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Interactions entre microorganismes

Microbiologie (Université Clermont-Auvergne)

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Interracton entre microorganismes


Les interactions entre microorganismes et le type de coaction qui peut s’établir entre 2 microorganismes. Coaction c’est
l’effet qu’a une espèce sur le taux de croissance d’une autre espèce. Ces coactions peuvent avoir un effet positif, neutre
ou négatif.

- Quand coaction positif pour les 2 partenaires => symbiose = association naturelle à bénéfice réciproque entre 2
êtres vivants d’espèces différentes. Parfois on parle de symbiose mutualisme ou mutualisme et on parle aussi de
coopération :
• Mutualisme = caractère obligatoire de l’association, au moins pour l’un des deux partenaires. Souvent
l’association est très intime c'est-à-dire soit un nouvel organe formé, soit une des espèces est englobé
dans l’autre.
• Coopération = les 2 espèces tirent profit de l’association mais il n’y a pas ce caractère obligatoire, les 2
partenaires peuvent vivre indépendamment l’un de l’autre.
- Quand interaction bénéfique pour l’un et neutre pour l’autre => commensalisme = une espèce en tire un
bénéfice pour sa croissance et l’autre ne tire ni bénéfice ni effet délétère de cette association.
- Quand interaction positive pour une espèce et négative pour la 2ème espèce :
• Parasitisme = espèce A profite abondamment de l’association et par contre l’espèce B n’arrive plus à se
développer et voir à terme peut finir par disparaitre.
• Prédation = quand un est prédateur sur l’autre, il y en a un qui disparait.
- Quand les organismes ou les microorganismes cohabitent les uns avec les autres tant que les taux de croissance
des 2 ne soient affectés, on parle de neutralisme. Pas beaucoup utilisé.
- Quand une espèce ne subit aucun effet (neutre) et que l’autre subit un effet négatif, on parle d’amensalisme.
Un terme synonyme mais pas complètement qu’on appelle l’antagonisme. Souvent rencontrer dans le monde
végétale : une plante qui va empêcher l’autre de pousser sans forcément en tirer un bénéfice.
- Quand coaction a un effet délétère pour le taux de croissance des 2 organismes, les 2 pâtissent de l’interaction,
on appelle cela la compétition. C’est très souvent en lien avec des ressources nutritives que les microorganismes
doivent partager.

1- Interactions intraspécifiques
On va beaucoup parler de bactéries dans le cours.

On parle d’intraspécifique, ça veut dire au sein de la même espèce et interspécifique veut dire au sein d’espèces
différentes.

Notion d’espèce bactérienne

La notion d’espèce bactérienne se définit sur des critères moléculaires :

- Homologie ADN/ADN à >70% c’est de la même espèce et si c’est moins, ce sont des espèces différentes.
- Température d’hybridation à∆Tm < 5ᵒC

Ça ne se fait quasiment plus l’hybridation ADN/ADN, déjà parce que c’est hyper technique et il n’y a pas beaucoup de
gens dans les labo qui maitrisent cela très bien. A l’heure actuelle, on a accès aux génomes donc ce sont les ordinateurs
qui vont faire l’hybridation ADN/ADN avec des programmes. Ils vont déterminer ce qu’on appelle le ANI (Average
Nucleotide Identity). Il faut que tout le génome des 2 souches qu’on veut comparer soit séquencer. Ils alignent les
séquences 2 à 2 et ils sortent un seuil de comparaison 2 à 2 des souches; et si le taux est > 95% d’ANI entre 2 souches,
on considère qu’elles appartiennent à la même espèce bactérienne. Ça c’est quand on a un génome en entier, ça ne

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coute pas cher de séquencer un génome bactérien mais quand on a plusieurs souches, on ne peut pas se permettre de
tout séquencer.

Du coup, on fait de la phylogénie et on se contente du gène du 16S codé par rrs chez les bactéries. On amplifie ce gène
et on donne le produit amplifié à séquencer. Ensuite on peut faire de la phylogénie. Mais avant de faire cela, on
interroge les bases de données avec les séquences qu’on va obtenir. Ensuite on peut faire un arbre pour voir dans quel
Phylum, genre, espèce on peut classer notre bactérie.

Si on n’a pas le temps de faire un arbre, le résultat du blast nous donne des séquences proches avec des pourcentages
d’identité nucléotidiques. Comment on les interprète? On obtient 97-98% d’identité au niveau du 16S. Comment on
l’utilise? Par exemple, si le pourcentage d’identité de notre séquence est de 96% avec Bacillus cereus, on peut dire que
ce n’est pas l’espèce Bacillus cereus, mais c’est un Bacillus.

Les interactions intraspécifiques qui vont intervenir :

- soit entre individus identiques => issus de la même souche, des clones.
- soit entre individus de souches différentes mais appartenant à la même espèce. Ex : Bacillus cereus souche A1 et
Bacillus cereus souche A2.

Ces interactions intraspécifiques existent car les individus d’une espèce données occupent généralement des niches
écologiques identiques ou similaires. Niche écologique c’est à la fois l’habitat et le rôle ou la fonction assurée par le
microorganisme dans cet habitat. Au sein d’un habitat, ces microorganismes d’une espèce donnée vont cohabiter avec
des individus d’autres espèces. Exemple : la Rhizosphère on a une grande diversité de microorganismes qui doivent
coexister les uns avec les autres.

• Interactions négatives
Elles vont essentiellement se faire au niveau d’une compétition pour une ressource nutritive. Ces individus
appartiennent à la même espèce donc ils ont les mêmes voies métaboliques ou quasiment, ils vont avoir les mêmes
besoin nutritives. Il y a un appauvrissement du milieu en éléments nutritifs et l’effet négatif va être visible sur les 2
partenaires. Si les 2 mangent moins donc leur taux croissance vont être réduit.

On va voir un cas d’un élément nutritif qui est en quantité limitante et très rapidement la compétition se fait sentir pour
cet élément nutritif. Cas du Fer3+, le fer soluble. Il y a une compétition directe au niveau des microorganismes, on peut
voir cela aussi dans les interactions interspécifique.

Dans le sol, le fer ce n’est pas qu’il n’y en n’a pas mais c’est parce qu’il n’est pas disponible c'est-à-dire pas accessible
pour les être vivants. On estime que dans un sol à pH neutre c’est < 10-18M. Hors les besoins d’un microorganisme en fer
sont de l’ordre du µM. Pour récupérer le Fer, ils ont un système de chélations du fer III, c’est ce qu’on appelle les
sidérophores. Ce sont des petites molécules qui sont capables de chelater le Fer et ensuite ça va être internaliser par la
bactérie.

Exemple de sidérophores :

Dans la majorité des cas, on peut voir l’atome de fer qui est complexé quelque part dans la molécule.

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Enterobactine qu’on retrouve chez les Entérobactéries.


Pseudobactine, c’est ce qu’on va retrouver chez les Pseudomonas.

C’est synthétisé par les bactéries grâce à des enzymes qui permettent de fabriquer ces molécules.

Les sidérophores sont bien décrit et ils sont utilisés par les Gram-. Donc ici on a une Gram- avec ces 2 membranes et on a
schématisé la façon dont ça se passe :

Le triangle c’est le sidérophore et quand il y a le point rouge dedans, c’est qu’il a capté sa molécule de Fe III. Ces
sidérophores sont relâchés au voisinage de la bactérie. Ils piègent le Fer et une fois cela fait, la bactérie va les
internaliser par une protéine de la membrane externe qui s’appelle chez coli FhuA. C’est un récepteur membranaire
spécifique de ce sidérophore synthétisé par la bactérie. Ça rentre et ça arrive au niveau du périplasme et c’est pris en
charge par une 2ème protéine qui s’appelle FhuD. Ça traverse le périplasme et ça va rentrer dans la membrane interne.
Pour passer la membrane interne, ça traverse un transporteur membranaire ABC qui s’appelle FhuBC, un complexe de
protéines qui a besoin d’ATP pour fonctionner.

Il y a un autre complexe, le complexe TonB qui fournit l’énergie pour la 1ère étape du transport.

Ce système d’internalisation du fer est très répandu chez les Gram-, évidemment les protéines sont différentes selon les
espèces mais c’est toujours basé sur le même principe.

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Si toutes les Gram- ont ce système de captage de Fer, à priori elles sont toutes aussi efficace pour récupérer le fer. Mais
certains sont plus efficace que d’autres. Comment imaginer que certaines soient plus efficaces que d’autres? Ça peut
jouer sur des histoires d’affinité soit vis-à-vis du fer ou soit vis-à-vis du récepteur :

- La spécificité c’est la structure chimique du sidérophore et le récepteur. Les bases de la compétition vont être
des affinités différentes du sidérophore pour le fer mais pas que,
- Certaines bactéries ont des sidérophores hétérologues c'est-à-dire qu’elles sont capables de capter des
sidérophores d’autres espèces. Donc on n’a pas le coup énergétique lié à la synthèse d’autres sidérophores. On
a présence de récepteurs de sidérophores hétérologues, des protéines de type FhuA.

Pour illustrer cela, voici une étude qui datent un peu mais qui est assez importante :

Ce sont des Pseudomonas spp à l’époque donc ils appartiennent tous à la même espèces. Ces Pseudomonas vivent dans
le sol souvent à proximité des racines des plantes et il y en a beaucoup qui produisent de composés antagonistes vis-à-
vis des champignons pathogènes. Mais ce n’est pas l’aspect qui nous intéresse. Ce qui est présenté dans ce schéma,
c’est la dynamique de population de Pseudomonas, il y a une 1ère souche qui est une souche sauvage WCS374 et une
2ème sa sœur WCS374 dans laquelle on a mis un plasmide qui possède un gène appelé pupA.

Sur les 2 graphiques, on suit la dynamique de population de ce Pseudomonas WCS374 au cours de 4 cycles de 21 jours
de croissances du radis. On les fait pousser dans des radis et au bout de 21jours, on regarde la population de
Pseudomonas. La souche qu’on suit soit elle a été inoculée seule (blanc), soit elle a été co-inoculée avec une autre
Pseudomonas WCS358 au début du 1er cycle (noir). A chaque cycle, on a déterminé le lot de CFU/g de sol et CFU/g de
racines. Quand il y a une étoile, ça indique une différence statistiquement significative.

Qu’est ce qui différencie ces 2 souches de Pseudomonas?

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La souche WCS374, on voit sa population décliné au cours des cycles.

Au niveau du cycle 2, il y a une net différence au niveau des populations quand elle est inoculée seule et quand elle est
co-inoculée avec l’autre. Comment on explique cela? La WCS358, elle a un atout considérable, elle peut utiliser un
grand nombre de sidérophores donc elle est capable d’utiliser des sidérophores hétérologues.

Mais son sidérophores, qui s’appelle Pseudobactine 358 ne peut être utilisé que par un nombre limité de Pseudomonas.
Quand WCS374 est toute seule, elle arrive à récupérer suffisamment du fer. Mais quand on l’inocule avec WCS358 qui
est capable d’internaliser des sidérophores hétérologues alors qu’elle a son propre sidérophore mais ça ne lui suffit pas.
La WCS358 va internaliser la Pseudobactine et certainement une partie des sidérophores qui vont être synthétisés par
l’autre. Du coup l’autre se retrouve en carence en fer c’est pour ça qu’on a cet écart au niveau des effectifs.

On n’observe pas cela dans le 2ème graphique car la souche WCS374, on l’a mis un plasmide portant un gène pupA. Le
gène pupA est un récepteur de la Pseudobactine donc c’est le récepteur du sidérophore de l’autre souche. Du coup, les
2 souches se retrouvent sous le même pieds d’égalité, l’une va récupérer les sidérophores de l’autre et vice versa. On
n’observe quasiment pas de différence quand on met la souche WCS374 seule ou quand on la met avec l’autre.

Ça montre que la compétition pour le fer est importante pour l’interaction de ces 2 populations de Pseudomonas. Ça
montre aussi que la capacité à utiliser des sidérophores hétérologues, une capacité qu’a naturellement la souche
WCS358 est un avantage certain pour une colonisation efficace des racines.

On a vu un exemple de compétition pour des ressources spécifiques. On va parler maintenant d’antagonisme.

Antagonisme (amensalisme) : cas des bactériocines


Bactériocine, c’est un métabolite généralement de nature peptidique, petit peptide sécrétée par une bactérie et ça
inhibe le développement de bactéries apparentées. Plus ou moins apparentées c’est pour cela que dans certains cas on
va parler d’intraspécifique et dans d’autres interspécifique. Le spectre d’action est + ou – étroit selon les bactériocines.
L’activité est généralement de nature bactéricide, rarement bactériostatique. La bactérie qui produit la bactériocine est
protégée de la molécule.

On va en voir pas mal dans l’interaction interspécifique. Ici on va citer un cas particulier de bactéries dans le sol :
Rhizobium, bactéries fixatrices d’azote qui établissent des symbioses avec des plantes exclusivement des légumineuses.
Certaines Rhizobium sont capables de produire des bactériocines qui vont avoir des effets néfastes pour d’autres
Rhizobium.

Il y a une toxine qui a bien été décrite chez les Rhizobium qui s’appelle la trifolitoxine (TFX). Cette bactériocine est
produite pas R. leguminosarum, la souche s’appelle T24. Cette souche n’a aucun intérêt agronomique, elle forme des
nodosités sur les trèfles mais les nodosités ne sont pas fonctionnelles, même la plante n’en tire pas un avantage. Au
contraire elle en pâtit car elle investit de l’énergie pour faire de la nodosité alors qu’elle n’a pas un avantage. Par contre
elle inhibe la croissance de nombreux autres Rhizobium via cette toxine.

On a introduction le gène codant la TFX chez un autre Rhizobium qui s’appelle R. etli CE3 et qui lui nodule les haricots. La
nodulation fonctionne et c’est beaucoup plus intéressant au niveau agronomique. Les chercheurs se sont posés la
question si CE3 est plus compétitif ou pas dans la rhizosphère et dans la nodulation.

Les chercheurs ont travaillé avec 3 souches de R. etli. La souche en bas (bleu), on va considérer que c’est le sauvage car
ils ont juste mis le plasmide vide. Cette souche ne produit pas la TFX par contre elle va y être sensible parce qu’elle n’a
pas non plus les gènes d’immunités. A l’opposé, celle en rouge, on lui a balancé tout le cluster de gène TFX donc elle
produit TFX mais elle n’est pas sensible. Puis on a une souche intermédiaire (violette) dans laquelle il y a la même région
que la 1ère il manque un gène du coup elle ne produit plus la toxine et elle n’est pas sensible.

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Ils les ont pris 2 à 2, la rouge et la bleu ensemble ou la violette et la bleu. Il y a toujours dans les expérience celle qui est
WT (bleu). Sur la WT ils ont fait des inoculation en mélange en différente proportion : 25% de soit la rouge soit la
violette et 75% de la bleu. Ce qu’il regarde c’est la proportion soit de rouge ou de violette au final dans les nodosités.

La courbe en pointillée, mélange est la souche bleu et la souche rouge. On voit que 20% de la souche rouge au départ,
celle qui produit TFX, dans la nodosité elle se retrouve à 70% donc elle est nettement plus compétitive. Si on a 50% des 2
souches au départ la bleu et la rouge, au final on a 90% de la rouge, celle qui produit la TFX donc elle a un net avantage.

Dans l’autre courbe, le mélange est fait avec la souche qui ne produit pas la TFX (violette). Si on inocule 50/50, on
retrouve 50/50. Il n’y en n’a pas une qui prend le dessus sur l’autre.

Évidemment l’expérience est artificielle car on a modifié une des souches. Ce qu’on montre ici, c’est le résultat sur la
nodulation puisqu’on a suivi ces populations de bactéries dans la nodosité.

Les auteurs ont montré que ça augmentait la compétitivité pour la colonisation de la rhizosphère. Ils ont aussi suivi la
population de ces différentes bactéries dans la rhizosphère. Ils ont vu que la souche rouge se maintenait mieux et ce qui
est montré ici c’est une augmentation de la compétitivité pour la nodulation racinaire et sur ce graphique c’est en sol
non stérile. Mais ils ont fait aussi en sol stérile et ils ont vu la même chose.

Après ils se sont demandé si on a fait produire la TFX à une souche et qu’est ce qui se passe pour les autres
communautés bactériennes. Toujours dans la rhizosphère de haricots, pour cela ils ont fait de la RISA :

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On amplifie l’intergène entre 16S et 23S d’une communauté bactérienne. On


a un mélange de produit PCR de taille et de séquences différentes. On sépare
cela sur un gel.

On a :

1 = la culture pure de la souche CE3.

2 et 3 = communautés bactériennes avant inoculation.

4 et 5 = communauté bactérienne totale quand on inocule la souche qui


produit la toxine.

6 et 7 = communautés bactériennes quand on inocule la souche qui ne produit


plus la TFX.

On peut voir qu’il y a des bandes qui disparaissent mais ce n’est pas
spectaculaire comme différence. Les effets sur la communauté bactérienne
totale sont peu apparent.

Par contre ils ont fait la même chose mais ils se sont focalisés en utilisant des amorces particulières sur une faction
seulement de la communauté bactérienne, celle des α-protéobactéries :

Les protéobactéries sont des Gram- et les Rhizobium sont rangés dans les α-
protéobactéries.

On a la communauté bactérienne des α-protéobactéries avant inoculation (1 = - CE3),


quand on inocule la souche qui produit la toxine (2 et 3 = CE3 et TFX+) et quand on
inocule la souche qui ne produit pas la toxine parce qu’elle a des mutations (4 = CE3 et
TFX-).

Les effets sur la sous communauté α-protéobactérie est très importante parce que
toutes les souches sensibles à la TFX ont été éliminé. On peut imaginer qu’il y a beaucoup
de Rhizobia dans le tas.

• Interactions positives
Une interaction positive qu’on trouve pas mal au niveau intraspécifique, c’est optimisé la colonisation du milieu. On ne
parle pas de mobilité en milieu liquide comme la nage mais on parle de mobilité sur une surface. Alors que la nage est
une mobilité individuelle, pour les mobilités de surface, souvent les cellules se déplacent en groupe. Ça leur permet
d’optimiser la croissance et la survie, ça permet l’accès aux nouvelles ressources et ça optimise les mécanismes de
protection vis-à-vis de composés antagonistes, des stress, vis-à-vis des prédateurs et de la dessiccation.

Swarming ou essaimage. C’est un moyen rapide des bactéries pour coloniser un environnement riche en nutriment.
C’est un déplacement en surface d’une boite de pétri ou d’autres choses et c’est dû au flagelle. Les cellules en état de
swarming sont hyper flagelés. Parfois il y a synthèse de surfactants qui va réduire les tensions de surface et donc
favoriser le glissement sur la surface.

Les cellules se déplacent en groupe et généralement elles sont alignés selon leur axe longitudinal. La morphologie que ça
prend sur une boite de pétri est très variable. Pour observer cela, on met généralement sur milieu gélosé avec à peu
près 7% d’agar.

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Twitching => c’est un déplacement par saccade. Les éléments mis en œuvre sont des pilis. Les pilis, on peut les voir
comme un espèce de lasso en surface, la bactérie rétracte le pili et ça va la faire avancer. Sur l’image, on peut voir dans
les 2 cas un Pseudomonas aeruginosa, on voit le bord de la colonie et les bactéries sont organisés en petit groupe de
cellules orientées dans le même sens. On peut voir un halo clair autour. C’est une mobilité souvent mis en œuvre lors de
la colonisation de l’hôte pour un grand nombre de pathogènes que ce soit d’animaux ou de végétaux.

