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MINI-SYNTHÈSE

médecine/sciences 1999 ; 15 : 701-5

Protéome et analyse protéomique :


de nouveaux concepts pour de nouveaux champs
d’applications biomédicales

e terme de protéome, proposé en domaine d’étude à part entière, préhension des systèmes biolo-

L 1995 pour désigner l’ensemble


des produits fonctionnels expri-
més par un génome, atteste de la
comme l’est l’analyse génomique.
NL Anderson et NG Anderson défi-
nissent l’analyse protéomique
giques :
• les niveaux d’expression protéique
ne sont pas un simple reflet des
nécessité d’individualiser un comme « l’utilisation de la quantifi- niveaux d’expression des ARNm.
domaine nouveau promettant une cation au niveau de la protéine Ainsi, des études menées sur des
meilleure compréhension de la com- comme mesure objective de organismes eucaryotes montrent que,
plexité du fonctionnement cellulaire l’expression génique caractérisant même pour une population de gènes
à partir de l’expression protéique un processus biologique donné considérés comme relativement
globale [1, 2]. Ce concept a pu se (processus physiologique ou patho- homogènes en termes d’expression
développer grâce à l’évolution de logique, effets des médicaments, de des ARNm et de demi-vie des pro-
technologies nées dans les années l’environnement...) et comme téines codées, des variations significa-
1980 telles que l’électrophorèse bidi- moyen de décodage des mécanismes tives du niveau d’expression de
mensionnelle qui permet de séparer contrôlant cette expression » [4]. celles-ci peuvent être observées [4,
simultanément des centaines, voire L’analyse protéomique dans l’accep- 5] ;
des milliers, de polypeptides [3] et tion de cette définition, met l’accent • les protéines peuvent subir une
les méthodes de microcaractérisation sur une description dynamique de la série de modifications qui ne sont
des protéines. Cependant, il fallu régulation des gènes. Nous nous pas nécessairement identifiables à
attendre la fin des années 1990 pour proposons, après avoir précisé le partir de la seule séquence de leurs
que ces méthodes soient améliorées pourquoi et le comment du pro- gènes. Beaucoup de ces molécules ne
et associées de façon systématique, téome et de l’analyse protéomique, parviennent à leur forme biologique-
rendant possible l’analyse de de montrer à l’aide de quelques ment active qu’à la suite d’étapes de
l’expression protéique dans sa glo- exemples les potentialités de ces maturation co- et post-traduction-
balité pour une cellule, un tissu ou nouveaux concepts dans leurs appli- nelles telles que glycosylation, phos-
un organisme. La chimie des pro- cations biomédicales. phorylation, isoprénylation, désami-
téines a ainsi connu une évolution nation... Globalement, l’état de
– si ce n’est une révolution – passant Pourquoi étudier le protéome modification de l’ensemble des poly-
de l’analyse individuelle des pro- peptides qui constituent un système
téines à la caractérisation de masse à L’importance prise par l’analyse biologique donné représente une
partir d’un échantillon complexe. Il génomique engendre une somme information importante sur l’état de
faut souligner que les avancées dans croissante d’informations sur les ce système. En outre, l’ajout ou l’éli-
le décryptage du génome de diffé- séquences codantes à laquelle s’ajou- mination de groupements chimiques
rents organismes – en particulier le tent les données quantitatives por- sur la chaîne polypeptidique consti-
génome humain – au cours de ces tant sur l’expression des ARN messa- tue parfois un signal de ciblage que
mêmes années, ont grandement gers (ARNm). Prenant en compte l’étude de l’expression protéomique
facilité l’émergence du protéome. cette somme d’informations, on peut dans différents compartiments cellu-
