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2.Materiales y métodos:
2.1.Sitio y descripción de la muestra.Muestras de suelo y agua superficial fueron recuperados durante enero de 1997 de
una cuenca de escorrentía de carbón en el sitio de Westinghouse Savannah River Laboratory en Aiken, S.C La escorrentía
superficial de las pilas de almacenamiento de carbón se descargó a las corrientes superficiales hasta 1977, cuando se
iniciaron los nuevos requisitos normativos. En ese momento, fueron construidas las cuencas de contención de tierra sin
revestimiento para interceptar, estabilizar y tratar la escorrentía superficial del área de almacenamiento de carbón.
Filtraciones de agua de estas cuencas ha contaminado inmediatamente el suelo y aguas superficiales con metales
pesados y HAP y ha amenazado los suministros locales de agua subterránea. Los análisis microbiológicos se realizaron
sobre muestras que representan tres niveles distintos de las concentraciones de HAP y los valores de pH. Las muestras
fueron tomadas de una pila fuente de carbón (identificado como fuente), aguas abajo de la pila en el sumidero
(identificado como aguas abajo), y de un emisario arroyo situados aguas abajo de la cuenca de recepción, pero no
afectado por el drenaje de la pila de carbón (identificados como arroyo). Cada muestra de sedimento se recogió e
individualmente sellados en bolsas de muestras de plástico estériles, se colocó en hielo, e inmediatamente enviado
durante la noche en el Centro de Biotecnología Ambiental de la Universidad de Tennessee-Knoxville. Cada muestra de
sedimento se recogió e individualmente sellados en bolsas de muestras de plástico estériles, se colocó en hielo, e
inmediatamente enviado durante la noche en el Centro de Biotecnología Ambiental de la Universidad de Tennessee-
Knoxville. Muestras de agua correspondientes se recogieron en botellas estériles Nalgene de 1 litro-, se colocaron en
hielo, e inmediatamente envían al laboratorio.
Una vez recibida las muestras de suelo y agua en el laboratorio, las enumeraciones microbianos, enriquecimientos con
hidrocarburos aromáticos,ensayos de mineralización utilizando compuestos marcados con 14C y las extracciones de
ADN se iniciaron de inmediato. El suelo de la zona de origen mostró un pH de 6,1, con el pH de la muestra de agua
correspondiente siendo 2,0. El pH más alto de la fuente de material versos fuente de agua es probablemente debido a la
capacidad tampón de la gran cantidad de material orgánico presente. El suelo de la muestra aguas abajo tenía un pH de
3,4, con el pH de la muestra de agua correspondiente siendo 2,0. El suelo de la muestra Creek tenía un pH de 6,6, con el
pH de la muestra de agua correspondiente siendo 5,4. Muestras adicionales de sedimentos y el agua se almacenaron a 4
° C.
2.3. Análisis de biodegradación. Todos los radioquímicos fueron adquiridos de Sigma. Las actividades específicas (en
milicurios por milimol) fueron los siguientes: anillo tolueno-UL-14C, 60.0; naftaleno-UL-14C, 49.8; fenantreno-9-14C,
13,3; antraceno-UL-14C, 15.0; ácido salicílico-ring-UL-14C, 10.0. Ensayos de mineralización, por el método de
Sanseverino et al. (24), se realizaron para determinar los potenciales de biodegradación de tolueno, naftaleno,
fenantreno, antraceno y en cada muestra de suelo. La biodegradación se define como la evolución de 14CO2, como se
determina por recuento de centelleo líquido. Brevemente, las muestras de 2 g se suspendieron con 1 ml de la
esterilizada por filtración correspondiente. La esterilidad de las muestras de agua usadas para los experimentos de
mineralización fueron determinadas por la falta de UFC en cada uno-cuarto YEPG fuerza (pH 7,0) o un medio de placa
acidófilo (pH 3,0) después de 1 semana de incubación. Trampas de dióxido de carbono fueron creados introduciendo
en un frasco de vidrio de 8 ml que contenía 0,5 ml de 0,5 M de solución de hidróxido de sodio en el frasco de
mineralización 40 ml. Se añadió Aproximadamente 100.000 dpm del sustrato marcado con 14C proceda, y los viales
fueron sellados con tapones de rosca y septa recubierto de teflón.