Gliding => toujours un déplacement en surface, « to glide » = glisser. C’est un mouvement lisse, observé uniquement
chez 3 groupes de bactéries : Myxococcus, Cytophaga et certaines cyanobactéries. Si on regarde les bords d’une colonie
qui est en train de se déplacer en surface, on voit que les bactéries s’agglutinent. Il y a plein d’hypothèse sur les
mécanismes mis en jeu mais à ce jours on ne sait pas par quoi est médié ce mouvement. Il y a la théorie des
polysaccharides qui sont exportés, on en voit chez Myxococcus mais ça ne servait pas au déplacement mais ça sert à
guider des bactéries.

Sliding => ça veut aussi dire glisser en anglais. C’est une espèce de colonisation de surface un peu plus passif. On sait que
c’est indépendant des flagelles et des pilis. Il y a une espèce de croissance qui se fait en 3D sur la surface. Il est décrit
chez Serratia marcescens et Mycobacterium smegmatis. Chez Mycobacterium, cette propriété a été corrélé à des
composantes de surface qu’on retrouve que chez les Mycobacterium qu’on appelle les Lycopeptidolippides. Ce sont des
molécules amphiphiles spécifiques des Mycobactéries et qui contribuent au sliding chez Mycobacterium.

L’optimisation de la colonisation du milieu par des colonisation de type swarming notamment, c’est intéressant pour les
bactéries puisque ça peut entrainer une résistance accrue vis-à-vis d’antibiotiques. Ça a été observé chez 2 espèces :

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Salmonella enterica et Pseudomonas aeruginosa. Le swarmeurs, ceux qui se déplacent avec une mobilité de type
swarming sont protégés vis-à-vis des antibiotiques. Comment les chercheurs ont montré cela?

C’est chez Salmonella, les boîtes en haut sont du Swim et


les boîtes en bas sont du Swarm. Ce qui différencie les 2
types de boites : dans le Swarm il y a 0,6% d’agar et dans
le Swim 0,3% d’agar. Les bactéries nagent dans l’agar pour
le Swim car c’est quasiment liquide alors que dans le
Swarm, elles se déplacent en surface.

Ils ont mis des bandelettes d’antibiotiques classiques avec


les antibiotiques qui diffusent là-haut et ils ont inoculé de
chaque côté les bactéries ( au point indiqué par les *)
donc 3 antibiotiques différents qui ciblent 3 mécanismes
différents dans la cellules bactériennes.

Ce qu’on voit autour des bandelettes d’antibiotiques ce


sont des zones d’inhibition de croissance pour les
bactéries en situation de nage.

Pour les bactéries en situation de swarming, il n’y a pas


d’halo d’inhibition. Il y a bien une résistance vis-à-vis des
antibiotiques. En plus, on constate que les bactéries sont
en densité plus importante là où il devrait y avoir un halo.

Ils ont alors fait des expériences et ils ont quantifié cela.
Ils ont quantifié les cellules au niveau des bords de la
colonies en mouvement :

La swim edge et le swarm edge = bord de la colonie

Broth = en milieu liquide

Au bords de la colonie, les swarmeurs sont plus denses. Il y a une plus forte
densité de cellules que plus loin dans la colonie. Le fait d’avoir plus de cellules à
l’endroit où on est le plus exposé, la résistance qu’on observe est due à la
tendance des bactéries au niveau des bords de la colonie. Pourquoi les
bactéries font cela? Elles maintiennent un forte densité vraisemblablement, le
fait d’avoir des bactéries sur les bords, c’est pour minimiser l’exposition à
l’antibiotique. On peut quand même imaginé qu’il y a une partie des cellules
qui est décimé mais le fait qu’il y ait ce groupement et qu’il y en a plus sur les
bords de la colonie ca permet de maintenir une population plus importante.
Donc voilà un exemple d’interaction positive intraspécifique, on parle d’individus tous issus de la même souche et qui
coopère pour la colonisation d’un milieu et pour résister mieux vis-à-vis d’un antibiotique.

Protection des individus au sein des microcolonies et biofilms (partie I avec YML)
Ce qu’on peut voir chez les Swarmeurs, ça a été extrapolé au sein des biofilms. Tout ce qui est microcolonie peu
structuré ou biofilm structuré, ce sont des formes qui permettent aux bactéries d’être plus protégés vis-à-vis
d’antibiotiques, de prédateurs, etc...

Il y a un autre cas d’interaction positif qui est très particulier à un genre bactérien, c’est la stratégie de survie en cas de
carence nutritive.

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Stratégie de survie en cas de carence nutritive


Il y a des stratégies diverses en cas de carence nutritive, les bactéries sporulentes vont adopter l’état de spores. Puis
chez les Myxococcus notamment Myxococcus xanthus, on observe une stratégie de survie très particulière qui s’appelle
la mise en place du corps fructifère.

Les cellules de Myxococcus xanthus quand elles sont en cas de carence nutritive, elles commencent par s’agréger et
ensuite elles vont commencer à former un monticule. Le monticule se forme jusqu’à former quelque chose de gros.
Ensuite, il y a une forte proportion des cellules qui vont se lyser (65 à 90%). Ces cellules vont se sacrifier et grâce aux
nutriments relargués par les cellules lysés. Avec les nutriments relargués, les survivantes vont poursuivre la formation du
corps fructifère ou « fruiting body ». L’aboutissement c’est la formation de myxospore. C’est une structure dormante
qui peut survivre dans des conditions hostiles pendant plusieurs années.

Ces pores quand elles vont trouver des conditions nutritionnelles favorables, elles pourront germer et elles vont
reprendre un cycle végétatif.

C’est une forme très active de protection et de survies qui n’a été décrite que chez cette espèce bactérienne.

Transferts horizontaux de gènes


On peut voir cela comme une interaction positive puisque quand une bactérie acquière un plasmide, il y a acquisition de
nouvelles propriétés, de nouvelles capacités métaboliques, de capacité à interagir avec un nouvel hôte eucaryote,...

Les plasmides sont des sources de phénotypes permettant l’adaptation d’une espèce à des conditions particulières d’un
environnement ou d’un hôte. Par exemple chez A. tumefaciens, le plasmide conjugatif Ti, si on regarde la diversité dans
le sol, on a beaucoup d’Agrobacterium qui n’hébergent pas le pTi donc non pathogènes. Par contre ils peuvent se le
transmettre au sein d’une tumeur. Il n’y a que certains qui vont maintenir le plasmide conjugatif et en cas de nécessité, il
y aura conjugaison et dissémination de ces plasmides conjugatifs.

Communication = quorum sensing

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Au niveau des interactions intraspécifique positives, il y a une partie intéressante et qu’on verra dans un paragraphe
entier. Ce sont les phénomènes de communication bactérienne aussi appelé quorum sensing.

2- Interactions interspécifiques
On parle d’interactions entre espèces.

Effectifs microbiens :

- Bactéries : 107 à 109 individus par g de sol, 106 par ml d’eau douce
- Champignons : on estime qu’il y a plusieurs centaines de mètres d’hyphes par g de sol

Diversité microbiennes :

- Bactéries : on estime qu’il y a au moins 400 000 espèces bactériennes sur la planète et il y a environ 10 000 qui
sont décrites actuellement.
- Champignons : il y aurait au moins 1,5 millions d’espèces de champignons sur la planète. Il y a une publication
qui dit qu’il y a au moins 5 millions. On estime à l’heure actuelle 100 000 espèces de champignons décrites.

Les principales méthodes d’analyse de la biodiversité microbienne :

- Empreintes moléculaires : DGGE, RISA, SSCP, T-RFLP => on amplifie une région variable et on fait une empreinte.
Ça ne nous dit pas qui sont les espèces et donc pour cela, on fait du séquençage.
- Puces à ADN de génotypage
- Séquençage (« barcoding ») => on extrait l’ADN d’une communauté et on fait une PCR avec des amorces qui
vont amplifier par exemple le gène qui code ARNr 16S chez toutes les bactéries. On se retrouve avec un mélange
de produits PCR, et on séquence ce mélange. On pourra alors avoir une idée de qui est là et en quelle quantité.

• Les interactions positives


Symbiose (mutualisme) :

- Relation bénéfique durable et « obligatoire » entre eux partenaires issus d’espèces différentes.
- Symbioses entre microorganismes assez peu nombreuses et celles qu’on a trouvé, impliquent souvent des
champignons.

Exemple : les lichens c’est en majorité une espèce de champignons et une algue verte unicellulaire, autres types de
lichens qui implique un champignon et une cyanobactérie. On peut avoir des lichens qui impliquent un champignon, une
algue verte et une cyamobactérie.

La symbiose est une interaction positive/positive. Du coup qui apporte quoi? Dans le 1er cas, l’algue verte va faire sa
photosynthèse et du coup une partie des composés carbonés va être absorbé par le champignon. L’algue va grâce aux
réseaux d’hyphes accédé à beaucoup de minéraux et peut être même de l’eau. Dans le cas des cyanobactéries, il y a
aussi une fixation d’azote.

Il y a des bactéries auxiliaires de la mycorhization. On ne sait pas trop comment elles marchent mais on a montré que ça
améliorait le fonctionnement de la symbiose plante-champignon. Ces bactéries, on ne sait pas qui elles sont à l’heure
actuelle. Il y en a qui sont extracellulaires souvent ne biofilm à la surface des hyphes.

Il y a au moins une symbiose, celle impliquant Laccaria bicolor un champignon et le sapin de douglas, on a mis en
évidence des bactéries intracellulaires. C’est ce qu’on peut voir ici :

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Dans les hyphes, Fig. C c’est un fragment de mycorhize qu’on a extrait en milieu naturelle et on a coloré les bactéries en
vert. Fig. D, on a un fragment de mycélium en culture pure et les bactéries sont colorées en rouge. Il y a pas mal de
bactéries dans ce mycélium. Il y a des expériences qui ont montré que ces bactéries augmentaient le fonctionnement de
la symbiose plante-champignon.

Autres exemples de symbiose, ce sont des bactéries intracellulaires de champignons phytopathogènes : Rhizopus
microsporus qui est pathogène du riz et le pouvoir pathogène est surtout dû à une toxine qui est la rhizotoxine. Ce
champignon découvert il n’y a pas longtemps héberge dans ses hyphes des bactéries appartenant au genre
Burkholderia.

On a ici par exemple du mycélium et les bactéries endosymbiotiques sont colorés avec un système qui les colore en vert
quand elles sont vivantes.

Le profil HPLC de détection de la toxine produite par le champignon. En a c’est le pic du composé purifié de référence.
En b c’est le champignon cultivé, en c c’est le champignon sans symbiote bactérien et en d c’est la culture de la bactérie.
Le champignon est pathogène à cause de la bactérie. C’est la bactérie qui est responsable de la synthèse de la
rhizotoxine. Sans la bactérie, le champignon n’est pas pathogène. Grâce à cette toxine, le champignon peut affecté les
tissus végétaux et en tiré beaucoup de nutriments. La bactérie dans les hyphes a accès aux nutriments, est protégée par
le stress, la prédation, etc…

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Bactéries intracellulaires de bactéries dans les cellules d’insectes

Sur la gauche, on a une cellule d’insecte la cochenile et autour on a des grosses sphère (ss) avec à l’intérieur des
bactéries. Les ss c’est ce qu’on appelle des bactériomes.

Les chercheurs ont regardé ces bactériomes de plus près en tout cas chez ces insectes en particulier. On a en rouge le
noyau des cellules eucaryotes et autour des noyaux, les assemblages rouge et vert, ce sont les bactériomes. En rouge,
signal d’hybridation c’est une sonde pour les β-protéobactéries et en vert les γ-protéobactéries. On voit que les 2
signaux se superposent mais on voit surtout que le signal rouge englobe le signal vert.

Au départ on pensait que les bactéries cohabitaient dans le bactériome mais il semblerait que les sphères sont les β-
protéobactéries et qu’à l’intérieur il y a les γ-protéobactéries.

Les bactéries ont été identifié :

- β-protéobactéries (Tremblaya princeps) : symbiote primaire conservé chez cochenille


- γ-protéobactéries (Moranella endobia) : symbiote secondaire

La finalité de tout cela reste une énigme. Mais le fait qu’il y ait une 2ème bactéries intracellulaire de la 1ère, on ne sait pas
trop pourquoi. Peut être que la 1ère a des capacités métaboliques réduites et elle a besoin de la 2ème pour assister
l’insecte ou la 2ème est juste un parasite de la β-protéobactérie et qu’elle l’utilise juste pour sa multiplication et
propagation.

La relation trophique : la cochenille se nourrit de sève riche en glucide à partir duquel elle fabrique des lipides mais c’est
un régime carencé en acide aminé donc s’il y a des symbioses bactériens dans les insectes, c’est souvent à cause de cela.

• Les interactions négatives


Au niveau interspécifique, on a l’embarras du choix puisque la compétition est féroce.

Compétition
La résultante est négative pour les 2 espèces. La compétition entre 2 espèces peut se faire pour une ressource nutritive
exemple le Fer comme on a vu précédemment mais cette fois c’est entre 2 espèces différentes. Ça peut être aussi une

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compétition pour un site particulier ou un habitat, exemple chez les pathogènes : le poumon d’un patient atteint de la
mucoviscidose est colonisé par Pseudomonas aeruginosa et il y a Burkholderia il ne pourra pas s’y implanter.

C’est le cas où les 2 espèces vont en pâtir.

Antagoniste = amensalisme
Ça implique souvent la production de composés inhibiteur c'est-à-dire une espèce va produire un truc et le taux de
croissance de l’autre espèce va être affecté alors que ça ne change rien sur le taux de croissance de la 1ère. Ce composé
inhibiteur, ça peut être de l’antibiotique, de l’antifongique, des bactériocines, des enzymes de lyse, etc…

L’exemple le plus connu, c’est la boite de pétri avec le champignon qui sécrète un
antibiotique qui va inhiber la croissance ici d’un Staphylocoque doré. C’est un exemple
d’amensalisme via la production d’un composé.

Ça peut être un peu plus subtile et ça peut passer par exemple par la modification du
micro-habitat par exemple on a un microorganisme qui va se développer et qui va
alcalisé ou acidifié le micro-habitat. Du coup, ça peut inhiber le développement d’un
autre.

Si on reprend le contexte d’amensalisme : neutre


pour l’un et négatif pour l’autre. Le microorganisme
antagoniste celui qui va produire les antibiotiques ou autres ne profite pas ou pas
directement de l’inhibition de l’autre microorganisme, dit amensale. La coaction dont
on parle c’est le taux de croissance donc celui qui va sécréter l’antibiotique ne va pas
augmenter son taux de croissance. Il va le maintenir identique.

Parfois ce sont les bactéries qui produisent les composés antagonistes des
champignons. Exemple d’un champignon phytopathogène et on a 4 Pseudomonas
qui ont été inoculés sur les 4 coins de la boîte. Nord et Sud pas grand-chose sur le développement du champignon par
contre Est et Ouest, le champignon n’a pas l’air d’apprécier ce qui s’est passé. Donc on peut supposer que les 2
Pseudomonas produisent des composés antagonistes vis-à-vis du champignon. Ce sont des composés antifongiques.

Ces Pseudomonas ont des effets de phytoprotection. Voici quelques produits antagonistes produits par un Pseudomonas
et qui ont surtout mais pas seulement des effets antagonistes vis-à-vis des champignons :

Il est possible qu’un Pseudomonas les produisent tous ou ils va en produire un ou 2.

Bactériocines

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Les bactériocines sont impliqués dans les interactions négatives interspécifiques. On avait parler de bactériocines en
citant un cas particulier qui sont les Rhizobiums. Les bactériocines sont surtout connues chez les bactéries lactiques
(Gram+) en premier lieu. Elles ont une activité bactéricide sur les autres Gram+.

La production des bactériocines est souvent régulée par un mécanisme de type quorum sensing. Ces bactériocines de
bactéries lactiques, on en connait 3 classes :

- Classe I : Lantabiotiques, ce sont des petites protéines (< 5KDa) et elles contiennent des acides aminés
inhabituels qui ne sont pas les 20 acides aminés classiques. Elles sont thermostables.
- Classe II : protéines < 10KDa, sans acides aminés inhabituels, thermostables.
- Classe III : Bactériolysines, qui vont lyser les cellules, ce sont des protéines beaucoup plus grosses (> 30KDa),
elles sont thermosensibles.

La III comme le nom l’indique, c’est une lysine et les classes I et II, elles ont un mode de fonctionnement pas très éloigné
parce qu’elles se fixent à certains récepteurs membranaires bactériens et vont former des pores. Les bactéries ne vont
pas bien parce qu’elles ont des trous dans la membrane et elle vont perdre des ions, de l’ATP. La force protomotrice va
finir par se dissiper et les bactéries qui n’ont plus de force protomotrice ne fonctionnent plus donc elles sont condamnés
à mourir.

Exemple de bactériocine de classe I, c’est la Nisine qui est produit par les Lactococcus lactis :

Les acides aminés en bleu sont les classiques et les autres sont les acides aminés inhabituels par exemple le Dha =
déhydroalanine. Cette bactériocine est un additif alimentaire (E234 depuis 1983) utilisé dans de nombreux produits
laitiers dont certains fromages, dans la viande, dans beaucoup de produits frais pasteurisés, dans des végétaux en
conserve, dans certaines boissons,..

Il a un large spectre d’action sur les Gram+ et notamment sur les Listeria notamment L. monocytogenes.

On va s’attarder sur la Nisine qui est utilisé comme additif alimentaire utilisé dans certains fromages. On a ici un
exemple au niveau de la qualité alimentaire, un exemple au niveau de la sécurité alimentaire et un exemple au niveau
de la médecine vétérinaire :

1er graphique c’est la fabrication


de fromage. Ils ont une culture
bactérienne BAC : dans BAC+ il y
a les mêmes bactéries au départ
mais il y en a une qui produit la
bactériocine.

On peut voir qu’au bout d’un


certain temps, les microflores qui
se développent dans le fromage
ne sont pas toujours les mêmes. Alors que quand ils mettent leur culture avec le starter où une des bactéries produit de
la bactériocine, on observe qu’on a toujours la même microflore qui va se développer dans le fromage et si on a toujours
la même microflore, on aura toujours le même goût.

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Autre exemple, c’est dans un fromage qu’on appelle le cottage chesse. On a


utilisé le même starter, on a ici inoculé avec le Bac- où on n’a pas production
de bactériocines et Bac+ où on a production de bactériocines.

On suit ici la population de Listeria monocytogenes et la population décroit en


présence de bactéries qui produisent la bactériocine.

Dernier exemple, c’est en médecine


vétérinaire. Les inflammations des
mamelles de bovins sont problématique
notamment les inflammations avec
Staphylococcus aureus. Donc les
vétérinaires utilisent des protections qu’ils mettent sur les pis de vaches. Si la
protection n’est pas traitée il peut y avoir une contamination avec S. aureus, et si
on traite avec la bactériocine, on a un effet intéressant sur la population de S.
aureus.

On a donc vu 3 exemples de l’intérêt que peuvent avoir les interactions négatives


dans notre vie courante.

Interactions complexes
Champignons pathogènes de l’homme/bactéries, le champignon en question est une levure Candida albicans qui est
responsable des mycoses et un pathogène opportuniste de l’homme Pseudomonas aeruginosa. Ces deux-là, ils peuvent
se retrouver ensemble notamment ils peuvent co-infectés des poumons de patients intubés et dans ces poumons il y a
des biofilms qui peuvent être soit bactériens soit fongiques.

C. albicans est une levure qui a 2 formes : levure et filamenteuse. La forme filamenteuse est la forme infectieuse, c’est la
forme qu’on va retrouver dans les biofilms. Au sein de ce biofilm, on avait remarqué qu’il y avait des interactions
particulière entre les 2 protagonistes parce que P. aeruginosa peut adhérer aux filaments de la levure, de se développer
en biofilm autour des filaments et de causer la mort des hyphes.

