylation sur l’azote 7 de la base, ainsi que de
la méthylation en 2' du ribose du premier ou des deux premiers
nucléotides du transcrit primaire.

o Ceci limite la réactivité de cette extrémité et sa reconnaissance par


les exo-nucléases (protection contre la dégradation). Cet ensemble
sert de coiffe protectrice à l’extrémité 5' de l’ARNm. Elle est
également nécessaire à l’exportation de l’ARNm vers le cytoplasme
et à la liaison de ce dernier avec la petite sous-unité du ribosome,
lors de l’étape d’initiation de la traduction.
L’addition d’une queue poly A en 3'

o La queue Poly(A) n’est pas codée par le génome.

o Cette queue poly(A) confère de la stabilité au futur ARNm et se perd au fur et à mesure qu’il est traduit.
L’excision-épissage
o Les gènes sont morcelés : constitués d’une alternance
d’exons (parties codantes du gène) et d’introns (parties
non codantes).

o Ils sont d’abord intégralement recopiés dans l’ARN pré-


messagé, puis subissent une opération d’excision des
introns (parfois des exons aussi) suivie d’un épissage
(splicing), c’est-à-dire la réunion bout à bout des exons
restants qui constituent l’ARNm. Ce remaniement se
déroule au fur et à mesure de la progression de la
transcription.

o Selon le remaniement on peut avoir différentes protéines a


partir du même gène.

o L’excision des introns s’opère par l’entremise d’une


formation dite « en lasso ». 
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La traduction
De l’ARNm au polypeptide

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Génératlités
o la traduction génétique est l'étape de synthèse des protéines, à partir de l'information
génétique contenue dans les ARN messagers.

o Le ribosome interprète l'information contenue dans l'ARNm sous forme de codons ou


triplets de nucléotides, qu'il traduit en acides aminés assemblés dans la protéine, selon
l'ordre donné par les codons portés par l'ARNm.

o La table de correspondance entre codons et acides aminés permettant cette traduction


s'appelle le code génétique.

o La traduction des ARNm en protéine s'effectue dans le cytoplasme des cellules. Le


ribosome est le cœur de la machinerie de synthèse des protéines cellulaires. Chez toutes
les espèces vivantes, il est constitué de deux sous-unités qui jouent des rôles distincts et
complémentaires. La petite sous-unité assure la lecture des codons sur l'ARN messager,
tandis que la grande sous-unité catalyse la synthèse des liaisons peptidiques entre les
acides aminés successifs de la protéine.

o La traduction nécessite des acides aminés apportés par des ARNt (ARN de transfert).Cet
ARNt a un anticodon complémentaire du codon de démarrage AUG et porte le premier
acide aminé qui sera incorporé dans la protéine, une méthionine.
Initiation
o L'initiation de la traduction commence par: 

1/ la fixation de la petite sous-unité du ribosome (30 S) sur la région


leader 5' du ARNm

2/ Positionnement du 1er ARNt sur la petite sous unité ribosomique.


Ce ARNt porte la méthionone dont l'anticodon est UAC. L'initiation
exige du GTP, du Mg++ et deux facteurs d'initiations (IF)

3/ Déplacement du complexe sur le codon AUG et fixation de la


grosse sous unité (50 S) et positionnement du ARNt au site P.

Ribosomes =
protéines ribosoales + ARN ribosomaux.
Elongation
o L'élongation nécessite 3 facteurs d'élongation (EF =
Elongation Factor), du GTP et du Mg++. Elle comporte les
étapes: 

1/ Fixation du ARNt chargé sur le site A du ribosome

2/ Formation de la liaison peptidique et libération du site P.


