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Chapitre 1 - Virologie

Biologie cellulaire (Université Catholique de l'Ouest)

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Virologie A.HEUSSE

Chapitre 1 : Structure,


classitcation des virus et cycle
viral
Introduction :

Dépendance des enzymes et ribosomes de l’homme (difficdlté de développer des médicaments


antiviradx). Importance des étddes de la biochimie et de la biologie molécdlaire des virds. La cellule
doit être permissible (doit permettre l’entrée du virus et sa multiplication).

La microscopie optique ne permet pas de les visualiser. Plusieurs types de virus existes : adénovirus
(petits, se multiplient facilement, mais détruit facilement), virus plus sournois (exemple : HIV). Ils
dépendent tous de l’hôte. Les médicaments mis au point pour les détruire s’attaquent aux cellules de
l’hôte, aux cellules permissibles.

Intérêt pour les virus car épidémies virales ayant un impact important sur la planète, on étudie la
virologie pour essayer de comprendre et stopper ces épidémies.

Au moins de 200 virus pathogènes pour l’homme. Près de 60% des maladies infectieuses sont
d’origine virale :

- Gastroentérites infantiles : Rotavirus


- Affections respiratoires aigües : Grippe, Virus Respiratoire Syncitial
- Affections hépatiques : virus des hépatites (VHB, VHC)
- Affections du SN : Herpès simplex HSV (encéphalite)
- Atteinte du système immunitaire : VIH, EBV, etc.

Historique :

Début du 19ème siècle. « Agent infectieux » visible au microscope photonique et traversant les filtres
de porcelaine. Expérience faite par IVANOSKI sur la transmission de la mosaïque du tabac. BEJERINCK
a pu démontrer par la suite que dans le filtrat se trouvait des particules ultra filtrables. On a trouvé ce
même type de particule dans la fièvre aphteuse, fièvre jaune, la rage, etc. il a fallu attendre 1915
pour avoir d’autre chercheurs TWORT et d’HERELLE qui ont mis en évidence les bactériophages (virus
des bactéries). Innovations technologiques importantes qui ont permis l’arrivée de la microscopie
électronique, la culture cellulaire (à partir de 1950), donc à étudier l’effet d’une contamination sur
ces cellules, ultracentrifugation, diffraction aux rayons X, qui ont permis d’aller plus loin dans l’étude
de la structure.

Définition :

Particules qui associe un acide nucléique et de protéine, mais il n’y a pas de cytoplasme et
d’organites cytoplasmiques, pas de noyau. On a toujours un seul acide nucléique (ADN ou ARN,
différence avec les cellules car ADN toujours présent). Les virus sont incapables de croitre ou se
diviser seuls, ils se reproduisent à partir de leur matériel génétique. Il a forcément besoin des
éléments de la cellule pour assurer transcription et traduction. C’est un parasite absolu qui utilise

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tous les moyens de la cellule. Ces 4 points sont très importants et n’ont pas été remis en questions
depuis 1953. Contrairement aux virus, les bactéries sont beaucoup plus grande et effectuent leur
propre processus métaboliques. On arrive facilement à trouver des traitement pour les bactéries car
les enzymes bactériennes se distinguent des enzymes des cellules eucaryotes qu’elles infectent. Les
virus utilisent la machinerie cellulaire donc difficulté pour trouver des traitements. Les virus infectent
tous les groupes d’organismes : vertébrés, invertébrés, plantes, champignons, bactéries. Certains ont
une gamme d’hôte relativement vaste (on va trouver un réservoir chez le singe et peut être transmis
chez l’homme). D’autres virus ne peuvent pas passer les frontières procaryote/eucaryote.

I. Structure
Les bactéries sont de taille beaucoup plus importante de que les virus (20 à 100nm de long).
Filoviridae ; virus responsable d’Ebola.

1. Facteurs influençant le choix de l’hôte


- Cellules permissives : lien étroit entre le virus et l’hôte. Contrairement aux bactéries le virus
est incapable de se multiplier sur des milieux inertes.
- Ordre virale (cycle de réplication) : imposé par l’ordre cellulaire. Réplication à partir de son
propre génome.
- Le virus a besoin de reconnaitre sa cellule hôte donc complémentarité entre les récepteurs
de surface cellulaire et les protéines de structures qui permettent l’attachement du virus sur
la cellule hôte. Le VIH ne se fixera et n’infectera que les cellules qui possèdent des récepteurs
CD4 (notion de spécificité) à leur surface.
Parvovirus se réplique que dans les cellules avec assez de désoxyribonucléotides.
- Si le virus n’a pas la capacité de propager ses particules virales dans une cellule, elle n’est
donc pas bonne a infecter. Son hémagglutinine doit être cliver par une protéase cellulaire. Si
protéases absente, cette protéine ne pourra pas être cliver donc les virus ne peuvent pas
infecter les cellules.