L’effet de la bactérie ne s’observe que sur la forme filamenteuse de la levure. Comment s’est possible? Grâce à
l’échange de signaux, notamment il y a une molécule bactérienne qui bloque la croissance du champignon sous forme
levure.

Pour illustrer ce qu’on vient de dire, ici on a une culture de


levures cultivée en présence de P. aeruginosa, et on voit qu’elle
reste sous forme levure. Et ensuite on a une culture de la levure
sans la bactérie et on peut voir qu’elle filamente. Donc la
bactérie a intérêt à inhiber la forme filamenteuse pour prendre
le dessus dans un biofilm.

Une molécule bactérienne va bloquer la forme du champignon


en forme levure et ce que les chercheurs se demande c’est si le
champignon n’utiliserait pas le signal bactérien pour survivre en
présence de bactéries antagonistes parce qu’il sait très bien que
s’il commence à filamenter, il va se faire détruire. Donc il a
intérêt à rester sur cette forme en présence de bactéries.

On parle d’interaction complexe parce que juste avant on parle d’antagonisme et sur cette exemple on ne sait pas trop
où se situer si c’est de l’antagonisme ou du parasitisme.

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Ce qui a été découvert il n’y a pas longtemps, c’est qu’il y a une molécule du champignon réduit la production de
certains facteurs de virulence de P. aeruginosa.

Cas de l’écosystème « vin ». Le vin est issu de la fermentation des sucres par les levures mais pas que parce qu’il y a des
levures qui vont réaliser la fermentation alcoolique et des bactéries lactiques qui vont réaliser mais pas au même
moment la fermentation malolactique. C’est très gênant parce que ce qu’on va faire, c’est du vinaigre. Entre ce petit
monde, il y a des interactions qui pour certaines sont négatives et pour d’autres positives.

On a ici toutes les molécules listés responsables des


interactions connues ou supposées connues entre
les levures et bactéries.

On a ici les levures et les bactéries lactiques.


Normalement si tout va bien, les 1er acteurs sont les
levures qui vont produire la fermentation
alcoolique donc qui vont produire de l’éthanol et
divers acides organiques. La concentration en
éthanol mais aussi les composés soufrés comme le
dioxyde de soufre et certains acides gras vont
empêcher le développement des bactéries
lactiques. On peut parler d’amensalisme.

Au bout d’un certain temps, les levures vont arrêter


la fermentation alcoolique, on abouti à la lyse des
levures soit spontanément ou soit la lyse est
accélérée par les enzymes produites par les
bactéries lactiques. Si lyse des levures donc il y a
relargage de tout un tas de nutriments qui vont
être utiliser par les bactéries lactiques pour réaliser la fermenttaion malolactiques.

Ce qui arrête le développement des levures généralement, c’est qu’il n’y a plus de glucides à fermenter. Du coup ce sont
les bactéries lactiques qui rentrent en jeu. Du coup, comme les bactéries profitent des nutriments relarguer par les
levures, on peut parler de commensalisme.

Tout ce petit monde est un équilibre subtile et donc s’il y a un problème notamment d’ordre chronologique, ça peut
compromettre grandement la qualité du produit final.

Parasitisme
Un qui tire vraiment bénéfice de l’interaction et l’autre qui en pâtis énormément.

En général, le parasite ne mène pas une vie libre puisqu’il est lié soit à la surface ou soit à l’intérieur de l’hôte
contrairement à la prédation où il n’y a pas de lien physique. De nombreux microorganismes sont des parasites
d’animaux ou de plantes par contre le parasitisme entre microorganismes est peu répandu ou du moins pas très étudié.

Exemple de parasitisme entre bactéries :

Ce sont des bactéries qu’on retrouve dans des lacs. La plus grosse s’appelle Chromatium, c’est une bactérie
phototrophe. On s’est rendu compte que moins il y a de lumière disponible, moins la bactéries Chromatium est viable. Il
trouvait une corrélation que d’un côté l’effectif des bactéries Chromatium diminue et il existait des petites bactéries qui
voient leur population augmenté d’effectifs.

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Les petites bactéries étaient capables de se coller à la surface des Chromatium. Elles ne pénètrent pas mais elles mettent
en place un canal et elles récupèrent des nutriments de Chromatium et elles les vident littéralement de leurs
nutriments. Ces petites bactéries, bien qu’elles n’ont pas de petits noms génétiques, elles sont appelées Vampirococcus.
Ces Vampirococcus ne sont pas cultivables et elles ne se développent qu’en anaérobiose. Elles ne peuvent se multiplier
que lorsqu’elles sont attachées au Chromatium, il y a une dépendance trophique très forte. Pas très documenté, on les a
retrouvé dans certains types de lacs : lacs sulfureux.

Un autre cas de parasitisme qu’on doit connaitre : Bdellovibrio peuvent infecter divers bactéries Gram- dont E. coli.

La 1ère étape est de localiser la proie. La particularité des Bdellovibrio c’est qu’elles se déplacent à une vitesse
vertigineuse et qui vont percuter leur hôte à une très forte vitesse et elles vont s’y attacher. Après la collision, ca reste
attaché et ça va pénétrer la cellule mais ça pénètre dans l’espace périplasmique. Une fois dans le périplasme, ça va
dégrader la paroi de l’hôte et former ce qu’on appelle le Bdelloplaste. Ça va commencer à utiliser les nutriments et
croître en taille et au bout d’un moment, il y a un phénomène de septation qui va s’opérer.

Quand il n’y a plus rien à manger et qu’il faut sortir, les cellules deviennent mobiles, lyse de l’hôte et relargage de
nouveaux Bdellovibrio. Le cycle complet dure 2 à 3h et produit 3 à 6 Bdellovibrio à partir d’une cellule d’E. coli. Pourquoi
ce parasitisme? Bdellovibrio est très petit donc on peut imaginer que son génome est petit aussi donc il n’est pas

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capable de synthétiser certains acides aminés donc il a des carences métaboliques qui vont composer les voies
métaboliques qu’il n’a pas chez lui. Du coup parasiter, c’est sa seule façon de se multiplier.

Le parasitisme peut aussi se trouver au sein de champignon. Par exemple ici, les 2
protagonistes : celui qui est capable de parasiter est Trichoderma. Il est intéressant
d’un point de vue agronomique car il est capable de parasiter un champignon
phytopathogène : Rhizoctonia solani.

T = Trichoderma

R = Rhizoctonia

Il va y avoir des phénomènes de détection et de reconnaissance puisque le


Tchichoderma va s’enrouler autour des hyphes du champignon qu’il va parasiter. Une
fois qu’il est bien accroché, il va perforer les hyphes en formant des Appressoriums.

Sur la 3ème photo, on a enlevé les hyphes de Trichoderma juste pour montrer les
perforations de celui qui est parasité. Une fois qu’il y a cette connexion, le Trichoderma
va pouvoir récupérer les nutriments dont il a besoin.

Ce champignon est utilisé en lutte biologique dans le domaine de l’agronomie. Il y a des


produits qui sont commercialisés avec du Trichoderma puisqu’il a des effets intéressant
avec des champignons phytopathogènes.

Le parasitisme chez les microorganismes a aussi


été documenté chez les virus.

Il existe des virus géants : Mamavirus ou


Mimivirus qu’on retrouve inféodé aux amibes.
Dans ces virus géants, on s’est rendu compte qu’il
y a avait des petits virus qu’ils ont appelés
« spootnik ».

On les voit ici sur la figure b et sur la figure d on a


un virus géant qui a un développement anormal.

On ne sait pas trop pourquoi le petit parasite le


gros mais les chercheurs pensent que le petit
pourrait être un véhicule pour le transfert
horizontal de gènes d’un virus géant à un autre
virus géant.

On va parler des Legionella qui parasite les amibes.

Prédation

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Legionella pneumophila se cache sournoisement dans les


amibes. En fait, elle se fait phagocyter par les amibes et elle
est capable de détourner la machinerie de phagocytose et
de ne pas finir dans les lysosomes.

Une fois que les Legionella ont fini de se multiplier dans


l’amibe, elles vont finir par lyser les amibes. Après
multiplication dans les amibes ou les protozoaires, on a
constaté qu’en générale elles deviennent encore plus
infectieuse.

Autres cas de prédations, ici entre bactéries :

La prédation généralement, il y a adsorption de la proie qui


est généralement plus petite que le prédateur. Ça suppose
une recherche active de la proie par le prédateur.

Au niveau des bactéries, il y a une prédatrice qui s’appelle


Myxococcus xanthus, celles qui sont capable de faire le
corps fructifère dont on a parlé.

Ici on voit par exemple une colonie d’E. coli et une colonie
de M. xanthus. Au bout de quelques heurs on a une lyse des
colonies d’E. coli (3ème photo). C’est un phénomène actif, il y
a comportement coopératif pur la prédation. Il y a tout une
batterie d’enzymes produits qui contribuent à lyser les
cellules d’E. coli et les nutriments relargués sont utilisés par
M. xanthus pour son développement.

Le relargage ne commence que lorsqu’il y a un contact un


contact entre les 2 colonies pour que la prédation se fasse.

Ces Myxococcus en cas de carence nutritive, une grande


majorité des cellules va se suicider pour qu’une infime partie survive et forme un myxospore.

Autres types de prédations, c’est la prédation qu’exerce les protozoaires sur les bactéries. La proie favorite des
protozoaires c’est la bactérie. C’est un terme qu’on appelle « greising » en anglais. Sur ce schéma on a représenté un
effectif bactérien/g de sol et dénombrer par 2 méthodes : les CFU et puis une méthode base sur l’épifluorescence.

Qu’est ce qui diffère au niveau des ordonnées? On a un contrôle dans lequel on n’a pas introduit de protozoaires,
ensuite on a un mélange de protozoaires et ensuite on a des protozoaires indépendants.

Quand il n’y a pas de « greising », de prédations, les effectifs bactériens sont nettement plus élevés que lorsqu’on a
prédation. On peut voir aussi que la prédation n’est pas la même, quand on a le mélange de protozoaires, c’est là qu’on
observe de faibles effectifs bactériens parce que c’est là qu’on observe le plus de prédation. Chaque protozoaire va
trouver un repas à son goût.

Quand on prend des protozoaires individuels, il y a peu de prédations pour la 1ère espèce et pour la dernière espèce, il
n’y en n’a pas. Il y a un phénomène de préférence et de spécificité c'est-à-dire tous les protozoaires ne vont pas exercer
la prédation sur toutes les bactéries.

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Qu’est ce qui peut en découler de ces interactions négatives?

• Résultantes des interactions négatives


Si on reste dans le cas de la prédation par les protozoaires, cette prédation a un effet sur la dynamique de la population
bactérienne. Elle a plutôt un effet positif sur la biodiversité bactérienne puisque les populations dominantes de bactéries
vont subir la prédation plus fatalement que les espèces en faible effectif, du coup ca va restaurer un espèce d’équilibre.
L’impact de cette prédation est plus importante dans certains interstice du sol. Les protozoaires ne peuvent pas aller
dans les micropores par contre ils peuvent s’infiltrer dans les macropores. Si ils peuvent accéder à ces macropores, ils
peuvent avoir un impact plus important sur les populations bactérienne. Donc on dit que l’impact est plus important
dans la macroporosité du sol. Ce qui est important, les bactéries qu’on introduit dans un sol auront tendance à être plus
vulnérable.

L’effet sur la dynamique, on peut l’observer ici :

C’est la même expérience que précédemment où on suit les


effectifs bactériens sauf qu’ici on a fait un DGGE, on a regardé la
diversité des populations bactériennes qui se trouvait dans le
mélange.

Control (-P) veut dire moins de protozoaires, ce sont les populations


bactériennes au départ.

Avec le mélange de protozoaires mixed (+P), il y a beaucoup de


bandes qui disparaissent notamment des bandes qui sont
majoritaires. On a des bandes qui apparaissent donc la dynamique
va dans les 2 sens.

Si on regarde les protozoaires individuellement, on voit des


différences mais elles sont moins drastiques qu’avec le mélange.
C’est ce qu’on a vu avec les effectifs, chaque protozoaire
individuellement va peut être exercer une prédation que sur
certaine population bactérienne mais pas sur toutes donc l’effet sur la communauté totale est moins marquant.

Est-ce que les bactéries possèdent des stratégies d’évitement à la prédation des protozoaires?

- Formation de biofilm
- Synthèse de toxine

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Ici on a une illustration sur Vibrio cholerae. On


a 2 types de bactéries au niveau de la surface :
Smooth = colonies bactériennes lisses qui vont
former pas mal de polysaccharides et Rugose =
colonies dont la surface bactérienne est
rugueuse.

Il y a 2 états sur la figure : planctonique c’est la


culture agitée soit en tube soit en erlen et
biofilm, c’est un développement en surface

Ce qu’on suit dans cette étude c’est la


croissance d’un protozoaire flagellé qui aime
bien Vibrio cholerae.

On remarque que si la barre est en haut de 0,


ça veut dire que le protozoaire se développe.
Si l’histogramme est sur 0 ça veut dire qu’il ne
se développe pas et s’il est sous 0, ça veut dire que le protozoaire meurt. Donc on remarque qu’au niveau
planctonique, il y a une différence entre les bactéries smooth et les Rugose, cela signifie que la surface bactérienne a
un impact sur la prédation. C’est une même souche qui a des phénomènes de variations de phases, elle passe d’Un
état à l’autre.

Lorsque les bactéries sont en biofilm, la prédation se passe peu voir pas du tout puisque le protozoaire dans le cas
des bactéries Smooth ne se développe pas. Il n’arrive pas à exercer la prédation dans le cas des bactéries en biofilm
et encore moins pour les Rugose où le taux de croissance est négative. Donc dans le cas de bactéries Rugose et en
biofilm, il n’y a pas de prédation possible.

Il y a bien une variation de phase, le passage d’un état Smooth à Rugose. La prédation exerce une pression et ça
augmente le passage de Smooth vers Rugose.

Si on s’intéresse aux microorganismes pathogènes, quel est l’impact des interactions négatifs?
- Si on est dans un contexte agricole par exemple, les bactéries qui nous embêtent sont généralement les
phytopathogènes. Le fait de mélanger des résidus de culture qui peuvent être porteur de phytopathogènes avec
le sol, ça va mettre en contact le phytopathogène avec d’autres bactéries ou d’autres habitants du sol et on peut
supposer qu’il va y avoir une partie qui va être éliminer.
Quand on broie les résidus de plantes et qu’on mélange cela dans le sol, c’est peut être intéressant pour
éliminer les phytopathogènes.
- Dans les champs, les cultivateurs pour fertiliser leur terre récupèrent du fumier ou des boues de stations
d’épuration, il peut y avoir des pathogène introduit dans le sol par ces pratiques. On peut dire que ces
pathogènes peuvent se retrouver dans le sol avec d’autres bactéries, des protozoaires et des champignons. Ils
sont éliminer via des interactions négatives comme toutes celles qu’on avait déjà cités.
- Au niveau de l’environnement mais on peut aussi placer le pathogène au niveau de l’hôte. Il peut y avoir
compétition entre une bactérie pathogène et une bactérie non pathogène pour la colonisation d’un hôte.

Si maintenant on s’intéresse aux bactéries qu’on introduit dans l’environnement, on est dans un contexte agricole. Il y a
des pratiques qui ne sont pas répandues en France mais qui le sont dans d’autres pays, qui consistent à introduire des
bactéries pour avoir des effets stimulateurs sur les plantes ou pour lutter contre certaines maladies notamment les
maladies fongiques. On introduit les bactéries dans un sol. Ces bactéries se maintiennent et l’idéal pour l’agriculteur est
qu’elles se maintiennent un minimum de temps parce que si on les introduit et qu’au bout de 2 jours la population
bactérienne introduite s’est fait décimer par les populations dans le sol, on peut supposer qu’il n’y a pas d’effet.

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A l’inverse, il ne faudrait pas non plus que la bactérie ou autres choses qu’on introduit décime tout ce qu’il y a dans le
sol. Dans ce cas là, on a un gros impact sur la flore autochtone.

L’impact va différent sur les microorganismes selon la provenance de ce qu’on introduit. Si on inocule dans un champ un
organisme autochtone c'est-à-dire isolé de ce même champ ou d’un champ similaire, il y a des chances que ce
microorganisme se maintienne car il est déjà présent. Par contre si on prend un microorganisme isolé au Brésil par
exemple et qui est utilisé pour ce genre de pratique et qu’on essaie de l’inoculer en France, ça ne va pas se maintenir
parce que le sol n’est pas le même, les cultivars de plante non plus et surtout parce que les microorganismes indigène
du sol auquel on va confronter le microorganisme qu’on introduit ne sont pas les mêmes que dans son habitat d’origine.
On peut supposer que des interactions négatives vont avoir lieu et vont avoir des effets négatifs sur les populations
qu’on introduit.

Donc la leçon qu’on en tire est qu’il vaut mieux utiliser dans un environnement donné un même type de sol et même
type de plantes, une bactérie isolée de ce type de sol et ce type de plante.

3- Signaux et quorum sensing


C’est une partie qu’on aurait pu introduire dans les interactions intraspécifiques mais c’est quand même une partie
assez conséquente donc on va le traiter à part.

Définition d’un signal = pour un biologiste ou un biochimiste, c’est une petite molécule généralement organique qui est
reconnue par un récepteur et dont la reconnaissance va déclencher une réponse. Les signaux sont actifs à faible
concentration de l’ordre du nM, µM et pM. Une molécule signal peut jouer des rôles différents en fonction de la
concentration où elle est par exemple à faible concentration ça peut avoir un rôle de signal et à forte concentration, un
autre rôle. Pas le cas de tous les signaux.

On dit une molécule SIGNAL sans « E » et des molécules SIGNAL où signal est invariable.

Rôle des molécules signal


- Ça peut avoir un rôle de chimioattractant
- Ça peut permettre de reconnaitre un hôte potentiel. Par exemple :
• Il y a des signaux végétaux, sans ces signaux l’interaction par exemple d’un pathogène Agrobacterium ou
une bactérie qui forme des nodosités comme les Rhizobium, l’interaction ne se fera pas. Dans le 1er cas
c’est la formation de galle et dans le 2ème cas c’est la formation de nososités.
Au départ, le 1er contact entre la bactérie et la plante, c’est une molécule de la plante que la bactérie va
percevoir. S’il n’y a pas ce 1er signal de la plante, il ne va rien se passer.
• Cas de parasitisme entre 2 champignons. Celui qui parasite c’est Trichoderma, c’est celui qui s’enroule
autour des hyphes d’un champignon et qui va finir par le perforer. Ce qui va attirer les hyphes, c’est un
signal émis par un autre champignon qui va se faire parasiter par Trichoderma.
- C’est un comportement social densité dépendant qu’on appelle le quorum sensing.

Ça a été décrit initialement chez les bactéries mais ce concept a été étendu et notamment chez les champignons.

Bactéries = ce sont des microorganismes qui se multiplient par fission binaire. Leur but est d’avoir des nutriments.
Pendant des décennies, les microbiologiste pensaient que la reconnaissance et la coopération entre les cellules
bactériennes était improbable. Dans les années 70, les chercheurs ont mis en évidence un phénomène de
communication cellulaire intraspécifique. Ça a permis à une population bactérienne:

- D’évaluer sa densité de population. En gros, on sait combien on est. C’est de là que vient « sensing ».
- D’activer des gènes cibles quand la concentration cellulaire est suffisante c'est-à-dire quand un « quorum » de
cellules est atteint. Ça veut dire qu’il y a une réponse coordonnée de la population bactérienne puisque les

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fameux gènes cibles ne vont être activer qu’à un moment donné quand une concentration seuil de bactéries est
atteinte.

