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Covid-19 ou la chronique d’une émergence annoncée

Une conférence du Professeur Philippe Sansonetti (58 min.)


Amphithéâtre Marguerite de Navarre
16 mars 2020
www.college-de-france.fr/site/actualites/Covid-19ChroniqueEmergenceAnnoncee.htm

Le Pr Philippe Sansonetti est titulaire de la chaire Microbiologie et maladies infectieuses au Collège de


France.

 Introduction [00:25]
 « On croit difficilement aux fléaux lorsqu’ils vous tombent sur la terre... » (A. Camus, La Peste, 1947)
 Le Covid-10 est un fléau ; son évolution est entre nos mains.
 Troisième émergence d’un coronavirus en moins de 20 ans (le SARS en 2003, le MERS en 2012, le
COVID-19 en 2020).
 Rien n’a été fait, après chacun de ces épisodes, en termes de thérapeutique et de vaccin pour prévoir
l’émergence suivante.
 Charles Nicolle anticipait les phénomènes d’émergence qui allaient survenir au XXe et XXIe s.,
lorsqu’il déclare : « La connaissance des maladies infectieuses enseignent aux hommes qu’ils sont frères et solidaires »
(Le Destin des maladies infectieuses, 1933).

 Développement
 Qu’est-ce qu’un coronavirus ? [03:35]
 Les coronavirus forment une immense famille de virus ; virus à ARN simple brin positif ; l’ARN est
traduit directement en protéines qui vont fournir toute l’ingénieurerie de multiplication du virus.
 Une très grande famille dans laquelle nous vivons en permanence.
 Les coronavirus Alpha sont présents chez l’homme et sont la cause assez fréquente chez les enfants
de maladies respiratoires bénignes ou de diarrhées.
 Les Béta sont plutôt adaptés aux mammifères, en particulier à la chauve-souris, grand réservoir de
ces virus, et assez peu adaptés à l’homme ; aussi, quand ils passent à l’homme, ils peuvent occasionner
des dégâts (des collisions) liés à leur inadaptation à leur hôte et vice-versa.
 Zoonose : « maladie infectieuse transmissible, dans les conditions naturelles, des animaux vertébrés
à l’homme, et inversement » (Méd. Biol., t. 3, 1972) = saut d’espèces.
 Les Gamma et les Delta vivent chez les oiseaux et les poissons ; ceux-là, pour l’instant, ne nous ont
pas concernés en matière d’émergence.

 Le progrès dans le diagnostic des virus émergents [05:09]


 Il y a quelque chose de positif dans la crise actuelle, c’est la rapidité extraordinaire (très inhabituelle)
du diagnostic moléculaire de la maladie (du détectage de l’épidémie) par séquençage profond (NGS).
 Les médecins ont noté la survenue de cas un peu bizarres de pneumopathie, avec des cas relativement
déjà graves.
 Il y a une dizaine d’années, le dépistage aurait pris des semaines, voire des mois.
 Là, cet ARN étranger a été identifié en quelques jours, voire quelques heures, grâce au progrès du
séquençage profond et de la bio-informatique.
 Cette identification a ensuite permis de développer des études épidémiologiques.
 Il a fallu des mois, voire des années, pour identifier le virus du Sida, il y a 30 ans, dans la mesure où
l’on devait passer par des méthodes classiques de virologie (isolement/culture).
 Ici, le diagnostic moléculaire a révolutionné la situation.
 Et malgré des retards initiaux, liés à la prise de conscience et à la communication sur cette épidémie,
on peut rendre hommage aux collègues médecins et biologistes chinois.

 Extension pandémique du covid-19. [07:18]


 Le 14 mars : l’épidémie concerne 123 pays : 145.000 cas, 4.026 décès ; en France : 5.000 cas, 120
décès. [Le 24 avril : situation dans le monde : 2.761.121 personnes infectées ; 193.671 décès.]
 On est passé de clusters à une situation épidémique sur l’ensemble du territoire français ; le virus
circule ; les frontières entre les pays sont effacées.
 Sur la carte proposée par le Coronavirus Resource Center de la John Hopkins
University (https://coronavirus.jhu.edu/map.html) : les boules rouges montrent les zones actives de
la pandémie ; on note une ceinture qui correspond aux latitudes européennes ; pour l’instant,
curieusement, assez peu de cas dans les pays du sud, dans les zones intertropicales ; cela a-t-il un
rapport avec le climat ? ; il y a probablement d’autres raisons qui ne sont pas tout à fait claires.