Elle est catalysée par la peptidyl transferase du ARNr 23 S.
Terminaison
o La terminaison nécessite un codon stop (UAA ou UAG ou UGA), des facteurs de terminaison (Facteur R,
Release Factor). Elle consiste en trois étapes: 
1/ Blocage de la translocation
 2/ Relargage de la chaine polypeptidique
 3/ Séparation des sous unités ribosomiques

o Le même filament de ARNm peut servir à la synthèse simultanée de plusieurs molécules de protéines, lorsque
plusieurs ribosomes s'en occupent. Avant d'être détruite, cette molécule participe à la fabrication de 10 à 20
protéines. L'ensemble formé par un ARNm et plusieurs ribosomes se déplaçant dessus s'appelle
un polysome (voir animation).
Régulation génique
De l’ARNm au polypeptide

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Généralités
o Les gènes d'un organisme vivant donné ne sont pas tous
exprimés en même temps. Pour cela, il existe un phénomène
qu'on retrouve aussi bien chez les procaryotes que chez les
eucaryotes qui est la régulation de l'expression des gènes.

o La régulation des gènes se fait aux différentes étapes de


l’expression (synthèse du produit d’un gène, ARN ou protéines)
et permet son activation ou sa répression.

o La régulation peut être positive grâce à des activateurs ou


négative grâce à des répresseurs.

o Chez les procaryotes, cette régulation permet l'adaptation de la


cellule à son environnement immédiat.

o Chez les eucaryotes, la régulation permet l'expression


spécifique des gènes de chaque type cellulaire bien que toutes
les cellules ont le même patrimoine génétique.
Chez les procaryotes
Exemple de l’opéron tryptophane

o L'opéron tryptophane présente 5 gènes (Trp A, Trp B, Trp


C, Trp D et Trp E) codants pour des enzymes impliquées
dans la biosynthèse du tryptophane.

o La transcription est régulée par le taux de tryptophane


dans la cellule.

o En amont des gènes de structure se trouve une séquence


régulatrice codant pour un répresseur. Si le tryptophane
est présent dans la cellule, il se fixe au répresseur qui est
alors activé et peut se fixer à l'opérateur, ce qui va
empêcher l'ARNp d'effectuer la transcription.

o Le tryptophane agit comme corépresseur; si le


tryptophane est absent, le répresseur ne peut pas se fixer
à l'opérateur donc la transcription a lieu.
Chez les eucaryotes
Il existe plusieurs niveaux de contrôle :

AU NIVEAU DE L’ACTIVATION DU GENE


Pour qu’un gène soit transcrit, il doit être activé. Un gène activé est situé dans des régions non compactées de la chromatine
(euchromatine). Sinon, le gène ne sera pas accessible aux polymérases. L’autre condition pour que le gène soit transcrit ; il ne faut
pas qu’il soit méthylé. La méthylation des bases est reconnue par des enzymes et déclenche la condensation de l'ADN, et conduit
donc à l'inactivation des gènes.

REGULATION DE LA TRANSCRIPTION
Les principaux phénomènes de régulation concernent surtout cette étape.
- La régulation concerne en général la phase d’initiation faisant intervenir les différents FACTEURS DE TRANSCRIPTION (d’initiation)
qui se fixent à l’ADN et provoquent des effets NEGATIFS ou POSITIFS sur la transcription (suivant les besoins de la cellule
concernée).
- La transcription eucaryote est aussi régulée par les régions du type enhancers (une région d'ADN qui peut fixer des protéines pour
stimuler la transcription), silencers (une région d'ADN qui peut fixer des protéines pour empêcher la transcription)
- La transcription peut aussi être régulée par des signaux extracellulaires (hormones stéroïdes, thyroïdiennes…qui agissent au
niveau des récepteurs nucléaires).

AU NIVEAU TRADUCTIONNEL ET POST-TRADUCTIONNEL


La régulation peut se faire par modulation de la durée de vie des ARNm. En effet généralement les ARNm ont une vie assez courte
mais certains ARNm ont une vie plus longue, on prendra comme exemple la chaîne de l’hémoglobine.
Merci de votre
attention

Bonne révision
Parfois appelée opéron chez les procaryotes