2. Structure générale
Toujours constitué d’un génome et d’une capside. Un élément est facultatif ; l’enveloppe virale. Si le
virus possède ou non une enveloppe on parle de virus nu ou enveloppé. Le génome est soit ADN soit
ARN. Le génome porte le matériel génétique du virus. Il lui permet de coder les protéines structurales
et non structurales. Ce matériel génétique viral est très dense : parfois codage de plusieurs protéines
à partir d’une même séquence. Donc plusieurs mécanismes : épissage alternatif, soit cadre de lecture
chevauchant (permet ce codage de plusieurs protéines). Un codon code pour un acide aminé.
Décalage de 1 à 3 nucléotides. Pour une même séquence on peut avoir 3 protéines différentes
codées. Cela veut dire qu’avec un ARN ou ADN très petit il y a une multiplicité de protéines pouvant
être synthétisées.

3. Génome
Les protéines de structures permettent la formation de la capside, de l’enveloppe. Sont la plupart du
temps de grande taille.

Les protéines non structurales sont des protéines de régulation, permettent l’expression des gènes
(facteur de transcription), sont de petites tailles, vont donc activer ou réprimer l’expression des

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gènes. Rôle clé dans le cycle viral : très proche des protéines de régulation eucaryotes, de ce fait c’est
une mauvaise cible pour les traitements.

On trouve des enzymes spécifiques nécessaire à la réplication virale : transcriptase inverse, ADN
polymérase. Ces enzymes ne sont pas toujours synthétisés et exprimés par le virus. Dans certains cas
la machinerie cellulaire suffira.

Dans le cas des protéines produites par les virus oncogènes : provoque transformation tumorales des
cellules infectées.

Tous ces virus (poly) ont en commun que leur matériel génétique est de l’ADN. Cet ADN est soit
linéaire soit circulaire soit semi-circulaire. Il peut être simple ou double brin. Par exemple le
Parvovidae a un ADN linéaire simple brin. L’Adénovirus a un ADN double brin linéaire. Le
Papovaviridae (Polio) a un ADN double brin circulaire.

La polarité permet un codage direct. On a les Coronaviruv (ARN+) retrouvé dans les pathologies
digestives. Les ARN – ne permettent pas la traduction directe des protéines. Exemple du Filoviridae,
responsable d’Ebola.

4. Capside
Rôle fondamentale car elle va protéger le matériel génétique quand le virus est à l’extérieur. Capside
de nature protéique.

Trois types d’organisation :

- Aucune symétrie
- Symétrie hélicoïdale : on a l’ADN en continuité avec la capside. Interaction qui se fait entre
les sous unités de la capside et l’ADN. Formation d’une spirale. Trouvée dans le virus de la
grippe par exemple.
- Symétrie Icosaédrique : constituée de plusieurs faces, polyèdre à 20 faces. Composée
d’unités structurales appelées capsomères (les plus petites unités, peuvent être visibles en
microscopies électronique). Icosaèdre composée d’un ou plusieurs types de protéines. Le
nombre et la tailles des capsomères est variable selon les virus et dépend de la taille du virus.
On a bien la capside et l’ADN au milieu de cette particule.

5. Enveloppe
Elément facultatif. Composée de protéines, lipides et glucides. Les glucides sont des protéines
glycosylées donc vont se retrouver à la surface et sont toujours attachés aux protéines. Cette
enveloppe est acquise par bourgeonnement du virus, qui provient soit de la membrane cellulaire,
soit de la membrane nucléaire (toujours de la cellule hôte). Elle se forme au moment de la formation
du virion (particule virale, petit virus qui se forme toujours à partir de la cellule hôte). Propriété
antigénique, reconnu par le système immunitaire de l’hôte, hémagglutinantes, et enzymatiques. Elle
va conditionner le mode de transmission car ces protéines et cette enveloppe, dans le milieu
extérieur, rend plus fragile le virus.

Virus enveloppé :
Le fait d’avoir cette enveloppe fait que le virus est sensible à l’acidité notamment à celle du tube
digestif, donc plus sensible dans le milieu extérieur. Les virus nus auront une pathogénicité moins

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importante que les virus enveloppés. Modèle clé-serrure qui se joue avec ces protéines
(hémagglutinines). Les virus de l’hépatite B et C sont fragiles, sensibles à l’acidité du tube digestif
donc pas retrouvés dans les selles. Se transmettent par contacts direct entre les individus (ne sont
pas retrouvé dans l’eau car pas retrouvés dans selles), également par voie sexuelle et sanguine.

Invagination de la membrane plasmique pour former l’enveloppe. Le virus de l’Herpes est également
un virus enveloppé mais lui a une acquisition nucléaire. La grippe due à un virus enveloppé peut être
mortelle.