COVID-19 Dashboard by the Center for Systems Science and Engineering (CSSE) at Johns Hopkins
University (JHU)

 Paramètres de l’épidémie de Covid-19. [09:36]


 Quels sont les paramètres de cette épidémie ?
 D’abord, le R0 (taux de reproduction de base) : entre 2 et 3 ; c’est-à-dire le nombre d’individus
infectés par un cas index ; donc, une maladie assez active.
 Grippe espagnole (1918) : R0 = 2/3 ; tuberculose : R0 = 10 ; rougeole : R0 = 10/18.
 Durée d’incubation : 5/6 jours.
 Intervalle intergénérationnel court : 4,4 à 5,7 jours ; temps qui se passe entre l’infection et la capacité
d’infecter ; patient contagieux dès le début de la maladie.
 Pic de virémie : dès la fin de la période d’incubation.
 Taux d’attaque élevé sur la population immunologiquement naïve (supérieur à la grippe saisonnière) :
nombre d’individus nouvellement infectés par rapport à l’ensemble de la population naïve.
 Durée moyenne d’hospitalisation : 11 jours ; ce qui est long, et donc cette épidémie fait peser une
menace sur notre système de santé.
 Donc, une maladie qui a un fort potentiel épidémique avec une mise en tension majeure du système
de santé, ce qui a amené à une stratégie d’atténuation décidée par le gouvernement.

 Le taux de mortalité. [13:55]


 Le taux est relativement faible : de l’ordre de 1 à 2% ; la grippe de 0,1% ; ce taux est plus élevé dans
les périodes d’accélération de l’épidémie.

 Le cycle de réplication des virus SARS-CoV. [16:16]


 On peut diviser le génome en deux parties : un grand transcrit unique codant 16 protéines non
structurales (NSP) maturées par protéase = réplication virale ; et 4 gènes dont les transcrits sont
indépendants qui codent des protéines à la surface du virus

The life cycle of SARS-CoV and MERS-CoV in host cells. (www.mdpi.com)

 Le SARS-Cov-2 phylogéniquement très proche du SARS-Cov-1 (2003) [18:25]


 Le SARS-Cov-2 et le SARS-Cov-1 sont très proches.
 COVID 19 : nom de la maladie ; SARS-Cov-2 : nom du virus (OMS).
 Une identité importante avec les virus transportés par les chauves-souris qui s’avèrent être le réservoir
primaire du coronavirus.
 Le MERS (péninsule arabique, 2012).
 On est, après les deux précédentes épidémies, dans un domaine connu ; un certain nombre de
progrès, dans la prise en charge de ces maladies, peuvent être appliqués.
 Le Covid-19 est un cas d’école d’émergence infectieuse due à un saut d’espèce ; zoonose = 65% des
émergences infectieuses ; depuis des dizaines d’années, on assiste à ces survenues de zoonoses, en
particulier dans les régions tropicales (Ebola) ; ce sont des virus qui sont adaptés à des espèces animales
qui vont passer dans l’espèce humaine.
 Plusieurs scénarios :
1) ce virus qui passe d’une espèce à l’autre est mal adapté à l’espèce humaine et a peu de capacité de
muter ; ça va donc donner une infection avortée ; l’adaptation est mauvaise et la capacité adaptative
mauvaise, et donc, par définition, pas de transmission interhumaine ; mais, il y a des cas où le virus est
mal adapté mais donne tout de même une maladie, éventuellement grave ; par exemple la grippe
aviaire, H1N1, qui a donné très peu de cas ; il y a eu transmission directe de l’oiseau à l’homme, mais
ces cas ont été très violents avec une mortalité élevée, de l’ordre de 60% ; cette situation abortive peut
s’accompagner pour les individus d’une problématique sévère.
2) d’autres virus sont mieux adaptés d’emblée à ce transfert mammifère-homme et ont une ARN
polymérase : l’enzyme qui réplique ce brin d’ARN n’est pas fidèle, fait beaucoup d’erreurs qui vont
générer des mutations, lesquelles vont augmenter l’adaptabilité du virus ; le SARC-Cov-2 a eu la
capacité de passer facilement de la chauve-souris à un animal intermédiaire, puis à l’homme ; c’est
aussi le cas du MERS-CoV.