Comment elles sont capables de faire cela? Elles le font en synthétisant des petites molécules qu’on appelle à l’origine
des auto-inducteurs. La particularité de ces petites molécules est qu’elles s’accumulent dans la cellule mais aussi dans le
milieu extracellulaire et que leur concentration est proportionnelle à la densité bactérienne. On parle du phénomène
d’auto-induction puisque ce sont les bactéries qui déclenchent elles-mêmes les phénotypes en question.

Exemple de molécules du quorum sensing :

Quorum sensing chez les Gram+


- Chez les Gram+, la majorité des signaux rencontrés sont des peptides particuliers qui sont des courts et souvent
cycliques. En-dessous on a les exemples d’espèces et entre parenthèse les phénotypes régulés via cette échange
de signaux c'est-à-dire les phénotypes que les bactéries vont activer uniquement quand elles sont en
concentration suffisante.
Par exemple chez Bacillus subtilis, il y a 2 phénotypes importants qui sont régulés par la formation de ces petits
peptides : sporulation et la compétence. Chez Streptococcus pneumoniae, c’est la compétence. Chez S. aureus,
un Gram+ chez qui le QS a été extrêmement étudié, il y a plusieurs peptides ici on a 1 exemple. Ces peptides
régulent les propriétés de virulence.
- Autres familles qu’on trouve aussi chez les Gram+ notamment chez les Streptomyces. C’est le genre bactérien le
plus gros producteur d’antibiotiques. Ce sont des bactéries qui vivent dans le sol et qui peuvent sporuler.
La sporulation et la production d’antibiotique sont régulées par une famille de molécules qu’on appelle les γ-
butyrolactones et ici on a un représentant qui s’appelle le facteur A.

- On peut aussi mettre chez les Gram+, la production de bactériocines par les bactéries lactiques. Elle se fait aussi
via un mécanisme de QS.

Si on prend le cas de celles qui fonctionnent avec les peptides cycliques, on va voir de façon très schématique comment
ça fonctionne:

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Comme c’est un peptide, il y a un gène pour ce peptide. Le peptide est synthétisé et ensuite modifié. C’est
constitutivement exprimé donc plus il va y avoir de bactéries, plus le peptide va être fabriqué.

Le peptide sort de la cellule via un transporteur spécifique donc on va avoir du signal à l’intérieur de la cellule et à
l’extérieur. Plus il va y avoir de cellules, plus la concentration va être importante. A partir d’une concentration seuil, il va
y avoir tellement de signaux qui vont pouvoir être perçu. Dans le cas des Gram+, la perception se fait par un Histidine
kinase membranaire, un système à 2 composants. Cette Histidine kinase membranaire est couplée à un régulateur de
transcription. Quand elle aperçoit le signal, elle s’auto-phosphoryle sur un résidu histidine, elle transfert le phosphate
sur un résidu aspartate du régulateur de transcription qui devient actif et qui va activer la transcription de gènes cibles.
Si on est chez B. subtilis, ce sont les gènes impliqués dans la sporulation et la compétence. Si on est chez Streptococcus
ou S. aureus, ce sont des gènes impliqués dans la virulence.

La molécule signal pour avoir un effet, elle est bien perçu par un récepteur particulier qui est ici une histidine kinase
membranaire.

Quorum sensing chez les Gram-


Autres familles de signaux, N-acyl homosérine lactone (AHL). Ici on a la structure abrégée de cette molécule :

Elle a 1 noyau lactone et qui est N-acyl parce qu’on a une


fonction amide et une chaine d’acide gras greffée. Ça peut avoir
une longueur variable (R2). On peut avoir 3 cas de figures : un
groupement hydrogène, un groupement =O ou un groupement –
OH.

R2 est une chaine acyle qui peut faire de 1 à 15 carbones qui


peut dans certains cas contenir une ou plusieurs insaturation. Ça
veut dire que les AHL qu’on connait à l’heure actuelle sont
composés de 18 carbones.

Ce sont des signaux mis en évidence dans plusieurs bactéries Gram- et notamment 3 subdivisions de protéobactéries : α,
β et γ, les pathogènes de plantes et d’hommes.

Ces signaux n’ont jamais été décrit chez les Gram+. Il y a quand même une description assez surprenante chez une
cyanobactérie, un phylum assez éloigné des Gram- en 2008. Par contre ce que ça fait chez cette cyanobactérie n’a pas
été décrite.

Comment ces signaux peuvent réguler de façon coordonnée dans les cellules bactériennes des phénotypes?

Ici on n’a pas un signal de nature peptidique


mais un autre. Il n’est pas codé, il va être
synthétisé par une enzyme.

Généralement quand une bactérie utilise des


AHL pour sa régulation génétique. Dans son
génome, on va trouver 2 gène I et R. Le gène I
va coder pour une AHL synthase qui va
synthétiser les molécules de type AHL à partir
de 2 précurseurs généraux de la cellule qui sont
la S-Adénosyl Méthionine (SAM) et le pool des
Acyl-ACP. Évidemment ces enzymes ne vont
pas utiliser tous les Acyl-ACP mais certains Acyl-
ACP. Donc le gène I code pour l’AHL synthase

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qui est l’enzyme responsable de la synthèse des signaux. Ce gène est exprimé à un taux constitutif dans toutes les
cellules. Les signaux AHL vont s’accumuler à l’intérieur et à l’extérieur et à la différence de ce qu’on a vu avant, dans la
grande majorité des cas les signaux diffusent librement.

Les AHL s’accumulent et quand elles ont atteints cette fameuse concentration seuil. Ça dépend des espèces
bactériennes, ce seuil peut atteindre le nM ou µM. C’est là que va entrer en scène une autre protéine qui est un
régulateur de transcription codé par un gène R. AHL va interagir avec ce régulateur de transcription de type R. Une fois
faite, ce régulateur de transcription va devenir actif et va pouvoir activer la transcription des gènes cibles.

Donc c’est un complexe entre le régulateur de type LuxR et une AHL.

Il y a une 5ème étape où dans les 1er cas décrit de quorum sensing, on avait aussi mis en évidence que le complexe LuxR
AHL avait un effet positif sur la transcription du gène de type I. Ça veut dire qu’une fois la concentration seuil atteinte, il
y a une espèce de boucle d’autorégulation qui se forme et le phénomène est amplifié. Donc la synthèse des AHL est
amplifiée. L’ayant découvert généralement chez 2 ou 3 modèles, les gens ont eu tendance à généraliser cette 5ème étape.
On s’est rendu compte par la suite que ce n’était pas le cas chez toutes les bactéries.

On avait dit synthèse des AHL à


partir de S-Adénosyl Méthionine et
Acyl-ACP. On va voir concrètement
comment ça se passe dans la
cellule.

Ici on a l’enzyme LuxI qui se lie


avec SAM d’une part et Acyl-ACP
d’autre part. Ce complexe va
s’acylé et il va y avoir relargage
d’ACP et la protéine est toujours
liée avec l’Acyl et SAM. Il y a une
lactonisation c'est-à-dire que le
cycle lactone se referme et on
l’AHL qui est synthétisé.

Une fois synthétisé, elle reste ou


sort de la cellule. Elle va interagir
avec le régulateur. Ce qu’on voit ici
et qui a été démontré dans beaucoup de cas, mais il ne faut pas non plus généraliser. Ce qui est actif c’est un dimère de
régulateur LuxR avce chacun des dimères lié à une AHL. Sous cette forme, c’est actif et ça peut activer des gènes cibles.

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Les AHL ont été découvert en 1er chez la bactérie Vibrio fischeri, voilà
pourquoi on appelle les gènes LuxI et LuxR parce que chez Vibrio fischeri
ça régule la bioluminescence. Comment on l’a découvert? Chez V.
fischeri, il y avait une petite molécule diffusible qui régulait la
bioluminescence.

On a la densité cellulaire qui est représentée ici en fonction du temps. On


a une courbe de la croissance bactérienne. On s’est rendu compte que
l’expression de la luminescence ne suit pas la courbe de croissance. On a
ici schématisé l’expression d’un phénotype induit par une AHL, en
l’occurrence ça peut être la bioluminescence.

Pendant toutes les premières phases de croissance, il n’y a pas


d’expression du gène et que ça décolle rapidement en fin de phase
exponentielle.

Les chercheurs ont récupéré le surnageant de bactéries qui était à l’étape


où on n’a rien et ils ont mis en contact avec les bactéries qui étaient à
faible densité croissance et ils ont déclenché la bioluminescence. Ils se
sont dit alors qu’il y a quelques choses dans le surnageant. Ils ont alors
purifier et identifier la molécule en question. La molécule en question
chez V. fischeri à cette forme :

Elle a le noyau lactone, les groupements


–H, =O et –OH. Elle a aussi un O en 3ème
position. On a une chaine à 6 carbones.
Dans ce genre de molécules, c’est 3 Oxo-C6-homosérine lactone.

Cette bactérie est un symbiote de poissons et de calamars. C’est


une bactérie qui est hébergée dans un organe lumineux qui se
trouve sous le calamar. La luminescence se fait uniquement à
forte densité cellulaire. Quand le calamar en a besoin, la
molécule qui déclenche cette luminescence est une AHL et les gènes cibles, les gènes régulés par le complexe LuxR 3
Oxo-C6-homosérine lactone, dans ce cas-là c’est tout un opéron qu’on appelle le gène Lux. C’est de là que vient LuxI
pour le gène codant l’AHL synthase et LuxR pour le gène codant le régulateur.

C’est un calamar nocturne donc si jamais ils passent au dessus d’un prédateur, il cache la lune. Donc le prédateur va
savoir qu’il y a une proie au-dessus de lui. Et s’il a cette luminescence, il a un éclairage leurre du coup il va se faire
repérer beaucoup moins par son prédateur.

Comment ça se fait? Les bactéries sont dans un organe et au matin quand le calamar dort, il va expulser 80% des
bactéries dans son organe lumineux. Du coup la population va diminuer et donc la bioluminescence aussi. Tout au long
de la journée, les bactéries vont se multiplier dans l’organe lumineux et le soir quand il va avoir besoin de sa lanterne,
les bactéries vont être en quantité suffisante et le phénomène de bioluminescence va pouvoir s’exercer. C’est une
symbiose entre calamar et V. fischeri qui est très étudié en Hawaï.

Chez les autres, on peut citer beaucoup de phénotypes régulés par les AHL mais on va voir les principaux :

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- Les AHL régulent l’expression de facteurs de virulence. Chez Erwinia et toutes les bactéries qui massèrent les
plantes, chez Pseudomonas aeruginosa, un pathogène opportuniste de l’homme, chez Burkholderia cepacia un
autre pathogène de l’homme, on peut allonger la liste.
- Ça peut réguler les phénomènes de mobilité notamment les mobilités par essaimage. Ça a été bien décrit chez 2
espèces : S. liquefaciens et Y. enterocolitica.
- Ça peut aussi régulé la synthèse de composés antimicrobiens type antibiotique ou type antifongique. Par
exemple ici des souches de Pseudomonas qui produisent un antifongique vis-à-vis d’un champignon et la
production de ces composés est déclenchée très souvent par un mécanisme de QS. Par exemple chez E.
caratovora qui produit une antibiotique carbapénème.
- La formation de biofilm aussi peut être contrôler par un mécanisme de QS. On a ci-dessus différents genres
bactériens pour lesquels ça a été documenté. Le biofilm qu’on voit là ce sont des bactéries marquées à la GFP
chez Pantoea stewartii, pathogène de plantes. Les pics qu’on voit sont assez particulier et propre à cette espèce.
- Ça peut contrôler l’efficacité de la nodulation chez certains Rhizobium mais pas la nodulation en elle-même. Ça
veut dire que si on inocule des plantes par un mutant affecté au niveau du QS, ils vont quand même noduler
mais peut être pas avec la même efficacité.
- Chez certaines bactéries, le transfert conjugatif est régulé par un phénomène de QS. C’est le cas chez
Agrobacterium et aussi chez Rhizobium.

La liste n’est pas exhaustive. On a cité ici les phénotypes les plus marquant et dans la littérature, les 2 les plus
investiguer sont la production de facteur de virulence et la formation de biofilm. Ce sont les 2 volets qu’on veut
combattre chez les pathogènes.

Communication bactérienne
En présence d’AHL, les bactéries adoptent un comportement comme un organisme multicellulaire c'est-à-dire qu’elles se
comportent toutes de la même façon donc on peut considérer cela comme un comportement multicellulaire d’une
population procaryote.

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Si c’est pas mal répandu ce phénomène de communication bactérienne, on peut supposer que ca a un intérêt certain
pour la bactérie en terme évolutif. En fait, il y a beaucoup de phénotypes qui sont exprimés quand la bactérie interagit
avec un hôte eucaryote dans un contexte de pathogénie, de symbiose, etc. Ça nous montre l’importance des actions
concertées c'est-à-dire une régulation commune de gènes lors d’une interaction avec un hôte eucaryote. On peut tout à
fait comprendre pourquoi que ce soit dans le cas des pathogènes des animaux ou de plantes.

Pourquoi un pathogène animal a tendance à ne pas sécréter des facteurs de virulence quand il est tout seul dans son
coin mais attendre que la population de confrère soit assez importante? Pour ne pas se faire détecter d’une part mais
surtout pour ne pas se faire éliminer quand elle déclenche le facteur de virulence. S’ils attendent d’être nombreux pour
synthétiser leur facteur de virulence, ils ont plus de chance de contrer le système immunitaire dans le cas des
pathogènes des animaux ou de contrer les systèmes de défenses de la plante dans le cas des pathogènes de plante.

Spécificité du langage
On parle de communication. Est-ce que la 3-Oxo-C6 n’est que le signal de Vibrio fischeri? Non. Une même AHL par
exemple la 3-Oxo-C6 peut être synthétisé par plusieurs populations bactériennes pas forcément dans le même habitat et
donc elle peut être utilisée par des différentes populations bactériennes.

S’il y a 2 ou plusieurs populations qui utilisent la même signal et que par hasard elles cohabitent, la population B va
recevoir des signal qui ne sont pas synthétisés par la population B mais qui sont synthétisées par une autre population.
On parle de communication interspécifique. Ça peut être de 2 souches de genres différents alors qu’on a présenté cela
comme une communication intraspécifique. C’est une propriété largement utilisé pour la détection biologique des AHLs.

Les signaux en fonction de leur concentration, ils n’ont pas forcément qu’un rôle de signal. Par exemple dans le cas
d’une AHL où elle n’a pas qu’un rôle de signal. Un cas particulier, cas d’un Rhizobium qui s’appelle Rhizobium
leguminosarum. On a plusieurs AHL fabriqués par cette souche.

Il y en a une à longue chaine 14 carbones. Cette AHL, au début avant de la caractériser spécifiquement, on l’appelle
small bactériocine car ça avait une activité antagoniste vis-à-vis d’autres Rhizobium.

FIGURE NON PRÉSENTE SUR LE FASCICULE. C’est ce qui est visualiser sur cette boite, on a une souche de Rhizobium et 2
autres souches de Rhizobium spotés là-dessus. Celle de droite produit l’AHL dont on a parlé et celle de gauche ne la
produit pas ou en très faible quantité. Bien sûr cette AHL a un rôle de signal par ailleurs.

Aspect évolutif
Au tout début puisque la coopération bactérienne a intrigué beaucoup de monde. Pourquoi le QS est sélectionné et
maintenu chez les bactéries? Les chercheurs se sont dit que ça doit optimiser la croissance et la survie de population. Ils
ont fait des analogies avec ce qu’on voit dans le monde animal et donc il y a un comportement social. Est-ce que le QS
est un comportement social? Il y a pleins d’études qui ont essayé de répondre à cette question.

Pour faire court, oui dans certains cas, ça a été démontré que la communication a des conséquences positives sur la
valeur sélective d’autres individus. Chez qui ça a été démontré, qu’effectivement on peut parler de comportement social
puisque les conséquences sont positives sur la fitness d’autres individus et d’autres populations. Ça a été démontré chez
quelques espèces bactériennes pour lesquelles le QS régule la biosynthèse de ce que les études appellent des
exoproduits notamment des facteurs de virulence qui vont sortir de la cellule. C’est ce que les évolutionnistes appellent
le «public goods ».

Pourquoi il n’y a que chez ces espèces que ça a été démontré? Les exoproduits sont démontrés chez les pathogènes, ce
sont des facteurs de virulence. Ça peut être des enzymes par exemple qui vont contribuer à interagir avec un hôte
eucaryote. Ces enzymes comme elles sortent des cellules, l’action des enzymes peut être bénéfique pour toute la
population mais pas uniquement à l’individu qui a produit les enzymes. Voilà pourquoi on peut parler d’un
comportement social. Évidemment la production des exoproduits notamment des enzymes c’est très couteux au niveau

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énergétique et c’est bien plus bénéfique de faire cela à forte densité de population plutôt qu’à faible densité où il y a
peu de cellules et les enzymes en question risque d’être dispersées et de finalement ne pas avoir l’effet escompté.

Il y a certaines études qui ont montré que dans le cas où les phénotypes régulés concernaient des exoproduits, il y avait
des tricheurs qui apparaissaient. C'est-à-dire des bactéries qui vont tirer partie de l’action des exoproduits sans avoir le
coût de la biosynthèse.

Pour tous les autres cas de figures, c'est-à-dire quand ce qui est régulé par QS n’est pas une exoproduit, ça n’a jamais été
démontré. C'est-à-dire que les conséquences sont positives pour toute la population mais pas uniquement pour
l’individu lui-même. Certainement parce qu’il n’y a pas les outils pour cela.

Détection biologique des AHL


On a dit que c’est un signal et c’est actif à faible concentration. Qui dit faible concentration donc difficile à détecter et
qu’en plus sa structure chimique n’aide pas beaucoup pour sa détection.

Il y a des laboratoires qui ont mis au point des détections biologiques des AHL. On parle de système biosenseur. Un
biosenseur, c’est une souche bactérienne qui soit ne produit pas naturellement d’AHL ou soit ne produit plus parce
qu’on aurait inactiver son gène de type LuxI. Dans ce biosenseur, on a toujours le gène de type LuxR et il y a un gène
rapporteur ou un phénotype qu’on peut utiliser facilement pour la détection des AHL.

Ces gènes rapporteurs peuvent être des gènes impliqués dans la production de pigment tel que la violacéine, des gènes
de bioluminescence, le gène lacZ ou la GFP qui sont aussi des activités qu’on peut doser.

En absence d’AHL, le gène rapporteur ou la fonction rapportrice n’est pas exprimée. En présence d’AHL, reconnu
spécifiquement par ce LuxR, on a activation. Le complexe va se lier sur le promoteur de l’opéron rapporteur et on a
transcription donc production de violacéine ou de luminescence ou de lacZ ou fluorescence dû à la GFP.

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Typiquement un système de détection c’est cela, il n’en fabrique plus mais il est capable de détecter et suite à la
détection il est capable d’activer un phénotype qu’on peut facilement évaluer.

Avec un outil comme ça, on peut tester sur une vulgaire boite de pétri si notre bactérie préférée synthétise des AHL. On
prend notre biosenseur et on strie la souche à tester à proximité mais il n’y a pas de contact physique. Si la souche à
tester produit des AHL, les AHL vont diffuser dans l’agar, rentrer dans les cellules du biosenseur et activer s’il y a
reconnaissance la production de violacéine ou la bioluminescence ou etc. Généralement on observe un gradient puisque
plus on est éloigné de l’inoculum, la concentration va être de plus en plus faible donc le phénotype exprimé est de plus
en plus faible. C’est quelque chose qu’on peut faire facilement pour peu qu’on ait un milieu de culture où on peut
cultiver à la fois la souche qu’on veut tester et le biosenseur.