Virus nus :
Survivent dans l’eau et dans le milieu extérieur. Retrouvés et éliminés dans les selles sont possible
contamination oro-fécale. Entérovirus : survie à 4°C ou plus, pendant 10 à 15 jours. Résistants à
certains savons, sensible à la javel. Ces virus ne provoquent que des infections bénignes.

II. Classification
Système international de taxonomie virale, basé sur le matériel génétique et la structure des virus.
Phylogénie des virus. En terme de traitement et identification du virus, a moins d’intérêt que celle de
Baltimore.

1. Virus à ADN
Différentes formes de virus, par exemple cylindrique, complexes, icosaédrique, etc.

2. Virus à ARN
Classés par ordre et sous familles. Basés sur les structures.

3. Classification de Baltimore
Il a classé les virus en 7 classes. Il a basé sa classification sur le génome des virus, leur type d’acides
nucléiques, et également le mode d’expression dans la synthèse de l’ARN messager, mais aussi dans
le procédé de réplication de l’ARN viral. Cette classification est utilisée de manière assez importante
(plus importante que celle du SI de taxonomie virale). Les rétrovirus sont en classe 6, et sont
regroupé avec les classe 7 dans les virus a transcriptase inverse. Prix Nobel pour ses travaux sur la
transcriptase inverse.

- Classe 1 : virus à génome ADN double brin


- Classe 2 : virus à génome ADN simple brin
- Classe 3 : virus à génome ARN double brin
- Classe 4 : virus à génome ARN brin (+) (codant)
- Classe 5 : virus à génome ARN antisens (brin (-))
- Classe 6 : virus à rétrotranscription à génome en ARN
- Classe 7 : virus à rétrotranscription à génome en ADN

III. Le cycle virale


Etapes de reconnaissance, d’attachement, et décapsidation qui ont lieu dans la cellule. Ces étapes
conduisent à l’internalisation.

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Etapes de réplication du matériel génétique et d’expression du génome virale qui assurent la


synthèse des protéines virales structurales et non structurales. Cette synthèse permet la synthèse
des protéines virales permettant la multiplication du génome.

Etape d’assemblage et relargage extérieur, permettent production des particules virales des virions
infectieux. La cellule n’est pas détruite, elle peut fonctionner normalement, mais dans certains cas
peut être transformée : caractère tumoral.

1. Attachement
Se fait forcément sur une cellule permissive pour le virus. Le virus n’est pas intéressé par une cellule
qui ne lui permettra pas sa multiplication. Contact spécifique entre virus et la cellule hôte. Soit c’est
une protéine de la capside qui est reconnu par le récepteur cellulaire, soit une protéine de
l’enveloppe. Les effets du virus sur la cellule dépend du type de virus et de la fonction de la cellule.
Pas les mêmes effets si se fixe sur cellule gastrointestinale ou un neurone.

Ovovirus se fixe sur des cellules entérocytes de la muqueuse intestinale : provoque gastroentérites.
Le virus du sida se fixe uniquement sur les CD4, pas sur les CD8.

(#19/01)

2. Pénétration et décapsidation
Une fois que le virus est attaché à la cellule cible reconnu spécifiquement, le virus va pouvoir
pénétrer dans la cellule. Si il reste tel qu’il est (avec sa capside qui protège son matériel génétique), il
ne pourra pas poursuivre sa multiplication. Donc étape suivante : décapsidation, il doit mettre son
matériel génétique à nu.

Virus nus :
1er mécanisme : le virus va s’attacher à la membrane et son matériel génétique va pénétrer dans
l’organisme. Les protéines de la capside son altérées ; seul l’ADN pénètre. Injection du matériel nu.

2ème mécanisme : endocytose du complexe capside récepteur. Formation d’une vésicule : la


décapsidation se fait dans cet vésicule.

Les Rhinovirus semblent utiliser le mécanisme d’interaction capside/récepteur.

Un certain nombre de viruv échappent au contrôle immunitaire de la cellule.

Virus enveloppés :
1ère voie : Fixation. Soit la membrane de l’enveloppe virale s’unit avec la membrane plasmique :
fusion membranaire. L’enveloppe va donc délivrer le matériel génétique dans la cellule. Observée
dans le cas du virus du sida.

2ème voie : endocytose complète du virus avec son enveloppe. Fusion des membranes (enveloppe et
plasmique).

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3. Expressions des gènes viraux et réplication


Virus à ADN :
Besoin d’une expression des gènes viraux pour permettre sa réplication. Virus à ADN (+), à ADN (-),
et rétrovirus. Les virus à ADN font partie du groupe 1 de la classification de Baltimore ; utilisent la
machinerie cellulaire, à la fois pour la réplication, transcription de leurs gènes, et la maturation de
l’ARN messager. Toute une partie se passe dans le noyau : ADN viral va être répliqué et transcrit dans
le noyau, également maturé. Utilise la machinerie cellulaire.