Un autre terme – proteomics en se demander pourquoi des projets laires permettra de déchiffrer ;
anglais – dont l’équivalent français protéome techniquement complexes • l’analyse protéomique est dyna-
peut être analyse protéomique, est doivent s’y surajouter, et quelles mique. Le même génome peut ainsi
né a posteriori pour désigner un informations spécifiques en attendre conduire à différents protéomes en
concept dynamique et ambitieux. Le qui ne soient obtenues directement fonction des étapes du cycle cellu-
protéome représente une somme par l’étude génomique. Au moins laire ou de la différenciation, de la
statique de données – ce qui est éga- trois raisons peuvent être avancées réponse à des signaux biologiques ou
lement le cas du génome – alors que pour faire de l’analyse protéomique physiques, de l’état physiopatholo-
l’analyse protéomique est un une composante essentielle à la com- gique... Le protéome reflète les
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Figure 1. Stratégie de l’analyse pro-
1 - Étapes de préparation téomique. Schématiquement, la stra-
tégie de l’analyse protéomique peut
se décomposer en trois grandes
Cellules Tissus phases. 1. Au cours des étapes de
Extraction des protéines préparation, les protéines obtenues à
avec ou sans partir d’extraits tissulaires ou cellu-
sous fractionnement laires sont séparées par électropho-
rèse bidimensionnelle. Le gel est
généralement coloré par une
IEF suivie de SDS-PAGE méthode au nitrate d’argent. 2. Les
2-D-PAGE Coloration des polypeptides étapes analytiques peuvent être
variées. Une première approche
consiste, après numérisation du gel,
2 - Étapes d'analyse à analyser d’un point de vue qualita-
tif et quantitatif à l’aide de logiciels
d’analyse d’images spécialisés les
spots résolus. Cela conduit à l’obten-
tion des coordonnées (point isoélec-
trique et masse) des polypeptides
Numérisation du gel détectés, ainsi qu’à la détermination
- Analyse et comparaison à l'aide de logiciels appropriés
- Interrogation de banques de données 2-D de leur degré d’expression utilisant
des paramètres densitométriques de
volume, surface... L’interrogation de
banques de données telles que
Immuno gel
empreinte coloré SWISS 2D-PAGE peut aider à l’ana-
Excision des
lyse. La caractérisation de certains
spots d'intérêt polypeptides au moyen de méthodes
Spectométrie de masse immunochimiques (nécessitant au
- Microséquençage du N-terminal préalable un transfert des protéines
- Composition en acides aminés masse des du gel vers une matrice semi-rigide
polypeptides
ainsi que la détection par un anti-
corps spécifique) ne peut s’appliquer
que dans le cas d’un nombre limité
3-Analyse bio-informatique de protéines à analyser. Les spots
d’intérêt peuvent également être
Masse des polypeptides
excisés du gel ou de la matrice de
transfert et soumis à une dégrada-
Banques de séquences d'ADN
tion d’Edman visant à obtenir une
Banques de séquences de protéines
information sur la séquence amino-
terminale. Une détermination de la
Traduction ADN-protéines
composition globale en acides ami-
nés est également envisageable à
Banque de données de masses peptidiques produites cette étape. La spectrométrie de
à partir des règles de clivages enzymatiques spécifiques masse des peptides obtenus après
digestion par une endoprotéase tend
à s’imposer. 3. Une analyse bio-infor-
Identification de protéines candidates
matique permet, en étape finale, de
comparer la masse des peptides
obtenus en spectrométrie de masse,
aux cartes de masses théoriques des protéines répertoriées dans les banques de données (protéiques ou nucléoti-
diques). Un certain nombre de protéines candidates sont alors proposées. La corrélation avec d’autres données
(point isoélectrique, masse, séquence amino-terminale) permet de trancher entre les différentes possibilités.