On peut aussi et ça c’est fait très couramment. On a dit que les AHL diffusent in and out. Si on fait une culture liquide,
elles vont se retrouver dans le surnageant. Il y en a aussi dans les cellules mais beaucoup dans le surnageant et donc on
peut récupérer le surnageant, faire une extraction organique et donc on a une extraction avec des AHL. Ensuite on fait
migrer cela sur une couche mince ( on sépare les molécules en fonction de leur taille et de leur hydrophobicité). Quand
on fait une couche mince, on pulvérise un acide ou quelque chose comme cela sauf pour les AHL comme il n’y a pas de
fonction chimique particulière, on ne peut pas faire cela et en plus c’est en faible concentration. Après notre CCM, on va
couler là-dessus de la gélose avec le biosenseur dedans. Si on a le biosenseur adéquat, on va avoir des spots violette ou
bleu en fonction de ce qu’on utilise. On met des standards. Ça nous permet de dire que oui ou non notre souche produit
des AHL et quels types d’AHL.

On peut aussi si par exemple on veut voir comment est l’induction de notre gène rapporteur. Si c’est du lacZ et de la
bioluminescence, on peut le doser avec un appareil donné. Si c’est de la violacéine, ça peut se doser aussi. Si c’est de la
GFP, la fluorescence peut aussi se quantifier.

Dernier intérêt de ces biosenseurs, on peut aussi regarder dans des situations « in-vivo » c'est-à-dire autrement que
dans le tube ou dans l’erlen, on peut regarder si la souche à tester produit des AHL dans des conditions plus in-situ par
exemple on peut faire des analyses microscopiques voir si notre bactérie en labo si elle produit des AHL, est ce qu’elle
produit des AHL si on la met en contact avec la racine des plantes. Dans ce cas là, on peut carrément introduire le
plasmide par exemple la GFP qui est facilement observable en microscopie, on peut l’introduire dans notre souche à
tester ou on co-inocule notre souche à tester avec notre souche biosenseur.

Système « biosenseur » de AHL


Ici on a une détection biologique avec un biosenseur qu’on va beaucoup utilisé en
TP Chromobacterium violaceum (CVO26). C’est un biosenseur trafiqué.

Les C. violaceum qu’on récupère dans la nature généralement produisent de la


violacéine qui est un pigment mais aussi accessoirement un antibiotique et cette
biosynthèse est régulée par un QS.

Nous on n’utilise pas une souche sauvage sinon elle produirait des AHL. On utilise un
mutant dans le gène de type luxI qui s’appelle pour cette bactérie cvil. Avec une
mutation dans son luxI, la souche ne produit plus d’AHL par contre son gène luxR qui
s’appelle cviR est toujours intact pour la bactérie donc il peut détecter des
molécules exogènes et c’est cette propriété qu’on utilise.

La bactérie est incapable de produire son AHL favori qui est le C6 homosérine
lactone et donc ne peut plus déclencher la synthèse de violacéine donc la bactérie
est jaune sur boite alors que la sauvage au bout de quelque jour, elle est violette.

Ici on a un morceau de CCM, à gauche on a déposé une molécule standard


commercial et à droite un extrait de Rhizobium. On a fait migrer et fait sécher. On a inondé notre CCM avec un milieu de

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culture contenant Chromobacterium. On met à incuber et après 24h, on a eu des spots 3 spots pour les standard et 4
spots pour le Rhizobium.

Ce système de détection biologique a quand même une limitation parce qu’un système de détection fonctionne avec un
LuxR particulier. Le LuxR il ne va pas forcément connaitre tous les AHL de terrains. Il va y avoir une certaine spécificité.
Dans le cas de ce biosenseur, il y a une spécificité c’est à dire qu’au final, il détecte des molécules mais pas énormément.
La souche biosenseur ici va répondre à un apport exogène d’AHL mais qui ont une chaine acyle courte, entre 4 et 8
carbones et de préférence des AHL qui n’ont pas de substitution sur les 3ème carbone. En R1, ce biosenseur là préfère
quand c’est H. ça veut dire que son LuxR se lie préférentiellement à des AHL qui ont 4, 6 ou 8 carbones et de préférence
non substitués.

Quand il y a détection d’une AHL, ça a activé la production de violacéine chez la souche. On peut dire qu’avec ce
système de détection, le Rhizobium 8401 produit 1, 2, 3 et certainement 4 AHL à chaines courtes qui sont C6, C7 et C8
homosérine lactone. Généralement les AHL produisent un nombre pair de carbones et ici on a une exception.

Autre exemple, Ici le biosenseur est une souche qui naturellement produit des
AHL qu’on a trafiqué. C’est un Agrobacterium tumefaciens et on a encore un
mutant dans le gène de type luxI qui s’appelle traI. Donc cette souche est
incapable de produire son AHL favorite qui est 3oxo,C8.

C’est bleu car dans la souche, on a introduit sous forme de plasmide une fusion
lacZ sous le contrôle de régulateur de type luxR qu’on appelle traR. Quand les
AHL se lient avec traR, ça va activer un promoteur qui est normalement régulé
par traR et qui est fusionné à lacZ donc ça va produire la β-galactosidase.

Ce biosenseur est assez intéressant parce qu’il répond à un apport en AHL


exogène avec une gamme beaucoup plus large que le 1er puisque c’est 6 à 18
carbones et le phénotype qu’on va rechercher est la synthèse de β-
galactosidase. C’est quelque chose qu’on sait faire relativement bien dans un
laboratoire.

Sur cette illustration, le CCM a été inondé avec un mélange de gélose et de la


bactérie biosenseur. Pour avoir la couleur bleu, on a « balancé » du X-gal. On
laisse incuber toute la nuit.

On a retrouve les standard de la 1ère CCM (C6, C7 et C8). On a mis des standards Oxo c'est-à-dire avec un groupement
=O. On a aussi mis une molécule à longue chaine C14 avec une insaturation qui migre peu parce que c’est une grosse
molécule.

Notre souche 8401 produit une AHL à longue chaine qu’on ne voyait pas dans la 1ère CCM puisque c’est un système de
détection qui n’est pas capable de la voir. On voit qu’il y a 1, 2, 3 et la molécule C6 qu’on ne voit presque pas sur la 1ère
CCM c’est celle qui fait une grosse tacher sur la 2ème CCM. Comment c’est possible? On a un système de détection
biologique. L’intensité de la réponse va dépendre de la molécule détectée.

Donc ici on a un régulateur capable de détecter une large gamme de molécule mais celle qu’il va détecter le mieux c’est
son AHL et ici la « grosse patate » c’est la 3oxo,C8. Ce système va être capable de détecter des pM de 3oxo,C8 et par
contre pour les autres molécules, c’est de l’ordre du nM.

Donc pour savoir si des souches produisent des AHL, on prend plusieurs biosenseurs pour couvrir une gamme d’AHL
assez large.

L’intérêt de faire des CCM, si on travaille sur des surnageants comme on concentre, des fois on arrive à avoir des choses.

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Autres exemple de détection des AHLs


L’intérêt d’avoir ces outils de détection biologique dans des manip un peu plus in-vivo.

On a une reproduction de ce qui se passe dans un poumon de patient atteint de mucoviscidose où on peut avoir une co-
colonisation par Burkhordelia cepatia et Pseudomonas aeruginosa. Les 2 produisent des AHL notamment pour réguler
leur fonction de virulence. Est-ce que les AHL de l’une sont perçus par l’autre?

La Pseudomonas a un marquage rouge constitutif et la Burkholderia


c’est un mutant qui est muté dans son gène de type LuxI qui
s’appelle cepI, cette souche ne frabrique plus ces AHLs. Par contre
on lui a mis un plasmide capable de détecter les AHLs peu importe
lequel et le phénotype analyser ici c’est la GFP.

La Burkholderia est verte quand elle détecte des AHLs et comme


elle n’en synthétise pas, si elle en détecte c’est probablement celles
qui sont synthétisés par sa voisine Pseudomonas. Donc on montre
ici une communication croisée qui est possible. Mais ça doit être
relativement proche pour activer la Burkholderia.

Pour vérifier, on fait la même expérience sauf qu’au lieu d’avoir


une souche sauvage, on a une souche qui ne produit plus d’AHL. On
ne voit que du rouge. Ça ne veut pas dire que Burkholderia n’est
plus là, ça veut dire qu’elle ne détecte plus d’AHL. C’est normale
parce que Pseudomonas n’en produit plus.

Comme on est dans un biofilm, la concentration locale des AHLs peut être relativement importante. Là on a un exemple
de détection biologique faite plus dans une expérience in-vivo. Ici on peut parler de communication croisée puisque les
AHLs produites par une population sont détectées et peuvent être utiliser par une autre population.

Si on inversait tout, le Pseudomonas n’était pas capable de répondre aux AHL produit par Burkholderia.

Comment sont organisés les gènes luxI et luxR?

Diversité d’organisation des gènes LuxI-luxR


On a ici 4 exemples avec l’espèce bactérienne et le phénotype régulé par le QS :

Dans la majorité des cas, les 2 gènes sont relativement proches c'est-à-dire très souvent adjacents. Ils peuvent être ne
orientation inversé mais divergeant. Ils peuvent être en orientation inversé mais convergeant comme chez
Pseudomonas aureofaciens. Chez Yersinia enterocolitica, on a le même genre d’organisation et chez Erwinia sterwartii

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aussi mais là ils se chevauchent même de quelques paires de bases.Ce qu’il faut retenir c’est qu’il n’y a pas vraiment de
règles mais qu’il y a une forte proximité génétique.

Il peut aussi y avoir le cas de figure où ils sont adjacent dans la même orientation mais ça ne veut pas dire qu’ils ont le
même promoteur. Chez P. aeruginosa, il y a même 2 systèmes de QS lasR et lasI. Chez cette bactérie, les gènes d’un
même système sont liés génétiquement par contre les 2 systèmes sont très éloignés dans le génome de la bactéries.

On a des exception où les gènes de type R et I sont espacés de quelques dizaines de kilobases, c’est le cas chez A.
tumefaciens pour lequel, le phénotype régulé par le QS est le transfert conjugatif de plasmides.

Où sont localisés ces gènes?

Ça dépend de comment sont faites les génomes de bactéries mais ils peuvent être sur le chromosome mais chez
certaines bactéries, ils peuvent avoir une localisation plasmidique. C’est le cas d’A. tumefaciens, puisque le phénotype
régulé c’est un transfert conjugatif de plasmide. Le traR et traI sont portés par le plasmide concerné par le transfert
conjugatif, le plasmide Ti.

On avait vu précédemment un cas où il y a 2 systèmes LuxI – LuxR. Est-ce que c’est un cas isolé ou est ce qu’il y en a
beaucoup comme cela? En fait, il y en a pas mal. Dans le cas de P. aeruginosa, il y en a 2. Dans le cas de certains
Rhizobium, il y en a 3 ou 4. Chez ces bactéries là, ces systèmes sont imbriqués les uns aux autres, on a une espèce de
cascade de régulation, c’est ce qui est illustré ici, c’est un vieux schéma mais simple :

On a un 1er système chez P. aeruginosa LasR – LasI. lasI code une synthase qui n’est pas montré ici, on a schématisé
directement l’AHL dont le nom est 3oxo, C12 et le régulateur associé. Qand ce système est mise en route, il y a tout un
tas de fonctions de virulence déclenchées : production d’elastase, de protéases, de toxines et d’une machinerie de
sécrétion. Ce sont des fonctions qui sont régulés par le lasR quand il est couplé par l’AHL 3oxo,C12. Ce sont les
exoproduits dont on a parlé précédemment, on a des enzyme qui vont sortir de la cellule et vont être sécrété. L’action
de ces enzymes va par exemple libérer les nutriments. Toute la population va bénéficier de l’action de ces enzymes y
compris les éventuels tricheurs qui ne les a pas produites.

Dans ces souches de Pseudomonas, il y a un 2ème système de QS avec un gène codant le régulateur et un gène codant la
synthase. La synthase dans ce cas là fabrique une petite AHL C4 qui lorsqu’elle se lie au régulateur rhlR va activer la
régulation la transcription de tout un tas d’autres gènes. Dans ce cas là on a : des élastases mais un autres gènes, des
chitinases, des lipases, des rhamnolipides, du cyanure d’hydrogène, des pyocianines, etc.

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Ce second système est sous la dépendance du premier. Voilà pourquoi on a parlé de cascade c'est-à-dire si on inactive le
lasI ou le lasR, les phénotypes rouge ne vont plus être exprimés et les gris le seront beaucoup moins.

Quels sont les autres espèces qui ont plusieurs systèmes LuxI – LuxR? Voici une étude qui date un peu. On a les
souches, les signaux quand ils sont identifiés, les couples LuxI – LuxR et les phénotypes régulés.

On remarque que chez pas mal de souches comme Burkholderia cenocepacia on retrouve 2 couples, B. pseudomallei 3
couples, etc. Il y a beaucoup de genre bactérien où il n’y a pas qu’un système de QS mais 2.

Dans ce tableau, les astérisques nous indiquent quand les systèmes sont connectés au niveau de leur système de
régulation comme celui qu’on a présenté précédemment. Parfois on ne sait pas parce qu’on a pas encore identifié les
interférence qu’il y avait dans les systèmes.

Dans certaines souches, on voit un régulateur qui est tout seul, c'est-à-dire que génétiquement il n’est pas associé. Il y a
le gène luxR qui en l’occurrence qu’on a appelé chez ce Rhizobium expR parce qu’il est impliqué dans la synthèse
d’exopolysaccharide mais il n’est pas couplé avec un LuxI. Ces gènes LuxR sont appelés des orphelins mais ils sont quand
même dans des bactéries qui possèdent des systèmes complets.

« histoire évolutif » des gènes LuxI-LuxR

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Il y a une étude qui est assez vieille maintenant mais toujours d’actualité. Il y a des gens qui ont regardé l’histoire
évolutif des gènes luxI – luxR.

L’origine est ancienne, ça s’est apparue tôt dans l’histoire évolutif des bactéries. Quand LuxI - LuxR est adjacent c'est-à-
dire génétiquement lié l’un à côté de l’autre, on peut dire qu’ils ont eu une histoire évolutive identique. L’analyse
phylogénétique a identifié 2 familles distincts de LuxI - LuxR qui n’auraient pas eu la même histoire évolutive. Une
famille qui sont des gènes qu’on va trouver chez des protéobactéries, on rappelle que c’est quasiment que chez ce
phylum qu’on a trouvé des AHLs. Une famille a de LuxI – LuxR qu’on va trouver chez les protéobactéries de 3
subdivisions α, β et γ. Une famille b où on va retrouver des LuxI - LuxR uniquement des protéobactéries de la subdivision
γ.

Pour tous les LuxI – LuxR, il y avait de nombreux cas où les LuxI – LuxR semblent avoir été acquis par des HGT et parfois
même entre espèces éloignés phylogénétiquement. Ce HGT a notamment était mis en évidence pour les espèces
contenant de multiples LuxI – LuxR.

Arbre qui concerne uniquement la famille B qui est restreinte aux γ :

Le scénario proposé suite aux études phylogénétique, c’est qu’il y aurait un ancêtre de cassette LuxI – LuxR et assez
précocement, il y aurait eu une duplication au niveau d’une des branches. Suite à cette duplication, quand on a la flèche
qui part ça veut dire qu’on a eu perte. On peut voir dans beaucoup de cas, on perd une des 2 copies ici chez Seratia, chez
Erwinia.

Dans certains cas, on a une perte d’une des 2 copies mais on a une acquisition par transfert horizontal d’une autre copie,
c’est le cas d’E. caratovora. On a duplication précoce, puis perte d’1 copie et après incorporation via HGT d’1 autre
copie. Ça nous montre surtout qu’il y a plein de cas de figure possible notamment chez les exemple de bactéries où on
retrouve de multiples systèmes.

Comme l’étude commence à dater un peu. Si on refait cela actuellement étant donné le nombre de génomes séquencés,
ça pourrait apportés d’autres information mais ce qui avait été démontré au départ, c’est qu’il n’y avait pas de
corrélation entre les familles et la nature chimique de l’AHL produit. Aucune corrélation entre les types de gènes luxI –
luxR et les phénotypes régulés par ces gènes par QS.

On avait évoqué des LuxR qui ne sont pas génétiquement liés à des LuxI mais qui sont quand même hébergé par des
bactéries qui produisent des signaux. On va parler d’un autre cas de gènes luxR chez des bactéries qui ne produisent pas
d’AHL. Exemple E. coli quand on regarde son génome, c’est assez logique, il n’y a aucun gène qui code pour des AHLs
synthase.

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Les AHL synthase, luxI c’est une famille, celle qui est la plus répandue et chez coli, il n’y a aucun gène d’aucunes familles
d’AHL synthase. Par contre on a découvert un luxR. Donc on s’est dit que cette bactérie était capable de détecter une
AHL synthétisé par d’autres bactéries. Ce gène luxR s’appelle sdiA qui a toutes les caractéristiques d’un luxR avec un
domaine de liaison à l’ADN et un domaine de liaison aux AHL. On l’a identifié chez E. coli et une proche cousine qui es
Salmonella typhimurium.

Elle a le gène, la protéine réceptrice d’AHL. Est-ce que les AHL peuvent réguler quelques choses chez E. coli? Chez coli
ils ont identifié des gènes qui répondent à l’addition de C6 et 3oxo,C6. Ils ont trouvé des gènes dont l’expression est
activé en présence des AHLs. Ils se sont dit que ces gènes sont liés au récepteur donc la transcription de ces gènes sont
activés. Pour affirmer cela, on inactive le gène codant le régulateur, si on observe toujours le phénotype donc ce n’est
pas cela et si on l’observe plus comme c’est le cas ici, le gène est impliqué dans la réponse. Si on inactive sdiA, la réponse
qu’on attendait sur les gènes particuliers est absente.

En fait, les gènes impliqués, leur réponse est température dépendante. Elle est faible à 37ᵒC. Les gènes impliqués sont
des gènes qui ont une tolérance accrue au pH acide. C’est ce qui est illustré sur cette figure :

On a un suivi de croissance d’E. coli en fonction du


temps dans un milieu acidifié à pH 4. Sur ce
graphique il y a 4 courbes : la 1ère en noir c’est le
sauvage et en gris c’est le sauvage quand on met
des AHLs. Donc on peut voir qu’il s’en tire beaucoup
mieux voilà pourquoi on parle de tolérance accrue
au pH acide. Donc les 2 courbes en traits pleins sont
les sauvages sans AHL en noir et avec AHL en gris.

Les courbes en pointillés sont avec les E. coli mutés


sur sdiA. Même code couleur, le mutant témoin en
noir et le mutant avec AHL en gris. On observe pas
le même phénomène que chez le témoin donc on
peut dire que cette tolérance accrue est bien
médiée par l’interaction sdiA – AHL.

Donc ici on a un exemple de LuxR orphelin chez une


bactérie qui ne produit pas de signaux. Qu’est ce
qu’il fait là? Est-ce qu’il a été acquis tout seul et que LuxI n’a pas été perdu? Mais on peut voir que la bactérie est
capable « d’écouter aux portes » comme on lit dans certaines publication. Ce sont des bactéries qui sont capables de
détecter des signaux synthétisés par d’autres.

Organisation des gènes cibles


On avait mentionner des phénotypes régulés par QS, maintenant on va voir quelques mots sur l’organisation des gènes
cibles c'est-à-dire des gènes responsable de ces fameux phénotypes. Est-ce qu’il y a une organisation type? Est-ce qu’ils
sont à côté des gènes luxI – luxR? Très variables.

On prend l’exemple de Vibrio fischeri. luxI et luxR sont l’un à côté de l’autre. L’opéron lux qui est régulé par ces gènes est
juste après.

