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Microbiologie - bactériologie
Licence Chimie parcours Chimie - Biologie (Université Paris-Est Créteil Val de Marne)
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• CHAMBRE DE COMPTAGE
Comptage du nombre de cellules sous microscope dans une chambre de comptage
(quadrillage) en tenant compte du volume de la chambre et de la dilution de l’échan-
tillon
• TURBIDIMÉTRIE
Les cellules bactériennes dispersent la lumière incidente.
On peut mesurer une densité optique (DO) à ~600 nm qui est linéaire en fonction de
la concentration en bactéries pour des valeurs comprises entre DO=0,05 et 0,6. C’est
la méthode la plus simple et la plus utilisée au
laboratoire. [D.O. = log (I0 / I)]
• CYTOMÉTRIE EN FLUX
Etape :
1. Séparations des cellules par étalement ou dilution
2. Sélection sur milieux de culture
3. Incubation
4. Multiplication cellulaire
5. Visualisation des colonies
Technique de comptage qui détecte les bactéries viables uniquement. Comptage des
colonies sur boîte après étalement
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N = N0 x 2n=N0 x 2 μt = N0 x 2 t/q
n = μt = t/q
n= nombre de générations au temps t
μ= taux de croissance = nombre de doublement
effectués par unité de temps (heure-1)
q = temps de doublement (unité de temps)
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Exemple Listeria
Listeria est capable de se développer entre -2°C et 45°C (opt. 30-40°C) pH 4 à 9,6
(opt. 7)
Isolée en 1926, dans l'animalerie de Cambridge ! Bacille à Gram positif (Firmicutes)
1-4 μm/0,5 μm, en chaînes courtes ou petits amas Mobile à 22°C (péritriche), immobile
37°C
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Cycle cellulaire
Réplication
RÉPLICATION DE L’ADN, DIVISION CELLULAIRE ET CROISSANCE BACTÉRIENNE
La bactérie duplique son chromosome circulaire double brin pour donner deux molé-
cules d’ADN filles identiques
Division de la bactérie par scissiparité pour donner deux cellules filles contenant cha-
cune une copie du chromosome
• Invagination de la membrane et de la paroi
• synthèse de peptidoglycane
• Séparation des deux bactéries filles (hydrolyse menagée du peptidoglycane)
Différenciation
LA RÉSISTANCE DE DIFFÉRENTS TYPES D’ORGANISMES AUX DÉSINFECTANTS
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Les Archea sont de configuration S alors que c’est les bactérie et les eucaryote, la
configuration du glycol est en R.
- Paroi bactérienne
LA PAROI
Elle offre une protection pour la cellule : la plupart des procaryote possède une paroi
raison pour laquelle on peut pratiquer des tests de Gram
-> Elle donne une rigidité et une forme aux cellules
-> C’est une protection contre la lyse osmotique, le cytoplasme étant beaucoup plus
concentré que l’environnement
-> Elle est présente chez toutes les bactéries sauf les mycoplasmes.
-> Elle n’est présente que chez certaines archées
LE PEPTIDOGLYCANE
C’est un composant central de la paroi bactérienne
Les osamines de la paroi bactérienne
STRUCTURE DU PEPTIDOGLY-
CANE
Chaines de glycane: (N-acétyl
glucosamine et d’acide N-acétyl-
muramique)
Peptides reliés entre eux par une
liaison peptidique
LA SYNTHÈSE DU PEPTIDOGLY-
CANE
Suivant les bactéries la composi-
tion varie légèrement:
- DAP/lysine
- Liaison peptidique/pont pentapeptide Gly
Importance des deux groupements NH2 pour assurer la liaison entre les tétrapeptides
1 glycosyltransférase
Allongement de la chaîne de glycane
2 transpeptidase:
liaison D-Ala-Diaminopimelate (DAP)
GRAM
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LE TEST DE GRAM
Test mis au point en 1883 par le médecin Danois
Etape :
1 Cristal violet (30s) + Rinçage à l’eau
2 Lavage en éthanol 95% ou acétone(10-30s)
=> L’éthanol ne peut pénétrer le peptidoglycane et ne « chasse » pas le cristal violet
du cytoplasme
3 Coloration à la safranine 1-2 min
- Les Lipopolysaccharides
STRUCTURE DU LPS
(endotoxine active contre certains hôtes)
Le lipide A est enfoui dans la membrane externe (effet toxique)
Le polysaccharide est central
La chaîne latérale O ou antigène O est constituée de quelques sucres et sa composi-
tion varie suivant les espèces et les souches bactériennes
- Autres composants
COUCHE S (S-LAYER) : (ABSENCE DE PAROI RIGIDE
Présent chez certaines bactéries (Gram+ ou Gram-) et archées
Exemple : Thermoanaerobacter thermohydrosulfuricus
Réseau bidimensionnel (monocouche) d’une seule protéine
Structure quasi-cristalline 100 nm
Membrane fluide qui donne une forme lobé a l’organisme.
