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Enzymologie: Généralités

Introduction
• Les organismes vivants sont le siège d'un grand nombre de réactions
biochimiques très diverses.
• Ces réactions s'effectuent dans des conditions «douces» où,
normalement, elles seraient très lentes.
• Si elles ont lieu, c'est parce qu'elles sont catalysées par des
macromolécules biologiques : les enzymes
Le mécanisme de base de la catalyse enzymatique

• L’enzyme accélère la réaction sans modifier l’état d’équilibre


• Les enzymes abaissent l’énergie d’activation de la réaction, les rendant ainsi
possible à la température de l’organisme,
• La première étape implique la formation d’un complexe enzyme-substrat
• Il y a spécificité de substrat par des interactions/adaptation réciproque par
des liaisons de faibles énergies
• Transformation du substrat en produit, libéré avec l’enzyme
• L'énergie d'activation ou l'énergie libre d'activation est l'énergie qui
doit être absorbée par les réactifs pour que leurs liaisons soient
brisées. Les réactifs doivent atteindre un état de transition instable
dans lequel les liaisons sont plus fragiles et plus faciles à briser. Les
enzymes baissent cette énergie d’activation.
I - INTRODUCTION
3 caractéristiques pour une réaction chimique dans la matière vivante :
 Rapidité
Température peu élevée: 37°C
pH à 7,4
 Spécificité
BIOCATALYSEURS = PROTEINES = ENZYMES

Réactions du métabolisme
(régulation ++ : production de
Intérêt fondamental métabolites)

Pharmacologie moléculaire
(inhibiteurs d’enzymes =
médicaments)
Alpha-galactosidase
Coenzymes Cofacteurs
• Certaines enzymes fonctionnent avec des Coenzymes ou des cofacteurs, de nature non
protéique, de faible PM comparée aux enzymes
• Ils agissent à faible concentration et sont regénérés comme les enzymes en fin de
réaction,
• Ils sont libres ou associés aux enzymes
• Si libre, s’associe au moment de la catalyse à l’apoprotéine pour former un comples Apoenzyme-
Coenzyme pour les Coenzymes vrais ou Coenzyme-Cosubstrat
• Certaines enzymes comportent dans leur structure le coenzyme lié de façon covalente. Ici le CoE
est le groupement prosthétique de l’enzyme
• Sont thermostables
• Coenzymes proviennet pour la plupart de vitamines, presque toutes les Vit sauf la Vit C
et Vit A
• CoE ont des fonctions d’accepteurs et de transporteurs de radicaux libérés au cours de la
catalyse, Elles fixent et transportent les H et les électrons ou d’autres radicaux.
Coenzymes Cofacteurs
• La catalyse comporte les réactions suivantes:
- Site actif = ensemble d’ acides aminés (AA)
- Interaction substrat + AA (liaisons de faible énergie)
Rapprochement ++ des espèces moléculaires
Effet de voisinage (différence ++ avec la chimie : pas d’agitation moléculaire)
2. Proenzymes (Zymogens)

Proenzyme (zymogen): an inactive enzyme that becomes an active


enzyme after a chemical change (remove or change some polypeptides).

Trypsinogen (inactive enzyme) pH = 5 - 6

Trypsin (active enzyme) pH = 2


Digestive enzyme (hydrolyzes the peptide bonds of proteins)

Why we do this process?


Isoenzymes
• Enzymes qui catalysent la même réaction sous plusieurs formes
moléculaires. Leur structure primaire est différente.
• Exemple: LDH et CK
Système plurienzymatique
• Enzymes d’une voie métabolique peuvent former un complexe
enzymatique où le substrat est séquentiellement modifié en passant
d’une enzyme à l’autre. Enzymes liés de façon covalente
• Ex: Acide gras synthase
• Pyruvate deshydrogénase
COO - NAD+ NADH + H + O
C O + HSCoA H3C C ~SCoA + CO2
Pyruvate
CH3 dehydrogenase
complex
pyruvate Acetyl CoA
++++

• Réaction irrevesible

• Dans la mitochondrie
Le complexe Pyruvate déshydrogénase HSCoA

E1 pyruvate déshydrogenase

Enzymes (3) E2 dihydrolipoyl transacétylase


NAD+
E3 dihydrolipoyl déshydrogenase

Thiamine PyroPhosphate, TPP (VitB1)

HSCoA (Vit B5)

Cofacteurs (5) Acide lipoΪque

NAD+ (Vit B3)

FAD (VitB2)
Intervention coordonnée des 3 enzymes
• E1- La Pyruvate déshydrogénase:
• Décarboxylation du pyruvate,
• Transfert du résidu acétyl sur le TPP, oxydation du résidu
en acétyl
HSCoA

• E2- La dihydrolipoyl transacétylase


• Transfère l’acétyle et les équivalents réducteurs sur le
lipoate qui passe à l’état réduit (dihydrolipoate)
• Transfère le résidu acétyl au CoA formant l’acétyl CoA. NAD+
• Reste le dihydrolipoate à oxyder

• E3- La dihydrolipoyl déshydrogénase


• Réoxyde le dihydrolipoate en lipoate
• Les équivalents réducteurs sont captés par le FAD, avant
d’être cédés au NAD+ formant le NADH,H+
Nomenclature des enzymes
• Au début, on donnait un nom à toute enzyme trouvée, sans une base
communément acceptée. C’est le cas pour la pepsine, la trypsine, la
papaïne etc…
Avant 1961, les enzymes ont été dénommées selon le nom du S sur
lequel elles agissent en ajoutant le suffixe "ase". • Exemple : uréase,
lipase, transaminase,…etc.
Comment désigner une enzyme
• Nom commun avec dénomination officielle entre parenthèses
• Ex:
• LDH (EC 1.1.1.27)
• CK (E.C 2.7.3.2)

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