2.4. Diagnósticos moleculares. Duplicados 50 g de muestras se utilizaron para los estudios de extracción de ADN. La lisis
celular fue iniciada mediante calor y tratamiento de dodecil sulfato sódico y se completó usando molino de bolas
homogeneización. Después de la concentración de ácidos nucleicos a partir de la fase acuosa mediante precipitación con
isopropanol, las muestras se dializaron frente a tampón TE durante la noche. Las muestras se extrajeron una vez con
fenol saturado con Tris (pH 7,5), seguido de extracción una vez con alcohol cloroformo-isoamilo (24:1). La fase acuosa
final se recuperó y se precipitó con etanol durante la noche a 220 ° C. El ADN se recogió por centrifugación y se secó al
vacío. El sedimento final se suspendió en 1 ml de tampón TE estéril (pH 7,5) y se almacenó a 220 ° C hasta ser utilizados
para estudios de hibridación.
El ADN recuperado de cada muestra de suelo que estaba al vacío se transfirió sobre membranas de nylon 0,22 mm
Biotrans y se fijó por cocción a 80 ° C durante 1 h y luego de enjuagar en 23 tampón SSC, seguido por cocción a 80 ° C
durante otra hora.El Las membranas se hibridaron previamente durante 12 a 18 h y después se hibridan durante un
adicional de 12 a 18 h con la sonda apropiada, como se describió previamente (28).El Las membranas se lavaron tres
veces con tampón de lavado de alta rigurosidad, y señales de hibridación positivas se determinaron por autorradiografía.
El ADN se recuperó de los organismos aislados por el método de Marmur (18).
3.RESULTADOS:
La enumeración de microorganismos a partir de muestras de suelo ácidas se realizaron por análisis de extensión en placa
de agar tradicional. Heterótrofos neutrofílicos estuvieron presentes en valores de 1.1*10 4 (6 4.1 * 103) UFC / g de suelo
del origen, 1,0 * 103 (6 4,7 * 102) UFC / g de suelo aguas abajo, y el 2,2 * 10 6 (6 8,2* 105) UFC / g de suelo arroyo. Las
estimaciones de las bacterias acidófilas variaron desde 10 2 hasta 103 UFC / g de cada muestra, pero el análisis estadístico
se confunden porque las placas produjeron pocas colonias y estaban contaminados con hongos.
Los resultados de los experimentos de mineralización de sustrato marcadas con 14C indican que las muestras naturales
de pH ácido mantienen la capacidad de biodegradación significativa de hidrocarburos aromáticos (Fig. 1). Cada una de
las tres muestras de suelo analizadas poseían la capacidad para mineralizar uno o más de los hidrocarburos aromáticos
probados. La Figura 1A muestra la mineralización de los hidrocarburos aromáticos por la muestra de suelo del origen,
donde la evolución de dióxido de carbono de tolueno y naftaleno alcanzó aproximadamente el 10% a los 28 días. La
muestra de suelo de aguas abajo mostró la mineralización de cada compuesto ensayado (fig. 1B).
La mineralización del tolueno y naftaleno se acercó a la degradación del 50%, mientras que fenantreno y antraceno
mostraron 10 a 20% de mineralización. Las muestras de suelo de la zona del arroyuelo mostraron mineralización de
tolueno significativa (40%) a los 14 días (Fig. 1C). Mineralización naftaleno alcanzó el 20% de mineralización a las 2
semanas, mientras que poco fenantreno y antraceno fueron degradados.
Estudios de enumeración microbiana revelaron representantivos ambos hongos y levaduras en las comunidades
microbianas del suelo en cada muestra. Un experimento de mineralización fue diseñado para probar el impacto de estas
microeukaryotes en la biodegradación de la de prueba de hidrocarburos aromáticos . La cicloheximida se utilizó para
reprimir el metabolismo de microeukaryotic durante un experimento de mineralización de 14-días. El tratamiento de
Cycloheximide de las muestras eliminadas de aguas abajo el metabolismo hidrocarburo aromático pero no eliminó la
mineralización en las muestras de la cala (Tabla 1). Esto indica que la mineralización de hidrocarburos aromáticos en la
muestra de aguas abajo altamente ácida implica organismos eucariotas, probablemente levaduras y / o hongo.