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Un autre exemple chez Pseudomonas aureofaciens. Le phénotype régulé est la production de phénasine qui est un
composé antifongique. La biosynthèse de ce composé est due à l’activité de plusieurs enzymes qui sont sous forme
d’opéron qu’on a ici phz A, B, C, D, E, F, G et H. On parle de phénasine. Là on a aussi les gènes cibles qui sont juste à
proximité du LuxI et LuxR.

On a des cas où ils sont distants de luxI/luxR, par exemple :

- Chez Erwinia caratovora, ce qui est régulé ce sont les gènes codant les enzymes de dégradation de la paroi
végétale. Ils ne sont pas à proximité des gènes LuxI/LuxR.
- Chez E. stewartii, un autre pathogène de plante. Le phénotype régulé est la biosynthèe des exopolysaccharides
EPS qui pour cette bactérie est le principal facteur de virulence. Là aussi les gènes cibles sont distants de
LuxI/LuxR.

Puis quand on a commencé à faire des études où on regardait les gènes de façon globale. Quand on faisait des études
transcriptomique sur puce à ADN, on s’est rendu compte que quand on compare un WT avec un mutant qui ne produit
plus d’AHL. Ils se sont rendu compte que notamment dans Pseudomonas aeruginosa, les gènes cibles sont nombreux.
On a identifié plus de 300 gènes cibles et ils sont éparpillés dans tout le génome bactérien.

Plusieurs laboratoire ont faits ces études et ils ne trouvaient pas forcément les même gènes parce que ce ne sont pas les
même milieu, pas les mêmes conditions ect. On en avait en commun mais pas forcément toujours les mêmes.

Accumulation des AHLs dans la cellule et sur la façon dont c’est régulé
L’accumulation des AHLs dans une cellule, ce n’est pas uniquement une question de QS parce que les systèmes QS sous
entendu, les gènes luxI/luxR sont souvent imbriqués avec les autres réseaux de régulation de la cellule bactérienne des
donc eux-mêmes soumis à des régulations. Des régulations qui peuvent se faire :

- Au niveau transcriptionnel. Par exemple ils peuvent être contrôlé par un système à 2 composants. Ils peuvent y
avoir un LuxR orphelins qui va pièger des AHLs.
- Pour certains d’entres eux, la régulation peut s’exercer au niveau post-transcriptionnel. Chez certains
Pseudomonas, les ARN LuxI et Lux R sont séquestrer par une protéine.
- Imbriqué avec d’autres réseaux de régulation. Ça peut être que le système de régulation LuxI/LuxR peut être
connecté avec un autre système de communication bactérienne. On a 2 cas de figure :
• Chez Vibrio fischeri => on a le système de régulation par les AHLs et le système de régulation par une
autre molécule qui s’appelle Al-2 qui sont interconnectés.
• Chez Pseudomonas aeruginosa : il y a les 2 systèmes AHL et c’est interconnecté avec un autre système
de signalisation qui est PQS pour « Pseudomonas Quinolone signal ».

Illustration simplifée chez Pseudomonas aeruginosa :

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On a le système Las qui est interconnecté avec le système Rhl donc à chacun leur AHL. On a le système PQS dont on
vient de parler qui fait intervenir un autre signal. En haut on a des régulation de type positif et en bas des répressions.
Ça c’est ce qu’on savait en 2007 donc à l’heure actuelle ça doit être plus compliqué que ça.

On a des régulateurs d’ordre transcriptionnel c'est-à-dire des régulateurs de transcription qui vont affecter l’expression
des gènes las et rhl. Il y en a 8 qui ont été identifiés : Vfr, MvfR, etc. Il y en a un qui est important : RpoS qui code pour
un facteur sigma lié au stress. Parmi les régulateurs transcriptionnels qui sont entourés VqsR et QscR, ce sont des luxR
orphelins. On a des systèmes à 2 composants qui peuvent exercer une régulation positive et il y a des régulations post-
transcriptionnels par 2 protéines qui sont capables de piéger les ARNm.

On a aussi identifié des répression au niveau transcriptionnel et au niveau post-transcriptionnel.

L’idée est de montrer la complexité de la régulation chez cette bactérie. Au début on avait présenté la bactérie, les
gènes de type I et les gènes de type R, les AHLs s’accumulent mais c’est beaucoup plus compliqué que cela car les gènes
de type I et R sont eux-mêmes soumis à des régulations. Même si la cellule est dans des conditions où il devrait y avoir
beaucoup de AHLs, en fonction de son état physiologique ou de son environnement, elle ne serait pas dans un état où
elle va exprimer les fonctions régulées par QS.

Autres cas de figures qui fait que le phénotype régulé par QS ne va pas forcément se déclencher. C’est quand il y a
besoin d’avoir un autre signal pour déclencher la cascade de régulation. C'est-à-dire que la densité de cellules va être
suffisante mais il n’y aura pas d’AHLs régulés et pas de phénotypes parce qu’il va manquer un autre signal. Cas chez
Agrobacterium tumefaciens :

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C’est une bactérie pathogène de plante et le QS régule chez cette bactérie le transfert de plasmide Ti. Quel genre de
signal dont a besoin cette bactérie pour transférer le plasmide? Quand elle est dans la plante donc le signal dont elle a
besoin est un signal d’origine végétal.

Agrobacterium tumefaciens a 2 chromosomes linéaire et circulaire. Elle a 2 plasmides : un pAT et un pTi. Sur ce pTI,
quand la cellule détecte des composés phénoliques, les gènes de virulence sont exprimés. Les gènes de virulence
servent à exciser et à transférer une partie du plasmide Ti qu’on appelle l’ADN-T dans le matériel génétique de la cellule
végétale.

L’ADN-T va produire des enzymes responsables de la biosynthèse d’hormones végétales, les mêmes que celles que la
plante a l’habitude de fabriquer. La cellule végétale va être déréguler au niveau de son balance hormonale, ça va donner
une croissance anarchique des cellules, un cancer végétal qu’on appelle la galle du collet.

L’ADN-T sert d’une part à fabriquer des hormones et d’une autre part il permet la fabrication des opines qui sont des
sources de carbone et d’azote que seul les Agrobacterium sont capables de métaboliser. Les bactéries dictent à la plante
la synthèse de composés dérivés d’acide aminés que seule la bactérie est capable de métaboliser.

Les opines, c’est lui le signal qui va déclencher le QS chez cette bactérie. Tant qu’il n’y a pas d’opines, le gène traI ne va
pas être exprimé. Quand il y a d’opines, le gène traI est exprimé donc il y a synthèse d’AHLs et il peut y avoir transfert
conjugatif du plasmide pTi. Donc le transfert se fait dans la tumeur ou à proximité de la tumeur et qui ne se fait pas sans
ce signal végétal.

On va maintenant voir la perturbation du QS. Cette perturbation peut se faire à plusieurs niveaux :

- Perturber au niveau de la synthèse d’AHL è ça ne figure pas sur le schéma étant donné que le précurseur des
AHLs sont généraux dans la cellule ( SAM et Acyl-ACP). Cette étape s’avère compliquée et n’a pas été corrélé de
succès.

Par contre il y a 2 niveaux où cette perturbation peut se faire :

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- Au niveau de la perception c'est-à-dire l’étape où la molécule signal se lie à son percepteur de type LuxR
- Accumulation des AHLs è la concentration seuil ne sera jamais atteinte. Donc le QS ne pourra jamais être
atteinte.

On va voir des mécanismes naturels qui peuvent perturber soit au niveau 1 soit au niveau 2.

Perception des AHLs

La perception des AHLs, il y a tout un tas d’études qui ont visé à caractériser des composés d’origines divers. Souvent la
base des études a été de trouver des composés qui vont interférer avec les systèmes biosenseurs. Pour certains ils vont
les inhiber, pour d’autres ils vont les activer. Ces composés dans la littérature, on les désigne dans le terme d’AHL mimic
c'est-à-dire qu’on suppose qu’elles ont des analogies structurales avec les AHLs et elles vont pouvoir se fixer plus ou
moins sur le régulateur et ça va empêcher l’AHL de se fixer.

Les 1ers composés identifés capables d’agir à ce niveau sont des composés qu’on appelle des furanones allogénés qui
sont naturellement produits par une algue Delisea pulchra, une algue des fonds marins.

Ici dans la boite de pétri ils ont fait une surcouche du biosenseur CVO26 et ils ont mis du C6
dans la boite donc la bactérie est sensé mettre en place son QS. La présence de l’algue montre
une inhibition du QS. Partout où c’est blanc, il n’y a pas de productions de violacéine donc
l’algue a produit des composés qui empêchent le QS. A l’époque, on ne pouvait pas en dire plus.
C’est ce qu’on appelle un test reverse car là on ne cherche pas une activation mais une
inhibition.

Ces composés ont été purifiés, caractérisés et on a regardé comment ils agissaient. Pour faire
cela, on a produit le LuxR de V. fischeri dans un E. coli et on a incubé ce LuxR avec 1µM, 10µM de cette molécule et à
différent temps. Ensuite on a regardé le devenir de LuxR par western blot. On remarque qu’en présence de 10µM de
composés furanones, le signal LuxR disparait. Les auteurs ont conclus que la fixation du furanone sur le LuxR va accélérer
sa dégradation. C’est ce qu’on appelle le « turn over ». Si on dégrade le régulateur, le QS ne se met pas en place.

Ça servirait à quoi pour ces algues la production de ces composés? Pourquoi les algues perturbent le QS bactérien? La
proposition qui a été proposé à l’époque est que l’algue produirait ces composés pour empêcher le biofouling, c'est-à-
dire la colonisation de l’algue par les bactéries sous forme de biofilms.

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Il y a des composés produits par des végétaux qui ont aussi été mis en
évidence.

En A on a le test direct c’est ;à dire on regarde si la plante pourrait produire


des molécules qui pourraient activer le biosenseur et en B c’est le test
indirect c'est-à-dire on a mis le biosenseur en présence de son AHL favorite
la C6 et on voit qu’autour de ces plantules, on a un espèce d’halo blanc qui
se forme qui indique que la plantule sécrète des molécules qui vont
perturber d’une façon ou d’une autre le QS. Dans cette étude, effectivement, ça a pu être démontré chez plusieurs
légumineuses. Donc il y a plusieurs composés qui sont produits par ces végétaux et qui sont capables d’interférer avec le
biosenseur.

Ces composés n’ont jamais été formellement caractérisé mais la question qu’on peut se poser : est-ce que les plantes
ne sont pas capables d’interférer avec les communications bactériennes? Le fait que ça a été retrouver chez les
légumineuses, c’est d’autant plus intéressant car les légumineuses font des interactions symbiotiques avec Rhizobium et
les Rhizobium utilisent les AHLs pour divers phénotypes notamment pour réguler l’efficacité de la symbiose.

Il y a aussi des composés d’origine fongique qui ont aussi été mis en évidence et puis il y a aussi des composés d’origine
bactériennes qui peuvent interférer aussi avec la signalisation par les AHLs, c’est ce qu’on appelle DKP pour
Diketopiperazines.

Ici c’est un test inverse où on a mis CVO26 en présence de C6. On a spoté soit du solvant soit
du 3oxo, C12-HSL qui est une AHL à longue chaine. On peut voir que l’AHL à longue chaine
inhibe la production de violacéine. Ça veut dire qu’elle est non seulement capable de se fixer
sur le récepteur de type LuxR mais qu’ensuite il ne se passe rien.

On peut imaginer que ce type d’interférence ne se cantonne pas que sur CVO26 mais que ça a
aussi lieu in vivo.

Suite à ces découvertes, il y a toute une voie de recherches qui s’est ouverte pour chercher de trouver des QSI. L’idée est
de trouver une molécule efficace dont on puisse disposer en quantité suffisamment grande pour une application
thérapeutique éventuelle. L’idée étant de cibler la communication bactérienne. On pense que c’est nettement plus
prometteur que ce qu’on a fait jusqu’à maintenant. Quand on utilisait les antibiotiques, on ciblait la survie de la bactérie.
L’idée est que comme la pression de sélection est moindre, on imagine qu’on n’aurait pas les phénomènes de mutations
et de résistances qu’on a pu voir avec les antibiotiques. Cibler la communication bactérienne c’est empêcher les
bactéries de discuter mais ca ne va pas les tuer. On met quand même un point d’interrogation parce qu’il y a des
publications qui montrent que ce n’est pas si idyllique que ce qu’on a imaginé.

Plusieurs labo qui essaient de fabriquer par synthèse des molécules qui sont des analogues structuraux des AHLs. C’est
aussi assez prometteur car soi on peut les synthétiser par voie chimique, on pourra en disposer en grande quantité, ce
qui n’est pas le cas des molécules naturelles qu’on a cité précédemment.

Donc on a parlé de composés qui perturbent la reconnaissance entre l’AHL et le récepteur.

Perturbation de l’accumulation des signaux

A partir de maintenant, on va parler de tout ce qui peut compromettre l’accumulation des signaux.

1- Facteurs abiotiques

On va commencer par parler de facteurs abiotiques. On se pose la question sur la stabilité des molécule une fois qu’elles
sont à l’extérieur de la cellule. Dans les facteurs abiotiques, on pense à la température et au pH.

On va surtout parler du pH parce que c’est surtout celui qui a été domestiqué :

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La figure A concerne le C3-HSL et la


figure B le C4-HSL. En x, on a le pH et
en y le pourcentage de lactone intact.

Les diamants quand on augmente le


pH. Quand on augmente le pH, on a
beaucoup moins de noyaux lactones,
les noyaux lactone vont s’ouvrir et si
on fait la manip inverse, si on
diminue le pH, il y a plus de lactone
donc on retrouve une molécule
intacte.

Pour le C3, à partir du pH 6, on a


beaucoup de molécules qui ne sont
plus sous forme noyaux lactone.

Si on regarde le C4, à pH7 on a


encore pas mal de molécules
intactes.

Si on fait l’expérience inverse c'est-à-


dire si on diminue progressivement le
pH, on peut revenir à la cellule de
départ.

Le pH ouvre le noyau lactone. Ici on a


l’exemple sur le C4 et on peut voir
que c’est réversible c'est-à-dire quand on acidifie, on retrouve une molécule intacte.

Ce graphique nous montre que C3 dans la nature ne peut pas être utilisé comme
molécule signal puisqu’à pH neutre, il y a très peu de molécule sous forme noyau
lactone. On pense que c’est la raison pour laquelle, une chaine acyl à 3 carbones
(70% hydrolysé à pH 6), ça expliquerai que la plus petite AHL utilisable par les
cellules c’est la C4 qui est nettement plus stable vis-à-vis du pH.

Cette stabilité vis-à-vis du pH est dépendante de la clongueur de la chaine acyl. Plus


la chaine acyl est longue, plus la molécule est stable vis-à-vis du pH (sous entendu
basique). Ce sont des molécules relativement stable mais si on les met au-delà de
37ᵒC, leur stabilité est compromise. La longueur de la chaine acyl va influencer la
stabilité, plus la chaine est longue, plus elles vont être stables vis-à-vis de la
température.

Les facteurs abiotiques peuvent être important ça veut dire que si la bactérie qui
utilise les AHLs se trouve dans un environnement basique, sa communication peut être compromise. Une fois que le
noyau lactone de la molécule est ouverte, elle perd sa capacité de signalisation.

On va aussi parler d’autres facteurs abiotiques. On constate quand on cultive les bactéries en laboratoire mais si on
imagine les bactéries en milieu naturel par exemple dans le sol, elles vont être soumises à différents transfert de masse
avec des phénomène de diffusion, d’advection et de convection qui vont faire que les AHLs ne vont pas forcément
s’accumuler autour des cellules. Pour illustrer cela, on a une petite étude de modélisation sur ces transferts de
masse notamment au niveau des biofilms :

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Ici sont représentés les phénomènes de diffusion, advection et convection et l’effet que ça peut avoir sur la
concentration de molécules signal au sein de biofilms.

On a soit des biofilms plats soit des biofilms de type mushroom. Le gradient de couleur indique : plus c’est gris foncés,
plus la concentration des molécules signal est importante.

Quand les biofilms sont très structurés, la concentration la plus importante de molécules se situe au centre des
structures de type mushroom et quand on a une structure plate de biofilm, la concentration la plus importante est près
du support sur lequel sont accrochés les biofilms puisque les cellules les plus extérieurs vont être impacté par les
phénomènes notamment de diffusion.

Pour les bactéries qui ne sont pas en biofilms, la structure de l’environnement va être très important sur l’accumulation
des signaux. Les particularités du microenvironnement sont importantes et notamment les AHLs vont s’accumuler dans
un environnement confiné et/ou riche en exopolysaccharides typiquement comme un biofilm.

Dans les facteurs physiques, on va parler de répartition spatiale des cellules les unes par rapport aux autres. On va faire
aussi appel à une petite étude de modélisation :

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C’est une modélisation de l’effet de la distribution spatiale des cellules bactériennes sur la production de molécules
signal. Ce model bactérien, il est utilisé sur un volume déterminé c'est-à-dire le même volume qui est pris en compte
dans a b et c; et puis sur un nombre de cellules constants c'est-à-dire le même nombre de cellules dans les 3 petites
figures. Qu’est ce qui diffère? Les cellules ont une répartition aléatoire en a (random) et en amas en b et c (clustered). La
différence aussi c’est qu’il y a une boucle d’autorégulation positive en a et b alors qu’elle n’est pas présente en c. Ce
qu’ils appellent la boucle d’autorégulation positive c’est quand la production d’AHLs stimule elle-même la production
d’AHLs. C'est-à-dire quand le gène LuxI fait partie des gènes régulés par QS.

Plus on va vers le jaune blanc, plus la concentration de molécules est élevée. Quand les cellules sont en bleus, elles n’ont
pas assez de molécules pour mettre en place le QS. Quand elles sont en rouge, elles sont en concentration de signaux
suffisant pour mettre en place le QS.

Si on compare les 3 cas de figures, il y a qu’un seul scénario pour lequel les bactéries sont capables de mettre en place la
régulation du QS. C’est quand les cellules sont agrégées d’une part et quand il y a présence d’une boucle
d’autorégulation positive (en b). Ça sous entend que dans les conditions naturelles, la concentration seuil n’est pas
atteinte si souvent que ça tout simplement pour des raisons physiques de répartition spatiale des cellules les unes par
rapport aux autres.

Cette étude a montré au passage que le fait de produire des signaux diffusibles permettaient aux cellules d’obtenir des
informations qui sont à la fois la densité cellulaire, mais également l’interaction de l’AHL avec l’environnement et la
répartition spatiale des cellules. Au lieu de parler de QS on ferait mieux de parler d’ « efficiency sensing ». Les AHLs au
départ on disait que c’était des signaux qui permettaient aux cellules de déterminer leur densité de population mais il y
a beaucoup de gens qui pensent que les AHLs sont des signaux qui permettent aux cellules d’explorer l’environnement
et de voir si dans un environnement donné, ça vaut le coup de mettre en place le QS ou non; et notamment de produire
des exoproduits couteuses en énergie. Si l’environnement n’est pas favorable, qu’il a de très forts phénomènes de
diffusion et de convection, ça ne sert à rien à ce que les bactéries produisent des enzymes couteuses parce qu’elles vont
être éliminer. Les AHLs serviraient aussi à évaluer les propriétés de l’environnement.