 Éco-pathologie des Beta Coronavirus [24:35]


 Le réservoir naturel, c’est la chauve-souris (Corona, Ebola) ; lorsque les chauves-souris entrent en
contact avec des animaux susceptibles de subir ce saut d’espèces et de répliquer ce virus, on va créer
une zone de risques autour de l’homme.
 L’animal intermédiaire, dans le SARS 2003, c’est la civette palmée ; dans le cas du MERS, le
chameau ; pour Ebola, le grand singe ; et pour le Nipah, le porc domestique ; pour le SRAS-CoV-2,
on pense que c’est le pangolin.
 Il y a trafic de ces animaux : un million de pangolins passent de l’Afrique en Asie ; les peuples d’Asie
sont très friands de la viande de ces animaux et de leurs écailles ; les maladies émergentes sont le
fait de comportements humains ; 70% des marchands de civettes sont séropositifs au coronavirus ;
il y a partout, sur le globe, des zones de passage de sauts d’espèces permanents, et tout à coup le virus
est parfaitement adapté au passage ; nous sommes menacés par ces maladies émergentes en
permanence.

 ANTHROPOCÈNE et maladies infectieuses émergentes [28:35]


 Ces maladies émergentes sont exclusivement des maladies de l’anthropocène qui sont liées
à la prise en mains de la planète par l’homme et à son empreinte sur la planète ; ce qui est
valable pour le climat et l’environnement est tout aussi valable pour les maladies infectieuses, en
particulier émergentes.
 Il y a une histoire à 3 épisodes :
1) épisode (accidentel) d’infection d’un nouvel hôte sans transmission secondaire ; notion de « spill
over » (débordement) et de « dead end » (impasse infectieuse) : accidents de sauts d’espèces.
2) débordements successifs donnant lieu à une chaîne locale/limitée de transmission dans la nouvelle
population touchée ; l’épidémie potentielle s’éteint spontanément ; notion d’« outbreak » (flambée) :
l’accidents de saut d’espèce peut devenir débordement (l’homme est infecté et transmet à d’autres).
3) l’épidémie s’installe, voire se transforme en pandémie du fait d’une transmission très efficace au
sein de la nouvelle population hôte : explosion du fait des transports intercontinentaux.
 Il faut comparer la carte aux ronds rouges de l’université Hopkins et la carte ci-dessous des transports
aériens ; la ceinture rouge qui correspond à nos latitudes, que ce soit au nord ou au sud, recoupe celle
de la carte des transports aériens internationaux ; ça se recouvre à 100% ; on voit bien quel est le rôle
des transports aériens intercontinentaux dans la transmission, l’expansion de ces maladies qui
deviennent des pandémies ; en 2019, le nombre de passages aériens était de 4 milliards.

26 June 2009, Jpatokal.

 Zoonose = agriculture/élevage intensif = modifications écologiques, chamboulement des


écosystèmes, climat.
 Capture d’animaux sauvages (besoins/habitudes alimentaires).
 Amplification par échanges nationaux/internationaux).

 Éco-pathologie des Beta Coronavirus [31:03]


 Le récepteur du SARS-CoV-1 et 2 est une enzyme (accrochée à la surface des cellules, en particulier
des cellules pulmonaires, mais il y a des possibilités de liaison à plusieurs tissus de l’organisme (foie,
rein, intestin) ; il est étonnant qu’un virus ait sélectionné comme récepteur une enzyme de conversion
angiotensine 2 (ACE2) ; cela permet l’invasion cellulaire.