Toda la comunidad de ADN fue extraído de cada muestra de suelo y se hibridó con sondas moleculares dirigidas genes
comúnmente asociados con la degradación de hidrocarburos aromáticos en condiciones de neutrófilos. La hibridación se
analizan con las sondas de genes Naha (naftaleno dioxigenasa), nahh (catecol-2,3-dioxigenasa), nahG (salicilato
hidroxilasa), todC1C2 (tolueno dioxigenasa) y Toma (tolueno orto-monooxigenasa) no produjo señales positivas por
encima de la calculado límite de detección de 0,003 ng de secuencia diana. El ADN extraído se hibridó positivamente con
un oligonucleótido universal 16S ADNr dirigido a todas las formas de vida (27, 28)indicando que el ADN de suficiente
calidad para el análisis se recuperó con éxito a partir de las muestras. La señal de hibridación más fuerte con el
oligonucleótido universales 16S ADNr fue visto con el ADN se recuperado de la muestra de arroyo, probablemente
debido a la presencia de una biomasa mayor. Esto se corresponde con los datos del análisis de enumeración microbiana,
donde la muestra arroyo soportadas 2 órdenes de magnitud más el total de los organismos heterótrofos que los suelos
afectadas por la reducción del pH.
Con el fin de explorar la posibilidad de aislar un cultivo puro de un microorganismo acidófilo obligatoriamente capaz de
un crecimiento sobre los HAP, los enriquecimientos fueron preparadas con 10 g de una muestra de suelo de aguas abajo
y 40 ml de una muestra de agua esterilizada por filtración (pH 2.0) saturada con naftaleno.Estos enriquecimientos de
microcosmos les permitió agitar durante 2 semanas a 25 ° C a 100 rpm, y luego 10 ml de la fase acuosa se extendió sobre
placas de agar de medio acidófilas (9). Las placas acidófilas fueron incubadas a 25 ° C durante 1 semana antes de que se
volvieron a sembrar las colonias individuales. Después de dos siembras consecutivas, los cultivos parecían ser de un solo
tipo de colonia. Cada aislamiento se volvió a sembrar dos veces más para asegurar que el cultivo fue axénicos. En este
punto, se identificaron tres cepas distintas en base a la morfología de la colonia y características de crecimiento. Dos
cepas, designados SRS 1 y SRS 2, se identificaron microscópicamente por tamaño como bacterias, y el tercer aislado,
designado SRS 3, se identificó como una levadura.Además, los dos aislados bacterianos se definieron como acidófilos
obligados por su capacidad para crecer en placas de medio acidófilo (pH 3,0), pero no en una cuarta placas de medio
YEPG fuerza (pH 7,0). El aislado de levadura fue capaz de crecer en ambos tipos de medio. Un cuarto aislado bacteriano,
designado SRS 4, se obtuvo como un contaminante en un cultivo de hongos de la muestra de aguas abajo.
Los análisis de la secuencia parcial de la subunidad pequeña de rDNA proporcionó identificación tentativa de los
aislamientos bacterianos. SRS 1 (1000 bases secuenciadas) y SRS 2 (240 bases secuenciaron) mostraron 97 y 90% de
similitud de secuencia, respectivamente, con Acidocella sp. (11) y Acidiphilium facilis (14). La levadura heterotrófica se
designó microscópicamente Pichia sp. Una secuencia parcial también fue obtenida por el aislante SRS 4, pero mostró
poca similitud de secuencia con cualquier organismo actualmente en la base de datos.
Los ensayos de crecimiento con sustratos de carbono simple y estudios de mineralización se realizaron en los
aislamientos 1 SRS, SRS 2, y ensayos de crecimiento SRS 3. Se calificaron como positivo si mostraban signos de turbidez
(Tabla 2). El aislado designado SRS 1 creció a la turbidez en sales de medio mínimo (pH 3,0) más cada uno de los
sustratos ensayados, excepto la lactosa, arginina, y fenilalanina.