Il y a un autre facteur physique qui peut compromettre cette communication : c’est quand les signaux sont piégés par
d’autres populations bactériennes, pas forcément pour que ces autres populations bactériennes les utilisent; c’est juste
parce qu’elles vont se retrouver dans l’environnement et elles vont piéger ces signaux. On rappelle que la majorité des
AHLs diffusent in an out. Dans ce cas, on peut parler de barrière à la diffusion. On fait aussi appel à des études :

Dans la partie supérieure, on a le schéma de ce qu’ils ont fait concrètement. On a une lame de microscope sur lequel ils
ont mis des bactéries en gris qui sont des AHLs reporter dont le phénotype lorsqu’elles détectent les AHLs est la
fluorescence de la gfp. Quand on fait un apport exogène d’AHLs (triangle), on a émission de fluorescente qui sont
représentés par les flèches qui émanent des population qui détectent les AHLs. Si maintenant, le biosenseur est

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recouvert d’une barrière physique constituée d’une autre population bactérienne (blanc), ce sont des cellules qui vont
piégés les AHLs juste parce qu’elles sont présentes. Si on fait un apport exogène AHL, la fluorescence émise par les
populations bioseneurs va être plus faible car il y aura moins de signaux qui vont les atteindre.

En dessous, cette fois-ci, ils n’apportent plus les AHLs à une population qui le détecte mais les AHLs sont apportés par
une population qui la produit (noir) donc on mélange le producteur d’AHL (noir) avec les biosenseurs d’AHL (gris), il y a
émission de fluorescence. Si on rajoute une plusieurs couches de cellules d’une bactérie qui est juste là pour piégée les
AHLs; la fluorescence du biosenseur est augmentée par rapport à c. Comment on peut expliquer cela? Certes il y a des
AHLs où une partie est piégée par les bactéries blanches mais en tout cas les bactéries blanches vont limiter les
phénomènes de diffusion dans le milieu. Donc dans ce cas-là, la concentration d’AHLs est plus importante.

Qu’est ce qu’ils en déduisent de cela? Les blanches en l’occurrence sont des E. coli car elles ne produisent pas d’AHLs.
En mettant 1000 cellules de coli qui recouvre un amas de 500 cellules répondant aux AHLs, elles altèrent la réponse de
cet amas que les AHLs soient apporter de façon endogène (d) ou exogène (b). Quand on parle d’altération, on n’alt`re
pas dans le même sens. En (b), on a moins de fluorescence par rapport au témoin alors qu’en (d), on augmente la
fluorescence par rapport au témoin.

Les signaux de type AHL peuvent être aussi « écouter » par d’autres populations bactériennes à la différence des
précédentes qui ne font rien de ces AHLs, elles sont capables de les utiliser et on parle alors de communication
interspécifique. On suppose que dans les environnements naturels, cette communication interspécifique entre 2
populations bactériennes différentes puisse se produire.

2- Facteurs biotiques

Maintenant on va parler d’un facteur biotique qui compromet l’accumulation des AHLs, c’est l’inactivation biologique
des AHLs c’est ce qu’on a tendance à désigner sous le terme de quorum quenching. Tout ce qui compromet le QS, on a
tendance à les appeler sous le terme de quorum quenching. Ca vient de « to quench » qui veut dire éteindre.

Inactivation enzymatique des AHLs

Ces imagines sont des exemples d’inactivation enzymatique par des bactéries :

On sait qu’il y a des lactonases tel que celles qui sont présentes chez certains Bacillus. Les lactonases ouvrent le noyau
lactone et on obtient un composé qui ets une Acyl-homosérine. On a une autre famille d’enzyme qui est capable de
cliver au niveau de la liaison amide de l’AHL. Ces enzymes, on les appelle les Amidases ou les Acylases, ça dépend des
publications. Les produits qui en résulte sont les homosérines lactone d’une part et l’acide gras d’autre part. Ce sont les
2 familles d’enzymes qui inactivent complètement le signal AHL.

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Il existe d’autres enzymes qui vont modifier ce signal. Peut être qu’il va perde sa fonction signal ou peut être qu’il va
conserver une partie. Il peut y avoir des réductases qui vont agir au niveau du 3oxo et le transformer en hydroxyl.
Naturellement, ca existe ces molécules avce un OH en C3 donc on peut supposer que cette molécule peut encore avoir
des propriétés de signalisation.

Puis, il y a des oxydases aussi qui peuvent modifier la molécule par exemple inoxydé la chaine Acyl. On peut supposer
que la molécule va perde ou pas ces propriétés de signalisations.

Ça c’est uniquement des enzymes bactériennes.

Récemment, ici on a la diversité phylogénétique des bactéries qui produisent ces enzymes :

Les lactonases sont rose, les amidases en bleu et les oxydases et réductases en verts.

Ces enzymes qui modifient les AHLs ne sont pas cantonnées à un phylum particulier. On en trouve dans pas mal de
phylums. Évidemment, il y a des phylums où on n’en trouve pas parce qu’on n’a pas encore chercher.

Le phylum le plus documenté c’est le phylum des protéobactéries, c’est aussi le phylum où il y a le plus de producteurs
d’AHLs. On remarque aussi qu’il y a des enzymes qui n’ont pas d’affiliation précise parce qu’elles sont issus d’analyse
métagénomique. Récemment, il y en a 3 identifiées chez des archébactéries.

Parmi les individus chez qui on trouve des enzymes qui inactive les AHLs. Il y a au moins 2 espèces Agrobacterium
tumefaciens et P. aeruginosa qui sont de sproducteurs d’AHLs. Chez A. tumefaciens, il y a notamment 2 lactonases qui
ont été identifiés et chez P. aeruginosa, il y a 3 amidases identifiées.

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A quoi ça sert tous ces enzymes inactivant les AHLs chez les organismes qui les portent?

Quels sont les rôles écologiques de l’inactivation bactérienne des AHLs?

- Pour certaines elles sont capables de les utiliser comme source de carbone.
- Peut être que les bactéries qui inactivent les AHLs veulent se protéger de composés antimicrobiens dont la
biosynthèse est régulée par QS. Ça n’a jamais été formellement démontré.
- Pour les Bacillus qui ont le gène aiiA, l’hypothèse qui a été démontrée est que cette enzyme pourrait détoxifier
les composés dérivés des 3oxo-HSL. On va voir la publication :

Ici on a un dérivé oxo, la 3oxo, C12. Les chercheurs ont montré spontanément les composés de type oxo pouvaient se
réarranger. Il y avait « Path a » et « Path b ». ça donnait la molécule ci-dessous qu’ils ont appelé un acide tétramique.
Ce sont ces composés qu’ils ont testé pour leur activité cytotoxique. Ils ont mis cela en présence du composé 4 et de
l’AHL 2. Ils ont regardé à quelle concentration 50% de la population sont décimés.

Les Gram- ne sont pas du tout affectés par ces composés. Ce sont vraiment les dérivés formés à partir des oxo qui sont
toxiques puisque l’AHL en elle-même pas pour tous les Gram+, n’est pas toxique. Voilà d’où vient la proposition que les
Bacillus possèderaient cette enzyme pour détoxifier les oxo mais surtout les produits dérivés des oxo qui sont les acides
tétramiques.

Ils ont regardé à quelle concentration 50% … a été décimé. Ce sont vraiment les dérivés formés qui sont toxiques.

Pour pas mal d’enzymes listée sur l’arbre phylogénétique, l’inactivation des AHLs, on ne sait pas trop pourquoi elle se
fait mais on peut penser dans un certain cas que c’est une fonction secondaire de l’enzyme.

On peut citer 2 exemples présents dans l’arbre phylogénétique :

- chez Rhodococcus erythropolis, elle a une Lactonase qui s’appelle QsdA. On soupçonne que le rôle de cette
lactonase est dans le métabolisme des acides gras. AHLs et AG pas très éloigné au niveau structural. Ça pourrait
expliquer pourquoi ces enzymes sont aussi capables de prendre en charge les AHLs.
- Chez Streptomyces, ce sont des Acylases qui sont mis en évidence notamment l’Acylase AhlM. Cette Acylase
dégrade la pénicilline et accessoirement elle peut aussi inactiver les AHLs.

Elles font partis toutes les 2 des Actynobactéries.

Rôle écologique de l’inactivation des AHLs chez les bactéries productrices?

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Actuellement c’est connu chez 2 espèces. Abondamment étudié chez A. tumefaciens. Il y a 2 Lactonases chez A.
tumefaciens qui sont induites par les composés émis par la plante. Les chercheurs ont montré que ça contrôlait
l’accumulation des AHLs à un stade précoce de la tumeur. Les AHLs contrôle chez cette bactérie le transfert du plasmide
pTi. Ce transfert est empêché à un stade précoce de la tumeur et il se fait plutôt à des stades plus avancés du
développement de la tumeur comme si la bactérie était freiner pour ce transfert.

Le 2ème cas connu c’est P. aeruginosa où on a identifié 3 Amidases. C’est un peu plus obscur car il y a eu moins d’études
là-dessus mais il semblerait que ces Amidases semblent recycler les AHLs. Ce qui permet de dire cela, c’est que
Pseudomonas peut croître sur une AHL comme source de carbone et si on inactive 2 ou 3 Amidases, elle ne peut plus.
Donc ça doit être impliqué dans le recyclage des AHLs par contre le rôle précis dans la modulation de la virulence est
beaucoup moins clair. On peut supposer que si dans la cellule il y a des Amidases qui empêchent l’accumulation des
AHLs, la virulence est amoindri. Mais ça n’a pas été clairement établi.

On a parlé jusqu’à maintenant d’inactivation bactérienne des AHLs parce que c’est le plus documenté actuellement, et
les eucaryotes alors, est ce qu’ils sont capables d’inactiver les AHLs? Oui pour certains d’entre eux.

Capacité de certains eucaryotes à inactiver les AHLs

Chez les plantes, ça a été montré, les enzymes n’ont pas été forcément caractériser parce que ça s’avère plus compliqué
que prévus. Ce ne sont pas toutes les plantes mais certaines ont la capacité d’inactiver les AHLs.

Chez les mammifères, il y a une famille d’enzymes qu’on appelle les para oxolactonases qui ont d’autre rôle dans les
cellules de mammifères mais qui sont capables aussi d’inactiver les AHLs.

Voici un schéma qui montre les aspects qui peuvent compromettre la mise en place du QS :

On retrouve sur ce schéma différentes populations bactérienne, parmi ces populations, il y a des producteurs d’AHLs
(bleu), les exagones se sont les bactéries qui inactivent les AHLs par exemple les Bacillus. Il y en a qui sont capables
d’écouter au porte « eavesdropper », en gros ce sont les bactéries qui vont utiliser les AHLs produites par d’autres. En

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carré, ce sont les espèces qui vont constituer une barrière physique. Quand elles sont vertes, elles ont mises en place
leur QS.

Qu’est ce qu’on peut trouver comme phénomène?

- 1a = la diffusion è beaucoup limité chez les bactéries en biofilms.


- 1b = l’advection è emporte les signaux et empêcher certaines bactéries d’accumuler les signaux.

Ensuite, on avait parler de répartition spatiale de cellules :

- 2a = biofilm
- 2b = volume limité è les bactéries ne sont pas en biofilm mais le fait qu’elles soient en volume limité, ça peut
quand même leur permettre d’accumuler suffisamment de molécules et de mettre en place leur QS.
- 3a = phénomène d’inactivation è comme avec les Bacillus par exemple.
- 3b = phénomène de communication croisée è on a une population bactérienne qui produit des AHLs et une
autre espèce bactérienne isolée qui produit naturellement des AHLs. Mais si à côté, il y a des bactéries qui
produisent des signaux identiques, elle va pouvoir utiliser ces signaux. C’est ce qu’on appelle la communication
croisée.
- 3c = interception è les signaux sont intercepter par une espèce qui peut capter ces signaux et les utiliser.
- 3d = barrière à la diffusion è les AHLs ne peuvent pas diffuser donc elles ne peuvent pas atteindre les bactéries
de l’autre côté.
- 4 = composés de type QSI qui peuvent ici activer ou compromettre le QS des bactéries è « AHL mimic ».

Est-ce que les AHLs n’induiraient pas des phénotypes particulier chez les eucaryotes?

Chez des cellules de levures 3oxo,C12 ( AHLs produit par P. aeruginosa) empêche la filamentation de Candida albicans.
Chez les cellules de mammifères, il y a plusieurs études qui ont montré un effet immunomodulateur de 3oxo,C12
notamment une apoptose des neutrophiles et des macrophages.

Est-ce que 3oxo,C12 pourrait être ajouté à la batterie des facteurs de virulence comme étant un facteur de virulence à
proprement dit, puisqu’elle est capable d’induire un phénotype chez les cellules de mammifères.

Il y a plusieurs études qui ont montré les effets des AHLs sur les cellules végétales (voir TD).

Il y a quelques années, il a été montré que les AHLs avait un effet sur la mobilité des zoospores d’une algue. Les AHLs
pouvaient attirer les zoospores de l’algue et les chercheurs ont en déduis que les AHLs sont des indicateurs qui indiquent
un endroit propice pour l’attachement propice des zoospores.

Ces AHLs, est ce qu’elles sont entendus par les bactéries uniquement? La réponse est non. Est-ce qu’ils sont
uniquement destinés aux bactéries? On peut encore se poser la question.

Il n’y a pas que les AHLs comme signal bactérien. Voici d’autres signaux mise en évidence chez les Gram- :

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- DKP è Ils ont 2 noms : les Diketopiperazine mais on les appelle aussi les Dipeptides cyclique. Ce sont des
signaux mis en évidence chez Pseudomonas.
- PQS è Pseudomonas Quinolone Signal. C’est une molécule imbriquée au niveau régulation avec des systèmes
Las et des systèmes rhl.
- DSF et PAME sont des molécules volatiles qui sont spécifiques d’une espèce particulière. DSF mis en évidence
chez Xanthomonas campestris et chez un autre phyotpathogène, il y a un esther d’acide gras PAME qui est aussi
impliqué dans les phénomènes de QS. Ces molécules signal contribuent à réguler les fonctions de virulence.
- Une autre molécule, AI-2 parce que AI-1 c’est l’AHL et AI-2 c’est le 2ème autoinducteur mise en évidence
historiquement et avant de connaitre sa structure, on l’a appelé AI-2. C’est une famille de molécule et ici on a un
représentant. Ce type de molécule a été identifié chez des Gram- et Gram+. C’est un langage interbactéries par
excellence.

Ici on a la voie de biosynthèse de AI-2 et au dessus, on a la voie de biosynthèse des AHLs :

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Les 2 voies ont un même précurseur qui est la S-Adénosyl Méthionine (SAM). Toutes les bactéries chez qui ont a mis en
évidence AI-2, ont dans leur génome le gène luxS dont l’enzyme converti la S-Ribosyl Homocystéine (SRH) en DPD. Le
LuxS forme le précurseur de AI-2. Dans le génome de certaines bactéries Gram+ ou Gram-, on trouve luxS qui permet la
biosynthèse du précurseur de AI-2. Puis après il y a des réarrangements de molécules puis ça forme différents dérivés de
AI-2.

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Ce système LuxS/AI-2 a été analysé abondamment chez les Vibrio


notamment chez V. harveyi où il permet de réguler la bioluminescence
et chez V. cholerae où il permet de réguler la virulence.

Chez V. harveyi, le QS est un peu particulier. On trouve 2 signaux : une


AHL et AI-2. Une autre particularité c’est que l’AHL synthase ce n’est
pas une protéine de type LuxI, ici on a une AHL synthase de la famille
LuxL donc c‘est une AHL synthase atypique. L’AHL est reconnue par un
récepteur membranaire qui est LuxN qui est visible ici.

Il y a synthèse de la molécule d’AI-2 et cette molécule est reconnue


par un récepteur qui cette fois-ci est périplasmique qui s’appelle LuxP.
Ce LuxP interagit avec une histidine kinase membranaire qui est LuxQ.
Ces protéines s’appellent Lux car le phénotype final c’est aussi la
bioluminescence.

On a des histidines kinases membranaire donc ce sont des systèmes à


2 composants. Il y a un système phosphorylé LuxU et LuxO qui vont
intégrer les différents signaux.

A faible concentration en signal, les récepteurs LuxP et LuxN vont


initier la phosphorylation de LuxU et LuxO, cela va empêcher la
traduction de LuxR. LuxR étant le régulateur principale. Donc pas de
bioluminescence.

A forte concentration de signaux, le flux de phosphate est inversé


c'est-à-dire qu’on a peu de LuxO phosphorylé et donc on aura une
forte concentration de LuxR et donc activation des gènes cibles.

Ça c’est pour montrer les particularités du QS chez V. harveyi et que


dans ce cas là, AI-2, on a bien trouvé sa fonction de signal.

Ici on a un tableau montrant les genres bactériens chez lesquels on a


démontré la présence de LuxS, c’est la protéine indispensable pour la
synthèse du précurseur de AI-2 :

Ce tableau nous montre, quand elles sont connues, les fonctions régulées par LuxS. Quand ça a été démontré, on
retrouve les gènes régulés par LuxS. Et donc mise à part les cas de Vibrio, cas de V. harveyi c’est le cas de la
bioluminescence et dans le cas de V. cholerae c’est la production de toxine qui est régulée par LuxS.

Pour les autres, ce n’est pas encore excessivement clair ce qui est régulée. Dans le cas de Salmonella typhimurium, le
système de gène régulé par cette molécule c’est tout simplement un système de transport de cette molécule.

Chez des E. coli, il y a pas mal qui ont été fait notamment des études sur puce à ADN et donc on a des phénotypes
régulés par LuxS. Mais ce qu’il faut retenir de ce tableau, à part pour les 2 Vibrio où ça reste une preuve formelle, pour
les autres, ça reste dans le flou.

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Pourquoi on reste dans le flou, on va traiter un exemple qui est celui de Salmonella typhimurium. Ici on a un phénotype
qui est la formation de biofilms qui est mesuré avec du cristal violet et après on mesure la quantité de cristal violet qui a
pénétré dans la cellule par absorbance.

Sur ce graphique, on a 3 chose, le sauvage,


un mutant LuxS et un mutant LuxS
complémenté avec le gène LuxS.

Pour chaque souche, on a 2 conditions, on


a une condition sans DPD qui est le
précurseur de AI-2 et une condition où on
ajoute le DPD.

1ère observation, le mutant LuxS est


fortement affecté dans sa capacité à
former un biofilm.

Quand on complémente le mutant avec le


gène qui est muté, on restaure le
phénotype.

Ce qui est très intéressant, quand on


apporte la molécule précurseur du signal, il
ne se passe rien.

Quand un mutant LuxS est affecté dans la formation de biofilms, le phénotype ne peut pas être restauré par l’addition
de DPD, précurseur de AI-2. Donc il est difficile de dire dans ces conditions que AI-2 régule la formation de biofilm chez
S. typhimurium. Comme la protéine LuxS joue un rôle dans une voie métabolique centrale, ce qu’on voit c’est peut être
les effets secondaire de cette voie métabolique mais pas un effet dû à un problème de signalisation bactérienne.

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Cf schéma sur la biosynthèse de AI-2 et des AHLs.

Un précurseur commun entre les HSL et AI-2, LuxS est une protéine qui permet de convertir S-ribosyl homocystéine en
DPD. Ce DPD étant le précurseur de AI-2.

Cette protéine LuxS a un rôle central dans la voie métabolique qui s’appelle AMC pour Activate Methyl Cycle ou cycle
d’activation du méthyl. Cette voie est importante parce qu’elle permet de retourner au départ et reformer de la S-
Adénosyl Méthionine (SAM). Quand la SAM donne son méthyl, elle se retrouve transformer en SAH ou S-Adénosyl
homocystéine. SAH est toxique pour les cellules bactériennes donc elles doivent s’en débarrasser rapidement. Pour s’en
débarrasser, il y a 2 voies possibles :

- Soit la voie PFS/LuxS qui était le cas pour toutes les bactéries du tableau précédant è à partir de la SAH, on
refait de la méthionine et ca repart dans le cycle.
- Pour les bactéries qui n’ont pas LuxS, il y a une 2ème voie possible en partant par une enzyme qui est la SAH
hydrolase.