répercussions de ces événements cel- Les outils de l’analyse protéomique grandes phases : des étapes de prépa-
lulaires au niveau tant traductionnel ration conduisant à la production de
que post-traductionnel. De ce point La stratégie de l’analyse protéomique gels d’électrophorèse bidimension-
de vue, seule une analyse protéique est résumée dans la figure 1. La nelle, puis d’analyse dans lesquelles
directe peut donner une image glo- méthodologie mise en œuvre au on peut inclure la caractérisation de
bale des systèmes biomoléculaires cours de cette analyse peut schémati- certains polypeptides au moyen de
dans leur complexité. quement être séparée en trois méthodes classiques de la chimie de
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protéines (immunodétection après niques analytiques et de la recherche une étape capitale. Pour se donner
transfert, microséquençage de spots dans des banques de données. Les les moyens de son ambition, l’analyse
excisés du gel...) ou spectromé- principales techniques analytiques protéomique doit se doter d’un
triques (spectrométrie de masse). utilisées sont la détermination de la nombre important de résultats expé-
Enfin, une analyse bio-informatique composition globale en acides ami- rimentaux regroupés dans des
à l’aide de logiciels spécialisés asso- nés, et surtout : banques de données ou serveurs,
ciée à la consultation des banques de – l’établissement de cartes de masses actuellement en cours de constitu-
données de séquences protéiques ou peptidiques par spectrométrie de tion et accessibles aux expérimenta-
nucléotidiques permettra d’identifier masse MALDI-TOF (matrix-assisted teurs via le multimédia. Les
les protéines candidates. laser desorption ionization time of flight). recherches de séquences connues
Lors des étapes de préparation, les La masse des peptides obtenus après utilisent généralement la banque
protéines solubilisées à partir de cel- digestion de la protéine par une SWISSPROT et la traduction de la
lules isolées ou de tissus sont sou- endoprotéase est comparée aux banque de séquences d’ADN de
mises à une séparation électrophoré- cartes de masses théoriques des pro- l’EMBL en séquences protéiques
tique selon deux dimensions. La téines répertoriées dans les banques (TrEMBL). Ces banques sont acces-
préparation/solubilisation de l’é- de données. Cette stratégie est sibles par http://expasy.proteome.
chantillon est jusqu’à aujourd’hui un actuellement une des plus largement org.au
facteur crucial et parfois limitant de explorées ;
cette étape [6]. L’électrophorèse – l’établissement de courtes séquences Utilisation de l’analyse protéomique
bidimensionnelle utilisée lors de la peptidiques terminales ou internes en biomédecine
séparation est une méthode déjà (tags) par séquençage suivant une
ancienne puisque sa description date méthode conventionnelle (dégrada- Les avancées de l’analyse protéo-
de 1975 [7], remise au goût du jour tion d’Edman...) ou spectrométrie de mique ont porté dans un premier
grâce à la commercialisation de gels masse (MS-MS). La présence d’un temps sur des organismes simples,
d’immobilines coulés sur un support nombre croissant de séquences géno- principalement procaryotes, compor-
rigide (gelbond). Les immobilines par miques dans les banques de données tant un nombre restreint de pro-
leur co-polymérisation avec l’acryla- rend possible une analyse systéma- téines et de modifications post-tra-
mide permettent d’établir un gra- tique des protéines séparées lors de ductionnelles. Mais aujourd’hui, le
dient de pH immobilisé pour la l’électrophorèse bidimensionnelle par pari majeur de cette analyse est le
première dimension rendant l’iso- détermination des séquences amino- développement de nouveaux champs
électrofocalisation des protéines ou carboxy-terminales [9]. Ainsi, la d’application dans le domaine bio-
extrêmement résolutive et reproduc- séquence des quatre résidus amino- médical. Le nombre de banques de
tible [3]. ou carboxy-terminaux conduisent à gels 2D consacrées aux cellules ou tis-
Les gels obtenus sont ensuite colorés, l’identification d’un unique polypep- sus humains (Tableau I) témoigne de
généralement par le nitrate d’argent, tide pour environ 80 % des protéines cet intérêt. Plusieurs de celles-ci ne se
puis numérisés, ce qui permet l’ana- humaines retrouvées dans les limitent pas à un inventaire des pro-
lyse des variations d’expression des banques. Les enchaînements plus fré- téines identifiées, mais fournissent
polypeptides à l’aide de logiciels spé- quents correspondent à des protéines des données comparatives sur les
cialisés. Dans la majorité des cas, une codées par des familles de gènes, prin- variations induites par la différencia-
identification directe des polypep- cipalement les antigènes d’histocom- tion cellulaire, l’action de cytokines,
tides observés et de leurs variations patibilité et les chaînes d’immunoglo- de molécules utilisées en chimiothé-
n’est pas envisageable. La détermina- bulines. Dans le cas ou ces séquences rapie... Parmi les domaines dans les-
tion, même précise, de leurs coor- terminales sont communes à un quels des analyses protéomiques sys-
données (en point isoélectrique et groupe de protéines, le point isoélec- tématiques sont en cours, on peut
masse) sur le gel ne peut être assimi- trique et la masse apparente détermi- citer : l’établissement de cartes des
lée à une méthode d’identification. nés lors de l’électrophorèse (éventuel- fluides biologiques à visée diagnos-
L’identification des protéines sépa- lement la masse réelle déterminée par tique, la recherche d’une vision glo-
rées par électrophorèse 2D est donc spectrométrie) permettent le plus bale des modifications induites par le
un problème central pour le projet souvent de trancher entre les diffé- vieillissement, par la tumorisation, ou
protéome [8]. Dans le cas d’études rentes possibilités. D’une façon géné- par l’action d’agents chimiques ou
ponctuelles portant sur un petit rale, le recoupement de plusieurs biologiques.
nombre de protéines connues, des informations (séquence de 3 à Les données concernant les fluides
approches telles que l’immunodétec- 6 acides aminés, localisation d’une biologiques sont principalement
tion après transfert, ou la co-migra- fenêtre comprenant la tache en élec- accessibles au travers de deux bases
tion avec un excès d’une protéine trophorèse 2D, espèce animale d’où de données : NIMH-NCI protein-
purifiée à partir du tissu peuvent provient l’échantillon) offre un maxi- disease database (PDD) et ExPAsY. La
s’appliquer. Mais dans le cadre des mum de sécurité pour l’identification base PDD vise à corréler les varia-
programmes plus ambitieux, les dif- d’un polypeptide. tions d’expression des protéines de
férentes stratégies d’identification Quelle que soit la stratégie choisie, l’inflammation aiguë dans le plasma
reposent sur le couplage de tech- l’analyse bio-informatique constitue et le liquide céphalorachidien avec
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Tableau I