El aislado designado SRS 2 mostró turbidez en sólo citrato, catecol, y extracto de levadura. El aislado designado SRS 3
creció en cada fuente de carbono, excepto la lactosa. La biodegradación de tolueno, naftaleno, o fenantreno se
encontraba en niveles de referencia, con no más de 3% de mineralización por cualquiera de los aislados bajo cualquiera
de las condiciones ensayadas (Tabla 3). Sin embargo, el ácido salicílico fue mineralizada en diversos grados por las tres
cepas. SRS 1 mostró un marcado aumento en la mineralización de ácido salicílico cuando se incubaron con agua
esterilizada por filtración de la zona de de aguas abajo. SRS 2 también mostró un aumento en la mineralización ácido
salicílico cuando se incuba con la muestra de de agua natural. SRS 3 ácido salicílico mineralizada en todas las condiciones
ensayadas, con la mayor cantidad de dióxido de carbono marcado con C14 se producen en medio mínimo de sales (pH
3,0).La habilidad de los modelos de cultivos microbianos mixtos para biodegradar hidrocarburos aromáticos a pH 2,0 se
evaluó con los aislamientos mencionados anteriormente, junto con cinco aislados fúngicos, se suspendió en agua
esterilizada por filtración de la zona de la cuenca de drenaje de aguas abajo (Tabla 4). Los microorganismos aislados de
la muestra de de aguas abajo se utilizaron para las comunidades mixtas mineralizadas. Los organismos incluidos dos
bacterias obligadas acidófilas (SRS 1 y 2 SRS), una levadura heterótrofos (SRS 3), y un hongo (hongos 3). El trabajo inicial
con SRS 1, 2 SRS, SRS 3, y los hongos 3 reveló la capacidad de este cultivo mixto para mineralizar naftalina. Sin embargo,
el análisis microscópico del cultivo de enriquecimiento hongo 3 reveló que estaba contaminada con bacterias. La
bacteria neutrofílica designado SRS 4 se recuperó a partir del cultivo de hongos contaminada pero resultó poco
importante en la mineralización de naftaleno sea individualmente o en un cultivo mixto. SRS 4 creció rápidamente en un
cuarto YEPG a pH 7,0, pero muy lentamente en un medio a pH 3,0 acidófilo. Ningún otro organismo fue aislado del
cultivo de hongos contaminado.
Sólo el consorcio microbiano incluyendo los hongos 3 contaminados y no identificado, organismo no cultivados fueron
capaces de mineralizar naftaleno a dióxido de carbono. El hongo 3 se aisló en cultivo puro por transferencias sucesivas
en medio acidófilo líquido que contienen los antibióticos estreptomicina, kanamicina, y rifampicina. El cultivo de hongos
se determinó que era axénico por análisis microscópico. Cuando SRS 1, 2 SRS, SRS 3, SRS 4, y los hongos 3 no
contaminados se mezclaron entre sí, no se produjo la mineralización de naftaleno. Esto apoya la hipótesis de que
existen otros organismos no cultivados capaces de mineralizar el naftaleno en el consorcio microbiano indefinido.
Mientras que los cultivos mixtos microbianos construido scon cultivos puros fracasaron en la mineralización de
naftaleno, ácido salicílico fue mineralizado en mayor medida (Tabla 4). La mineralización se acercó a 100% después de 1
semana en cultivos mixtos, pero permaneció bajo el 52% en cualquier aislado individual.
4.DISCUCION:
Los datos presentados muestran de forma concluyente que la biodegradación de hidrocarburos aromáticos puede
ocurrir en ambientes extremadamente ácidas. Aunque la participación de heterótrofos individuales, procariotas
acidófilas no se han eliminado, la biodegradación en la zona aguas abajo de esta particular cuenca hidrográfica
probablemente requiere organismos microeukaryotic, tales como los hongos filamentosos y levaduras. Dado que la
evolucion del 14CO2 de los hongos se ha demostrado que es rara (6), la mineralización completa de los contaminantes
aromáticos puede implicar una interacción compleja entre varios grupos distintos de los microorganismos.