LA CAPSULE
Dernière couche éventuelle de l’enveloppe, la capsule contient des polysaccharides
qui sont spécifiques de l’espèce ou du poly-D-glutamate
Rôle dans la virulence : Streptococcus pneumoniae Bacillus anthracis
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La mobilité
Les flagelles
Vitesse de rotation chez E. coli: 6000-15000 tours par minute ! (40-50 Hz) vitesse de
déplacement : 25 μm/s
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BILAN
Etude d’un grand nombre d’espèces en culture pure
Caractéristiques principales de très nombreuses familles de bactéries et
de quelques archées :
Membranes, parois, capsules, pili, flagelles...
MÉTAGÉNOMIQUE
Les ARNr sont très structurés et leurs structures est totalement conservées.
Notion d’horloge moléculaire
Permet l’étude d’un grand nombre d’espèces même si on ne peut pas les mettre en
culture !!
Possible d’avoir une quantification exhaustive des espèces présentes !
Biomasse terrestre
L’eau recouvre 71% de la surface de la planète terre !...
Apollo 17
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Une vision plus exacte de notre planète : Que d’eau! Mais pas que liquide...
Vie microscopique
Des microorganismes ont été retrouvés dans la haute atmosphère (41 km !). Ils ne
sont probablement pas actifs: température très basse, pression extrémement faible,
très forte irradiation aux ultra-violets.
Ils sont transportés par les vents de haute altitude ou par les éruptions volcaniques...
cf l’éruption de l'Eyjafjöll en 2010...
A l’inverse des microorganismes vivent à plus de 10 km sous la mer.
La présence de ces microorganismes n’est pas limitée aux milieux aérobies : des mi-
croorganismes cultivable ont été récupérés par forage profond : 5Km, dans des roches
à 65-75°C.
Ils colonisent l’ensemble des biotopes possibles (se développent si présence d’eau li-
quide).
Des micro-organismes vivent dans des environnements a priori hostiles : Les extrê-
mophiles
Température: de -2°C à 120°C Concentration en sels : 3 à 5M NaCl, pH : <4 et >9
Pression : >400 atmosphères
Beaucoup des extrêmophiles sont des Archaea (mais les archées mésophiles sont éga-
lement très abondantes).
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Ces organismes ont des composants cellulaire qui résistent et fonctionnent, voir tirent
parti, de ces environnements.
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Très grand nombre d’espèces bactériennes (et archées...) différentes (>500 espèces)
dont : Bacteroides, E. coli, Lactobacilles, Clostridies
Elles sont essentielles dans la digestion des aliments et comme barrière contre les
bactéries pathogènes
CLASSEMENT À LA PRESSION
Barophile
Barophile facultatif > -2000 m
Barophile< -2000 m
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Barotolérant
Seuil vers 20 Mpa (200 atm)
Rappel : 1Kg/cm2 = 1 Atmosphère = 1 bar = 0,103 Mpa
10 Mpa = 100 Atm !
Les mers et océan profond (inférieur à 1000m) : ~62% du volume de la biosphère ter-
restre. Sous une pression supérieur à 10 Mpa (100 Atm) !
Souche CNPT 3
Temps de doublement à 4°C
À pression atmosphérique : 3 à 4 jours
À 50 Mpa (50 Atm) : 4 à 13 H
Souche MT 41
Pas de développement à des pressions inférieur à 38 Mpa.
Pression optimale à 69 Mpa
Perd sa capacité à former des colonies si reste à 1 Atm
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CLASSEMENT À LA TEMPÉRATURE
EFFET DE LA TEMPÉRATURE
SUR LA CROISSANCE
Les membranes se figent :
transport des métabolites in-
suffisant
La vitesse de réaction aug-
mente
La vitesse de réaction s’effec-
tue à un taux maximum: opti-
mum de croissance
Dénaturation de certaines pro-
téines entraîne une absence de croissance
ABONDANCE RELATIVE (%) DES ATOMES SUR TERRE ET CHEZ LES ÊTRES VIVANTS.
En rouge % chez nous en vert % sur la terre. On regarde les atomes encadrer ou
rouge car il ont dés propriété particulière.
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Macronutriments
Les bactéries ont aussi besoin de certains éléments à l’état de trace (Mn, Zn, Mo, Cu,
Co, Ni, Se....), vitamines (cofacteurs)...
Milieu complexe : Milieu qui contient des ingrédients de composition chimique indéter-
minée (extrait de levure, de viande, hydrolysat de protéines). Ce sont souvent des
bouillons de culture, ils permettent la croissance de grand nombre d’organisme.
Souvent, ces milieux permettent la croissance de différents micro-organismes
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