 Virus à ARN (+) :


ARN qui peut être directement traduit en protéine. Ces virus codent pour leur propre polymérase.
Celle-ci est multifonctionnelle (va assurer la réplication virale, transcription en ARN, et parfois la
maturation de cet ARN). Réplication : on passe de l’ARN (+) à un ARN anti génomique, pour pouvoir
multiplier notre matériel génétique sous forme d’ARN. Assure également une transcription dans le
sens de la multiplication virale. Tout cela se passe dans le cytoplasme. On a soit les virus qui assurent
directement la synthèse de leurs protéines, soit ceux qui passent par l’ARN anti génomique puis
subgénomique pour synthétiser leur ARN, peuvent passer par les 2 voies. ARN subgénomique est une
polyprotéine qui va subir des clivages pour aboutir à la synthèse de plusieurs enzymes protéases :
donne lieu aux protéases nécessaires au cycle virale. Cet ARN subgénomique ne correspond pas à
tout le matériel génétique, seule une petite partie va coder.

 Virus à ARN (-) :


Groupe 5 de la classification de Baltimore. On est uniquement dans le cytoplasme. Paramyxovirus,
Rhabdovirus. L’ARN (-) ne permet pas la traduction directe en protéine, il y a forcément passage par
un ARN subgénomique ou un anti génomique pour la réplication. La polymérase utilisée est toujours
une polymérase virale. On à des virus ARN double brin également : à la fois le brin ARN (-) et ARN
(+) : ARN(-) va servir de matrice pour la production de différents ARNm, et on aura ensuite une
polymérase responsable de la réplication et la traduction.

 Virus utilisant une transcriptase inverse : Rétrovirus :


Cas du sida et de l’hépatite B. Une partie se déroule dans le noyau, l’autre dans le cytoplasme.
Matériel génomique sous forme d’ARN, va être rétrotranscrit en ADN et être répliqué sous forme
d’ADN. Réplication sous forme ADN. ARN (+) va servir pour la réplication des protéines. Le matériel
encapsidé est ARN (+).

Pour le groupe 6 de Baltimore (rétrovirus : HIV) la rétrotranscription s’effectue quand la


nucléocapside pénètre dans le cytoplasme de la cellule infectée. Alors que dans le cas du groupe 7
(virus de l’hépatite B), la rétrotranscription se fait au moment où le virus quitte le cytoplasme de la
cellule infectée.

4. Assemblage et sortie des virions = propagation du virus


Virus non-enveloppés :

Autoassemblage associant génome viral et protéine de la capside. Accumulation des virions matures
dans le noyau ou le cytoplasme. Libération par lyse cellulaire. Cette infection désorganise totalement

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la cellule. Plutôt que de produire les protéines cellulaire, le virus a obligé la machinerie cellulaire à
produire ses propres éléments.

Virus enveloppés :

Enveloppe synthétisée avec des glycoprotéines (qui sont transférées du système endomembranaire
de la cellule cible). Dans système endomembranaire ; synthèse des protéines de surface qui vont
s’encrées dans la membrane et c’est elles qui vont permettre le mécanisme d’exocytose. Il va y avoir
utilisation de la membrane cellulaire. On a donc un bourgeonnement de la membrane qui s’opère. La
plupart du temps, utilisation de protéines de matrice pour l’organisation de l’enveloppe du virus. La
membrane plasmique est en capacité de se reconstituer à la suite donc pas de lyse cellulaire, pas de
destruction de la cellule.

5. Issues de l’infection au niveau cellulaire


On a soit une infection abortive : le virus n’est pas en capacité de se répliquer, de se reproduire.
Plusieurs raisons à cela : le matériel cellulaire n’est pas en capacité de permettre sa multiplication, ou
la réplication de virus n’est pas en phase avec la réplication cellulaire.

Deuxième cas : pas de destruction de la cellule : Infection persistante. Les rétrovirus vont intégrer
leur ADN à celui de la cellule infectée, ce matériel va être persistant. Possible équilibre entre les
synthèse protéiques virales et cellulaires, dans ce cas les protéines restent dans la cellules sans la
détruire.

Troisième cas : infection lytique qui détruit la cellule infectée et permet le relargage des protéines
virales dans le milieu extracellulaire.

On a des infection qui peuvent être transformantes, à partir du moment om le génome virale est
intégré au génome cellulaire, et entraine la dysrégulation cellulaire. Implique une diminution de
l’expression de la protéines p53 ; protéine anti-oncogène.

(Le p53 evt prévente danv la cellule, elle empêche le développement de viruv. Le viruv a-t-il un élément
vuvceptible de coder p53 et réprimer von exprevvion ?)

(#)

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