 SRAS-CoV-2 : pathogénicité, réponse immunitaire [33:41]


 Transmission : gouttelettes nasales et mains.
 Signes systémiques : inflammation.
 Ce qui fait la gravité de cette maladie, c’est la survenue de pneumopathie, éventuellement sévère,
mais aussi, dans une forme ultime, le Syndrome de Détresse Respiratoire Aigu (SDRA), observé chez
des sujets plutôt âgés, des sujets avec comorbidités : diabète, hypertension, insuffisance cardio-
respiratoire, immunosuppression.
 Est concerné par ce virus la barrière alvéolocapillaire, c’est-à-dire la zone d’échange d’oxygène entre
les hématies, qui sont dans les capillaires des poumons, et les cellules de l’alvéole pulmonaire, lesquelles
assurent cette diffusion d’oxygène à partir de l’air inspiré ; si ce système est altéré, on observe des
problèmes fonctionnels respiratoires qui vont éventuellement nécessiter la réanimation.
 Il y a d’autres formes chez des sujets plus jeunes, des SDRA survenant tard chez des sujets qui
semblent en guérison ; il y a peut-être un phénomène lié à la réponse immunitaire ; cette maladie n’en
a pas fini de nous surprendre ; néanmoins, dans la grande majorité des cas, y compris dans les formes
graves, les sujets sont pris en charge et reviennent à la normale sans assistance respiratoire.
 Ce virus est assez vicieux, et c’est peut-être ça qui fait sa difficulté : il a tendance à annihiler les
réponses immunitaires innées et adaptatives ; on ne comprend pas pourquoi ; où a-t-il appris à faire
ça ? probablement chez les chauves-souris.

 Avenir de l’épidémie de Covid-19 est entre nos mains [41 :23]


 On dispose pour l’instant de 2 armes : la prévention et les traitements symptomatiques des formes
graves.
 La prévention actuelle : distanciation sociale + confinement + hygiène individuelle (hygiène des
mains) ; l’immense majorité des contaminations se fait par les mains ; le danger n’est pas seulement du
fait d’avoir touché les mains d’une personne contaminée : ce virus a une certaine résilience sur les
surfaces abiotiques.
 Objectif : écraser le pic épidémique et préserver notre système sanitaire.

 Impact des mesures de contrôle [47:52]


 Nos autorités sanitaires sont en face de 3 options principales :
1) plus il y aura d’individus infectés, mieux ça vaudra, car la population s’immunisera, et on va voir la
fin naturelle de l’épidémie ; une équation affirme que si 60% de la population était infectée, l’épidémie
s’arrêterait du fait de l’impossibilité pour le virus de circuler dans la collectivité ; cela durerait quelques
semaines (épidémie brutale), mais le coût, sous forme de cas graves, serait ahurissant ; le système de
santé serait débordé.
2) l’approche opposée, c’est celle des Chinois : isolement massif des villes et des individus, avec un
contrôle agressif de la maladie, ; le risque c’est que si l’épidémie a fait peu d’infections, la population
demeure naïve au virus ; les individus sont sujets à un retour du virus ; d’où la nécessité absolue d’un
vaccin ; risque de résurgence.
3) la distanciation sociale pour écraser le pic ; option intermédiaire.

 Nécessité urgente de traitement, particulièrement antiviraux [51:23]


 4 choses indispensables : la prévention, la nécessité de trouver des traitements antiviraux pour réduire
la masse virale chez les individus, la nécessité de mieux comprendre rapidement et de faire des essais
thérapeutiques (SDRA), la nécessité d’un vaccin.
 Des traitements antiviraux pour le SARS, on n’en a pas ; il y a des antiVIH qui sont en cours d’études
cliniques.
 L’idéal serait une molécule active sur le SARS-CoV-2, mais aussi, CoV-3, 4, etc., car ces maladies
font partie du contingent des maladies émergentes de demain.
 Il faut absolument que l’on sorte de cette épidémie avec des traitement efficaces sur les coronavirus
et, un vaccin efficace sur celui-ci au moins, mais qui permettrait également d’ajuster le tir pour les
suivants (comme c’est le cas pour la grippe saisonnière).

 Nécessité urgente d’un vaccin [54:14]


 La conception, la mise au point, la recherche et développement, la validation, les études cliniques, et
les aspects de sécurité : il faut entre 8 et 12 ans.
 Mais, les capacités d’identification de nouvelles cibles vaccinales ont beaucoup évolué : on a déjà des
vaccins candidats disponibles : TOUT CELA PRENDRA AU MOINS UNE ANNÉE ET NE
PERMETTRAIT QUE DE GÉRER LES REBONDS, LES ÉTAPES FINALES.
 Les guerres modernes ce sont les maladies émergentes : notre destin est entre nos mains.

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