BANQUES CONTENANT DES DONNÉES SUR LE PROTÉOME DE CELLULES OU TISSUS D’ORIGINE HUMAINE

Accès http Localisation Contenu de la banque

http://expasy.hcuge.ch/ch2d Université de Genève (Suisse) Plasma, LCR, foie, rein,


globules rouges, plaquettes,
hépatome,
lignées hématopoïétiques

http://www.univ-paris13.fr/biochim.htm Laboratoire de biochimie Bobigny Lignées hématopoïétiques


(France) et lymphoïdes : TF1,
K562, KG1a, HL60,
PRI, DG75

http://www.harefield.nthames.nhs.uk/ Heart science centre Harefield Cœur, cellules endothéliales


nhli/protein (Grande-Bretagne)

http://userpage.chemie.fu- German Heart Institute Berlin Cœur


berlin.de/~pleiss/dhzb.htlm (Allemagne)

http://www.mdc-berlin.de/~emu/ MDC, Berlin (Allemagne) Cœur


heart

http://www-pdd.ncifcrf.gov NIMH-NCI, PDD, Washington Plasma, LCR, urine


(États-Unis)

http://www.an1.gov/CMB/PMG Argonne University, Chicago Lignée cancer du sein


(États-Unis)

http://iupucbio1.iupui.edu/frankw/mol Molecular Anatomy Laboratory Plasma, foie


an.htm Columbus (États-Unis)

http://biobase.dk/cgi-bin/celis Danish Center for Human Genome, Kératinocytes, carcinomes


Aarhus (Danemark) prostatiques, urine, fibroblastes

http://www.tmig.or.jp/2D/2D-HOME. Metropolitan Institute of Fibroblastes (syndrome de


html gerontology, Tokyo (Japon) Werner)

http://www.ed.ac.uk/~nh/2D/PAGE.h University of Edinburgh Cellules souches


tml (Grande-Bretagne) hématopoïétiques

http://www.ludwig.edu.au/www/ Ludwig Institute for Cancer Research Placenta, lignées cellulaires


jpsl/jpslhome.html Melbourne (Australie) colorectales

http://www-lecb.ncifcrf.gov/ips- LECB, NCI-FCRDC, Frederick Méta-base regroupant des