On a la preuve que LuxS est une protéine intégrée dans un cycle métabolique. Il y a pas mal de chercheurs qui pensent
que AI-2 est présentée comme une molécule permettant un langage interspécifique. Peut être que pour certaines
phénotypes qu’on a observé, due à une mutation de LuxS, ce n’était pas un défaut de communication bactérienne mais
c’était due à une mutation sur une voie métabolique assez importante.

CONCLUSION

Le QS est bien plus qu’une notion de quorum, il ne suffit pas que les bactéries soit en densité suffisante pour que ça se
met à fonctionner.

On a tout un tas de facteurs qui affectent la biosynthèse des AHLs, système lié à la régulation des gènes dans la cellule
productrice. On a parlé de facteurs abiotiques et biotiques qui peuvent affecter l’accumulation des AHLs. On a aussi
parlé de composés perturbant la perception des AHLs qu’on a appelé QSI. Tout ca pour dire que le QS ne se met pas
aussi facilement en place que ce qui est dit sur papier.

2ème notion importante est qu’on a présenté la communication bactérienne comme une communication intraspécifique
mais pour une AHL donnée par exemple C6-HSL, ce n’est pas seulement la molécule utilisée par CVO26. Elle peut être
aussi la molécule favorite d’autres bactéries donc on peut avoir un phénomène croisé, dans ce cas là on parle de
communication interspécifique. Les signaux sembleraient perçus par des organismes eucaryotes.

La communication bactérienne par QS est devenue une nouvelle cible pour lutter contre les bactéries pathogènes. Peut
être que les nouveaux médicaments seront des médicaments qui ciblent la communication bactérienne.

Quelle est la diversité des molécules qui permettent cette communication bactérienne? On a vu un certain nombre :
des peptides chez Gram+, les AHLs chez les Gram- mais il y en a sûrement d’autres mais qu’elles n’ont pas encore été
mise en évidence.

4- Successions microbiennes
Ce qu’on entend par une succession microbienne, ce sont les microorganismes qui vont se succéder dans le temps. Il y a
2 aspects à cette succession : il y a un aspect physiologique c'est-à-dire il va y avoir une succession des activités
microbiennes et il va aussi y avoir un aspect lié croissance et à la prolifération puisqu’on va observer une succession de
populations microbiennes c'est-à-dire qu’une 1ère va se développer avec une activité métabolique particulière puis va
céder la place à une seconde puis une 3ème, etc.

Si on parle des activités proprement dite, s’il y a plusieurs activités microbiennes qui se succèdent, il y a un 1er qui va
exercer sa voie métabolique et il va produire un « déchet » qui va être utilisé par seconde microorganisme. Ça veut dire

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que si la 1ère n’agit pas, la 2ème ne pourra pas se développer dans un écosystème donné. On peut considérer qu’il y a une
interaction de type commensale ou mutualiste entre les différentes populations interdépendante les unes des autres.

Quand on parle de succession microbienne, il y a généralement deux notions qui sont assez connecté qui sont différente
l’une de l’autre :

- La 1ère notion c’est la notion de syntrophie è c’est une relation de type mutualiste établie lors d’une co-culture
de 2 espèces bactériennes puisque chaque espèce contribue au besoin nutritif de l’autre. Il n’y a pas vraiement
une succession puisqu’elles doivent se développer en même temps. Ça va être par exemple un élément qui est
essentiel au développement de l’autre. L’une produit quelque chose que l’autre ne peut pas sythétisé.

On fait une co-culture de Streptococcus faecalis et d’E. coli sur un milieu


contenant de l’arginine. On fait 2 témoins avec Streptococcus tout seul et E. coli
tout seul sur le même milieu. Normalement, individuellement les populations ne
vont pas se développer par contre en co-culture, elles vont se développer puisque
la population de S. faecalis est capable de réaliser la 1ère étape de transformation
de l’arginine en ornithine. Mais elle s’arrête là.

Ensuite E. coli est capable de réaliser la 2ème transformation qui est la


transformation de l’ornithine en putresine. La putresine est un composé
métabolisable pour les 2 bactéries.

C’est l’exemple le plus simple de syntrophie qui nous montre l’interdépendance


de 2 populations.

Voici deux exemples où des syntrophies sont mises en action : dans le système digestif des ruminants et dans les
sédiments de fond marins. Puis on a un 3ème exemple qui est la composteur anaérobie.

Dans le rumen de la vache, on a des polymères notamment de la cellulose qui sont pris en charge par des « primary
fermenting bacteria », des bactéries qui sont capables de dégrader de la cellulose. Ces bactéries par leur métabolisme
vont former des acides gras et des alcools qui vont être pris en charge par des bactéries « secondary fermenting
bacteria ». Ces bactéries vont former de l’hydrogène, du CO2 et puis des composés comme le formate par exemple.
Ensuite les méthanogènes vont rentrer en jeu et vont générer le méthane.

On a des composés comme le lactate qui est formé, et on a un D. vulgaris qui va générer du H2, du formate, CO2 et de
l’acétate. Ces composés sont prise en charge par un méthanogène Methanococcus maripaludis qui va générer le CH4.

D. vulgaris ne pourrait pas se développer si les « primary fermenting bacteria » n’avaient pas dégrader la cellulose et M.
maripaludis ne pourrait pas se développer si D. vulgaris n’a pas généré les différents métabolique. Ce qui apparait
comme déchet pour les D. vulgaris apparait comme substrat pour Methanococcus. On a une succion microbienne et une
syntrophie parce qu’on a une interdépendance des populations.

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- 2ème notion qui est un peu sous jacente c’est la notion de co-métabolisme. Quand un substrat est dégradé sans
qu’il soit utilisé comme source d’énergie. Ce substrat x ou y est pris en chargé, il va être transformé mais la
dégradation ne va pas aller jusqu’au bout. Ça veut dire qu’il faut un autre substrat qui va permettre la
croissance. On peut considérer cela comme une réaction enzymatique accidentelle c'est-à-dire que le substrat x
ou y est pris en charge, il est transformé et probablement que l’enzyme qui le transforme a une fonction 1ère qui
n’est pas celle-là. C’est fréquemment observé pour la dégradation de composés xénobiotiques notamment des
PCB, des pesticides et des herbicides. Si on a des communautés qui arrivent à dégrader complètement ces
composés récalcitrant, c’est parce qu’il y a intervention successive de microorganismes qui vont permettre au
final une dégradation complète du composé. Il va y avoir succession microbienne et au final un composé qui va
être dégradé même si telle population ne va réaliser qu’une petite modification et telle autre une autre
modification.
Donc co-métabolisme, on associe cela à une réaction métabolite accidentelle.

Exemple :

Ici on a une molécule de PCB. On a 2 populations d’Acinetobacter, il y a une 1ère population qui est capable de
transformer le 4-4’-dichlorobiphényl en un 1er composé qui est le 4-chlorobenzoate. On peut dire que les enzymes qui
font cette 1ère réaction n’ont pas été conçus pour dégrader cette molécule-là. Si cette souche P6 était toute seule, elle
s’arrêterait à cette transformation. Elle ne sera pas capable d’utiliser la molécule finie comme source d’énergie.

Mais il y a une 2ème qui s’appelle 4CB1, qui est capable de transformer le 4-chlorobenzoate en protochatechuate et il est
surtout capable d’ouvrir le cycle de ce composé. Une fois ouvert, ça peut entrer dans des voies métaboliques plus
classiques. Les enzymes qui réalise l’ouverture de ces cycles sont généralement ce qu’on appelle des dioxygénases.

La 1ère souche n’a pas ces enzymes donc elle ne peut pas couper le cycle. La 2ème ne peut pas faire la transformation en
4-chlorobenzoate. Il a à la fois la notion de syntrophie car il y a une interdépendance des 2 souches l’une avec l’autre et
il y a aussi une notion de co-métabolisme parce que les enzymes qui misent en œuvre sont capables de modifier ces

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substrats mais ce n’est pas leur fonction 1ère. Donc une fois à la fin, on arrive à un composé qui soit métabolisable pour
les 2 souches.

Ça c’était l’aspect succession des activité enzymatique. Si maintenant on s’attarde sur l’aspect populationnel.
La croissance microbienne, si on prend le cas du rumen, la 1ère population va dégrader la cellulose et puis au bout d’un
moment la cellulose va « mourir », ce qui n’est pas vraiment le cas dans la vache car elle broute constamment donc il y a
toujours un apport en cellulose. Dans cette croissance microbienne :

- Il y a utilisation de nutriments.
- Épuisement des nutriments.
- Accumulation de déchets toxiques donc on peut considérer donc on peut dire qu’il va y avoir mort d’une partie
des microorganismes.
- Développement d’autres microorganismes soit en utilisant les déchets de la 1ère, soit en utilisant les nutriments
relargués par la mort de la population précédente.

Un exemple, la décomposition de la matière organique dans le cas de la litière du pin :

Ici on a une échelle de temps au début en mois puis après en année. On a aussi les différentes couches de sols et
surtout, on a des populations de champignons qui interviennent dans la décomposition de cette matière organique.

On voit que les champignons, il y en a quand les aiguilles sont encore sur l’arbre et ils commencent même à dégrader la
matière. Ces champignons sont des Coniosporium (Co), ensuite les aiguilles vont tomber et on a d’autres populations qui
vont prendre le dessus. Une fois les aiguilles à terre, on va avoir 3 populations majoritaires les 3 premières années, on en
connait au moins 2 Helicome (He) et Trichoderma (Tr). Puis ensuite, on a des populations qui vont apparaitre beaucoup
plus tardivement qui sont des Pénicillium (Pe), Basidomycètes (Bo) et puis d’autres mycélium (Ms) qui n’ont pas été
identifié.

Là aussi il y a succession car il y a des métabolites qui sont formés au fur et à mesure. Les champignons qui se retrouvent
à la fin vont sûrement utiliser des métabolites qui sont formés par les précédents. C’est une succession très longue au
niveau du temps puisque ça dure pas mal d’années.

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La succession des populations peut aussi être dû outre cet aspect épuisement de nutriments, à une modification des
paramètres physico-chimique du milieu, par exemple j’ai une 1ère population qui va générer grâce à son métabolisme
une quantité de chaleur. C’est ce qui se passe dans un tas de composte.

Le composte c’est la décomposition


aérobie de composés organiques solides.

Il y a différentes phases en fonction du


temps. Il y a essentiellement 3 phases :

- la 1ère phase qui va durer


quelques semaines, c’est ce qu’on
appelle la phase mésophile où
essentiellement des organismes
mésophiles qui vont se développer. Ce
sont des composés facilement
assimilables qui vont être dégrader
(sucres, acides organiques, etc). Ça va
conduire à élever la température.
- Ensuite c’est une phase
thermophile qu’on va observer et qui va
durer quelques mois aussi. Thermophiles,
quand la température dépasse 40ᵒC. On
va avoir des organismes soit thermorésistants soit des thermophiles (=microorganismes qui se développent
uniquement à la chaleur). Dans un tas de composte, ca peut atteindre des températures supérieur à 60ᵒC, c’est
intéressant parce que ca va éliminer les pathogènes par contre il faut éviter que ça dépasse les 70 à 80ᵒC parce
que sinon la décomposition de déchets va être compromise. On est ici dans des organismes qui vont dégrader
des composés simples.
- Ensuite quand les composés simples vont être dégrader, on a ce qu’on appelle une phase de maturation où la
température va descendre. Ce sont essentiellement des champignons vont se dominer et ils vont dégrader des
polymères difficiles à dégrader, ça peut être de la cellulose, de la lignine, des molécules un peu récalcitrants.

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On a une succession microbienne qui est régit par la température et par la disponibilité en nutriment.

Ce qui peut aussi conditionner une succession microbienne c’est la disponibilité en oxygène éventuellement
l’appauvrissement en O2 et l’enrichissement en autre chose. C’est ce qu’on peut observer dans tous les phénomènes de
fermentation et de respirations anaérobies. C’est ce qui se passe dans la colonne de Winogradsky qui a travaillé sur les
milieux saturés en eau.

On prend une éprouvette dans laquelle on met de la boue, de l’eau d’étang et au fond de l’éprouvette on rajoute des
morceaux de papier pour un apport en cellulose, du carbonate de calcium et du sulfate de calcium. On recouvre avec un
film et on laisse près d’une fenêtre. Ce qu’on met en bas de l’éprouvette c’est pour initier la croissance des 1ère
population bactérienne.

Au bout de quelques semaines, dans le cylindre, il va se former un gradient d’O2 ( forte concentration en O2 en haut et
faible en bas) mais il va aussi se former un gradient de sulfure d’hydrogène (élevé en bas et faible en haut). On a des
anneaux de couleur qui témoignent le genre bactérien prédominant.

A la base de la colonne, les bactéries qui vont notamment dégrader la cellulose sont des Clostridium qui vont produire
des alcools et des acides organiques. Les déchets métaboliques de la 1ère sont pris en charge par des Sulfovibrio qui vont
utiliser ces composés comme source de carbone. Elles vont utiliser le sulfate de Ca et ça va générer du sulfure
d’hydrogène. Le sulfate de Ca, elles vont les utiliser comme accepteur final d’e- dans sa chaine respiratoire car il n’y a
pas d’O2 donc la respiration est anaérobie. A l’étage du dessus, les bactéries qui vont se développer aiment le H2S. Ces
bactéries sont par exemple des Chlorobium, des bactéries dites photosynthétique vertes. Elles vont utiliser le H2S, le CO2
qui est aussi produit par des Sulfovibrio. Le H2S va leur servir cette fois de donneur d’e-, avec ces composés et du CO2,
elles vont former de la matière organique (OM). Elles sont photosynthétiques donc la source d’énergie c’est la lumière.

A l’étage au dessus on a des bactéries qui vont fonctionner un petit peu pareil c'est-à-dire qu’elles vont utiliser le H2S, le
CO2 et la lumière mais cette fois-ci elles sont « purple ». Ce sont des Chromatium. La concentration en H2S commence à

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diminuer parce que c’est utiliser par les bactéries photosynthétiques. Donc d’autres bactéries vont se développer
notamment des Rhodomicrobium qui ne vont pas utiliser le H2S mais qui vont utiliser des composés organiques formés
par les précédentes : des acides organiques, de l’éthanol et du CO2 pour fabriquer leur matière organique. Elles sont
toujours photosynthétiques.

Au dessus on a généralement des cyanobactéries ou des algues ou les 2. Ce sont des bactéries qui vont utiliser le CO2
fabriqué par les autres. Elles ont aussi besoin de lumières pour fonctionner et elles vont générer de l’O2. Voilà pourquoi
en haut de la colonne, on a une forte concentration en oxygène.

On va mentionner des choses pour lesquelles des successions microbiennes interviennent et notamment des
successions qui vont mettre en place des réactions de fermentations et d’acidification :

Fermentation/acidification
Quand les agriculteurs font de l’ensilage, ils font intervenir des microorganismes. C’est ce qu’on retrouve à la campagne
avec des bâches au dessus. Sous ces bâches, on a des maïs, des tournesols, etc. qui sont fermentés et qui vont donner
plus tard comme aliment pour le bétail. Il y a généralement une fermentation plutôt de type lactique qui fait intervenir
les Lactobacillus et puis c’est généralement suivi par une fermentation acétique. Tout ça se fait en anaérobiose si on
veut générer une fermentation.

Il y a aussi beaucoup de ce genre de procédés en agroalimentaire. Exemple la production de Kéfir qui fait intervenir les
levures et les bactéries lactiques.

Le cacao est fermenté naturellement. Dans les cabosses, on trouve des fèves de cacao qui sont englués dans une espèce
de pulpe. Les gens récoltes la cabosse, les ouvre et les laissent fermentés. Les fèves de cacao sont fermentés avec la
microflore présente dans cette pulpe de cabosse. Ce sont essentiellement des levures et des bactéries lactiques. Ça se
produit pendant plusieurs jours où on a des successions qui font intervenir des levures et des bactéries lactiques. Ensuite
les fèves de cacao sont nettoyés et torréfiés donc les éventuelle microorganismes qui sont restés vont être éliminés.

Un autre exemple de succession microbienne, c’est ce qui se passe dans le vin :

Ici on a le temps post récolte, on commence le 15 sept et ça va s’agrémenter de semaine en semaine, ça va jusqu’en fin
novembre. On a suivi ce qui se passe dans une cuve. On a ici les effectifs microbiens.

En vert, on a les effectifs en levures, elles prennent le dessus tout de suite, c’est normale parce qu’elles sont
responsables de la fermentation alcoolique et pour avoir un bon vin, vaut mieux que ce soit cette fermentation qui se
passe en 1er. Donc là on transforme les glucides simples des raisins en alcool. Ça c’est durant les 2-3 premières semaines.

Pendant ce temps-là, on a généralement les autres levures (Saccharomyces) et les bactéries qui ne fermentent pas. Au
bout de 3 semaines, on a une autre population qui va prendre le dessus, ce sont les bactéries en bleu et qui vont réaliser
la fermentation malolactique. Puis en fin de parcours, on peut avoir aussi une petite augmentation de bactéries
acétiques. Évidemment, il n’en faut pas trop parce qu’on risque d’obtenir du vinaigre à la place du vin. Surtout si ca
arrive tôt dans le processus.

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On a un exemple d’équilibre de population microbienne assez fragile mais on a aussi une succession microbienne des
populations et des activités.

Transformation complexe
Le Roquefort
On a aussi un succession microbienne dans l’élaboration du fromage où là généralement, les acteurs qui rentrent en jeu
sont des bactéries lactiques et des moisissures. Si on prend l’exemple du Roquefort, c’est fabriqué à partir du lait de
brebis. Dans ce lait de brebis, on trouve des bactéries lactiques principalement Lactococcus lactis et Leuconostoc
mesenteroides. Ce sont ces bactéries qui vont se développer en 1er lieu jusqu’à une concentration totale proche d’1
milliard de germes/mL.

Ces bactéries lactiques vont acidifier le milieu par la production d’acide lactique qui va cailler le lait et le transformer en
fromage. Au passage, l’acide lactique limite la croissance de microorganismes indésirables. Ces bactéries lactiques
produisent aussi de l’éthanol et de l’acide acétique qui vont permettre ensuite la croissance du champignon en
l’occurrence ici Penicillium roqueforti. Lui, il arrive dans un 2ème temps.

Puis Leuconostoc, produit aussi du CO2 qui va reste dans le Roquefort et c’est pour cela qu’il va y avoir des trous.

La choucroute
La fermentation est généralement initiée par des coliformes, des Klebsiella, des entérobacteries notamment
Enterobacter cloacacae. Ça va acidifier. Ensuite l’acidification permet le développement de Leuconostoc qui est une
bactérie lactique et ces Leuconostoc vont remplacer les coliformes et vont continuer l’acidification par la production
cette fois-ci d’acide lactique. Ensuite ce sont les Lactobacillus, d’autres bactéries lactiques qui vont remplacer les

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Leuconostoc. On a ici une succession de 3 populations : des entérobactéries, des Leuconostoc et des Lactobacillus qui
chacune va permettre le développement de la suivante.

Les successions microbiennes sont aussi responsables de transformation un peu plus complexe et indésirable par
exemple l’altération des fruits via des phénomènes de moisissures, l’altération du lait est due à des successions
microbiennes. Pour ces transformations indésirable, les enzymes qui rentrent en jeu sont des enzymes de types
protéolytiques qui vont dégrader les protéines et des enzymes de types lipolytiques qui vont être capables de dégrader
les lipides. C’est le cas pour la fermentation du lait.

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