Se entiende bien que la biotransformación de compuestos de HAP por hongos existe principalmente como un
mecanismo de desintoxicación, con los metabolitos secundarios formados teniendo menor toxicidad que el compuesto
original (30). Por otra parte, In der Wiesch et al. (13) demostraron que la adición de los microorganismos del suelo a un
cultivo de hongos aumentó la mineralización de la pireno HAP. Este estudio sugirió que fúngica inicial, ataques
enzimáticos extracelulares en el HAP producen compuestos intermedios que estaban disponibles para su posterior
degradación por los microorganismos del suelo. Nuestra hipótesis es que una situación similar podría explicar la
actividad de la mineralización de hidrocarburos aromáticos detectados en condiciones extremadamente ácidas. Esta
hipótesis está apoyada por la demostración de que el tratamiento con cicloheximida elimina la mineralización de tanto
naftaleno y tolueno en la muestra de sedimento recuperada de la zona de la cuenca de drenaje de aguas abajo.Nuestra
hipótesis es que una situación similar podría explicar la actividad de la mineralización de hidrocarburos aromáticos
detectados en condiciones extremadamente ácidas. Esta hipótesis está apoyada por la demostración de que el
tratamiento con cicloheximida elimina la mineralización de tanto naftaleno y tolueno en la muestra de sedimento
recuperada de la zona de la cuenca de drenaje de aguas abajo. Los organismos en las muestras de suelo capaces de
degradar estos compuestos no se hibridan con sondas de genes dirigidos a enzimas conocidas que están involucrados en
la degradación bioquímica de hidrocarburos aromáticos. Este hallazgo apoya la implicación de organismos
microeukaryotic en la degradación de hidrocarburos aromáticos en este entorno. Los intentos de aislar los cultivos puros
de aromáticos-hidrocarburos degradantes microorganismos acidófilos están en marcha. Sin embargo, los analisis de
secuencia de ARNr 16S la presencia de las bacterias acidófilas en estos
muestras. El metabolismo de ácido salicílico ha demostrado ser muy afectado por la adición de la muestra de agua de la
zona de aguas abajo. El aumento de la mineralización de ácido salicílico por un consorcio de organismos, en
comparación con los organismos individuales, fue visto. Estos datos sugieren que un cofactor desconocido o de
nutrientes pueden mejorar los niveles de metabolismo del ácido salicílico por las bacterias acidófilas.
Un soporte adicional para la biodegradación de contaminantes aromáticos por bacterias acidófilas proviene de la obra
de Quentmeier y Friedrich (23). Sus experimentos mostraron que los plásmidos que codifican ya sea la degradación de
fenol o la resistencia antibióticoa de las bacterias neutrófilas podrían ser adquiridos por la bacteria acidófilo Acidiphilium
Cryptum por conjugación. Una vez que los genes se transfieren con éxito en el acidófilo, las proteínas codificadas, se
mostraron ser funcionales. Esto apoya directamente la hipótesis de que los genes que codifican enzimas implicadas en la
degradación de compuestos aromáticos pueden ser adquiridos y se expresaron en acidófilos heterotróficas.
Hasta la fecha, la gran mayoría de los estudios centrados en la biodegradación de hidrocarburos aromáticos se han
realizado con organismos aislados de ambientes no extremos. Teniendo en cuenta que la contaminación de
hidrocarburos aromáticos han sido documentados dentro de ambientes extremos, se necesita claramente
investigaciones para determinar la habilidad de estos ambientes para biodegradar dichos compuestos. Este estudio le da
credibilidad a la hipótesis basada en los mecanismos de degradación microbiana que están trabajando en los extremos
de ecosistemas ácidos. Además, este estudio sugiere que en vez de un solo organismo responsable de la mineralización
completa de los contaminantes aromáticos a dióxido de carbono y agua, la biodegradación en estos entornos pueden
ser el resultado de interacciones complejas dentro de la comunidad microbiana. Estos sistemas (consortium- based) han
sido recientemente reportado para compuestos generalmente considerados como recalcitrantes en la naturaleza (2, 3,
7, 17).