databases.html (États-Unis) données issues de diverses
banques

différentes affections neurologiques. caractérisation des spots d’immuno- Genome Research (université
De nombreuses autres protéines des globulines, en particulier dans les d’Aarhus) recense des marqueurs
fluides biologiques ont été réperto- gammapathies monoclonales sont tumoraux pouvant servir de facteurs
riées par l’équipe de Denis F. réalisées par J.D. Tissot, au centre pronostiques dans le cancer de la
Hochstrasser à l’hôpital universitaire de transfusion sanguine de Lau- vessie [12]. La banque TMIG-
de Genève et sont accessibles via le sanne [11]. Parmi les données 2DPAGE, développée par l’institut
serveur ExPAsY/SWISS-2DPAGE concernant les protéines urinaires, de gérontologie de Tokyo est spécifi-
[10]. Des travaux portant sur la la base du Danish Centre for Human quement consacrée aux recherches
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sur le vieillissement, au travers de 13. Toda T, Kaji K, Kimura N. TMIG-
RÉFÉRENCES 2DPAGE : a new concept of two-dimensio-
l’étude du protéome des fibroblastes nal gel protein database. Electrophoresis
[13]. Par ailleurs, l’étude protéo- 1. Kahn P. From genome to proteome : loo- 1998 ; 19 : 344-8.
king at a cell’s proteins. Science 1995 ; 270 :
mique a permis récemment de 369-70.
mieux caractériser les effets induits 14. Hanash SM, Teichroew D. Mining the
2. Wilkins MR, Pasquali C, Appel RD, et al. human proteome : experience with the
par différents agents de l’activation From proteins to proteomes : large scale human lymphoid protein database. Electro-
cellulaire ou de la différenciation, protein identification by two-dimensional phoresis 1998 ; 19 : 2004-9.
en particulier sur des lignées héma- electrophoresis and amino acid analysis.
15. Lutomski D, Fouillit M, Bourin P, et al.
topoïétiques [14, 15]. Bio/Technology 1996 ; 14 : 61-5.
Externalization and binding of galectin-1
3. Görg A. Two-dimensional electrophore- on cell surface of K562 cells upon erythroid
Perspectives sis. Nature 1991 ; 349 : 545-6. differentiation. Glycobiology 1997 ; 7 : 1193-9.
4. Anderson NL, Anderson NG. Proteome 16. Boucherie H, Sagliocco F, Joubert R,
Les avancées futures de l’analyse pro- and proteomics : new technologies, new Maillet I, Labarre J, Perrot M. Two-dimen-
téomique seront étroitement liées à concepts, and new words. Electrophoresis sional gel protein database of Saccharomyces
1998 ; 19 : 1853-61. cerevisiae. Electrophoresis 1996 ; 17 : 1683-99.
l’approfondissement de la connais-
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Proteome analysis : biolological assay or data base (YPD) : a database for the complete
exemple des progrès réalisés dans archive ? Electrophoresis 1998 ; 19 : 1862-71. proteome of Saccharomyces cerevisiae. Nucleic
l’établissement du protéome d’un Acids Res 1997 ; 25 : 57-62.
6. Rabilloud T. Solubilization of proteins
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téome de Saccharomyces cerevisiae, 1996 ; 17 : 813-29.
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sance de son génome [16, 17]. La sion electrophoresis of proteins. J Biol Chem
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Raymonde Joubert-Caron
du génome humain, et par consé- 8. Wilkins MR, Gooley AA. Protein identifi-
quent des séquences polypeptidiques cation in proteome project. In : Wilkins MR,
Williams KL, Appel, RD Hochstrasser DF, Docteur ès sciences, ingénieur de
correspondantes, dans la prochaine
eds. Proteome Research : New Frontiers in Func- recherche, Université Paris 13.
décennie, constitue un point de tional Genomics. Berlin : Springer-Verlag,
départ pour les programmes pro- 1997 : 35-64.
téome appliqués au domaine médi- 9. Wilkins MR, Gasteiger E, Tonella L, et al.
Michel Caron
cal. Mais l’impact de ces programmes Protein identification with N and C-termi-
en biochimie et biologie fondamen- nal sequence tags in proteome projects. J Docteur ès sciences, maître de conférence,
tales est aussi important. De nou- Mol Biol 1998 ; 278 : 599-608. praticien hospitalier, Université Paris 13.
velles technologies de protéome dif- 10. Appel RD, Sanchez JC, Bairoch A, et al. Biochimie cellulaire des hémopathies lym-
férentiel devraient, par exemple, The SWISS-2DPAGE database of two-dimen-
sional polyacrylamide gel electrophoresis, phoïdes (EA 1625), UFR SMBH-Léo-
fournir une voie d’étude de la bio- its status in 1995. Nucleic Acids Res 1996 ; 24 : nard-de-Vinci, 74, rue Marcel-Cachin,
chimie des cellules cancéreuses avec 180-1. 93017 Bobigny Cedex, France.
un niveau de raffinement inenvisa- 11. Spertini F, Tissot JD, Dufour N, Francil- E-mail : caron@smbh.univ-paris13.fr
geable il y a quelques années. Un lon C, Frei PC. Role of two-dimensional
immense travail de caractérisation electrophoretic analysis in the diagnosis
fonctionnelle reste aussi à mener sur and characterization of IgD monoclonal
gammopathy. Allergy 1995 ; 50 : 664-70.
les protéines et particulièrement sur
leurs variants post-traductionnels mis 12. Rasmussen HH, Orntoft TF, Celis JE.
Towards a comprehensive database of pro- TIRÉS À PART
en évidence par l’approche protéo- teins from the urine of patients with blad-
mique ■ der cancer. J Urol 1996 ; 155 : 2113-9. M. Caron.

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